Art. 32 Abs. 1, Art. 34 Abs. 1 und 2, Art. 38 Abs. 4 und Art. 68 Abs. 1 StHG; Art. 2, 16 Abs. 1 und 2 sowie Art. 21 Abs. 3 FZA, Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA; DBA-D. Voraussetzung und Gegenstand der Quellensteuer, nachträgliche ordentliche Veranlagung; interkantonale Steuerausscheidung nach Wohnortwechsel (E. 2 und 3). Diskriminierung entsprechend der Rechtsprechung des EuGH bei der Personenfreizügigkeit sowie deren Übertragung auf das FZA und ihre Grenzen; Anwendbarkeit auf die Quellensteuer (E. 4). Unvereinbarkeit von Art. 38 Abs. 4 StHG mit dem FZA, auch unter Berücksichtigung der Rechtfertigungsgründe (Quellenbesteuerung als Sicherungsinstrument) von Art. 21 Abs. 3 FZA (E. 5). Vereinbarkeit von Art. 38 Abs. 4 StHG mit dem DBA-D offengelassen (E. 6).
140 II 167
2C_490/2013 vom 29. Januar 2014
ab Seite 168
A. X. ist deutscher Staatsangehöriger und verfügte im Jahre 2010 über eine Aufenthaltsbewilligung in der Schweiz. Er unterlag demnach als Arbeitnehmer der Quellenbesteuerung. Bis zum 20. November 2010 hatte er seinen Wohnsitz in L. (Kanton St. Gallen), danach in M. (Kanton Schwyz). Die Kantonale Steuerverwaltung/Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz veranlagte ihn in der nachträglichen ordentlichen Veranlagung am 6. März 2012 für das Jahr 2010 bei den Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 44'400.- (...) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 2'901'000.- sowie bei den direkten Bundessteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 53'900.- (...). Dabei ging die Steuerverwaltung davon aus, dass das Einkommen und Vermögen auf die Kantone St. Gallen und Schwyz im Verhältnis zur jeweiligen Wohnsitzdauer aufzuteilen ist. Eine dagegen erhobene Einsprache wurde in Bezug auf die kantonalen Steuern abgewiesen; auf die Einsprache in Bezug auf die direkte Bundessteuer wurde nicht eingetreten.
B. Am 3. Januar 2013 erhob X. Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit dem Antrag, er sei in der Gemeinde M. mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 505'900.- für die Staats- und Gemeindesteuer, wovon Fr. 329'373.- aus Beteiligungserträgen stammen, und mit einem steuerbaren Vermögen von Fr. 25'213'000.- zu veranlagen und auf eine Steuerausscheidung zu Gunsten des Kantons St. Gallen sei zu verzichten. Die Quellensteuer sei im Umfang, in dem sie die in M. geschuldete Steuer übersteige, zurückzuerstatten. Mit Entscheid vom 19. April 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. X. erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und wiederholt die vor der Vorinstanz gestellten Anträge. (...) Das Bundesgericht heisst die Beschwerde gut.
(Auszug)
Aus den Erwägungen:
2.1 Ausländische Arbeitnehmer, welche die fremdenpolizeiliche Niederlassungsbewilligung nicht besitzen, im Kanton jedoch steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben, werden für ihr Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit einem Steuerabzug an der Quelle unterworfen. Dieser tritt grundsätzlich an die Stelle der im ordentlichen Verfahren zu veranlagenden Steuern (Art. 32 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, in der bis 31.12.2013 gültigen Fassung; SR 642.14]). Betragen aber die dem Steuerabzug an der Quelle unterworfenen Bruttoeinkünfte in einem Kalenderjahr mehr als den vom kantonalen Recht festgelegten Betrag, so wird eine nachträgliche Veranlagung durchgeführt. Die an der Quelle abgezogene Steuer wird dabei angerechnet (Art. 34 Abs. 2 StHG).
2.2 Wechselt ein Steuerpflichtiger innerhalb einer Steuerperiode den steuerrechtlichen Wohnsitz in der Schweiz, so besteht nach Art. 68 Abs. 1 StHG die Steuerpflicht auf Grund persönlicher Zugehörigkeit grundsätzlich im Kanton, in welchem der Steuerpflichtige am Ende der Steuerperiode seinen Wohnsitz hat. Einzig dieser Kanton erhebt die Steuer nach seinem Recht für das ganze Jahr. Für Quellenbesteuerte gilt jedoch anderes: Gemäss Art. 38 Abs. 4 StHG, der in Art. 68 Abs. 1 StHG ausdrücklich vorbehalten wird, steht dem jeweiligen Wohnsitz- oder Aufenthaltskanton das Besteuerungsrecht im Verhältnis zur Dauer der Steuerpflicht zu, wenn eine nach den Artikeln 32, 33 und 34 Absatz 2 steuerpflichtige natürliche Person innerhalb der Schweiz ihren Wohnsitz oder Aufenthalt verlegt. Aufgrund dieses ausdrücklichen Hinweises auf Art. 34 Abs. 2 gilt dies auch dann, wenn Quellenbesteuerte nachträglich ordentlich veranlagt werden (vgl. Urteil 2C_116/2013 / 2C_117/2013 vom 2. September 2013 E. 3.3).
2.3 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er die gesetzlichen Voraussetzungen für die Quellenbesteuerung und für die nachträgliche ordentliche Veranlagung erfüllt. Er macht aber geltend, er werde infolge der Regelung von Art. 38 Abs. 4 StHG schlechter behandelt als ein Schweizer Bürger in der gleichen Situation; als Schweizer würde er gemäss Art. 68 Abs. 1 StHG für das ganze Jahr im Kanton Schwyz steuerpflichtig und müsste insgesamt rund Fr. 118'000.-weniger an Steuern bezahlen, als er jetzt aufgrund seiner teilweisen Besteuerung im Kanton St. Gallen bezahlen muss. Diese Schlechterbehandlung verstosse gegen Art. 2 des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (FZA; SR 0.142.112.681) und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA, gegen Art. 25 des Abkommens vom 11. August 1971 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland zur Vermeidung der Doppelbesteuerung auf dem Gebiete der Steuern vom Einkommen und vom (DBA-D; SR 0.672.913.62) sowie gegen Art. 8 Abs. 2 BV.
3.1 Der Quellenbesteuerung (anstatt der ordentlichen Veranlagung) unterliegt nur das Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit (Art. 32 Abs. 1 StHG). Demgegenüber werden das Vermögen sowie die übrigen Einkommensbestandteile, namentlich der Vermögensertrag, in jedem Fall ordentlich veranlagt (Art. 34 Abs. 1 StHG; ebenso Art. 90 Abs. 1 DBG [SR 642.11];sog. ergänzende ordentliche Veranlagung: ZIGERLIG/RUFENER, in: Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern [...] [nachfolgend: Komm. StHG],2. Aufl. 2002, N. 1 zu Art. 34 StHG; ZIGERLIG/JUD, in: DBG [nachfolgend: Komm. DBG], 2. Aufl. 2008, N. 2 zu Art. 90 DBG).Für die nachträgliche ordentliche Veranlagung (Art. 34 Abs. 2 StHG) verbleibt nur das der Quellensteuer unterliegende Einkommen (ebenso Art. 90 Abs. 2 DBG). Art. 38 StHG steht im Titel über die Quellensteuer und gilt systematisch nur für diese; auch die Sonderregelung von Art. 38 Abs. 4 StHG (pro-rata-Besteuerung durch die beteiligten Kantone) gilt demnach einzig für den Bereich der Quellensteuer, mithin für die nachträgliche ordentliche Veranlagung der zunächst an der Quelle besteuerten Einkommensteile (ZIGERLIG/RUFENER, Komm. StHG, a.a.O., N. 2a zu Art. 38 StHG). Für die ergänzende ordentliche Veranlagung gelten demgegenüber die normalen Vorschriften über die ordentliche Veranlagung, auch bezüglich örtlicher Zuständigkeit (LOCHER, Kommentar zum DBG, 2004, N. 11 zu Art. 90 DBG). Für das Vermögen sowie diejenigen Einkommensteile, die nicht der Quellensteuer unterliegen, gilt somit im Falle des unterjährigen Wohnortswechsels nicht Art. 38 Abs. 4 StHG, sondern die Grundregel von Art. 68 Abs. 1 Satz 1 (und allenfalls Satz 2) StHG (AS 2001 1052).
3.2 Aus den Feststellungen im angefochtenen Entscheid und ergänzend aus den Akten (vgl. nicht publ. E. 1.4) ergibt sich, dass der Beschwerdeführer im Jahre 2010 insgesamt ein steuerbares Einkommen von Fr. 505'900.- erzielte, wovon netto Fr. 191'127.- aus unselbständiger Erwerbstätigkeit stammen, der Rest aus Wertschriftenertrag. Sodann besass er ein steuerbares Vermögen von Fr. 25'213'000.-. Die von der Steuerverwaltung vorgenommene Steuerausscheidung zwischen den Kantonen Schwyz und St. Gallen bezog sich aber nicht bloss auf das Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit, sondern auch auf das Einkommen aus Wertschriftenertrag sowie das Vermögen. Dies widerspricht der dargelegten gesetzlichen Regelung. Zwar wird verwaltungstechnisch die ergänzende und die nachträgliche ordentliche Veranlagung sinnvollerweise gemeinsam und nicht in zwei getrennten Verfahren erfolgen (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 6 zu Art. 90 DBG; AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 2b zu Art. 90 DBG). Das kann aber nicht dazu führen, dass die Sonderregelung von Art. 38 Abs. 4 StHG, die nur mit Rücksicht auf die Besonderheiten der Quellensteuer eingeführt wurde, auch angewendet wird für Vermögen und Einkommensbestandteile, die von vornherein gar nie der Quellensteuer unterliegen können.
3.3 Der angefochtene Entscheid ist daher schon deshalb aufzuheben, weil er dem StHG widerspricht; die nachträgliche ordentliche Veranlagung gemäss Art. 34 Abs. 2 StHG mit der pro-rata-Aufteilung auf die beteiligten Kantone ist nur für das Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit (Fr. 191'127.-) vorzunehmen. Das Einkommen aus Wertschriftenertrag sowie das gesamte Vermögen sind hingegen von vornherein ordentlich zu veranlagen, wobei die Steuerpflicht einzig im Kanton Schwyz besteht (Art. 68 Abs. 1 Satz 1 StHG).
3.4 Dies hat zur Folge, dass der vom Beschwerdeführer beanstandete Nachteil erheblich geringer ausfällt, als von ihm berechnet wurde; er beschränkt sich auf die Differenz in der Steuerbelastung zwischen den Kantonen St. Gallen und Schwyz für das für die Zeit vom 1. Januar bis 20. November 2010 umgerechnete steuerbare Einkommen von Fr. 191'127.- (satzbestimmend Fr. 505'900.-). Ob diese verbleibende Benachteiligung gegen die Verfassung (Art. 8 Abs. 2 BV) verstösst, wie der Beschwerdeführer geltend macht, kann offenbleiben, da sie sich aus einem für das Bundesgericht massgebenden (Art. 190 BV) Bundesgesetz (Art. 38 Abs. 4 StHG) ergibt. Zu prüfen bleibt, ob dieser Nachteil mit dem FZA und dem DBA-D vereinbar ist.
4.1 Nach der Rechtsprechung des EuGH ergibt sich aus dem Grundsatz der Personenfreizügigkeit (Art. 48 und 52 EWGV bzw. heute Art. 45 und 49 des Vertrags über die Arbeitsweise der Europäischen Union [AEUV; ABl. C 326 vom 26. Oktober 2012 S. 65 ff.]), dass ein Mitgliedstaat einen Angehörigen eines anderen Mitgliedstaates bei der Erhebung der direkten Steuern nicht schlechter behandeln darf als einen eigenen Staatsangehörigen, der sich in der gleichen Lage befindet; unzulässig sind auch alle versteckten Formen der Diskriminierung, die durch die Anwendung anderer Unterscheidungsmerkmale als der Staatsangehörigkeit tatsächlich zu dem gleichen Ergebnis führen (grundlegend Urteile des EuGH vom 8. Mai 1990 C-175/88 Biehl, Randnr. 12 ff.; vom 14. Februar 1995 C-279/93 * Schumacker*, Randnr. 24). Eine Diskriminierung kann aber nur vorliegen, wenn unterschiedliche Vorschriften auf vergleichbare Situationen oder dieselben Vorschriften auf unterschiedliche Situationen angewendet werden, wobei sich Gebietsansässige und Gebietsfremde in der Regel nicht in einer vergleichbaren Situation befinden; hingegen befindet sich der gebietsfremde Steuerpflichtige dann in derselben Situation wie der Gebietsansässige, wenn er im Staat, in dem er seine berufliche Tätigkeit ausübt, seine gesamten oder nahezu gesamten Einkünfte bezieht; die Diskriminierung besteht alsdann darin, dass die persönlichen Verhältnisse und der Familienstand des Steuerpflichtigen weder im Wohnsitzstaat noch im Beschäftigungsstaat berücksichtigt werden (Urteile des EuGH Schumacker, Randnr. 30 ff.; vom 11. August 1995 C-80/94 Wielockx, Randnr. 16 ff.; vom 27. Juni 1996 C-107/94 Asscher, Randnr. 40-44; vom 9. November 2006 C-520/04 Turpeinen, Randnr. 28; vom 1. Juli 2004 C-169/03 Wallentin, Randnr. 15 ff.; vgl. BGE 136 II 241 E. 13.1-13.3 S. 249 ff.). Allerdings kann die Ausübung der durch den Vertrag gewährleisteten Verkehrsfreiheiten beschränkt werden, u.a. wenn dies notwendig ist, um die Kohärenz eines Finanzsystems zu bewahren; vorausgesetzt ist, dass ein unmittelbarer Zusammenhang zwischen dem betreffenden steuerlichen Vorteil und dessen Ausgleich durch eine bestimmte steuerliche Belastung besteht (Urteile des EuGH vom 28. Januar 1992 C-204/90 Bachmann, Randnr. 28; vom 7. September 2004 C-319/02 * Manninen*, Randnr. 42 f.; vom 23. Februar 2006 C-471/04 * Keller Holding*, Randnr. 40; vom 27. November 2008 C-418/07 * Papillon*, Randnr. 43 f.; vom 4. Juli 2013 C-350/11 * Argenta*, Randnr. 41 f.).
4.2 Nach Art. 2 FZA werden die Staatsangehörigen einer Vertragspartei, die sich rechtmässig im Hoheitsgebiet einer anderen Vertragspartei aufhalten, bei der Anwendung dieses Abkommens gemäss den Anhängen I, II und III nicht auf Grund ihrer Staatsangehörigkeit diskriminiert. Nach Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA geniessen sodann die Arbeitnehmer, die Staatsangehörige einer Vertragspartei sind, und ihre in Artikel 3 dieses Anhangs genannten Familienangehörigen im Hoheitsgebiet einer anderen Vertragspartei die gleichen steuerlichen und sozialen Vergünstigungen wie die inländischen Arbeitnehmer und ihre Familienangehörigen (zur parallelen Anwendung der Spezialbestimmungen [Art. 45, 49, 56 AEUV] und der allgemeinen Bestimmung von Art. 18 AEUV siehe VÉRONIQUE BOILLET, L'interdiction de discrimination en raison de la nationalité au sens de l'accord sur la libre circulation des personnes, 2010, S. 153 ff.; a.A. MARC ENZ, Grenzgängerregelungen, 2012, S. 227 f. Rz. 737). Nach Art. 16 Abs. 2 FZA wird, soweit für die Anwendung dieses Abkommens Begriffe des Gemeinschaftsrechts herangezogen werden, dafür die einschlägige Rechtsprechung des Gerichtshofs der Europäischen Gemeinschaften vor dem Zeitpunkt der Unterzeichnung berücksichtigt.
4.3 Das Diskriminierungsverbot von Art. 2 FZA entspricht inhaltlich dem unionsrechtlichen Diskriminierungsverbot von Art. 18 AEUV (vgl. BGE 136 II 241 E. 12 S. 249). Im Unterschied zu diesem gilt es jedoch nur für die vom FZA erfassten Gegenstände; unterschiedliche Behandlungen, die sich aufgrund anderer Rechtsgebiete ergeben, fallen nicht darunter (vgl. BGE 138 V 186 E. 3.5 S. 196; BGE 130 I 26 E. 3.2.2 S. 35; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts K 163/03 vom 27. März 2006 E. 6.1, nicht publ. in: BGE 133 V 33; Urteil 2C_1049/2011 vom 18. Juli 2012 E. 5.3; vgl. auch Urteil des EuGH vom 15. Juli 2010 C-70/09 Hengartner, Randnr. 39; STEFAN OESTERHELT, Diskriminierungsverbote im internationalen Steuerrecht der Schweiz [nachfolgend: Diskriminierungsverbote], ASA 79 S. 269 ff., 288 f.). Das FZA begründet nicht wie der EUV einen einheitlichen Markt im Rahmen eines integrierten wirtschaftlichen Ganzen; die Schweiz hat nur sektorielle Abkommen abgeschlossen, mit denen sie sich, soweit die Abkommen reichen, am Binnenmarkt beteiligt; sie ist aber nicht dem Binnenmarkt der Gemeinschaft beigetreten, mit dem alle Hindernisse beseitigt werden sollen, um einen Raum vollständiger Freizügigkeit entsprechend einem nationalen Markt zu schaffen (BGE 133 V 624 E. 4.3.4 S. 633; BGE 130 II 113 E. 6.2 S. 121; Botschaft vom 23. Juni 1999 zur Genehmigung der sektoriellen Abkommen zwischen der Schweiz und der EG, BBl 1999 6128, 6162; Urteile des EuGH vom 12. November 2009 C-351/08 Grimme, Randnr. 27; vom 7. März 2013 C-547/10 * Schweizerische Eidgenossenschaft*, Randnr. 79; vom 15. Juli 2010 C-70/09 * Hengartner*, Randnr. 41). Die Diskriminierungsverbote der einzelnen Staatsverträge beziehen sich nur auf die darin genannten Tatbestände (vgl. z.B. Urteil * Schweizerische Eidgenossenschaft*, Randnr. 98 bzgl. des Diskriminierungsverbots gemäss Art. 3 des Luftverkehrsabkommens [SR 0.748.127.192.68], welches sich nur auf Luftfahrtunternehmen bezieht, weshalb sich Flughafenbetreiber oder Anwohner nicht darauf berufen können). Namentlich gelten die spezifisch abgaberechtlichen Diskriminierungsverbote von Art. 110- 112 AEUV im Rahmen des FZA nicht. So gilt z.B. Art. 2 FZA nicht für fiskalische Regelungen, welche gewerbliche Transaktionen betreffen, die eine Dienstleistung zum Gegenstand haben (Urteil des EuGH Hengartner, Randnr. 40). Auch liegt darin, dass im Verkehr zwischen der Schweiz und der EU Zölle erhoben werden, keine Diskriminierung, weil das FZA keine Zollunion begründet (Urteil 2C_1049/2011 vom 18. Juli 2012 E. 5.4), auch wenn sich zollrechtliche Massnahmen naturgemäss auf grenzüberschreitende Sachverhalte belastender auswirken als auf rein innerstaatliche.
4.4 Art. 16 Abs. 1 FZA, der auf die Geltung des gemeinschaftlichen Besitzstands in den Beziehungen zwischen den Vertragsparteien Bezug nimmt, sieht dessen Geltung nur im Rahmen der Ziele des Abkommens vor. Diese Ziele sind in Art. 1 des Abkommens aufgeführt (Urteil des EuGH Grimme, Randnr. 37). Auch die nach Art. 16 Abs. 2 FZA bestehende Verpflichtung, die bis zum Zeitpunkt der Unterzeichnung ergangene Rechtsprechung des EuGH zu berücksichtigen, gilt nur in Bezug auf die Anwendung dieses Abkommens; Entscheide des EuGH, welche nicht diesen Anwendungsbereich betreffen, sind damit nicht erfasst (BGE 133 V 624 E. 4.3.7 S. 635 f.; BGE 130 II 113 E. 6.2 S. 121). Daher kann die den gemeinschaftsrechtlichen Bestimmungen über den Binnenmarkt gegebene Auslegung nicht automatisch auf die Auslegung des Abkommens übertragen werden, sofern dies nicht im Abkommen selbst ausdrücklich vorgesehen ist (Urteile des EuGH Grimme, Randnr. 29; * Schweizerische Eidgenossenschaft*, Randnr. 80; * Hengartner*, Randnr. 42; vom 11. Februar 2010 C-541/08 * Fokus Invest AG*, Randnr. 28).
4.5 Soweit sich die Rechtsprechung des EuGH zur steuerlichen Diskriminierung auf die Personenfreizügigkeit stützt, die Inhalt des FZA bildet, ist sie gemäss Art. 16 Abs. 2 FZA auch für die Schweiz zu beachten. Der Begriff der steuerlichen Vergünstigung in Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA lehnt sich sodann an Art. 7 Abs. 2 der Verordnung (EWG) Nr. 1612/68 vom 15. Oktober 1968 über die Freizügigkeit der Arbeitnehmer an (BGE 136 II 241 E. 12 S. 248 f.; PASCAL HINNY, Das Diskriminierungsverbot des Personenverkehrsabkommens im Schweizer Steuerrecht [nachfolgend: Diskriminierungsverbot], IFF Forum für Steuerrecht [FStR] 2004 S. 165 ff., 172; vgl. BGE 138 V 186 E. 3.4.1 S. 194 f. und BGE 137 II 242 E. 3.2.1 S. 244 zum ebenfalls in dieser Bestimmung enthaltenen Begriff der sozialen Vergünstigung). Es handelt sich um einen Begriff des Gemeinschaftsrechts, so dass auch dafür gemäss Art. 16 Abs. 2 FZA die Rechtsprechung des EuGH zu berücksichtigen ist.
4.6 Die Quellenbesteuerung stellt zwar nicht direkt auf die Staatsangehörigkeit ab, sondern auf den Aufenthaltsstatus (Niederlassungs- oder Aufenthaltsbewilligung), der jedoch für Schweizer Bürger keine Rolle spielen kann und für sie daher nicht zum Tragen kommt. Ob es sich um eine bloss indirekte Diskriminierung (so MARCO MÖHR, Die Bedeutung der Staatsangehörigkeit der natürlichen Personen nach schweizerischem Steuerrecht, 2002, S. 167) oder um eine direkte Diskriminierung handelt, wie die mehrheitliche Lehre annimmt (YVES NOËL, "Biehl, Schumacker ..." et la Suisse: L'impôt à la source au scanner de la jurisprudence communautaire [nachfolgend: Impôt], in: Internationales Steuerrecht in der Schweiz, 2005, S. 141 ff., 153 f., 161; VALENTINA MOSHEK, L'impact de l'ALCP sur l'impôt à la source - analyse à la lumière de l'arrêt du Tribunal fédéral du 26 janvier 2010, ASA 79 S. 303 ff., 339; OESTERHELT, Diskriminierungsverbote, a.a.O., S. 292; XAVIER OBERSON, Précis de droit fiscal international [nachfolgend: Précis], 3. Aufl. 2009, S. 326), kann dabei offenbleiben, da die Regelung von Art. 2 FZA und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA aufgrund der gemeinschaftsrechtlichen Rechtsbegriffe und der gemäss Art. 16 Abs. 2 FZA massgebenden EuGH-Rechtsprechung auch das Konzept der mittelbaren Diskriminierung erfasst (BGE 136 II 241 E. 13.1 S. 249 f.; Urteil des EuGH vom 6. Oktober 2011 C-506/10 Graf/Engel, Randnr. 26; OESTERHELT, Diskriminierungsverbote, a.a.O., S. 291).
4.7 In BGE 136 II 241 E. 11-16 (S. 247 ff.) hat das Bundesgericht unter Bezugnahme auf die dargelegte Rechtsprechung des EuGH (vgl. oben E. 4.1) erkannt, es verstosse gegen Art. 2 FZA und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA, wenn ein Grenzgänger, der in Frankreich wohnt und in der Schweiz arbeitet und hier mehr als 90 % seines Einkommens erzielt, im Rahmen der Quellenbesteuerung weniger Steuerabzüge vornehmen kann, als wenn er in der Schweiz ansässig wäre. Diese Rechtsprechung wurde bestätigt in den Urteilen 2C_33/2010, 2C_34/2010 und 2C_35/2010 vom 4. Oktober 2010, je E. 3.3, sowie Urteil 2C_21/2010 vom 23. November 2010 E. 4.3.1 (zustimmend auch die Lehre: ADRIANO MARANTELLI, Das Bundesgericht schlägt eine erste Bresche in die Quellenbesteuerung, Jusletter 12. April 2010 Rz. 45, 57; MOSHEK, a.a.O., S. 333; STEFAN OESTERHELT, Quellensteuerordnung verstösst gegen die Bilateralen Abkommen [nachfolgend: Quellensteuerordnung], FStR 2010 S. 211 ff.; ANDREA PEDROLI, Novità e tendenze legislative nel campo del diritto tributario, RtiD 2011 II S. 563 ff.; KADDOUS/TOBLER, Europarecht: Schweiz - Europäische Union, SZIER 2010 S. 597 ff., 628 ff.; zunächst kritisch in Bezug auf die schweizerische Staatsangehörigkeit des Steuerpflichtigen CHRISTA TOBLER, Der Genfer Quellensteuerentscheid des Bundesgerichts - im Widerspruch zur Rechtsprechung des EuGH zum Freizügigkeitsabkommen, SZIER 2011 S. 389 ff., nunmehr aber zustimmend im Lichte des Urteils des EuGH vom 28. Februar 2013 C-425/2011 Ettwein [siehe KADDOUS/TOBLER, Europarecht: Schweiz - Europäische Union, SZIER 2013 S. 644 f.]).
4.8 Im Nachgang zu diesen Urteilen hat die Schweizerische Steuerkonferenz eine Analyse vorgenommen und ist zum Schluss gekommen, dass auch die Ungleichbehandlungen zwischen den echt quellenbesteuerten in der Schweiz ansässigen EU-Angehörigen und den Schweizer Steuerpflichtigen mit dem FZA nicht vereinbar sei (Schweizerische Steuerkonferenz, Analyse zu den Bundesgerichtsentscheiden vom 26. Januar 2010 und 4. Oktober 2010 und zum Verwaltungsgerichtsentscheid [NE] vom 2. Juni 2010 [nachfolgend: Steuerkonferenz], 3. November 2010, Ziff. 3.3). Gleicher Meinung ist die herrschende Lehre (PASCAL HINNY, Personenverkehrsabkommen und Schweizer Quellensteuerordnung [nachfolgend: Personenverkehrsabkommen], FStR 2004 S. 251 ff., 263 ff.; LOCHER, a.a.O., N. 38 der Einführung zu Art. 83 ff. DBG; MARANTELLI, a.a.O., Rz. 23; NOËL, Impôt, a.a.O., S. 153 ff.; YVES NOËL, L'impôt à la source et la libre circulation, in: Assujettissement, cotisations et questions connexes selon l'Accord sur la libre circulation des personnes CH-CE, Kahil-Wolff [Hrsg.], 2004, S. 71 ff.; MOSHEK, a.a.O., S. 340 ff.; MÖHR, a.a.O., S. 167 f.; OBERSON, Précis, a.a.O., S. 326; OESTERHELT, Quellensteuerordnung, a.a.O., S. 227 f.; PEDROLI, in: Impôt fédéral direct [nachfolgend: LIFD], 2008, N. 24 f. der Einführung zu Art. 83-101 DBG; JEAN-MARC RIVIER, L'égalité devant l'impôt des travailleurs suisses et étrangers, ASA 71 S. 97 ff., 120; ZIGERLIG/JUD, Komm. DBG, a.a.O., N. 12b zu Vor Art. 83-101 DBG; RAINER ZIGERLIG, Schweizerische Quellensteuerordnung - quo vadis?, in: Festgabe [...] Cavelti, 2012, S. 130 ff., 144; a.M. ANDREAS KOLB, Bilaterale Verträge I - Personenfreizügigkeit/Grenzgängerbesteuerung, FStR 2004 S. 22 ff., 29 f.). Die Steuerkonferenz schlug daher vor, ungeachtet der Höhe der Einkommen die nachträgliche ordentliche Veranlagung (Art. 34 Abs. 2 StHG) zuzulassen; so könne die Ungleichbehandlung vermieden werden, unter Vorbehalt einer Verzinsung in den Fällen, wo die Quellensteuer früher erhoben wird als die ordentliche Steuer (Steuerkonferenz, a.a.O., Ziff. 5.1). Diese Lösung wird heute offenbar von allen Kantonen angewendet (ZIGERLIG, a.a.O., S. 145). Die Lehre ist teilweise der Auffassung, damit werde den Anforderungen des FZA Genüge getan (LOCHER, a.a.O., N. 38 der Einführung zu Art. 83 ff. DGB; MÖHR, a.a.O., S. 250; ZIGERLIG/JUD, Komm. DBG, a.a.O., N. 12b zu Vor Art. 83-101 DGB), bezweifelt dies aber teilweise und sieht weiterhin Ungleichheiten (ZIGERLIG, a.a.O., S. 144 f.; OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, S. 291; NOËL, Impôt, a.a.O., S. 154 f.; PEDROLI, LIFD, a.a.O., N. 24 f. der Einführung zu Art. 83-101 DGB; OESTERHELT, Quellensteuerordnung, a.a.O., S. 227).
5.1 Vorliegend ist eine nachträgliche ordentliche Veranlagung vorgenommen worden und insoweit die Diskriminierung an sich geheilt (vgl. Urteil 2C_21/2010 vom 23. November 2010 E. 4.3.2). Die Quellensteuer verliert damit ihren Charakter als echte Steuer und wird zu einer reinen Sicherungssteuer (ZIGERLIG/RUFENER, Komm. StHG, a.a.O., N. 3 zu Art. 34 StHG). Die hauptsächlichen Ungleichbehandlungen zwischen Quellenbesteuerten und ordentlich Veranlagten sind damit entfallen (vorne E. 4.8). Trotzdem wird vorliegend der Beschwerdeführer infolge von Art. 38 Abs. 4 StHG anders behandelt, als wenn er Schweizer Bürger wäre. Es fragt sich, ob dies mit dem FZA vereinbar ist.
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, eine Quellenbesteuerung lasse sich mit dem Aspekt der Sicherung des Steuerbezugs rechtfertigen, der in Art. 21 Abs. 3 FZA anerkannt sei. Die massgebende Rechtsprechung des Bundesgerichts und des EuGH betreffe zudem steuerliche Abzüge und sei deshalb hier nicht einschlägig. Die pro-rata-Besteuerung gemäss Art. 38 Abs. 4 StHG könne je nach Situation für die quellenbesteuerten Personen vor- oder nachteilig sein; durch diese Regelung würden die mit einem Wohnkantonwechsel verbundenen Vor- und Nachteile abgeschwächt. Es liege daher keine relevante Ungleichbehandlung der quellenbesteuerten und der ordentlich besteuerten Personen vor. Für die Quellenbesteuerung liessen sich sachliche Argumente ins Feld führen: Für ausländische Steuerpflichtige, die sich nur vorübergehend oder kurzfristig in der Schweiz aufhalten, seien das ordentliche Veranlagungs- und Bezugsverfahren und die damit verbundenen Mitwirkungspflichten kaum zumutbar. Angesichts der hohen Fluktuation von ausländischen Arbeitskräften mit mehr oder weniger langem vorübergehenden Aufenthalt in der Schweiz sei das Quellensteuerverfahren ein geeignetes Steuersicherungsinstrument und lasse sich mit Art. 21 Abs. 3 FZA begründen. Eine pro-rata-Besteuerung lasse sich auch mit dem fiskalischen Interesse der betroffenen Kantone rechtfertigen.
5.3 Der Beschwerdeführer macht demgegenüber geltend, seine Schlechterstellung lasse sich nicht mit Gründen der öffentlichen Ordnung, Sicherheit oder Gesundheit (Art. 5 Anhang I FZA) rechtfertigen. Die vorinstanzlichen Überlegungen zur Unzumutbarkeit des ordentlichen Verfahrens seien unmassgeblich, da ja in seinem Fall ohnehin von Amtes wegen ein ordentliches Verfahren durchgeführt worden sei. Der Sicherungszweck vermöge die Ungleichbehandlung nicht zu rechtfertigen, da die Steuer durch die Erhebung an der Quelle längst gesichert sei. Auch ein fiskalisches Interesse rechtfertige die Ungleichbehandlung nicht, da ein solches auch bei Schweizer Bürgern gleichermassen bestünde.
5.4 Zutreffend ist die vorinstanzliche Überlegung, dass sich die Regelung von Art. 38 Abs. 4 StHG je nach Situation für Quellenbesteuerte vorteilhaft oder nachteilig auswirkt: Ziehen sie - wie der Beschwerdeführer - im Verlauf des Steuerjahres von einem Hochsteuerkanton in einen Niedrigsteuerkanton, so bezahlen sie im Ergebnis mehr Steuern als ordentlich Veranlagte. Im umgekehrten Fall sind sie hingegen bevorteilt. Die beanstandete Regelung von Art. 38 Abs. 4 StHG benachteiligt somit nicht systematisch oder inhärent die ausländischen Staatsangehörigen gegenüber dem schweizerischen, sondern mildert bloss die Auswirkungen von Art. 68 Abs. 1 StHG in beiden Richtungen ab. Das ändert allerdings nichts daran, dass der Beschwerdeführer in seiner konkreten Situation benachteiligt wird. Eine individuelle Ungleichbehandlung kann grundsätzlich nicht mit dem Argument gerechtfertigt werden, dass die anwendbare Rechtsordnung in anderen Situationen oder grosso modo nicht benachteiligend ist (MOSHEK, a.a.O., S. 341 f.; HINNY, Diskriminierungsverbot, a.a.O., S. 174; in Bezug auf DBA: RIVIER, a.a.O., S. 114).
5.5 Allerdings enthält das FZA spezifische Rechtfertigungsgründe, wobei vorliegend vor allem Art. 21 Abs. 3 FZA zu prüfen ist.
5.5.1 Nach Art. 21 Abs. 3 FZA hindert keine Bestimmung dieses Abkommens die Vertragsparteien daran, Massnahmen zu beschliessen oder anzuwenden, um nach Massgabe der Bestimmungen der nationalen Steuergesetzgebung einer Vertragspartei oder der zwischen der Schweiz einerseits und einem oder mehreren Mitgliedstaaten der Europäischen Gemeinschaft andererseits geschlossenen Doppelbesteuerungsabkommen oder sonstiger steuerrechtlicher Vereinbarungen die Besteuerung sowie die Zahlung und die tatsächliche Erhebung der Steuern zu gewährleisten oder die Steuerflucht zu verhindern. Nationale und DBA-rechtliche Vorschriften, welche die Bekämpfung der Steuerverkürzung oder die Sicherstellung der Steuer bezwecken, werden demnach durch das FZA nicht berührt und sind namentlich auch mit Art. 2 FZA und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA vereinbar (BGE 136 II 241 E. 14.3 S. 253 f.; PASCAL HINNY, Die bilateralen Verträge und ihre Auswirkungen auf unser Steuerrecht [nachfolgend: Auswirkungen], Schweizer Treuhänder 2000 S. 1147 ff., 1151). Ungleichbehandlungen, die sich aus dieser Zielsetzung ergeben, sind zulässig.
5.5.2 Anders als Art. 21 Abs. 2 FZA (dazu BGE 136 II 241 E. 14.2) verwendet Abs. 3 keine gemeinschaftsrechtlichen Begriffe, so dass darauf Art. 16 Abs. 2 FZA nicht anzuwenden ist (a.M. OESTERHELT, Quellensteuerordnung, a.a.O., S. 223, der sich aber nicht auf spezifische gemeinschaftsrechtliche Begriffe beruft). Er ist daher autonom bzw. nach den Regeln von Art. 31 ff. des Wiener Übereinkommens vom 23. Mai 1969 über das Recht der Verträge (VRK; SR 0.111) auszulegen, mithin primär nach Treu und Glauben in Übereinstimmung mit der gewöhnlichen, seinen Bestimmungen in ihrem Zusammenhang zukommenden Bedeutung und im Lichte seines Zieles und Zweckes (Art. 31 Abs. 1 VRK). Nach dem so ausgelegten Art. 21 Abs. 3 FZA ist mit den Massnahmen zur Gewährleistung der Besteuerung namentlich die Quellensteuer gemeint, denn die übrigen Steuersicherungsmassnahmen unterscheiden ohnehin nicht nach Staatsangehörigkeit, so dass kein Grund bestand, sie in Art. 21 Abs. 3 FZA vorzubehalten. Die Quellensteuer ist deshalb als solche mit dem FZA vereinbar (BGE 136 II 241 E. 14.3 S. 253 f.; MÖHR, a.a.O., S. 168, 249; KOLB, a.a.O., S. 30; ZIGERLIG/JUD, Komm. DBG, a.a.O., N. 11 und 12b zu Vor Art. 83-101 DBG; HINNY, Auswirkungen, a.a.O., S. 1152; HINNY, Diskriminierungsverbot, a.a.O., S. 185; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 5 der Vorbem. zu Art. 83- 90 DBG; a.M. OESTERHELT, Quellensteuerordnung, a.a.O., S. 224, 227). Erhebungs- und Bezugsprobleme stehen zwar vor allem bei der Quellensteuer für Personen ohne Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz (Art. 35 StHG) im Vordergrund (LOCHER, a.a.O., N. 7 der Einführung zu Art. 83 ff. DBG). Sie sind aber auch bei in der Schweiz wohnhaften ausländischen Personen nicht zu verneinen: Manche Ausländer halten sich nur für kürzere Zeit in der Schweiz auf und können ins Ausland zurückkehren, bevor die Steuern veranlagt und bezahlt sind (vgl. BGE 91 I 81 E. 3 S. 85 ff.; BGE 124 I 247 E. 6a S. 251 f.). Daran ändert auch der Umstand, dass die EU-Angehörigen einen Anspruch auf Aufenthaltsbewilligung haben, nichts (entgegen NOËL, Impôt, a.a.O., S. 160 f.). Art. 21 Abs. 3 FZA trägt dem Umstand Rechnung, dass im Verhältnis zwischen der Schweiz und der EU im Bereich der direkten Steuern keine Steueramtshilferegelung besteht, anders als innerhalb der EU (Richtlinie 77/799/EWG des Rates vom 19. Dezember 1977 über die gegenseitige Amtshilfe zwischen den zuständigen Behörden der Mitgliedstaaten im Bereich der direkten Steuern [ABl. L 336 vom 27. Dezember 1977 S. 15] bzw. die diese ersetzende Richtlinie 2011/16/EU des Rates vom 15. Februar 2011 über die Zusammenarbeit der Verwaltungsbehörden im Bereich der Besteuerung und zur Aufhebung der Richtlinie 77/799/EWG [ABl. L 64 vom 11. März 2011 S. 1]). Auch nach der Rechtsprechung des EuGH kann (innerhalb der EU) eine Steuervergünstigung verweigert werden, wenn diese von Voraussetzungen abhängig ist, die nur durch Auskünfte eines Drittstaates verifiziert werden könnten, welche aber wegen Fehlens einer vertraglichen Verpflichtung des Drittstaats zur Auskunftserteilung nicht erhalten werden können (Urteile des EuGH vom 27. Januar 2009 C-318/07 Persche, Randnr. 70; vom 19. Juli 2012 C-48/11 * Veronsaajien oikeudenvalvontayksikkö*, Randnr. 35; vom 28. Februar 2013 C-544/11 * Petersen*, Randnr. 55). Das muss umso mehr im Rahmen des FZA gelten. Der Umstand, dass ein Sicherungszweck nicht bei allen Ausländern ohne Niederlassungsbewilligung besteht (so MOSHEK, a.a.O., S. 344 f.; HINNY, Personenverkehrsabkommen, a.a.O., S. 265), ändert daran nichts, da das Steuerrecht als Massenverwaltungsrecht zwangsläufig auf gewisse Schematisierungen angewiesen ist. Zudem kann ex ante nicht bekannt sein, ob der Aufenthalt in der Schweiz kürzer oder länger dauern wird.
5.5.3 Ist somit die Quellenbesteuerung als Sicherungsinstrument in Art. 21 Abs. 3 FZA vorbehalten, so sind auch diejenigen Ungleichbehandlungen gerechtfertigt, die durch den Sicherungszweck der Quellenbesteuerung bedingt oder zwangsläufig mit diesem System verbunden sind (vgl. E. 4.1, Systemkohärenz). Beim Beschwerdeführer ist allerdings der Sicherungszweck durch den bei ihm erfolgten Bezug an der Quelle bereits hinreichend erfüllt. Zu prüfen ist, ob die ihn bei der nachträglichen ordentlichen Veranlagung benachteiligende Sonderregelung von Art. 38 Abs. 4 StHG durch das System der Quellensteuer bedingt ist.
5.5.4 Art. 38 Abs. 4 StHG wurde durch das Bundesgesetz vom 15. Dezember 2000 zur Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis neu in das StHG eingefügt und trat per 1. Januar 2001 in Kraft (AS 2001 1050 ff.). In seiner Botschaft führte der Bundesrat dazu Folgendes aus (Botschaft vom 24. Mai 2000 zur Koordination und Vereinfachung der Veranlagungsverfahren für die direkten Steuern im interkantonalen Verhältnis, BBl 2000 3898, 3905 Ziff. 1.4.2.1):
"Dass das Besteuerungsrecht beim Wechsel der Steuerpflicht während des Steuerjahres für die ganze Steuerperiode einem einzigen Kanton übertragen wird, bedeutet eine grosse Vereinfachung. Zwecks Koordination der Vorschriften des Bundes und der Kantone schlagen die Kantone vor, die Veranlagungskompetenz demjenigen Kanton zuzuweisen, in dem die steuerpflichtige Person am Ende der Steuerperiode Wohnsitz hat. Damit folgen sie der in Artikel 216 DBG vorgesehenen Regelung. Bei den an der Quelle besteuerten Personen ausländischer Nationalität mit Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz muss aber aus Gründen, die mit dem System der Quellensteuer zusammenhängen, weiterhin die Pro-rata-temporis- Besteuerung gelten, wenn die steuerpflichtige Person im Laufe der Steuerperiode ihren Aufenthaltsort innerhalb der Schweiz wechselt."
Weiter hält der Bundesrat fest (BBl 2000 3910 Ziff. 2.1.1.5):
"Bei der Besteuerung an der Quelle wird, im Gegensatz zu den Vorschriften der ordentlichen Veranlagung, jede Änderung der Verhältnisse des Steuerpflichtigen sofort berücksichtigt. Dies gilt insbesondere bei Änderungen des Zivilstands. Dasselbe muss auch bei Veränderungen der persönlichen Zugehörigkeit gelten; in diesem Fall rechtfertigt sich der Grundsatz einer Pro-rata-temporis-Veranlagung. Unter dem Gesichtspunkt der Verwaltungsökonomie drängt sich die vorgeschlagene Lösung für das Verhältnis zwischen Arbeitnehmern, Arbeitgebern und Kantonen auf, weil dadurch die zahlreichen Überweisungen von Quellensteuern zwischen den kantonalen Steuerverwaltungen vermieden werden. Artikel 38 Absatz 4 StHG gilt auch für die ordentliche Veranlagung der Arbeitseinkommen von Personen, die der Quellenbesteuerung unterstellt sind (vgl. Art. 34 Abs. 2 StHG)."
Die Neuregelung wird als mit dem europäischen Recht voll vereinbar beurteilt (BBl 2000 3914 Ziff. 5).
5.5.5 Die Regelung dient somit der Verwaltungsökonomie: Sie vermeidet, dass die während des Jahres laufend der zuständigen Steuerverwaltung abgelieferten Steuerbeträge (vgl. Art. 37 StHG) bei unterjährigem Wohnortswechsel an den Zuzugskanton überwiesen werden müssen. Allerdings rechtfertigt sich diese Überlegung hauptsächlich für die laufende Quellenbesteuerung. Das Bundesgericht hat bereits im Urteil 2C_116/2013 / 2C_117/2013 vom 2. September 2013 E. 3.3 ohne Bezug auf das FZA (welches in jenem Verfahren keine Rolle spielte) erwogen, es erscheine zweifelhaft, ob die Regelung von Art. 38 Abs. 4 StHG für die nachträgliche ordentliche Besteuerung sachgerecht sei; es wäre auch denkbar, dafür den Grundsatz der Einheit der Steuerperiode (Art. 68 Abs. 1 StHG) anzuwenden. Zwar müsste dafür der bereits an der Quelle erhobene Steuerbetrag vom bisherigen zum neuen Wohnortkanton verschoben werden. Das muss aber auch im Falle von Art. 68 Abs. 1 StHG geschehen, wenn - wie das oft der Fall ist - während des Jahres bereits im bisherigen Wohnkanton Steuerraten bezahlt worden sind. Dafür würde die interkantonale Ausscheidung überflüssig, die sich zudem dadurch verkompliziert, dass sie nur das an der Quelle besteuerte Einkommen erfasst, nicht aber die übrigen Einkommensbestandteile (E. 3). Eine Abrechnung zwischen den bereits bezahlten Quellensteuern und der aufgrund der nachträglichen Veranlagung geschuldeten Steuer muss zudem ohnehin erfolgen (Art. 34 Abs. 2 Satz 2 StHG; vgl. Urteil 2C_116/2013 / 2C_117/2013 vom 2. September 2013 E. 4.3).
5.5.6 Insgesamt lässt sich die Sonderregelung von Art. 38 Abs. 4 StHG durch den in Art. 21 Abs. 3 FZA vorbehaltenen Sicherungszweck nicht rechtfertigen und ist auch nicht durch das System der Quellenbesteuerung bedingt. Sie stellt damit eine mit dem FZA nicht vereinbare Diskriminierung dar und ist deshalb im Falle der nachträglichen ordentlichen Veranlagung von in der Schweiz wohnhaften Personen, die dem FZA unterstehen, nicht anwendbar, soweit dadurch eine Höherbesteuerung resultieren würde.