Wehrsteuer vom Reinertrag der Aktiengesellschaft: Gewinne und Aufwendungen des ersten Geschäftsjahres, das nach Art. 58 WStB als Bemessungszeitraum für mehrere Veranlagungsperioden dient, sind nur bei der Berechnung der Steuer für eine dieser Perioden zu berücksichtigen, wenn sie als derart ausserordentlich erscheinen, dass durch ihre wiederholte Anrechnung die steuerpflichtige Gesellschaft über Gebühr benachteiligt oder begünstigt würde.
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A.- Die Beschwerdeführerin, Fabrik X. AG, wurde am 1. Januar 1962 gegründet. Für das erste Geschäftsjahr (1962) wies sie einen Reinertrag von Fr. 3134.-- aus, nachdem sie vom Einstandswert des Warenlagers 1/3 = Fr. 115'523.-- abgestrichen hatte.
Entsprechend diesem Jahresabschluss setzte die kantonale Wehrsteuerverwaltung den steuerbaren Reinertrag der Beschwerdeführerin für das noch in Betracht fallende zweite Jahr (1962) der 11. Wehrsteuerperiode auf Fr. 3100.-- fest. Diese Veranlagung wurde rechtskräftig.
Bei der Veranlagung der Beschwerdeführerin für die 12. Wehrsteuerperiode (1963/64) wurde der Berechnung des steuerbaren Reinertrages wieder das Ergebnis des ersten Geschäftsjahres zugrunde gelegt, doch wurde nun der Betrag von Fr. 115'523.--, den die Steuerpflichtige vom Einstandswert des Warenlagers abgestrichen hatte, nicht mehr zum Abzug zugelassen. Demgemäss wurde diesmal der steuerbare Reinertrag auf Fr. 118'600.-- festgesetzt. Diese Einschätzung wurde im Einspracheverfahren bestätigt. Die Beschwerde der Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid wurde von der kantonalen Rekurskommission am 30. Mai 1967 abgewiesen.
B.- Die Steuerpflichtige ficht den Entscheid der Rekurskommission mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an. Sie beantragt, der steuerbare Reinertrag sei für die 12. Wehrsteuerperiode auf Fr. 3100.-- herabzusetzen.
Sie macht geltend, nach Art. 58 Abs. 4 WStB sei das Ergebnis ihres ersten Geschäftsjahres für die Berechnung der Steuer nicht nur der 11., sondern auch der 12. Periode massgebend. Der angefochtene Entscheid verstosse gegen diese Bestimmung. Einzig ausserordentliche, nicht auf der normalen wirtschaftlichen Tätigkeit der Gesellschaft beruhende Erträge und Aufwendungen wären nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts (BGE 84 I 242) nur einmal zu berücksichtigen. Einen solchen Posten stelle aber der Abstrich eines Drittels vom Einstandswert des Warenlagers nicht dar; werde er doch von den Steuerbehörden als geschäftsmässig begründet betrachtet.
C.- Die kantonale Rekurskommission und die eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Für die periodische Ertragsbesteuerung muss jedoch im allgemeinen der Grundsatz wegleitend sein, dass jeder Ertrag einmal, aber auch nur einmal, erfasst werden soll. Dieser Grundsatz entspricht dem Postulat, dass jeder Steuerpflichtige nach Massgabe seiner wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu belasten ist. Es unterliegt keinem Zweifel, dass auch der Wehrsteuerbeschluss eine in diesem Sinne gleichmässige und gerechte Besteuerung zu verwirklichen sucht. Bei seiner Auslegung ist dies zu berücksichtigen (E. BLUMENSTEIN, System des Steuerrechts S. 19).
Die aus Art. 58 WStB sich ergebende Folge, dass eine und dieselbe Zeitspanne als Berechnungszeitraum für mehrere Veranlagungsperioden dient, gibt nicht Anlass zu Bedenken, wenn und solange die jährlichen Reinerträge in ihrer Zusammensetzung und ihrem Umfang nicht erheblich voneinander abweichen. Dagegen können Unzukömmlichkeiten entstehen, wenn der Ertrag während des Zeitraums, der wiederholt der Steuerbemessung zugrunde gelegt wird, durch ausserordentliche Gewinne oder Aufwendungen erhöht oder vermindert wird. Würden solche Faktoren für mehr als nur eine Veranlagungsperiode in Rechnung gestellt, so könnte die steuerpflichtige Gesellschaft unter Umständen über Gebühr benachteiligt oder begünstigt werden. Wo die wiederholte Berücksichtigung von Ertrags- oder Aufwandsposten zu derart stossenden Ergebnissen führen würde, ist sie nicht zulässig, weil nicht vereinbar mit den Grundsätzen der Rechtsgleichheit und der Steuergerechtigkeit, von denen der Wehrsteuerbeschluss getragen ist und die auch für die Auslegung seines Art. 58 massgebend sein müssen.
Im Sinne dieser Grundsätze hat denn auch das Bundesgericht den Fall einer Aktiengesellschaft beurteilt, die im ersten Geschäftsjahr einen ausserordentlichen, nicht aus ihrer normalen wirtschaftlichen Tätigkeit stammenden Gewinn erzielt hatte. Es hat entschieden, dass dieser Gewinn, der bei der ersten Veranlagung der Gesellschaft gemäss Art. 58 Abs. 4 lit. a WStB erfasst worden war, bei der Veranlagung für die folgende Periode nicht nochmals, gestützt auf Art. 58 Abs. 4 lit. b WStB, angerechnet werden dürfe (BGE 84 I 242 ff.). Was in diesem Urteil über die Gewinne ausgeführt wird, muss aber entsprechend auch für die Aufwendungen gelten. Gewinne wie Aufwendungen dürfen nur für eine Veranlagungsperiode berücksichtigt werden, wenn sie als derart ausserordentlich erscheinen, dass ihre wiederholte Anrechnung dem oben dargelegten Sinne des Gesetzes widerspräche. Der durch Auslegung des Gesetzes gewonnene Rechtssatz muss in beiden Fällen angewandt werden; ob sich seine Anwendung für die steuerpflichtige Gesellschaft günstig oder ungünstig auswirkt, ist unerheblich.
Die Unterbewertung des Warenlagers hat sich auf den Reinertrag der Beschwerdeführerin im ersten Geschäftsjahr in einem grossen Umfange ausgewirkt; das in diesem Jahr erzielte nicht unbeträchtliche Betriebsergebnis ist dadurch fast völlig aufgezehrt worden. Dagegen hat der Abstrich den Ertrag der folgenden Geschäftsjahre nicht mehr geschmälert; die Unterbewertung ist in diesen Jahren - wirtschaftlich betrachtet - jeweils aus dem Vorjahr übernommen, also nicht erneut vorgenommen worden (BGE 91 I 291 /2). Wohl sind weitere Unterbewertungen gleicher Art möglich, wenn das Warenlager vergrössert wird; sie werden aber kaum je oder doch nur ganz ausnahmsweise das Ausmass derjenigen erreichen, die im ersten Geschäftsjahr in die Bilanz eingeführt worden ist. Der umstrittene Abstrich gehört nicht zu den Aufwendungen, die das Ergebnis eines normalen Geschäftsjahres beeinflussen. Er ist nach seinem Charakter und seinem Umfang derart ausserordentlich, dass er nicht auch noch in der 12. Veranlagungsperiode berücksichtigt werden darf, nachdem er bereits in der Vorperiode zugelassen worden ist. Seine nochmalige Anrechnung ist umsoweniger gerechtfertigt, als die durch die Unterbewertung allenfalls geschaffene stille Reserve bei ihrer späteren Auflösung auch nur einmal der Steuer vom Reinertrag unterworfen werden könnte. Würde dem Begehren der Beschwerdeführerin entsprochen, so genösse sie einen Steuervorteil, auf den sie nach den für die Anwendung des Wehrsteuerbeschlusses massgebenden Geboten der Rechtsgleichheit und Steuergerechtigkeit keinen Anspruch hat (im gleichen Sinne: nicht veröffentlichtes Urteil vom 9. Februar 1968 i.S. Stettler, betreffend Art. 41 WStB).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
Die Beschwerde wird abgewiesen.