Vehicle expense deduction for mixed private and professional useKI-generiert

{T 0/2}
2A.262/2006/svc

Arrêt du 6 novembre 2006
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Merkli, Président,
Betschart, Wurzburger, Müller et Yersin.
Greffière: Mme Mabillard.

Parties
Service des contributions du canton du Jura,
recourant,

contre

X.________,
Chambre administrative du Tribunal cantonal
du canton du Jura, Le Château, case postale 24,
2900 Porrentruy 2.

Objet
Impôt cantonal et impôt fédéral direct 2003,

recours de droit administratif contre l'arrêt de la
Chambre administrative du Tribunal cantonal
du canton du Jura du 5 avril 2006.

Faits:
A.
X.________, médecin, est domiciliée à A.________. Elle exerce son activité professionnelle à l'Hôpital B.________, situé à 2,1 km de son domicile. En 2003, l'Hôpital B.________ lui a versé un salaire de l'ordre de 110'000 fr. Pour cette même période, elle a déclaré un revenu de 231'523 fr. provenant de son activité indépendante, exercée également dans les locaux de l'Hôpital B.________. Dans les comptes 2003 joints à sa déclaration d'impôt, l'intéressée a fait figurer des frais de véhicule d'un montant de 16'838 fr. (6'535 fr. de frais de véhicule proprement dits et 10'303 fr. de frais de leasing).
B.
Le 5 novembre 2004, le Service des contributions du canton du Jura (ci-après: le Service des contributions) a notifié à l'intéressée une décision de taxation pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal, communal et ecclésiastique (ci-après: l'impôt d'Etat) de la période 2003. Le revenu imposable a été fixé à 305'420 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 299'400 fr. pour l'impôt d'Etat. Dans un courrier du 19 novembre 2004, le Service des contributions a indiqué qu'il avait admis un montant de 3'338 fr. pour les frais de véhicule et fixé la part privée à 13'500 fr.
X.________ a déposé une réclamation contre la décision de taxation du 5 novembre 2004, contestant le calcul de la part privée sur frais de véhicule effectué par le fisc. Par décision sur réclamation du 24 juin 2005, le Service des contributions a confirmé la taxation du 5 novembre 2004.
C.
Le 22 décembre 2005, la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après: la Commission cantonale) a admis le recours de X.________ et a modifié la décision sur réclamation du 24 juin 2005, la part privée sur frais de véhicule étant fixée à 8'419 fr. en lieu et place de 3'338 fr. (recte 13'500 fr.).
D.
Le 5 avril 2006, la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours interjeté par le Service des contributions contre la décision de la Commission cantonale du 22 décembre 2005 et a confirmé la décision attaquée en ce qui concerne l'impôt fédéral direct et l'impôt d'Etat, fixant la déduction admise au titre de frais de véhicule à 8'419 fr. Le Tribunal cantonal a retenu en substance que, vu que X.________ réalisait les deux tiers de son revenu en tant qu'indépendante, il se justifiait de reconnaître à son véhicule un caractère professionnel prépondérant pour rechercher les frais justifiés par l'usage professionnel. Il a approuvé le calcul de la Commission cantonale dans son résultat, estimant toutefois qu'il n'était pas nécessaire de calculer le montant exact à prendre en compte à titre de déduction pour les frais de véhicule. La Commission cantonale avait porté le montant de la déduction de 3'250 fr. (recte: 3'338 fr.) à 8'419 fr., ce qui représentait une augmentation de 5'169 fr. et correspondait environ à la moitié des frais de leasing; par conséquent, elle n'avait pas abusé de son pouvoir d'appréciation. En outre, le Tribunal cantonal a relevé que, contrairement à ce qu'avait retenu la Commission cantonale, l'intéressée ne pouvait pas prétendre à des déductions pour des frais tels que ceux liés à la participation à des congrès, car elle avait déjà fait valoir un montant supérieur à 11'900 fr. à ce titre; cette question n'avait cependant pas d'influence sur le résultat auquel il était parvenu.
E.
Le Service des contributions a interjeté un recours de droit administratif au Tribunal fédéral contre l'arrêt rendu le 5 avril 2006 par le Tribunal cantonal. S'agissant de l'impôt fédéral direct, il conclut, sous suite de frais, à ce que l'arrêt attaqué soit annulé, la part privée sur frais de véhicule fixée à 13'500 fr. en lieu et place de 8'419 fr. et la décision sur réclamation du 24 juin 2005 confirmée, le revenu imposable de X.________ étant fixé à 305'420 fr. pour l'année fiscale 2003. Quant à l'impôt d'Etat, le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de l'affaire à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Service des contributions se plaint principalement de ce que l'autorité intimée a abusé de son pouvoir d'appréciation en matière de déduction des frais de véhicule et de ce que l'arrêt attaqué est arbitraire (cf. art. 9 Cst.). Il fait également valoir la violation de son droit d'être entendu (cf. art. 29 al. 2 Cst.).
Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. X.________ demande implicitement le rejet du recours.
L'Administration fédérale des contributions a renoncé à formuler des observations sur le recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
Le présent recours de droit administratif s'en prend à l'arrêt du 5 avril 2006 du Tribunal cantonal en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct ainsi que l'impôt d'Etat de la période fiscale 2003.
I. Impôt fédéral direct
2.
Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11).
En vertu de l'art. 146 LIFD en relation avec l'art. 168a al. 1 de la loi d'impôt du 26 mai 1988 du canton du Jura (ci-après: LI/JU), l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, soit en l'occurrence le Service des contributions, a qualité pour recourir au sens de l'art. 103 lettre b OJ.
3.
Le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'abus et l'excès du pouvoir d'appréciation (art. 104 lettre a OJ). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral sans être lié par les motifs invoqués par les parties (art. 114 al. 1 in fine OJ). Lorsque le recours est dirigé contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen dans ce domaine (art. 104 lettre c ch. 3 OJ).
4.
4.1 Le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), l'arrêt attaqué n'étant à son avis pas suffisamment motivé. Comme il n'invoque aucune disposition de droit cantonal à l'appui de son grief, celui-ci doit être examiné exclusivement à la lumière des principes déduits directement de l'art. 29 al. 2 Cst. (ATF 126 I 15 consid. 2a p. 16 et les arrêts cités; 125 I 257 consid. 3a p. 259), étant précisé que la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancienne Constitution demeure applicable (cf. ATF 128 V 272 consid. 5b/bb p. 278).
Le droit d'être entendu implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (ATF 130 II 473 consid. 4.1 p. 477, 530 consid. 4.3 p. 540 et les arrêts cités).
4.2 Le Service des contributions, en tant qu'autorité, n'est en principe pas habilité à invoquer un droit constitutionnel destiné à protéger les citoyens, comme le droit d'être entendu. Cependant, en recours de droit administratif, la violation des minimums de procédure peut être alléguée par tous ceux qui ont la qualité pour recourir sur le fond et par tous ceux dont les intérêts de droit ou de fait sont lésés par la violation d'une règle de procédure (Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème éd., Bâle 1991, n. 628quater, p. 133). Vu que le droit d'être entendu ancré à l'art. 29 al. 2 Cst. constitue une garantie minimale de procédure, le recourant est légitimé à l'invoquer.
4.3 Le Tribunal cantonal est certes bref lorsqu'il expose les motifs qui l'amènent à approuver le calcul des frais de véhicule opéré par la Commission cantonale et il ne commente pas le calcul ni le raisonnement du recourant. Cependant, contrairement à ce que soutient ce dernier, le Tribunal cantonal a exposé de façon suffisante les motifs qui ont emporté sa conviction: il a indiqué pourquoi il considérait que le véhicule de l'intimée faisait partie de sa fortune commerciale, puis a précisé qu'il n'était pas nécessaire de calculer le montant exact à prendre en compte à titre de déduction pour les frais de véhicule, vu que l'augmentation du montant déductible calculée par la Commission cantonale, soit 5'169 fr., correspondait à environ la moitié des frais de leasing, non contestés en eux-mêmes. Ce n'est pas parce que le recourant estime la motivation du Tribunal cantonal incohérente et contradictoire qu'elle est insuffisante. Les éléments exposés lui ont en effet permis de comprendre la portée de l'arrêt précité du 5 avril 2006 et de l'attaquer en connaissance de cause. Le grief du recourant est dès lors infondé.
5.
5.1 L'intimée a le droit de déduire les frais de déplacement nécessaires à l'exercice de son activité lucrative dépendante sur la base de l'art. 26 al. 1 lettre a LIFD. L'art. 26 al. 2 LIFD précise que ces frais de déplacement sont estimés forfaitairement, mais que le contribuable peut justifier des frais plus élevés.
Au sens de l'art. 5 de l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'Ordonnance; RS 642.118.1), le contribuable qui utilise les transports publics pour les déplacements entre le domicile et le lieu de travail peut déduire ses dépenses effectives. En cas d'utilisation d'un véhicule privé, il peut déduire les dépenses qu'il aurait eues en utilisant les transports publics. Exceptionnellement, si le contribuable établit qu'il ne dispose d'aucun moyen de transport public ou qu'il n'est pas en mesure de les utiliser, il peut déduire les frais d'utilisation d'un véhicule privé d'après les forfaits de l'art. 3 de l'Ordonnance ou justifier de frais professionnels plus élevés (art. 5 al. 3 de l'Ordonnance; arrêt 2P.254/2002 du 12 mai 2003, StE 2003 B 22.3 no 76, consid. 3.3 et les références citées). Le Département fédéral des finances fixe les déductions forfaitaires pour chaque année de calcul et les publie dans un appendice joint à l'Ordonnance (art. 3 de l'Ordonnance). Pour la période fiscale 2003, les déductions forfaitaires pour les frais de déplacement avec une voiture privée s'élevaient à 0.65 fr. par kilomètre parcouru (appendice du 26 juin 2002 à l'Ordonnance; ci-après: l'Appendice; RO 2002 2474).
5.2 Selon l'art. 27 al. 1 LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. D'une manière générale, seront admises en déduction toutes les dépenses en relation avec l'activité professionnelle. Ces frais ne doivent pas être indispensables; il suffit qu'il existe une connexité entre eux et l'obtention du revenu (Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., Berne 2002, p. 224). En ce domaine, le fisc se contente donc de vérifier que la dépense en question est réellement liée à l'activité indépendante et qu'elle a été effectuée (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Bâle 2002, p. 135/136).
Les frais de déplacement peuvent être déduits en tant que dépenses liées à l'exercice de l'activité professionnelle indépendante. Si un contribuable utilise son véhicule aussi bien pour des trajets privés que professionnels, il est nécessaire de procéder à la délimitation entre les frais nécessités par l'usage privé et les frais professionnels (Ernst Känzig, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], 2ème éd., n. 18 ad art. 22 al. 1 lettre a, p. 506; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, Art. 1-48 DBG, Therwil/Basel 2001, n. 32 ad art. 27, p. 686; cf. Philip Funk, Der Begriff des Gewinnungskosten nach schweizerischem Einkommenssteuerrecht, thèse St-Gall 1988, p. 224/225). La notice N 1/2001 sur la manière d'estimer les prélèvements en nature et les parts privées aux frais généraux des propriétaires d'entreprises (circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 15 décembre 2000 [Archives 69 p. 636]) prévoit soit une estimation sur la base des frais effectifs, soit une estimation à forfait. Il n'est en effet pas autorisé de déduire des frais privés dans la comptabilité commerciale. En outre, les dépenses d'entretien du contribuable et de sa famille, ainsi que les frais d'acquisition d'éléments de fortune, ne constituent pas des frais d'acquisition mais représentent une utilisation du revenu, non déductible (art. 34 lettres a et d LIFD; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., Lausanne 1998, p. 305; Peter Locher, op. cit., n. 30 ad art. 25, p. 637 et n. 8 ad art. 27, p. 678).
5.3 Le Tribunal cantonal a estimé que le véhicule de l'intimée avait un caractère professionnel prépondérant, du fait que cette dernière réalisait les deux tiers de son revenu au moyen de son activité indépendante.
Rien ne permet d'admettre que le principe de la prépondérance de l'art. 18 al. 2 LIFD s'applique en matière de délimitation des frais privés ou professionnels de l'indépendant (cf. circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 12 novembre 1992 relative au revenu provenant de l'activité lucrative indépendante selon l'art. 18 LIFD [Archives 61 p. 513]). En effet, figurant à l'al. 2 de la disposition, il est en relation avec l'imposition des bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation et de la revalorisation comptable d'éléments de la fortune commerciale, et non avec la déduction de frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel, qui ne saurait être étendue à des frais privés, même en cas d'usage mixte d'un élément de la fortune commerciale. Une telle interprétation serait d'ailleurs en contradiction avec l'art. 34 lettres a et d LIFD.
Le critère retenu par le Tribunal cantonal, qui attribue le véhicule de l'intimée à sa fortune commerciale, n'est par ailleurs pas pertinent et ne joue de toute façon aucun rôle quant aux frais de transport que l'intéressée peut déduire. En effet, la corrélation à prendre en compte pour déterminer le montant de la déduction des frais professionnel de transport est l'usage du véhicule lui-même, soit les kilomètres parcourus à titre professionnel, respectivement privé, et non d'autres critères, comme la comparaison entre les revenus réalisés dans l'exercice d'une activité dépendante ou indépendante. Au surplus, le fait que la voiture de l'intimée est indispensable à son activité professionnelle, ce qui n'est contesté par personne, ne signifie pas encore qu'elle est utilisée principalement à des fins professionnelles. Il est donc nécessaire de distinguer la part privée, à la charge de l'intimée, de la part professionnelle du coût du véhicule et des frais de transport.
6.
En l'espèce, l'intimée a mis la totalité de ses frais de véhicule dans sa comptabilité commerciale, sans faire aucun décompte entre une part justifiée par l'usage professionnel - qu'il s'agisse de son activité dépendante ou indépendante - et une part privée.
6.1 Selon un principe général, il appartient au fisc de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale. S'agissant de ces derniers, il appartient au contribuable non seulement de les alléguer, mais encore d'en apporter la preuve (arrêt 2A.534/2004 du 18 février 2005, Revue fiscale 60/2005 p. 618, consid. 4.1 et les références citées; ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266). Ainsi, il incombait à l'intimée, qui voulait déduire ses frais de déplacement professionnel, de les justifier.
6.2 En l'absence d'une répartition du total des kilomètres parcourus à titre privé et professionnel, le fisc a dû reconstituer la part professionnelle déductible des frais de véhicule. Il s'est fondé sur les normes fiscales du coût par kilomètre en vigueur pour l'année de calcul 2003 à l'usage des salariés, soit 0.65 fr. par kilomètre parcouru (cf. l'Appendice); il a supposé que l'intimée avait parcouru environ 10'000 km pendant l'année en se fondant sur les frais invoqués par celle-ci (6'535 fr. [frais de véhicules proprement dits] : 0.65). Sachant que la distance séparant le domicile de l'intimée de l'Hôpital B.________ s'élève à 2,1 km et supposant que celle-ci a fait le trajet quatre fois par jour, le recourant a multiplié les kilomètres parcourus quotidiennement par trois cent jours, ce qui donne 2'520 km. Il a également tenu compte des déplacements effectués pour les interventions de nuit, estimées à cent cinquante nuits (150 x 4.2 = 630 km), ce qui équivaut à un total de 3'150 km parcourus à titre professionnel. Il a ainsi considéré que, pour l'année 2003, l'intimée avait utilisé son véhicule à des fins privées à raison d'environ 6'900 km et à des fins professionnelles pour 3'150 km. Il faut constater que le fisc s'est montré large en estimant à trois cent jours et à cent cinquante nuits la durée du travail de l'intimée et qu'il a ainsi procédé à un calcul favorable à celle-ci, qui n'a au surplus aucunement démontré en quoi le résultat obtenu s'écarterait de la réalité. Par ailleurs, faute de renseignements de l'intimée, il n'est pas possible de départager les kilomètres parcourus dans le cadre de sa profession indépendante de ceux relevant de son activité salariée.
X.________ a fait valoir des frais de leasing de 10'303 fr. pour l'année 2003, sans joindre de justificatif. Le Service des contributions a retenu que le véhicule de l'intimée affichait un prix d'achat de 26'500 fr., ce que celle-ci ne conteste pas. Or, pour un véhicule de cette catégorie de prix et totalisant une moyenne de 10'000 km par an, un leasing normal sur quatre ans revient actuellement à environ 5'000 fr. par an. Un coût plus élevé pourrait s'expliquer notamment par un nombre de kilomètres parcourus notablement supérieur à 10'000 km, une première annuité plus élevée que les suivantes ou un leasing conclu pour une durée d'une année. Quoi qu'il en soit, il n'est pas nécessaire d'examiner plus avant le montant des frais de leasing allégué par l'intimée, vu que ceux-ci ne peuvent pas être pris en considération dans le cas d'espèce pour le motif suivant.
6.3 Les forfaits correspondent à des moyennes qui sont réputées correspondre aux dépenses effectives des contribuables (cf. Peter Locher, op. cit., n. 70 ss ad art. 26, p. 667 ss; Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 337). Ainsi, de manière générale, les forfaits kilométriques ne comprennent pas seulement les frais de déplacement et d'entretien du véhicule, mais aussi les frais fixes comme les assurances, l'impôt sur les automobiles, l'amortissement, le loyer du garage, etc. (cf. notice N 1/2001, ch. 5). Dès lors qu'un amortissement est compris dans le forfait, il n'y a pas lieu, en l'absence d'indications plus précises de l'intimée, de tenir compte au surplus des frais de leasing.
Le montant global des déductions admis par le fisc, soit 3'338 fr., est supérieur au forfait de 0.65 fr. par kilomètre retenu pour la déduction des frais de transport des salariés, car il couvre un nombre de kilomètres supérieurs à ceux vraisemblablement parcourus par l'intimée (3'150 km x 0.65 fr. = 2'047 fr.). En effet, pour simplifier le calcul, le fisc a admis comme frais de véhicule un montant correspondant à 5'000 km par année (cf. mémoire de recours du 11 mai 2006, p. 3 lettre d) et il a majoré le montant obtenu (5'000 km x 0.65 fr. = 3'250 fr.) à 3'338 fr. afin d'arrondir la part privée à 13'500 fr. (16'838 fr. [frais de véhicule, y compris leasing] - 3'338 fr. = 13'500 fr.).
Par ailleurs, si l'on applique l'estimation à forfait prévue par la notice N 1/2001 valable pour les indépendants, on constate également que les frais admis en déduction par le fisc ont été calculés à l'avantage de l'intimée. D'après la notice N 1/2001, pour un véhicule d'un prix de catalogue de 27'000 fr. et totalisant 10'000 km par année, les frais kilométriques moyens sont de 0.88 fr. Sur cette base, les frais de déplacement déductibles seraient de 2'722 fr. (3'150 km x 0.88 fr. = 2'722 fr.).
En revanche, la proportion de 50 % du total des frais de véhicule admis par l'autorité intimée ne repose sur aucun élément objectif et ne peut être confirmée.
6.4 Enfin, le Tribunal cantonal a considéré à juste titre que l'intimée ne pouvait pas prétendre à des déductions supplémentaires pour des frais de déplacement liés à la participation à des congrès (train, avion), puisque ces frais figuraient déjà sous la rubrique "frais de congrès".
7.
Au vu de ce qui précède, les frais de véhicule professionnels peuvent être admis à raison de 3'338 fr. pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2003, la part privée étant fixée à 13'500 fr. Le recours doit être admis sur ce point.
II. Impôt d'Etat
8.
8.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 131 II 58 consid. 1 p. 60).
Les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu (art. 9 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) et les frais justifiés par l'usage professionnel (art. 10 al. 1 LHID) font partie des matières harmonisées figurant aux titres 2 à 5 et 6 chapitre 1 LHID. La voie du recours de droit administratif est ainsi également ouverte en ce qui concerne l'impôt d'Etat (art. 73 al. 1 LHID).
En vertu de l'art. 73 al. 2 LHID en relation avec l'art. 168a al. 1 LI/JU et de l'art. 103 lettre b OJ, l'administration fiscale cantonale, soit en l'occurrence le Service des contributions, a qualité pour recourir.
8.2 L'art. 9 al. 1 LHID dispose que les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. L'art. 23 al. 1 lettre a LI/JU précise que sont déductibles, comme frais professionnels, les frais de déplacement nécessaires pour se rendre du domicile au lieu de travail. Cette disposition cantonale, identique à l'art. 26 al. 1 lettre a LIFD, est ainsi conforme à l'art. 9 LHID. Quant à l'art. 10 al. 1 LHID, il règle les déductions liées à une activité lucrative indépendante, telles qu'elles doivent être reprises par les législations cantonales. Il prévoit, comme l'art. 27 al. 1 LIFD, la possibilité de déduire les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel. L'art. 25 LI/JU a la même teneur; il est donc conforme à l'art. 10 LHID.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus pour l'impôt fédéral direct relatives aux déductions admises pour les frais de véhicule de l'intimée s'appliquent également à l'impôt d'Etat. Partant, le recours est aussi fondé sur ce point.
9.
II résulte de ce qui précède que le recours doit être admis et l'arrêt du Tribunal cantonal du 5 avril 2006 annulé. En tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2003, la décision sur réclamation du Service des contributions du 24 juin 2005 est confirmée. En tant qu'elle concerne l'impôt d'Etat pour la période fiscale 2003, la cause est renvoyée au Service des contributions pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal est invité à statuer sur les frais de justice pour la procédure devant lui.
Succombant, X.________ doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et l'arrêt de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura du 5 avril 2006 est annulé. La décision sur réclamation du Service des contributions du 24 juin 2005 est confirmée.
2.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt d'Etat et l'arrêt de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura du 5 avril 2006 est annulé. La cause est renvoyée au Service des contributions du canton du Jura pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
3.
La Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura est invitée à statuer sur les frais de justice pour la procédure devant elle.
4.
Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de X.________.
5.
Le présent arrêt est communiqué en copie à X.________, au Service des contributions et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé et des droits de timbre.
Lausanne, le 6 novembre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: