Entscheiddatum: 30.05.2012Publikationsdatum: 14.06.2012
BundesverwaltungsgerichtTribunal administratif fédéralTribunale amministrativo federaleTribunal administrativ federal Abteilung IA-3075/2011
Urteil vom 30. Mai 2012 Besetzung Richter Markus Metz (Vorsitz),Richter Daniel Riedo, Richterin Marie-Chantal May Canellas,Gerichtsschreiber Jürg Steiger. Parteien A._______,Beschwerdeführerin, gegen Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,Vorinstanz. Gegenstand Mehrwertsteuer (1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2004); baugewerblicher Eigenverbrauch; Praxisänderung, Vorbehalt.
A. Die A._______, eine öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit, ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Sie betreibt in der Hauptsache das Versicherungsgeschäft. Daneben erstellt und unterhält sie Liegenschaften, die entweder dem eigenen Betrieb dienen oder zu Anlagezwecke an Dritte vermietet oder allenfalls verkauft werden.
B. Auf Anfrage der ESTV teilte die A._______ mit ihrem Schreiben vom 28. Mai 1997 mit, dass ihre "Eigenleistungen Bau" im Jahr 1995 Fr. 1'960'711.-- und im 1996 Fr. 1'906'807.--, insgesamt somit Fr. 3'867'518.--, betragen hätten. Basierend auf diesen Angaben erliess die ESTV am 15. Dezember 1998 einen anfechtbaren Entscheid, mit dem sie von der A._______ gemäss der Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 370'645 für das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1996 Fr. 236'046.-- Mehrwertsteuer (6.5% von Fr. 3'867'518.-- inkl. Steuer) zuzüglich Verzugszins für Arbeiten an eigenen Bauwerken nachforderte. Dagegen erhob die A._______ am 29. Januar 1999 Einsprache.
C. Die ESTV führte in der Folge an diversen Tagen im Juni und Juli 2001 bei der A._______ eine Kontrolle durch. Sie überprüfte dabei die Steuerperioden vom 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 2001. Unter Berücksichtigung der bereits nachbelasteten Steuerforderung von Fr. 236'046.-- stellte sie mit der EA Nr. 260'518 vom 12. Oktober 2001 für das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 zusätzlich Fr. 1'946'527.-- Mehrwertsteuer für nicht abgerechneten baugewerblichen Eigenverbrauch zuzüglich Verzugszins in Rechnung. Aus dem gleichen Grund forderte sie mit der EA Nr. 260'522 vom 12. Oktober 2001 für das 1. und 2. Quartal 2001 Fr. 102'451.-- Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins nach. Im Weiteren stellte sie mit der EA Nr. 260'519 vom 12. Oktober 2001 für das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 Fr. 25'317'216.-- Mehrwertsteuer aus diversen anderen Gründen in Rechnung.
D. Als Vorbereitung für eine Besprechung mit der ESTV machte die A._______ mit ihrem Schreiben vom 26. Oktober 2001 u.a. Ausführungen zum baugewerblichen Eigenverbrauch. Sie legte insbesondere dar, die Berücksichtigung von Kapitalzinsen bei dessen Ermittlung würde nicht nur von ihr in Frage gestellt. Es sei deshalb von Interesse, den Stand allfälliger paralleler Rechtsmittelverfahren zu erfahren. Die Besprechung fand in der Folge am 2. November 2001 statt. Sodann liess die A._______ der ESTV am 7. November 2001 eine Zusammenfassung der Besprechung zukommen. Darin hielt sie u.a. fest, sie werde für die Bereinigung des hängigen Rechtsmittelverfahrens den baugewerblichen Eigenverbrauch berechnen und der ESTV einen Vorschlag unterbreiten. Bei der Berechnung werde sie gemäss der Praxis der ESTV auch die Verzinsung des Kapitals mitberücksichtigen. Sie behalte sich allerdings vor, zu dieser Praxis einen Vorbehalt anzubringen.
E. Am 21. Dezember 2001 führte die A._______ hinsichtlich der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs durch die ESTV aus, sie habe diese geprüft und stimme der Methode und den vorgenommenen Schätzungen zu. Damit sei auch ihre Einsprache vom 29. Januar 1999 gegenstandslos. Der mit der Einsprache geltend gemachte Antrag, den Steuerbetrag neu festzusetzen, sei mit den von der ESTV vorgenommenen Berechnungen erfüllt worden. Sie müsse einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt anbringen. Die Frage, ob Eigenkapitalzinsen bei der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs in die Bemessungsgrundlage einbezogen werden dürften, sei bisher noch nicht entschieden worden. Sie beantrage deshalb, diese Frage zu sistieren, bis in einem Parallelverfahren ein Entscheid der ESTV ergangen sei.
F. Mit Schreiben vom 31. Januar und 15. Februar 2002 antwortete die ESTV und nahm ihrerseits Stellung. Betreffend den baugewerblichen Eigenverbrauch verwies sie auf Ziffer 7 ihrer Spezialbroschüre Nr. 04, Eigenverbrauch, vom Juli 2000, und auf eine Praxispräzisierung vom 6. Dezember 2001 zum Eigenverbrauchstatbestand nach Art. 9 Abs. 2 Bst. a des (alten) Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (aMWSTG, AS 2000 1300). Im Weiteren führte die ESTV aus, sie erwarte eine definitive Antwort, ob zu den Punkten "Führungsprovisionen", "Rückerstattung Aufwand ZMT", "Leistungen RKB/CRR", "Leistungen an die Vorsorgeeinrichtung" sowie "baugewerblicher Eigenverbrauch" die Ausstellung eines Entscheids gewünscht werde.
G. Am 15. April und 18. Juni 2002 fanden weitere Gespräche zwischen der A._______ und der ESTV statt. In einer internen Kurznotiz vom 19. Juni 2002 hielt die ESTV betreffend den baugewerblichen Eigenverbrauch folgendes fest: "akzeptiert, Rechtsverfahren einstellen". Am 12. Juli 2002 ersuchte die A._______ unter Bezugnahme auf die EA Nr. 260'519 um Erlass von einsprachefähigen Verfügungen betreffend: "Rückerstattung Aufwand UVG-Statistik", "Rückerstattung Aufwand ZMT", "Vorleistungen für (...)". In der Folge schrieb die ESTV mit Beschluss vom 27. Februar 2003 die Einsprache der A._______ gegen den Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 vom Protokoll ab.
H. Am 13. April 2005 ersuchte die A._______ unter Bezugnahme auf ihr Schreiben vom 21. Dezember 2001, in welchem sie hinsichtlich der Bemessungsgrundlage für den baugewerblichen Eigenverbrauch einen Vorbehalt angebracht habe, und die Praxisänderung der ESTV betreffend die Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs per 1. Januar 2005 um Rückerstattung von Fr. 2'780'933.49 zuzüglich 5% Vergütungszins. Dieser Betrag entspreche der bezahlten Mehrwertsteuer auf den vorsteuerunbelasteten Baukosten der Jahre 1995 bis und mit 2004. Die ESTV teilte darauf am 30. Mai 2005 mit, sie könne auf das Begehren um Rückerstattung nicht mehr eintreten, da das betreffende Einspracheverfahren infolge Rückzugs abgeschrieben worden sei. Am 11. Juli 2005 wiederholte die A._______ ihr Begehren. Die ESTV bestätigte darauf ihren Standpunkt noch einmal mit Schreiben vom 17. August 2005. Am 23. August 2005 verlangte die A._______ einen anfechtbaren Entscheid.
I. Am 29. November 2005 erliess die ESTV einen Entscheid, in dem sie auf das Gesuch der A._______ nicht eintrat. Zur Begründung legte sie im Wesentlichen dar, die A._______ habe am 12. Juli 2002 implizit auf die Weiterführung des Einspracheverfahrens verzichtet und sie habe deshalb einen Abschreibungsbeschluss gefällt. Da die A._______ den Beschluss innert der Rechtsmittelfrist nicht angefochten habe, sei der erste Entscheid vom 15. Dezember 1998 in Rechtskraft erwachsen. Dieser sei nach der damals geltenden Praxis erstellt worden. Die Frage des Einbezugs der Eigenkapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage des Eigenverbrauchs sei deshalb vorliegend rechtskräftig entschieden worden. Auf das Gesuch um erneute Beurteilung dieser Angelegenheit könne infolge "res iudicata" nicht eingetreten werden. Revisionsgründe seien keine geltend gemacht worden und lägen auch keine vor.
J. Am 13. Januar 2006 erhob die A._______ Einsprache gegen den Entscheid der ESTV vom 29. November 2005 und verlangte deren Weiterleitung als Sprungrekurs an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK). Zur Begründung führte sie insbesondere aus, die Praxisänderung per 1. Januar 2005, wonach bei der Berechnung der Eigenverbrauchsteuer die Baukredit- und andere Kreditzinsen nicht mehr in die Anlagekosten mit einzubeziehen seien, könne auch auf den vorliegenden Fall (rückwirkend) zur Anwendung gelangen. Mit ihrem Schreiben vom 14. August 2006 teilte die ESTV mit, sie stimme einem Sprungrekurs zu und leite deshalb die Einsprache als Beschwerde an die SRK weiter.
K. Das Bundesverwaltungsgericht teilte den Parteien am 5. Februar 2007 mit, es habe das Verfahren zuständigkeitshalber übernommen und fällte am 15. Dezember 2008 das Urteil A-1625/2006. Soweit es auf die Beschwerde eintrat, hiess es diese teilweise gut und wies die Sache an die ESTV zur Fällung eines Erstentscheids zurück. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, in einer Beschwerde gegen einen Nichteintretensentscheid könne nur geltend gemacht werden, die Vorinstanz habe zu Unrecht das Bestehen der Eintretensvoraussetzungen verneint. Das Bundesverwaltungsgericht habe sich daher auf die Frage zu beschränken, ob die Vorinstanz zu Recht einen Nichteintretensentscheid gefällt habe. Soweit ein materieller Antrag auf Rückerstattung in der Höhe von Fr. 2'091'560.-- gestellt worden sei, dürfe auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Im Weiteren führte es aus, zwar habe kein gültiger Rückzug der Einsprache vom 29. Januar 1999 vorgelegen, der Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 sei jedoch nur anfechtbar gewesen und damit nicht nichtig. Aufgrund der fehlenden Anfechtung des Abschreibungsbeschlusses sei in der Folge der Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 betreffend das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1996 und damit eine Steuerschuld im Betrag von Fr. 236'046.-- in Rechtskraft erwachsen. Soweit sich das Begehren der A._______ vom 13. April 2005 bzw. 23. August 2005 auf Rückerstattung dieses Betrags bezogen habe, sei das Gesuch von der ESTV daher zu Recht als Revisionsgesuch entgegengenommen und aufgrund fehlender Revisionsgründe mit einem Nichteintretensentscheid erledigt worden. Ansonsten hätte die ESTV jedoch ein Erstentscheid fällen müssen, in welchem die Frage zu erörtern gewesen wäre, ob die A._______ die Steuerschuld im Zusammenhang mit dem baugewerblichen Eigenverbrauch unter Vorbehalt bezahlt habe.
L. Am 25. Juni 2009 erliess die ESTV den verlangten Erstentscheid und wies das Gesuch der A._______ vom 13. April 2005 bzw. 23. August 2005 (vgl. E. H) ab, soweit diesbezüglich nicht bereits ein rechtskräftiger Entscheid (Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998) vorlag. Zur Begründung legte sie dar, der von der X._______ in ihrem Schreiben vom 21. Dezember 2001 angebrachte Vorbehalt sei ohne Bevollmächtigung von Seiten der A._______ erfolgt. Die Zahlungen der A._______ seien deshalb vorbehaltslos geleistet worden. Eine Rückerstattung aufgrund der Praxisänderung per 1. Januar 2005 sei somit nicht mehr möglich.
M. Gegen diesen Entscheid erhob die A._______ am 25. August 2009 Einsprache. Darin machte sie insbesondere geltend, die X._______ sei zur Anbringung des in Frage stehenden Vorbehalts gehörig bevollmächtigt gewesen. Dieser Vorbehalt sei nie zurückgenommen worden und bestehe somit nach wie vor. Die Praxisänderung betreffend die Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs per 1. Januar 2005 komme deshalb rückwirkend zur Anwendung. Ihr seien in der Folge die bezahlten Mehrwertsteuern auf den vorsteuerunbelasteten Baukosten für die Jahre 1995 bis und mit 2004 in der Höhe von Fr. 1'855'514.-- zuzüglich Vergütungszins zurückzuerstatten. Auf Aufforderung der ESTV präzisierte die A._______ ihre Einsprache mit Eingabe vom 4. April 2011. Sie legte insbesondere dar, bezüglich der zeitlichen Gültigkeit eines Vorbehalts gelte, dieser habe solange Bestand, bis eine endgültige Lösung gefunden worden sei. Der vorliegende Vorbehalt sei im Übrigen im Rahmen von generellen Diskussionen mit der ESTV angebracht worden und nicht im Zusammenhang mit einer bestimmten Quartalsabrechnung.
N. Mit Einspracheentscheid vom 13. April 2011 wies die ESTV die Einsprache vollumfänglich ab. Die A._______ habe für die Steuerperioden vom 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2004 keinen Anspruch auf Rückerstattung der auf den Bauzinsen bezahlten Mehrwertsteuern. Zur Begründung legte sie insbesondere dar, die A._______ habe im Jahr 2002 im Rahmen von Bereinigungsgesprächen mit der ESTV den Vorbehalt vom 21. Dezember 2001 zurückgenommen. Zudem habe die A._______ in ihren Abrechnungen der Jahre 2002 bis 2004 keinen Vorbehalt angebracht. Sie habe demnach die bis Ende 2004 geltende Praxis der ESTV akzeptiert und eine Rückerstattung sei in der Folge ausgeschlossen. Das Zurückkommen der A._______ auf das Thema "Bauzinsen" aufgrund der Praxisänderung per 1. Januar 2005 müsse als "vernire contra factum proprium" gewertet werden.
Im Weiteren habe die SRK in ihrem Entscheid vom 12. August 2002 (veröffentlicht in Verwaltungspraxis des Bundes [VPB] 67.18) den Miteinbezug der Finanzierungskosten in die Berechnungsgrundlage des baugewerblichen Eigenverbrauchs als gesetzeskonform bezeichnet. Spätestens mit der betreffenden Publikation sei der von der X._______ formulierte Vorbehalt - verknüpft mit der Bitte um Sistierung der Frage bis in einem Parallelverfahren ein Entscheid ergangen sei - dahingefallen. Im Übrigen sei in jedem Fall eine Rückerstattung betreffend den Zeitraum vom 1. Januar 2002 bis 31. Dezember 2004 ausgeschlossen, da dieser gar nicht Gegenstand der Kontrolle der ESTV gewesen und von der A._______ jeweils ohne Vorbehalt abgerechnet worden sei.
O. Die A._______ (Beschwerdeführerin) liess am 27. Mai 2011 gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 13. April 2011 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht führen mit den folgenden Anträgen: "(1) Es sei der Einspracheentscheid der ESTV vom 13. April 2011 vollumfänglich aufzuheben. (2) Es sei der A._______ die bezahlte Mehrwertsteuer auf den vorsteuerunbelasteten Baukosten für die Jahre 1995 bis und mit 2004 in der Höhe von Fr. 1'855'514.-- zuzüglich 5% Vergütungszins seit dem 21. Dezember 2001 zurückzuerstatten. (3) Eventualiter sei der A._______ der mit EA Nr. 260518 für die Zeitperioden 1995 und 1996 zusätzlich zur EA Nr. 7370645 erhobene Betrag in der Höhe von Fr. 597'158.-- infolge res iudicata zuzüglich 5% Vergütungszins seit dem 21. Dezember 2001 zurückzuerstatten. (3) Alles unter Kosten und Entschädigungsfolge".
Zur Begründung legte die Beschwerdeführerin im Wesentlichen dar, die X._______ habe im Namen der A._______ mit ihren Schreiben vom 7. November und 21. Dezember 2001 hinsichtlich des Einbezugs der Eigenkapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage bei der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs einen Vorbehalt angebracht. Die X._______ sei dazu auch gehörig bevollmächtigt gewesen. Dieser Vorbehalt habe bis Ende 2004 Gültigkeit gehabt. Aus der blossen Nichtwiederholung des bereits allgemein für die Mehrwertsteuerfrage angebrachten Vorbehalts in den nachfolgenden Abrechnungen dürfe auf keinen Fall auf dessen Rückzug geschlossen werden. Aufgrund des gemachten Vorbehalts sei die Praxisänderung der ESTV rückwirkend anwendbar. In der Folge seien ihr die zu viel abgerechneten Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. 1'855'514.-- zurückzuerstatten.
P. In ihrer Vernehmlassung vom 26. Juli 2011 schloss die ESTV auf Abweisung der Beschwerde unter Kostenfolge zulasten der Beschwerdeführerin. Sie legte insbesondere dar, aufgrund der aktenkundigen Umstände müsse zwingend geschlossen werden (was der zuständige Inspektor auch versichere), die Unternehmensverantwortlichen der Beschwerdeführerin hätten den fraglichen Vorbehalt anlässlich der Besprechungen vom 15. April 2002 und 18. Juni 2002 zurückgezogen und die Berechnungsweise der ESTV gemäss der damaligen Praxis vollumfänglich akzeptiert. Nur so sei es plausibel, dass die Beschwerdeführerin den Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 ohne Einwände entgegengenommen habe. Dass die Beschwerdeführerin das Thema des baugewerblichen Eigenverbrauchs Mitte des Jahres 2002 als bereinigt betrachtet habe, belegten auch ihre MWST-Abrechnungen der Jahre 2002 bis 2004, die alle vorbehaltlos eingereicht und bezahlt worden seien.
Q. Auf Aufforderung durch das Bundesverwaltungsgericht reichte die Beschwerdeführerin am 22. August 2011 eine Replik ein. Darin hielt sie an ihren bisherigen Standpunkten fest. In ihrer Duplik vom 14. Oktober 2011 machte die ESTV insbesondere geltend, sie sei nicht in der Lage, die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Beträge in zahlenmässiger Hinsicht nachzuvollziehen. Insbesondere verfüge sie bezüglich der Jahre 2002 bis 2004 lediglich über die MWST-Abrechnungen ohne weitere Angaben zu den Eigenkapitalzinsen.
Auf die Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidwesentlich - im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
1.1. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt nicht vor und die ESTV ist eine Behörde im Sinn von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist daher für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Soweit das VGG nichts anderes bestimmt, richtet sich gemäss dessen Art. 37 das Verfahren nach dem VwVG. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar (Art. 112 Abs. 1 MWSTG). Soweit der Sachverhalt vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2004 betroffen ist, untersteht das vorliegende Verfahren deshalb in materieller Hinsicht dem aMWSTG. Für die Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 2000 finden ferner noch die Bestimmungen der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (aMWSTV, AS 1994 1464) Anwendung (Art. 93 und 94 aMWSTG).
Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinn von Art. 113 Abs. 3 MWSTG auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Verfahren anwendbar. Allerdings ist Art. 113 Abs. 3 MWSTG insofern restriktiv zu handhaben, als gemäss höchstrichterlicher Rechtsprechung nur eigentliche Verfahrensnormen sofort auf hängige Verfahren anzuwenden sind, und es dabei nicht zu einer Anwendung von neuem materiellen Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen darf (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-7652/2009 vom 8. Juni 2010 E. 1.3, A-4146/2009 vom 9. März 2010 E. 1.3, A-1113/2009 vom 23. Februar 2010 E. 1.3.3.2).
1.3. Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Einspracheentscheid vom 13. April 2011 grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG; vgl. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 2.149).
1.4. Das Bundesverwaltungsgericht entscheidet in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück (Art. 61 Abs. 1 VwVG). Die Rückweisung bedingt wesensgemäss die Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Der Beschwerdeinstanz wird dabei die Befugnis eingeräumt bzw. die Pflicht auferlegt, verbindliche Weisungen an die Vorinstanz zu erteilen. Die Weisungen sind ins Dispositiv - direkt oder mittels Verweis auf die Erwägungen ("im Sinne der Erwägungen") - aufzunehmen, ansonsten sie nicht verbindlich sind (vgl. BGE 120 V 233 E. 1a). Ausser dass Rückweisungen den Ausnahmefall darstellen sollen, ist weder dem Gesetz noch den Materialen zu entnehmen, unter welchen Voraussetzungen sie angeordnet werden sollen (Botschaft des Bundesrates an die Bundesversammlung vom 24. September 1965 über das Verwaltungsverfahren, BBl 1965 II 1348 ff., S. 1372). Die Wahl der Entscheidform liegt somit weitgehend im pflichtgemässen Ermessen der Beschwerdeinstanz (BGE 131 V 407 E. 2.1.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1898/2009 vom 26. August 2010 E. 9.1). Ein Rückweisungsentscheid rechtfertigt sich vor allem dann, wenn weitere Tatsachen festgestellt werden müssen und ein umfassendes Beweisverfahren durchzuführen ist (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-8534/2010 vom 9. Februar 2012 E. 1.3, A-1819/2011 vom 29. August 2011 E. 6, A-4677/2010 vom 12. Mai 2011 E. 1.3).
2.1. Der Mehrwertsteuer unterliegen die im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen und Dienstleistungen sowie der Eigenverbrauch (Art. 4 Bst. a - c aMWSTV, Art. 5 Bst. a - c aMWSTG).
2.2. Eigenverbrauch liegt u. a. dann vor, wenn die steuerpflichtige Person an bestehenden oder neu zu erstellenden Bauwerken, die zur entgeltlichen Veräusserung oder entgeltlichen Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung bestimmt sind, Arbeiten vornimmt oder vornehmen lässt und hierfür nicht für die Versteuerung optiert (Art. 8 Abs. 2 Bst. a aMWSTV, Art. 9 Abs. 2 Bst. a aMWSTG). Mehrwertsteuerliche Bemessungsgrundlage bildet diesfalls der Preis (ohne den Wert des Bodens), wie er im Falle der Leistung an einen unabhängigen Dritten in Rechnung gestellt würde (Art. 26 Abs. 3 Bst. c aMWSTV, Art. 34 Abs. 4 aMWSTG). Im Sinne einer annäherungsweisen Ermittlung lässt die ESTV die Berechnung anhand der Anlagekosten (ohne den Wert des Bodens) zu (Wegleitung 2001 zur Mehrwertsteuer, ESTV, Sommer 2000, Rz. 488; vgl. auch Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige, ESTV, Frühling 1997 [Wegleitung 1997], Rz. 490).
2.2.1. Gemäss der bis Ende 2004 geltenden Verwaltungspraxis umfassten die Anlagekosten sämtliche Grundstücks-, Planungs- und Baukosten (inkl. Aufwendungen für allfällige Abbrucharbeiten), den Wert der Umgebungsarbeiten, die Bauzinsen (Fremd- und Eigenkapitalzinsen), die allgemeinen Geschäftsunkosten (z. B. der anteilsmässige Verwaltungsaufwand) sowie alle Gebühren im Zusammenhang mit der Erstellung der Bauwerke (vgl. Branchenbroschüre Nr. 4 der ESTV, Baugewerbe, August 2000, Rz. 17.3 - 17.5; Spezialbroschüre Nr. 4 der ESTV, Eigenverbrauch, Juli 2000, Rz. 7.3.3 - 7.3.5; s. a. Wegleitung 1997, Rz. 490a).
2.2.2. Per 1. Januar 2005 änderte die ESTV ihre Praxis betreffend die Steuerberechnungsgrundlage. Neu mussten Baukredit- und andere Kreditzinsen, Kreditkommissionen (Bauzinsen), Baubewilligungs- und Baupolizeigebühren, die in der Regel einmalig zu zahlenden Anschlussgebühren für Strom, Gas, Wasser, Kanalisation, Telekommunikation, Prämien für die Bauherrenhaftpflicht- und Bauwesenversicherung, Prämien für die Gebäudeversicherung während der Bauphase, Ersatzabgaben an die öffentliche Hand (z. B. für Schutzräume und Parkplätze) und die Schätzungskosten der kantonalen Gebäudeversicherung oder von andern Dritten nicht mehr in die Anlagekosten einbezogen werden (Broschüre "Praxisänderungen ab 1. Januar 2005" der ESTV, Rz. 2.2.2).
3.1. Die aMWSTV und das aMWSTG stellen hohe Anforderungen an den Steuerpflichtigen, indem sie ihm wesentliche, in anderen Veranlagungsverfahren der Steuerbehörde obliegende Pflichten übertragen (sog. Selbstveranlagungsprinzip; vgl. Art. 37 f. aMWSTV bzw. Art. 46 f. aMWSTG, vgl. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 421 ff.). So hat er selber zu bestimmen, ob er die Voraussetzungen für die Steuerpflicht erfüllt (Art. 45 aMWSTV, Art. 56 aMWSTG), und er ist für die korrekte (vollständige und rechtzeitige) Deklaration und die Ablieferung des geschuldeten Mehrwertsteuerbetrags verantwortlich (Art. 34 ff. aMWSTV, Art. 43 ff. aMWSTG; vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.1; statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 6150/2007 vom 26. Februar 2009 E. 2.4, A-1636/2006 und A 1637/2006 vom 2. Juli 2007 E. 2.1).
Als Folge des Selbstveranlagungsprinzips ist der Steuerpflichtige auch an seine Abrechnung gebunden, wenn er in Bezug auf Steuerpflicht, Steuerbetrag, Abzüge usw. keinen Vorbehalt anbringt. Er kann deshalb auf die Abrechnung bzw. Selbstveranlagung - ausser in den gesetzlich vorgesehenen Fällen - nicht mehr zurückkommen (Urteile des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, veröffentlicht in Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 74 S. 672 E. 3.4.3.3, 2C_356/2008 vom 21. November 2008 E. 3.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-3198/2009 vom 2. September 2010 E. 2.4.1, A-6743/2009 vom 3. Mai 2010 E. 3.1, A 4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 2.4, A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.2).
3.2. Der Abrechnung des Steuerpflichtigen kommt zwar nicht die Bedeutung eines verbindlichen Entscheids im Sinn von Art. 51 aMWSTV bzw. Art. 63 aMWSTG zu; die Wirkungen der Selbstveranlagung gegenüber dem Pflichtigen entsprechen jedoch weitgehend denjenigen einer rechtskräftigen Verfügung, wenn er keinen Vorbehalt angebracht und damit kundgetan hat, dass er die eigene Erklärung gegen sich selber gelten lassen will (Urteile des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 5.3 und 2C_256/2008 vom 21. November 2008 E. 3.2; BGE 135 II 274 E. 5.3.2; vgl. auch Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.2, A-1391/2006 vom 16. Januar 2008 E. 2.2). Die Bindungswirkung erfolgt nicht aus der (allenfalls gesetzwidrigen) Verwaltungspraxis, sondern aus der vorbehaltlosen Deklaration (Urteile des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 5.3, vom 2. Juni 2003, veröffentlicht in ASA 74 S. 674 E. 3.4.3.8).
3.3.
3.3.1. Nach Lehre und Rechtsprechung ist der Vorbehalt zunächst eine einseitige Willensäusserung des Steuerpflichtigen, wobei an die (formellen) Voraussetzungen keine hohen Anforderungen zu stellen sind. Der schlichte Hinweis "unter Vorbehalt" oder lediglich "Vorbehalt" am entsprechenden richtigen Ort auf der Abrechnung wäre ausreichend (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.3; Sandra Knopp Pisi, Das Selbstveranlagungsprinzip bei der Mehrwertsteuer - insbesondere die Bedeutung der Abrechnung mit oder ohne Vorbehalt, veröffentlicht in ASA 74 S. 389 ff., S. 394 Ziff. 3.2). Gemäss Knopp stellt die Zahlung unter Vorbehalt nichts anderes dar als eine Bestreitung (S. 394 Ziff. 3.2); zudem muss der Steuerpflichtige, um die Mehrwertsteuer zurückerstattet zu erhalten, im nachfolgenden Rechtsmittelverfahren Recht bekommen (Dorian Zardin/Cedric Samuel Ruepp/Simeon L. Probst, Rückforderung zu Unrecht bezahlter MWST - Eine Analyse der neusten Rechtsprechung des Bundesgerichts, in: Der Schweizer Treuhänder [ST] 2004 S. 125 Ziff. 6). Wellauer - allerdings noch zum Warenumsatzsteuerrecht - geht in die selbe Richtung (Wilhelm Wellauer, Die eidgenössische Warenumsatzsteuer, Basel 1959, S. 407 Rz. 830).
3.3.2. Bei den übrigen "indirekten" oder ähnlich ausgestalteten Steuern wird dieselbe Ansicht vertreten: der Vorbehalt muss eine ausdrückliche Bestreitung darstellen, wonach die in Frage stehende Forderung nicht geschuldet ist (Hans-Peter Hochreutener, in Xavier Oberson/Pascal Hinny [Hrsg.], Kommentar Stempelabgaben, Zürich/Basel/Genf 2006, Rn. 76 in fine zu Art. 38; Conrad Stockar, in Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band II/3, Bundesgesetz über die Stempelabgaben [StG], Rz. 11 zu Art. 34). Für den Bereich der Verrechnungssteuer gilt dasselbe: der Vorbehalt ist eine Entrichtung der Steuer unter expliziter Bestreitung (Conrad Stockar, in Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band II/2, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer [StG], Rz. 13 zu Art. 38; vgl. auch W. Robert Pfund, Die Eidgenössische Verrechnungssteuer, I. Teil, Basel 1971, S. 455 Rz. 5.4 zu Vorbemerkung zu Art. 17).
Zudem hat das Bundesgericht in seinem Grundsatzurteil vom 2. Juni 2003 in diesem Zusammenhang erwogen: "Auf die Frage, wie es sich verhält, wenn eine rechtzeitige Anfechtung (durch Anbringen eines Vorbehalts, Verlangen eines anfechtbaren Entscheids usw.) erfolgte, ..." (Urteil des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, a.a.O., E. 3.4.3.8). In E. 3.4.3.2 desselben Urteils wird ausgeführt: "Demnach hat der Steuerpflichtige auch selber darüber zu befinden, ob er die von ihm geschuldete Steuer vorbehaltlos, d.h. aufgrund der geltenden Praxis abliefern will, oder ob er, wenn er sich mit dem einen oder anderen Punkt nicht einverstanden erklärt, dies unter Vorbehalt tun will". Daraus wird deutlich, dass für das Bundesgericht die rechtzeitige Bestreitung - gegen einen konkreten Punkt gerichtet - massgeblich ist. Mit dem Vorbehalt wird demnach die geltende Praxis bestritten, genauer gesagt die selbstdeklarierte Steuerforderung aufgrund der geltenden und vom Steuerpflichtigen bestrittenen Praxis (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1145/2011 vom 28. September 2011 E. 2.3, A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.5 etc.).
3.3.3. Mit Bezug auf Praxisänderungen ist das Bundesgericht stets davon ausgegangen, dass eine Rückerstattung und somit die rückwirkende Anwendung einer neuen (milderen) Praxis nur in Frage kommt, wenn der Mehrwertsteuerpflichtige den nach der früheren Praxis geschuldeten Steuerbetrag rechtswirksam angefochten oder unter Vorbehalt bezahlt hat (Urteil des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, a.a.O., E. 3.4.3.7; so bereits BGE 102 Ib 45 E. 1b). Ein Steuerpflichtiger, der bisher vorbehaltlos aufgrund der alten Verwaltungspraxis die Mehrwertsteuer abgerechnet hat, kann sie somit bei einer Änderung der Praxis nicht zurückfordern (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl., Bern, 2003, Rz. 1734). Dies verstösst nicht gegen das Rechtsgleichheitsgebot gemäss Art. 8 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101), welches verlangt, dass gleiche Sachverhalte mit gleichen relevanten Tatsachen gleich zu behandeln sind (Urteil des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, a.a.O., E. 3.4.3.7 f. mit weiteren Hinweisen; BVGE 2007/14 E. 2.4; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 1145/2011 vom 28. September 2011 E. 2.4, A-382/2010 vom 21. September 2010 E. 2.5.3, A-4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 2.4).
3.3.4. Zusammenfassend gibt eine steuerpflichtige Person, die einen Vorbehalt anbringt, zu erkennen, sie bestreite explizit die geltende Praxis und damit die Steuer und sie strenge hierüber implizit den Erlass eines anfechtbaren Entscheids an. Vorbehalte, die diese Voraussetzungen nicht erfüllen, müssen im Mehrwertsteuerrecht als unbegründet und unzulässig betrachtet werden. Dies gilt namentlich auch für einen Vorbehalt, der lediglich im Sinn einer Absicherung angebracht wird und den Steuerpflichtigen vor dem Risiko allfälliger zukünftiger Praxis-, Rechtsprechungs- oder Gesetzesänderungen schützen soll. Aufgrund der Komplexität der Materie und der Tatsache, dass der Steuerpflichtige an die Bezahlung der Steuer ohne Vorbehalt gebunden ist, ist das Anbringen eines Vorbehalts durchaus nachvollziehbar (vgl. auch Othmar Sieber, Wirkung der vorbehaltlosen Zahlung einer Ergänzungsabrechnung; Ungleich lange Spiesse bei der MWST?, veröffentlicht in: Der ST 2004 S. 891 f. Ziff. 2.1). Dies vermag aber an den genannten Anforderungen an einen begründeten und zulässigen Vorbehalt nichts zu ändern (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1145/2011 vom 28. September 2011 E. 2.4, A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.6).
Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1479/2006 vom 10. September 2008 E. 1.3, A-1469/2006 vom 7. Mai 2008 E. 1.4, je mit weiteren Hinweisen). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für Tatsachen, welche die Steuerpflicht als solche begründen oder die Steuerforderung erhöhen, das heisst für die steuerbegründenden und steuererhöhenden Tatsachen. Demgegenüber ist der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und steuermindernden Tatsachen beweisbelastet, das heisst für solche Tatsachen, welche Steuerbefreiung oder Steuerbegünstigung bewirken (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, veröffentlicht in ASA 75 S. 495 ff. E. 5.4; BVGE 2009/60 E. 2.1.3; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1344/2011 und A-3285/2011 vom 26. September 2011 E. 4, A 3409/2010 vom 4. April 2011 E. 4.3).
Im vorliegenden Fall verlangt die Beschwerdeführerin die Rückerstattung von abgelieferten Mehrwertsteuern betreffend die Jahre 1995 bis 2004, da die von der ESTV per 1. Januar 2005 neu eingeführte (mildere) Praxis zur Berechnung der Steuer auf dem baugewerblichen Eigenverbrauch rückwirkend angewendet werden könne. Dies sei vorliegend möglich, weil sie zur entsprechenden alten Praxis der ESTV rechtzeitig einen Vorbehalt angebracht habe.
Zu prüfen ist zunächst, wofür vorliegend die erwähnte Praxisänderung der ESTV rückwirkend zur Anwendung kommen kann.
5.1.
5.1.1. Die ESTV hat ihre Praxis im Zusammenhang mit der Bemessungsgrundlage des Eigenverbrauchs nach Art. 9 Abs. 2 Bst. a aMWSTG auf den 1. Januar 2005 dahingehend geändert, dass zur annäherungsweisen Ermittlung des Drittpreises ohne Boden verschiedene Gebühren, Prämien und Kosten (insbesondere Bauzinsen) nicht mehr in die Anlagekosten einzubeziehen waren (vgl. E. 2.2.2).
In der Broschüre "Praxisänderungen ab 1. Januar 2005" hat die ESTV explizit festgehalten, die neue Verwaltungspraxis trete am 1. Januar 2005 in Kraft. Bis Ende Dezember 2004 galt demgegenüber noch die alte, strengere Praxis. Allerdings hat die Verwaltung die neue, mildere Praxis nicht nur für sämtliche Quartale ab Januar 2005 angewendet, sondern auch auf alle per 1. Januar 2005 pendenten bestrittenen Fälle, sofern ein Entscheid- oder Einspracheverfahren hängig war, weil z. B. die Deklaration der betreffenden Umsätze oder die Bezahlung der darauf entfallenden Steuer unter Vorbehalt vorgenommen oder eine mittels EA geltend gemachte Steuernachforderung bestritten wurde, oder sofern die steuerpflichtige Person die bisherige Praxis nicht angewendet und deswegen eine Steuernachbelastung mittels EA erhalten hat, welche sie jedoch nicht oder nur unter Vorbehalt bezahlt hat (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 4.2)
5.1.2. Gegen die geschilderte Behandlungsweise durch die ESTV ist nichts einzuwenden. Damit hat sie lediglich die ständige Rechtsprechung des Bundesgerichts umgesetzt, wonach eine Praxisänderung grundsätzlich sofort für alle zukünftigen Sachverhalte zu berücksichtigen ist und eine neue (mildere) Praxis nur dann rückwirkend Anwendung findet, wenn der Mehrwertsteuerpflichtige den nach der früheren Praxis geschuldeten Steuerbetrag rechtswirksam angefochten oder unter Vorbehalt bezahlt hat (E. 3.3.3). Dass es sich dabei nicht um eine Praxisänderung handelt, welche die ESTV infolge einer gerichtlichen Überprüfung der alten Praxis vornehmen musste, sondern um eine von ihr selbst veranlasste, ist nicht massgeblich. Vielmehr erweist sich die erwähnte Handhabung in casu als sachgerechte und sinnvolle Lösung (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 4.2).
In der Folge ist zu klären, ob die Beschwerdeführerin die entsprechende Steuer tatsächlich nur unter Vorbehalt bezahlt hat.
5.2. Im Schreiben vom 21. Dezember 2001 legte die X._______ für die Beschwerdeführerin dar, sie stimme der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs durch die ESTV grundsätzlich zu. Sie müsse "einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt anbringen". Da diese Frage gemäss ihren Informationen Gegenstand eines Parallelverfahrens sei, beantrage sie eine Sistierung, bis in diesem Fall ein Entscheid ergangen sei. Entgegen der ursprünglichen Ansicht der ESTV im Entscheid vom 25. Juni 2009 war die X._______ zu dieser Eingabe - auch ohne Vorliegen einer schriftlichen Vollmacht - gehörig bevollmächtigt. Das VwVG schreibt eine schriftliche Vollmacht nicht ausdrücklich vor. Grundsätzlich ist daher auch eine mündliche oder durch konkludentes Handeln erteilte Vertretungsvollmacht gültig (Vera Marantelli-Sonanini/Said Huber, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zürich/Basel/Genf 2009, Art. 11 N 21 mit Verweis auf BGE 99 V 177 E. 3). Da die X._______ als Vertreterin zusammen mit Angestellten der Beschwerdeführerin an Verhandlungen mit der ESTV teilgenommen und im erwähnten Schreiben vom 21. Dezember 2001 im Namen der Beschwerdeführerin die Besprechungen zusammengefasst hat, kann ohne Weiteres auf ein gültiges Vertretungsverhältnis geschlossen werden. Dies hat die ESTV im vorliegenden Beschwerdeverfahren zu Recht anerkannt. Im Weiteren erfüllt der angebrachte Vorbehalt die an einen solchen nach der Rechtsprechung gestellten Anforderungen (E. 3.3.1).
Zusammenfassend hat die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 21. Dezember 2001 einen Vorbehalt angebracht und damit die (alte) Praxis der ESTV bestritten, wonach bei der Ermittlung des baugewerblichen Eigenverbrauchs die Bauzinsen noch in die Bemessungsgrundlage einzubeziehen waren. Sie hat damit die Mehrwertsteuer nur unter diesem Vorbehalt bezahlt. Zu prüfen ist nun, ob und allenfalls bis wann die Beschwerdeführerin diesen Vorbehalt aufrechterhalten hat.
5.3.
5.3.1. Für das Anbringen eines gültigen Vorbehalts müssen zwar keine hohen, aber dennoch gewisse formelle Anforderungen erfüllt werden (E. 3.3.1). Insbesondere wird verlangt, dass er schriftlich angebracht wird. Gemäss dem Grundsatz der Parallelität der Form (vgl. dazu Urteil des Bundesgerichts 2C_115/2007 vom 11. Februar 2008 E. 4.2) muss dies auch für den Rückzug des Vorbehalts gelten. Dies ergibt sich im Übrigen bereits aus dem Grundsatz der Schriftlichkeit des Verfahrens. Analog zum Rückzug der Einsprache hat grundsätzlich auch der Rückzug eines Vorbehalts bzw. der Bestreitung einer Praxis der ESTV (vgl. E. 3.3.4) schriftlich oder anlässlich einer Parteiverhandlung mündlich zu Protokoll zu erfolgen. Insbesondere kann der Vorbehalt nicht stillschweigend zurückgenommen werden (vgl. zum Rückzug der Einsprache: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1625/2006 vom 15. Dezember 2008 E. 2.2), jedenfalls nicht im Bestreitungsfall. Dies dient nicht zuletzt der Rechtssicherheit, die gerade in einem Massenverfahren wie der Mehrwertsteuer von entscheidender Bedeutung ist. Im Übrigen ist zu beachten, dass der Rückzug eines geltend gemachten Vorbehalts eine steuermehrende Tatsache darstellt, wofür die ESTV die Beweislast trägt (E. 4). Wie auch sonst im Steuerverfahren üblich, hat der entsprechende Nachweis grundsätzlich schriftlich zu erfolgen.
5.3.2. Ein schriftlicher Rückzug des geltend gemachten Vorbehalts kann den vorliegenden Akten nicht entnommen werden. Die Behauptung der ESTV, die Beschwerdeführerin habe anlässlich der Besprechungen vom 15. April und 18. Juni 2002 den Vorbehalt (mündlich) zurückgenommen, kann somit mangels schriftlichem Nachweis nicht stichhaltig sein. Die interne Notiz des zuständigen Inspektors vom 19. Juni 2002 (amtl. Akten Nr. 16) mit dem Vermerk "Baugewerblicher Eigenverbrauch akzeptiert, Rechtsverfahren einstellen" vermag daran nichts zu ändern, da er nicht von der Beschwerdeführerin stammt und diese überhaupt keine Kenntnis davon hatte.
Auch aus dem Umstand, dass die Beschwerdeführerin nach der Anfrage der ESTV vom 15. Februar 2002, ob sie u.a. zum Punkt "baugewerblicher Eigenverbrauch" einen anfechtbaren Entscheid wünsche (amtl. Akten Nr. 13), in ihrem Schreiben vom 12. Juli 2002 jedoch nur zu anderen Nachforderungen einen solchen verlangte und diesen Punkt nicht erwähnte, kann nicht auf einen Rückzug des bereits rechtsgültig gemachten Vorbehalts geschlossen werden. Gleich wie für die Anbringung eines Vorbehalts bzw. für eine Bestreitung hat der Rückzug explizit zu erfolgen (vgl. E. 3.3.2 und 3.3.4). Dies war vorliegend auf jeden Fall nicht erfüllt. Im Weiteren kann die Nichtanfechtung des Abschreibungsbeschlusses vom 27. Februar 2003 von vornherein kein Rückzug des Vorbehalts darstellen, da jener insbesondere nicht stillschweigend erfolgen kann (E. 5.3.1). Zudem hat die ESTV ohnehin zu Unrecht einen Abschreibungsbeschluss erlassen (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1625/2006 vom 15. Dezember 2008 E. 7.1).
Im Übrigen vermag auch die Publikation des Entscheids der SRK vom 12. August 2002 (veröffentlicht in VPB 67.18), in dem diese die Rechtmässigkeit des Miteinbezugs der Finanzierungskosten in die Bemessungsgrundlage des baugewerblichen Eigenverbrauchs bestätigt hat (vgl. E. 5b des Entscheids), nichts am Resultat zu ändern, dass die Beschwerdeführerin den Vorbehalt nicht zurückgezogen hat. Einerseits kann - wie bereits erwähnt - der Rückzug grundsätzlich nicht stillschweigend erfolgen. Andererseits ist der von der ESTV gezogene Schluss, die Beschwerdeführerin halte nicht mehr an ihrem Vorbehalt fest, weil die SRK in einem Verfahren eines Dritten die Rechtmässigkeit der Praxis der ESTV festgestellt habe, ohnehin nicht zwingend. Dies muss insbesondere deshalb gelten, weil nicht die (damalige) SRK, sondern das Bundesgericht letztinstanzlich entscheidet. Die Beschwerdeführerin hat ihren Vorbehalt vom 21. Dezember 2001 demnach nie zurückgezogen.
5.4. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Äusserungen im Verkehr zwischen Behörden und Privaten so zu interpretieren, wie die jeweils andere Seite sie nach Treu und Glauben verstehen durfte und musste (Urteil des Bundesgerichts 1P.551/2004 vom 10. Februar 2005 E. 3.1; BGE 124 II 265 E. 4a, 113 Ia 225 E. 1b/bb). Entgegen der Ansicht der ESTV bezog sich der Vorbehalt vom 21. Dezember 2001 nicht nur auf die von ihr kontrollierten Steuerperioden vom 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 2001. Die Beschwerdeführerin bestritt mit dem Vorbehalt die Rechtmässigkeit der (alten) Praxis der ESTV, die Bauzinsen bei der Ermittlung des baugewerblichen Eigenverbrauchs mit einzubeziehen (E. 2.2.1). Da sich die Frage des Einbezugs der Bauzinsen auch in künftigen Steuerperioden stellte, musste die ESTV davon ausgehen, der Vorbehalt gelte auch für diese. Es hätte zwar der Klarheit gedient, wenn die Beschwerdeführerin in den nachfolgenden Abrechnungen den Vorbehalt jeweils wiederholt hätte. Diesen aufgrund der blossen Nichtwiederholung in den Jahren 2002 bis 2004 nicht mehr zu berücksichtigen, müsste jedoch als überspitzt formalistisch angesehen werden (vgl. zum überspitzten Formalismus: Urteil des Bundesgerichts 2C_550/2007 vom 25. Februar 2008 E. 5.3, BGE 127 I 31 E. 2a/bb). Es hätte an der ESTV gelegen, durch einen Entscheid in der Sache über den Vorbehalt bzw. die bestrittene Praxis zu befinden.
Der Vorbehalt vom 21. Dezember 2001 hat damit für die gesamte geltend gemachte Zeit von 1995 bis und mit 2004 Gültigkeit. Damit war diesbezüglich per 1. Januar 2005 ein Entscheidverfahren hängig. In der Folge ist für diese Zeit die neue Praxis der ESTV (rückwirkend) anzuwenden (vgl. E. 5.1.1).
5.5. Die Beschwerdeführerin beantragt die Rückerstattung von Fr. 1'855'514.-- Mehrwertsteuer zuzüglich Vergütungszins. Die ESTV ist dagegen der Ansicht, die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Beträge seien in zahlenmässiger Hinsicht nicht nachvollziehbar. Insbesondere bezüglich der Jahre 2002 bis 2004 sei die ESTV nur gerade im Besitz der MWST-Abrechnungen, ohne weitere Detaillierung wie sich der Eigenverbrauch zusammensetzt. Dieser Einwand ist zutreffend (vgl. amtl. Akten Nr. 21 ff. mit den entsprechenden Abrechnungen). Die ESTV hat deshalb weitere Abklärungen zu treffen und den Rückforderungsanspruch zu berechnen. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im Sinn der Erwägungen gutzuheissen, der Einspracheentscheid vom 13. April 2011 aufzuheben und die Sache an die ESTV zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids zurückzuweisen. Bei diesem Resultat muss auf den Eventualantrag der Beschwerdeführerin nicht mehr eingegangen werden.
Die Beschwerde wird im Sinn der Erwägungen gutgeheissen.
Der Einspracheentscheid der Vorinstanz vom 13. April 2011 wird aufgehoben und die Sache zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
Es werden keine Verfahrenskosten erhoben. Der Kostenvorschuss von Fr. 30'000.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.
Die Vorinstanz wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 45'000.-- zu entrichten.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Der Gerichtsschreiber: Markus Metz Jürg Steiger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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