Aus den Erwägungen:
Die Strafbehörde legt im Endentscheid die Kostenfolgen fest (Art. 421 StPO). Sie kann diese Festlegung namentlich in Entscheiden über die teilweise Einstellung des Verfahrens vorwegnehmen (Art. 421 Abs. 2 lit. b StPO). Festzusetzen und zu verlegen sind einerseits die Verfahrenskosten, welche sich aus Gebühren und Auslagen zusammensetzen, die dem Staat durch die Führung der Strafverfahren entstehen (Art. 422-428 StPO). Anderseits ist festzulegen, ob und in welchem Ausmass den am Verfahren beteiligten Personen eine Entschädigung für effektive Aufwendungen und allenfalls eine Genugtuung zu bezahlen ist (Art. 429-436 StPO). Betraglich nicht festzusetzen sind dagegen Parteikosten, die bei der Partei verbleiben, die also weder vom Staat übernommen noch von der Gegenpartei zu entschädigen sind (vgl. Beschluss des damaligen Obergerichts 2N 12 69 vom 11.9.2012 E. 4). Im vorliegenden Beschwerdeverfahren geht es hauptsächlich um die Frage, ob die Staatsanwaltschaft Entschädigung und Genugtuung für den Beschwerdeführer gestützt auf Art. 421 Abs. 2 lit. b StPO in der angefochtenen Verfügung, bei der Gegenstand Teileinstellungen und eine Nichtanhandnahme waren, hätte festsetzen und verlegen müssen bzw. ob es zulässig war, den Entscheid über die Verlegung der Verfahrens- und Parteikosten (Entschädigung und Genugtuung) gestützt auf Art. 421 Abs. 1 StPO dem Kriminalgericht vorzubehalten.
Je nach dem, ob im Gerichtsverfahren der von der Staatsanwaltschaft festgestellte Sachverhalt unter den Tatbestand des Angriffs nach Art. 134 StGB und denjenigen der Widerhandlungen gegen das Waffengesetz nach Art. 33 WG subsumiert werden kann, wird eine Verurteilung des Beschwerdeführers oder dessen Freispruch von Schuld und Strafe erfolgen. Da im heutigen Zeitpunkt ungewiss ist, ob der Beschuldigte kostenpflichtig wird oder nicht, stand es im pflichtgemässen Ermessen der Staatsanwaltschaft, die Kosten nach Art. 422 ff. und 429 ff. StPO mit dem Endentscheid zu verlegen. Dem Beschwerdeführer wird nämlich konkret vorgeworfen, sich aus Rache für einen vorgängig von einem Brasilianer ausgeteilten Faustschlag an einer nicht nur handgreiflichen, sondern auch mit einem Pfefferspray, Klappmesser und Hammer ausgeführten Auseinandersetzung aktiv beteiligt zu haben. Hinzu kommt beim Beschwerdeführer der konkrete Vorwurf des illegalen Erwerbs und Besitzes sowie des Mitführens und Tragens einer Schlagrute nach Art. 5, 7 und 33 des Waffengesetzes i.V.m. Art. 12 der Waffenverordnung. Die Schlagrute wurde aus dem Motorfahrzeug des Beschwerdeführers beschlagnahmt. Der Tatbestand betreffend mehrfachen Verstoss gegen das Waffengesetz und derjenige von Art. 134 StGB, wonach sich derjenige, der sich an einem den Tod oder die Körperverletzung eines Menschen herbeiführenden Angriff auf einen oder mehrere Menschen beteiligt, strafbar macht, könnten erfüllt sein. Zudem wird das Kriminalgericht hauptsächlich den gleichen Sachverhaltskomplex, wie dieser schon der Staatsanwaltschaft zugrunde gelegen hat, zu beurteilen haben. Bei der Aufteilung der Kosten ist grundsätzlich nach Sachverhalten und nicht nach Tatbeständen aufzuschlüsseln. Deshalb hat eine teilweise verurteilte Person die gesamten Kosten zu tragen, wenn ihr Verhalten demselben Sachverhaltskomplex zuzurechnen ist. Eine Verurteilung, die aufgrund anderer Gesetzesbestimmungen als zu Beginn der Untersuchung angenommen ausgesprochen wird, ändert nichts daran, dass es aufgrund des gleichen Sachverhalts zu einer Verurteilung kommt (LGVE 2002 I Nr. 64). Etwas Anderes sieht auch die Schweizerische Strafprozessordnung nicht vor, zumal keine Bestimmung der StPO dies verbietet. Vielmehr wird auch im Schrifttum im Zusammenhang mit Entscheiden über die teilweise Einstellung des Verfahrens nach Art. 421 Abs. 2 lit. b StPO die Lehrmeinung vertreten, dass ein Kostenentscheid aufgrund des Sachzusammenhangs im Endentscheid als zweckmässig erscheint (Domeisen, Basler Komm., Basel 2011, Art. 421 StPO N 9). Es ist nicht sinnvoll, den Beschwerdeführer aufgrund des festgestellten Sachverhalts schon in der angefochtenen Teileinstellungs- bzw. Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft zu entschädigen, wenn es aufgrund desselben Sachverhalts wegen Angriffs und darüber hinaus wegen Verstosses gegen das Waffengesetz zu einer Anklage kommen wird. In diesem Zusammenhang führt die Oberstaatsanwaltschaft in ihrer Vernehmlassung vom 24. Juli 2013 zutreffend aus, dass die vom Beschwerdeführer ausgestandene Untersuchungshaft, die er während dieses oder eines anderen Verfahrens erlitten hat, nur ausnahmsweise entschädigt wird, da sie primär auf eine allfällige Strafe anzurechnen ist (Art. 51 StGB). Aus prozessökonomischer Sicht und unter dem Aspekt einer Gesamtbeurteilung der Kostenfrage durch eine Instanz ist es sachgerecht, wenn das Kriminalgericht bei der Kostenfestsetzung und -verlegung auch die Umstände der rechtskräftigen Einstellungen bzw. der rechtskräftigen Nichtanhandnahme der bloss untergeordneten Tatvorwürfe gemessen am Hauptvorwurf akzessorisch mitberücksichtigen wird. Dies rechtfertigt sich hier umso mehr, als nach Darstellung der Oberstaatsanwaltschaft in deren Vernehmlassung vom 24. Juli 2013 Verfahrenseinstellungen teilweise lediglich aus Opportunitätsgründen erfolgt sind und mithin bei der Kostenverlegung nicht erheblich ins Gewicht fallen dürften. Schliesslich erfährt der Beschwerdeführer keinen Rechtsnachteil durch das Vorgehen der Staatsanwaltschaft in der angefochtenen Verfügung betreffend den Kostenpunkt. Denn wie diese in ihrer Vernehmlassung vom 24. Juli 2013 ausführt, wird der Beschwerdeführer im Rahmen seines Gehörsanspruchs vor dem Kriminalgericht allfällige Anträge auf Entschädigung und Genugtuung stellen und begründen können (Art. 346 StPO). Das Vorgehen der Staatsanwaltschaft im Kostenpunkt ist somit nicht zu beanstanden. Dagegen spricht auch nicht Art. 421 Abs. 2 lit. b StPO, der die Festlegung der Kosten bei Entscheiden über die teilweise Einstellung des Verfahrens dem pflichtgemässen Ermessen der Staatsanwaltschaft vorbehält (Kann-Formulierung; Domeisen, a.a.O., Art. 421 StPO N 7). Im Gegenteil wird hier dem Grundsatz, wonach die Strafbehörde die Kostenfolgen im Endentscheid festzulegen hat, Beachtung geschenkt (Art. 421 Abs. 1 StPO). Die Beschwerde ist daher abzuweisen.