Aus den Erwägungen:
1.1.
Die Staatsanwaltschaft Abteilung 4 Spezialdelikte (nachfolgend: Staatsanwaltschaft) führt derzeit unter dem Aktionsnamen "A." eine umfangreiche Strafuntersuchung unter anderem gegen B. (nachfolgend: Beschuldigter) wegen mehrfachen Betrugs. Aus diesem Grund ersuchte der Kanton Obwalden die Staatsanwaltschaft in Anwendung von Art. 34 Abs. 1 der Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) um Übernahme eines Strafverfahrens gegen den Beschuldigten, worin ihm eine Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz (SVG; SR 741.01) zur Last gelegt wird. Die Staatsanwaltschaft entsprach dem Übernahmegesuch und führte die Untersuchung betreffend das übernommene Strassenverkehrsdelikt unter Akten-Nr. z.
Mit Strafbefehl vom 20. Februar 2015 wurde der Beschuldigte von der Staatsanwaltschaft wegen des Überschreitens der signalisierten Höchstgeschwindigkeit auf Autostrasse, begangen am 12. Oktober 2014 in Z., mit einer Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu je Fr. 50.-- bestraft. Gegen den Strafbefehl erhob der Beschuldigte fristgemäss Einsprache. Die Staatsanwaltschaft hielt in der Folge am Strafbefehl fest und überwies ihn am 21. August 2015 zur Durchführung des Hauptverfahrens an das Bezirksgericht Hochdorf. Mit Beschluss vom 20. Oktober 2015 hob das Bezirksgericht Hochdorf den Strafbefehl auf und wies den Fall im Hinblick auf die Ausfällung einer Gesamtstrafe nach Art. 49 Abs. 1 des Schweizerischen Strafgesetzbuchs (StGB; SR 311.0) an die Staatsanwaltschaft zurück.
1.2.
Gegen den Beschluss der Vorinstanz erhob die Oberstaatsanwaltschaft am 30. Oktober 2015 fristgerecht Beschwerde mit dem Antrag, den Beschluss aufzuheben und die Strafsache dem Bezirksgericht Hochdorf zuständigkeitshalber zur Beurteilung zurückzuweisen.
(…)
3.
3.1.
Die Vorinstanz begründete die Ungültigkeit und die Rückweisung des Strafbefehls vom 20. Februar 2015 zusammenfassend damit, dass die Staatsanwaltschaft das dem Strafbefehl zugrunde liegende Verfahren (wegen des Strassenverkehrsdelikts) nicht vom weiterhin hängigen Verfahren "A." abtrennen könne, ohne dass dabei die örtliche Zuständigkeit für das Strassenverkehrsdelikt im Kanton Luzern verlustig gehe. Art. 29 und Art. 30 StPO, worauf sich die Staatsanwaltschaft berufe, bezögen sich auf die sachliche Zuständigkeit und könnten nur im innerkantonalen Bereich zur Anwendung gelangen, also nur wenn mehrere Straftaten im gleichen Kanton verübt worden seien. Seien Straftaten in verschiedenen Kantonen verübt worden, so betreffe dies die vorab zu prüfende örtliche Zuständigkeit, welche in den Art. 31 ff. StPO geregelt sei. Vorliegend könnten daher die Art. 29 und 30 StPO von vornherein nicht zur Anwendung gelangen. Vielmehr sei von den Gerichtsstandsregeln nach Art. 31 ff. StPO auszugehen. Die Vereinigung der Strafverfahren im Kanton Luzern nach Art. 34 Abs. 1 StPO sei im Hinblick auf Art. 49 Abs. 1 StGB erfolgt. Damit solle eine Gesamtstrafe ermöglicht werden. Nur aus diesem Grund habe sich die Vereinigung der Strafverfahren gerechtfertigt. Wenn der Sachverhalt bezüglich der Geschwindigkeitsverletzung aus dem Gesamtkontext herausgelöst werde, sei wieder vom normalen Gerichtsstand des Tatorts auszugehen, welcher im Kanton Obwalden liege. Aus diesem Grund erweise sich der Strafbefehl vom 20. Februar 2015 wegen örtlicher Unzuständigkeit als ungültig, womit er gestützt auf Art. 356 Abs. 5 StPO aufzuheben und der Fall im Hinblick auf die Ausfällung einer Gesamtstrafe nach Art. 49 Abs. 1 StGB an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen sei.
Die Oberstaatsanwaltschaft rügt die vorinstanzliche Auffassung, wonach sich die Vereinigung von zwei Strafverfahren unter dem Titel von Art. 34 Abs. 1 StPO nur zum Zwecke der Ausfällung einer Gesamtstrafe nach Art. 49 Abs. 1 StGB rechtfertige. Art. 30 StPO sei entgegen den Ausführungen der Vorinstanz auch auf die interkantonale örtliche Zuständigkeit anwendbar. Der gesetzliche Gerichtsstand für sämtliche dem Beschuldigten zur Last gelegten Delikte befinde sich nach der Verfahrensübernahme im Kanton Luzern. Nach der Übernahme des Verfahrens vom Kanton Obwalden sei die Staatsanwaltschaft aus sachlich gerechtfertigten Gründen zum Schluss gekommen, das Verfahren in Sachen SVG-Widerhandlung vom übrigen umfangreichen Verfahrenskomplex nach Massgabe von Art. 30 StPO abzutrennen. Der Strafbefehl vom 20. Februar 2015 sei daher von der örtlich und sachlich dafür zuständigen Staatsanwaltschaft zu Recht erlassen worden und somit als gültig zu betrachten.
3.2.
Nach Art. 29 Abs. 1 lit. a StPO werden Straftaten gemeinsam verfolgt und beurteilt, wenn eine beschuldigte Person mehrere Straftaten verübt hat. Diese Bestimmung geht vom Grundsatz der Verfahrenseinheit aus. Dieses Prinzip bildet seit langem ein Wesensmerkmal des schweizerischen Straf- und Strafverfahrensrechts. Insbesondere unter dem Gesichtspunkt der sachlichen Zuständigkeit sollen mehrere Straftaten einer einzelnen Person in der Regel in einem einzigen Verfahren verfolgt und beurteilt werden. Art. 30 StPO sieht unter anderem vor, dass die Staatsanwaltschaft und die Gerichte aus sachlichen Gründen ausnahmsweise Strafverfahren trennen können. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung muss eine solche Verfahrenstrennung allerdings die Ausnahme bleiben. Die sachlichen Gründe müssen objektiv sein. Die Verfahrenstrennung soll dabei vor allem der Verfahrensbeschleunigung dienen bzw. eine unnötige Verzögerung vermeiden helfen (zum Ganzen BGE 138 IV 214 E. 3.2; BGer-Urteil 1B_86/2015 vom 21.7.2015 E. 2.1). In der Botschaft sowie in der Literatur wird als sachlicher Grund für die Verfahrenstrennung beispielhaft die bevorstehende Verjährung einzelner Straftaten genannt (Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21.12.2005, in: BBl 2006 1142; Bartetzko, Basler Komm., 2. Aufl. 2014, Art. 30 StPO N 3-5; Fingerhuth/Lieber, in: Komm. zur Schweizerischen Strafprozessordnung [Hrsg. Donatsch/Hansjakob/Lieber], 2. Aufl. 2014, Art. 30 StPO N 2; Riklin, Komm. Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, Art. 30 StPO N 2; Schmid, Praxiskomm. Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2013, Art. 30 StPO N 2).
Art. 34 Abs. 1 StPO sieht vor, dass für die Verfolgung und Beurteilung sämtlicher Taten die Behörden des Ortes zuständig sind, an dem die mit der schwersten Strafe bedrohte Tat begangen worden ist, sofern eine beschuldigte Person mehrere Straftaten an verschiedenen Orten verübt hat. Diese Bestimmung verkörpert damit ebenfalls den oben angesprochenen Grundsatz der Verfahrenseinheit (Bartetzko, a.a.O., Art. 34 StPO N 2; Fingerhuth/Lieber, a.a.O., Art. 34 StPO N 1). In der Lehre wird darauf hingewiesen, dass Art. 34 Abs. 1 StPO in Fällen von Realkonkurrenz insbesondere der Ausfällung einer Gesamtstrafe nach Art. 49 StGB dient (Bartetzko, a.a.O., Art. 34 N 2; Fingerhuth/Lieber, a.a.O., Art. 34 StPO N 1; Riklin, a.a.O., Art. 34 StPO N 2).
3.3.
Vorliegend hat die Staatsanwaltschaft die Strafverfahren in Anwendung von Art. 30 StPO getrennt. Sofern das Strassenverkehrsdelikt im Kanton Luzern begangen worden wäre, wäre eine solche Verfahrenstrennung nicht zu beanstanden. Das Strassenverkehrsdelikt ist spruchreif und weist keinen sachlichen Zusammenhang zur umfassenden Strafuntersuchung "A." auf. Der Beschuldigte hat im SVG-Strafverfahren auch einen anderen Verteidiger beigezogen. Eine beschleunigte und daher getrennte Beurteilung des Strassenverkehrsdelikts lässt sich auch vor dem Hintergrund rechtfertigen, dass ein SVG-Strafverfahren, welches häufig mit einem Administrativverfahren im Sinne von Art. 16a ff. SVG verbunden ist, zur Wahrung der Verkehrssicherheit möglichst zeitnah nach der Tatbegehung durchzuführen ist. Es erweist sich unter dem Aspekt der Verfahrensbeschleunigung und der Vermeidung unnötiger Verzögerungen als sachgerecht, das Strassenverkehrsdelikt separat zu beurteilen und nicht den – aller Voraussicht nach – langwierigen Abschluss der komplexen und umfangreichen Strafuntersuchung "A." abzuwarten.
Fraglich und nachfolgend zu klären ist allerdings, ob Art. 30 StPO überhaupt noch zur Anwendung gelangen kann, wenn zuvor Strafverfahren gemäss Art. 34 Abs. 1 StPO aus unterschiedlichen Kantonen zusammengeführt wurden.
3.3.1.
Das Bundesgericht hat sich zu dieser Frage soweit ersichtlich noch nicht ausdrücklich geäussert. Das Bundesstrafgericht führte in einem obiter dictum aus, dass die Staatsanwaltschaft, welche ein Verfahren gestützt auf Art. 34 StPO übernommen habe, nach Abschluss der Strafuntersuchung nicht in jedem Fall verpflichtet sei, die auf verschiedenen Sachverhalten beruhenden Untersuchungen gemeinsam beim erstinstanzlichen Gericht anzuklagen. Insbesondere verjährungsrechtliche Fragen oder die Komplexität eines Falls könnten die Trennung der Strafverfahren gebieten (Bundesstrafgericht BG.2013.17 vom 13.8.2013 E. 2.6). In der Lehre wird die Ansicht geäussert, dass die Art. 29 und 30 StPO in erster Linie die innerkantonale Zuständigkeit regelten (Bartetzko, a.a.O., Art. 29 StPO N 3; Fingerhuth/Lieber, a.a.O., Art. 29 StPO N 2; Riklin, a.a.O., Art. 29 StPO N 3; Schmid, a.a.O., Art. 29 StPO N 2). Trotzdem schliessen einige Stimmen eine Verfahrenstrennung nach Art. 30 StPO auch bei ursprünglich interkantonalen Anknüpfungspunkten nicht aus (Fingerhuth/Lieber, a.a.O., Art. 29 StPO N 2; Riklin, a.a.O., Art. 34 StPO N 2; Schmid, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2013, § 32 N 464). Als Zwischenfazit lässt sich an dieser Stelle festhalten, dass sich aus Rechtsprechung und Lehre für die hier zu klärende Frage somit kein eindeutiges Ergebnis ergibt.
3.3.2.
Art. 30 StPO ist, wie schon dargestellt, im Zusammenhang mit Art. 29 StPO als Ausnahme vom Grundsatz der Verfahrenseinheit zu verstehen. Die Art. 29 f. StPO sind in der Strafprozessordnung unter dem Kapitel "sachliche Zuständigkeit" im Abschnitt über die "Zuständigkeit beim Zusammentreffen mehrerer Straftaten" eingereiht. Der Gerichtsstand hingegen wird gemäss der Systematik der Strafprozessordnung in den Art. 31 - 42 StPO geregelt. Eine systematische Betrachtungsweise der Strafprozessordnung führt somit zum Schluss, dass die Art. 29 f. StPO die sachliche und die Art. 31 ff. StPO die örtliche Zuständigkeit regeln (so auch BGE 138 IV 214 E. 3.1).
Der Grundsatz der Verfahrenseinheit nach Art. 29 StPO sowie die nunmehr in Art. 30 StPO vorgesehenen Ausnahmen waren bei den Gesetzgebungsarbeiten ursprünglich im Kapitel über den örtlichen Gerichtsstand untergebracht (siehe auch BBl 2006 1141 f.). Um klarzustellen, dass diese Regeln auch dann gelten, wenn mehrere Straftaten im gleichen Kanton begangen werden, hat das Parlament sie in das Kapitel über die sachliche Zuständigkeit verschoben und einen besonderen Abschnitt über die Zuständigkeit beim Zusammentreffen mehrerer Straftaten geschaffen (vgl. Goldschmid/Maurer/Sollberger, Kommentierte Textausgabe zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Bern 2008, S. 26; Schmid, Handbuch a.a.O., § 32 Fn. 148). Die historische Auslegung der Art. 29 f. StPO deutet also darauf hin, dass die Schaffung der geltenden Systematik lediglich der Betonung des Grundsatzes der Verfahrenseinheit auch bei rein innerkantonaler Zuständigkeit geschuldet war, ohne dass der Gesetzgeber dabei davon abrücken wollte, eine Verfahrenstrennung auch in interkantonalen Verhältnissen weiterhin zu ermöglichen, so wie dies in der Botschaft vorgesehenen Gesetzesfassung unzweifelhaft möglich war.
Der Ausschluss einer Verfahrenstrennung bei ursprünglich nach Art. 34 Abs. 1 StPO zusammengeführten Verfahren würde bei bestimmten Konstellationen auch zu unhaltbaren Ergebnissen führen; etwa dann, wenn der von einem anderen Kanton übernommene Verfahrenskomplex unmittelbar vor der Verjährung stünde, während das im Kanton angehobene Verfahren zu diesem Zeitpunkt noch nicht anklagereif wäre. Wäre eine Trennung nach Art. 30 StPO nicht zulässig, müsste die Verjährung dieser Straftaten in Kauf genommen werden.
Dem Argument, die Vereinigung der Strafverfahren nach Art. 34 StPO habe sich nur im Hinblick auf die Ausfällung einer Gesamtstrafe im Sinne von Art. 49 StGB gerechtfertigt, kann nicht gefolgt werden. Denn mit Art. 34 Abs. 3 StPO und 49 Abs. 2 StGB bestehen hinreichende gesetzliche Korrektive, welche die Verhängung einer Gesamtstrafe auch in getrennten Verfahren gewährleisten. Ein auf Art. 49 StGB zurückgehender Anspruch auf eine Beurteilung mehrerer strafrechtlicher Vorwürfe in einem Verfahren besteht nicht (Fingerhuth/Lieber, a.a.O., Art. 30 StPO N 6).
Die Bestimmungen über den Gerichtsstand in den Art. 31 ff. StPO enthalten keine Regelung betreffend die Rückverlegung der örtlichen Zuständigkeit eines nach Art. 34 Abs. 1 StPO zusammengeführten Verfahrens im Falle einer Trennung nach Art. 30 StPO. Eine Rückführung des abgetrennten Verfahrens auf den ursprünglich zuständigen Kanton war somit vom Gesetzgeber offenbar nicht gewollt und erwiese sich mangels gesetzlicher Grundlage als kaum durchführbar.
Somit ergibt sich, dass eine innerkantonale Verfahrenstrennung nach Art. 30 StPO auch nach einer Zusammenführung mehrerer kantonaler Strafverfahren in einem Kanton gemäss Art. 34 Abs. 1 StPO möglich bleiben muss und dabei die mit der Verfahrenszusammenführung begründete örtliche Zuständigkeit des übernehmenden Kantons bestehen bleibt (sog. perpetuatio fori, vgl. Riklin, a.a.O., Art. 34 StPO N 2).
3.4.
Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der Beschluss der Vorinstanz aufzuheben. Der Strafbefehl vom 20. Februar 2015 ist hinsichtlich der Zuständigkeit gültig und die Strafsache der Vorinstanz zuständigkeitshalber zur Beurteilung zurückzuweisen.