Aus den Erwägungen:
3.1.
(…)
Der mit der stationären Massnahme verbundene Freiheitsentzug dauert höchstens vier Jahre und ist spätestens nach Vollendung des 30. Altersjahres des Täters aufzuheben (Art. 61 Abs. 4 StGB). Dies wurde vom Gesetzgeber so festgelegt ohne Klärung der Frage, wie die Berechnung der fraglichen Dauer einer Massnahme zu erfolgen hat. Weder aus dem Gesetzestext noch aus den Materialien des Gesetzgebungsprozesses im Zusammenhang mit der Revision des AT StGB von 2007 ergeben sich Anhaltspunkte dafür, wie dieses Problem nach Meinung des Gesetzgebers zu lösen ist. Gleiches gilt in Bezug auf die ebenfalls relevante Bestimmung von Art. 236 der Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) betreffend den vorzeitigen Vollzug von Massnahmen. Die Frage ist in der Lehre und Praxis umstritten und wird in erster Linie im Zusammenhang mit der in Art. 59 Abs. 4 StGB genannten Fünfjahresfrist der stationären Massnahme diskutiert. Im Schrifttum wird mehrheitlich die Auffassung vertreten, bei einem vorzeitigen Antritt der Massnahme sei nicht die Rechtskraft des Sachurteils, sondern der Beginn eines allfälligen vorzeitigen Massnahmenvollzugs für die Fristberechnung massgebend (Heer, Basler Komm., 4. Aufl. 2019, Art. 59 StGB N 129 f; Queloz/Munyankindi, in: Roth/Moreillon [Hrsg.], Commentaire Romand, Code pénal I, Basel 2009, Art. 59 N 35; Heer, Die Dauer therapeutischer Massnahmen und die Tücken deren Berechnung, forumpoenale 3/2018, S. 183; a.A. Trechsel/Pauen Borer in: Trechsel/Pieth [Hrsg.], Schweizerisches Strafgesetzbuch - Praxiskommentar, 3. Aufl. 2017, Art. 59 N 15).
(…)
3.2.
(…)
3.3.
Die Frage, wann therapeutische Massnahmen beginnen bzw. wie deren Dauer zu berechnen ist, war lange Zeit höchstrichterlich nicht geklärt. Das Bundesgericht äusserte sich zum Beginn von Massnahmen erstmals einlässlich in BGE 142 IV 105. In jenem Verfahren war zu prüfen, ob für den Beginn der Frist gemäss Art. 59 Abs. 4 Satz 1 StGB auf den Zeitpunkt des Eintritts der betroffenen Person in die Massnahmenvollzugsanstalt bzw. den effektiven Behandlungsbeginn abgestellt werden dürfe. Für die Beantwortung dieser Frage sollte unerheblich sein, ob es sich um eine vom Gericht nach eigenem Ermessen beschränkte Massnahmendauer handelt oder ob die Massnahme für die gesetzliche Höchstdauer von fünf Jahren angeordnet worden sei (BGE, a.a.O., E. 4.2). Das Bundesgericht sprach sich explizit für einen Beginn der Frist gemäss Art. 59 Abs. 4 Satz 1 StGB mit Rechtskraft des Strafurteils aus (BGE, a.a.O., E. 5.7). Massgeblich sollte der Eintritt in die Einrichtung nur dann sein, wenn der Betroffene die Behandlung bzw. die Massnahme aus der Freiheit antrete (BGE, a.a.O., E. 4.2 in fine), was in der dem erwähnten Entscheid zugrundeliegenden Angelegenheit allerdings nicht der Fall war. Ob und inwiefern für den Fristenlauf die vor dem Sachurteil ausgestandene Sicherheitshaft oder ein allfälliger vorzeitiger Massnahmenvollzug zu berücksichtigen ist, liess das Bundesgericht im zitierten Urteil ausdrücklich offen (BGE, a.a.O., E. 4.1). In seiner Zusammenfassung schien es indessen dennoch davon auszugehen, dass Freiheitsentzüge vor Rechtskraft des Sachurteils nicht relevant sein sollten. Es erwog unter Hinweis auf Praktikabilitätsgründe, die fünfjährige Dauer von Art. 59 Abs. 4 Satz 1 StGB beginne in jedem Fall mit der gerichtlichen Anordnung der Massnahme bzw. mit dem rechtskräftigen und vollstreckbaren Entscheid, in dem die Massnahme angeordnet werde (so auch die Interpretation dieser Textpassage durch das Bundesgericht in BGE 145 IV 65 E. 2.3.1). In BGE 142 IV 105 ging es in erster Linie darum, einer sog. Organisationshaft zwischen dem Sachurteil und einem möglichen Eintritt in eine Vollzugseinrichtung Einhalt zu gebieten. Demnach soll nicht allein der Freiheitsentzug während der stationären Behandlung in einer geeigneten Einrichtung oder einer Strafanstalt berücksichtigt werden, sondern auch jener, während dem der Betroffene nach dem gerichtlichen Massnahmenentscheid ohne Behandlung in einer Straf- oder Haftanstalt auf den Behandlungsbeginn wartet. Das Bundesgericht hob hervor, der Staat greife nicht erst mit Antritt der effektiven Behandlung des Massnahmenunterworfenen in dessen Freiheitsrecht ein; vielmehr sei dieser auch während der Zeit, in der er nach der gerichtlichen Anordnung einer Massnahme in einer Straf- oder Haftanstalt auf einen Behandlungsplatz warte, gestützt auf einen rechtskräftigen Massnahmenentscheid in seinem Freiheitsrecht beschränkt (BGE 142 IV 105 Regeste und E. 5.6; Heer, Basler Komm., 4. Aufl. 2019, Art. 59 N 129). Diese Rechtsprechung bestätigte das Bundesgericht in BGE 145 IV 65 ausdrücklich, indem es festhielt, für den Fristenlauf sei auf das Datum des in Rechtskraft erwachsenen Anordnungsentscheids abzustellen, wenn die Massnahme nicht aus der Freiheit heraus angetreten werde (E. 2.7.1).
(…)
3.4.
3.4.1.
Von der Frage nach dem Beginn der Massnahme zu unterscheiden ist die Problematik, ob Freiheitsentzüge vor einem Sachurteil in die Berechnung der Dauer von Massnahmen einzubeziehen sind. In BGE 141 IV 236 nahm das Bundesgericht unter Hinweis auf die Gesetzesmaterialien und den Massnahmenzweck die Haltung ein, Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft sei an freiheitsentziehende Massnahmen gemäss Art. 56 ff. StGB grundsätzlich anzurechnen (BGE, a.a.O., E. 3). In diesem Urteil bezog sich das Bundesgericht ausschliesslich auf Massnahmen gemäss Art. 59 StGB. Es betraf überdies nicht primär die Frage nach der Dauer von Massnahmen, sondern dieses Präjudiz ist in einem anderen Zusammenhang zu sehen. Zu klären war die Frage, ob ein Täter für die erstandene Untersuchungs- und Sicherheitshaft zu entschädigen ist (Art. 431 StPO), wenn ihm gegenüber zwar eine stationäre therapeutische Massnahme angeordnet wurde, für die der Massnahme zugrundeliegenden Straftaten wegen Schuldunfähigkeit jedoch ein Freispruch erging und die Untersuchungs- und Sicherheitshaft daher grösstenteils auf keine Strafe angerechnet werden konnte (so auch die Interpretation gemäss BGE 145 IV 65 E. 2.3.4 und Heer, Die Dauer therapeutischer Massnahmen und die Tücken deren Berechnung, forumpoenale 3/2018, S. 183). Mit Urteil 6B_1213/2016 vom 8. März 2017 bekräftigte das Bundesgericht die erwähnte Meinung und hielt ergänzend fest, die Untersuchungshaft, der vorzeitige Strafvollzug sowie die Unterbringung im Rahmen des vorzeitigen stationären therapeutischen Massnahmenvollzugs seien letztlich als strafprozessuale Freiheitsentzüge zu qualifizieren und somit gleichzustellen. Für die Berechnung der 5-Jahresfrist gemäss Art. 59 Abs. 4 StGB erachtete das Bundesgericht solche Freiheitsentzüge vor Rechtskraft des Sachurteils sowie nach Ablauf der seither laufenden fünfjährigen Dauer der Massnahme als unbeachtlich. Soweit diese die tatsächlich ausgefällte Sanktion übersteigen würden, seien sie als Überhaft zu entschädigen (a.a.O. E. 2.2). Auch dieses Präjudiz betraf damit eine Massnahme gemäss Art. 59 StGB und beinhaltete primär das Thema einer Entschädigung gemäss Art. 431 StPO.
3.4.2.
Wie die Parteien richtig annehmen, ist im vorliegenden Verfahren vor allem auf das nachfolgend ergangene Urteil des Bundesgerichts 6B_1203/2017 vom 1. November 2017 abzustellen, welches Präjudiz nach Auffassung des Kantonsgerichts auch richtig ist, soweit es um einen vorzeitigen Massnahmenvollzug gemäss Art. 236 StPO geht. Hier bezog sich die höchstrichterliche Rechtsprechung erstmals und bisher ausschliesslich auf befristete Massnahmen. Nach diesem Urteil soll bei der Berechnung der vierjährigen Frist gemäss Art. 60 Abs. 4 Satz 1 und 2 StGB die vor dem Anordnungsentscheid erstandene Untersuchungs- und Sicherheitshaft mitzuberücksichtigen sein. Unter Hinweis auf BGE 141 IV 236 E. 3.6 ff. folgerte das Bundesgericht, die Untersuchungs- und Sicherheitshaft sei auf die Massnahme anzurechnen. Das Bundesgericht nahm dabei in Kauf, dass die effektive Behandlungsdauer damit um die Dauer der Untersuchungs- oder Sicherheitshaft verkürzt und entsprechend das Bedürfnis nach Resozialisierung durch eine geeignete Behandlung unterlaufen wird (BGer-Urteil 6B_1203/2017 vom 1.11.2017 E. 4.1.4.; BGE 142 IV 105 E. 5.8.1; kritisch dazu: Heer, Die Dauer therapeutischer Massnahmen und die Tücken deren Berechnung, forumpoenale 3/2018 S. 185; dies., Nachverfahren bei strafrechtlichen Massnahmen, in: Wege und Irrwege stationärer Massnahmen nach Rechtskraft des Strafurteils, 2018, S. 61 f.). Auch bei diesem Urteil ging es um einen Täter, bei dem für die der Massnahme zugrundeliegenden Straftaten wegen Schuldunfähigkeit ein Freispruch erging.
Ob BGE 145 IV 65, wonach bei Massnahmen gemäss Art. 59 StGB bei der Berechnung der Fünfjahresfrist Freiheitsentzüge vor Rechtskraft des Sachurteils keine Beachtung finden sollten, auch für befristete Massnahmen wegweisend ist, wurde bisher nicht abschliessend geklärt. Soweit das Bundesgericht diesen Entscheid damit begründet, mit Blick auf die fehlende zeitliche Limitierung von Massnahmen gemäss Art. 59 StGB sehe sich der Beschwerdeführer nicht schlechter gestellt, wenn der Beginn auf die Rechtskraft des Anordnungsurteils festgelegt werde, kann dies für befristete Massnahmen gemäss Art. 61 StGB, wie sie hier vorliegt, keine Geltung haben. Auch die höchstrichterliche Begründung gemäss BGE 145 IV 65, dass sowohl bei der Erstanordnung wie auch bei der Verlängerung von Massnahmen der Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten und die Dauer des vorzeitigen Massnahmenvollzugs allenfalls insofern Beachtung finden könne, als die Massnahme nicht mehr für die volle mögliche Dauer angeordnet bzw. verlängert werde (BGE 145 IV 65 E. 2.2. m. Hinw. und E. 2.6.1), verfängt hier nicht. In BGE 145 IV 65 geht es zwar erneut ausdrücklich um Massnahmen gemäss Art. 59 StGB. Für die Frage, ob nunmehr auch bei befristeten Massnahmen auf die aktuellste publizierte Rechtsprechung zur Berechnung von Massnahmen abzustellen ist, gilt es indessen in erster Linie Folgendes zu beachten: Das Bundesgericht setzte sich im zitierten neusten Urteil umfassend mit seinem Urteil 6B_1203/2017 vom 1. November 2017 auseinander (a.a.O. E. 2.3.3). Dies geschah in der Absicht, seine Praxis zu Art. 59 Abs. 4 StGB (Beginn der Massnahme aus der Unfreiheit heraus in jedem Fall mit Rechtskraft des Sachurteils) zu begründen. Es wäre dem Bundesgericht unbenommen gewesen, die Frage, ob an jenem früheren unpublizierten Urteil betreffend befristete Massnahmen festzuhalten sei, offen zu lassen. Stattdessen sprach es jenem Urteil sinngemäss volle Geltung zu, indem es eingehend darauf einging und dieses in keiner Weise infrage stellte. Entscheidend ist die Erkenntnis, dass gemäss BGE 145 IV 65 ausdrücklich ein Unterschied zwischen Art. 59 Abs. 4 sowie Art. 60 Abs. 4 und Art. 61 Abs. 4 StGB gemacht wurde. Das Bundesgericht folgerte, das frühere Urteil vom 1. November 2017 sei für Massnahmen gemäss Art. 59 StGB nicht einschlägig. Dies ist auch im Umkehrschluss anzunehmen. Für diese Differenzierung stand gemäss Bundesgericht die Feststellung im Vordergrund, dass Art. 59 Abs. 4 im Gegensatz zu Art. 60 Abs. 4 und Art. 61 Abs. 4 StGB nicht die Höchstdauer von Massnahmen regle, sondern dass diese Bestimmung einzig Auskunft darüber gebe, innert welcher Frist ein neuer Gerichtsentscheid über die Weiterführung der Massnahme zu ergehen habe (BGE 145 IV 65 E. 2.2). Mit diesen klaren Äusserungen ist eine analoge Anwendung von BGE 145 IV 65 auf den vorliegenden Fall nicht vereinbar. Für Massnahmen gemäss Art. 61 StGB ist grundsätzlich auf das Urteil 6B_1203/2017 vom 1. November 2017 abzustellen.
3.4.3.
Das Kantonsgericht ist der Auffassung, dass BGE 142 IV 105 zwar nicht direkt einschlägig, dennoch aber nicht völlig unbeachtlich ist. Aus der dort aufgezeigten grundsätzlichen Haltung des Bundesgerichts lassen sich Schlüsse für den vorliegenden Fall ziehen. Es wird dort, wie bereits erwähnt, die Meinung vertreten, dass jeglicher Freiheitsentzug nach rechtskräftiger und vollstreckbarer Anordnung einer Massnahme ungeachtet des konkreten Vollzugstitels sowie dessen konkrete Ausgestaltung auf die Dauer einer Massnahme anzurechnen ist. Dies ist nach Auffassung des Kantonsgerichts jedenfalls für den vorzeitigen Massnahmenvollzug in der Sache richtig. Es fällt auf, dass das Bundesgericht bei der Berechnung der Dauer einer Massnahme im Interesse des Betroffenen, der sich auf seine Freiheitsrechte beruft, eine grosszügige Betrachtungsweise favorisiert. Es zieht im letztgenannten Urteil überdies das Prinzip der Rechtsgleichheit heran, was auch im hier zu beurteilenden Fall beachtlich ist. Es ist nicht vertretbar, dass das kooperative Verhalten eines Beschuldigten und die Bereitschaft, sich nach Eröffnung eines Strafverfahrens möglichst schnell einer Behandlung zu unterziehen, Rechtsnachteile nach sich zieht. Wird bei der Berechnung der Dauer der Massnahme auf den Zeitpunkt deren Anordnung ohne Rücksicht auf einen vorzeitigen Vollzugsantritt abgestellt, führt dies zu einer Schlechterstellung derjenigen, welche sich freiwillig und möglichst früh einer Behandlung stellen. Dass der vorzeitige Antritt der Massnahme zumeist sinnvoll und zu fördern ist, bedarf keiner weiteren Erläuterungen. Die vom Vollzugs- und Bewährungsdienst vertretene Auffassung hätte zur Folge, dass sich die Höchstdauer gemäss Art. 61 Abs. 4 StGB um die Dauer des vorzeitigen Vollzugs verlängern würde. Auch Gründe der Praktikabilität, wie sie im fraglichen Urteil des Bundesgerichts hervorgehoben werden, stehen einer Anrechnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs an die Dauer der Massnahme nicht entgegen. Es lässt sich in jedem Einzelfall klar nachvollziehen, ab welchem Zeitpunkt der Massnahmenunterworfene den vorzeitigen Vollzug angetreten hat und wann dieser durch die Staatsanwaltschaft genehmigt worden ist (so schon die Praxis des Kantonsgerichts gemäss seinem Urteil 4H 2017 3 vom 14.3.2017).
3.4.4.
Zusammenfassend ist der vom Beschwerdeführer absolvierte vorzeitige Massnahmenvollzug bei der Berechnung der vierjährigen Höchstdauer der Massnahme miteinzubeziehen. Der Beschwerdeführer befand sich vor und nach dem Sachurteil in einer Institution gemäss Art. 61 StGB und wurde dort adäquat behandelt. Dass dieser gemäss den ausführlichen Überlegungen der Vorinstanz, die gestützt auf überzeugende Erkenntnisse von psychiatrischen Sachverständigen erfolgten, nach wie vor einer Massnahme gemäss Art. 61 StGB bedarf, mag zuzugestehen sein. Ein solches Szenario nahm der Gesetzgeber indessen mit der Befristung von Massnahmen generell in Kauf, was hinzunehmen ist. Mit der Anrechnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs war die Höchstdauer der angeordneten Massnahme nach Art. 61 StGB zum Zeitpunkt der hier angefochtenen Verfügung abgelaufen.
3.5.
Das Kriminalgericht hat mit Urteil vom 4. April 2017 53 Tage Untersuchungs- bzw. Polizeihaft an die ausgesprochene Freiheitsstrafe angerechnet. Da bereits mit der Anrechnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs die Höchstdauer der angeordneten Massnahme zum Verfügungszeitpunkt überschritten war, muss die Frage der Anrechnung der Untersuchungs- bzw. Polizeihaft hier nicht abschliessend beantwortet werden. Zur Klärung der Rechtslage ist allerdings darauf hinzuweisen, dass nach Auffassung des Kantonsgerichts in der Untersuchungshaft (wie auch in der Sicherheitshaft) gerade nicht ein „mit der stationären Behandlung verbundener Freiheitsentzug“ zu sehen ist, wie Art. 61 Abs. 4 StGB in Übereinstimmung mit den gleichlautenden Bestimmungen für die Massnahmen gemäss Art. 59 Abs. 4 und Art. 60 Abs. 4 StGB umschreibt. Das Gericht rechnet die Untersuchungshaft, die der Täter während dieses oder eines anderen Verfahrens ausgestanden hat, auf die Strafe an (Art. 51 StGB). Entsprechend wäre diese nicht auf die Höchstdauer der Massnahme anzurechnen.
3.6.
Zu klären bleibt die Frage, ob der Zeitpunkt des Eintritts des Beschwerdeführers in die Institution oder derjenige der Anordnung bzw. der Genehmigung durch die Staatsanwaltschaft massgebend ist. Soweit ersichtlich, hat das Bundesgericht diese Frage für den vorzeitigen Massnahmenvollzug bis anhin nicht entschieden. Das Kantonsgericht hält sich hier an die mehrfach bekräftigte grundsätzliche höchstrichterliche Haltung, abgesehen von besonderen Fällen wirke das Entscheiddatum fristauslösend (vgl. dazu insbesondere BGE 142 IV 105).
(…)
Rein rechnerisch bedeutet dies, dass die Höchstfrist der ab dem 4. April 2017 laufenden Massnahme nach Art. 61 StGB um die Dauer des vorzeitigen Massnahmenvollzugs verkürzt wird. Der Unterbruch zufolge Flucht wäre demgegenüber zur Höchstdauer hinzuzurechnen. In dieser Zeit hat sich der Beschwerdeführer dem Regime des vorzeitigen Massnahmenvollzugs gänzlich und unerlaubt entzogen, weshalb dieser Unterbruch der Massnahme bei der Fristberechnung nicht anzurechnen ist. Anders verhält es sich bei Umdispositionen im Rahmen des Zwecks der ursprünglich angeordneten Massnahme. Dass der Beschwerdeführer verschiedentlich kurzfristig in ein Untersuchungsgefängnis oder eine Klinik umplatziert werden musste (…), ist somit bei der Berechnung der Höchstdauer nicht weiter von Belang. Diese Zeit ist dem Beschwerdeführer ebenfalls anzurechnen.