Aus den Erwägungen:
4.1.
Der Beschwerdeführer bringt vor, die von der Dienststelle uwe für alle Kleinkläranlagen im Kanton Luzern angewendeten Grenzwerte gemäss Anhang 3.1 Ziffer 2 GSchV würden für kommunales Abwasser aus Abwasserreinigungsanlagen mit mehr als 200 Einwohnern gelten. Für kleinere Anlagen, resp. für kommunales Abwasser aus Abwasserreinigungsanlagen mit 200 oder weniger Einwohnerwerten verlange Anhang 3.1 Ziffer 1 Abs. 3 GSchV indessen, dass die Behörde die Anforderungen im Einzelfall unter Berücksichtigung der örtlichen Verhältnisse festlege. Es sei daher willkürlich und verletze die GSchV, wenn die Vorinstanz pauschal für das ganze Kantonsgebiet Einleitbedingungen verlange, wie sie bei empfindlichen Vorflutern nötig seien, ohne den Einzelfall und die örtlichen Verhältnisse zu berücksichtigen. Zudem sei ein fixer Ablauf-Grenzwert von NH4-N von 2 mg/l bei stets variablen Zulaufwerten unter normalen Betriebsbedingungen bei Kleinkläranlagen nicht zu erreichen. Bei einer fachlich seriösen Einzelfallbeurteilung unter Berücksichtigung der örtlichen Verhältnisse sei in den allermeisten Fällen die Einleitung von Kleinstmengen von gereinigtem Klarwasser aus Kleinkläranlagen als absolut unbedenklich einzustufen.
Die Vorinstanz hält dem entgegen, sie wende für Stichproben von Kleinkläranlagen die Einleitbedingungen gemäss Anhang 3.1 Ziffer 1 Abs. 2 GSchV an. Diese Vollzugspraxis entspreche dem in der Schweiz üblichen Vorgehen. Aufgrund von Kartenmaterial, hydrologischen Daten und den eingereichten Unterlagen werde die Grösse des Gewässers, in welches das gereinigte Abwasser eingeleitet werde, entnommen. Soweit bekannt, würden – bis auf eine – alle Kleinkläranlagen im Kanton Luzern das gereinigte Abwasser in einen kleinen Bach einleiten, weshalb eine Nitrifikation verlangt werden müsse. Man erachte es daher als richtig, einen Ammonium-Grenzwert zu verlangen. Die Richtlinien des Verbands Schweizer Abwasser- und Gewässerschutzfachleute (VSA) würden einen Richtwert von 3 mg/l vorgeben, der Kanton Luzern einen solchen von 2 mg/l. Viele Kleinkläranlagen im Kanton Luzern könnten den Grenzwert von 2 mg/l ohne weiteres einhalten. Sofern eine Anlage richtig nitrifiziere, stelle der Grenzwert kein Problem dar. Das gereinigte Abwasser der Kleinkläranlage Z fliesse in den L-Bach, der ein kleines empfindliches Gewässer sei.
4.2.
Abwassereinleitungen im ländlichen Raum führen lokal oft zu einer übermässigen Belastung vor allem kleinerer Fliessgewässer. In Zukunft werden zudem, bedingt durch den Strukturwandel in der Landwirtschaft, vermehrt zahlreiche Bauernbetriebe zweckentfremdet. Diese beiden Tatsachen erfordern, dass immer mehr Liegenschaften mit einer Kleinkläranlage saniert werden müssen. Kleinkläranlagen können öffentlichen oder privaten Charakter haben. Sie sind nach den anerkannten Grundsätzen und Regeln der Abwassertechnik zu erstellen, zu betreiben und zu unterhalten. Die Reinigungssysteme haben dem Stand der Technik zu entsprechen. Das gereinigte Abwasser wird in der Regel in ein Gewässer eingeleitet (VSA, Leitfaden Abwasser im ländlichen Raum, 2005, A04). Probleme können sich bei Fliessgewässern mit kleiner Verdünnung durch verschiedene Stickstoffverbindungen ergeben, insbesondere durch Ammonium. Gewisse Kleinkläranlagen, so auch die auf der Liegenschaft Z verwendete Tropfkörperanlage, können das Ammonium ganz oder teilweise zu Nitrat oxidieren (sog. Nitrifikation; vgl. VSA-Leitfaden, a.a.O., B10). Falls die Umwandlung in der Abwasserbehandlung nicht oder nur unvollständig erfolgt, läuft dieser Oxidationsvorgang nach der Abwassereinleitung im Vorfluter ab. Dadurch stellt sich lokale Sauerstoffarmut ein, und es entsteht als Abbauzwischenprodukt Nitrit, welches toxisch für die Fische ist (VSA, Richtlinie für den Einsatz, die Auswahl und die Bemessung von Kleinkläranlagen, Ausgabe 1995, Ziff. 5.4, S. 13).
4.3.
4.3.1.
Wie erwähnt, bewilligt die Behörde die Einleitung von verschmutztem Abwasser in oberirdische Gewässer, wenn die Anforderungen an die Einleitung in Gewässer nach Anhang 3 GSchV eingehalten sind (Art. 6 Abs. 1 GSchV). Anhang 3 GSchV enthält u.a. für kommunales Abwasser aus Abwasserreinigungsanlagen mit mehr als 200 EW gewisse Grenzwerte, so beispielweise für Ammonium 2 mg/l (Anhang 3.1 Ziff. 2 GSchV). Für kommunales Abwasser aus Anlagen mit 200 oder weniger EW legt die Behörde die Anforderungen im Einzelfall unter Berücksichtigung der örtlichen Verhältnisse fest (Anhang 3.1 Ziff. 1 Abs. 3 GSchV).
Auf Gesetzes- und Verordnungsstufe sind somit für Kleinkläranlagen keine Grenzwerte enthalten. Gemäss den Angaben der Dienststelle uwe wendet sie daher bei den Kleinkläranlagen generell die Grenzwerte gemäss Anhang 3.1 Ziff. 1 Abs. 2 GSchV an, welche für kommunales Abwasser aus Abwasserreinigungsanlagen mit mehr als 200 EW gelten. Sie hat somit die Anforderungen, anders als es Anhang 3.1 Ziff. 1 Abs. 3 GSchV verlangt, nicht für jede einzelne Kleinkläranlage festgelegt, sondern sie zieht die Grenzwerte, welche für Anlagen mit mehr als 200 EW gelten, als eigentliche Richtlinien auch für Kleinkläranlagen bei.
4.3.2.
Derartige Richtlinien, auch Verwaltungsverordnungen genannt, sind Vollzugshilfen. Ihre Hauptfunktion besteht darin, eine einheitliche, gleichmässige und sachrichtige Praxis des Gesetzesvollzugs sicherzustellen und solchermassen behördliche Willkür und Zufälligkeiten zu verhindern. Sie dienen der Vereinfachung und Rationalisierung der Verwaltungspraxis, erhöhen Kohärenz, Kontinuität und Voraussehbarkeit des Verwaltungshandelns und erleichtern dessen Kontrolle (Biaggini, Die vollzugslenkende Verwaltungsverordnung: Rechtsnorm oder Faktum, in ZBl 1997 S. 4). Ihnen kommt gemäss ständiger Rechtsprechung keine Gesetzeskraft zu, und sie sind für die Gerichte nicht verbindlich, doch sind sie in der Regel Ausdruck des Wissens und der Erfahrung bewährter Fachstellen und in diesem Sinn beachtlich. Sie verpflichten den Bürger nicht zu einem bestimmten Tun, Dulden oder Unterlassen, sondern enthalten bloss Regeln für das verwaltungsinterne Verhalten. Sie dienen der Schaffung einer einheitlichen Verwaltungspraxis und sollen den Behörden die Rechtsanwendung erleichtern (BGE 129 V 200 E. 3.2). Rechtlich irrelevant sind die vollzugslenkenden Verwaltungsverordnungen gleichwohl nicht. So pflegt eine Beschwerdebehörde selbst im Rahmen einer Angemessenheitskontrolle nicht ohne Not von der Ermessenswaltung der Vorinstanz abzuweichen, zumal wenn dabei die Vorgaben einer Richtlinie befolgt wurden. Vorausgesetzt ist nur, dass die Verwaltungsverordnung eine dem Einzelfall angepasste gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulässt und insofern eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellt. Vollzugslenkende Verwaltungsverordnungen können die Rechtsstellung des Bürgers indirekt mitprägen (Tschannen/Zimmerli/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl. 2009, § 41 N 16).
4.3.3.
Ist eine Behörde befugt, eine Vorschrift einzelfallweise anzuwenden – wie dies bei der Festlegung der Anforderungen, welche Kleinkläranlagen erfüllen müssen, der Fall ist –, so muss ihr zustehen, ihre Praxis für sich selbst festzuhalten. Dies ermöglicht eine einheitliche und gleichmässige Auslegung der gesetzlichen Bestimmungen, anstatt bei jedem Einzelfall wieder von neuem mit Interpretation und Gesetzesauslegung zu beginnen. Dabei erscheint der Einsatz von Richtlinien resp. Verwaltungsverordnungen insbesondere dort als sinnvoll, wo der Entscheidungsspielraum der Verwaltung ein gewisses Mass erreicht (Pfisterer, Verwaltungsverordnungen des Bundes, Diss. Lausanne 2007, S. 45). Aufgrund des Gebots der Gleichbehandlung sind die Behörden grundsätzlich verpflichtet, die Richtlinien rechtsgleich anzuwenden. Die Auswirkungen der Richtlinien bleiben aber stets beschränkt, unvollkommen und aus zureichenden Gründen prinzipiell jederzeit beendbar. Denn verlangt das Gesetz Einzelfallgerechtigkeit, dürfen die konkreten Umstände des Einzelfalls trotz der Regelbildung nicht unberücksichtigt bleiben. Die allgemeinen Regeln, welche sich die Verwaltung gegeben hat, können durchbrochen werden (Pfisterer, a.a.O., S. 65).
Grundsätzlich ist von der Verbindlichkeit der Richtlinien auszugehen. Ist aber aufgrund des Gesetzes eine Einzelfallprüfung zulässig oder vorgeschrieben, ist abzuklären, ob die Richtlinie dem konkreten Einzelfall gerecht wird. Trifft dies aus zureichenden Gründen nicht zu, ist von der Richtlinie abzuweichen. In der Praxis besteht die Gefahr, dass sich die entscheidende Behörde stark auf die Richtlinie abstützt und diese mehr oder weniger unbesehen in ihren Entscheid übernimmt, ohne dabei dem konkreten Sachverhalt genügend Rechnung zu tragen. Die Richtlinie darf jedoch nicht dazu verleiten, den Sachverhalt im Einzelfall nicht eingehend abzuklären oder nicht sorgfältig zu würdigen, sich quasi "dahinter zu verstecken". Der Einsatz von Richtlinien darf nicht zur Folge haben, dass die Verwaltung ihren Handlungsspielraum vorneweg als begrenzt betrachtet. Das Gesetz und seine einzelfallgerechte Anwendung wird nicht ersetzt; den Richtlinien kommt lediglich – aber immerhin – unterstützende Funktion zu. Richtlinien dürfen aber nicht dazu führen, dass die Behörde schematisch entscheidet und vom eingeräumten Handlungsspielraum nicht mehr vollumfänglich Gebrauch macht (Pfisterer, a.a.O., S. 69 f.). Richtlinien entbinden demnach nicht, den Einzelfall im Licht aller erheblichen Umstände zu beurteilen.
4.3.4.
Bezogen auf das Vorgehen der Dienststelle uwe bei der Beurteilung von Kleinkläranlagen ergibt sich Folgendes: Dass die Dienststelle für alle Kleinkläranlagen gewisse Anforderungen, wie etwa Grenzwerte, verlangt, ist grundsätzlich zulässig und dient der Gleichbehandlung der verschiedenen Inhaber solcher Anlagen. Zudem erleichtert dies den Vollzug, denn im Kanton Luzern sind immerhin ca. 70 solche Anlagen in Betrieb, weshalb die Festlegung von speziellen Grenzwerten für jede einzelne Anlage mit einem unverhältnismässigen Aufwand verbunden wäre. Auch dass die Dienststelle diesbezüglich die für grössere Anlagen geltenden, strengen Grenzwerte ganz allgemein als Richtlinien heranzieht, ist nicht weiter zu beanstanden, soll doch gemäss Art. 3 GSchG jede Verunreinigung der Gewässer vermieden werden. Es sind somit im Sinn der Vorsorge Massnahmen zu ergreifen, mit denen bewirkt werden kann, dass eine weitere Verunreinigung des Gewässers nach allgemeiner Lebenserfahrung oder anerkannten fachlichen Regeln nicht eintritt (Stutz, a.a.O., S. 109).
Es fragt sich aber, ob die schematische Anwendung dieser Grenzwerte auf alle Kleinkläranlagen zulässig ist, was der Beschwerdeführer bestreitet. In diesem Zusammenhang hält der VSA fest, dass die Einleitung des Abwassers in ein Oberflächengewässer die Einhaltung von Einleitungsbedingungen erfordert, welche dem entsprechenden Gewässer angepasst sein müssen. Je nach Charakter, Wasserführung und Zustand des jeweiligen Gewässers sind die Einleitungsbedingungen für Flüsse, Bäche, Seen und Teiche differenziert festzulegen. Sie erfordern eine angepasste Behandlung des Abwassers vor der Einleitung. So kann bei kleinen Fliessgewässern unter Umständen eine Abwasserbehandlung mit Nitrifikation erforderlich sein, während bei einem anderen Vorfluter eine anaerobe Reinigung genügen kann. Die zuständige kantonale Behörde legt die Einleitungsbedingungen fest und berücksichtigt fallweise die Vorfluterverhältnisse (VSA, Richtlinie Kleinkläranlagen, a.a.O., Ziff. 5.4.). Die Reinigung des Abwassers kleiner Abwasseranfallstellen bezweckt vor allem, örtlich beschränkte Gewässerschutzprobleme, wie Schlammablagerungen, heterotrophes Wachstum von Bakterien und Pilzwachstum, in den häufig kleinen Vorflutern zu verhindern. In vielen Fällen tragen Kleinkläranlagen zur Verbesserung der hygienischen und ästhetischen Verhältnisse im Bereich der Einleitungsstellen sowie zur Vermeidung von Fischsterben und anderen Beeinträchtigungen der Fliesswasserbiologie als Folge von Einleitungen unerwünschter Stoffe bei. Bei Kleinkläranlagen kommt dem differenzierten Gewässerschutz besondere Bedeutung zu, indem auf die örtlichen Gegebenheiten mit stark unterschiedlichen Mengen-, Konzentrations- und Frachtverhältnissen zwischen Abwassereinleitung und Vorfluter, bzw. Grundwasserträger Rücksicht genommen werden muss. Die kantonalen Behörden haben die Möglichkeit, durch erleichterte oder verschärfte Anforderungen an die Abwassereinleitung den gegebenen Verhältnissen Rechnung zu tragen (VSA, Richtlinie Kleinkläranlagen, a.a.O., Ziff. 1.1). Es ist mit anderen Worten denkbar, dass eine Kleinkläranlage, welche über einen günstigen Vorfluter verfügt, andere weniger strenge Grenzwerte einhalten muss als eine solche, die ihr Abwasser in einen schwachen Vorfluter mit schlechtem Mischungsverhältnis Abwasser zu Bachwasser einleitet. Zudem gibt es Kleinkläranlagen, welche ihr Abwasser nicht in einen Vorfluter einleiten, sondern dieses versickern lassen. Dass diesfalls andere Einleitbedingungen zu erfüllen sind, liegt auf der Hand. Diese hängen insbesondere von der Bodenbeschaffenheit und den hydrologischen Verhältnissen ab, welche fallweise zu berücksichtigen sind. Jede Versickerung von gereinigtem Abwasser ist als Einzelfall zu behandeln und erfordert eine Analyse der örtlichen Verhältnisse. So muss die Qualität und Quantität des zu versickernden Abwassers bekannt sein. Bei der Versickerung von gereinigtem Abwasser sind insbesondere die Reinigungsvorgänge im Untergrund (Bodenbeschaffenheit, Dauer und Tiefe der Versickerung, Filtrationseigenschaften) von Bedeutung, geht es doch vor allem darum, die qualitative Beeinträchtigung des Grund- und Quellwassers in hygienischer und chemischer Hinsicht zu vermeiden. Ebenso sind weitere Randbedingungen wie Hangstabilität, Grundwasserschutzzonen, Quellfassungen usw. zu beachten (VSA, Richtlinie Kleinkläranlagen, a.a.O., Ziff. 5.5.).
Aus diesen Erwägungen ergibt sich, dass die Grenzwerte bei Kleinkläranlagen, anders als bei Abwasserreinigungsanlagen mit über 200 EW, fallweise unter Beachtung der konkreten Verhältnisse festzulegen sind. Zwar darf die Dienststelle wie erwähnt gewisse Richtlinien anwenden, welche sich am typischen Einzelfall orientieren, doch hat sie diese zu hinterfragen und allenfalls davon abzuweichen, wenn die konkreten örtlichen Verhältnisse, zum Beispiel der Zustand des Vorfluters oder der Ort der Versickerung, dazu Anlass geben. Auf jeden Fall ist die von der Vorinstanz offenbar praktizierte undifferenzierte schematische Anwendung der Grenzwerte gemäss Anhang 3.1. Ziff. 2 GSchV auf alle im Kanton Luzern betriebenen Kleinkläranlagen nicht zulässig. Insbesondere steht eine solche Praxis im Widerspruch zu dem in Anhang 3.1 Ziff. 1 Abs. 3 GSchV den Behörden eingeräumten Entscheidungsspielraum und ist daher gesetzwidrig (Pfisterer, a.a.O., S. 71). Auch das Bundesgericht hat sich schon mehrfach mit standardisierten Richtlinien und Tarifen befasst und festgehalten, diese verletzten Bundesrecht, wenn sie zu schematisch angewendet und die Umstände des Einzelfalls nicht mehr genügend berücksichtigt werden (BGE 128 II 182 E. 2b, 123 V 150 E. 2 f., 130 II 281 E. 3.2.1).