Aus den Erwägungen:
3.3.
3.3.1.
Nach Art. 20 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20) scheiden die Kantone Schutzzonen für die im öffentlichen Interesse liegenden Grundwasserfassungen und -anreicherungen aus und legen die notwendigen Eigentumsbeschränkungen fest. Der planerische Schutz der Gewässer wird in Anhang 4 der vom Bundesrat erlassenen Gewässerschutzverordnung (GSchV; SR 814.201) präzisiert.
Grundwasserschutzzonen bestehen aus dem Fassungsbereich (Zone S1), der Engeren Schutzzone (Zone S2) und der Weiteren Schutzzone (Zone S3; vgl. Ziff. 121 Anhang 4 GSchV). Die Zone S2 soll verhindern, dass Keime und Viren in die Grundwasserfassung oder -anreicherungsanlage gelangen, das Grundwasser durch Grabungen und unterirdische Arbeiten verunreinigt und der Grundwasserzufluss durch unterirdische Anlagen behindert wird (Ziff. 123 Anhang 4 GSchV). Die Zone S3 soll gewährleisten, dass bei unmittelbar drohenden Gefahren (z.B. Unfällen mit Stoffen, die Wasser verunreinigen können) ausreichend Zeit und Raum für die erforderlichen Massnahmen zur Verfügung stehen (Ziff. 124 Abs. 1 Anhang 4 GSchV). Ziff. 22 Anhang 4 GSchV definiert die Anforderungen an die verschiedenen Schutzzonen und legt namentlich je nach Schutzbedürfnis unterschiedliche Nutzungsbeschränkungen fest (BGer-Urteil 1C_522/2014 vom 18.3.2015 E. 3.1).
Nach Art. 29 Abs. 4 GSchV stützen sich die Kantone bei der Bezeichnung der Gewässerschutzareale und der Ausscheidung von Grundwasserschutzzonen und -arealen auf die hydrogeologischen Kenntnisse ab (BGer-Urteil 1C_55/2007 vom 27.2.2008 E. 2.2.2, in: URP 2008 S. 223 ff.). In diesem Sachzusammenhang haben die Kantone bei der Einteilung ihres Gebiets in Gewässerschutzbereiche die besonders gefährdeten sowie die übrigen Bereiche zu bezeichnen. Zu den besonders gefährdeten Bereichen zählen (u.a.) Gewässerschutzbereiche zum Schutz nutzbarer unterirdischer Gewässer (Art. 29 Abs. 1 lit. a GSchV), d.h. von Gelände, welches die nutzbaren unterirdischen Gewässer umfasst sowie die zu ihrem Schutz notwendigen Randgebiete [Ziff. 111 Anhang 4 GSchV]). Beizufügen ist, dass ein unterirdisches Gewässer als nutzbar gilt, wenn das Wasser im natürlichen oder angereicherten Zustand in einer Menge vorhanden ist, dass die Nutzung in Betracht fallen kann und die Anforderungen der Lebensmittelgesetzgebung an Trinkwasser einhält (Ziff. 111 Abs. 2 lit. a und b Anhang 4 GSchV). Dient dieses nutzbare Wasser der öffentlichen Wasserversorgung, liegt die diesbezügliche Fassung ohne jeden Zweifel in einem öffentlichen Interesse im Sinn des eingangs zitierten Art. 20 GSchG. Lediglich bei privaten Fassungen kann die Frage des öffentlichen Interesses zu Diskussionen Anlass geben (Brunner, in: Komm. zum Gewässerschutzgesetz und zum Wasserbaugesetz [Hrsg. Hettich/Jansen/Norer], Zürich 2016, Art. 20 GSchG N 15).
3.3.2.
Neue Grundwasserfassungen sollten nur dort erstellt werden, wo Bauverbote und Nutzungsbeschränkungen auch tatsächlich eingehalten werden können (Brunner, a.a.O., Art. 20 GSchG N 16). Kann in der Zone S1 und S2 das Erstellen von Bauten und Anlagen nicht untersagt werden, so muss die Fassung verlegt oder aufgegeben werden (BGer-Urteil 1C_522/2014 vom 18.3.2015 E. 3.2). Dies bedeutet jedoch nicht, dass die Schutzzonen S1 und S2 nur ausserhalb der Bauzone errichtet werden könnten. Vielmehr sind solche Schutzzonen auch innerhalb von Bauzonen grundsätzlich zulässig, da ihre Rechtmässigkeit alleine aufgrund der Gewässerschutzgesetzgebung zu beurteilen ist (BGer-Urteil 1A.198/2001 und 1P.770/2001 vom 27.8.2002 E. 2.1). Bestehende Bauten und Anlagen in den besagten beiden Zonen müssen aber innerhalb einer angemessenen Frist entfernt werden, soweit sie die Grundwasserfassung gefährden (Art. 31 Abs. 2 lit. b GSchV; BGer-Urteil 1A.150/2000 vom 23.1.2001; vgl. auch Brunner, a.a.O., Art. 20 GSchG N 20).
3.4.
3.4.1.
Aus den vier Fassungssträngen der Quellwasserfassung U können im Mittel 2'280 l/min gewonnen werden. Der Brunnenstube werden im Normalfall 1'500 bis 1'700 l/min entnommen (Entscheid vom 10.6.2015 S. 1) und damit die öffentliche Wasserversorgung der Beschwerdegegnerin bedient. Die Beschwerdeführerin bestreitet diese Sachlage nicht. Ebenfalls wendet sie nicht ein, das gewonnene Wasser halte die Anforderungen der Lebensmittelgesetzgebung an Trinkwasser nicht ein. Es sind denn auch keine Anhaltspunkte auszumachen, die an diesen Umständen Zweifel aufkommen liessen, weshalb diese als bewiesen anzusehen und als Grundlage zur Beurteilung der vorliegenden Streitigkeit anzunehmen sind. Aus dieser nachgewiesenen Sachlage ergibt sich aufgrund der dargelegten Rechtslage, dass die Quellwasserfassung U als öffentliche Fassung mit Trinkwasserqualität gemäss Lebensmittelgesetzgebung im öffentlichen Interesse gemäss Art. 20 GSchG ist und daher hierfür gemäss dieser Bestimmung Schutzzonen auszuscheiden sind. Weiterer Voraussetzungen für die Begründung des öffentlichen Interesses der streitbetroffenen Quellwasserfassung bedarf es nicht. Die diesbezüglich von der Beschwerdeführerin vorgebrachten Einwände, wonach kein öffentliches Interesse bestehe (Wasserbedarf bereits gedeckt, Quellwasser reiche lediglich für 100 Brunnen, unzureichende Darlegung des Notfallszenarios), verfangen daher offensichtlich nicht. Weiterungen hierzu bedarf es – angesichts der klaren Rechts- und Sachlage – nicht und es braucht mangels Relevanz nicht näher auf die diesbezüglichen Argumente der Beschwerdeführerin eingegangen werden. Im Grundsatz – unter Vorbehalt der nachfolgenden Ausführungen – ist daraus folgend nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz zum Schutz der Quellwasserfassung U Schutzzonen im Sinn von Art. 20 GSchG verfügt hat.
3.4.2.
Angesichts der oben dargelegten massgeblichen Rechtslage verfängt auch das Vorbringen der Beschwerdeführerin, die Schutzzonen müssten ausserhalb der Bauzone und dürften insbesondere nicht in einem Industrie- und Gewerbegebiet liegen, nicht. So macht Art. 20 GSchG keine Unterscheidung zwischen Baugebiet und Nichtbaugebiet. Zwar sieht Ziff. 222 Abs. 1 i.V.m. Ziff. 221 Abs. 1 lit. a Anhang 4 GSchV vor, dass industrielle und gewerbliche Bauten, von denen eine Gefahr für das Grundwasser ausgeht, nicht zulässig sind. Hingegen lässt sich daraus kein allgemeines Verbot zur Erstellung von Bauten und Anlagen in der Schutzzone S2 und damit einhergehend ein Verbot zur Errichtung von Schutzzonen innerhalb des Baugebiets ableiten. Nichts anderes ergibt sich auch aus der hierzu ergangenen Rechtsprechung des Bundesgerichts (vgl. BGer-Urteile 1C_522/2014 vom 18.3.2015 E. 3.2, 1A.198/2001 und 1P.770/2001 vom 27.8.2002 E. 2.3). Dies gilt umso mehr, als – wie vorliegend – die Änderung einer bereits lange Zeit bestehenden Fassung resp. Schutzzone in Frage steht, die der Trinkwasserversorgung bereits lange vor der Errichtung der betroffenen Bauzone diente. Dass das Grundstück Nr. x bereits heute – im Vergleich zur neuen Ausscheidung – mehrheitlich in der Schutzzone S2 sowie zu einem kleineren Teil der Schutzzone S3 liegt, scheint die Beschwerdeführerin zu verkennen, wenn sie vorbringt, dass die Fassung "ins Auge gefasst werde". Der Umstand jedenfalls, dass eine bestimmte Fläche aus raumplanungsrechtlicher Sicht als Baugebiet definiert ist, bedeutet damit noch nicht, dass der Verwirklichung eines Bauprojekts keine gewässerschutzrechtlichen Schutzbestimmungen entgegenstehen können. Auch ist hierin – entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin – kein Widerspruch zu erblicken, nachdem aufgrund der unterschiedlichen Schutzziele für den Gewässerschutz im Einzelfall allenfalls Massnahmen indiziert sind, welche für die Raumordnung nicht im Vordergrund stehen. Es ist daher ohne Weiteres möglich, dass in einem Baugebiet eine Baute oder Anlage nicht oder nur unter Auflagen und Bedingungen errichtet werden kann, weil der Gewässerschutz dies verbietet resp. vorsieht. Die Dienststelle Umwelt und Energie (uwe) hat damit zu Recht nicht auf die Ausscheidung von Schutzzonen für die Fassung U verzichtet, alleine weil diese in der Bauzone, insbesondere in der Arbeitszone, zu liegen kommen.
3.4.3.
Des Weiteren vermag auch der Einwand der Beschwerdeführerin, wonach von der R-Strasse und teilweise von den in den verfügten Schutzzonen liegenden Gebäuden eine erhebliche Gefährdung für die Quellfassung ausgehe, weshalb ohnehin auf die weitere Fassung am in Frage stehenden Standort verzichtet werden müsse und damit die Schutzzonen hinfällig würden, nicht zu überzeugen. Vielmehr verkennt die Beschwerdeführerin mit diesem Vorbringen das vom Gesetzgeber angestrebte Ziel von Schutzzonen. Mit diesen und ihren zugehörigen Schutzzonenreglementen sollen unter Einsetzung der geeigneten Massnahmen Gefährdungen von Trinkwasserfassungen resp. Verunreinigungen des zu fördernden Wassers gerade vermieden resp. zumindest minimiert werden, so dass diese Fassungen trotz des anhaltenden Siedlungsdrucks der öffentlichen Trinkwasserversorgung erhalten bleiben. In Anlehnung an die in Erwägung 3.3 zitierte Rechtsprechung wäre nur dann von der Ausscheidung von Schutzzonen abzusehen resp. wäre die Grundwasserfassung an einen anderen Standort zu verlegen oder gar aufzugeben, wenn auch mit allen möglichen, im Schutzreglement vorgesehenen Schutzmassnahmen eine Gefährdung der Wasserfassung nicht verhindert werden könnte (vgl. BGer-Urteil 1C_522/2014 vom 18.3.2015 E. 3.2). Dergleichen ist aber vorliegend nicht ersichtlich. Vielmehr hat die Dienststelle uwe hinreichend erklärt, mit welchen Massnahmen den bestehenden Gefahren innerhalb der Schutzzonen begegnet wird und dass gestützt hierauf eine Gefährdung der Trinkwasserquelle U vermieden werden kann. Die Beschwerdeführerin ihrerseits legt nicht substanziiert dar, inwieweit es nicht möglich sein soll, die von ihr aufgezeigten, möglichen Gefahren durch geeignete Schutzmassnahmen zu begrenzen. Die von der Beschwerdeführerin vorgebrachten möglichen Gefährdungen in den streitgegenständlichen Schutzzonen stellen somit keinen Grund dar, auf deren Ausscheidung zu verzichten. Vielmehr können mögliche Gefahren gerade hierdurch zusammen mit den geeigneten Schutzmassnahmen gebannt werden.
3.4.4.
Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich vorbringt, die Ausscheidung von Schutzzonen sei in der Bauzone nicht verhältnismässig, ist ihrem Vorbringen ebenfalls nicht zu folgen. Dieser pauschale Einwand verkennt, dass nur in der Schutzzone S1 Bauten und Anlagen generell verboten sind. In der Schutzzone S2 hingegen sind Bauten und Anlagen zulässig, soweit sie das Trinkwasser quantitativ oder qualitativ nicht beeinträchtigen (Ziff. 222 Abs. 1 i.V.m. Ziff. 221 Abs. 1 Anhang 4 GSchV). In der Schutzzone S3 schliesslich sind Bauten und Anlagen generell zugelassen, die Dienststelle uwe prüft aber bei der Erteilung der Baubewilligung die notwendigen Auflagen zum Schutz der Fassung U. Inwieweit sich nun diese Einschränkungen in der Bauzone als unverhältnismässig erweisen sollen, ist nicht nachvollziehbar und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht im Einzelnen dargelegt. Damit hat es sein Bewenden. Hinsichtlich der generellen Zulässigkeit von Schutzzonen in der Bauzone ist auf die Ausführungen in Erwägung 3.4.2 zu verweisen.
3.4.5.
Im Sinn eines Zwischenergebnisses ist festzuhalten, dass generell das Vorgehen der Vorinstanz, gemäss Art. 20 GSchG Schutzzonen zugunsten der Quellwasserfassung U auszuscheiden, nicht zu beanstanden ist und sich daher die Beschwerde diesbezüglich als unbegründet erweist. Die von der Beschwerdeführerin vorgebrachten Einwände gegen die Errichtung von Schutzzonen innerhalb der Bauzonen sind nicht stichhaltig, mithin ihr Hauptantrag abzuweisen ist. Zu prüfen bleibt im Folgenden gestützt auf die Eventualanträge der Beschwerdeführerin, ob die Ausgestaltung und Grenzziehung der Schutzzonen sowie das Schutzzonenreglement einer näheren Überprüfung standhalten.
4.
4.1.
Die Beschwerdeführerin beantragt eventualiter die Verlegung der Schutzzonengrenze S2 und S3. Es sei indiziert, dass ihr Grundstück Nr. x, GB Z, ganz in die Schutzzone S3 zu liegen komme. Ihr privates Interesse an dieser Grenzziehung sei mit Bestimmtheit höher als das öffentliche Interesse an der in der angefochtenen Verfügung festgelegten Grenze, wonach ein Teil des besagten Grundstücks in die Schutzzone S2 zu liegen komme. Selbst das hydrogeologische Gutachten komme zum Schluss, dass die Schutzzonengrenze im Südwesten aufgrund der sekundären Bedeutung der diesbezüglichen Zuflüsse bis nahe an die Waldgrenze verschoben werden könne. Dieses Ziel könne auch mit einer geringfügigen Absenkung der Fördermenge des Quellwassers erreicht werden.
4.2.
Die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerin halten diesen Einwänden der Beschwerdeführerin entgegen, eine Verlegung der Grenze der Schutzzone S2 sei nicht möglich, da die Grundwasserkarte zeige, dass das Grundwasser eindeutig das Grundstück der Beschwerdeführerin unterquere. Dieser Teil, der aus der westlichen Haupt-Zuflussrichtung erfolge, müsse zwingend der Zone S2 zugeteilt werden. Im Übrigen ziehe die Beschwerdeführerin aus den Ausführungen des Hydrogeologen betreffend Verschiebung der Schutzzonengrenze die falschen Schlüsse, da sie verkenne, dass sich diese auf andere Grundstücke bezogen hätten. Zudem sei das Grundstück der Beschwerdeführerin bereits durch die Waldabstandsgrenze eingeschränkt, mithin durch die Schutzzonenziehung keine weitere wesentliche Einschränkung entstehe.
4.3.
4.3.1.
Die Trinkwasserfassung und seine unmittelbare Umgebung bilden den Fassungsbereich der Schutzzone S1. Diese soll verhindern, dass Verunreinigungen direkt in die Fassung gelangen können, und dass die Fassungsanlage beschädigt oder gar zerstört werden kann. Sie soll gesamthaft im Eigentum des Fassungsinhabers sein und umzäunt werden (Ziff. 122 Abs. 2 Anhang 4 GSchV). Die Zone S2 bildet die engere Schutzzone. Deren Umfang richtet sich nach der Verweildauer und der Fliessgeschwindigkeit des zu fördernden Grundwassers (Ziff. 123 Anhang 4 GSchV). Diese Zone soll verhindern, dass Keime und Viren sowie abbaubare Stoffe in die Fassung oder Anreicherungsanlage gelangen können. Zudem soll das Grundwasser durch Grabungen und unterirdische Anlagen nicht verunreinigt oder die natürliche Filterwirkung des Bodens verringert werden können. Schliesslich soll mit dieser Zone verhindert werden, dass Schadstoffe in die Fassung gelangen können und dass der Grundwasserzufluss durch unterirdische Anlagen behindert wird (Ziff. 123 Abs. 1 Anhang 4 GschV). Die weitere Schutzzone S3 bildet die Pufferzone um die Zone S2. Sie stellt den Schutz vor Anlagen und Tätigkeiten, die ein besonderes Risiko für das Grundwasser darstellen könnten, sicher (Ziff. 124 Abs. 2 Anhang 4GSchV; vgl. zum Ganzen auch: Brunner, a.a.O., Art. 20 GSchG N 16 ff.).
4.3.2.
Die zur Abgrenzung notwendigen Erhebungen müssen vom Fassungsinhaber geliefert werden (Art. 20 Abs. 2 lit. a GSchG). Demnach hat er insbesondere mittels eines hydrogeologischen Gutachtens und allenfalls mit Färbversuchen die Fliessrichtung und die Fliessgeschwindigkeit des Grundwassers aufzuzeigen (BGer-Urteil 1C_413/2008 vom 24.4.2009). Gestützt auf diese Grundlagen lässt sich die Ausdehnung der Schutzzonen ermitteln (Brunner, a.a.O., Art. 20 GSchG N 23).
4.4.
4.4.1.
Die Beschwerdegegnerin hat die von der Rechtsprechung geforderten Untersuchungen durchgeführt und insbesondere ein hydrogeologisches Gutachten erstellen lassen, welches den zitierten Anforderungen genügt. Die Beschwerdeführerin bringt denn auch keine Einwendungen gegen diese massgeblichen Untersuchungen vor, sondern stützt ihre Einwände ebenfalls darauf ab. Da darüber hinaus keine Anhaltspunkte ersichtlich sind, welche Zweifel an diesen Untersuchungen aufkommen liessen, ist vollumfänglich hierauf abzustellen.
4.4.2.
Die auch von der Beschwerdeführerin nicht beanstandeten Ergebnisse des Markierversuchs vom Februar 2014 haben ergeben, dass in westlicher Hauptzuflussrichtung aufgrund der massgeblichen Fliessgeschwindigkeiten ein Abstand von ca. 150 m zum längsten Fassungsstrang erforderlich ist, resp. ein Abstand von 130 m zur Zonengrenze S1 eingehalten werden muss. Der grösste Teil des Grundwassers strömt von Westen und damit von der Richtung, in der das Grundstück der Beschwerdeführerin liegt. Diese bestreitet denn auch nicht, dass gemäss Grundwasserkarte das Grundwasser ihr Grundstück unterquert. Daraus folgt unweigerlich, dass zum Schutz dieses Grundwasserzuflusses die Schutzmassnahmen der Schutzzone S2 unverzichtbar sind, mithin der Grundwasserschutz nicht gewährleistet wäre, wenn nicht zumindest derjenige Teil des Grundstücks der Beschwerdeführerin von der Schutzzone S2 erfasst wäre, der Grundwasser führt. Damit ist der Schluss der Vorinstanz, wonach derjenige Teil des Grundwassers, welcher aus westlicher Haupt-Zuflussrichtung erfolgt, der Schutzzone S2 zugeteilt werden muss und damit der diesbezügliche Teil des beschwerdeführerischen Grundstücks in diese Zone zu liegen kommt, nicht zu beanstanden.
4.5.
Im Ergebnis ist festzuhalten, dass keine Veranlassung besteht, die Grenzziehung der Schutzzone S2 durch die Vorinstanz zu beanstanden. Vielmehr erweist sich diese auch hinsichtlich des Grundstücks der Beschwerdeführerin als sachgerecht. Es ist damit entgegen dem Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht indiziert, das gesamte Grundstück Nr. x, GB Z, lediglich der Schutzzone S3 zuzuweisen. Die Beschwerde erweist sich damit auch hinsichtlich dieses Eventualantrags als nicht berechtigt und ist abzuweisen.