Vor Verwaltungsgericht strittig und zu prüfen war die Berechnung des Privatanteils am Geschäftsauto eines Unselbständigerwerbenden. Der Steuerpflichtige machte sinngemäss geltend, die Berechnung gemäss Weisungen der kantonalen Steuerverwaltung entspreche nicht dem tatsächlichen Nutzwert und forderte eine analoge Berechnung wie im Merkblatt N1/2001 der Eidgenössischen Steuerverwaltung.
Kantonale Steuern:
1.- Gemäss § 23 Abs. 1 StG unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte. Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen (§ 23 Abs. 2 StG). Steuerbar sind somit auch all jene Einkünfte, die dem Steuerpflichtigen nicht in Form von Geld oder Forderungen, sondern in Form von Sachleistungen jeder Art zufliessen (sog. Naturaleinkünfte). Was die Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit angeht, sind unter diesem Titel gemäss § 24 Abs. 1 StG alle Einkünfte aus einem privatrechtlichen oder einem öffentlichrechtlichen Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte, wie u.a. Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen und andere geldwerte Vorteile steuerbar. Zum steuerbaren Erwerbseinkommen des Unselbständigerwerbenden gehören als so genannte Naturaleinkünfte auch geldwerte Vorteile, die der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer dadurch einräumt, dass er ihm ein Geschäftsauto entschädigungslos zu privatem Gebrauch zur Verfügung stellt (Richner/Frei/Kaufmann, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Zürich 1999, N 22 zu § 17 StG mit Hinweisen; StR 46, S. 566 Erw. 1 mit Hinweisen, auch zum Folgenden). Derartige Naturalleistungen müssen bewertet werden, wobei sie mit dem Betrag in Rechnung zu stellen sind, den der Steuerpflichtige anderswo unter gleichen Verhältnissen dafür hätte bezahlen müssen. Was die Bewertung der Naturalbezüge angeht, sind diese nach ihrem Marktwert zu bemessen (§ 23 Abs. 2 StG). Unter Marktwert ist der Wert zu verstehen, der am Markt durch Angebot und Nachfrage identischer oder zumindest ähnlicher Leistungen zustande kommt. Die Bewertung der Naturalbezüge erfolgt schätzungsweise, wenn ein Marktwert nicht festgestellt werden kann (Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Therwil/Basel 2001, I. Teil, N 58, 60 zu Art. 16 DBG).
2.- Gemäss den Angaben des Beschwerdeführers auf dem Formular "Berufsauslagen 2004" zur Steuererklärung steht ihm ein Geschäftsauto der Marke BMW TDS 525 zum privaten Gebrauch zur Verfügung. Der Katalogpreis des Wagens bezifferte er auf Fr. 47'000.-- und den ihm von der Arbeitgeberfirma belasteten Privatanteil auf Fr. 1'500.--. Dass für die private Nutzung des Geschäftswagens ein entsprechender Anteil als Naturaleinkunft zum steuerbaren Einkommen aufzurechnen ist, wird in der Beschwerde zu Recht nicht bestritten. Streitig ist hingegen, nach welchen Grundsätzen dieses Naturaleinkommen zu bewerten ist.
a) Die Kantonale Steuerverwaltung hat bezüglich der Bemessung des Privatanteils an Geschäftsfahrzeugen im Luzerner Steuerbuch, Weisungen StG, § 33 Nr. 1 Ziff. 5, folgenden Grundsatz festgelegt: Steuerpflichtigen Personen, die entweder von ihrer Arbeitgeberfirma ein Geschäftsfahrzeug zur Verfügung gestellt oder welche die gesamten Betriebsspesen ihres eigenen privaten Motorfahrzeuges von der Arbeitgeberfirma vergütet erhalten, müssen sich einen Privatanteil pro Monat von 1 % des Katalogpreises, mindestens aber Fr. 3'250.-- pro Jahr anrechnen lassen. Wenn von der Arbeitgeberfirma weniger als dieser Anteil belastet wird, ist der steuerpflichtigen Person die Differenz bis zu diesem Betrag als Lohnbestandteil aufzurechnen.
Gestützt auf diese Praxis hat die Vorinstanz einen Privatanteil von gesamthaft Fr. 5'640.-- (= 12 % von Fr. 47'000.--) ermittelt. Abzüglich des belasteten Privatanteils gemäss Selbstdeklaration (Fr. 1'500.--) resultierte noch eine Aufrechnung in Höhe von Fr. 4'140.--. Die Berechnung ist korrekt und insoweit nicht zu beanstanden.
b) Es ist zunächst allgemein festzuhalten, dass den Kreisschreiben, Wegleitungen, Richtlinien und Weisungen der Kantonalen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung keine Gesetzeskraft zukommt. Sie vermögen deshalb keine Rechte oder Pflichten der steuerpflichtigen Personen zu begründen, entfalten keine Rechtswirkung und binden weder die privaten Betroffenen einerseits noch das Verwaltungsgericht und das Bundesgericht andererseits. Derartige "Vorschriften" dienen einer einheitlichen Anwendung des Gesetzes (vgl. § 144 Abs. 1 StG); ihnen kommt der Stellenwert einer Meinungsäusserung der Verwaltung über die Auslegung des anwendbaren kantonalen Rechts und des Bundesrechts zu. Soweit solche Weisungen dazu dienen, dass eine einheitliche und rechtsgleiche Praxis befolgt wird und sie vom materiellen Gehalt sich an den Rahmen halten, den ihnen das Gesetzes- oder Verordnungsrecht vorgibt, sind sie auch für das Gericht beachtlich (vgl. BGE 123 II 30 Erw. 7, 119 Ib 41 Erw. 3d; ASA 70, 297 Erw. 2b, je mit Hinweisen).
Wie die Steuerkommission in ihrer Vernehmlassung richtig bemerkt, handelt es sich bei der besagten Weisung um eine Pauschalregelung, bei der allein das Nutzungsrecht besteuert wird. Sie dient dazu, eine einheitliche und rechtsgleiche Veranlagungspraxis bzw. Bewertung von Privatanteilen an Geschäftswagen vorzunehmen. In der Beschwerde wird nicht substantiiert dargelegt, inwiefern die konkrete Weisung der Kantonalen Steuerbehörde unsachgemäss wäre und gegen den Bemessungsgrundsatz von § 23 Abs. 2 StG (Marktwert) verstossen würde. Auch wird nicht geltend gemacht, der Bewertungsansatz von 12 % des Katalogpreises im Jahr sei generell zu hoch und widerspreche dem Marktwert für die Bestimmung des zu beurteilenden Naturaleinkommens. Da es sich um eine Pauschalregelung handelt, die auf eine Vielzahl von identischen oder ähnlichen Sachverhalten angewendet werden soll, bleibt im konkreten Einzelfall unbeachtet, ob die steuerpflichtige Person oft oder nur gelegentlich das Geschäftsauto für den privaten Gebrauch nutzt und ob dieses ein Neu- oder ein Occasionswagen ist. Der Beschwerdeführer wendet zwar ein, der ihm aufgerechnete Anteil von Fr. 5'640.-- sei zu hoch, da es sich um einen 12jährigen Wagen handle. Damit macht er sinngemäss geltend, sein Privatanteil sei abweichend von der Pauschalregelung nach dem tatsächlichen Nutzwert zu bemessen. Wie die Steuerkommission richtig bemerkt, bleibt eine effektive Ermittlung des Privatanteils im Einzelfall vorbehalten. Wer die Pauschalregelung nicht gegen sich gelten lassen will, hat aber nachzuweisen, dass der tatsächliche Nutzen tiefer ist als der ihm zukommende Vorteil nach der pauschalen Ermittlung. Dies setzt im konkreten Einzelfall voraus, dass zur Festsetzung des Privatanteils ein lückenloses Bordbuch geführt wird, aus dem die effektiv gefahrenen Kilometer-Leistungen pro Jahr, aufgeteilt in Geschäfts- und Privatfahrten, der Km-Stand bei Abfahrt und Ende der Fahrt, Destination usw. ersichtlich sind. Ferner müssen die vollständigen Kosten (Versicherungen, Wartung, Benzin usw.) ausgewiesen werden. Aufgrund der belegten Gesamtkosten lässt sich der tatsächliche anteilsmässige Gebrauch für die Privatnutzung feststellen. Der Beschwerdeführer hat weder im Einsprache- noch im vorliegenden Beschwerdeverfahren irgendwelche Belege (Bordbuch, Benzinquittungen, Service-Rechnungen, Versicherungsabrechnungen usw.) zum Nachweis der effektiv entstandenen Autokosten vorgelegt (vgl. dazu auch nachstehend Erwägung). Fehlen aber solche Beweismittel, die zur Ermittlung der konkret angefallenen Kosten unabdingbar sind, ist an der Pauschalermittlung des Privatanteils am Geschäftswagen festzuhalten.
c) Der Beschwerdeführer beruft sich schliesslich auf das Merkblatt N 1/2001 der Eidgenössischen Steuerverwaltung und führt aus, die in diesem Merkblatt postulierte Berechnung des Privatanteils an Geschäftswagen werde nicht nur in den meisten anderen Kantonen angewendet, sondern auch von der Eidgenössischen Steuerverwaltung mit Kreischreiben Nr. 2 (Steuerperiode 2001/2002) vorgeschrieben. Er übersieht jedoch, dass dieses Merkblatt "über die Bewertung der Naturalbezüge und der privaten Unkostenanteile von Geschäftsinhaberinnen und Geschäftsinhabern" die Naturalbezüge von Selbständigerwerbenden zum Gegenstand hat. Das Merkblatt gilt also nicht unmittelbar auch für Arbeitnehmende. Betreffend die Bewertung der Naturalbezüge von Arbeitnehmenden hat die Eidgenössische Steuerverwaltung denn auch speziell das Merkblatt N 2/2001 erlassen. Wie in den nachstehenden Erwägungen noch aufzuzeigen sein wird, vermag der Beschwerdeführer auch aus diesen Merkblättern nichts zu seinen Gunsten abzuleiten. (...)
Direkte Bundessteuer:
1.- Gemäss Art. 16 Abs. 1 DBG unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte. Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen (Art. 16 Abs. 2 DBG). Als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit sind laut Art. 17 Abs. 1 DBG alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlichrechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie u.a. Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen und andere geldwerte Vorteile steuerbar. Damit bestehen im Bund, was den Streitpunkt des aufgerechneten Privatanteils betreffend Benutzung des Geschäftswagens angeht, die identischen Rechtsgrundlagen wie im Kanton.
2.- a) Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat für die Steuerperioden ab Bemessungsjahr 2001 die neuen Merkblätter N 1/2001 mit den Ansätzen für die Bewertung der Naturalbezüge für Selbständigerwerbende und N 2/2001 für Arbeitnehmende herausgegeben. Da der Beschwerdeführer als Geschäftsführer in unselbständiger Stellung tätig ist, bemisst sich das Naturaleinkommen grundsätzlich nach dem Merkblatt N 2/2001. Dieses enthält allerdings nur pauschale Ansätze für Verpflegung und Unterkunft sowie Bekleidung, jedoch keine Bewertungsansätze für die Benutzung des Geschäftsautos zum privaten Gebrauch. Demgegenüber finden sich im Merkblatt 1/2001 für Selbständigerwerbende neben den Pauschalen für Warenbezüge, Mietwert der Wohnung, Privatanteil an Nebenkosten für Heizung, Beleuchtung, Reinigung, Telefon usw., Privatanteil an den Löhnen des Geschäftspersonals auch detaillierte Bewertungsansätze (Tabellenwerte) für den Privatanteil an den Autokosten. Da für Arbeitnehmende diesbezüglich konkrete Bewertungsansätze fehlen, lassen sich diejenigen gemäss Merkblatt N 1/2001 für Selbständigerwerbende zumindest analog auf den vorliegenden Sachverhalt anwenden.
b) Gemäss Ziff. 5 lit. a des Merkblattes N 1/2001 "Naturalbezüge von Selbständigerwerbenden" gilt als erster Grundsatz die Ermittlung aufgrund der tatsächlichen Kosten. Diese Berechnungsmethode setzt die Kenntnis der gesamten Betriebskosten sowie der gesamten Fahrleistung im Geschäftsjahr voraus, wobei die Zahl der privat gefahrenen Kilometer zu schätzen und ihr prozentualer Anteil an der gesamten Fahrleistung zu berechnen ist. Diese Methode entfällt hier, da - wie bereits erörtert wurde - keine genauen Angaben und keinerlei Beweismittel über die diesbezüglichen Betriebskosten und Fahrleistungen vorhanden sind.
Als zweite Berechnungsvariante gilt die pauschale Ermittlung. Diese kommt dann zur Anwendung, wenn die gesamten Betriebskosten des zum Teil privat benutzten Fahrzeugs nicht genau ausgeschieden werden können. Der Privatanteil bemisst sich nach der im Merkblatt enthaltenen Tabelle. Danach wird die private Fahrleistung geschätzt. Als private Fahrleistung sind - nach beiden Methoden - ordentlicherweise 5'000 - 12'000 km anzunehmen. Je nachdem, ob das Fahrzeug wenig, normal oder viel privat benützt wird, sind in der Tabelle die Ansätze für 5'000 km (wenig), 8'500 km (normal) oder 12'000 km (viel) anzuwenden. Wird das Fahrzeug sehr viel oder sehr wenig privat benützt, ist der Privatanteil entsprechend über dem für 12'000 km oder unter dem für 5'000 km angegebenen Betrag anzusetzen. Ansonsten bemisst sich der Privatanteil nach dem Katalogpreis für das benützte Geschäftsauto, wobei sich für 6jährige Fahrzeuge die Tabellenwerte bei einer gesamten Fahrleistung bis 20'000 km um 15 %, bei einer solchen über 20'000 um 20 % ermässigen.
c) Der Beschwerdeführer macht eine Gesamtfahrleistung von 40'000 km und eine private Fahrleistung von 5'000 km geltend. Bei einem Katalogpreis von Fr. 47'000.-- für den 12jährigen BMW TDS 525 ermittelte er gestützt auf die Tabellenwerte und Abzug einer Ermässigung von 20 % einen Privatanteil von Fr. 2'320.--. Nach Berücksichtung des verrechneten Privatanteils (Fr. 1'500.--) ergibt sich nach seiner Berechnung noch ein steuerbares Naturaleinkommen von Fr. 820.--.
Zu diesen Angaben ist was folgt festzuhalten: Der Beschwerdeführer ist Geschäftsführer der in Z domizilierten A GmbH. Die von ihm angegebene private Fahrleistung von 5'000 km ist nicht glaubhaft. Zum einen handelt es sich dabei um den niedrigsten Wertansatz, der gemäss Merkblatt nur zur Anwendung gelangt, wenn man das Geschäftsauto nur wenig privat benutzt. Nach dem Merkblatt, auf das sich der Beschwerdeführer selber beruft, ist aber im "Normalfall" von einer privaten Fahrleistung von 8'500 km im Jahr auszugehen. Will man vom Normalwert abweichen, müssen besondere Umstände nachgewiesen oder zumindest glaubhaft dargelegt werden, die auch im Kontext mit den übrigen Angaben plausibel erscheinen. Wenn aber der Beschwerdeführer eine jährliche Fahrleistung von gesamthaft 40'000 km angibt, so müsste er folglich für Geschäftsfahrten mindestens 35'000 km zurückgelegt haben. Dies ist aufgrund der Aktenlage wenig glaubwürdig. Wie aus dem Schreiben seiner Treuhänderin vom 22. Oktober 2005 an das Steueramt Z hervorgeht, wurden bei der A GmbH keine Arbeitsrapporte geführt, so dass auch die Fahrleistungen sich nicht genau ermitteln lassen. Er stellte dem Steueramt jedoch eine Liste über den Kundenstamm der Arbeitgeberfirma zu. Aus dieser Liste ergibt sich nun aber, dass der weit überwiegende Teil der Geschäftskunden sich in der Gemeinde Z und unmittelbarer Umgebung befindet. Nur vereinzelte Kunden sind in weiterer Entfernung. Im angefochtenen Einspracheentscheid hielt die Steuerkommission im Zusammenhang mit den geltend gemachten Mehrkosten für auswärtige Verpflegung denn auch fest, dass nach dem eingereichten Kundenstamm sich zwei Drittel der Kunden in der Gemeinde Z befänden. Deshalb anerkannte sie - ohne Präjudiz und abweichend von der Veranlagungsverfügung - einen Verpflegungsabzug von 1/3 bzw. Fr. 1'000.--. Diese Feststellung in Bezug auf den Kreis der Geschäftskunden ist im Beschwerdeverfahren unbestritten geblieben, da der nur teilweise gewährte Abzug für Mehrkosten an die auswärtige Verpflegung nicht angefochten wurde. Diese Feststellung muss sich der Beschwerdeführer nun auch in Konnex mit der Fahrleistung entgegen halten lassen. Aufgrund des Kundenstammes ist aber nicht nachvollziehbar, dass aus geschäftlichen Gründen eine Gesamtleistung von 35'000 km pro Jahr anfällt. Daher muss aufgrund der Erfahrungswerte gemäss Merkblatt der Eidgenössischen Steuerverwaltung davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer das Geschäftsauto privat mindestens im Normalbereich oder gar mehr benützt hat, d.h. mindestens 8'500 km für private Zwecke gefahren ist. Es stellt sich sogar die Frage, ob ihm denn nicht die private Fahrleistung von 12'000 km angerechnet werden müsste, würden dann bei der geltend gemachten Fahrleistung von jährlich 40'000 km immer noch 28'000 geschäftlich gefahrene Kilometer verbleiben. Da erhebliche Zweifel an den Angaben des Beschwerdeführers bezüglich der privaten Fahrten bestehen, er dafür auch keinerlei Beweismittel beibrachte und in Anbetracht dessen, dass der überwiegendste Teil der Geschäftskunden in der Gemeinde Z bzw. in einem Umkreis von maximal 20 km domiziliert ist, rechtfertigt es sich, die private Fahrleistung auf den ungefähren Mittelwert zwischen "normal" und "viel" zu schätzen und eine jährliche Fahrleistung von 10'500 km anzunehmen.
Bei einer Fahrleistung von 12'000 km für private Zwecke würde unter Berücksichtigung einer Gesamtleistung von 40'000 km und einem Katalogpreis von Fr. 47'000.-- der Privatanteil Fr. 6'950.-- betragen. Nach Berücksichtigung einer Ermässigung von 20 % resultiert noch ein Privatanteil von Fr. 5'560.--, was nur gerade 1,5 % unter dem von der Vorinstanz angerechneten Anteil von 5'640.-- liegt. Geht man demgegenüber von einer privaten Fahrleistung von ca. 10'500 km aus, ist nach der Tabelle mit durchschnittlichen Kilometerkosten von 58 Rp./km zu rechnen, was einen jährlichen Kostenanteil von Fr. 6'090.-- und um 20 % ermässigt einen Privatanteil von 4'872.-- ergibt. Auch dieser Betrag liegt nur unwesentlich unter dem ermittelten Privatanteil von Fr. 5'640.--. Selbst wenn man zugunsten des Beschwerdeführers auf die Berechnungsweise gemäss dem Merkblatt für Naturalbezüge von Selbständigerwerbenden abstellen wollte, ergäbe sich für ihn nach dem bisher Gesagten kein grundlegend niedrigerer Privatanteil. Was die grundsätzliche Bedeutung von Merkblättern betrifft, kann vollumfänglich auf das bereits Ausgeführte verwiesen werden. Die im besagten Merkblatt dargelegte Berechnungsmethode ist für das Gericht nicht rechtsverbindlich, noch vermag der Beschwerdeführer daraus rechtsgültige Schlussfolgerungen für sich abzuleiten. Beide Methoden, sowohl diejenige nach den Weisungen der Kantonalen Steuerverwaltung wie auch nach dem Merkblatt der Eidgenössischen Steuerverwaltung führen in etwa zum gleichen Ergebnis. Entscheidend ist, dass der angerechnete Privatanteil sich nach dem Marktwert richtet. Dass ein Anteil von Fr. 5'640.-- bzw. Fr. 470.-- im Monat nicht marktgerecht wäre, kann nicht behauptet werden. Alles in allem ist daher der Privatanteil von Fr. 5'640.-- bzw. des aufgerechneten Differenzbetrages von Fr. 4'140.-- auch hinsichtlich der direkten Bundessteuer zu bestätigen, was zur Abweisung der Beschwerde führt.