Das Verwaltungsgericht hatte zu prüfen, ob dem Steuerpflichtigen, der als Zugchef bei den SBB angestellt ist, zu Recht kein Abzug für die Mehrkosten der Verpflegung wegen Schichtarbeit gewährt wurde. Der Steuerpflichtige machte den Maximalbetrag von Fr. 3'000.-- als Abzug geltend, wobei er sich auch auf das Gebot der Gleichbehandlung von Arbeitskollegen in gleicher Berufsstellung berief, denen der Abzug gewährt worden war. Die Steuerbehörde verweigerte diesen Abzug mit der Begründung, dass die SBB dem fahrenden Personal eine Abwesenheitsentschädigung ausrichte.
Aus den Erwägungen:
Direkte Bundessteuer
1.- a) Zur Ermittlung des Reineinkommens werden bei der direkten Bundessteuer von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und allgemeinen Abzüge abgezogen (Art. 25 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer, DBG). Bei unselbständiger Erwerbstätigkeit kommen gemäss Art. 26 Abs. 1 DBG als Berufskosten zum Abzug die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte (lit. a), die notwendigen Mehrkosten für Verpflegung ausserhalb der Wohnstätte und bei Schichtarbeit (lit. b), die übrigen für die Ausübung des Berufs erforderlichen Kosten (lit. c) und die mit dem Beruf zusammenhängenden Weiterbildungs- und Umschulungskosten (lit. d).
Laut Art. 1 der Verordnung über den Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der direkten Bundessteuer (BKV) gelten als steuerlich abziehbare Berufskosten diejenigen Aufwendungen, die für die Erzielung des Einkommens erforderlich sind und in einem direkten ursächlichen Zusammenhang dazu stehen (Abs. 1). Nicht abziehbar sind die vom Arbeitgeber oder einem Dritten übernommenen Aufwendungen, ferner der durch die berufliche Stellung des Steuerpflichtigen bedingte Privataufwand (sog. Standesauslagen) und die Aufwendungen für den Unterhalt des Steuerpflichtigen und seiner Familie (Abs. 2; Art. 34 lit. a DBG). Mehrkosten für Verpflegung können nach Art. 6 Abs. 1 BKV pauschal abgezogen werden, wenn der Steuerpflichtige wegen grosser Entfernung zwischen Wohn- und Arbeitsstätte oder wegen kurzer Essenspause eine Hauptmahlzeit nicht zu Hause einnehmen kann (lit. a); oder bei durchgehender Schicht- oder Nachtarbeit (lit. b). Der Nachweis höherer Kosten ist in diesem Fall ausgeschlossen (Art. 26 Abs. 2 DBG; Art. 6 Abs. 1 BKV). Nur der halbe Abzug ist zulässig, wenn die Verpflegung vom Arbeitgeber verbilligt wird (Beiträge in bar, Abgabe von Gutscheinen usw.) oder wenn sie in einer Kantine, einem Personalrestaurant oder einer Gaststätte des Arbeitgebers eingenommen werden kann (Art. 6 Abs. 2 BKV). Gemäss Art. 3 BKV setzt das Eidgenössische Finanzdepartement die Pauschalansätze für jedes Bemessungsjahr fest und gibt sie in einem Anhang zu dieser Verordnung bekannt. In Bezug auf die Mehrkosten bei auswärtiger Verpflegung bzw. Schicht- oder Nachtarbeit enthält der Anhang zur BKV für die hier massgebliche Steuerperiode 2004 folgende Pauschalbeträge:
Pro Hauptmahlzeit bzw. Tag Pro Hauptmahlzeit im Jahr
voller Abzug Fr. 14.-- Fr. 3'000.--
halber Abzug Fr. 7.-- Fr. 1'500.--
b) Bei den abzugsfähigen Mehrkosten für die beruflich bedingte auswärtige Verpflegung ist ein Abweichen von der Pauschale ausgeschlossen. Steuerlich berücksichtigt werden sollen lediglich die nötigen Mehrkosten im Vergleich zur Verpflegung zu Hause. Wie viel tatsächlich für die Verpflegung ausgegeben wird, ist steuerlich nicht massgebend. Nach dem Grundsatz, wonach nur abgezogen werden kann, was die steuerpflichtige Person selber bezahlt hat, erfolgt bei einer Kostenbeteiligung des Arbeitgebers an den Verpflegungskosten eine Kürzung des Pauschalansatzes. Diese Beteiligung des Arbeitgebers kann durch eine direkte Finanzierung in bar oder durch Abgabe von Gutscheinen erfolgen. In Frage kommt aber auch, dass der Arbeitgeber eine Kantine oder ein Personalrestaurant zur Verfügung stellt und damit mindestens indirekt eine Verbilligung ermöglicht (Knüsel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Basel 2000, N 19 zu Art. 26 DBG).
Wird in einer Unternehmung in mehreren Schichten gearbeitet, so muss der Arbeitnehmer durchgehend arbeiten. Daraus entstehen ihm vermehrte Verpflegungskosten, weil er Hauptmahlzeiten entweder auswärts oder zu einer nicht üblichen Zeit einnehmen muss. Die daraus entstehenden Mehrkosten (im Vergleich zur Verpflegung zu Hause) sind Gewinnungskosten, sofern sie vom Arbeitgeber nicht ersetzt werden (Art. 1 Abs. 2 BKV). Werden die Mehrkosten vom Arbeitgeber ersetzt, so gehören sie nicht zum abgabe- bzw. steuerrechtlich massgebenden Lohn (Känzig, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Aufl., Basel 1982, N 11 zu Art. 22bis Abs. 1 BdBSt, auch zum Folgenden). Der Abzug für Schichtarbeit kann nicht zusätzlich zum Kostenersatz für auswärtige Verpflegung beansprucht werden (vgl. auch Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 19. April 1994, auszugsweise publiziert in: BVR 1995 S. 262).
2.- a) Der Beschwerdeführer arbeitet als "Zugchef National" zu unregelmässigen Arbeitszeiten, da er in Früh- und Spätdienst, von Montag bis Sonntag, eingesetzt wird. Wie aus dem von ihm eingereichten Tourenplan hervorgeht, muss bei Absolvierung von Früh- oder Spätdienst jeweils eine Hauptmahlzeit, je nach Einsatz das Mittag- oder
Abendessen, auswärts eingenommen werden. Somit besteht bei Schichtarbeit grundsätzlich Anspruch auf den Abzug für Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung. Dies wird auch von der Vorinstanz an sich nicht bestritten. Sie begründet jedoch die Ablehnung des geltend gemachten Schichtabzuges damit, dass die Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung durch die von den SBB ausgerichtete Abwesenheitsentschädigung voll abgegolten und somit dem Beschwerdeführer gar keine Mehraufwendungen entstehen würden.
b) Gemäss den eingereichten Lohnabrechnungen vergüten die SBB nebst dem Lohn diverse Entschädigungen, so eine Ortszulage, eine Tagesvergütung fahrendes Personal und spezielle Zulagen für Sonntags- und Nachtdienst. Alle diese Zulagen sind Bestandteil des Lohnes und stellen steuerbares sowie AHV-beitragspflichtiges Einkommen dar, das im Lohnausweis ausgewiesen wird. Zusätzlich zu den erwähnten Lohnentschädigungen richten die SBB dem fahrenden Personal eine Abwesenheitsvergütung von Fr. 1.95 pro Stunde und eine Kleidervergütung aus. Diese beiden Vergütungen gehören weder zum steuerbaren noch AHV-pflichtigen Einkommen, weshalb davon auch keine AHV-Beiträge abgezogen werden, wie sich aus den Lohnabrechnungen ergibt. Konsequenterweise figurieren beide Vergütungen auch nicht im Bruttolohn, wie er im Lohnausweis angegeben ist. Dies lässt sich aufgrund der Bezüge gemäss den aufgelegten Lohnabrechnungen einwandfrei nachprüfen (...). Mit Newsletter Nr. 1 vom 20. Januar 2005 informierten die SBB das Personal über die Neuerungen betreffend Lohnausweis 2004. Die Änderungen wurden auf Wunsch der Personalkommission vorgenommen. Darin wurde u.a. zum Schichtabzug ausgeführt, dass die SBB diesbezüglich keinen Abzug mehr ausweise; die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter müssten daher die abzugsberechtigten Schichttage zusammentragen und mit der Steuererklärung einreichen. Anspruch auf den so genannten Schichtabzug hätten Mitarbeitende bei einer durchgehenden Schicht- oder Nachtarbeit von mindestens acht Stunden. Keinen Schichtabzug geltend machen könne das fahrende Personal, das eine Abwesenheitsvergütung erhalte. Daraus geht hervor, dass die Abwesenheitsvergütung eine Abgeltung der SBB an das fahrende Personal für die Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung darstellt. Steuerrechtlich fällt somit der Schichtabzug ausser Betracht, soweit die Abwesenheitsvergütung den gemäss Anhang zur BKV zulässigen Betrag von Fr. 14.-- für jeden Tag mit durchgehender bzw. von Fr. 3'000.-- bei ganzjähriger Schicht- und Nachtarbeit abdeckt.
Im Formular "Berufsauslagen 2004" machte der Beschwerdeführer den Schichtabzug von Fr. 3'000.-- für 215 Tage à Fr. 14.-- geltend. Gemäss Lohnabrechnungen Januar bis Dezember 2004 erhielt er eine Abwesenheitsvergütung von total Fr. 2'759.25 (1'415 Stunden à Fr. 1.95). Wenn der Beschwerdeführer in seiner Eingabe vom 25. April 2006 vorbringt, die ausgerichtete Abwesenheitsentschädigung decke nicht einmal die Hälfte der Mehrkosten für die auswärtige Verpflegung, ist dieser Einwand nicht nachvollziehbar. Er scheint zu verkennen, dass nur die Mehrkosten, die im Vergleich zur Verpflegung zu Hause entstehen, steuerlich abziehbar sind. Diese Mehrkosten sind auf den Pauschalbetrag von Fr. 3'000.-- im Jahr beschränkt. Sodann ist zu berücksichtigen, dass der Schichtabzug nur für effektiv geleistete Schichttage gestattet ist. Aus dem Lohnausweis geht jedoch hervor, dass im deklarierten Bruttolohn Taggelder (...) enthalten sind (...) für total 41 Tage. Somit sind 41 Unfalltage ausgewiesen, für die kein anteilsmässiger Schichtabzug (Fr. 574.--; 41 Tage à Fr. 14.--) gewährt werden kann, da während der unfall- oder krankheitsbedingten Arbeitsaussetzung keine Aufwendungen für auswärtige Verpflegung entstehen. Zwar fällt auf, dass die in der Lohnabrechnung des Monats Februar angerechneten zwei Taggeldleistungen (26 Tage) auf die Monate "November/Dezember 2003" entfallen. Selbst wenn man diese Taggelder unberücksichtigt lässt, verbleiben 15 Unfalltage, für die ein Schichtabzug unzulässig ist. Subtrahiert man den Anteil von Fr. 210.-- (15 Tage à Fr. 14.--) von der Pauschale von Fr. 3'000.--, ergibt sich ein Betrag von Fr. 2'790.--, der grundsätzlich abzugsfähig ist, soweit die Arbeitgeberin dafür keine Entschädigung vergütet. Im Vergleich zur erhaltenen Abwesenheitsentschädigung von Fr. 2'759.25 resultiert letztendlich eine Differenz von bloss Fr. 30.--, die von der Arbeitgeberin nicht abgegolten wurde. Diese geringfügige Differenz ist vorliegend vernachlässigbar, zumal auch krankheitsbedingte Abwesenheiten zu keinem Schichtabzug berechtigen.
c) Zusammenfassend kann als Zwischenergebnis festgehalten werden, dass mit der Abwesenheitsentschädigung der Arbeitgeberin die Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung gedeckt werden. Damit kann im Sinne von Art. 1 Abs. 2 BKV kein Abzug gewährt werden. Dass die Vorinstanz den geltend gemachten Schichtabzug von Fr. 3'000.-- verweigert hat, lässt sich nach den bisherigen Ausführungen nicht beanstanden.
3.- Der Beschwerdeführer bringt im Weiteren vor, in anderen Luzerner Gemeinden würde der Schichtabzug bei seinen Berufskollegen anerkannt. Zum Beweis legt er die Veranlagung eines Steuerpflichtigen der Gemeinde Z ins Recht. Er verlangt, dass er gleich behandelt werde wie gleichgestellte Steuerpflichtige. Damit erhebt der Beschwerdeführer sinngemäss Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht.
a) Nach konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung geht der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung dem Rechtsgleichheitsprinzip regelmässig vor. So gibt der Umstand, dass das Gesetz in anderen Fällen nicht oder nicht richtig angewendet worden ist, dem Bürger grundsätzlich keinen Anspruch darauf, ebenfalls abweichend vom Gesetz behandelt zu werden. Das gilt allerdings nur, wenn lediglich in einem oder in einigen wenigen Fällen eine vom Gesetz abweichende Behandlung dargetan ist. Wenn es dagegen die Behörden ablehnen, die in andern Fällen geübte, gesetzwidrige Praxis aufzugeben, kann der Bürger verlangen, dass die gesetzwidrige Begünstigung, die dem Dritten zuteil wird, auch ihm gewährt werde. Andererseits können dem ausnahmsweise einzuräumenden Anspruch auf Behandlung in Abweichung vom Gesetz gewichtige öffentliche Interessen oder das berechtigte Interesse eines privaten Dritten in gesetzmässiger Rechtsanwendung entgegenstehen; hierüber ist im Einzelfall im Rahmen einer Interessenabwägung zu entscheiden (BGE 123 II 254 Erw. 3c, 122 II 451 Erw. 4a, je mit Hinweisen).
b) Der Beschwerdeführer behauptet nicht, er werde in seiner Wohnsitzgemeinde Y als einziger ungleich behandelt gegenüber anderen steuerpflichtigen Personen in gleicher Berufsstellung. Dies trifft denn auch nicht zu, wie sich aus der Vernehmlassung der Steuerkommission ergibt. Was die Neuerungen betreffend den Lohnausweis 2004 anbelangt, sind diese im Newsletter der SBB vom 20. Januar 2005 für das Personal publik gemacht worden. Dass dieser Newsletter nicht für die Allgemeinheit bestimmt gewesen sein soll, wie der Beschwerdeführer behauptet, ändert nichts daran, dass die Steuerbehörden und im Beschwerdefall das Gericht frei zu prüfen haben, ob ein Schichtabzug zulässig ist oder nicht, wenn das fahrende Personal zur Abgeltung der Mehrkosten für auswärtige Verpflegung eine Abwesenheitsvergütung erhält. Zur Praxis der Kantonalen Steuerverwaltung Luzern betreffend die Abwesenheitsentschädigung des SBB-Personals verweist die Steuerkommission auf die Ausführungen im Luzerner Steuerbuch, Weisungen StG, § 33 Nr. 3 Ziff. 4.2. Danach dürfen grundsätzlich keine Abzüge für auswärtige Verpflegung geltend gemacht werden, weil das fahrende Personal zusätzlich Abwesenheitsentschädigungen erhält, die nicht im Lohnausweis inbegriffen sind. Sofern diese Abwesenheitsentschädigungen nicht alle Tage ausgerichtet werden, ist der Nachweis für den Abzug der Mehrkosten für auswärtige Verpflegung zu erbringen. Diese Weisungen, die mit Wirkung ab 1. Januar 2005 erlassen wurden, stehen völlig in Einklang mit der Regelung von Art. 1 Abs. 2 BKV, welche generell die vom Arbeitgeber übernommenen Aufwendungen als nicht abziehbar erklärt. Der Beschwerdeführer meint, die fraglichen Weisungen dürften nicht bereits bei der Steuerveranlagung 2004 berücksichtigt werden. Diese Auffassung geht fehl. Er übersieht, dass im System der Postnumerandobesteuerung mit Gegenwartsbemessung die Steuererklärung 2004 im Jahre 2005 einzureichen ist und folglich die Steuerveranlagung 2004 auch erst nach dem 1. Januar 2005 vorgenommen werden kann.
Soweit sich der Beschwerdeführer auf den von der BV garantierten Anspruch auf Gleichbehandlung beruft, gilt es zu beachten, dass die veröffentlichten Weisungen der Kantonalen Steuerverwaltung Luzern für alle Steuerämter des Kantons Luzern verbindlich sind. Dass abgesehen vom Steueramt Y diese Weisungen generell nicht beachtet würden, ist nicht anzunehmen und vom Beschwerdeführer auch nicht dargetan worden. Wie die Steuerkommission in ihrer Vernehmlassung ausführt, hat vielmehr der Leiter der Abteilung Unselbständigerwerbende sowohl die Einschätzer und Inspektoren als auch die Präsidenten der Steuerkommissionen mehrmals darauf hingewiesen, der Weisung der Steuerverwaltung konsequent Geltung zu verschaffen. In der Gemeinde Y, wo der Beschwerdeführer wohnt, wurden - um eine unterschiedliche Behandlung zu vermeiden - im Herbst 2005 sämtliche Veranlagungen des fahrenden Personals der SBB zusammen eröffnet. Damit ist aber davon auszugehen, dass die Gemeinde Y bezüglich des strittigen Schichtabzuges eine einheitliche Veranlagungspraxis anwendet. Dass in einem einzelnen Fall oder in wenigen Fällen das Steueramt anderer Gemeinden vorschriftswidrig den Schichtabzug trotz Abgeltung der Verpflegungsmehrkosten durch die Abwesenheitsentschädigung zugelassen hat, gibt dem Beschwerdeführer keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht und damit auf eine gesetzeswidrige Steuerveranlagung. Denn, dass ausser in der Gemeinde Y alle übrigen Steuerämter des Kantons Luzern die Weisungen gemäss Luzerner Steuerbuch generell nicht beachten würden, kann aufgrund der Veröffentlichung der fraglichen Weisungen und der gemachten Ausführungen der Steuerkommission in den Rechtsschriften nicht angenommen werden. Der Beschwerdeführer ist dafür denn auch den Nachweis schuldig geblieben. Somit bleibt es dabei, dass der Schichtabzug von Fr. 3'000.-- zu Recht nicht anerkannt worden ist.