Die A AG mit Sitz in Luzern bezweckt im Wesentlichen den Immobilienhandel und die Verwaltung von Liegenschaften. An dieser AG sind die Verwaltungsräte B (aus Luzern) und C (aus Bern) sowie je eine von B und von C beherrschte Gesellschaft beteiligt. Sie verfügt weder über eigenes Personal noch über eigene Lokalitäten; sämtliche Aktivitäten der Gesellschaft entfaltet sie über ihre Verwaltungsräte, welche die Geschäfte der Gesellschaft von ihrem Wohn- oder Geschäftsort aus leiten.
Im Jahr 1999 erwarb die A AG eine Liegenschaft in Luzern zum Preis von Fr. 3000000.-, sanierte sie für Fr. 1300000.- und veräusserte sie im Januar 2001 zum Preis von Fr. 7200000.-. Zudem erwarb die Gesellschaft bis Ende 2001 zwei ausschliesslich mit Fremdkapital finanzierte Liegenschaften im Kanton Bern.
Mit Fusionsvertrag vom 28. Juni 2001 übernahm die A AG die D AG, in Z (Kanton Bern), mit Aktiven und Passiven. Die D AG hatte ihrerseits im März 2000 eine Liegenschaft in Z erworben, welche heute zufolge Fusion zum Liegenschaftenportefeuille der A AG gehört. Die Liegenschaft in Z wurde vom Zeitpunkt des Erwerbs an einer umfangreichen Sanierung unterzogen (aufgelaufene Investitions- und Umbaukosten gemäss Übernahmebilanz ca. Fr. 2200000.-). Die A AG belastete der Jahresrechnung 2001 einen pauschalen Sanierungsaufwand von Fr. 710000.- für die Jahre 2000 und 2001. Zudem verbuchte sie mit Bezug auf die Liegenschaft in Z eine Abschreibungsnachholung von Fr. 295770.-. Auch bezüglich des übrigen Liegenschaftenbestands im Kanton Bern wurden der Erfolgsrechnung hohe Abschreibungen und Verwaltungskosten belastet, so dass der Gewinn aus dem Verkauf der Luzerner Liegenschaft weitgehend absorbiert wurde.
Die A AG machte zwar geltend, im Kanton Bern über eine Betriebsstätte zu verfügen, deswegen müsse die interkantonale Ausscheidung nach Quoten erfolgen. Dennoch ging die Steuerverwaltung des Kantons Luzern in der Veranlagungsverfügung für die Steuerperiode vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2001 davon aus, dass es sich bei der A AG steuerrechtlich um eine interkantonale Liegenschaftshändlerin mit Handels- und Kapitalanlageliegenschaften handelt. Sie verlegte den Vermögensertrag und den Liegenschaftsgewinn objektmässig, brachte die Schuldzinsen proportional nach der Lage der Aktiven zum Abzug und wies die - steuerlich zu aktivierenden - Aufwandüberschüsse (insbesondere Abschreibungen und Unterhaltskosten) allein dem Kanton Bern zu.
Die Steuerkommission juristische Personen wies die gegen diese Veranlagungsverfügung erhobene Einsprache ab. Das Verwaltungsgericht hiess die Verwaltungsgerichtsbeschwerde teilweise gut, hob den Einsprachentscheid auf und wies die Sache zur Neuveranlagung im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurück.
Aus den Erwägungen:
a/aa) Aus dem Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung gemäss Art. 127 Abs. 3 BV folgt, dass ein Steuerpflichtiger, der steuerlich mehreren Kantonen angehört, in diesen Kantonen zusammen nicht mehr als sein gesamtes Reineinkommen bzw. seinen gesamten Reingewinn versteuern muss (BGE 107 Ia 42 Erw. 1a; ASA 60, 272 Erw. 2a). Nach der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung musste diese Regel jedoch gegenüber dem Grundsatz zurücktreten, wonach das Grundeigentum dem Kanton, in dem es gelegen ist, zur ausschliesslichen Besteuerung vorbehalten bleibt. Der Liegenschaftskanton musste daher Verluste am Hauptsitz oder in einem anderen Betriebsstättekanton nicht übernehmen. Das heisst, er war nicht verpflichtet, solche Verluste auf den Ertrag der Liegenschaft oder auf den Veräusserungsgewinn (Wertzuwachs und Buchgewinn) anzurechnen. Ergaben sich deswegen am Hauptsitz sog. Ausscheidungsverluste, waren sie hinzunehmen (BGE 132 I 224 Erw. 4.1).
bb) In seiner jüngeren Rechtsprechung hat das Bundesgericht zwar am Grundsatz, dass dem Belegenheitskanton die ausschliessliche Besteuerung von Grundeigentum zusteht, festgehalten, ja diesen sogar ausgeweitet, in verschiedenen Fallkonstellationen aber Praxisänderungen vollzogen, um Ausscheidungsverluste möglichst zu vermeiden und dem verfassungsmässigen Anspruch auf Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zum Durchbruch zu verhelfen.
So legte das Bundesgericht mit BGE 131 I 249 fest, dass der Wertzuwachs aus der Veräusserung von Betriebsliegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmen dem Belegenheitskanton zur ausschliesslichen Besteuerung zustehe (BGE 131 I 259 Erw. 5.3). Für Betriebsliegenschaften der übrigen interkantonalen Unternehmungen hatte das Bundesgericht diese Praxis bereits in BGE 83 I 263ff. Erw. 3 begründet und den Wertzuwachs dem Belegenheitskanton zur ausschliesslichen Besteuerung zugewiesen (BGE 131 I 256f. Erw. 4.3 und 4.4). Hingegen änderte das Bundesgericht seine Praxis, wonach der Betriebsstättekanton bei der Besteuerung des Wertzuwachsgewinns aus der Veräusserung einer Betriebsliegenschaft auf einen allfälligen Ausscheidungsverlust im Sitzkanton keine Rücksicht zu nehmen brauche, mit Urteil vom 27. Oktober 1999 und verpflichtete diesen Kanton, den Geschäftsverlust, den die Unternehmung im Sitzkanton und weiteren Kantonen mit Betriebsstätten aufwies, mit dem Grundstückgewinn zu verrechnen. Ausschlaggebend war für das Bundesgericht, dass die Ausdehnung des Rechts des Kantons der gelegenen Sache zur ausschliesslichen Besteuerung des Wertzuwachses auf Betriebsliegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmern nicht dazu führen dürfe, dass dieser Kanton auf die übrige Situation der Unternehmung keine Rücksicht zu nehmen brauche und den Gewinn auch dann voll besteuern dürfe, wenn die Unternehmung mit einem Verlust abschliesse (BGE 132 I 226 Erw. 4.3).
Mit BGE 131 I 285 verpflichtete das Bundesgericht sodann den Nebensteuerdomizilkanton der Liegenschaft, den Gewinnungskostenüberschuss einer Privatliegenschaft am Hauptsteuerdomizil zu übernehmen (BGE 131 I 290 Erw. 3.7 und 4.1).
In Fortsetzung seiner Rechtsprechung, Ausscheidungsverluste wenn immer möglich zu vermeiden, entschied das Bundesgericht ausserdem in BGE 132 I 220 (teilw. publ. in: StE 2007 A 24.43.2 Nr. 2), dass der Liegenschaftskanton (mit einer reinen Kapitalanlageliegenschaft) einem allfälligen Betriebsverlust im Sitzkanton einer Unternehmung (Handelsgesellschaft) Rechnung tragen muss. Es setzte der Besteuerungsbefugnis des Liegenschaftskantons insofern Grenzen, als dieser nun auf die Situation der Unternehmung oder der Privatperson und deren Leistungsfähigkeit Rücksicht nehmen muss (BGE 132 I 227 Erw. 5).
Am 3. November 2006 änderte das Bundesgericht schliesslich seine bisherige Praxis zur Ausscheidung von Aufwandüberschüssen bei (gewerbsmässigen) Liegenschaftenhändlern im interkantonalen Verhältnis (BG-Urteil 2P.84/2006 vom 3.11.2006; teilw. publ. in: StE 2007 A 24.43.1 Nr. 19). Als Liegenschaftshandel im Sinn der Rechtsprechung zum Doppelbesteuerungsverbot kennzeichnet sich (gemäss der auf natürliche Personen als Steuersubjekt bezogenen Umschreibung) eine Liegenschaftenverkaufstätigkeit, wenn ein Steuerpflichtiger Grundstückkäufe und -verkäufe nicht bloss bei der Verwaltung seines Vermögens oder bei einer sich zufällig bietenden Gelegenheit vornimmt, sondern planmässig und in der Absicht handelt, damit einen Verdienst zu erzielen. Indizien für die Verdienstabsicht bilden dabei etwa die Häufung von An- und Verkäufen, die Inanspruchnahme von Fremdgeldern, die Reinvestition von Gewinnen in Grundbesitz oder der Umstand, dass Umsatzgeschäfte im Zusammenhang mit einer beruflichen Tätigkeit des Steuerpflichtigen stehen (vgl. Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, Bern, 1999, S. 132; K. Locher/P. Locher, Die Praxis der Bundessteuern, III. Teil: Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht, § 7 I D Nr. 25). Nach der bisherigen Rechtsprechung wurden bei interkantonalem Liegenschaftenhandel Aufwendungen, namentlich Schuldzinsen, betreffend die gehandelten Liegenschaften objektmässig ausgeschieden zum Abzug zugelassen; bei fehlendem Einkommen waren sie aus steuerlicher Sicht zu "aktivieren" und somit einzig im Belegenheitskanton abziehbar. Der Sitzkanton oder andere Liegenschaftskantone mussten Aufwandüberschüsse und Schuldzinsen, die über den laufenden Ertrag entstanden, nicht übernehmen. Die bisherige Praxis beruhte auf der bei steigenden Marktpreisen gerechtfertigten Annahme, dass die Aufwandüberschüsse beim Verkauf der Liegenschaft verrechnet werden können, weshalb sich eine Verlegung auf den Sitzkanton oder andere Liegenschaftskantone erübrigt (BG-Urteil 2P.84/2006 vom 3.11.2006, Erw. 5.2 und 6.1). Mit dieser Rechtsprechung hatte das Bundesgericht "der Verrechnung von Aufwandüberschüssen in der Zeit den Vorrang vor der Verrechnung als Verluste im Sitzkanton oder in anderen Liegenschaftenkantonen eingeräumt" (BG-Urteil 2P.84/2006 vom 3.11.2006, Erw. 5.2). Da der Vortrag von Schuldzinsen aber bei sinkenden Preisen zu einem definitiven Ausscheidungsverlust führen kann, änderte das Bundesgericht seine Praxis, um der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit der Steuerpflichtigen bei der Besteuerung besser Rechnung zu tragen, und weitete die Anwendbarkeit des Systems der proportionalen Verlegung der Schuldzinsenüberschüsse nach Lage der Aktiven auf diejenigen der interkantonalen Liegenschaftenhändler aus. Soweit der nach Lage der Aktiven zu übernehmende Anteil an Schuldzinsen den Vermögensertrag im Liegenschaftskanton übersteigt, ist er nunmehr zunächst von den übrigen Kantonen mit einem Netto-Vermögensertrag zu übernehmen. Wenn auch ein solcher Ertrag fehlt, ist der Überschuss auf das übrige Einkommen der Steuerpflichtigen zu verlegen (BG-Urteil 2P.84/2006 vom 3.11.2006, Erw. 6.3).
cc) Nach dem heutigen Stand der bundesgerichtlichen Rechtsprechung werden Schuldzinsen von Liegenschaften im interkantonalen Recht (interkantonale Kollektiv- und einfache Kommanditgesellschaften vorbehalten [vgl. ASA 73, 250ff. Erw. 4.1 und 4.2 = StE 2004, A 31.1 Nr. 8]) demnach nur (noch) nach zwei Arten verlegt: Für Liegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmungen in Betriebsstätte- und Sitzkanton, die nicht bloss der Vermögensanlage dienen (vgl. K. Locher/P. Locher, a.a.O., § 7 I D Nr. 27), sowie für Betriebsliegenschaften interkantonaler Unternehmungen werden die Schuldzinsen in Quoten (z.B. nach Umsatz oder Erwerbsfaktoren) ausgeschieden. Für die übrigen Liegenschaften (Kapitalanlageliegenschaften von interkantonalen Unternehmungen, Liegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmungen ausserhalb des Betriebsstättekantons sowie im Betriebsstätte- und Sitzkanton gelegene Liegenschaften, die nicht im Zusammenhang mit der Geschäftstätigkeit stehen) werden die Schuldzinsen proportional nach Lage der Aktiven ausgeschieden (vgl. die [für Liegenschaftenhändler und Generalunternehmungen aufgrund des BG-Urteils 2P.84/2006 vom 3.11.2006 nunmehr anzupassende] Übersicht bei Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4.Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, S. 498).
Die mit dem Bundesgerichtsentscheid vom 3. November 2006 fortgesetzte, auf die Vermeidung von Ausscheidungsverlusten ausgerichtete und der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit verpflichtete Rechtsprechung verbietet es von vornherein, die Praxisänderung auf die Schuldzinsenüberschüsse beschränkt zu verstehen. Zudem zählt das Bundesgericht die "überschiessenden Gewinnungskosten und Schuldzinsen" (Erw. 5.2) ausdrücklich zu den von der Praxisänderung betroffenen, bisher "in der Zeit" zu verrechnenden Aufwandüberschüssen. Im Licht der Praxisänderung sind deshalb auch die übrigen Liegenschaftsaufwände nicht mehr zu aktivieren, sondern gegebenenfalls von anderen Kantonen zur Verrechnung zuzulassen.
(Das Bundesgericht ist auf die dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten am 15. Oktober 2007 nicht eingetreten.)