Die A AG mit Sitz in Z war auf Initiative und unter alleiniger wirtschaftlicher Beteiligung von B gegründet worden. B hatte als Inhaber der Einzelfirma "B Baumanagement" ein spezielles Konzept für ein Einkaufszentrum entwickelt, welches er mit der A AG in Z realisieren wollte.
Mit Tagebucheintrag vom 29. Juni 2001 erwarb die A AG das bislang landwirtschaftlich genutzte Grundstück Y in Z für ca. Fr. 10'000'000.-- (alle Zahlen fiktiv). Am gleichen Tag schloss B namens der B Baumanagement und der A AG einen Vertrag über die Abtretung sämtlicher Projektrechte und -pflichten von der Einzelunternehmung B Baumanagement an die A AG sowie über seine Leistungen im Rahmen der Projektrealisierung gegen eine teilweise erfolgsabhängige, suspensiv bedingte Gesamtentschädigung von ca. Fr. 50'000'000.--. Ebenfalls an diesem Datum gewährte die C AG der A AG ein Darlehen über ca. Fr. 5'000'000.-- zur Finanzierung des Grundstückkaufs. Im Dezember 2001 erteilte der Gemeinderat von Z die Baubewilligung.
Mitte Mai 2002 begannen die Vorarbeiten für den Bau des Einkaufszentrums. Auf den Stichtag, 30. Juni 2002, bilanzierte die A AG die erwähnte Liegenschaft mit ca. Fr. 15'000'000.--; die gesamte Bilanzsumme lag nur geringfügig über diesem Wert und der Fremdkapitalanteil betrug ungefähr 99,6 % der Bilanzsumme. Die A AG schloss das erste Geschäftsjahr mit einem Verlust von ca.Fr. 50'000.-- ab, den sie dem Eigenkapital belastete. In der Folge errichtete die A AG zugunsten der Bank D, welche die Finanzierung des Projekts übernahm, zunächst sechs Namens-Schuldbriefe mit einer Gesamtpfandsumme von mehr als Fr. 100'000'000.-- und zu einem späteren Zeitpunkt weitere Inhaber-Schuldbriefe mit einer zusätzlichen Pfandsumme von ungefähr Fr. 50'000'000.--.
Der Spatenstich erfolgte in der zweiten Hälfte 2002 und die Eröffnung des Einkaufszentrums im Jahr 2005. Wenige Monate nach der Eröffnung wurde der Verkehrswert der Liegenschaft auf fast Fr. 200'000'000.-- geschätzt. Im Jahr 2006 veräusserte die A AG die Liegenschaft.
Für das erste Geschäftsjahr vom 15. Juni 2001 bis 30. Juni 2002 deklarierte die A AG einen Verlust von ca. Fr. 50'000.--, d.h. einen steuerbaren Gewinn von Fr. 0.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. x.--.
Nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Luzern festgestellt hatte, dass der Minimalsteuerbetrag die für den steuerbaren Gewinn und das steuerbare Kapital geschuldeten Steuern - selbst nach erfolgten steuerlichen Korrekturen - übersteigt, veranlagte sie die A AG für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 15.06.2001 - 30.06.2002 mit der Minimalsteuer gemäss § 95 Steuergesetz (StG) von ca. Fr. 30'000.--.
Eine gegen diese Veranlagungsverfügung erhobene Einsprache wies die Steuerkommission juristische Personen ab. Daraufhin gelangte die A AG an das Verwaltungsgericht, welches die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abwies.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) schreibt den Kantonen in Art. 2 Abs. 1 die Erhebung folgender Steuern vor: Einkommens- und Vermögenssteuern von natürlichen Personen (lit. a), Gewinn- und Kapitalsteuern von den juristischen Personen (lit. b), Quellensteuern von bestimmten natürlichen und juristischen Personen (lit. c) sowie Grundstückgewinnsteuern (lit. d). Minimalsteuern - es handelt sich um Objektsteuern, die von zahlreichen Kantonen anstelle der ordentlichen Steuern erhoben werden, wenn diese zu einem höheren Steuerbetrag als die ordentlichen Steuern führen - sind nicht unter den von den Kantonen zu erhebenden Steuern aufgeführt. Den Kantonen steht es indessen frei, andere als die in Art. 2 Abs. 1 StHG aufgeführten Steuern zu erheben, soweit solche nicht verfassungsrechtlich ausdrücklich dem Bund vorbehalten sind (Duss/von Ah/Rutishauser, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl., Basel 2002, N 9 zu Art. 27 StHG, mit Hinweisen, auch zum Folgenden). Gemäss Art. 27 Abs. 2 StHG müssen allfällige Minimalsteuern auf Ersatzfaktoren an die Gewinn- und Kapitalsteuer angerechnet werden. Indem das StHG die Anrechenbarkeit der Minimalsteuer anordnet, anerkennt es zudem implizit, dass deren Erhebung zulässig ist (Höhn/Waldburger, Steuerrecht, Band I, 9. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2001, § 16 Rz. 10).
b) Das Bundesgericht erachtet die Erhebung von Minimalsteuern auf dem Grundeigentum als verfassungsmässig und mit dem System der Reingewinn- und Kapitalbesteuerung vereinbar, wenn unter den Aktiven einer Kapitalgesellschaft Grundstücke von besonderer Bedeutung sind. Eine solche Gesellschaft kann sich gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht nur mittels Grundpfandsicherheiten überdurchschnittlich viel Kredit beschaffen und so mit besonders wenig Eigenkapital und Ertrag auskommen. Sie kann ausserdem von steigenden Grundstückwerten profitieren und ein anhaltendes Wachstum ihres Vermögenswerts erzielen, ohne entsprechende Reinerträge auszuweisen (ASA 58, S. 63, Erw. 3 b, auch zum Folgenden). Beides erhöht nach bundesgerichtlicher Auffassung ihre wirtschaftliche Leistungsfähigkeit, ohne dass die Ertragskraft in steuerbaren Reinerträgen erfassbar wäre und die Kapitalbesteuerung auf der Grundlage der Bilanzwerte die entsprechend erhöhten Fiskaleinnahmen brächte, geschweige denn das Vermögenswachstum erfassen liesse. Werden Minimalsteuern auf dem Grundeigentum von juristischen Personen erhoben, bei denen die ordentliche Besteuerung von Reingewinn und Eigenkapital nicht zu einer hinreichenden Berücksichtigung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit führt, sind sie demnach verfassungsrechtlich zulässig. In diesem Fall dienen sie dazu, die Auswirkungen zulässiger Vorkehren zur Verminderung der Steuerlast zu beschränken (StE 2007 A 21.16 Nr. 9, Erw. 1.3). Sodann ist es verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, wenn mit einer solchen Steuer eine geringfügige fiskalische Belastung der im Kanton gelegenen unbeweglichen Güter sichergestellt werden soll (BG-Urteil 2A.653/2006 vom 9.11.2006, Erw. 3; BG-Urteil 2P.323/2004 vom 2.3.2005, Erw. 2.2, mit Hinweisen; BG-Urteil 2P.80/2003 vom 12.12.2003, Erw. 2.1.2; Urteil A 03 192 vom 2.2.2004, Erw. 4b und dort genannter Entscheid).
c/aa) Mit dem erwähnten Entscheid vom 12. Dezember 2003 (2P.80/2003, Erw. 2.1.3) bestätigte das Bundesgericht ausdrücklich die bereits mit Urteil vom 12. November 1999 (P.345/1998, teilw. publ. in: StR 55/2000, S. 105 ff.) festgestellte Verfassungsmässigkeit der Luzerner Minimalsteuer in der Fassung des - nicht harmonisierten - Steuergesetzes des Kantons Luzern vom 27. Mai 1946 (aStG), welches unter dem Titel "Minimalsteuer auf Grundstücken juristischer Personen" bestimmte:
"§ 61 Minimalsteuer
1 Die juristischen Personen entrichten anstelle der ordentlichen Steuer eine Minimalsteuer von 2 Promill des Steuerwertes der im Kanton Luzern gelegenen Grundstücke, wenn der Minimalsteuerbetrag die nach den §§ 50 - 60 sich ergebenden Steuern [Gewinn- und Kapitalsteuer; Anm. d. Verf.] übersteigt. Massgebend ist der Steuerwert am Ende der Steuerperiode. ...".
Im Rahmen der letzten Totalrevision des Luzerner Steuergesetzes zur Anpassung an das Steuerharmonisierungsgesetz hielt der Gesetzgeber an der Minimalsteuer unter Anpassung des Wortlauts wie folgt fest (Steuergesetz vom 22. November 1999 [StG; SRL Nr. 620]):
"§ 95
1 Die Kapitalgesellschaften und die Genossenschaften entrichten anstelle der ordentlichen Steuern eine Minimalsteuer von zwei Promille des Steuerwerts der im Kanton Luzern gelegenen Grundstücke, wenn der Minimalsteuerbetrag die sich nach den §§ 72 - 94 ergebenden Steuern [Gewinn- und Kapitalsteuer; Anm. d. Verf.] übersteigt. Massgebend ist der Steuerwert am Ende der Steuerperiode. ...".
bb) Wie schon aus einem Vergleich des Wortlauts der alten und neuen Bestimmung hervorgeht, entspricht die auf den 1. Januar 2001 in Kraft gesetzte Regelung der Minimalsteuer im Wesentlichen dem bisherigen § 61 aStG (Urteil A 03 192 vom 2.2.2004, Erw. 4b; Botschaft des Regierungsrats vom 5. Februar 1999, GR 1999, S. 405 ff., 507). Da das Bundesgericht die Verfassungsmässigkeit der altrechtlichen Minimalsteuer ausdrücklich festgestellt hat, besteht somit kein Anlass an derjenigen der Minimalsteuer gemäss § 95 StG zu zweifeln. Die Konformität mit dem Steuerharmonisierungsgesetz (vgl. Art. 27 Abs. 2 StHG) ergibt sich im Übrigen daraus, dass die Minimalsteuer als gegenüber der Gewinn- und Kapitalsteuer subsidiäre Steuer ausgestaltet ist. Zu Recht stellt denn auch die Beschwerdeführerin weder die Verfassungsmässigkeit der Minimalsteuer im Sinn von § 95 StG noch die Einhaltung der steuerharmonisierungsrechtlichen Vorschriften durch den kantonalen Steuergesetzgeber in Frage.
2.- Der subsidiäre Charakter der Minimalsteuer gemäss § 95 Abs. 1 StG erfordert, dass vor der Veranlagung von Minimalsteuern sowohl die kantonalen Gewinn- und Kapitalsteuern als auch die Minimalsteuern ermittelt werden, um - je nachdem, welche höher ausfallen - die einen oder anderen zu erheben.
Im Veranlagungsverfahren stellte die Steuerverwaltung fest, dass die Beschwerdeführerin auf den 30. Juni 2002 bei einem Verhältnis zwischen Fremd- und Eigenkapital von 99.65 % zu 0.35 % über Darlehen im Betrag von ca. Fr. 6'000'000.-- (= mehr als ein Drittel des gesamten Fremdkapitals) verfügte, welche von der Gesellschaft nahe stehenden Personen, namentlich von den Aktionären stammen. Da bei der Berechnung des Reingewinns gemäss § 72 Abs. 1 lit. d StG die Schuldzinsen aufzurechnen sind, die auf jenen Teil des Fremdkapitals entfallen, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt (vgl. Art. 65 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer; DBG; SR 642.11) und gemäss § 91 StG bei der Ermittlung des steuerbaren Kapitals das bilanzierte Eigenkapital für Steuerzwecke um denselben Teil des Fremdkapitals erhöht werden muss, nahm sie den augenfällig hohen Anteil an Darlehen von Nahestehenden zum Anlass, die Finanzierung der Aktiven einem Drittvergleich nach Massgabe der steuerlichen Belehnungsgrenzen zu unterziehen (vgl. Kreisschreiben Nr. 6, Direkte Bundessteuer, Steuerperiode 1997). Sie errechnete einen als verdecktes Eigenkapital zu qualifizierenden Anteil der Darlehen von ca. Fr. 3'000'000.-- und ermittelte darauf entfallende Zinsen von ca. Fr. 150'000.--. Da die Beschwerdeführerin jedoch die Baukosten, inklusive Schuldzinsen, nicht der Erfolgsrechnung belastet, sondern aktiviert hatte, unterblieb eine Aufrechnung beim Verlust gemäss Erfolgsrechnung; die Veranlagungsbehörde bildete jedoch im Betrag der aktivierten Baukreditzinsen in der Steuerbilanz eine Minusreserve auf der Liegenschaft Y. Aufgrund dieser - von der Beschwerdeführerin nicht zum Gegenstand ihrer Beschwerde gemachten und im Übrigen nicht zu beanstandenden - steuerlichen Korrekturen gegenüber der Selbstdeklaration der Beschwerdeführerin resultierten unter dem Gesichtswinkel der ordentlichen Steuern lediglich Kapitalsteuern auf einem steuerbaren Kapital von ca. Fr. 3'000'000.--, d.h. von ca. Fr. 4'000.-- (einfache Steuer) für 376 Tage. Die gesamte Staats- und Gemeindesteuer auf den ordentlichen Faktoren erreicht demgemäss ca. Fr. 15'000.--. Die Minimalsteuer von zwei Promillen auf dem Steuerwert der Liegenschaft Y gemäss Steuererklärung bzw. Bilanz per 30. Juni 2002 von ca. Fr. 15'000'000.-- beläuft sich demgegenüber auf ca. Fr. 30'000.--. Damit waren bzw. sind die masslichen Voraussetzungen für die Erhebung der subsidiären Minimalsteuer gegeben, da diese vorliegendenfalls höher ausfällt als die ordentliche Gewinn- und Kapitalsteuer.
3.- Die Beschwerdeführerin beantragt vorab, im Sinn der gesetzlichen Ausnahme von § 95 Abs. 2 lit. b StG von der Minimalsteuer ausgenommen zu werden, weil sich auf dem für die Berechnung der Minimalsteuer herangezogenen Grundstück ihr Betrieb abwickle. Sodann macht sie geltend, sie sei in der streitbetroffenen Steuerperiode weder objektiv in der Lage gewesen, den der Besteuerung zu Grund gelegten Gewinn zu erzielen, noch habe sie über in Grundstücken steckende Ertragskraft und damit über eine wirtschaftliche Leistungsfähigkeit verfügt, die im Ertrag oder im Kapital zum Ausdruck gelange. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sei unter diesen Umständen die Erhebung einer Minimalsteuer ausgeschlossen.
4.- Von der Minimalsteuer sind gemäss § 95 Abs. 2 lit. b StG Grundstücke von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften ausgenommen, auf denen sich zur Hauptsache der Betrieb eines nach kaufmännischer Art geführten Unternehmens der Eigentümerin oder einer diese beherrschenden natürlichen oder juristischen Person abwickelt, sofern letztere mindestens einen Viertel des Steuerwerts des Grundstücks selber als Kapital eingelegt hat. Die blosse Verwaltung und Nutzung des Grundstücks als Kapitalanlage oder der Handel damit gelten nicht als Betrieb.
a) Ob die Ausnahme von der Minimalsteuer zu Gunsten der Beschwerdeführerin greift, hängt vorliegendenfalls davon ab, ob die A AG auf dem von ihr erworbenen Grundstück Nr. yyyy in Z einen ihr gehörigen "Betrieb eines nach kaufmännischer Art geführten Unternehmens" abwickelt und nicht bloss Verwaltung oder Nutzung des Grundstücks als Kapitalanlage oder der Handel damit vorliegt. Aus den Akten geht hervor, dass die Beschwerdeführerin am 30. Juni 2002, d.h. am Ende der streitbetroffenen Steuerperiode, die Liegenschaft mit ca. Fr. 15'000'000.-- bewertete. Die seit dem Kauf des Grundstücks aktivierten Investitionen beliefen sich bis zu diesem Zeitpunkt auf ca. Fr. 3'000'000.--. Der Spatenstich für den Bau des Einkaufszentrums war am 30. Juni 2002 noch nicht erfolgt, immerhin war aber mit den Vorarbeiten begonnen worden. Ob diese Baustellenvorbereitungsarbeiten die Abwicklung des Betriebs der A AG im Sinn von § 95 Abs. 2 lit. b StG darstellen, ist durch Auslegung zu ermitteln.
aa) Ziel der Gesetzesauslegung ist es, denn Sinngehalt einer Norm zu ergründen. Auszugehen ist dabei vom Wortlaut der auszulegenden Bestimmung, doch kann dieser nicht allein massgebend sein, namentlich wenn der Text unklar ist oder verschiedene Deutungen zulässt. Vielmehr muss nach der wahren Tragweite des Wortlauts gesucht werden unter Berücksichtigung weiterer Auslegungselemente, wie namentlich Entstehungsgeschichte und Zweck der Norm. Wichtig ist auch die Bedeutung, welche der Norm im Kontext mit anderen Bestimmungen zukommt. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatikalische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifellos eine sachlich richtige Lösung ergab (BGE 125 II 179 Erw. 3 = StE 1999 B 71.61 Nr. 4).
bb) Verwendet der Gesetzgeber in einer Steuernorm zivilrechtliche Begriffe, wie vorliegend etwa mit dem Hinweis auf die Führung des Unternehmens nach "kaufmännischer Art", so ist deren zivilrechtliche Bedeutung grundsätzlich auch für das Steuerrecht massgebend (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., Zürich 2006, VB zu StG N 115). Unter der kaufmännischen Art wird im handelsrechtlichen Kontext die Führung eines Betriebs nach kaufmännischen Grundsätzen und unter geordneter Buchführung verstanden (vgl. Art. 53 lit. C Handelsregisterverordnung; SR 221.411). Aus der im Veranlagungsverfahren teilweise aktenkundig gemachten Rechnungslegung und dem Revisionsbericht geht hervor, dass die A AG im Rahmen der Realisation des Projekts Einkaufszentrum Y ein nach betriebsökonomischen Grundsätzen orientiertes Unternehmen aufbaute und führt(e).
cc) Der Begriff des "Betriebs" wird demgegenüber wie die Begriffe des Unternehmens oder der Unternehmung, des Geschäfts und Gewerbes nicht einheitlich verwendet (vgl. BGE 110 Ib 17 ff.; BGE 115 Ib 263 ff. = StE 1990 B 23.7 Nr. 3; StE 1990 B 72.15.3 Nr. 1; Cagianut/Höhn, Unternehmungssteuerrecht, 3. Aufl., Bern/Wien/Stuttgart 1993, § 1 Rz. 2). Für die Auslegung muss deshalb - wie auch das Bundesgericht betont - auf den konkreten Regelungskontext abgestellt werden. Dabei erweist sich die gesetzliche Gegenausnahme, wonach die blosse Verwaltung und Nutzung des Grundstücks als Kapitalanlage oder der Handel damit nicht als Betrieb gelten, für die Auslegung als hilfreich. Sie macht deutlich, wie die Vorinstanz zu Recht vorbringt, dass sich die Privilegierung auf die Grundstücke beschränken soll, die der eigentlichen Leistungserstellung der Gesellschaft oder Genossenschaft dienen. Diese Zwecksetzung wird noch deutlicher erkennbar, wenn für die Auslegung der Ausnahmetatbestände auf das gesetzgeberische Motiv der Minimalsteuer Bezug genommen wird. Die Luzerner Minimalsteuer ist steuerpolitisch darauf ausgerichtet, Gesellschaften mit Liegenschaften, aber ohne Sitz und Betriebsstätte im Kanton angemessen steuerlich erfassen zu können (Botschaft des Regierungsrats vom 5. Februar 1999, a.a.O., 507). Bei den zu privilegierenden Grundstücken handelt sich - in der doppelbesteuerungsrechtlichen Terminologie - somit um Betriebsliegenschaften, die im Gegensatz zu den Kapitalanlageliegenschaften kein Spezialsteuerdomizil des Belegenheitsorts begründen, das zur gesonderten Besteuerung von Erträgen und Veräusserungsgewinnen berechtigte. Vielmehr steht dem Hauptsteuerdomizil sowie dem (den) Betriebsstättenort(en) nur ein Anteil am gesamten Unternehmensgewinn zu; lediglich bei Veräusserung steht dem Belegenheitskanton die volle Erfassung des Wertzuwachsanteils zu (Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 2. Aufl., Bern 2003, S. 92). Die Steuerausscheidung erfolgt im Übrigen auch für Betriebsstättenliegenschaften interkantonaler Unternehmungen wie z.B. Generalbauunternehmungen, deren Immobilienbesitz in der Regel Umlaufvermögen bildet, nach Ertrags- oder Erwerbsquoten (vgl. Übersichten bei: Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, S. 498, und Locher, a.a.O., S. 93). Unter diesem Gesichtswinkel ist hervorzuheben, dass Grossbaustellen von Generalbauunternehmungen sowie damit zusammenhängenden Handelsobjekten, wenn sie die übrigen, in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung entwickelten und in die Bundesgesetzgebung eingeflossenen Kriterien erfüllen (ständige körperliche Anlagen oder Einrichtung, qualitative und quantitative Erheblichkeit der Tätigkeit, Zugehörigkeit zum Unternehmen als dessen Teil; vgl. K. Locher/P. Locher, Die Praxis der Bundessteuern, III. Teil: Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht, § 8, I B, 2; vgl. Art. 51 Abs. 2 DBG), Betriebsstättenqualität zugebilligt wird (Locher, a.a.O., S. 138, mit Hinweisen). Es ist deshalb nicht ausgeschlossen, dass die Baustelle der Beschwerdeführerin, wäre sie Teil eines interkantonalen Unternehmens, als Betriebsstätte beurteilt werden müsste. Um dem Vorwurf des unzulässigen Methodendualismus zu entgehen, müsste auch bei einem nur nach kantonalem Recht zu beurteilenden Sachverhalt die Betriebsqualifikation für die kantonale Minimalsteuer mit derjenigen in der interkantonal-steuerrechtlichen Terminologie übereinstimmen; m.a.W. wäre eine in interkantonalen Verhältnissen als Betrieb qualifizierte Grossbaustelle auch innerkantonal als solche zu behandeln.
Da am 30. Juni 2002 der Spatenstich für das Einkaufszentrum der A AG noch nicht erfolgt war, sondern lediglich Vorbereitungsarbeiten für den Baubeginn durchgeführt worden waren, kann von vornherein nicht von betrieblichen Verhältnissen gesprochen werden, welche mit der Grossbaustelle im Sinn des interkantonalen Doppelbesteuerungsrechts vergleichbar wären, zumal die Beschwerdeführerin es versäumt hatte, etwa das Vorhandensein von ständigen Baubüros oder sonstigen ständigen Einrichtungen vor dem Baubeginn auch nur zu behaupten, geschweige denn nachzuweisen.
b) Fehlten somit auf den steuerlich für die Minimalsteuer massgebenden Zeitpunkt per 30. Juni 2002 ständige körperliche Einrichtungen auf dem Grundstück der Beschwerdeführerin, in oder mit denen die betriebliche Leistung (nämlich das Erstellen des Einkaufszentrums im Hinblick auf dessen späteren Verkauf) erbracht wurde, sind für das der Beschwerdeführerin gehörende Grundstück wenigstens bezüglich der streitbetroffenen Steuerperiode die Voraussetzung der Ausnahme von der Minimalsteuer im Sinn von § 95 Abs. 2 lit. b StG nicht gegeben.
5.- a) Die Beschwerdeführerin rügt sodann, die verfügte Minimalsteuer verletze das Rechtsgleichheitsgebot von Art. 8 Abs. 1 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft (BV; SR 101), da sie während der Bauphase naturgemäss objektiv nicht in der Lage gewesen sei, Gewinn zu erzielen, weshalb nicht auf den Liegenschaftenwert als Bemessungsgrundlage für die Erhebung einer Minimalsteuer abgestellt werden dürfe.
Das in Art. 8 BV verankerte Rechtsgleichheitsgebot verlangt eine Gleichbehandlung von gleichen Sachverhalten mit gleichen relevanten Tatsachen, es sei denn, eine unterschiedliche Behandlung sei sachlich gerechtfertigt (BGE 112 Ia 196 Erw. 2b; Schweizer in: Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender [Hrsg.], Die Schweizerische Bundesverfassung, Zürich/Basel/Genf/Lachen, 2002 [zit. SG-Kommentar], Art. 8 BV, Rz. 42 f.). Bereits im Jahr 1970 hielt das Bundesgericht fest, dass es unter dem Aspekt des verfassungsmässigen Gleichbehandlungsgebots grundsätzlich nicht zu beanstanden sei, bei Unternehmungen, die bewusst auf die vollständige Ausschöpfung ihrer Ertragsfähigkeit verzichten, ihre minimale steuerliche Leistungsfähigkeit mit einer Minimalsteuer zu belasten, sofern geeignete Vorkehren gewährleisten, dass die Steuer nicht notleidende Unternehmungen trifft, die nicht fähig wären, den der Besteuerung zu Grunde gelegten minimalen Gewinn zu erzielen (BGE 96 I 571 f. Erw. 3e = ASA 39, 523; ASA 54, 171 Erw. 3b). Von einer objektiven Gewinnunfähigkeit kann freilich nicht schon dann gesprochen werden, wenn eine Gesellschaft keinen Gewinn erwirtschaftet. Die Steuerverwaltung weist zu Recht darauf hin, dass bei der Beschwerdeführerin, die auf das Erstellen und den Verkauf oder den Betrieb eines Einkaufszentrums ausgerichtet ist, in der Aufbauphase die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit nicht primär im handelsrechtlichen Gewinn zum Ausdruck kommt. Vielmehr ist ihre Leistungsfähigkeit im Gewinnpotential zu erblicken, das der Beschwerdeführerin zuzurechnen ist, indem sie das ursprünglich von der B Baumanagement, d.h. von A, entwickelte Konzept eines speziellen Einkaufszentrums (...) gemäss Vereinbarung vom 29. Juni 2001 weiterführte. Objektive Gewinnunfähigkeit setzte indes voraus, dass eben gerade kein solches Potential vorhanden wäre. Indem die Beschwerdeführerin das Gewinnpotential nicht innert der streitbetroffenen Steuerperiode realisierte, verzichtete sie - wohl im Bestreben, ihre Marktchancen durch die laufende Realisierung der Konzeptidee ihres Gründers zu verbessern - in dieser Geschäftsphase auf die Ausschöpfung der darin steckenden Ertragskraft, obwohl sie - wie aus der Vereinbarung vom 29. Juni 2001 hervorgeht - bereit gewesen wäre, das Projekt schon im Zeitpunkt der Übernahme der Projektrechte an einen Investor "zu lukrieren". Die angebliche Gewinnunfähigkeit ist deshalb nicht darin begründet, dass die Beschwerdeführerin notleidend war oder sich nach der Gründung in einer Startphase befand, in welcher sie der Schonung bedurft hätte, was etwa den St. Galler Gesetzgeber veranlasst hatte, die Minimalsteuer nach Neugründung während einer Anlaufzeit nicht zu erheben (vgl. BG-Urteil vom 22.3.1995, Erw. 2b, publ. in: StR 95 S. 557), hatte sie doch die gesamten, in den Jahren 1994 - 2001 erbrachten Vorleistungen der B Baumanagement übernommen; zudem war die postulierte Gewinnunfähigkeit nicht etwa baubedingt, weil das Gewinnpotential nach der Konzeption von B nicht allein in den zu erstellenden Bauten, sondern im Projekt als solchem lag. Entsprechend hätte die Beschwerdeführerin bereits im ersten Geschäftsjahr das Projekt veräussern können. Wenn dies nicht erfolgte, entsprach das Vorgehen der Beschwerdeführerin mutmasslich der kaufmännischen, auf optimale Ausschöpfung der Marktchancen für das Projekt angelegten Absicht des sie beherrschenden Gründeraktionärs und Verwaltungsrats. Wenn die Beschwerdeführerin den möglichen Gewinn durch Veräusserung des Projekts nicht in der streitbetroffenen, sondern erst in einer späteren Geschäftsperiode realisierte, kann nicht von objektiver Gewinnunfähigkeit gesprochen werden. Eine in der Erhebung der Minimalsteuer begründete, rechtsungleiche Behandlung der Beschwerdeführerin gegenüber denjenigen juristischen Personen, die der ordentlichen Gewinn- und Kapitalsteuer unterliegen, liegt deshalb nicht vor.
b) Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung des Grundsatzes der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV). Diese sieht sie darin begründet, dass bei ihr keine stillen Reserven im Immobilienvermögen und in den aktivierten Baukosten steckten, welche als potenzielle Ertragskraft mittels einer Minimalsteuer abgeschöpft werden dürften. Ihre Kredite seien im Gleichschritt mit dem Baufortschritt angewachsen und die Grundpfandsicherheiten erstreckten sich ausschliesslich auf den Wert der Parzelle und die getätigten Investitionen. Dass das Projekt aus heutiger Sicht als geglückt bezeichnet werden könne, sei nicht auf eine objektive wirtschaftliche Leistungsfähigkeit zurückzuführen, sondern auf die persönliche Leistungskraft und Risikobereitschaft von B.
Art. 127 Abs. 2 BV verlangt für alle Steuern, dass diese nach den Grundsätzen der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit bzw. nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit ausgestaltet sind. Der Grundsatz der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit richtet sich allerdings nach der Art der erhobenen Steuer (Höhn/Waldburger, a.a.O., § 4, Rz. 69). Verletzt ist der Grundsatz dann, wenn eine Besteuerung erfolgt, ohne dass wirtschaftliche Leistungsfähigkeit vorliegt oder wenn damit eine vorhandene Leistungsfähigkeit geradezu zerstört würde (Vallender/Wiederkehr, in: SG-Kommentar, Art. 127 BV, Rz. 20). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist das zu berücksichtigende Potential bei der Beurteilung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit nicht auf das Grundeigentum beschränkt, sondern muss sich vielmehr die Leistungsfähigkeitsbeurteilung auf das von der steuerpflichtigen Gesellschaft geführte Unternehmen, konkret auf dessen Substanz, ausrichten (BG-Urteil vom 24. Juni 1988, in: ASA 58, 58 ff.).
Vorab spricht gegen die Annahme einer Verletzung der verfassungsmässigen Schranken, dass die Beschwerdeführerin die für die Erstellung des Einkaufszentrums notwendigen Fremdmittel in der Höhe von letztendlich deutlich über Fr. 100'000'000.-- verschaffen konnte. Darin ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung schon für sich ein gewichtiges Zeichen für ihre wirtschaftliche Leistungsfähigkeit, d.h. ihre Fähigkeit eine minimale Steuer von ca. Fr. 30'000.- zu entrichten, zu erblicken (BG-Urteil vom 22.3.1995, Erw. 3b/bb, publ. in: StR 95 S. 558 f.).
Eine Unternehmensbewertung auf den Bilanzstichtag vom 30. Juni 2002, d.h. auf das Ende der streitbetroffenen Steuerperiode, führt zudem zu einem weit über den für die ordentlichen Gewinn- und Kapitalsteuern grundsätzlich massgeblichen handelsrechtlichen Bilanzwerten (vgl. Art. 24 StHG; §§ 72 und 89 StG; Kuhn/Brülisauer, in: Zweifel/Athanas, a.a.O., N 9 ff. zu Art. 24 StHG) liegenden, verkehrswertbezogenen Ansatz. Bereits eine Erweiterung der Bilanz um folgende, in der Terminologie der heute in internationalen, aber auch nationalen Verhältnissen für börsenquotierte Unternehmen gebräuchlichen Rechnungslegungsstandards "intangible assets" (vgl. die für Unternehmenszusammenschlüsse grundlegenden Bestimmungen der International Financial Reporting Standards, IFRS 3; International Accounting Standards, IAS 38; Statements of Financial Accounting Standards, SFAS 141/142; vgl. auch das Kotierungsreglement der Swiss Exchange, Art. 64-71b und die Richtlinie betr. Anforderungen an die Finanzberichterstattung [RLFB] vom 1.1.2007) genannte Positionen führte zu einer erheblichen, bei der Ermittlung des Verkehrswerts zu beachtenden Substanzvermehrung (vgl. die Ausführungen bei Hauser/Theile/Pawelzik, AS/IFRS Handbuch, Einzel- und Konzernabschluss, 2. Aufl., Köln 2005, Rz. 1641 f.):
Kundenbeziehungen, d.h. die Mietverträge mit Kunden; im Mai 2002 bestanden Verträge mit [4 renommierten Detaillisten];
Baubewilligung vom 5. Dezember 2001;
Finanzierungsverhältnisse: Darlehen der C AG vom 29. Juni 2001;
Totalunternehmer-Vertrag mit der Totalunternehmergemeinschaft F AG, abgeschlossen am 27. Juni 2002 (Zahlungsansprüche: Vertragsstrafen-, Schadenersatz- und Werklohnrückzahlungsansprüche; Rechte und Ansprüche aus der Erfüllungsgarantie und der Mängelgarantie gemäss Totalunternehmervertrag);
Einkaufszentrumskonzept mit Geschäftsplan.
Werden nur schon die hier aufgezählten "intangible assets" dem Bilanzwert der A AG per 30. Juni 2002 von ca. Fr. 50'000.-- gegenübergestellt, wird ohne weiteres erkennbar, dass der handelsrechtliche Wert um ein Vielfaches unter dem Verkehrswert liegt. In der Unternehmensbewertungslehre wird der Unternehmenswert, der im Rahmen eines Unternehmenskaufs ermittelt werden muss, indessen nicht allein substanzbezogen ermittelt, sondern er wird grundsätzlich dem Barwert aller dem Investor dank der Investition in Zukunft zufliessenden Nettoeinnahmen gleichgesetzt (Helbling, Unternehmensbewertung und Steuern, 9. Aufl., Düsseldorf 1998, S. 563). Der die Beschwerdeführerin beherrschende Aktionär und Verwaltungsrat B rechnete, wie aus der Vereinbarung vom 29. Juni 2001 hervorgeht, mit einer Marge zwischen Einstandspreis und Verkaufserlös von ca. Fr. 50'000'000.--. Vor diesem Hintergrund - und auch wenn hier eine Bruttomarge gemeint ist - weist die Vorinstanz in ihrem Entscheid zu Recht darauf hin, dass die A AG sich trotz einer minimalen Eigenkapitalisierung von weniger als einem Prozent die für die Erstellung des Einkaufszentrums notwendigen Mittel in neunstelliger Höhe verschaffen konnte. Das wiederum ist Ausdruck ihrer vorhandenen, aber sich weder in Gewinn noch Kapital niederschlagenden wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Entgegen ihrer Bestreitungen erlaubt es im Übrigen auch der Umstand, dass die Beschwerdeführerin bereits im zweiten Geschäftsjahr eine Aufwertungsreserve im Sinn von Art. 670 Abs. 1 OR auf ihrem Grundstück bildete, auf das Vorhandensein von stillen Reserven auf ihrem Grundstück am Ende des ersten Geschäftsjahrs zu schliessen. Dieser Befund erscheint umso berechtigter, als die Beschwerdeführerin schon im ersten Geschäftsjahr von der allgemeinen Entwicklung der Gewerbelandpreise zufolge generell schwindender Baulandreserven profitiert haben dürfte.
Aus alledem ist ersichtlich, dass die Beschwerdeführerin über eine wesentlich grössere wirtschaftliche Leistungsfähigkeit verfügt, als dies die Buchwerte in der Bilanz und der ausgewiesene Verlust vermuten lassen. Die Erfassung dieser wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit ist demnach gerechtfertigt.