Die A AG hat ihren statutarischen Sitz im November 2002 von Z nach Luzern verlegt. Als Domizilhalter wurde im Handelsregister die Anwaltskanzlei B eingetragen. Mitte November 2002 veräusserte die A AG das Grundstück Nr. x, GB Luzern, an C. Der Stadtrat veranlagte die A AG daraufhin unter Berücksichtigung der (kurzen) Besitzesdauer zu einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 200'000.-- (fiktive Zahl).
Gegen diese Veranlagungsverfügung erhob die A AG Einsprache und machte geltend, dass infolge unbeschränkter Steuerpflicht im Kanton Luzern der Veräusserungsgewinn im Rahmen des "dualistischen Systems" über die ordentliche Gewinnsteuer abzurechnen sei. Der Stadtrat wies die Einsprache mit der Begründung ab, das Hauptsteuerdomizil der A AG befinde sich entgegen dem Anschein, der sich aus der Eintragung im Handelsregister ergebe, nicht im Kanton Luzern.
Daraufhin gelangte die A AG an das Verwaltungsgericht, welches die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abwies.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG) schreibt den Kantonen u.a. vor, eine Grundstückgewinnsteuer zu erheben (Art. 2 Abs. 1 lit. d StHG). Gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG unterliegen der Grundstückgewinnsteuer namentlich Gewinne, die sich bei der Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens sowie von Anteilen daran ergeben. Das StHG folgt damit in seinem Grundsatz dem dualistischen System, wonach Gewinne auf im Geschäftsvermögen liegenden Grundstücken zu den ordentlichen Einkommens- oder Gewinnsteuern gezählt werden. Das StHG gibt den Kantonen gemäss Art. 12 Abs. 4 StHG aber auch die Möglichkeit, alle Grundstückgewinne nach dem monistischen System einer Grundstückgewinnsteuer zu unterwerfen (Zwahlen in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl., Basel 2002, N 5 zu Art. 12 StHG).
In verschiedenen Kantonen, welche das dualistische System kennen, wird eine weitere Ausnahme vorgesehen, durch welche die auf Geschäftsvermögen eingetretenen Grundstückgewinne nicht der ordentlichen Einkommenssteuer, sondern der Grundstückgewinnsteuer unterworfen werden. Damit werden vor allem ausserkantonale Liegenschaftenhändler, welche aufgrund ihres Liegenschaftsbesitzes am Ort der gelegenen Sache nur beschränkt steuerpflichtig werden, einer besonderen Behandlung dieser Gewinne unterworfen. Dies ist im Verhältnis zum StHG unproblematisch, sieht es doch eine solche Regelung in Art. 12 Abs. 4 StHG sogar ausdrücklich vor (Zwahlen, a.a.O., N 25 zu Art. 12 StHG).
b) Der Kanton Luzern erhebt die bundesrechtlich vorgeschriebene Grundstückgewinnsteuer gestützt auf das Gesetz über die Grundstückgewinnsteuer vom 31. Oktober 1961 (GGStG). Nach § 1 Abs. 1 GGStG unterliegen Gewinne aus Veräusserung von Grundstücken der Grundstückgewinnsteuer; ausgenommen sind Gewinne aus Veräusserung von Geschäftsvermögen, die der Einkommens- oder Gewinnsteuer unterliegen. Die gesetzliche Regelung im Kanton Luzern entspricht somit dem dualistischen System. Gemäss einer Ausnahme von diesem System unterliegen ferner Gewinne aus dem Handel mit Grundstücken der Grundstückgewinnsteuer, wenn im Kanton Luzern lediglich eine Steuerpflicht aus Grundeigentum besteht (§ 1 Abs. 2 Ziff. 2 GGStG). Handel mit Grundstücken im Sinne von § 1 Abs. 2 Ziff. 2 GGStG betreiben alle juristischen und natürlichen Personen, die Grundstücke des Geschäftsvermögens verkaufen, wenn im Kanton Luzern lediglich eine Steuerpflicht aus Grundeigentum besteht. Die Entfaltung eines eigentlichen Liegenschaftenhandels ist nicht erforderlich. Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen auch Gesellschaften mit Sitz im Kanton Luzern, sofern es sich dabei lediglich um ein sogenanntes Briefkastendomizil handelt (Urteil L. vom 26.10.1992, bestätigt durch BG-Urteil L. vom 30.3.1994).
Die Beschwerdeführerin war grundsätzlich ab dem Zeitpunkt der Sitzverlegung im Kanton Luzern unbeschränkt steuerpflichtig. Bei dieser Ausgangslage wäre der von ihr bei der Veräusserung des Grundstücks erzielte Gewinn nach dem im Kanton Luzern herrschenden dualistischen System nicht der Grundstückgewinnsteuer unterlegen, sondern im Rahmen der ordentlichen Gewinnsteuer zu besteuern gewesen (§ 1 Abs. 1 GGStG). Geht man aber davon aus, dass der statutarische Sitz der Beschwerdeführerin ein blosses Briefkastendomizil darstellt, und sie trotz Sitzwechsel kein Steuerdomizil im Kanton Luzern begründet hat, so unterliegt der Veräusserungsgewinn aus dem Verkauf des Grundstücks Nr. x gemäss § 1 Abs. 2 Ziff. 2 GGStG der Grundstückgewinnsteuer.
2.- a) Juristische Personen sind nach § 64 des Steuergesetzes (StG) unbeschränkt steuerpflichtig, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung im Kanton befindet. Sitz der juristischen Person ist der Ort, den die Statuten als Sitz bezeichnen (vgl. Art. 56 ZGB). Streitigkeiten in Bezug auf das Steuerdomizil sind nach den Regeln, welche die Praxis zum interkantonalen Steuerrecht entwickelt hat, zu lösen.
b) Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum interkantonalen Steuerrecht befindet sich das Hauptsteuerdomizil einer juristischen Person im interkantonalen Verhältnis grundsätzlich an ihrem durch die Statuten und den Handelsregistereintrag bestimmten Sitz. Auf diesen zivilrechtlichen Sitz der juristischen Person wird jedoch dann nicht abgestellt, wenn ihm in einem anderen Kanton ein Ort gegenübersteht, an dem die normalerweise am statutarischen Sitz sich abspielende Geschäftsführung und Verwaltung, d.h. die leitende Tätigkeit, in Wirklichkeit vor sich geht. Dann wird dieser Ort als Steuerdomizil betrachtet. Ob der Wahl des statutarischen Sitzes fiskalische oder andere Erwägungen zugrunde liegen, ist unerheblich; es genügt, dass dieser Sitz den wirklichen Verhältnissen in keiner Weise entspricht und als künstlich geschaffen erscheint. Entscheidend sind die gesamten Umstände des Einzelfalles (Zum Ganzen: BG-Urteil 2P.317/2004 vom 11.10.2005 Erw. 3.1 mit zahlreichen Hinweisen).
c) Der Ort der tatsächlichen Verwaltung liegt dort, wo eine Gesellschaft ihren wirtschaftlichen und tatsächlichen Mittelpunkt hat bzw. wo die normalerweise am Sitz sich abspielende Geschäftsführung besorgt wird. Massgebend ist somit die Führung der laufenden Geschäfte im Rahmen des Gesellschaftszweckes; bei mehreren Orten ist der Schwerpunkt der Geschäftsführung massgebend. Dabei ist es kaum denkbar, dass die tatsächliche Verwaltung im Auftragsverhältnis von Dritten ausgeübt wird (BG-Urteil 2A.560/2002 vom 8.9.2003 Erw. 5.2.2 mit Hinweisen).
Wird die Leitung ausserhalb des Sitzkantons ausgeübt, kommt es darauf an, ob sich am Sitz eine für den Geschäftsbetrieb wesentliche Infrastruktur befindet. Ist das der Fall, so stellt der Sitz das Hauptsteuerdomizil dar. Nur wenn sich am Sitz weder Leitung noch Geschäftseinrichtungen befinden, dem Sitz somit bloss formelle Bedeutung zukommt, ist der Ort der wirklichen Leitung massgebend. Man nennt einen bloss formellen, künstlich geschaffenen statutarischen Sitz "Briefkastendomizil". Es besteht darin, dass ein Beauftragter im Wesentlichen lediglich seine Geschäftsadresse der juristischen Person zur Verfügung stellt. Diese wird bei ihm domiziliert, wobei er allerdings noch die für die juristische Person bestimmte Post entgegennimmt. Ist der statutarische Sitz ein solches Briefkastendomizil, dann befindet sich das Hauptsteuerdomizil dort, wo regelmässig diejenigen Handlungen vorgenommen werden, welche in ihrer Gesamtheit der Erreichung des statutarischen Zwecks dienen. Es ist also nicht erforderlich, dass die juristische Person sich am Ort der Leitung geschäftlicher Anlagen oder Einrichtungen bedient. Voraussetzung ist aber in jedem Fall die Inanspruchnahme von Einrichtungen zur Vornahme der Verwaltungstätigkeit. Nicht massgebend ist der Wohnsitz der Aktionäre, sofern sich diese mit der Verwaltung nicht zu befassen haben. Wenn dagegen eine juristische Person, die am statutarischen Sitz lediglich ein Briefkastendomizil hat, vom Wohnsitz des Alleinaktionärs als Verwaltungsratspräsident aus geleitet wird, befindet sich ihr Hauptsteuerdomizil an diesem Ort (bereits zitiertes Urteil L. vom 26.10.1992 Erw.1b mit Hinweisen).
3.- Hinsichtlich der Beweislastverteilung gilt, dass die Veranlagungsbehörde den Nachweis für steuerbegründende oder -erhöhende Tatsachen zu erbringen hat, während den Steuerpflichtigen die Beweislast für Tatsachen trifft, die die Steuerschuld mindern oder aufheben (vgl. Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 454). Demzufolge obliegt es vorliegend der Steuerbehörde, zu beweisen und die Umstände darzutun, aus denen sich ergibt, dass der statutarische Sitz lediglich formeller Art ist und sich die wirkliche Leitung nicht im Kanton befindet (vgl. StE 2002 A 24.22 Nr. 5 Erw. 2b mit Hinweis). Erscheint indessen der von der Behörde angenommene Sachverhalt als sehr wahrscheinlich, so kann es sich rechtfertigen, dem Steuerpflichtigen für die behauptete gegenteilige Tatsache den Gegenbeweis zu überbinden (Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 84 zu Art. 123 DBG).
Die Beweismittel unterliegen der freien Beweiswürdigung. Die mit der Frage nach dem Steuerdomizil betraute Behörde hat aufgrund der aktenkundigen Erkenntnisse und ihrer frei gebildeten Überzeugung darüber zu befinden, ob das Beweismittel eine Tatsache als verwirklicht darzutun vermag. Dabei braucht die Überzeugung der Behörde nicht in einer absoluten Gewissheit zu bestehen, die jede andere Möglichkeit ausschliesst. Es genügt, wenn sie von der Lebenserfahrung und Vernunft getragen und auf sachliche Gründe abgestützt ist (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N 63, 66 zu Art. 123 DBG).
4.- a) In Würdigung der Aktenlage und der Vorbringen ergibt sich für den vorliegenden Fall, dass die tatsächliche Verwaltung der Beschwerdeführerin und somit auch ihr Steuerdomizil im Zeitpunkt der für die Erhebung der Grundstückgewinnsteuer massgeblichen Veräusserung nicht am Ort des formellen Sitzes in Luzern war.
Die Beschwerdeführerin räumt ein, dass mit der Domiziladresse weder eine Geschäftsräumlichkeit noch eine betriebliche Tätigkeit verbunden sei. Demgegenüber macht sie jedoch geltend, dass die leitende Tätigkeit der Gesellschaft nichts desto trotz an ihrem statutarischen Sitz erfolgt sei. Dem ist entgegenzuhalten, dass die Domizilhalter nicht mit der Geschäftsführung der Beschwerdeführerin betraut sind, über keine Handlungs- oder Vertretungsvollmachten verfügen und auch nicht Mitarbeiter der Beschwerdeführerin sind. Vielmehr ist davon auszugehen, dass ihre Tätigkeit für die Beschwerdeführerin lediglich in der Entgegennahme von Postsendungen und somit in den für ein Briefkastendomizil typischen Verrichtungen bestand.
Die Beschwerdeführerin ist - soweit ersichtlich - eine Einmann-AG von D. Die ordentliche Geschäftsführung dürfte D obliegen haben, zumal nicht geltend gemacht wird, die Geschäfte seien von Dritten geführt worden. In Anbetracht, dass die Beschwerdeführerin nicht behauptet, D habe über einen Arbeitsplatz am Ort der Domiziladresse oder allenfalls über Wohnsitz im Kanton Luzern verfügt, ist davon auszugehen, dass er die Leitung der Beschwerdeführerin von einem anderen Ort aus als an deren statutarischem Sitz wahrnahm. Diese Schlussfolgerung wird auch dadurch gestützt, dass er seinen Wohnsitz in Z hatte und diese Adresse auch nach der Sitzverlegung der Beschwerdeführerin als deren Geschäftsadresse angab. Dieser Annahme entspricht auch die von der Veranlagungsbehörde in einer Aktennotiz festgehaltene Aussage von D anlässlich einer Besprechung im Dezember 2004, wonach die operative Leitung der Beschwerdeführerin stets ausserkantonal erfolgt sei. Die Beschwerdeführerin bestreitet diese Aussage und stellt die Beweiskraft einer Aktennotiz grundsätzlich in Frage.
Vorliegend geht es jedoch nicht um die Frage der Beweiskraft einer Urkunde, sondern ob das fragliche Gespräch stattgefunden hat und wenn ja, mit welchem Inhalt. Von der Beschwerdeführerin wird nicht bestritten, dass D an einem Gespräch mit der Veranlagungsbehörde teilgenommen hat. Da es nicht nachvollziehbar ist, inwiefern die Behörde ein Interesse daran hätte, sich im Prozess auf falsche Beweismittel zu berufen und damit gar ein strafrechtlich relevantes Verhalten zu begründen (vgl. BGE 122 IV 204 Erw. 3), ist davon auszugehen, dass D die Aussage mit dem schriftlich festgehaltenen Inhalt gemacht hat. Die Aussage von D erfolgte ohne Not und offenbar im Unbewusstsein damit zusammenhängender allfälliger Konsequenzen für die steuerliche Zugehörigkeit der Beschwerdeführerin. Sie erscheint deshalb glaubhafter als deren spätere, allenfalls von steuerlichen Überlegungen geprägte Bestreitung im Rahmen des Rechtsmittelverfahrens.
b) Selbst wenn am statutarischen Sitz, in den Räumlichkeiten der Anwaltskanzlei B, die notariellen Beurkundungen sowie Besichtigungen bzw. Besprechungen im Zusammenhang mit dem Grundstücksgeschäft als auch eine Generalversammlung stattgefunden haben, kann daraus nicht eine leitende Geschäftstätigkeit am Sitz der Gesellschaft abgeleitet werden, stellen diese doch bloss die mit einem Grundstückverkauf notwendigerweise verbundenen Abwicklungsakte dar. Zudem ist die Beschwerdeführerin nicht, wie behauptet, eine reine Immobiliengesellschaft, deren statutarischer Zweck und/oder tatsächliche Tätigkeit ausschliesslich oder mindestens zur Hauptsache darauf ausgerichtet ist, Grundstücke zu erwerben, zu verwalten, zu nutzen und zu veräussern (vgl. BGE 104 Ia 253). Nebst dem einzelnen Grundstücksgeschäft wird aber von der Beschwerdeführerin keine weitere Geschäftsführungstätigkeit im Rahmen des Gesellschaftszweckes in Luzern geltend gemacht. Dies wäre ohnehin, wie bereits ausgeführt, mangels Anwesenheit von D in Luzern nicht glaubhaft. Auch gestützt auf den für die ausserordentliche Generalversammlung gewählten Ort kann nicht auf einen tatsächlichen Sitz der Beschwerdeführerin in Luzern geschlossen werden, ist doch die Beschwerdeführerin keine Publikumsgesellschaft. Vielmehr hätte eine Generalversammlung mit D als Alleinaktionär - allenfalls unter Zuziehung eines Protokollführers - jederzeit und überall stattfinden können (Universalversammlung).
c) Die von der Beschwerdegegnerin dargelegten Indizien wiegen so schwer, dass die Schlussfolgerung, die tatsächliche Verwaltung habe sich nicht in Luzern befunden, als erwiesen zu betrachten ist. Der Beschwerdeführerin gelingt es nach dem Gesagten nicht, den (Gegen-)Beweis zu erbringen, dass es sich beim statutarischen Sitz in Luzern um mehr als ein blosses Briefkastendomizil handelt. Bei dieser Sach- und Rechtslage hat die Beschwerdegegnerin zu Recht eine Grundstückgewinnsteuer erhoben.