A.- Im November 2004 ersuchte der Eigentümer A der Grundstücke Nrn. x und xx, GB Z, um Genehmigung des Gestaltungsplanes Y betreffend die erwähnten Grundstücke. Die in der Folge dagegen erhobenen Einsprachen wurde im Juni 2005 abgewiesen und der Gestaltungsplan genehmigt. Das Verwaltungsgericht bestätigte diesen Entscheid. Das im Anschluss gestellte Baugesuch für das durch die B AG verfasste Bauprojekt betreffend die Erstellung eines Wohn- und Geschäftshauses gemäss dem Gestaltungsplan Y wurde im November 2005 bewilligt.
Im Juli 2006 kaufte die Pensionskasse C mit öffentlich beurkundetem Vertrag von A die Grundstücke für Fr. 5'000'000.-- (alle Zahlen fiktiv). Gemäss Kaufvertrag waren im Kauf auch sämtliche Planungs- und Projektierungsunterlagen der B AG, die rechtskräftige Bewilligung des Gestaltungsplanes Y und die rechtskräftige Baubewilligung für das von der B AG eingegebene Projekt enthalten. Im August 2006 schloss die Pensionskasse C mit der B AG einen Totalunternehmer-(nachfolgend TU)-Werkvertrag und vereinbarte mit dieser für die vollständige und einwandfreie Projektierung, Planung und Herstellung des Werkes eine Werkpreispauschale von Fr. 12'000'000.--.
B.- Der Stadtrat Luzern veranlagte die Pensionskasse C daraufhin auf der Basis eines Handänderungswertes von Fr. 17'000'000.-- zur Bezahlung einer Handänderungssteuer von Fr. 255'000.--. Bei der Berechnung des massgebenden Handänderungswertes addierte die Veranlagungsbehörde den verabredeten Kaufpreis mit dem vereinbarten Werklohn. Als Begründung für die Zusammenrechnung führte sie an, dass das Land inkl. sämtlicher Planungsunterlagen und der Baubewilligung gekauft worden sei. Darüber hinaus habe bereits vor Abschluss des Kaufvertrages eine verbindliche Offerte der B AG vorgelegen sowie damit verbunden intensive Verhandlungen stattgefunden, bei denen auch bereits die Mehrkosten detailliert offeriert worden seien.
Dagegen erhob die Steuerpflichtige Einsprache und verlangte, dass der Handänderungswert ausschliesslich aufgrund des beurkundeten Kaufpreises festzusetzen sei. Der Stadtrat wies die Einsprache im August 2007 ab.
C.- Daraufhin gelangte die Pensionskasse C an das Verwaltungsgericht, welches die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abwies.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Gemäss § 1 des Gesetzes über die Handänderungssteuer (HStG) erheben der Staat Luzern und die Einwohnergemeinden eine Handänderungssteuer. Der Kauf einer Liegenschaft und damit verbunden der Übergang des Eigentums an einem Grundstück gilt als steuerbegründende Handänderung im Sinne von § 2 Ziff. 1 HStG und löst folglich die Steuerpflicht aus. Steuerpflichtig ist der Erwerber (§ 4 Abs. 1 HStG). Die Handänderungssteuer beträgt 1 ½ Prozent des Handänderungswertes (§ 6 HStG).
b) (...)
2.- a) Nach § 7 Abs. 1 HStG besteht der Handänderungswert aus sämtlichen Leistungen des Erwerbers. Gestützt auf diese Bestimmung sind nicht nur die unmittelbar mit dem Eigentumserwerb zusammenhängenden Entschädigungen für die Veranlagung der Handänderungssteuer massgebend, sondern es können auch Entgelte in Betracht kommen, die allgemein in einem ursächlichen Zusammenhang mit der steuerbegründenden Handänderung stehen. Damit wird der im Handänderungssteuerrecht verankerten wirtschaftlichen Betrachtungsweise Rechnung getragen (§ 2 Ziff. 3 HStG; vgl. auch: BGE 91 I 176 Erw. 3). Ein Anwendungsfall der wirtschaftlichen Betrachtungsweise liegt gerade darin, dass die Vertragssummen aus Kauf- und Werkvertrag zusammengerechnet werden, wenn aufgrund der Umstände ein einheitliches Vertragswerk anzunehmen ist.
b) Gemäss konstanter Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts ist die Handänderungssteuer auf der Summe von Landpreis und Werklohn zu erheben, wenn Kauf- und Werkvertrag so voneinander abhängen, dass es ohne den einen nicht zum Abschluss des andern gekommen wäre und das Geschäft als Ganzes wirtschaftlich dem Verkauf eines fertigen Hauses gleichkommt (Urteile A 05 210 vom 16.6.2006 Erw. 2b; A 04 288 vom 15.9.2005 Erw. 2b; A 04 29 vom 4.4.2005 Erw. 2b; A 99 164 vom 18.1.2000 Erw. 2b; LGVE 1995 II Nr. 25 Erw. 3b je mit Hinweisen). Eine Identität zwischen Verkäuferschaft und Generalunternehmer ist nicht erforderlich (LGVE 1986 II Nr. 11 Erw. 3). Ausschlaggebend ist immer die Tatsache, dass der Kaufvertrag ohne den Werkvertrag nicht zustande gekommen wäre, was aufgrund der gesamten Umstände zu entscheiden ist. Wird ein innerer Zusammenhang der beiden Verträge bejaht, besteht zwischen Veräusserer und Unternehmer zumindest ein gemeinsames Interesse (Schwarz, Die Handänderungssteuer im Kanton Graubünden, Zürich 1985, S. 195). Dann sind sämtliche Leistungen, die der Erwerber des Grundstücks verspricht und die in einem unmittelbaren und kausalen Zusammenhang mit der Eigentumsübertragung stehen, bei der Ermittlung des Handänderungswertes zusammenzurechnen. Dabei kann es im Grundsatz nicht darauf ankommen, ob es sich um einen zusammengesetzten Vertrag handelt, der formal in einer Urkunde niedergelegt ist, oder ob mehrere, allenfalls sogar mit verschiedenen Vertragsparteien geschlossene Verträge in der Form separater Urkunden vorliegen. Entscheidend ist einzig, ob die inhaltlich verschiedenen Vereinbarungen voneinander so abhängen, dass die eine Abmachung ohne die andere nicht geschlossen worden wäre. Dass die Vereinbarungen zum gleichen Zeitpunkt geschlossen werden, ist ebenso wenig erforderlich wie eine ausdrückliche Erklärung der jeweiligen Vertragspartner, dass die Vereinbarungen ein Ganzes bilden würden (LGVE 1998 II Nr. 32 Erw. 2b; Urteile A 05 210 vom 16.6.2006 Erw. 2b; A 03 236 vom 7.6.2004 Erw. 5e; A 02 253 vom 26.5.2003 Erw. 3d je mit Hinweisen).
3.- Die Beschwerdeführerin rügt im Zusammenhang mit der oben zitierten Rechtsprechung generell, dass die damit verbundene - ihrer Ansicht nach extensive - Auslegung von § 7 Abs. 1 HStG, nach welcher die Handänderungssteuer auf der Summe von Landpreis und Werklohn zu erheben ist, gegen das Legalitätsprinzip verstosse.
Dem ist entgegenzuhalten, dass das Bundesgericht diese Rechtsprechung des Kantons Luzern sowie auch anderer Kantone in ständiger Praxis geschützt hat (statt vieler: BG-Urteil 2P.302/2005 vom 4.11.2005 Erw. 4.1 mit Hinweisen). Auch hält die darin zum Ausdruck kommende Auslegung von § 7 Abs. 1 HStG, welche auf den wirtschaftlichen Gehalt eines Tatbestandes abstellt, vor dem Legalitätsprinzip stand. Denn § 2 Ziff. 3 HStG bezeichnet nicht nur den zivilrechtlichen Eigentumsübergang, sondern auch ganz allgemein die rechtsgeschäftliche Verschiebung von Grundeigentumswerten; es lässt sich daher gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung ohne Willkür folgern, dass das Gesetz über die Handänderungssteuer den wirtschaftlichen und nicht den formellen Übergang des Eigentums, oder aber beides treffen wolle (vgl. BGE 91 I 176 Erw. 3). Für das Gericht besteht denn auch kein Anlass, seine mehrfach umfassend geprüfte und bestätigte Praxis in Frage zu stellen. Im Folgenden ist daher nur anhand der Rügen der Beschwerdeführerin zu erwägen, ob die Voraussetzungen für die Anwendung der Praxis gegeben sind.
4.- (Es folgt die Darlegung der Standpunkte der Parteien.)
5.- a) Die Beschwerdeführerin hält zu Recht fest, dass die in den Weisungen zum Handänderungssteuergesetz aufgezählten Kriterien, bei deren Erfüllung eine Zusammenrechnung von Werk- und Kaufpreis vorzunehmen ist, nicht gegeben sind (Luzerner Steuerbuch, Weisungen HStG, § 7 Abs. 1 Rz. 8a). Weder wurde der Werkvertrag zum integrierten Bestandteil des Kaufvertrages noch der Abschluss eines solchen als Kaufsbedingung erklärt. Richtig ist auch, dass im Kaufvertrag keine Konventionalstrafe für den Fall des Rücktritts vom Werkvertrag vereinbart worden ist und auch der Kaufantritt nicht auf den Zeitpunkt der Bauvollendung hinaus geschoben wurde. Eine Zusammenrechnung von Kauf- und Werkpreis kann aber auch gerechtfertigt sein, wenn weitere Indizien unter Berücksichtigung der gesamten Umstände des konkreten Sachverhalts dafür sprechen, dass ein innerer Zusammenhang zwischen den beiden Verträgen besteht, auch wenn dies nicht explizit aus dem Wortlaut der Verträge hervorgeht. Der Beweis kann somit auch indirekt, durch Indizien, erbracht werden, so z.B., wenn im Zeitpunkt des Vertragsschlusses der Bau bereits weit fortgeschritten ist; bei Vertragsschluss bereits ein detailliert ausgearbeitetes Projekt vorhanden ist; ein Pauschalpreis für Land und Baute vereinbart ist; der Verkauf schlüsselfertiger Häuser inseriert wurde; Land- und Werkpreis durch die Verkäuferschaft gemeinsam finanziert wurden oder aber der Gegenstand des Werkvertrages Bestandteil einer Gesamtüberbauung ist, für die eine einzige Baubewilligung erteilt wurde (Luzerner Steuerbuch, Weisungen HStG, § 7 Abs. 1 Rz. 8b). Unter Berücksichtigung der gesamten Umstände sprechen vorliegend, wie nachfolgend aufgezeigt wird, gewichtige Gründe für die Annahme, dass der Kaufvertrag mit A ohne den Abschluss des TU-Werkvertrages mit der B AG nicht zustande gekommen wäre, sowie dass zwischen A als Verkäufer und der B AG entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin zumindest ein gemeinsames Interesse bestand - auch wenn dies nicht explizit aus dem Vertragswortlaut hervorgeht.
aa) Auf ein gemeinsames Interesse der Verkäuferschaft und der B AG, das Land zusammen mit dem Projekt der Letzteren zu verkaufen, deutet u.a. die Vereinbarung von anfangs April 2003 hin. Mit dieser räumte A der B AG bis Ende 2003 das exklusive Recht zur Suche eines Investors mit ihrem Projektkonzept ein. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin geht aus dieser Vereinbarung nicht hervor, dass A dabei nur noch am Verkauf des Landes interessiert war, hätte er doch ansonsten das Projekt Y nach Ablauf des der B AG eingeräumten Exklusivrechts nicht - wie in der Folge mündlich vereinbart - verbunden mit einem aufwendigen Einsprache- und Verwaltungsgerichtsverfahren zusammen mit der B AG bis zur Erteilung der Baubewilligung anfangs November 2005 weiter verfolgt. Zudem wäre A gemäss der Vereinbarung von anfangs April 2003 verpflichtet gewesen, der B AG Fr. 9'000.-- zu bezahlen, falls diese den Werkauftrag vom Käufer nicht erhalten würde. Auch wäre es effektiv lebensfremd anzunehmen, die B AG hätte seit Jahren kostspielige Planungsarbeiten getätigt, wenn sie nicht die Gewissheit gehabt hätte, dass das Projekt am vorgesehenen Standort - und somit auf dem Grundstück des Verkäufers - auch tatsächlich realisiert würde. Es ist daher augenscheinlich, dass die B AG als Projektentwicklerin seit Jahren mit A, auf dessen Grundstück die Überbauung geplant war, zusammen auf die Realisierung und den Verkauf hingearbeitet haben muss und so als Promotorin auch die entsprechenden Investoren für das Projekt und Käufer für die Grundstücke von A gesucht hat .
Im Übrigen ist in diesem Zusammenhang festzuhalten, dass sich dem Wortlaut von § 7 Abs. 1 HStG nicht entnehmen lässt, dass die Handänderungssteuer nur dann auf dem Gesamtpreis für Land und Werk geschuldet ist, wenn der Grundstückverkäufer und der Bauunternehmer zusammenwirken (vgl. BG-Urteil 2P.114/2006 vom 3.5.2006 Erw. 2.3).
bb) Im Weiteren ist, auch wenn im Kaufvertrag ein Hinweis auf den später abgeschlossenen TU-Werkvertrag vermieden wurde, davon auszugehen, dass der Wille der Beschwerdeführerin auf die Investition in ein schlüsselfertiges Gesamtprojekt gerichtet war und der Kaufvertrag insofern von der Absicht des später abgeschlossenen TU-Werkvertrages getragen war. Dies wird insbesondere dadurch deutlich, dass die Beschwerdeführerin bereits im Rahmen des Grundstückerwerbs mit dem im Juli 2006 abgeschlossenen Kaufvertrag die Pläne und Bewilligungen für das bestehende Bauprojekt erwarb. Der Kauf der Pläne und Bewilligungen würde keinen Sinn machen, wäre die Beschwerdeführerin nicht bereits in diesem Zeitpunkt davon ausgegangen, das auf dem Grundstück vorbestehende und bereits bewilligte Projekt zu realisieren. Auch wenn der Kaufvertrag keine Verpflichtung für die Beschwerdeführerin beinhaltete, das Projekt mit der Projektverfasserin, der B AG, zu realisieren, so war sie als institutionelle Anlegerin zwar nicht in rechtlicher, doch aber in wirtschaftlicher Hinsicht nicht mehr völlig frei, wann und wie sie das Land überbauen wollte. Hätte doch die Planung eines neuen, eigenen Projekts in Anbetracht der bereits aufgewendeten finanziellen Mittel für den Kauf der Pläne und Bewilligungen der B AG und die mit einem neuen Bewilligungsverfahren verbundene Verzögerungsgefahr bei der Projektrealisierung aus wirtschaftlicher Sicht wenig Sinn gemacht. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin stehen auch die von ihr am Bauprojekt der B AG vorgenommenen Anpassungen nicht im Widerspruch zur Annahme, dass sie ein schlüsselfertiges Überbauungsprojekt gekauft habe. Erscheinen doch diese Detailmodifikationen, die vorwiegend die Anzahl Einbauschränke betrafen, verbunden mit Mehrkosten von Fr. 500'000.-- in Anbetracht eines Investitionsvolumens von Fr. 17'000'000.-- und der Tatsache, dass für diese keine neue Baubewilligung notwendig war, als äusserst geringfügig. Auch ist aufgrund der nachweislich vor Abschluss des Kaufvertrages zwischen der Beschwerdeführerin und der B AG stattgefundenen Verhandlungen, welche bereits die erwähnten Detailmodifikationen am offerierten Bauprojekt behandelten, nicht davon auszugehen, dass die detaillierte Kostenofferte für eine Werkkostenpauschale von Fr. 11'500'000.-- Mitte Mai 2006 bloss informativer Natur war. Dies ist umso weniger anzunehmen, als sie in Addition mit den durch die Anpassung verursachten Mehrkosten die Werkkostenpauschale von Fr. 12'000'000.-- ergibt, zu der der TU-Werkvertrag im August 2006 in der Folge geschlossen wurde.
Auch der Abschluss des Bauherrenberatungsvertrages anfangs Juli 2006 zwischen der Beschwerdeführerin und der G AG steht dieser Schlussfolgerung (Investition in ein schlüsselfertiges Gesamtkonzept) nicht entgegen, bedurfte sie doch deren fachlicher Beratung bereits für die Prüfung des bestehenden Überbauungsprojekts und die noch vor Abschluss des Kauf- als auch des Werkvertrages unterbreitete Anpassungsofferte betreffend Details am bestehenden Projekt. Der Bauherrenberatungsvertrag stellt vielmehr ein weiteres Indiz dafür dar, dass der Wille der Beschwerdeführerin bereits bei Abschluss des Kaufvertrages darauf gerichtet war, das Geschäft als Ganzes, d.h. inkl. bestehendem Überbauungsprojekt zu realisieren, geht doch bereits aus dem Titel "Vertrag für Bauherrenberatung betreffend Neubau Wohn- und Geschäftshaus Y, Luzern" hervor, dass das Projekt, in dessen Rahmen die G AG die Beschwerdeführerin zu beraten und zu vertreten hatte, von vornherein schon feststand. Zudem weist die Bezeichnung "Y" explizit auf den auf den Grundstücken Nrn. x und xx bewilligten Gestaltungsplan hin.
cc) Die zeitliche Nähe der Vertragsschlüsse bzw. zwischen Abschluss des Kauf- und Werkvertrages gilt als mögliches Indiz für einen engen Zusammenhang zwischen den Vereinbarungen (vgl. BG-Urteil 2P.114/2006 vom 3.5.2006 Erw. 2.3). Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, dass ein solcher nicht gegeben sei, da der Stiftungsrat mit zwei separaten Beschlüssen über die abzuschliessenden Verträge entschieden habe, so Ende Juni 2006 über den Grundstückkauf und erst Mitte August 2006 über den Abschluss des TU-Werkvertrages mit der B AG. Entscheidend ist vorliegend jedoch, dass bei Abschluss des Kaufvertrages bereits ein fertiges Überbauungsprojekt und die dafür notwendigen Bewilligungen vorlagen, die denn auch von der Beschwerdeführerin bereits vor Abschluss des TU-Werkvertrages im August 2006 mit dem im Juli 2006 abgeschlossenen Kaufvertrag entgeltlich übernommen wurden (vgl. BG-Urteil 2P.302/2005 vom 4.11.05 Erw.4.2; Richner/Frei/Kaufmann, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Zürich 1999, N 10 zu § 230 StG). Im Übrigen ist die zeitliche Nähe und der dadurch vermutete Zusammenhang der Verträge, auch wenn sie nicht gleichzeitig geschlossen wurden, in Anbetracht der engen zeitlichen Abfolge der Vertragsabschlüsse durchaus gegeben. Weiter deutet auch der Umstand, dass der Beschluss des Stiftungsrates Mitte August 2006 über den TU-Werkvertrag auf dem Zirkulationsweg erfolgte, daraufhin, dass bereits zu einem früheren Zeitpunkt der Abschluss des TU-Werkvertrages mit der B AG beschlossen worden war.
dd) Bei den von der B AG erbrachten Leistungen handelte es sich auch nicht, wie von der Beschwerdeführerin geltend gemacht, um eine durch sie selbst geschaffene Wertvermehrung, die nicht in die Bemessung der Handänderungssteuer einbezogen werden dürfte, weil sie aus wirtschaftlichem Blickwinkel nicht Gegenstand der rechtsgeschäftlichen Eigentumsübertragung war (vgl. LGVE 1995 II Nr. 25). Denn die wesentliche Leistung der B AG - das fertig ausgearbeitete und bewilligte Überbauungsprojekt - lag bereits bei Abschluss des Kaufvertrages vor, insofern ist die Behauptung der Beschwerdeführerin nicht nachvollziehbar, dass es sich dabei um eine durch sie unter Beizug der B AG als Hilfsperson erschaffene Wertvermehrung handeln soll. Aus dem Umstand, dass die Beschwerdeführerin die Pläne und Bewilligungen bereits mit dem im Juli 2006 abgeschlossenen Kaufvertrag erwarb, geht vielmehr deutlich hervor, dass aus wirtschaftlicher Sicht der mit der Werkkostenpauschale im TU-Werkvertrag zum Ausdruck kommende, durch die B AG geschaffene Mehrwert des Grundstücks bereits Gegenstand dieser Eigentumsübertragung war.
b) (...)
c) Zusammenfassend geht aus der Würdigung der gesamten Umstände hervor, dass der Wille der Beschwerdeführerin auf den Kauf einer schlüsselfertigen Überbauung gerichtet war. Die Beschwerdegegnerin ging somit zu Recht davon aus, dass der Kaufvertrag und der TU-Werkvertrag ein wirtschaftliches Ganzes bilden. Es ist daher rechtens, dass sie bei der Festsetzung der Handänderungssteuer den Kaufpreis für das Grundstück und den Werkpreis zusammengerechnet hat. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen.
6.- (...)