Die A AG veräusserte im Jahre 2005 zwei Grundstücke, eines davon ein Parkhaus. Sie behielt sich für die abschliessbare "Parkebene -1" in der Untergeschossebene des Parkhauses mit 20 Parkplätzen ein übertragbares, ausschliessliches, zeitlich unbefristetes, jedoch entgeltliches Benutzungsrecht vor. Für die Benutzung, den Unterhalt und die Erneuerung des Autotresors sowie als Beitrag an die Nebenkosten des Parkhauses ist eine jährliche Entschädigung von Fr. 84'000.-- inklusive Mehrwertsteuer vereinbart worden. Die A AG wurde daraufhin gestützt auf § 2 Ziff. 3 lit. c HStG von der zuständigen Behörde zu einer Handänderungssteuer veranlagt, wobei als Bemessungsgrundlage der Barwert des Nutzungsrechtes diente. Eine von der A AG dagegen erhobene Einsprache, worin sie u.a. das Vorliegen einer steuerbegründenden Handänderung bestritt, blieb im Wesentlichen erfolglos. Daraufhin gelangte sie ans Verwaltungsgericht.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Gemäss § 1 HStG erheben der Staat Luzern und die Einwohnergemeinden nach Massgabe dieses Gesetzes eine Handänderungssteuer. Als steuerbegründende Handänderung gilt gemäss § 2 Ziff. 1 HStG der Übergang des Eigentums an einem Grundstück. Ebenso steuerpflichtig ist nach § 2 Ziff. 3 HStG der Übergang der wirtschaftlichen Verfügungsmacht über ein Grundstück. Steuerpflichtig ist der Erwerber (§ 4 Abs. 1 HStG). Das Steuermass beträgt gemäss § 6 HStG 1 ½ Prozent des Handänderungswertes, wobei der Handänderungswert aus sämtlichen Leistungen des Erwerbers besteht (§ 7 Abs. 1 HStG).
b) Im vorliegenden Fall ist die Beschwerdegegnerin von einer steuerbegründenden Handänderung nach Massgabe von § 2 Ziff. 3 lit. c HStG ausgegangen. Danach unterliegt der Handänderungssteuer die Belastung eines Grundstücks mit einer Dienstbarkeit, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstücks dauernd und wesentlich beeinträchtigt, insbesondere durch die Einräumung eines Baurechts oder eines Bauverbots. Die Beschwerdeführerin bestreitet vorab, dass das fragliche Rechtsgeschäft (Rückbehalt eines Nutzungsrechts als Dienstbarkeit am Autotresor) eine steuerbegründende Handänderung darstellt.
2.- Das hier in Frage stehende Rechtsgeschäft gründet auf der öffentlichen Urkunde vom 21. Juni 2005. Darin vereinbarten die Vertragsparteien einerseits den Verkauf der Grundstücke Nrn. x und y, beide GB Z, durch die Beschwerdeführerin an B, C und D zu je 1/3 Miteigentum. Andererseits kamen sie darin überein, dass sich die Verkäuferin, somit die Beschwerdeführerin, für den Autotresor, also die abschliessbare "Parkebene -1" in der Untergeschossebene des Parkhauses auf dem Grundstück Nr. y mit 20 Parkplätzen, ein übertragbares, ausschliessliches, zeitlich unbefristetes und entgeltliches Benutzungsrecht vorbehält. Mit besagtem Vertragswerk wurde, wie sich auch dessen Betitelung entnehmen lässt, eine Vereinbarung hinsichtlich der Übertragung von Grundeigentum gemäss Art. 216 ff. OR sowie der Belastung eines Grundstückes mit einer Dienstbarkeit gemäss Art. 730 ff. ZGB getroffen. Der Beschwerdeführerin kommt damit zum einen die Eigenschaft einer Verkäuferin, zum andern jene einer Dienstbarkeitsberechtigten zu. Sie wird denn auch in der Vereinbarung entsprechend bezeichnet.
3.- a) Die Beschwerdeführerin macht vorab geltend, dass es sich bei der vertraglichen Dienstbarkeitsvereinbarung um eine Eigentümerdienstbarkeit handle. Die Belastung eines Grundstücks mit einer Dienstbarkeit stelle nun nicht generell, sondern, wie alle wirtschaftlichen Handänderungen, lediglich dann eine steuerbegründende Handänderung dar, wenn damit der Übergang der wirtschaftlichen Verfügungsmacht über ein Grundstück verbunden sei. Dies sei bei der Errichtung einer Eigentümerdienstbarkeit gerade nicht der Fall. Sie verweist in diesem Zusammenhang auf einen Entscheid des Verwaltungsgerichts Zürich vom 2. Februar 1994 (auszugsweise publiziert in: StE 1994 B 42.21 Nr. 8). In diesem Sinne würden die Weisungen der Kantonalen Steuerverwaltung (ab 1.7.2007 Dienststelle Steuern des Kantons Luzern) zum HStG zutreffend ausführen, dass die Einräumung von Dienstbarkeiten nur dann eine Steuerpflicht begründet, wenn unter anderem "ein wesentlicher Teil der aus dem Eigentum fliessenden Rechte dauernd auf Dritte übertragen" werde (LU StB, Weisungen HStG, N 24 zu § 2 Ziff. 3 HStG). Sie habe sich die Nutzung am Autotresor zurückbehalten und diese aus dem Eigentum fliessenden Nutzungsrechte eben gerade nicht an Dritte übertragen. Denn im Zeitpunkt der vertraglichen Begründung der Dienstbarkeit, was für die Beurteilung des Vorliegens einer wirtschaftlichen Handänderung gestützt auf LGVE 1994 II Nr. 23 massgebend sei, sei sie noch immer Eigentümerin des Grundstückes Nr. y gewesen.
b) Gemäss Art. 733 ZGB ist der Eigentümer befugt, auf seinem Grundstück zugunsten eines andern ihm gehörigen Grundstückes eine Dienstbarkeit zu errichten. Eine solche Dienstbarkeit wird als Eigentümerdienstbarkeit bezeichnet. Nach der Lehre gilt Art. 733 ZGB nicht nur für Grunddienstbarkeiten, sondern für das Dienstbarkeits- und Grundlastenrecht überhaupt (Petitpierre, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 3. Aufl., Basel 2007, N 4 zu Art. 733 ZGB). Von einer Eigentümerdienstbarkeit spricht man also auch dann, wenn sich ein Eigentümer auf einem seiner Grundstücke eine Dienstbarkeit, beispielsweise ein Baurecht, zu seinen Gunsten einräumen lässt. Vorliegend ist vorab von Bedeutung, dass das Grundstück Nr. y mit einer Dienstbarkeit belastet wurde und zwar mit einer Dienstbarkeit in Form eines übertragbaren, ausschliesslichen, zeitlich unbefristeten und entgeltlichen Benutzungsrechts am Autotresor zugunsten der Beschwerdeführerin. Gleichzeitig ist das Grundstück Nr. y (wie auch das Grundstück Nr. x) von der Beschwerdeführerin veräussert worden. Gegen die von der Beschwerdeführerin vertretene These, dass sie sich das Benutzungsrecht mittels Errichtung einer Eigentümerdienstbarkeit zurückbehalten und insofern gar keine Handänderung stattgefunden hat, sprechen die Vertragsmodalitäten. So ist in Ziff. 14 der öffentlichen Urkunde vom 21. Juni 2005, worin das Benutzungsrecht am Autotresor geregelt wird, wiederholt von "der belasteten Eigentümerschaft", gemeint die Käuferschaft, die Rede. Es wird etwa festgehalten, dass jede Übertragung des Benutzungsrechts "der Zustimmung der belasteten Eigentümerschaft" bedarf. Eine solche Formulierung macht bei einer Eigentümerdienstbarkeit, also bei der Begründung einer Dienstbarkeit zugunsten des Eigentümers, keinen Sinn. Auch lässt sich die neue Eigentümerschaft das Benutzungsrecht der Beschwerdeführerin am Autotresor durch eine periodische, jährliche Basisentschädigung von Fr. 84'000.-- abgelten, was bei einer Eigentümerdienstbarkeit im Sinne eines Rückbehalts beschränkter Nutzungsrechte durch die frühere Eigentümerin eine doch absonderlich anmutende Zahlungsmodalität darstellt.
Ob sich nun die Beschwerdeführerin das Benutzungsrecht im Vertrag vom 21. Juni 2005 durch Errichtung einer Eigentümerdienstbarkeit vorbehalten hat oder sich die Dienstbarkeit bei der Grundstücksveräusserung hat einräumen lassen, spielt für die steuerrechtliche Beurteilung jedoch letztlich keine entscheidende Bedeutung. Denn so oder anders sind die beiden Rechtsgeschäfte (Grundstücksveräusserung sowie Dienstbarkeitsbegründung) im vorliegenden Fall dergestalt aneinander gekoppelt, dass sie nicht losgelöst voneinander betrachtet werden können. Damit ist zum einen von einer zivilrechtlichen Handänderung durch Übertragung des Eigentums an einem Grundstück gemäss § 2 Ziff. 1 HStG, zum anderen vom Übergang der wirtschaftlichen Verfügungsmacht über ein Grundstück durch dessen Belastung mit einer Dienstbarkeit gemäss § 2 Ziff. 3 lit. c HStG auszugehen. Letzteres bildet indes gestützt auf § 2 Ziff. 3 lit. c HStG nur dann einen Steuertatbestand, wenn die Belastung die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstücks dauernd und wesentlich beeinträchtigt. Will die Beschwerdeführerin die beiden Rechtsgeschäfte (Verkauf und Begründung einer Dienstbarkeit) derart auseinander dividieren, dass von einer Handänderung per se nicht gesprochen werden kann, geht dies gestützt auf die konkreten Gegebenheiten nicht an. Auch aus den von ihr angeführten Gerichtsentscheiden (StE 1994 B 42.21 Nr. 8, LGVE 1994 II Nr. 23) lässt sich nichts Gegenteiliges ableiten. Der Beschwerdeführerin ist freilich darin beizupflichten, dass die alleinige Errichtung einer Eigentümerdienstbarkeit, ohne dass Drittpersonen involviert wären, mangels Vorliegens einer zivilrechtlichen noch einer wirtschaftlichen Handänderung keinen steuerbegründenden Tatbestand darstellt. Dies ist denn auch seitens der Beschwerdegegnerin unbestritten. Vorliegend verhält es sich nun aber gerade anders, kann doch im hier zu beurteilenden Sachverhalt, wie gesehen, von einer isolierten Begründung einer Eigentümerdienstbarkeit eben nicht gesprochen werden.
4.- Die Belastung des Grundstücks Nr. y mit dem Benutzungsrecht am Autotresor zugunsten der Beschwerdeführerin ist nach dem Gesagten gestützt auf § 2 Ziff. 3 lit. c HStG dann eine steuerbegründende Handänderung, wenn diese Belastung eine dauernde und wesentliche Beeinträchtigung der unbeschränkten Bewirtschaftung oder des Veräusserungswertes des Grundstücks darstellt. Die Beschwerdeführerin bestreitet sowohl die dauernde als auch die wesentliche Beeinträchtigung.
a) Die Beschwerdeführerin macht unter Verweis auf die Weisungen zum HStG geltend, dass Personaldienstbarkeiten, wozu die hier in Frage stehende Dienstbarkeit zähle, nicht als dauernd gelten. Die von ihr angeführte Passage der Weisungen besagt, dass Personaldienstbarkeiten, wie beispielsweise Nutzniessung und Wohnrecht, zugunsten von bestimmten Personen errichtet und somit nicht dauernd seien. Ihre Begründung sei deshalb nicht steuerpflichtig (LU StB, Weisungen HStG, N 25 zu § 2 Ziff. 3 HStG). Dem entgegnet die Beschwerdegegnerin, dass das Benutzungsrecht am Autotresor laut Vertragsbestimmungen unbefristet sei. Die jährliche Entschädigung sei nach dreissig Jahren von der belasteten Eigentümerschaft und vom Berechtigten auf der Basis der dannzumaligen Marktverhältnisse und der Vermietbarkeit der Parkplätze neu festzulegen. Diese Zeitraumdefinition könne ohne weiteres als dauernde Belastung des Grundstücks mit einer Dienstbarkeit gelten. Die in den Weisungen bezeichneten Personaldienstbarkeiten bezögen sich auf Wohnrecht sowie Nutzniessung und seien für den vorliegenden Fall bedeutungslos, da ein völlig anderer Sachverhalt gegeben sei.
aa) Die hier in Frage stehende privatrechtliche Dienstbarkeit besteht zugunsten der Beschwerdeführerin, also zugunsten eines individuell bestimmten Rechtssubjekts. Man spricht deshalb von einer persönlichen Dienstbarkeit, einer sogenannten Personalservitut. Unterschieden wird zwischen regulären und irregulären Personalservituten. Erstere, worunter etwa Nutzniessung und Wohnrecht zählen, sind mit der Person des Berechtigten untrennbar verbunden. Sie können mit anderen Worten nicht über das Ableben des Berechtigten hinaus festgelegt und nicht übertragbar und vererbbar ausgestaltet werden. Was die Nutzniessung angeht, ist die Übertragung der Ausübung der Nutzniessung an Dritte zwar unter bestimmten Einschränkungen möglich, was indes nicht für das Stammrecht des Nutzniessers gilt (Müller/Mooser, in: Basler Kommentar, a.a.O., N 2 zu Art. 749 ZGB, N 1 f. zu Art. 758 ZGB sowie N 23 zu Art. 776 ZGB). Demgegenüber sind irreguläre Personalservituten, wie beispielsweise Baurecht und Quellenrecht, grundsätzlich übertragbar und vererblich. Zum Kriterium der "dauernden Beeinträchtigung" verlangte der Kanton Zürich, wo die Handänderungssteuer inzwischen abgeschafft wurde, mit Verweis auf die diesbezüglich inhaltsgleiche Regelung bezüglich Grundstückgewinnsteuer, dass privatrechtliche Dienstbarkeiten dann eine Besteuerung auslösen können, soweit sie auf unbestimmte Zeit errichtet werden. Es kämen diesbezüglich also nur Grunddienstbarkeiten, die immer zugunsten (des jeweiligen Eigentümers) eines bestimmten Grundstücks errichtet worden seien, oder irreguläre Personaldienstbarkeiten, die übertragbar und vererblich und daher nicht auf das Leben einer bestimmten Person gestellt seien, in Betracht (Richner/Frei/Kaufmann, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Zürich 1999, N 3 zu § 227 StG i.V.m. N 114 zu § 216 StG). Das Verwaltungsgericht Luzern hat seinerseits zur Auslegung des Begriffs der dauernden und wesentlichen Beeinträchtigung gemäss § 2 Ziff. 3 lit. c HStG in Zusammenhang mit einer Baurechtsbestellung festgehalten, dass es die zivilrechtliche Umschreibung des Tatbestandes des Baurechts unter Wahrung der steuerrechtlichen Grundsätze zu berücksichtigen gelte. Ein Baurecht sei dann dauernd im Sinne von Art. 655 Abs. 2 Ziff. 2 bzw. Art. 779 Abs. 3 ZGB, wenn es auf wenigstens 30 Jahre oder auf unbestimmte Zeit begründet wurde. In Anlehnung an den sachenrechtlichen Begriff der selbständigen und dauernden Rechte sei folglich von einer minimalen Belastungsdauer von 30 Jahren auszugehen, womit unter "dauernd" die Belastung eines Grundstücks während mindestens 30 Jahren zu verstehen sei (LGVE 1994 II Nr. 23).
bb) Das zugunsten der Beschwerdeführerin bestehende Benutzungsrecht am Autotresor auf Grundstück Nr. y ist als "andere Dienstbarkeit" gemäss Art. 781 ZGB zu qualifizieren. Danach können Dienstbarkeiten anderen Inhalts, also weder Grunddienstbarkeiten noch Nutzniessung, Wohnrecht, Baurecht oder Quellenrecht, zugunsten einer beliebigen Person oder Gemeinschaft an Grundstücken bestellt werden, so oft diese in bestimmter Hinsicht jemanden zum Gebrauch dienen können (Art. 781 Abs. 1 ZGB). Das Benutzungsrecht am Autotresor wurde übertragbar, ausschliesslich und zeitlich unbefristet ausgestaltet. Den entsprechenden Vertragsbestimmungen kann weiter entnommen werden, dass nur eine gesamthafte und gleichzeitige Übertragung des Autotresors mit allen 20 Parkplätzen möglich ist. Dabei bedarf jede Übertragung des Benutzungsrechts der Zustimmung der belasteten Eigentümerschaft. Diese kann ihre Zustimmung indes nur dann verweigern, wenn der neue Berechtigte nicht sämtliche Vertragsbedingungen vollumfänglich übernimmt oder die belastete Eigentümerschaft von ihrem Vorkaufsrecht gegenüber Dritterwerbern Gebrauch macht. Nach 30 Jahren ist die jährliche Entschädigung von der belasteten Eigentümerschaft und vom Berechtigten auf der Basis der dannzumaligen Marktverhältnisse und der Vermietbarkeit der Parkplätze neu festzulegen. Damit handelt es sich beim Benutzungsrecht am Autotresor um eine irreguläre Personaldienstbarkeit, also um eine grundsätzlich frei übertragbare, nicht an eine bestimmte Person gebundene Belastung des Grundstücks, die der Dienstbarkeitsberechtigten ausdrücklich zeitlich unbefristet eingeräumt worden ist. Bei diesen Gegebenheiten ist mit Blick auf das vorstehend Erwogene (Erw. 4a/aa) nicht zu beanstanden, wenn die Beschwerdegegnerin bei der fraglichen Dienstbarkeit von einer dauernden Beeinträchtigung des Grundstückes im Sinn von § 2 Ziff. 3 lit. c HStG ausgegangen ist. Aus der von ihr zitierten Weisungspassage kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Denn die darin angeführten Personaldienstbarkeiten, namentlich Nutzniessung und Wohnrecht, unterscheiden sich als reguläre Personaldienstbarkeiten insbesondere bezüglich Dauerhaftigkeit entscheidend von der vorliegend zu beurteilenden Dienstbarkeit.
b) Was das Kriterium der Wesentlichkeit der Beeinträchtigung angeht, macht die Beschwerdeführerin geltend, dass das Parkhaus auf Grundstück Nr. y insgesamt 297 Parkplätze umfasse. In Relation zu den gesamten Eigentumsrechten handle es sich bei der ihr vorbehaltenen, lediglich beschränkten Nutzung von nur 20 Parkfeldern nicht um eine wesentliche Beeinträchtigung im Sinn von § 2 Ziff. 3 lit. c HStG. Wie die Beschwerdegegnerin im angefochtenen Entscheid zu Recht anmerkt, kann gestützt auf die konkrete Ausgestaltung des Benutzungsrechts nicht von einer bloss beschränkten Nutzung gesprochen werden. Vielmehr kommt der Beschwerdeführerin laut der öffentlichen Urkunde vom 21. Juni 2005 das Recht zu, die abschliessbare "Parkebene -1" in der Untergeschossebene des Parkhauses auf dem Grundstück Nr. y mit 20 Parkplätzen exklusiv und zeitlich unbefristet zu benutzen. Im Benutzungsrecht inbegriffen ist das Recht, die Parkplätze nach den Bedürfnissen des Berechtigten zu beschriften. Das Benutzungsrecht umfasst zudem das erforderliche Zu- und Wegfahrtsrecht innerhalb des Parkhauses sowie das Recht auf den Bestand der bereits vorhandenen baulichen Abtrennung des Autotresors vom übrigen Parkhaus (Zugangs- und /oder Zufahrtsbeschränkungen). Von einer nicht wesentlichen Beeinträchtigung, wie dies die Beschwerdeführerin geltend macht, wurde nun etwa bei der Einräumung eines blossen Fusswegrechts oder eines Durchleitungsrechts für Hochspannungsleitungen ausgegangen, ebenso bei der Verpflichtung eines Grundeigentümers zugunsten des Staates in einer Dienstbarkeit, auf der Liegenschaft keine Alkoholwirtschaft zu führen. Je nach den konkreten Umständen (Grösse der belasteten Liegenschaft, Überbauungsart etc.) ist die Belastung eines Grundstücks mit einem Unterbaurecht oder einem Näherbaurecht als wesentliche oder nicht wesentliche Beeinträchtigung anzusehen (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N 119 zu § 216 StG mit Hinweisen auf die Kasuistik). Im vorliegenden Fall mögen die der Beschwerdeführerin vorbehaltenen 20 Parkfelder bei insgesamt 297 Parkplätzen, wovon für zwei Parkfelder ein im Grundbuch eingetragenes Benutzungsrecht Dritter besteht, auf den ersten Blick in quantitativer Hinsicht nicht als wesentlich erscheinen. Indes hat die Eigentümerschaft die Nutzung der "Parkebene -1" zeitlich unbefristet komplett aus der Hand gegeben. Baulich abgetrennt vom übrigen Parkhaus, ausgestattet mit Zugangs- und/oder Zufahrtsbeschränkungen, steht die Nutzung der 1. Untergeschossebene ausschliesslich, übertragbar und noch dazu zeitlich unbefristet der Beschwerdeführerin zu. Dies stellt in qualitativer Hinsicht eine erhebliche Einschränkung der Eigentumsrechte der Parkhauseigner dar. Die unbeschränkte Bewirtschaftung des Parkhauses ist damit durch das der Beschwerdeführerin zustehende Nutzungsrecht gestützt auf eine Gesamtbetrachtung keineswegs lediglich in unbedeutendem Masse beeinträchtigt. Dass die Beschwerdegegnerin bei dieser Sachlage von einer wesentlichen Beeinträchtigung im Sinn von § 2 Ziff. 3 lit. c HStG ausgegangen ist, ist nicht zu beanstanden.
c) Nach dem Gesagten steht fest, dass die Beschwerdegegnerin das hier in Frage stehende Rechtsgeschäft zu Recht als steuerbegründende Handänderung gestützt auf § 2 Ziff. 3 lit. c HStG qualifiziert hat.