A lenkte einen Lastzug, dessen Anhänger 16'296 kg wog und damit das gemäss Fahrzeugausweis zulässige (abgelastete) Gesamtgewicht von 14'000 kg um 2'296 kg (16.4 %) überschritt. Dafür wurde er vom zuständigen Strafrichter zu einer Busse von Fr. 550.-- verurteilt; dieser Entscheid erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Anschliessend sprach das Strassenverkehrsamt des Kantons Luzern gegen A eine Verwarnung aus. Die dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wurde gutgeheissen.
Aus den Erwägungen:
2.- a) Gemäss Art. 16 Abs. 2 des Strassenverkehrsgesetzes (SVG; SR 741.01) ist nach Widerhandlungen gegen die Strassenverkehrsvorschriften, bei denen das Verfahren nach dem Ordnungsbussengesetz (OBG; SR 741.03) ausgeschlossen ist, der Lernfahr- oder Führerausweis zu entziehen oder eine Verwarnung auszusprechen. Die nachfolgenden Bestimmungen des SVG regeln die zu ergreifenden Massnahmen je nach Schwere der Widerhandlung und unter Berücksichtigung früher ausgefällter Massnahmen (sog. Kaskadensystem).
Zwar kann nach Art. 16 Abs. 2 SVG keine Verwarnung ausgesprochen werden, wenn eine Verletzung der Strassenverkehrsvorschriften dem Ordnungsbussengesetz unterliegt. Die Abgrenzung des Art. 16 Abs. 2 SVG hat allerdings nicht zur Folge, dass zwingend eine Massnahme ausgesprochen werden muss, wenn das Ordnungsbussenverfahren ausgeschlossen ist. In diesem Fall sind die Art. 16a bis 16c SVG anwendbar. Es bleibt somit möglich, auf eine Verwarnung zu verzichten, falls eine besonders leichte Verkehrsregelnverletzung vorliegt (Art. 16a Abs. 4 SVG; zum Ganzen: Mizel, Les nouvelles dispositions légales sur le retrait du permis de conduire, RDAF 2004 [zitiert: Les nouvelles dispositions], S. 386, Nr. 41 f. mit Hinweisen).
b) Welche Massnahme vorliegend angebracht ist, hängt davon ab, in welche gesetzliche Kategorie der Widerhandlungen ein Sachverhalt einzuordnen ist. Handelt es sich um eine leichte Widerhandlung, wie die Vorinstanz annimmt, dann ist lediglich eine Verwarnung zu verfügen, weil dem Beschwerdeführer in den der Widerhandlung vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen worden war und ihm in diesem Zeitraum auch sonst keine Administrativmassnahmen auferlegt worden waren (Art. 16a Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 16 Abs. 3 SVG). Ist der Vorfall dagegen als besonders leichter Fall zu werten, was der Beschwerdeführer für sich in Anspruch nimmt, wird auf jegliche Massnahme verzichtet (Art. 16a Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 16a Abs. 4 SVG).
Von vorneherein ausgeschlossen sind hier die weiteren Kategorien der mittelschweren Widerhandlung (Art. 16b SVG) und der schweren Widerhandlung (Art. 16c SVG), welche zwingend einen Führerausweisentzug nach sich ziehen würden.
3.- a) Der Beschwerdeführer lenkte am 25. April 2008 einen Lastzug, der das gemäss Fahzeugausweis zulässige Gesamtgewicht von 14'000 kg um 2'296 kg (d.h. um 16.4 %) überschritt, und beging auf diese Weise eine Verkehrswiderhandlung. Die Vorinstanz hielt dazu fest, dass ein überladenes Fahrzeug ein erhöhtes Risiko darstelle, weil der Lenker aufgrund des Gewichts und des Fahrverhaltens des Fahrzeugs nicht in der Lage sei, rasch auf plötzlich eintretende, erschwerte Verkehrssituationen zweckmässig und richtig zu reagieren. In Berücksichtigung aller Umstände qualifizierte die Vorinstanz den Fall als leicht und sprach eine Verwarnung aus. Da der Beschwerdeführer [...] immerhin mit Fr. 550.-- gebüsst worden sei, liege kein besonders leichter Fall mehr vor, so dass auf die Massnahme nicht verzichtet werden könne.
Den Sachverhalt stellt der Beschwerdeführer nicht in Abrede. Er weist jedoch darauf hin, das der fragliche Anhänger vom Strassenverkehrsamt technisch für ein Gewicht von 18'000 kg abgenommen und ohne jede bauliche Veränderung auf 14'000 kg abgelastet worden sei, um Einsparungen bei der leistungsabhängigen Schwerverkehrsabgabe (LSVA) zu ermöglichen. Technisch sei der Anhänger aber nach wie vor auf ein Gewicht von 18'000 kg ausgerichtet gewesen und die beanzeigte Überlast von 16.4 % habe dieses ursprüngliche Gewicht nicht erreicht. Die Betriebssicherheit des Anhängers sei somit trotz der Überlast zu keinem Zeitpunkt beeinträchtigt gewesen. In Ermangelung einer Verkehrsgefährdung sei die Verwarnung somit zu Unrecht ausgesprochen worden.
b) Sinngemäss rügt der Beschwerdeführer die rechtliche Würdigung des Sachverhalts durch die Vorinstanz. Vorab ist festzuhalten, dass eine Verkehrsregelverletzung zwei Verfahren nach sich zieht: Zum einen entscheidet die Strafbehörde des Begehungsorts über die Strafe im strafrechtlichen Sinne, zum anderen entscheidet die Administrativbehörde des Wohnsitzkantons (Strassenverkehrsamt) über die Administrativmassnahme. Diese darf in der Regel nicht von den Tatsachenfeststellungen des rechtskräftigen Strafentscheids abweichen, damit derselbe Lebensvorgang von den Justiz- und Verwaltungsbehörden nicht verschieden gewertet wird und die erhobenen Beweise nicht widersprüchlich beurteilt werden. Der Angeschuldigte muss seine Verteidigungsrechte deshalb bereits im Strafverfahren wahrnehmen. Er darf nicht das Administrativverfahren abwarten, um allfällige Rügen vorzubringen und Beweisanträge zu stellen. Die Verwaltungsbehörde darf nur dann von den Feststellungen des Strafgerichts abweichen, wenn
sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafgericht unbekannt waren oder die es nicht beachtet hat;
sie zusätzliche Beweise erhebt, deren Würdigung zu einem andern Entscheid führt oder wenn die Beweiswürdigung durch das Strafgericht den feststehenden Tatsachen klar widerspricht; hat sie jedoch keine zusätzlichen Beweise erhoben, hat sie sich grundsätzlich an die Würdigung des Strafgerichts zu halten;
das Strafgericht bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht sämtliche Rechtsfragen abgeklärt, insbesondere die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat (BGE 119 Ib 163 f. E. 3c/aa).
Im Übrigen ist die Verwaltungsbehörde in Bezug auf die Rechtsanwendung an die rechtliche Qualifikation des Sachverhalts durch das Strafurteil gebunden, wenn die rechtliche Würdigung sehr stark von Tatsachen abhängt, die das Strafgericht besser kennt als die Verwaltungsbehörde (BGE 119 Ib 164 E. 3c/bb). Dies gilt insbesondere dann, wenn der Beschuldigte wusste oder angesichts der Schwere der ihm vorgeworfenen Delikte voraussehen musste, dass gegen ihn ein Administrativmassnahmeverfahren eröffnet würde und er es trotzdem unterlässt oder darauf verzichtet, im Rahmen des (summarischen) Strafverfahrens die ihm garantierten Verteidigungsrechte geltend zu machen und allenfalls die ihm zustehenden Rechtsmittel zu ergreifen. Unter diesen Umständen darf der Betroffene nicht das Verwaltungsverfahren abwarten, um allfällige Rügen vorzubringen und Beweisanträge zu stellen, sondern er ist nach Treu und Glauben verpflichtet, dies bereits im Rahmen des Strafverfahrens zu tun, sowie allenfalls die nötigen Rechtsmittel zu ergreifen (BGE 123 II 104 E. 3c/aa mit Hinweis; Urteil A 97 398 vom 20.4.1998, E. 1b).
c) Diese Rechtsprechung ist grundsätzlich auch anwendbar auf eine Strafverfügung, die im Strafbefehlsverfahren erlassen wurde, selbst wenn sie ausschliesslich auf einem Polizeirapport beruht (BGE 103 Ib 105 f.). Mit Strafverfügung vom 6. Mai 2008 verurteilte der Einzelrichter des Kantonsgerichts Z. den Beschwerdeführer gestützt auf den Polizeirapport zu einer Busse von Fr. 550.--. Da der Beschwerdeführer gegen diese Verfügung kein Rechtsmittel einlegte, durfte die Vorinstanz grundsätzlich vom Sachverhalt und der rechtlichen Würdigung ausgehen, die in dieser Strafverfügung festgehalten sind.
Die Strafverfügung erging in Anwendung von Art. 30 Abs. 2 und Art. 96 Ziff. 1 SVG sowie von Art. 67 Abs. 3 der Verkehrsregelnverordnung (VRV; SR 741.11). Nicht angewendet wurde Art. 100 Ziff. 1 zweiter Satz SVG, wonach in besonders leichten Fällen von der Strafe Umgang genommen wird. Das bedeutet, dass der Strafrichter die Verkehrsregelnverletzung nicht als besonders leicht einschätzte. Da die Verwaltungsbehörden grundsätzlich auch an die rechtliche Qualifikation des Strafrichters gebunden sind, verneinte die Vorinstanz das Vorliegen einer besonders leichten Widerhandlung im Sinn von Art. 16 Abs. 4 SVG. Vorliegend bleibt allerdings zu prüfen, ob die Umstände des Einzelfalls es rechtfertigen, von der Qualifikation der Vorinstanz abzuweichen.
4.- a) Sowohl die Verwarnung nach einer leichten Widerhandlung als auch ein Führerausweisentzug nach leichter (Art. 16a SVG), mittelschwerer (Art. 16b SVG) oder schwerer Widerhandlung (Art. 16c SVG) setzen eine konkrete oder jedenfalls erhöhte abstrakte Gefährdung anderer Personen voraus. Eine erhöhte abstrakte Gefahr setzt die naheliegende Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder Verletzung voraus (BGE 131 IV 136 E. 3.2; BG-Urteil 6A.19/2006 vom 16.5.2006, E. 2a). Die Gefährdung der Sicherheit anderer stellt nach dem revidierten SVG (in Kraft seit 1.1.2005) einen wesentlichen und eigenständigen Gesichtspunkt dar, dem der Gesetzgeber bewusst ein hohes Gewicht zugemessen hat (vgl. BG-Urteil 1C_223/2008 vom 8.1.2009, E. 2.2.3). Folglich richtet sich die Administrativmassnahme - im Vergleich zum früheren Massnahmenrecht, in dem es wesentlich auf das Verschulden ankam - viel stärker danach, in welchem Mass die Verkehrssicherheit durch die Widerhandlung gefährdet wird (vgl. Mizel, De la nature renforcée par le nouveau droit de mesure préventive et éducative du retrait admonitoire du permis de conduire, AJP 2007, S. 1362 f.). Auch hat der Gesetzgeber bei der Revision das Recht der Administrativmassnahmen von strafrechtlichen Erwägungen stärker verselbständigt und im Hinblick auf die Erhöhung der Verkehrssicherheit und die weitere Senkung der Zahl der Toten und Verletzten im Strassenverkehr - teilweise massiv - verschärft (BG-Urteil 1C_223/2008 vom 8.1.2009, E. 2.2.3; BGE 128 II 177 E. 3c).
b) Eine leichte Widerhandlung begeht, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Art. 16a Abs. 1 lit. a SVG). Nach Rechtsprechung und Lehre müssen eine geringe Gefahr und ein leichtes Verschulden kumulativ gegeben sein (BG-Urteil 1C_223/2008 vom 8.1.2009, E. 2.2.3 mit weiteren Hinweisen; Mizel, Les nouvelles dispositions, S. 388, Nr. 45). Demgegenüber setzt die besonders leichte Widerhandlung gemäss Art. 16a Abs. 4 nicht zwingend voraus, dass sowohl eine besonders leichte Gefährdung als auch ein besonders leichtes Verschulden vorliegen. In Weiterführung der bisherigen Praxis zu Art. 16 Abs. 2a SVG, welche den Verzicht auf jegliche Massnahme vorsah, wenn der der Führer die Verkehrssicherheit nicht gefährdete und andere nicht belästigte, und welche der Gesetzgeber offensichtlich nicht ändern wollte, ist die besonders leichte Widerhandlung nach Art. 16a Abs. 4 SVG vielmehr in ihrer Gesamtheit zu würdigen. Unter bestimmten Umständen kann also nicht nur bei einer Widerhandlung, welche geringfügig schwerer wiegt als eine vom OBG erfasste Widerhandlung, auf jegliche Administrativmassnahme verzichtet werden, sondern auch dann, wenn eines der beiden Elemente nicht unbedingt als besonders leicht erscheint (Mizel, Les nouvelles dispositions, S. 387, Nr. 43).
Ausserdem ist zu beachten, dass der Anwendungsbereich von Art. 16a Abs. 4 SVG breiter ist als derjenige von Art. 100 Ziff. 1 zweiter Satz SVG, obwohl diese Bestimmungen mit der Gesetzesrevision vom 14. Dezember 2001 (in Kraft seit 1.1.2005) einander deutlich angenähert wurden. Die massnahmerechtliche Qualifikation als besonders leichter Fall nach Art. 16a Abs. 4 SVG ist somit selbst dann möglich, wenn auf der strafrechtlichen Seite kein leichter Fall gemäss Art. 100 Ziff. 1 zweiter Satz SVG mehr vorliegt, weil z.B. eine Verkehrsregel von grundlegender Bedeutung verletzt worden ist (vgl. Mizel, Die Grundtatbestände der neuen Warnungsentzüge des SVG und ihre Beziehung zum Strafrecht, ZStrR 2006, S. 60 f., Nr. 7.1.2 [bf. Bel. 6]).
c/aa) Art. 30 Abs. 2 SVG sieht vor, dass Fahrzeuge nicht überladen werden dürfen. Ob ein Fahrzeug überladen ist, bestimmt sich insbesondere nach Art. 67 VRV, der die zulässigen Höchstgewichte für verschiedene Fahrzeuge und Fahrzeugkombinationen regelt. Des Weiteren hält Art. 67 Abs. 3 VRV fest, dass die im Fahrzeugausweis eingetragenen Höchstwerte nicht überschritten werden dürfen, sofern diese tiefer sind als die in der Verordnungsbestimmung festgelegten Höchstwerte. Gemäss Art. 96 Ziff. 1 SVG wird mit Haft oder Busse bestraft, wer die mit dem Fahrzeugausweis oder der Bewilligung von Gesetzes wegen oder im Einzelfall verbundenen Beschränkungen oder Auflagen, namentlich über das zulässige Gesamtgewicht, missachtet. Beweggründe für die Gesamtgewichtsbeschränkungen sind die Sicherheit und Flüssigkeit des Verkehrs, der Schutz der Strassen (für deren Beanspruchung auch die Zahl der Achsdurchläufe massgebend ist) und der Immissionsschutz (BGE 126 IV 102 E. 4a; vgl. Art. 9 Abs. 1 SVG).
bb) Das so genannte Ablasten von Fahrzeugen, auf welches sich der Beschwerdeführer beruft, ist in Art. 9 Abs. 3bis SVG vorgesehen. Nach dieser Bestimmung kann auf Gesuch des Fahrzeughalters das zugelassene Gesamtgewicht (vgl. Art. 7 Abs. 4 der Verordnung über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge [VTS; SR 741.41]) eines Motorfahrzeugs oder eines Anhängers verändert werden, jedoch höchstens einmal jährlich oder anlässlich eines Halterwechsels; dabei dürfen die Gewichtsgarantien des Fahrzeugherstellers nicht überschritten werden. Diese Bestimmung wurde mit dem Bundesgesetz vom 14. Dezember 2001, in Kraft seit 1. April 2003 (AS 2002 2767), in das SVG eingefügt. In der parlamentarischen Beratung wurde dazu ausgeführt, dass ein Ablasten beispielsweise für einen Produzenten von leichter, aber voluminöser Ware (z.B. Duvets) sinnvoll sein könne, der einen Lastwagen mit einem Volumen von 40 t benötige, diesen aber immer nur mit wenigen Tonnen Waren belade. Ein abgelastetes Fahrzeug dürfe nur noch mit jenem Gewicht beladen werden, für welches das Fahrzeug zugelassen sei. Überlade der Fahrzeughalter das Fahrzeug, unterliege er den gleichen Strafbestimmungen wie jener Halter, der anderweitig mit Übergewicht fahre (Amtl. Bull. S 2001, S. 559, Votum Hans Hess). Über Administrativmassnahmen, welche das Überladen eines abgelasteten Fahrzeugs allenfalls zur Folge haben könnte, wurde - soweit ersichtlich - nicht diskutiert.
cc) Vorliegend geht aus den Akten hervor, dass der Anhänger LU [...] von 18'000 kg auf 14'000 kg abgelastet worden ist. Die Achslast der beiden Achsen blieb unverändert bei je 9'000 kg. Dies lässt darauf schliessen, dass am Anhänger selbst keine baulichen Veränderungen vorgenommen wurden, so dass damit in technischer Hinsicht nach wie vor Lasten bis 18'000 kg hätten transportiert werden können. Die Vorinstanz weist zwar zu Recht darauf hin, dass sich der Bremsweg eines Fahrzeugs mit zunehmendem Gewicht verlängert, womit sich auch die Betriebsgefahr erhöht, die von diesem Fahrzeug ausgeht. Allerdings überschritt der Anhänger mit 16'296 kg lediglich das rechtlich zulässige Gesamtgewicht von 14'000 kg, nicht aber das technisch zulässige und mögliche Höchstgewicht (das sog. Garantiegewicht, vgl. Art. 7 Abs. 3 VTS) von 18'000 kg. Folglich ist auch nicht ersichtlich, dass die Überlast eine erhöhte (abstrakte oder konkrete) Gefährdung der Verkehrssicherheit bewirkt hätte. Das Verhalten des Beschwerdeführers ist daher - in Abweichung von der Qualifikation des Strafrichters - als besonders leichte Widerhandlung gemäss Art. 16a Abs. 4 SVG einzustufen, bei der auf jegliche Administrativmassnahme verzichtet werden kann. Die von der Vorinstanz ausgesprochene Verwarnung erweist sich damit als unangebracht.
Immerhin ist nicht auszuschliessen, dass das Verhalten des Halters des Anhängers (Ablasten mit Blick auf Einsparungen bei der LSVA und anschliessendes Überladen) in abgabestrafrechtlicher Hinsicht relevant sein könnte (vgl. Art. 20 des Bundesgesetzes über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe [Schwerverkehrsabgabegesetz, SVAG; SR 641.81]). Diese Frage muss hier jedoch nicht geprüft werden, und sie darf auch keinen Einfluss auf eine allfällige Administrativmassnahme gegenüber dem Beschwerdeführer haben, da sie keinen Zusammenhang mit einer möglichen Verkehrsgefährdung aufweist.