Die vom Alleinaktionär A beherrschte B Holding AG mit Sitz in Z (Kanton Luzern) bezweckt den Erwerb, die Verwaltung, Kontrolle und Verwertung von Beteiligungen. Sie wurde gemäss Eintrag im Handelsregister im Juni 2006 mittels Sacheinlage- und Sachübernahmevertrag gegründet. Hierbei brachte der Alleinaktionär fünf Beteiligungen zum jeweiligen Nominalwert in die B Holding AG ein. Auf den 31. Dezember 2006 schrieb die Holdinggesellschaft zwei der eingebrachten Beteiligungen, die B GmbH mit Sitz in Deutschland und die B B.V. Niederlande, im Umfang von Fr. 1'000'000.-- [fiktiv] auf den sog. Pro-memoria-Franken ab. Im Gegenzug wurde die Beteiligung, B srl Italien, um Fr. 900'000.-- [fiktiv] im Sinn von Art. 670 OR aufgewertet.
Die Dienststelle Steuern liess die Abschreibungen nicht ertragsmindernd zu und rechnete die Aufwertung beim Gewinn auf, während sie beim steuerbaren Kapital auf das Nominalkapital abstellte. Für die Staats- und Gemeindesteuern veranlagte sie die B Holding AG gemäss den Vorschriften zur Holdingbesteuerung (§ 85 und § 94 StG). Für die direkte Bundessteuer veranlagte sie sie als Kapitalgesellschaft gemäss Art. 68 DBG; bei der Gewinnsteuerberechnung gewährte sie ihr eine Ermässigung von 90 % [fiktiv]auf der Gewinnsteuer als Beteiligungsabzug
Die gegen diese Veranlagung erhobene Einsprache wies die Steuerkommission juristische Personen ab. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragte die B Holding AG erneut die deklarationsgemässe Veranlagung. Die Steuerkommission beantragte für die Staats- und Gemeindesteuern die Abweisung der Beschwerde; für die direkte Bundessteuer beantragte sie hingegen, den Beteiligungsabzug (Ermässigung von 90 % auf der Gewinnsteuer) nicht zu gewähren und eine Höherveranlagung vorzunehmen.
Nachdem sie Gelegenheit erhalten hatte, sich zur möglichen Höherveranlagung bei der direkten Bundessteuer zu äussern, zog die B Holding AG die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zurück.
Das Verwaltungsgericht schrieb die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern als gegenstandslos ab; die Beschwerde für die direkte Bundessteuer wies es ab und nahm die von der Steuerkommission beantragte Höherveranlagung vor.
Aus den Erwägungen:
II. Direkte Bundessteuer
1.- Die Vorinstanz beantragt, die Veranlagung der direkten Bundessteuer zum Nachteil der Beschwerdeführerin zu korrigieren (reformatio in peius). Die Beschwerdeführerin, die ursprünglich die vorinstanzliche Festsetzung des Steuerfaktors (steuerbarer Reingewinn) angefochten hatte, erklärte nach erfolgter Höhertaxationsanzeige den vollumfänglichen Rückzug ihrer Beschwerde, d.h. auch mit Bezug auf die direkte Bundessteuer.
a/aa) Gestützt auf Art. 143 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) kann das Verwaltungsgericht als Steuerjustizbehörde nach Anhören des Steuerpflichtigen die Veranlagung auch zu dessen Nachteil abändern. Das Verwaltungsgericht ist nicht an die Begehren der Parteien gebunden. Anders als der frühere Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt; Art. 110 und 106 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 104 BdBSt; vgl. Känzig/Behnisch, Die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2. Aufl., Basel 1992, N 5 zu Art. 108 BdBSt) regelt das DBG nicht ausdrücklich, ob sich der Steuerpflichtige einer drohenden reformatio in peius durch Rückzug der Beschwerde entziehen kann. Es fehlt ein Verweis auf Art. 134 Abs. 2 DBG, der für das Einspracheverfahren einen Einspracherückzug als nicht bindend erklärt. Hat indessen die Beschwerdebehörde nach Gesetz ohne Rücksicht auf die Rechtsbegehren der Parteien die Steuerforderung neu festzusetzen, d.h. die gesetzmässige Veranlagung vorzunehmen, wird sie darin durch ein allfälliges Rückzugsbegehren in der Regel nicht gehindert (Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 460 f., mit Hinweis auf Art. 62 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren [VwVG; SR 172.021]). Das Bundesgericht hat - allerdings in Bezug auf das Sozialversicherungsrecht (BGE 122 V 166 ff.) - entschieden, dass im Rahmen der Anhörung vor einer beabsichtigten reformatio in peius die von einer Verschlechterung der Rechtslage bedrohte Partei ausdrücklich darauf hinzuweisen sei, dass sie ihr Rechtsmittel zurückziehen könne. Diese als Praxisänderung bezeichnete Rechtsprechung des Bundesgerichts sollte nach Ansicht verschiedener Autoren auch auf das Abgaberecht übertragen werden: Namentlich wird argumentiert, mangels gesetzlicher Grundlage sei die kantonale Rekurskommission nunmehr an den Rückzug gebunden (Känzig/Behnisch, a.a.O., N 5 zu Art. 108 und N 2 zu Art. 110 BdBSt; Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Bern 1995, S. 186). Bereits 1980 war im Hinblick auf die damals bevorstehende Revision des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) die Möglichkeit der reformatio in peius durch das Bundesgericht im Allgemeinen und trotz Rückzugs im Besonderen kritisiert und im Wesentlichen moniert worden, der Beschwerdeführer werde dadurch in ungerechtfertigter Weise benachteiligt und der Richter in eine ihm wesensfremde Zwitterfunktion als Mittler einerseits und "Staatsanwalt" des Fiskus anderseits gezwungen (Böckli, Reformatio in pejus - oder der Schlag auf die hilfesuchende Hand, ZBl 1980 S. 97 ff.; vgl. zur Doppelfunktion des [Steuer-]Richters auch: Müller, Aspekte der Verwaltungsrechtspflege, Bern 2006, S. 335).
bb) In seiner Rechtsprechung zum DBG hielt das Bundesgericht indessen an seiner Auffassung fest, der Rückzug bei drohender reformatio in peius sei ausgeschlossen (BG-Urteil vom 26.2.2007, StE 2008 B 27.1 Nr. 40, BG-Urteil vom 31.8.2004, Pra 2005 Nr. 18, BG-Urteil vom 13.2.2004, ASA 75, S. 159 ff.). Zur Begründung führte das Bundesgericht im Wesentlichen an, die kantonale Steuerrekurskommission habe gemäss Art. 142 Abs. 4 DBG im Beschwerdeverfahren die gleichen Befugnisse wie die Veranlagungsbehörde im Veranlagungsverfahren. Sie könne nach Anhören des Steuerpflichtigen die Veranlagung zu dessen Nachteil abändern (Art. 143 Abs. 2 Satz 2 DBG). Bereits unter der Herrschaft des BdBSt hätte unter Umständen trotz Beschwerderückzugs eine reformatio in peius vorgenommen werden müssen oder dürfen. Unter Hinweis auf die Botschaft zur Steuerharmonisierung (BBI 1983 III 213) führt es aus, es bestünden keine Anhaltspunkte dafür, dass der Gesetzgeber an der bisherigen Rechtslage etwas habe ändern wollen. Die in Art. 143 Abs. 1 Satz 2 DBG vorgesehene Möglichkeit, die Veranlagung auch zum Nachteil des Steuerpflichtigen abzuändern, umfasse ebenfalls eine reformatio in peius trotz Beschwerderückzugs; es wäre inkonsequent, wenn die kantonale Rekurskommission einem Beschwerderückzug stets stattzugeben hätte, wogegen das Bundesgericht selber aufgrund des damals noch geltenden Art. 114 Abs. 1 OG in Abgabestreitigkeiten und der dort ausnahmsweise geltenden Offizialmaxime hiezu nicht verpflichtet wäre. Das Bundesgericht hielt indessen an den allgemeinen Voraussetzungen fest, wonach eine reformatio in peius nur vorgenommen werden soll, wenn die angefochtene Verfügung Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Sachverhaltsfeststellung beruht. Schliesslich soll eine reformatio in peius nur vorgenommen werden, wenn sie sich bei der Überprüfung der strittigen Fragen geradezu aufdrängt. Mit andern Worten soll der reformatio in peius nach wie vor nur dann Vorrang vor einem eventuellen Rückzug der Beschwerde eingeräumt werden, wenn die angefochtene Verfügung offensichtlich mit den anzuwendenden Rechtssätzen unvereinbar ist (BG-Urteil vom 13.2.2004, ASA 75, S. 159 ff.; vgl. zu den Evidenz- und Erheblichkeitsschranken in der bundesgerichtlichen Praxis: Müller, a.a.O., S. 336).
Diese Rechtsprechung wurde in der Lehre kritisiert, und es wurde insbesondere beanstandet, dass es keine überzeugenden Gründe für die steuerverfahrensrechtliche Besonderheit gebe (Felber, Abfuhr trotz Rückzug der Beschwerde, Eigentümliches Verfahrensrecht im Steuerbereich, StR 2004, S. 536; Simonek, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2003, ASA 74, S. 13 ff.; Behnisch, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2004, ZBJV 142, 2006, S. 212).
cc) Mit dem auf den 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetz über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG; SR 173.110) wird der Begründung des Bundesgerichts für das Festhalten an der Praxis der reformatio in peius trotz Rückzugs ein wesentliches Argument entzogen: Nach Art. 107 Abs. 1 BGG darf das Bundesgericht nämlich nicht mehr über die Begehren der Parteien hinausgehen, auch nicht in Abgabestreitigkeiten. Ein Teil der Lehre hält deshalb dafür, die Rechtsprechung des Bundesgerichts sei unrichtig bzw. überholt (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl., Zürich 2009, N 18 zu Art. 142 DBG). Nach ihrer Ansicht legt es der Verweis von Art. 142 Abs. 4 DBG auf das Veranlagungsverfahren - und nicht auf das Einspracheverfahren - nahe, dass einem Beschwerderückzug immer stattgegeben werden müsse, zumal das Beschwerdeverfahren als echtes Zwei-Parteien-Verfahren ausgestaltet sei. Es sei einem Beschwerdeführer unbenommen, vor der kantonalen Rekurskommission trotz angedrohter reformatio in peius an seinem Antrag festzuhalten, um damit spätestens vor Bundesgericht durchzudringen. Damit behalte Art. 143 Abs. 1 DBG seine Bedeutung selbst dann, wenn einem allfälligen Rückzug bei angekündigter reformatio in peius stattzugeben wäre.
Für das kantonale Recht der direkten Steuern wird sodann vertreten, das BGG ermögliche es den kantonalen Rechtsmittelinstanzen, deren kantonales Recht eine reformatio in peius nicht "zwingend zulässt bzw. ... vorschreibt", auf eine Schlechterstellung zu verzichten (Beusch, Die Einheitsbeschwerde im Steuerrecht [2. Teil], IFF 2007, Ziff. 4.3.11, S. 8).
Demgegenüber anerkennt ein Teil der Lehre zwar die gesetzgeberische Inkonsequenz, die daraus entstanden ist, dass es dem Bundesgericht nun auch in abgaberechtlichen Angelegenheiten verwehrt ist, über die Parteibegehren hinauszugehen, wenngleich das DBG für das Verfahren vor kantonalen Justizbehörden ausdrücklich die reformatio in peius vel melius kennt. Die Vertreter dieser Lehrmeinung gelangen deswegen aber nicht zum Schluss, dass einem Rückzug bei drohender reformatio in peius in jedem Fall stattgegeben werden muss. Das Recht zur Abänderung einer Steuerveranlagung zum Nachteil eines Steuerpflichtigen werde nämlich obsolet, wenn einerseits die Anhörung vorgeschrieben und zugleich dem Steuerpflichtigen das freie Gestaltungsrecht eingeräumt werde, durch Rückzug seiner Beschwerde der gesetzmässigen - aber höheren - Veranlagung zu entgehen (Cavelti, a.a.O., N 3a zu Art. 143 DBG). Allerdings wird betont, dass die Rekurskommissionen einerseits die in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung als Voraussetzungen behandelten Evidenz- und Erheblichkeitsschranken beachten und sich bei der reformatio in peius grösste Zurückhaltung auferlegen müssten (Casanova, in: Yersin/Noël [Hrsg.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Basel 2008, N 4 ad Art. 143 LIFD).
b) Im Verfahren der kantonalen Steuerrekurskommission im Sinn von Art. 143 Abs. 1 DBG sind Rechtspflegefunktion und Vertretung öffentlicher Interessen getrennt: Der mit Parteistellung - aber beschränkten Befugnissen - ausgestattete Vertreter der Veranlagungsbehörde (als Einspracheinstanz) vertritt vor der unabhängigen Rekurskommission das öffentliche, der Rekurrent oder Beschwerdeführer sein privates Interesse. Nach den Harmonisierungserlassen (DBG und Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]) wird vor der kantonalen Steuerrekurskommission somit ein vollkommener Zweiparteienstreit ausgetragen. Allerdings erleidet das Steuerrechtspflegeverfahren für die direkte Bundessteuer aufgrund der gesetzlichen Zulässigkeit der reformatio in peius (Art. 143 Abs. 1 Satz 2 DBG) einen erheblichen Einbruch der Verwaltungstätigkeit in seiner Streiterledigungsfunktion (vgl. Müller, a.a.O., S. 325 ff., auch zum Folgenden). So soll die Rekursinstanz die objektiv richtige Veranlagung herbeiführen und nicht nur die beantragte Änderung der angefochtenen Entscheidung, sondern die Steuerfestsetzung in ihrem ganzen Umfang zum Gegenstand der Überprüfung machen. Die Möglichkeit der reformatio in peius diene dazu, dass dem Fiskus zuteil werde, was ihm gebühre (Botschaft zum Entwurf eines neuen Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege [OG], BBl 1943, S. 144). Diesem Zweck entsprechend ist die kantonale Steuerrekurskommission bei ihrem Entscheid nicht an die Anträge der Parteien gebunden und kann zu Gunsten oder zu Ungunsten des Steuerpflichtigen über die Parteibegehren hinausgehen, wenn diese dem Gesetz widersprechen (Art. 143 Abs. 1 DBG). Sodann verfügt sie für die Feststellung der tatsächlichen Verhältnisse über die gleichen Befugnisse wie die Steuerbehörde (Art. 142 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 123 DBG). Echte Rechtsprechungsfunktion bleibt der kantonalen Steuerrekurskommission allein dort, wo sie innerhalb der Anträge des privaten Rechtsmittelklägers entscheidet. Insoweit, als sie zur Herstellung rechtmässiger Veranlagungen unabhängig von Parteibegehren verpflichtet ist, übt sie nach dem Konzept des DBG indes zugleich Veranlagungsfunktion aus.
Die Pflicht der Rekurskommission zur Durchsetzung der gesetzmässigen Veranlagung unabhängig von Parteibegehren, d.h. die steuerjustizverfahrensrechtliche Offizialmaxime, ist solange mit dem Zweck der allgemeinen gesetzmässigen Besteuerung vereinbar, als eine effektive Behördenbeschwerde nicht verwirklicht ist. Zwar räumt Art. 141 DBG der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und der Eidgenössischen Steuerverwaltung das Recht ein, gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid in Anwendung des DBG Beschwerde zu erheben. Zudem steht beiden Behörden das Anfechtungsrecht auch gegen kantonale Rechtsmittelentscheide an eine allfällige zweite kantonale Instanz und an das Bundesgericht zu. Allerdings trifft die beschwerdelegitimierten Behörden keine Pflicht, bereits gegen die erstinstanzliche Verfügung vorzugehen. Eine konsequente Prüfung der Verwaltungsentscheide ist damit nicht gewährleistet, weil die Aufsichtsbehörde in aller Regel erst eingreift, wenn der Private Beschwerde führt. Nur ein Behördenbeschwerderecht verbunden mit der Pflicht, bereits gegen die ursprüngliche Einschätzung oder Veranlagung vorzugehen, würde es (auch) im Steuerrecht erlauben, eine Bindung des Richters an die Parteibegehren (und den Streitgegenstand) zu rechtfertigen, weil eine solche (echte) Vertretung der Fiskalinteressen es dem Richter ermöglichen würde, sich auf seine Streiterledigungsfunktion zurückzuziehen. De lege lata bleibt indes die Pflicht zur Korrektur der Veranlagung eine Funktion des kantonalen Steuerrichters.
c) Dienen die Bestimmungen von Art. 143 Abs. 1 und Art. 142 Abs. 4 DBG demnach der Durchsetzung der gesetzmässigen Besteuerung, dann hat die kantonale Steuerkommission unabhängig von Dispositionshandlungen der Parteien eine Höherveranlagung vorzunehmen, wenn die angefochtene Verfügung offensichtlich fehlerhaft ist und ohne die Korrektur eine massive Unterbesteuerung resultierte. Dieser Aufgabe kann sie sich auch dann nicht entledigen, wenn der Steuerpflichtige den Richter in seiner Streiterledigungsfunktion abberuft, indem er den Rückzug erklärt. Andernfalls müsste der Fiskus eine Unterbesteuerung allein deshalb hinnehmen, weil der Steuerpflichtige von seinem Recht, über das Schicksal des Verfahrens mittels Parteidisposition entscheiden zu können, Gebrauch macht, zumal die Erhebung von Nachsteuern im Sinn von Art. 151 DBG regelmässig ausgeschlossen wäre.
d) Der Umstand, dass Art. 142 Abs. 4 und Art. 143 Abs. 1 DBG in das Veranlagungsverfahren und nicht (nur) in das Einspracheverfahren verweisen, spricht ebenfalls dafür, dass ein Beschwerderückzug bei drohender reformatio in peius nicht mehr möglich ist. Denn der Verweis versteht das Veranlagungsverfahren in einem umfassenden Sinn: Das bedeutet, dass zum Veranlagungsverfahren auch das Einspracheverfahren zu zählen ist, für welches die Unbeachtlichkeit des Einspracherückzugs bei drohender Verböserung ausdrücklich festgehalten ist (Art. 134 Abs. 2 DBG).
e) Zusammenfassend steht fest, dass die kantonale Steuerrekurskommission unabhängig von der für das Bundesgericht geltenden Verfahrensordnung die Befugnis behält und gegebenenfalls verpflichtet ist, einem Beschwerderückzug bei drohender reformatio in peius keine Folge zu geben. Allerdings wird sie von dieser Befugnis und Verpflichtung, im Sinn der erwähnten bundesgerichtlichen Rechtsprechung, nur zurückhaltend Gebrauch machen. Die reformatio in peius geht also nur dann einem eventuellen Rückzug der Beschwerde vor, wenn die angefochtene Verfügung mit den anzuwendenden Rechtssätzen offensichtlich unvereinbar ist und sich eine Anpassung der Veranlagung geradezu aufdrängt.
2.- a) Die mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochtene Gewinnaufrechnung beruht gemäss Vorinstanz darauf, dass die Einbringung der Beteiligungen, B GmbH Deutschland und B B.V. Niederlande, gemäss Sacheinlagevertrag von Juni 2006 über dem Verkehrswert erfolgt sei. Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, die B GmbH Deutschland und B B.V. Niederlande seien im Grosshandel [...] tätig und unterlägen grossen Wertschwankungen. Dem habe mit den vorgenommenen Abschreibungen Rechnung getragen werden müssen. Inzwischen hätten die Beteiligungen, wie aus den Aktienbewertungen für 2007 ersichtlich, wieder an Wert zugenommen.
b/aa) Die Steuerverwaltung kann sich für ihre Feststellung auf im Veranlagungsverfahren erhobene Jahresrechnungen abstützen. Aufgrund dieser Jahresrechnungen nahm die Vorinstanz mit einem zeitnah an den Sacheinlagevertrag gewählten Stichtag Bewertungen vor. Was die Beteiligung B GmbH Deutschland betrifft, ergab die Bewertung per 30. Juni 2006 sowohl einen Ertragswert von Null wie auch einen negativen Substanzwert. Die Vorinstanz nimmt aufgrund des handelsrechtlich ausgewiesenen Verlustvortrags [...] sodann an, dass bereits in den Vorjahren jeweils jährlich Verluste entstanden seien. Mit Bezug auf die Beteiligung B B.V. Niederlande ergab die vorinstanzliche Bewertung auf den 31. Dezember 2005 ebenfalls einen Ertragswert von Null und einen negativen Substanzwert. Aus dem handelsrechtlich ausgewiesenen Verlustvortrag [...] zog die Vorinstanz die Schlussfolgerung, dass auch bei dieser Beteiligung bereits in den Vorjahren jährlich Verluste entstanden seien.
bb) Die Bewertungen der Vorinstanz blieben im Beschwerdeverfahren unwidersprochen, obwohl die Beschwerdeführerin davon in Kenntnis gesetzt worden war und sie sich zu den Grundlagen einer allfälligen Höhertaxation binnen mehrfach erstreckter Frist hätte vernehmen lassen können. Zwar mag es zutreffen, dass der Grosshandel [...] zu erheblichen Wertschwankungen bei den damit befassten Unternehmen führen kann. Im vorliegenden Fall besteht allerdings kein Anlass zur Annahme, dass solche Schwankungen zu einer Werterholung per Sacheinlagedatum bis zum Nominalwert geführt hätten. Denn sowohl aufgrund der aktenkundigen Jahresabschlüsse der Beteiligungen B GmbH Deutschland und B B.V. Niederlande als auch aufgrund der eigenen Angaben der Beschwerdeführerin, wonach die verbuchten Abschreibungen wegen des geringen oder negativen Eigenkapitals der betroffenen Beteiligungen erforderlich geworden seien, ist erstellt, dass die Einbringung der Beteiligungen zum Zeitpunkt der Sacheinlage zum Nominalwert über dem Verkehrswert erfolgte. Das gilt umso mehr, als auch kein allenfalls höherer Nutzwert der Beteiligungen geltend gemacht wurde, geschweige denn nachgewiesen ist. Es kann bei dieser Aktenlage offen bleiben, ob die Bewertungen der Vorinstanz für die Eingangsbilanz der Beschwerdeführerin zutreffen; für die streitige Veranlagung ist - wie nachstehend zu erwägen - allein die in den verbuchten Abschreibungen auf den Pro-memoria-Wert ersichtliche Wertdifferenz massgeblich.
3.- a) Die B Holding AG unterliegt als juristische Person für die direkte Bundessteuer der Gewinnsteuer. Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn (Art. 57 DBG). Für die Bestimmung des steuerbaren Reingewinns ist grundsätzlich der Saldo der Erfolgsrechnung massgebend, unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG; Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz). Nun sieht das Handelsrecht aber - aufgrund des sog. Vorsichtsprinzips (vgl. Käfer, in: Berner Kommentar, Bd. VIII/2/2: Die kaufmännische Buchführung, Bern 1980, N 424 ff. zu Art. 959 OR) - verschiedene zwingende Höchstbewertungsvorschriften für die Aktiven vor, ohne eine Untergrenze für die Bewertung festzulegen. Weil eine gewisse Beschränkung der zulässigen Abschreibungen auf den Aktiven eine unabdingbare Voraussetzung für die Erfassung des periodengerechten Gewinns darstellt, kann deshalb nicht direkt der - unter Umständen gewillkürte - Saldo der handelsrechtlichen Erfolgsrechnung zur Bemessung der Gewinnsteuer dienen. Vielmehr ist der (tatsächliche) Gewinn zu ermitteln, wie er sich aufgrund allfällig erforderlicher steuerrechtlicher Korrekturen, insbesondere der Beachtung von steuerrechtlichen Bewertungsschranken für die Aktiven, ergibt. So wird sichergestellt, dass sich auch die Besteuerung der juristischen Personen, wie in Art. 127 Abs. 2 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft (BV; SR 101) vorgesehen, nach deren tatsächlicher wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit richtet (BG-Urteil vom 15.10.2004, StE 2005 B 72.15.2 Nr. 6, E. 4.1, mit Hinweis auf BG-Urteil vom 4.3.2002, ASA 72, S. 299, E. 3.4). Das Massgeblichkeitsprinzip der Handelsbilanz gilt demnach nur soweit, als der Erfolgsausweis einerseits nicht unter Verletzung zwingender Bestimmungen des Handelsrechts zustande kam und andererseits nicht besondere steuerrechtliche Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (BG-Urteil vom 15.10.2004, StE 2005 B 72.15.2 Nr. 6, E. 4.1, mit Hinweis auf BG-Urteil vom 11.3.2002, StR 57/2002, S. 392, E. 2b). Demnach haben die Steuerbehörden die zu Steuerzwecken eingereichte Handelsbilanz unter zwei Gesichtspunkten zu überprüfen: Zum einen ist diese zu berichtigen, wenn einzelne Buchwerte die nach Handelsrecht zulässigen Höchstwerte übersteigen, zum andern, wenn die bilanzierten Werte die steuerrechtlich zulässige Wertgrenze unterschreiten (BG-Urteil vom 15.10.2004, StE 2005 B 72.15.2 Nr. 6, E. 4.1, mit Hinweis auf BG-Urteil vom 11.3.2002, StR 57/2002, S. 395, E. 2d).
Teil der zwingenden handelsrechtlichen Höchstbewertungsvorschriften bildet Art. 665 OR, gemäss welchem Aktiengesellschaften ihr Anlagevermögen höchstens zu den Anschaffungs- oder Herstellungskosten bewerten dürfen. Zum Anlagevermögen gehören auch Beteiligungen und andere Finanzanlagen (Art. 665a Abs. 1 OR). Bei der Bewertung solcher Beteiligungen kann sich allerdings der Begriff der Anschaffungskosten nur auf Geschäfte beziehen, die zu Marktbedingungen abgewickelt worden sind. Dort, wo dies nicht zutrifft, ist hilfsweise auf den Verkehrswert abzustellen (BG-Urteil vom 11.3.2002, StR 57/2002, 395, E. 3 a). Das entspricht im Übrigen den bei der handelsrechtlichen Rechnungslegung gemäss Art. 662a Abs. 1 Satz 1 OR stets zu beachtenden Grundsätzen ordnungsmässiger Rechnungslegung, nämlich dem Niederstwertprinzip, das besagt, dass der tiefere Betrag aus Anschaffungswert und aktuellem Wert anzusetzen ist (vgl. StE 2003 B 23.43.2 Nr. 10; Benz, Handelsrechtliche und steuerrechtliche Grundsätze ordnungsmässiger Bilanzierung, Zürich 2000, S. 115; vgl. Cagianut/Höhn, Unternehmenssteuerrecht, 3. Aufl., Bern 1993, § 4 N 52).
b/aa) Da A die B GmbH Deutschland und die B B.V. Niederlande im Zeitpunkt der Einbringung beherrschte, kamen die Sacheinlagen nicht unter Marktbedingungen zustande. Es handelt sich wirtschaftlich und rechtlich um die Einlage zweier von A kontrollierter Unternehmen in eine dritte, ihm gehörende Gesellschaft. Deshalb kann nicht ohne nähere Kontrolle auf die Nominalwerte der Beteiligungen abgestellt werden, sondern es ist für die Bestimmung des handelsrechtlich zulässigen Höchstwerts vom Verkehrswert auszugehen. Dem könnte im Übrigen auch nicht entgegengehalten werden, die Sacheinlagegründung sei vom Handelsregisteramt anstandslos abgewickelt worden: Die betreffende Behörde hatte angesichts ihrer beschränkten Prüfungsbefugnis (vgl. BGE 117 II 188 E. 1) nicht zu untersuchen, inwieweit die eingebrachten Gesellschaften allenfalls materiell Nonvaleurs bzw. gar überschuldet und deshalb buchmässig überbewertet waren. Aus dem Umstand, dass die Eintragung der Beschwerdeführerin im Handelsregister nicht verweigert wurde, kann deshalb nichts zu ihren Gunsten geschlossen werden.
Lag eine Überbewertung der eingebrachten Gesellschaften vor, so ist die Bilanz der Beschwerdeführerin insoweit handelsrechtswidrig. Die Jahresrechnung ist deshalb für Steuerzwecke von Amtes wegen zu berichtigen; die Veranlagung hat alsdann aufgrund der handelsrechtskonformen Ansätze zu erfolgen (vgl. Berger, Probleme der Bilanzberichtigung, ASA 70, S. 541).
bb) Die Nennwerte der B GmbH Deutschland und der B B.V. Niederlande lagen nach dem Gesagten je über dem Verkehrswert, welcher vorliegend den handelsrechtlich zulässigen Höchstwert bildet. Diese Überbewertung ist durch eine Bilanzberichtigung zu Lasten des Eigenkapitals zu beseitigen: In jenem Umfang, in dem der Nominalwert der beiden Beteiligungen höher ist als deren Verkehrswert, besteht ein Minuskapital, auf welchem keine erfolgswirksamen Wertberichtigungen vorgenommen werden können (wobei unter Abschreibungen definitive Buchungen und unter Wertberichtigungen provisorische Bewertungshandlungen zu verstehen sind [vgl. Benz, a.a.O., S. 116 f.]). Deshalb sind die Wertberichtigungen auf den eingebrachten Beteiligungen für Steuerzwecke aus der Erfolgsrechnung zu streichen (vgl. Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Therwil/Basel 2004, N 112 zu Art. 58; vgl. zur entsprechenden buchmässigen Behandlung bei Erwerb eines Aktivums zu überhöhten Kosten: Weidmann, Einkommensbegriff und Realisation, Zürich 1996, S. 179 f.). Im gleichen Schritt wird das steuerliche Minuskapital aus dem Eigenkapital der Beschwerdeführerin eliminiert. Durch die von den Steuerbehörden vorgenommene Aufrechnung der Wertberichtigungen ist die mit der Abschreibung von in der Eingangsbilanz überbewerteten Beteiligungen erfolgte Schmälerung des Gewinns der Beschwerdeführerin bereits ausgeglichen.
c) Die ertragswirksame Aufrechnung der Aufwertung auf der Beteiligung B srl Italien blieb zu Recht unangefochten. Zwar erfolgte die buchmässige Realisierung von Reserven auf der Beteiligung ohne erfolgswirksame Verbuchung in der Handelsbilanz. Wenn aber Grundstücke oder Beteiligungen, wie im vorliegenden Fall, gemäss Art. 670 OR über die Anschaffungskosten hinaus aufgewertet werden und der Aufwertungsbetrag erfolgsneutral in einer Aufwertungsreserve ausgewiesen wird, ist steuerlich der Aufwertungsgewinn gleichwohl gemäss Art. 58 Abs. 1 Bst. c DBG zum steuerbaren Reingewinn hinzuzurechnen (KS der EStV vom 27.7.1995, ASA 64, 604). Immerhin ist dann aber auf der andern Seite ein Korrekturposten zur Aufwertungsreserve zu bilden (Locher, a.a.O., N 148 zu Art. 58 DBG, mit Hinweisen).
[...]
5.- a) Die Vorinstanz gewährte der Beschwerdeführerin einen Beteiligungsabzug auf dem Aufwertungsgewinn der Beteiligung, B srl Italien. Ein solcher Abzug bei Aufwertungsgewinnen auf Beteiligungen ist in § 83 StG ausdrücklich vorgesehen. Bei der Veranlagung der direkten Bundessteuer wurden die im kantonalen Recht massgeblichen Faktoren unbesehen auf die Berechnung der direkten Bundessteuer übertragen und in der Folge liess die Veranlagungsbehörde den Abzug auch für die direkte Bundessteuer zu.
Ist eine Kapitalgesellschaft oder eine Genossenschaft zu mindestens 20 % am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften beteiligt oder macht ihre Beteiligung an solchem Kapital einen Verkehrswert von mindestens 2 Millionen Franken aus, so ermässigt sich gemäss Art. 69 DBG die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrags aus diesen Beteiligungen zum gesamten Reingewinn. Keine Beteiligungserträge in diesem Sinn sind aber Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen (Art. 70 Abs. 2 lit. c DBG). Indem die Vorinstanz der Beschwerdeführerin bei der Veranlagung der direkten Bundessteuer einen Beteiligungsabzug auf dem Aufwertungsgewinn zufolge Aufwertung der Beteiligung B srl Italien gewährte, ermässigte sie die Gewinnsteuer demnach entgegen dem ausdrücklichen Gesetzeswortlaut. Wird der somit zu Unrecht gewährte Beteiligungsabzug aus der Berechnung entfernt und die erforderliche zusätzliche Steuerabgrenzung (kein Beteiligungsabzug bei der direkten Bundessteuer) eingerechnet, resultiert ein gesetzmässig ermittelter Steuerbetrag von Fr. xx anstelle von Fr. yy. Die Folge ist somit eine Unterbesteuerung im Betrag von mehr als Fr. 100'000.--. Auch wenn in der Lehre zu Recht gefordert wird, dass sich der kantonale Steuerrichter bei der reformatio in peius grösste Zurückhaltung auferlegen soll, ist die angefochtene Veranlagung offensichtlich mit den anzuwendenden Rechtssätzen unvereinbar und ist die Korrektur sowohl in absoluten Zahlen als auch mit Blick auf die Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit von erheblicher Bedeutung. In Anwendung von Art. 143 Abs. 2 Satz 2 DBG ist die Beschwerdeführerin deshalb wie für die direkte Bundessteuer, Steuerperiode 26. Juni 2006 bis 31. Dezember 2006, wie folgt zu veranlagen: [Veranlagung als Kapitalgesellschaft gem. Art. 68 DBG].
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