Aus den Erwägungen:
b) Andererseits sind gemäss Art. 34 lit. a DBG nicht abziehbar die Aufwendungen für den Unterhalt des Steuerpflichtigen und seiner Familie (sog. Lebenshaltungskosten). Zu den Lebenshaltungskosten gehören u.a. die Kosten der Verpflegung, der Bekleidung, für Unterkunft, für Hauspersonal, für Kultur, Freizeit und Vergnügen, Kosten für die Haltung von Haustieren oder auch die Kosten für den Unterhalt und Betrieb eines Fahrzeuges (Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 6 zu Art. 34 DBG).
Die Möglichkeit, Krankheits- und Unfallkosten von den Einkünften abzurechnen, bildet demnach eine Ausnahme vom Grundsatz, wonach Lebenshaltungskosten prinzipiell nicht abzugsfähig sind. Es rechtfertigt sich daher, den Begriff der Krankheits- und Unfallkosten einschränkend zu interpretieren und nur jene Aufwendungen zum Abzug zuzulassen, die in einem direkten Zusammenhang mit einer Krankheit bzw. einem Gebrechen stehen. Mithin muss es sich also um Kosten handeln, welche als direkte Folge der gesundheitlichen Beeinträchtigung unvermeidlich anfallen, d.h. die fraglichen Kosten müssen in einem adäquat-kausalen Zusammenhang mit der Beeinträchtigung stehen (Zigerlig/Jud, in: Zweifel/Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Art. 33 DBG N 32 mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat denn in diesem Zusammenhang festgehalten, dass die Kosten einer nicht ärztlich verordneten Psychotherapie nicht zum Abzug zugelassen werden könnten (BG-Urteil 2A.390/2006 vom 28.11.2006, E. 6.2).
b) Hinsichtlich der Beweislast hat das Bundesgericht gerade für Krankheitskosten mehrfach bestätigt, dass diese als steuermindernde Tatsachen von der steuerpflichtigen Person nachzuweisen sind, welche die Folgen der Beweislosigkeit trägt (BG-Urteile 2C_722/2007 vom 14.4.2008, E. 3.2; 2A.272/2006 vom 19.5.2006, E. 2.1 mit Hinweisen; 2A.84/2005 vom 24.2.2005, E. 4). Auch gemäss Ziffer 6 des Kreisschreibens Nr. 11 der ESTV vom 31. August 2005 betreffend Abzug von Krankheits- und Unfallkosten sowie von behinderungsbedingten Kosten (publ. in: StR 60/2005 S. 795ff. sowie www.estv.admin.ch) sind die vom Steuerpflichtigen für sich oder eine von ihm unterhaltene Person geltend gemachten krankheits-, unfall- und behinderungsbedingten Kosten durch ärztliche Bescheinigungen, Rechnungen, Versicherungsbelege usw. nachzuweisen. Insbesondere hat der Beschwerdeführer bei einer selbst gewählten Therapie deren medizinische Notwendigkeit nachzuweisen (vgl. BG-Urteil 2A.84/2005 vom 24.2.2005, E. 4).
3.- a) Im erwähnten Kreisschreiben Nr. 11 wird unter Ziffer 3.2.2 (Kosten für Heilmassnahmen) festgehalten, dass die Kosten besonderer Heilmassnahmen wie Massagen, Bestrahlungen, Heilbäder, Kuraufenthalte, Physiotherapie, Ergotherapie, Logopädie, Psychotherapie usw. als abzugsfähig gälten, sofern sie ärztlich verordnet seien und von diplomierten Personen durchgeführt würden. Betreffend Alternativmedizin räumt das Kreisschreiben ein (Ziff. 3.2.4), dass diese immer häufiger als breit anerkannte Komplementärmedizin zur traditionellen Schulmedizin in Erscheinung trete. Diesem Trend hätten sich auch die Krankenkassen nicht verschlossen und böten im Bereich der Zusatzversicherung Versicherungen für naturheilärztliche Leistungen an. Unter Berücksichtigung des Spannungsfeldes zwischen Schulmedizin und naturheilärztlichen Behandlungsmethoden dürfe die (schul-)ärztliche Verordnung nicht mehr als notwendiges Kriterium für die Anerkennung als abzugsfähige Krankheitskosten herangezogen werden. In diesem Sinn hält die Eidgenössische Steuerverwaltung abschliessend fest, dass die Kosten für naturheilärztliche Behandlungen deshalb als abzugsfähig gälten, wenn die Behandlung von einem anerkannten Naturheilpraktiker verordnet werde.
Das zitierte Kreisschreiben beurteilte das Bundesgericht unter Bezugnahme auf die Doktrin als mit dem Wortlaut und dem Geist von Art. 33 Abs. 1 lit. h DBG übereinstimmend. Als Verwaltungsweisung richte sich das Kreisschreiben vorab an die Vollzugsorgane und sei für das Gericht nicht verbindlich. Dieses berücksichtige Direktiven in Kreisschreiben aber bei seiner Entscheidung, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulasse. Das Gericht weiche also nicht ohne triftigen Grund von Verwaltungsweisungen ab, wenn diese eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellten. Insofern werde dem Bestreben der Verwaltung, durch interne Weisungen eine rechtsgleiche Gesetzesanwendung zu gewährleisten, Rechnung getragen (BG-Urteil 2C_722/2007 vom 14.4.2008, E. 3.1 mit zahlreichen Hinweisen).
b) Das Kreisschreiben knüpft die Abzugsfähigkeit der Kosten für bei Naturheilpraktikern in Anspruch genommene Behandlungen an deren Anerkennung als Naturheilpraktiker.
Der Begriff "anerkannt" lässt sich nicht generell definieren, da für die Zulassung von Ärzten und anderen Medizinalpersonen die Kantone zuständig sind. Im Bereich der Naturheilpraktiker sind die kantonalen Gesundheitsgesetze sehr unterschiedlich. So ist die Naturheilpraktikertätigkeit in einem Teil der Kantone geregelt und bewilligungspflichtig, in anderen hingegen fehlt (noch) eine entsprechende gesetzliche Regelung. Der kantonalen Anerkennung gleichzusetzen ist die Mitgliedschaft beim "Erfahrungs-Medizinischen Register" (EMR), einer im schweizerischen Gesundheitswesen breit abgestützten, gesamtschweizerisch tätigen Stelle, die ein Qualitätslabel für die Aus- und Fortbildung von Therapeuten der Komplementärmedizin vergibt (Zigerlig/Jud, a.a.O., Art. 33 DBG N 32e; Luzerner Steuerbuch Weisungen StG § 40 Nr. 8 Ziff. 1.2).
Der Kanton Luzern hat die Betätigung als Naturheilpraktiker/in keiner Bewilligungspflicht, sondern lediglich einer Meldepflicht unterstellt (vgl. § 36 der Verordnung über die Berufe der Gesundheitspflege). Bei diesem Sachverhalt erscheint es in Übereinstimmung mit der Lehre und der Luzerner Steuerpraxis sinnvoll, für die Anerkennung als Naturheilpraktiker/in auf eine entsprechende Eintragung im EMR abzustellen. A ist, was von den Beschwerdeführern nicht bestritten wird, nicht Mitglied beim EMR. Nach dem Gesagten kann sie deshalb nicht als anerkannte Naturheilpraktikerin im Sinn des Kreisschreibens der Eidgenössischen Steuerverwaltung gelten.
b) Bei den von der Beschwerdeführerin bei der Naturheilpraktikerin A in Anspruch genommenen Behandlungen handelt es sich um eine Cranio-Sacral-Therapie. Gemäss Auskunft auf der Webseite des EMR werden dabei mit sanften, manuellen Impulsen Blockaden des craniosacralen Systems (Hirnschädel [Neurocranium], Wirbelsäule und Kreuzbein [Sacrum], Hirn- und Rückenmarkshäute, Hirn- und Rückenmarksflüssigkeit [Liquor] sowie liquorbildende und -resorbierende Strukturen) gelöst. Da diese Therapieform vorliegend nicht von einer anerkannten Naturheilpraktikerin verordnet wurde, bedarf es für die steuerliche Abzugsfähigkeit der mit dieser Behandlung verbundenen Kosten gemäss Ziff. 3.2.2 des Kreisschreibens einer ärztlichen Verordnung. Denn nur daraus könnte das Gericht vorliegend die medizinische Notwendigkeit dieser selbst gewählten Therapie ableiten.
Die Beschwerdeführer haben im Beschwerdeverfahren ein ärztliches Zeugnis von Dr. med. B, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, datierend vom 11. März 2008, aufgelegt. Darin wird bestätigt, dass die Beschwerdeführerin infolge chronischer Krankheit des Rückens u.a. Cranio-Sacral-Therapie bei A (Z) benötige. Aus diesem Zeugnis lässt sich jedoch nicht schliessen, dass die Beschwerdeführerin dieser Therapie bereits in der hier strittigen Steuerperiode 2006 bedurfte. Auch in dem von den Beschwerdeführern mit der Selbstdeklaration eingereichten, ebenfalls von Dr. med. B verfassten, Arztzeugnis vom 12. März 2007 wird lediglich festgehalten, dass die Beschwerdeführerin an chronischen Schmerzen leide und im Jahr 2006 regelmässig physikalische Therapien beansprucht und Schwimmübungen zur Entspannung benötigt habe. In welcher Form und bei wem die physikalische Therapien durchzuführen und ob hierfür Cranio-Sacral-Therapien bei A medizinisch notwendig seien, geht aus diesem Dokument nicht hervor. Auch dem weiteren aktenkundigen Zeugnis des genannten Arztes vom 18. Februar 2005 mit praktisch demselben Inhalt lässt sich keine ärztliche Anordnung für Cranio-Sacral-Therapien bei A entnehmen. Die medizinische Notwendigkeit der von der Beschwerdeführerin selbst gewählten Therapie ist somit für das Kalenderjahr 2006, d.h. für die hier streitbetroffene Steuerperiode, nicht erstellt (vgl. BG-Urteil 2A.84/2005 vom 24.2.2005, E. 4). Die in diesem Zusammenhang geltend gemachten Kosten können deshalb nicht als Krankheitskosten im Sinn von Art. 33 Abs. 1 lit. h StG steuerlich berücksichtigt werden.
Der angefochtene Einspracheentscheid ist somit nicht zu beanstanden, zumal das Kriterium der ärztlichen Verordnung in solchen Fällen nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung Voraussetzung für die Zulassung zum Abzug bildet (BG-Urteil 2C_316/2007 vom 6.7.2007, E. 3.2 mit Hinweisen). Die dagegen eingereichte Beschwerde bezüglich der direkten Bundessteuer erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen. (...)
(Das Bundesgericht hat die dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten am 10. Juli 2009 abgewiesen.)