Aus den Erwägungen:
b) Die durch den Kanton Luzern betreffend Minimalsteuer statuierte Regelung sieht vor, dass die Kapitalgesellschaften und die Genossenschaften anstelle der ordentlichen Steuern eine Minimalsteuer von zwei Promille des Steuerwerts der im Kanton Luzern gelegenen Grundstücke entrichten, wenn der Minimalsteuerbetrag die sich nach den §§ 72-94 ergebenden Steuern übersteigt. Massgebend ist der Steuerwert am Ende der Steuerperiode (§ 95 Abs. 1 StG, in der bis Ende 2010 in Kraft gestandenen Fassung). Von der Minimalsteuer gemäss Abs. 1 sind ausgenommen Grundstücke von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche die Voraussetzungen für die Bundeshilfe gemäss den Art. 51 und 52 des Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetzes erfüllen (§ 95 Abs. 2 lit. a StG) sowie Grundstücke von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, auf denen sich zur Hauptsache der Betrieb eines nach kaufmännischer Art geführten Unternehmens der Eigentümerin oder einer diese beherrschenden natürlichen oder juristischen Person abwickelt, sofern letztere mindestens einen Viertel des Steuerwertes des Grundstücks selber als Kapital eingelegt hat. Die blosse Verwaltung und Nutzung des Grundstücks als Kapitalanlage oder der Handel damit gelten nicht als Betrieb (§ 95 Abs. 2 lit. b StG).
c) Das Bundesgericht erachtet die Erhebung von Minimalsteuern auf dem Grundeigentum als verfassungsmässig und mit dem System der Reingewinn- und Kapitalbesteuerung vereinbar, dies namentlich dann, wenn Minimalsteuern auf dem Grundeigentum von juristischen Personen erhoben werden, bei denen die ordentliche Besteuerung von Reingewinn und Kapital nicht zu einer hinreichenden Berücksichtigung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit führt. Die Verfassungs-mässigkeit der Luzerner Minimalsteuer in der Fassung des Steuergesetzes des Kantons Luzern vom 27. Mai 1946 (§ 61 aStG), welche im Wesentlichen jener des seit 1. Januar 2001 in Kraft stehenden § 95 StG entsprach, wurde vom Bundesgericht ausdrücklich bestätigt (zum Ganzen Urteil A 06 34 vom 14.5.2007, E. 1, auszugsweise publiziert in: LGVE 2007 II Nr. 25 sowie StE 2007 B 72.11 Nr. 16). Die Beschwerdeführerin stellt denn auch die Verfassungsmässigkeit der Minimalsteuer gemäss § 95 StG nicht in Frage.
bb) Das einstmals den gesamten Gebäudekomplex an der A-Strasse umfassende Hotel B wurde im Laufe der Zeit redimensioniert und ehemals dem Hotelbetrieb zugehörige Gebäulichkeiten in an Dritte vermietete Büroräumlichkeiten umgebaut. Betreiberin des eigentlichen Hotelbetriebs ist seit dem Jahr 2003 nicht mehr die Beschwerdeführerin. Entsprechend der von ihrem Finanzchef erstellten Auflistung der Objekte "Eigennutzung und Bewirtschaftung" betreibt die Beschwerdeführerin an der A-Strasse noch die Vermietung der im Westflügel gelegenen Residenzen an Langzeitgäste sowie die Saal- und Hallenbewirtschaftung in Eigenregie. Weiter hat sie nach eigenen unbestrittenen Angaben ebenso die Terrassenbewirtschaftung unter sich. Die anderen dem Hotel B zugehörigen Geschäftsbetriebe, namentlich der traditionelle Hotelbetrieb im Ostflügel sowie die Restaurants, werden von dritter Seite bewirtschaftet. Dies gilt ebenso für das Nachtclubangebot. Die bis anhin in Eigenregie betriebene Parkplatzbewirtschaftung im Parkhaus an der A-Strasse ist mit dem Verkauf per 30. Juni 2005, bis auf die zurückbehaltenen Parkplätze, weggefallen.
b) Vom gesamten Immobilienbestand der Beschwerdeführerin von Fr. x (Kataster- bzw. Steuerwerte per 31.12.2005) wurden Objekte im Wert von y von der Minimalsteuer ausgenommen und Objekte im Wert von Fr. x-y der Minimalsteuer unterworfen. Bei den von der Minimalsteuer ausgenommenen Grundstücken handelt es sich um jene Objekte (Stockwerkeigentumseinheiten im Gebäudekomplex des Hotels B), die von der Beschwerdeführerin in Eigenregie bewirtschaftet werden. Die Steuerbehörden anerkannten in Bezug auf den Eigenregiebereich eine gewisse hotelähnliche (betriebsähnliche) Leistungserbringung. Sie unterschieden zwischen einem - mit der Minimalsteuer erfassten - selbständigen reinen Immobilienkomplex (verpachtete bzw. vermietete Stockwerkeigentumseinheiten) und einem - von der Minimalsteuer ausgenommenen - untergeordneten Liegenschaftsbereich (Eigenregie) mit betriebsähnlicher Funktion.
c) Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass sie gestützt auf die Regelung von § 95 Abs. 2 lit. b StG keine Minimalsteuer zu entrichten habe. Seit vielen Jahren bezwecke sie den Betrieb des Hotels B mit Residenzen und Nebengeschäften beidseits der A-Strasse in Z. Es handle sich im Wesentlichen um Restaurations-, Hotel-, Résidence- und Parkierungsanlagen sowie weitere diesem Gesamtkonzept zugehörige Betriebsteile. Im Jahr 2005 habe sie aus den in Eigenregie betriebenen Suiten, Terrassen, Sälen und Halle sowie Parkhaus einen Umsatz von insgesamt Fr. x, entsprechend 36% der gesamten Erträge, erwirtschaftet. Die weiteren Outlets, bei denen es sich um zwingend für das eigentliche Kerngeschäft der Beschwerdeführerin notwendige Neben- und Hilfsbetriebe handle, betreibe sie zwar nicht selber, sorge aber für deren strategiekonformen Betrieb durch entsprechende Vermietung an Dritte. So sei beispielsweise ihr Hauptgeschäft ohne das Parkangebot und ohne das Wellnessangebot des Fitnessparks oder auch ohne das direkte Nachtclubangebot nicht denkbar. Indem lediglich die in Eigenregie erbrachten Leistungen künstlich isoliert und abgetrennt vom übrigen Unternehmen als Betrieb anerkannt würden, verkenne die Vorinstanz das betriebliche Gesamtkonzept, wie es auf dem heutigen Hotel-, Restaurations- und Résidencemarkt zur Weiterentwicklung erforderlich und üblich sei.
b) Die Jahresrechnung 2005 der Beschwerdeführerin wies, im Wesentlichen begründet durch das Veräusserungsgeschäft der Liegenschaft an der A-Strasse, einen Reingewinn von Fr. x aus. Gestützt auf die erfolgswirksame Ausbuchung einer diesbezüglich bestehenden, teilweise bereits versteuerten Aufwertungsreserve und nach Aufrechnung von Privatanteilen im Betrag von Fr. 6000.- ergab sich laut Einschätzungsprotokoll vom 13. Februar 2008 betreffend die (ordentliche) Veranlagung 2005 - vor Verlustverrechnung - ein steuerlicher Reingewinn von Fr. x. Nach Angaben der Vorinstanz hätte bereits im Steuerjahr 2004 ein steuerbarer Reingewinn von Fr. x resultiert. Dies wäre dann der Fall gewesen, wenn in diesem Steuerjahr die steuerliche Übertragung einer unversteuerten Aufwertungsreserve im Umfang von Fr. 2,8 Mio. (vom veräusserten Objekt an der A-Strasse auf den weiterhin im Eigentum der Beschwerdeführerin verbleibenden Hotelkomplex an der A-Strasse), worauf die Beschwerdeführerin aufgrund einer objektmässigen Betrachtungsweise keinen Rechtsanspruch gehabt hätte, nicht zugestanden worden wäre. Mit Blick auf ihre in der Vergangenheit erzielten Jahresergebnisse macht die Beschwerdeführerin geltend, dass sie alle sich bietenden Möglichkeiten wahrnehme, die vorhandenen Ertragsquellen auszuschöpfen. Der Ausweis von besseren Ergebnissen sei nur marginal möglich; die Betriebsergebnisse seien jedoch seit 2005 positiv. Als diesbezüglich ergriffene Massnahmen gibt sie an, dass systematisch unbeliebte Hotelzimmer in Büros umgebaut und die bis anhin in Eigenregie geführten Restaurants zwecks Ertragssteigerung bzw. Verlusteliminierung langfristig vermietet worden seien. Die trotz grösster Bemühungen zeitweise leer stehenden Residence-Suiten würden soweit möglich als Hotelzimmer kurzfristig vermietet, was wiederum Margeneinbussen zur Folge habe. Indes seien die Mieterfolge in den letzten Jahren wegen der vermehrten internationalen Mietersuche nachhaltig steigend. Aufwandseitig seien hohe Unterhalts- und Reparaturkosten unumgänglich. Grossreparaturen stünden unter der Aufsicht der Denkmalpflege und seien dementsprechend kostspielig; gerade etwa die Renovation der Sandsteinfassade sei sehr kostenintensiv und daure Jahre. Die Steuerbehörden attestieren der Beschwerdeführerin ausdrücklich, dass das wirtschaftliche Potential durchaus vorhanden ist. Dass aus den positiven Kennzahlen (betreffend Belehnungsquote, Liquidität, Bruttorendite, aktiver Zinsüberschuss) nicht auch ein angemessener Gewinnausweis resultiere, liege teilweise an den hohen Vergütungen zugunsten von Geschäftsleitung und Geschäftsorganen. Der diesbezügliche Aufwand beziffere sich auf Fr. x und somit auf über 13% der Mietzinserträge bzw. des Gesellschaftsertrages. Der übrige Geschäftsaufwand, insbesondere die sehr hohen Büro- und Verwaltungsaufwendungen sowie der übrige Betriebsaufwand pro 2005, seien bis anhin noch nie näher hinsichtlich ihrer geschäftsmässigen Begründetheit untersucht worden. Auch in Bezug auf diese Zahlen bestehe eine starke Vermutung, dass bei der Beschwerdeführerin keine echte Gewinnunfähigkeit vorhanden sei bzw. die Gewinnerzielung primär durch hohe Kostenverrechnungen verunmöglicht werde. Da der Unternehmensgruppe in Bezug auf die Kostenverrechnung ein gewisser Ermessensspielraum zugestanden werde, wäre indes im vorliegenden Fall eine objektive Gewinnermittlung nicht oder nur sehr schwierig zu bewerkstelligen.
c/aa) Es steht nicht im Belieben der Steuerbehörden, auf eine gesetzmässige Ermittlung der harmonisierungsrechtlich zu erhebenden Steuern zu verzichten und - etwa aus Gründen der Verfahrensökonomie - auf die subsidiäre Minimalsteuer auszuweichen. Bevor zur Minimalsteuererhebung geschritten wird, ist es unabdingbar, die ordentlichen Steuerfaktoren (§ 153 Abs. 1 StG; Art. 131 Abs. 1 DBG) in Anwendung der diesbezüglich bestehenden rechtlichen Vorgaben zu veranlagen mit all den damit verbundenen umfassenden Prüfungen, gerade etwa mit Blick auf das Vorliegen von geschäftsmässig nicht begründeten Aufwendungen. Wie die Vorinstanz nun aber selber einräumt, sind gewisse Geschäftsaufwendungen bis anhin noch nie näher hinsichtlich ihrer geschäftsmässigen Begründetheit untersucht worden, obwohl dazu ganz offenbar Veranlassung bestanden hätte. Im Übrigen hat sich die Steuerbehörde das Entfallen von periodengerechtem Steuersubstrat selber zuzuschreiben, wenn sie es laut Revers vom 28. September 2007 in der Steuerperiode 2004 in Missachtung des Einzelbewertungsprinzips zuliess, eine im Geschäftsjahr 1992 auf dem [im Jahr 2005 verkauften] "Objekt A-Strasse" gebildete, noch nicht versteuerte Aufwertungsreserve im Umfang von 2,8 Mio. Franken auf die Hotelliegenschaft der Beschwerdeführerin zu übertragen, obwohl mit der per 30. Juni 2005 erfolgten Veräusserung des "Objektes A-Strasse" eine echte Realisation stattgefunden hatte.
bb) Ob nun im hier zu beurteilenden Sachverhalt die Anwendbarkeit der subsidiären Objektsteuer im Licht von Art. 27 Abs. 2 StHG schon deshalb scheitert, weil die Minimalsteuer keinen höheren Steuerbetrag ergibt als die ordentliche Besteuerung von Gewinn und Kapital, kann letztlich offenbleiben. Denn es ist höchst fraglich, dass im Fall der Beschwerdeführerin die Erhebung einer Minimalsteuer dem verfassungsmässigen Prinzip der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit eher gerecht wird als eine (mit all ihren für den Fiskus diesbezüglich manchmal mit Unwegsamkeiten verbundenen) Besteuerung gestützt auf die ordentlichen Faktoren. In diesem Zusammenhang gilt es sich im Weiteren vor Augen zu halten, dass die Beschwerdeführerin per Ende 2005 und damit im vorliegend massgeblichen Zeitpunkt, neben der Liegenschaft an der A-Strasse mit Nachtclub einzig noch Eigentümerin des Gebäudekomplexes des Hotels B war. Bis auf die in Büro-räumlichkeiten umgebauten und fremdvermieteten Gebäudeteile dient die gesamte Liegenschaft seit jeher der Beherbergung und Bewirtung von Gästen, sei dies im Rahmen des traditionellen Hotelbetriebes im Ostflügel, des Residenzbetriebes im Westtrakt, der Saalbewirtschaftung oder des Restaurationsangebotes. Diese einem Gesamtkonzept des Hauses verpflichteten Geschäftsbereiche können aus wirtschaftlicher Sicht nicht unabhängig voneinander betrachtet werden. Sie weisen denn auch zahlreiche Verbindungen untereinander auf. So werden die jeweils unterschiedlichen Gastronomiekonzepten folgenden Restaurants den Residenzgästen durch die Beschwerdeführerin als Betreibergesellschaft des Residenzbetriebes prominent als zur Verfügung stehende kulinarische Angebote angepriesen. Ferner sehen die Geschäftsmodalitäten betreffend Anmietung von Residenzen vor, dass Halbpension mit Frühstück und Mittag- oder Abendessen in einem der hauseigenen Restaurants auf Anfrage hin möglich ist. Im Weiteren findet sich unter den Facilities für die Residenzanmieter der Vermerk, dass sie für die Unterbringung ihrer Gäste auf 41 Hotelzimmer zurückgreifen können. Sowohl den Residenz- als auch den Hotelgästen wird als Zusatzdienstleistung der Wellnessbereich mit Indoor-Bad, Sauna, Solarium und Massage angeboten. Zudem offerieren die Betreibergesellschaft des traditionellen Hotelbetriebes wie auch jene des Residenzbetriebes, die beide unter demselben Logo am Markt auftreten, die Durchführung von Festivitäten und Banketten in den Ballsälen des Hauses. Diese unter einem Dach vereinten, durch eine Gesamtstrategie verbundenen Geschäftsbereiche aus steuerlichen Gründen auseinanderzudividieren und mit Bezug auf die Beschwerdeführerin in einen betrieblichen und einen (mit der Minimalsteuer erfassten) nichtbetrieblichen Teil aufzuteilen, wirkt vor dem Hintergrund der konkreten Gegebenheiten konstruiert und trägt den effektiven Verhältnissen mit Blick auf die Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit im Sinn von Art. 127 Abs. 2 der BV nicht angemessen Rechnung. So finden etwa die bei einem Gebäudekomplex, wie es die Liegenschaft des Hotels B ist, naturgemäss anfallenden hohen Unterhaltskosten und Sanierungsaufwendungen im Rahmen der Erhebung einer Minimalsteuer, im Gegensatz zur ordentlichen Gewinn- und Kapitalbesteuerung, keinerlei Berücksichtigung. Dieser Wechsel im Besteuerungssystem soll die Beschwerdeführerin letztlich allein deshalb treffen, weil sie, wie sie anführt, zur Verbesserung der Geschäftsergebnisse den Hotelbetrieb redimensioniert und die Bewirtschaftung einzelner Bereiche des Hauses in die Hand von Dritten gelegt hat. Dabei fliessen die durch den Hotel-Gebäudekomplex (wie auch der weiteren, an der A-Strasse gelegenen Liegenschaft) bzw. die durch die diesbezüglich fremdvermieteten Geschäftsbereiche generierten Erträge wiederum in den mit diesen in weiten Teilen eng verknüpften Betrieb der Beschwerdeführerin ein. Sind die Steuerbehörden der Ansicht, dass die aus der Drittvermietung vereinnahmten Entgelte zu tief oder - was sie in diesem Verfahren offen zur Diskussion stellen - die durch die Jahresrechnung 2005 der Beschwerdeführerin ausgewiesenen Ausgaben zu hoch sind, haben sie dem im Rahmen der ordentlichen Gewinn- und Kapitalbesteuerung, etwa unter dem Gesichtswinkel der geschäftsmässigen Begründetheit des verbuchten Aufwands, zu begegnen.