Aus den Erwägungen:
bb) Im angefochtenen Einspracheentscheid erwog die Steuerkommission in materieller Hinsicht im Wesentlichen, die Auffassung der Einsprecher, Renten-(nach-)zahlungen dürften nur besteuert werden, wenn diese auch tatsächlich auf das Konto des Rentenempfängers eingegangen, nicht aber wenn sie verrechnet worden seien, sei unzutreffend. Denn damit überhaupt frühere Zahlungen verrechnet werden könnten, müsse ein Einkommenszufluss stattgefunden haben. Die direkte Verrechnung stelle lediglich eine Auszahlungsmodalität dar (statt der Auszahlung des vollen Betrages und der Rückerstattung an die Ausgleichskasse sei der Betrag eben direkt verrechnet worden). Allfällige Verrechnungen bzw. Rückerstattungen würden bei der Besteuerung nur insofern berücksichtigt, als diese Leistungen bereits besteuert worden seien. Dies treffe zu, wenn die Leistungen z.B. mit bereits versteuerten Arbeitslosen- oder lV-Taggeldern verrechnet würden. Werde eine Rentennachzahlung mehrheitlich mit bisher ausbezahlten steuerfreien Ergänzungs- oder Sozialleistungen verrechnet, sei dies steuerrechtlich irrelevant.
b/aa) Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV ergibt sich die Pflicht der Behörden, die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich zu hören, zu prüfen und in der Entscheidfindung zu berücksichtigen. Daraus wiederum folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen (Begründungspflicht). Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene sie gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann (Waldmann/Weissenberger, Praxiskommentar zum VwVG, Zürich/Basel/Genf 2009, N 102f. zu Art. 29). Dies ist nur möglich, wenn sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheides Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. Es muss also ersichtlich sein, von welchen Überlegungen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich/St. Gallen 2010, N 1706 mit Hinweisen; BG-Urteil 8C_145/2011 vom 5.4.2011, E. 4.2; BGE 136 I 236 E. 5.2; LGVE 1993 II Nr. 17 E. 3a). Je unübersichtlicher die Sachlage ist und je schwieriger die sich stellenden Rechtsfragen sind, desto höher muss die Begründungsdichte sein. Weiter ist die verfassungsmässige Begründungspflicht abhängig von der Entscheidungsfreiheit der Behörde und der Eingriffsintensität des Entscheides (zum Ganzen: Kneubühler, Die Begründungspflicht, Diss. Bern 1998, S. 178ff.). Indessen ist nicht nötig, dass sich die Behörde mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, Therwil/Basel 2001, N 80 zu Vorbemerkungen; vgl. Waldmann/Weissenberger, a.a.O., N 103 zu Art. 29).
bb) Zwar bemerken die Beschwerdeführer zu Recht, dass zwischen Protokollierung und Begründung insoweit ein Zusammenhang besteht, als sich die Begründung regelmässig auf die Niederschrift der Parteivorbringen stützt. Dass jedoch fehlende Protokollierung notwendig eine ungenügende oder zumindest lückenhafte Motivierung eines Entscheides zur Folge hat, trifft weder in dieser allgemeinen Form noch im vorliegenden Fall zu. Die Steuerkommission setzte sich nämlich mit der streitigen materiellen Frage, ob die Rentennachzahlungen mit der Einkommenssteuer zu erfassen seien, auseinander. Vor diesem Hintergrund und im Licht der für die Vorinstanz massgebenden Rechtsauffassung ist denn auch nicht zu beanstanden, dass die Steuerkommission darauf verzichtete, von der Ausgleichskasse einen Amtsbericht einzuholen. Denn sind die obligationen- und steuerrechtlichen Überlegungen der Steuerkommission treffend, ist der mit dem Amtsbericht angebotene Beweis entbehrlich. Hingegen ist die Begründung zumindest nicht vollständig, wenn sie sich zu diesem Beweisantrag nicht äussert.
Was sodann den Antrag betrifft, einen Amtsbericht der Steuerämter Kriens und Luzern in vergleichbaren Fällen, insbesondere bei den Veranlagungen der Steuerpflichtigen A und B betreffend Besteuerung von EL-Bezügern einzuverlangen, kann den Einsprachegründen nichts entnommen werden. Wenn auch die materielle Rechtsauffassung der Steuerkommission zutreffend sein sollte, erweist sich die fehlende Auseinandersetzung mit diesem Antrag als eigentlicher Begründungsmangel. Denn die unter Einholung eines Amtsberichtes abzuklärende kantonale Besteuerungspraxis wäre u.U. geeignet gewesen, den Beschwerdeführern einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht zu verschaffen, was ihrem Veranlagungsantrag im Ergebnis zum Durchbruch hätte verhelfen können.
Indem die Vorinstanz sich in den Entscheidgründen nicht mit dem Antrag auseinandersetzte, die Praxis der Steuerbehörden unter Beizug von Beispielen zu erheben, d.h. diesen Antrag nicht unter Offenlegung der Gründe ablehnte und namentlich das zu erwartende Ergebnis zumindest antizipiert würdigte, genügt die Motivierung des Einspracheentscheids in gehörsverletzender Weise der Begründungspflicht nicht.