Der 1990 geborene A hatte die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 60 km/h im Innerortsbereich nach Abzug der Sicherheitsmarge um 19 km/h überschritten. Da ihm der Führerausweis bereits aufgrund einer anderen Widerhandlung gegen Strassenverkehrsvorschriften für einen Monat entzogen worden war, verfügte das Strassenverkehrsamt in der Folge die Annullierung des Führerausweises auf Probe.
Dagegen liess A Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben und die Aufhebung der Verfügung unter Kosten- und Entschädigungsfolgen beantragen.
Aus den Erwägungen:
1.- (Einzelrichterzuständigkeit; Kognition)
2.- a) Die Einführung des Führerausweises auf Probe erfolgte im Bestreben, die Verkehrssicherheit im Licht von verkehrsstatistischen Erkenntnissen zu verbessern (vgl. Botschaft des Bundesrates zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes [SVG] vom 31. März 1999 [BBl 1999 4466 ff.]). Der erstmals erworbene Führerausweis für Motorräder und Motorwagen wird deshalb seit 1. Dezember 2005 zunächst auf Probe erteilt. Die Probezeit beträgt drei Jahre (Art. 15a Abs. 1 SVG). Wird dem Inhaber der Ausweis auf Probe wegen einer Widerhandlung entzogen, so wird die Probezeit um ein Jahr verlängert. Dauert der Entzug über die Probezeit hinaus, so beginnt die Verlängerung mit der Rückgabe des Führerausweises (Abs. 3). Der Führerausweis auf Probe verfällt mit der zweiten Widerhandlung, die zum Entzug des Ausweises führt (Abs. 4).
b) Ausweise und Bewilligungen sind zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (Art. 16 Abs. 1 SVG). In den Art. 16a-16c regelt das Strassenverkehrsgesetz die zu ergreifenden Massnahmen je nach Schwere der Widerhandlungen und unter Berücksichtigung vergangener Massnahmen (sog. Kaskadensystem).
Eine leichte Widerhandlung begeht namentlich, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Art. 16a Abs. 1 lit. a SVG). Nach einer leichten Widerhandlung wird der Lernfahr- oder Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis entzogen war oder eine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Art. 16a Abs. 2 SVG). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Art. 16a Abs. 3 SVG). In besonders leichten Fällen wird auf jegliche Massnahme verzichtet (Art. 16a Abs. 4 SVG).
c) Im Bereich der Geschwindigkeitsüberschreitungen hat die Rechtsprechung im Interesse der Rechtssicherheit genaue Limiten festgelegt, um leichte, mittelschwere und schwere Widerhandlungen voneinander abzugrenzen (vgl. Art. 16a, 16b und 16c SVG). Das Bundesgericht hat diese Limiten mehrfach bestätigt und insbesondere darauf hingewiesen, dass angesichts der Häufigkeit von Geschwindigkeitsüberschreitungen ein gewisser Schematismus unabdingbar sei (BG-Urteil 1C_328/2008 vom 25.11.2008, E. 2.3, mit Hinweis auf BG-Urteil 1C_83/2008 vom 16.10.2008). Diesem Massnahmenkatalog entsprechend ging die Vorinstanz hier von einer leichten Widerhandlung im Sinn von Art. 16a Abs. 1 lit. a SVG aus, die eine Verwarnung nach sich zieht, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Art. 16a Abs. 3 SVG). Dieser Beurteilung widersetzt sich denn auch der Beschwerdeführer nicht grundsätzlich (vgl. aber nachfolgend lit. d).
Weil aber nach einer leichten Widerhandlung der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen wird, wenn - wie im vorliegenden Fall - in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis entzogen war (Art. 16a Abs. 2 SVG), war es der Vorinstanz verwehrt, den Beschwerdeführer bloss zu verwarnen. Dass es sich beim Entzugsgrund nicht um eine Geschwindigkeitsüberschreitung handelte, sondern die Massnahme erfolgen musste, weil der Beschwerdeführer ein nicht betriebssicheres Fahrzeug lenkte, ändert an dieser gesetzlichen Folge nichts. Das Kaskadensystem von Art. 16a-c SVG differenziert nicht nach Entzugsgründen, sondern nach der Schwere der Widerhandlung. Zudem bewirkten die beiden Widerhandlungen des Beschwerdeführers je für sich abstrakte Gefährdungen, weshalb die Ersttat unter bemessungsrechtlichen Gesichtspunkten, auch wenn der Beschwerdeführer nacheinander gegen verschiedene Verkehrsregeln verstiess, ohne weiteres als "einschlägig" gewichtet werden muss.
d) Sollte der Beschwerdeführer unter Berufung auf die örtlichen Verhältnisse (Zufahrt zur Autobahn) und die im Messzeitpunkt herrschenden Verkehrsbedingungen (gute Sicht, wenig Verkehr, usw.) geltend machen wollen, es liege ein besonders leichter Fall vor, der das Umgangnehmen von jeglicher Massnahme rechtfertige, verkennt er zunächst den sanktionsrechtlichen Schematismus bei Geschwindigkeitsüberschreitungen. Zwar dispensiert der Schematismus die rechtsanwendenden Behörden nicht von jeglicher Berücksichtigung der konkreten Umstände des Einzelfalls. So sind bei der Festsetzung der Dauer eines Ausweisentzugs namentlich die Gefährdung der Verkehrssicherheit, das Verschulden, der Leumund als Motorfahrzeugführer sowie die berufliche Notwendigkeit, ein Motorfahrzeug zu führen, zu berücksichtigen (Art. 16 Abs. 3 SVG). Wenn es, wie im vorliegenden Fall, um die Annullierung eines Führerausweises auf Probe geht, sind indes erhöhte Anforderungen an die Qualität der Gründe, die ein Abweichen von der Regelsanktion erfordern bzw. erlauben, zu stellen, weil von einem Inhaber eines Führerausweises auf Probe, dem nach einer Widerhandlung gegen das SVG bereits der Ausweis entzogen und die Probezeit verlängert werden musste, ein besonderes Mass an Verantwortungsbewusstsein bzw. sorgfältigem künftigem Fahrverhalten erwartet werden darf und muss (vgl. BG-Urteil 1C_542/2009 vom 10.9.2010, E. 6.5). Daran gebricht es hier aber, überschritt er doch eine Geschwindigkeitslimite im Innerortsbereich (60 km/h) mit - nach Abzug der Sicherheitsmarge - 19 km/h nicht bloss geringfügig, sondern mit einer Geschwindigkeitsüberschreitung, die nach dem Massnahmenkatalog an der oberen Grenze für eine Verwarnung (bei 16-20 km/h) als Regelsanktion liegt. Eine solche Überschreitung der Höchstgeschwindigkeit innerorts bringt unabhängig von weiteren, die Gefährlichkeit des Verhaltens erhöhenden Umständen eine mit den örtlichen Verhältnissen nicht vereinbare Zunahme der abstrakten Gefährdung mit sich. Zwar ist dem Beschwerdeführer zuzubilligen, dass die Strassenanlage an sich und die örtliche Bebauung gerade den Auswärtigen leicht dazu verleiten könnten, sich ausserorts zu wähnen. Indes muss er sich vorwerfen lassen, nicht die von ihm erwartete besondere Sorgfalt geübt zu haben und der Geschwindigkeitssignalisation nicht die erforderliche Beachtung geschenkt zu haben. Unter all diesen Aspekten kommt schon ein Abweichen vom Sanktionenschematismus nicht infrage, ganz zu schweigen von der Annahme einer besonders leichten Widerhandlung im Sinn von Art. 16a Abs. 4 SVG.
3.- a) Erteilung, Entzug und Verfall des Führerausweises auf Probe unterliegen der Ordnung von Art. 15a SVG.
Da die Geschwindigkeitsüberschreitung nach den vorstehenden Feststellungen und Erwägungen die zweite Widerhandlung darstellt, die zum Entzug führt, entfällt die Fahrberechtigung von Gesetzes wegen, gleichgültig, wie schwer die Widerhandlung wiegt (vgl. Weissenberger, Kommentar zum Strassenverkehrsgesetz, Zürich/St. Gallen 2011, N 5 zu Art. 15a SVG).
b) Ein neuer Lernfahrausweis kann frühestens ein Jahr nach Begehung der Widerhandlung und nur auf Grund eines verkehrspsychologischen Gutachtens erteilt werden, das die Eignung bejaht (Art. 15a Abs. 5 Satz 1 SVG; vgl. auch Botschaft des Bundesrates, a.a.O., S. 4485). Wenn das Strassenverkehrsamt die Wiedererteilung eines Lernfahrausweises mit der angefochtenen Verfügung von einem verkehrspsychologische Gutachten abhängig macht, wiederholt die Vorinstanz lediglich die gesetzliche Voraussetzung, die nicht an einem manifesten psychischen Eignungsdefizit, sondern allein am Verfall des Führerausweises auf Probe anknüpft. Der Beschwerdeführer macht deshalb vergeblich geltend, dass die von ihm begangenen Widerhandlungen keinerlei kriminelle Energie oder psychische Defizite vermuten liessen.
4.- (Kosten- und Entschädigungsfolgen).