Aus den Erwägungen:
Der Beschwerdeführer macht geltend, gemäss § 7 EStG seien zur Bestimmung des Steuerwerts des erbschaftssteuerpflichtigen Vermögens die allgemeinen Regeln über die Steuerpflicht bzw. jene zur Vermögenssteuer heranzuziehen. Dementsprechend gelange die Wegleitung der Schweizerischen Steuerkonferenz zur Bewertung von Wertpapieren ohne Kurswert für die Vermögenssteuer vom 28. August 2008 (Kreisschreiben Nr. 28 vom 28.8.2008 [nachfolgend: Wegleitung]) zur Anwendung. Somit könne ein Pauschalabzug für Minderheitsbeteiligungen in der Höhe von 30% vorgenommen werden (Wegleitung, Rz. 61ff.). Abzustellen sei dabei auf die Vermögensverhältnisse des Erblassers und nicht auf jene der Erben.
Demgegenüber hält die Beschwerdegegnerin dafür, dass der Pauschalabzug für Minderheitsbeteiligungen hier nicht berücksichtigt werden könne, da der Beschwerdeführer bereits Mehrheitsaktionär der A AG sei.
Bei Wertpapieren, für die eine regelmässige Kursnotierung besteht, gilt im Allgemeinen der Kurswert als Verkehrswert (§ 47 Abs. 1 StG). Diese Bestimmung bezieht sich nach der Praxis nur auf kotierte, d.h. an der Börse offiziell gehandelte Wertpapiere sowie auf nichtkotierte Wertpapiere, die regelmässig vor- oder ausserbörslich gehandelt werden. Bei nichtkotierten Wertpapieren, bei denen offizielle Kursnotierungen fehlen und für die daher eine als Ausdruck des Verkehrswertes anzusehende Preisbildung nicht stattgefunden hat, ist der Verkehrswert zu schätzen. Dabei müssen die Schätzungsgrundlagen so gewählt werden, dass das Ergebnis dem wirklichen wirtschaftlichen Wert möglichst nahe kommt (BG-Urteil vom 8.10.1996, in: ASA 66, S. 489, E. 4; StE 1988 B 72.13.22 Nr. 10). Die Bewertung von Wertpapieren ohne Kurswert erfolgt im Kanton Luzern beim Vermögenssteuerrecht grundsätzlich aufgrund der bereits zitierten Wegleitung (vgl. LUStB, Bd. 1, Weisungen StG, Ziff. 1 zu § 47 StG Nr. 2). Dies entspricht denn auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung. So hat das Bundesgericht wiederholt festgestellt, bei nicht kotierten Wertpapieren sei der Verkehrswert aufgrund von Schätzungsunterlagen so zu wählen, dass das Ergebnis der wirtschaftlichen Wirklichkeit möglichst nahe kommt. Gemäss ständiger Praxis des Bundesgerichts gilt die Wegleitung als zuverlässige Methode zur Bestimmung des Verkehrswertes, da in ihr die Überlegungen, die für die Preisbildung bei den nicht an der Börse kotierten Aktien im Allgemeinen massgebend sind, zum Ausdruck kommen (bereits zitiertes Urteil des Bundesgerichts in: ASA 66, S. 484ff.; vgl. auch BG-Urteile 2C_504/2009 vom 15.4.2010, E. 3.3, 2A.590/2002 vom 22.5.2003, E. 2.2). Auch das Verwaltungsgericht stellt im Zusammenhang mit der Bewertung von Wertpapieren ohne Kurswert auf diese Wegleitung ab (VG-Urteil A 10 47 vom 13.9.2010, E. 3c mit weiteren Hinweisen; ferner LGVE 2008 II Nr. 20; vgl. schliesslich LUStBWeisung StG zu § 47 Nr. 2, Ziff. 1). Die Anwendung der Wegleitung bei der Bewertung von Aktien ohne Kurswert wird denn auch nicht im Grundsatz bestritten.
Nach dieser Wegleitung soll dem beschränkten Einfluss des Inhabers einer Minderheitsbeteiligung auf die Geschäftsleitung und auf die Beschlüsse der Generalversammlung sowie der eingeschränkten Übertragbarkeit von Gesellschaftsanteilen pauschal Rechnung getragen werden (Wegleitung, Rz. 61 Abs. 1). Dabei kann der Titelinhaber einen Pauschalabzug von 30% geltend machen, wenn er am Ende der Steuerperiode nicht über mehr als 50% des Gesellschaftskapitals verfügt (Wegleitung, Rz. 62 Abs. 1). Sobald jedoch der Inhaber einer Minderheitsbeteiligung über einen beherrschenden Einfluss verfügt (Mitverwaltungsrechte, Zusammenrechnung von Titeln, Vetorecht bei GmbH usw.), wird der Pauschalabzug nicht gewährt (Wegleitung, Rz. 62 Abs. 3).
b) Vorliegend steht fest, dass der Beschwerdeführer bereits vor Erhalt der zusätzlichen zehn Aktien über die Aktienmehrheit bei der A AG verfügte. Demgegenüber war der Erblasser Minderheitsaktionär dieser juristischen Person. Damit stellt sich für die Bewertung dieser zehn Aktien die Frage, ob für die Prüfung des Pauschalabzuges für eine Minderheitsbeteiligung auf die Verhältnisse des Erblassers oder des Vermächtnisnehmers (Beschwerdeführer) abzustellen ist.
aa) Einzig aus dem Verweis gemäss § 7 EStG auf die allgemeinen Regeln über die Steuerpflicht kann entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht abgeleitet werden, dass für die Anwendung des Pauschalabzuges für eine Minderheitsbeteiligung die Verhältnisse des Erblassers massgebend wären. Denn dieser Verweis beschränkt sich darauf, für die «Ausmittlung des erbschaftssteuerpflichtigen Vermögens» die vermögenssteuerrechtlichen Bewertungsregeln für anwendbar zu erklären. Demnach erlangen die im Vermögenssteuerrecht aufgestellten Bewertungsgrundsätze Geltung für das EStG, soweit dieses nicht etwas anderes vorsieht. Weiter reicht der sachliche Anwendungsbereich des Vermögenssteuerrechtes nicht (Gut, Die Erbschaftssteuer des Kantons Luzern nach Gesetz und Praxis, unveröffentlichte Dissertation, 1952, S. 189f.). Insofern ist bei der Anwendung der vermögenssteuerrechtlichen Bewertungsregeln auf den Geltungsbereich des EStG und seine Ausgestaltung Rücksicht zu nehmen. Einzig wenn §§ 43—51 StG bei der Bewertung von Wertpapieren zwingend die Anwendung der Verhältnisse beim bisherigen Eigentümer vorschreiben und dies mit der kantonalen Ausgestaltung des EStG übereinstimmen sollte, wäre in diesem Verweis gemäss § 7 EStG eine Festlegung der für die Bewertung massgeblichen Verhältnisse zu erblicken. Doch eine solche Bestimmung kann hinsichtlich der Anwendung des Pauschalabzuges für eine Minderheitsbeteiligung weder dem StG noch der Wegleitung entnommen werden. Insbesondere Letztere nimmt nicht ausdrücklich auf Anwendungsfälle der Erbschaftssteuer Bezug. Auch aus Art. 14 StHG kann der Beschwerdeführer diesbezüglich nichts zu seinen Gunsten ableiten, da die Erbschaftssteuer nicht in den Anwendungsbereich des StHG fällt (Reich, in: Zweifel/Althanas [Hrsg.] Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl., Basel 2002, N 32 zu Vorb. Art. 1/2 StHG). Abgesehen davon verbleibt den Kantonen selbst bei den harmonisierten Steuern hinsichtlich der Bemessung des Verkehrswertes ein Ermessensspielraum. Bindend für die Kantone ist einzig die Bewertung zum Verkehrswert. Indessen bestimmt das StHG nicht, nach welchen Regeln der Verkehrswert zu ermitteln ist (Reich, a.a.O., N. 2 zu Art. 14 StHG).
bb) Nach dem Gesagten findet sich weder im EStG noch in seinem Verweis auf die vermögenssteuerrechtlichen Bewertungsregeln eine ausdrückliche Antwort auf die hier zu beurteilende Frage, welche Verhältnisse bei der Anwendung des Pauschalabzuges für eine Minderheitsbeteiligung massgeblich sind.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist eine echte Lücke im Gesetz dann gegeben, wenn der Gesetzgeber etwas zu regeln unterlassen hat, was er hätte regeln sollen, und dem Gesetz weder nach seinem Wortlaut noch nach dem durch Auslegung zu ermittelnden Inhalt eine Vorschrift entnommen werden kann. Von einer unechten oder rechtspolitischen Lücke ist demgegenüber die Rede, wenn dem Gesetz zwar eine Antwort, aber keine befriedigende, zu entnehmen ist, namentlich in den Fällen, wo die vom klaren Wortlaut geforderte Subsumtion eines Sachverhalts in der Rechtsanwendung teleologisch als unhaltbar erscheint. Echte Lücken zu füllen, ist dem Richter aufgegeben, unechte zu korrigieren, ist ihm nach traditioneller Auffassung grundsätzlich verwehrt, es sei denn, die Berufung auf den als massgeblich erachteten Wortsinn der Norm stelle einen Rechtsmissbrauch dar (statt vieler: BGE 128 I 42 E. 3b). In jüngerer Zeit wird indessen die Unterscheidung zwischen echter und unechter Lücke in der Praxis immer weniger beachtet. Stattdessen ist von einer planwidrigen Unvollständigkeit des Gesetzes die Rede (vgl. z.B. auch BGE 131 V 238 E. 4.1), die von der rechtsanwendenden Behörde korrigiert werden dürfe; dabei bleibe diese immerhin den Zielsetzungen und Wertungen verpflichtet, die dem Erlass zugrunde liegen. Entscheidend sind somit die funktionellen Grenzen der Gerichtsbarkeit. Auch in der Lückenfüllung hat der Rechtsanwender normgebunden zu entscheiden; «fehlende oder falsche Normen können nur unter der Voraussetzung ergänzt oder überspielt werden, dass sich das Ergebnis widerspruchslos in den Erlass einfügt und dessen Grundentscheidungen respektiert» (Tschannen/Zimmerli/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., Bern 2009, § 25, Rz. 11; vgl. ferner: Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich/St. Gallen 2010, Rz. 243ff.).
Vor diesem Hintergrund ist hier von einer echten Lücke auszugehen. In Anbetracht des Interesses aller Verfahrensbeteiligten an der Klärung dieser Rechtsfrage, aber auch mit Blick darauf, dass die Lücke anhand der bestehenden Ausgestaltung und Systematik des EStG gefüllt werden kann (vgl. sogleich lit. cc und dd), sind die Voraussetzungen einer Lückenfüllung gegeben, sodass hier nicht von einer unhaltbaren Normkorrektur (vgl. dazu BGE 128 I 42 E. 3b) gesprochen werden kann.
cc) Die Luzerner Erbschaftssteuer ist als Erbanfallsteuer konzipiert. Dabei gilt als Steuerobjekt der unentgeltliche Vermögensübergang kraft gesetzlicher oder gewillkürter Erbfolge auf den einzelnen Erben bzw. Vermächtnisnehmer, wobei sich die Steuer nach der Höhe der einzelnen Erbanfälle und nach dem Verwandtschaftsgrad richtet (vgl. § 4 Abs. 1 EStG; vgl. zum Ganzen auch LGVE 2002 II Nr. 24 E. 4c mit weiteren Hinweisen). Dies im Gegensatz zur Nachlasssteuer, wo der unentgeltliche Übergang des Nachlasses auf die Gesamtheit der Erben Steuerobjekt ist und die Steuer nach der Höhe des Nachlasses bemessen wird. Eine Abstufung nach dem Verwandtschaftsgrad ist dabei nicht möglich.
Die Erbanfallsteuer arbeitet somit mit einer Fiktion: Im Gegensatz zur zivilrechtlichen Rechtsfolge wird davon ausgegangen, der Rechtsübergang finde vom Erblasser an den einzelnen Berechtigten statt, und nicht an die Erbengemeinschaft. Daher bildet jeder Anfall ein besonderes Steuerobjekt und die einzelnen Erbansprüche gelangen gesondert zur Besteuerung (Lustenberger, Die Auswirkungen der Erbteilung auf die Erbschafts- und Schenkungssteuer, Zürich 1985, S. 36; vgl. auch LGVE 2002 II Nr. 24 E. 4c). Der einzelne Erbe hat die für seine Person geschuldete Steuer zu bezahlen. Neben den Erben gelten auch die übrigen Empfänger (Vermächtnisnehmer, Vorempfänger) grundsätzlich als Steuersubjekt (Höhn/Waldburger, Steuerrecht, Bd. I, 9. Aufl., Bern 2001, Rz. 16 zu § 27; Gut, a.a.O., S. 128f.; vgl. auch LGVE 2002 II Nr. 24 E. 4c).
Damit stellt der Luzerner Gesetzgeber die Verhältnisse des einzelnen Erben oder Vermächtnisnehmers in den Mittelpunkt. Dies zeigt sich gerade daran, dass nicht der Erbgang als Steuerobjekt bestimmt wird, sondern der individuelle, an bestimmte Personen erfolgende Anfall von Vermögen oder Vermögensvorteilen, kraft der individuellen Berufung (vgl. Gut, a.a.O., S. 24). Beim Erbanfall werden die einzelnen Erbansprüche gesondert besteuert, wobei auch die persönlichen und wirtschaftlichen Eigenschaften der Rechtsnachfolger berücksichtigt werden (vgl. Gut, a.a.O., S. 16). Gemäss der Natur der Erbanfallsteuer soll nur steuerrechtlich erfasst werden, was kraft gesetzlicher oder gewillkürter Erbfolge den Erben anfällt (vgl. Gut, a.a.O., S. 157). Auch die Ausgestaltung der Progression bestätigt, dass die Bemessung der Erbschaftssteuer aus Sicht des Erben bzw. Vermächtnisnehmers zu beurteilen ist (vgl. § 5 EStG). Schliesslich findet die Erbschaftssteuer nach dem Luzerner EStG ihre Rechtfertigung nicht in der Handänderung des Vermögens vom Erblasser auf den Erben, sondern im Umstand, dass eine Person reicher wird (vgl. Schmid, Das Erbschaftssteuerrecht des Kantons Luzern, Luzern 1966, S. 3). Eine Besteuerung erfolgt mithin dann, wenn eine Vermögensübertragung unentgeltlich erfolgt und der Empfänger bereichert ist.
dd) Mit Blick auf diese Systematik und Ausgestaltung der Luzerner Erbschaftssteuer rechtfertigt es sich, bei der Anwendung des Pauschalabzuges für Minderheitsbeteiligungen — entsprechend dem Erbanfall — die Verhältnisse beim Erben bzw. Vermächtnisnehmer als massgeblich zu erachten. Erwirbt demnach ein Erbe oder ein Vermächtnisnehmer eine Beteiligung an einer juristischen Person, ist für die Berechnung der Erbschaftssteuer auf die Verhältnisse abzustellen, in die er als Begünstigter versetzt wird. Wird er durch den Erbanfall Minderheitsaktionär, ist der Pauschalabzug für Minderheitsbeteiligungen entsprechend den Vorgaben der Wegleitung anzuwenden. Ist oder wird er zum Mehrheitsaktionär dieser juristischen Person, sind die Voraussetzungen für einen entsprechenden Abzug nicht erfüllt.
Diese Lückenfüllung widerspricht somit nicht dem Sinn und Zweck des Pauschalabzugs gemäss der Wegleitung. Demnach ist dem beschränkten Einfluss des Inhabers einer Minderheitsbeteiligung auf die Geschäftsleitung und auf die Beschlüsse der Generalversammlung sowie der eingeschränkten Übertragbarkeit von Gesellschaftsanteilen Rechnung zu tragen (Wegleitung, Rz. 61 Abs. 1), weshalb auf die gesamten beteiligungsrechtlichen Verhältnisse des Steuerpflichtigen abzustellen ist. Steuerpflichtig wird aber gemäss der Ausgestaltung des EStG der Empfänger der Wertpapiere, der diese unentgeltlich übertragen erhielt. Demnach sind für die Frage eines Pauschalabzuges für eine Minderheitsbeteiligung alle sich im Besitz des steuerpflichtigen Inhabers befindenden Beteiligungen zu berücksichtigen, und zwar zum einen diejenigen, über die er bereits verfügt und zum anderen jene, die er unentgeltlich erhält. Damit kann der Pauschalabzug von 30% nur dann gewährt werden, wenn ein Erbe bzw. Vermächtnisnehmer mit den geerbten und zusammen mit seinen bereits vorhandenen Beteiligungen nicht mehr als 50% des Gesellschaftskapitals besitzt.
Inwiefern diese Lösung für die Steuerbehörden nicht praktikabel sein soll, wie der Beschwerdeführer vorbringt, ist im Übrigen nicht ersichtlich. Es ist durchaus zumutbar und gemäss der Konzeption des EStG geboten, dass die Steuerbehörde die entsprechenden beteiligungsrechtlichen Informationen erhebt.
c) Nach dem Gesagten hat der Beschwerdeführer, der bereits Mehrheitsaktionär der A AG ist, keinen Anspruch auf einen Pauschalabzug für eine Minderheitsbeteiligung im Rahmen der Bewertung der zehn Aktien dieser juristischen Person, die er vom Erblasser unentgeltlich erhalten hat.
d) An diesem Ergebnis vermögen auch die übrigen Einwände des Beschwerdeführers — soweit nicht bereits durch die vorangegangenen Erwägungen entkräftet — nichts zu ändern.
aa) So kann aus dem Umstand, dass der massgebliche Zeitpunkt für die Bewertung des Erbanfalls der Tod des Erblassers ist, nicht abgeleitet werden, dass damit auch die Beteiligungsverhältnisse des Erblassers bei der Prüfung des Pauschalabzuges für Minderheitsbeteiligungen ausschlaggebend sind. Denn damit wird einzig der Stichtag für die Bewertung in zeitlicher Hinsicht bestimmt.
bb) Ferner betont der Beschwerdeführer, der Erbanfall bewirke zivilrechtlich noch keine Veränderung der Rechtsposition. Davon abweichend geht das EStG aber davon aus, dass der einzelne Erbe oder Begünstigte steuerpflichtig ist und nicht die Erbengemeinschaft (vgl. vorne E. 3b/cc). Eine solche Diskrepanz zum Privatrecht ist durchaus zulässig, auch wenn das EStG grundsätzlich auf dem begrifflichen Instrumentarium des Privatrechts fusst (vgl. zum Ganzen: Locher, Grenzen der Rechtsfindung im Steuerrecht, Habil. Bern 1983, S. 76ff., 167ff. und 177ff.). Einzig die zwingenden Vorschriften des Zivilrechts, aber auch Statusbegriffe (Ehe, Kindschaft usw.) sowie die Gesellschaftsformen sind in der Regel unantastbar (BG-Urteil 2C_20/2012 vom 24.4.2012, E. 3.3.1; Locher, a.a.O., S. 160). Diese werden aber durch die Massgeblichkeit der Verhältnisse beim unentgeltlich Begünstigten hinsichtlich der Frage des Pauschalabzuges bei Wertpapieren nicht beeinträchtigt.
cc) Sodann verweist der Beschwerdeführer auf die kantonal unterschiedlichen Praxen zu dieser Frage. So wird im Kanton Zürich beim Minderheits- und Vinkulierungsabzug bei der Erbschafts- und Schenkungssteuer im Rahmen der Veranlagung von Erbschaften die Gesamtheit der zum Nachlass gehörenden Wertpapiere als Einheit, bei der Veranlagung von Vermächtnissen und Schenkungen dagegen die dem einzelnen Vermächtnis- und Schenkungsnehmer zugewiesenen Wertpapiere als selbständige Einheit bewertet. In beiden Fällen wird der bisherige Aktienbesitz des Empfängers nicht mitberücksichtigt. Ein Abzug bei der Bewertung nicht kotierter Aktien zufolge vermögensrechtlicher Beschränkungen wie Minderheitenbeteiligung oder Veräusserungsverbot ist deshalb ausgeschlossen, wenn die Erbengemeinschaft insgesamt eine Mehrheitsbeteiligung hält und daher in der Lage ist, die Beschränkung aufzuheben (vgl. zum Ganzen: Richner/Frei, Kommentar zum Zürcher Erbschafts- und Schenkungssteuergesetz, Zürich 1996, Rz. 120 zu § 13).
Auch im Kanton Aargau wird für die Vermögensbewertung auf die persönlichen Verhältnisse des Vermögensabtreters abgestellt (Klöti-Weber/Siegrist/Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl., Muri b. Bern 2009, Rz. 3 zu § 145).
Diese gegenteilige kantonale Praxis übersieht, worauf im Übrigen auch die Literatur hinweist, dass beim Konzept der Erbanfallsteuer (im Gegensatz zur Nachlasssteuer) nicht die Erbengemeinschaft, sondern der einzelne Erbe steuerpflichtig ist. Dies spricht — wie dargelegt — dafür, dass die beteiligungsrechtlichen Verhältnisse des Erben bzw. Vermächtnisnehmers massgebend sind (Richner/Frei, a.a.O., Rz. 121 zu § 13). Ferner führt die Praxis der genannten Kantone zu stossenden Ergebnissen, so z.B. bei einem Erbanfall einer Minderheitsbeteiligung, an welcher der Erblasser und Vermögensabtreter die Mehrheit hatte. In solchen Fällen verlangt die Literatur zumindest eine Korrektur im konkreten Einzelfall und damit ein Abweichen vom Grundsatz (Abstellen auf die Verhältnisse des Erblassers; Klöti-Weber/Siegrist/Weber, a.a.O., Rz. 3 zu § 145). In Anbetracht der Unzulänglichkeiten der gegenteiligen Praxis ist der Lösung gemäss dem Luzerner EStG der Vorzug zu geben, zumal diese auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung entspricht. So hielt das Bundesgericht fest, bei der Erbquote, welche der Erbe nach Gesetz oder Verfügung von Todes wegen beanspruchen könne, handle es sich nur um den Wert, den diese Erbquote im Zeitpunkt des Erbanfalls für den Erben hatte und nicht um den Wert, den sie für den Erblasser besass. Zwar würden sich diese Werte in der Regel decken. Falls sie aber ausnahmsweise einmal auseinanderfallen würden, müsse notwendigerweise die genannte Regel gelten, weil der Sinn der Erbschaftssteuer — die eine Erbanfall- und keine Nachlasssteuer sei — keine andere sein könne als der, dass der Erbe von dem, was ihm unentgeltlich zufällt, einen Teil an das Gemeinwesen abzuführen habe. Stelle man auf den Wert der Sache für den Erblasser ab, so könne sich im Extremfall für den Erben eine Steuer ergeben, die höher sei als der Wert, den die Nachlassquote für ihn habe, was offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. ASA 45, S. 545ff.). Dieses Urteil bestätigt im Ergebnis den angefochtenen Einspracheentscheid, auch wenn das Bundesgericht von einem Ausnahmefall spricht.
Dieser Sichtweise folgen im Übrigen auch andere Kantone. So wird z.B. im Kanton St. Gallen sowohl bei der Erbschafts- als auch bei der Schenkungssteuer bei nicht kotierten Wertpapieren für die Bewertung auf die Verhältnisse abgestellt, in die der Erbe bzw. der Beschenkte durch das Erbe versetzt wird. Deshalb wird der Pauschalabzug für vermögensrechtliche Beschränkungen (Minderheiten- und Vinkulierungsabzug) nach Massgabe der Verhältnisse beim Erben gewährt (vgl. Weidmann/Grossmann/Zigerlig, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Aufl., Muri b. Bern 1999, S. 367; SGGVP 1989 Nr. 16 = ASA 51, S. 291).