Aus den Erwägungen:
2.1.
Das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) schreibt den Kantonen u.a. vor, eine Grundstückgewinnsteuer zu erheben (Art. 2 Abs. 1 lit. d StHG). Gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG unterliegen der Grundstückgewinnsteuer Gewinne, die sich bei der Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt. Zum Zeitpunkt dieser Realisation oder zur Ermittlung der für die Veranlagung massgebenden Werte äussert sich das StHG nicht. Dies zeigt, dass sich im Bereich der Grundstückgewinnsteuer keine Harmonisierung des Steuerobjekts aus dem StHG ableiten lässt. Die Hoheit der Kantone bei der Bestimmung dieser Bereiche wird durch das StHG weitestgehend nicht berührt (vgl. Zwahlen, in: Zweifel/Athanas (Hrsg.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl., Art. 12 N 43 f.).
2.2.
Im Kanton Luzern wird die bundesrechtlich vorgeschriebene Grundstückgewinnsteuer gestützt auf das Gesetz über die Grundstückgewinnsteuer (GGStG; SRL Nr. 647) erhoben. Gemäss § 6 Abs. 1 Satz 1 GGStG wird die Grundstückgewinnsteuer vom Veräusserer geschuldet. Als steuerbegründende Veräusserung gilt dabei namentlich die Übertragung des Eigentums an einem Grundstück (§ 3 Ziff. 1 GGStG). Der Grundstückgewinn definiert sich gemäss § 7 Abs. 1 GGStG als Mehrbetrag des Veräusserungswerts (§§ 17 ff. GGStG) gegenüber dem Anlagewert (§§ 8 ff. GGStG) des Grundstücks. Der Veräusserungswert entspricht dem Veräusserungspreis, vermindert um die gesetzlichen Abzüge (§ 17 Abs. 1 GGStG). Der Anlagewert ergibt sich nach § 8 GGStG aus dem Erwerbspreis und den gesetzlichen Anrechnungen (§ 12 f. GGStG).
2.3.
Im Grundstückgewinnsteuerverfahren sind vorab die (verfahrensrechtlichen) Vorschriften des StHG zu beachten. Soweit das GGStG und das kantonale Steuergesetz (StG; SRL Nr. 620) keine abweichenden Verfahrensbestimmungen vorsehen, kommen die Normen des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege (VRG; SRL Nr. 40) zur Anwendung (§ 7 VRG); letzteres unter der Voraussetzung, dass sich die VRG-Vorschriften als StHG-konform erweisen.
3.1.
Auf der Basis eines Veräusserungswerts von Fr. 523'276.-- und eines Anlagewerts von Fr. 239'650.-- ermittelte die Beschwerdegegnerin einen Gewinn von Fr. 283'626.--. Beim Erwerbspreis stellte sie auf den durch die Beschwerdeführer in der Selbsteinschätzung angegebenen Verkaufspreis gemäss Vertrag vom 16. Oktober 2002 von Fr. 200'000.-- ab, welcher in der damaligen Grundstückgewinnsteuerveranlagung ebenfalls berücksichtigt wurde. Es resultierte sodann ein Verlust von Fr. 227'000.--, weshalb mit Feststellungsentscheid vom 21. Juli 2003 keine Grundstückgewinnsteuer erhoben wurde.
Die Beschwerdeführer machen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde demgegenüber geltend, sie hätten mit der damaligen Veräusserin der Liegenschaft einen nicht marktkonformen Mietzins von Fr. 200.-- vereinbart. Die Differenz zwischen den effektiv aus diesem Mietvertrag erhaltenen Einnahmen (vom 1.11.2002 bis zum 15.3.2011) und dem während dieser Periode bei der Einkommenssteuer erfassten Eigenmietwert im Umfang von Fr. 85'695.-- sei bei der Grundstückgewinnsteuer als Aufwendung zu berücksichtigen.
Die Beschwerdegegnerin stellt ihrerseits einen Antrag auf Erhöhung des Veräusserungswerts, wogegen die Beschwerdeführer opponieren.
Streitig ist daher die im angefochtenen Einspracheentscheid vom 6. Juni 2012 bestätigte Grundstückgewinnsteuer und der ihr zugrunde liegende Anlagewert von Fr. 239'650.-- sowie der Veräusserungswert von Fr. 523'276.--. Nicht Gegenstand dieses Verfahrens ist dagegen die Höhe des behördlich festgelegten Eigenmietwerts im Rahmen der Einkommenssteuerveranlagungen.
3.2.
Die Beschwerdeführer verlangen die Aufhebung sowohl des Veranlagungsentscheids vom 4. April 2012 als auch des Einspracheentscheids vom 6. Juni 2012. Gegenstand der Anfechtung bildet im verwaltungsgerichtlichen Verfahren aber lediglich der Einspracheentscheid (§§ 128 und 148 VRG). Dies stimmt sodann auch mit den Vorgaben des StHG überein. Soweit die Beschwerdeführer auch die Aufhebung des Veranlagungsentscheids vom 4. April 2012 beantragen, ist auf dieses Rechtsbegehren nicht einzutreten. Dieser Feststellungsentscheid wurde durch den Einspracheentscheid vom 6. Juni 2012 ersetzt, er gilt jedoch dadurch inhaltlich als mitangefochten (Devolutiveffekt; Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung; der Rechtsschutz nach StHG und DBG, Bern 1995, S. 161; Cavelti, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl., Art. 50 N 11).
4.1.
Als Erwerbspreis gilt gemäss § 9 Abs. 1 GGStG der Wert der Leistungen, die für den Erwerb des Grundstücks erbracht worden sind. Darunter versteht man die Gesamtheit aller vermögenswerten Leistungen, welche der Käufer dem Veräusserer für die Grundstückübereignung geleistet hat (Reich, Steuerrecht, 2. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2012, § 25 N 54). Die Leistung muss dabei immer in einer kausalen Verbindung zur Veräusserung des Grundstücks stehen (Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 46). In welcher Form und unter welcher Bezeichnung diese Entschädigungen geleistet wurden, ist ohne Bedeutung (Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 48; vgl. auch Luzerner Steuerbuch, Weisungen zum Grundstückgewinnsteuergesetz [LU StB, Weisungen GGStG], § 9 N 1). Ebenso wenig kommt es darauf an, ob die Parteivereinbarung im öffentlich beurkundeten Kaufvertrag enthalten ist oder nicht (Klöti-Weber/Baur, in: Klöti-Weber/Siegrist/Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, Band 2, 3. Aufl., Muri-Bern 2009, § 102 N 14). So gelten (neben dem vereinbarten Kaufpreis) auch Leistungen wie Schwarzgeldzahlungen, Rückvermietung zu einem Vorzugspreis, Nachzahlungen, zu denen sich der Erwerber nachträglich verpflichtet, oder die vom Erwerber übernommene Grundstückgewinnsteuer als zu erfassende Bestandteile des Veräusserungspreises (Langenegger, Handbuch zur bernischen Grundstückgewinnsteuer 2001, Muri/Bern 2002, Art. 138 N 8). Auch die Zahlungsmodalität spielt diesbezüglich keine Rolle. Von der einmaligen Begleichung des Erlöses bis zu periodischen oder wiederkehrenden Leistungskomponenten sind alle Formen der Begleichung des Erlöses denkbar (Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 49). Somit fallen auch Naturalleistungen unter den Begriff des Erlöses, sofern sie einen wirklichen Verkehrswert haben (vgl. auch § 9 Abs. 3 GGStG). Zu denken ist etwa an Wertpapiere, Einräumungen von Nutzungsrechten, Einschränkungen von eigenen Nutzungsrechten der erwerbenden Person, Forderungen usw. (Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 48). Bei der Bewertung dieses Verkehrswerts von Naturalleistungen besteht keine Harmonisierung durch das StHG und den Kantonen bleibt diesbezüglich ein grosser Spielraum (Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 51). Dies gilt insbesondere auch bei der Kapitalisierung von wiederkehrenden Leistungen (Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 49).
Der Erwerbspreis entspricht i.d.R. betraglich dem Veräusserungspreis im Sinn von § 18 Abs. 1 GGStG; der Erlös des Veräusserers bildet daher umgekehrt grundsätzlich den Erwerbspreis des Erwerbers (Reich, a.a.O., § 25 N 54 und 58; Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 57; vgl. auch § 18 Abs. 3 GGStG). Allerdings ist der Grundstückerlös, auf den die rechtskräftig veranlagte Grundstückgewinnsteuer des Veräusserers beruht, bei der Weiterveräusserung des Grundstücks durch den Erwerber für diesen als Erwerbspreis nicht verbindlich (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl., § 222 N 3).
Beim Erwerb durch Kauf ist grundsätzlich der öffentlich beurkundete Kaufpreis als Erwerbspreis massgebend (Reich, a.a.O., § 25 N 55; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., § 220 N 16; Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 54). Sowohl der Erwerbspreis als auch der Veräusserungswert sind wirtschaftliche Begriffe, die nach wirtschaftlichen Gesichtspunkten auszulegen sind. Dem beurkundeten Kaufpreis sind daher sämtliche weitere Leistungen des Erwerbers an den Veräusserer, die in kausalem Zusammenhang mit dem Grundstückkauf stehen, hinzuzurechnen (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., § 220 N 23; vgl. auch Urteil des Verwaltungsgerichts Luzern A 04 142 vom 28.2.2005 E. 2c). Solche weitere Leistungen des Erwerbers (vgl. § 18 Abs. 1 GGStG) können beispielsweise die Übernahme der Grundstückgewinnsteuer, die Einräumung eines Wohnrechts, ein Mietvertrag mit untersetzter Miete oder die Übernahme von Räumungs- und Umzugskosten und dgl. sein (Reich, a.a.O., § 25 N 55 und 59; Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 48). Behält sich die veräussernde Person ein Nutzniessungs-, Wohn- oder ein anderes Recht an der veräusserten Liegenschaft vor, ist dieses Recht als zusätzliche Leistung zum vereinbarten Kaufpreis hinzuzuzählen. Dies geschieht im Kanton Luzern mittels der Barwertmethode (LGVE 2007 II Nr. 29; LU StB, Weisungen GGStG, § 18 N 5; vgl. auch § 9 Abs. 3 GGStG). Auch wenn im öffentlich beurkundeten Kaufvertrag Teile des grundsteuerrechtlich massgebenden Erlöses nicht genannt werden, wird der Kaufvertrag nicht ungültig (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., § 220 N 17). Die Kantone dürfen allerdings nicht leichthin von dem zwischen den Vertragsparteien vereinbarten Kaufpreis abweichen. So ist es ihnen grundsätzlich untersagt, einen fiktiven Gewinn in der Höhe des erzielbaren Kaufpreises zu besteuern. Nur unter besonderen Umständen darf vom vereinbarten Kaufpreis abgewichen werden, z.B. wenn die Steuerbehörden den Nachweis erbringen können, dass weitere Leistungen erfolgt sind, die zum beurkundeten Kaufpreis hinzuzurechnen sind (Reich, a.a.O., § 25 N 56; Zwahlen, a.a.O., Art. 12 N 54).
4.2.
Die Beschwerdeführer und die damalige Verkäuferin A unterzeichneten am 16. Oktober 2002 zur Veräusserung des Grundstücks Nr. xxx, GB Z, einen öffentlich beurkundeten Vertrag, in welchem sie einen Kaufpreis von insgesamt Fr. 200'000.-- vereinbarten. Dieser Kaufpreis setzte sich aus einer Schuldübernahme von Fr. 10'000.-- und der Gewährung eines jährlich zu verzinsenden Darlehens zusammen. Gleichentags schlossen die Beschwerdeführer mit A einen Mietvertrag ab. Sie vermieteten diese Liegenschaft (4 ½ - Zimmerhaus mit Holzschopf und Garage) für eine feste Dauer von 20 Jahren, erstmals kündbar per 1. Oktober 2022, an A. Der Mietzins wurde auf Fr. 200.-- (inkl. Nebenkosten) pro Monat festgesetzt.
4.3.
Gemäss der Darstellung der Beschwerdeführer war der Abschluss dieses Mietvertrags eine unabdingbare Voraussetzung für den Erwerb des Grundstücks Nr. xxx. Die Errichtung eines dinglichen Wohnrechts oder einer Nutzniessung sei für die Veräusserin nicht in Frage gekommen, da sie dadurch den Eigenmietwert hätte versteuern und die Nebenkosten im Betrag von ca. Fr. 200.-- selbst hätte bezahlen müssen. Dass der Mietvertrag vom 16. Oktober 2002 Voraussetzung für das Zustandekommen des Grundstückkaufvertrags war, bestätigte A am 6. Mai 2012.
Die Beschwerdegegnerin verneint demgegenüber den von den Beschwerdeführern geltend gemachten Kausalzusammenhang zwischen dem Grundstückkaufvertrag und dem gleichentags abgeschlossenen Mietvertrag. Sie erachtet es als unzulässig, dass der vorliegende Mietvertrag im Sinn eines Wohnrechts zum Erwerbspreis hinzugerechnet werde. Mangels Kongruenz zwischen Veräusserungs- und Erwerbsobjekt seien dem beurkundeten Kaufpreis keine zusätzlichen Leistungen der Veräusserer anzurechnen.
Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern hält schliesslich dafür, dass die Mietzinsvereinbarung zugunsten der damaligen Veräusserin (A) als zusätzliche Leistung der Beschwerdeführer als Erwerber des Grundstücks Nr. xxx hätte qualifiziert werden müssen. Dies hätte bei der Veräusserin zu einer Erhöhung des steuerbaren Grundstückgewinns geführt. Die Voraussetzungen der Erhebung einer Nachsteuer gegenüber A seien indessen nicht erfüllt. Daher sei es gemäss § 9 Abs. 1 Satz 2 GGStG nicht zulässig, diese zusätzlichen Leistungen und damit einen höheren Erwerbspreis bei der angefochtenen Grundstückgewinnsteuerveranlagung zu berücksichtigen.
4.4.
4.4.1.
In Anbetracht des Umstands, dass sowohl der Grundstückkauf- wie auch der Mietvertrag am gleichen Tag abgeschlossen wurden und insbesondere mit Blick auf den sehr tief bemessenen Mietzins, der im Wesentlichen der Höhe der Nebenkosten entsprach, ist ein Kausalzusammenhang zwischen diesen beiden Verträgen erstellt. Mit Verweis auf die zitierte Lehre und Rechtsprechung (vgl. vorne E. 3.2) hätte die zusätzliche Leistung der Beschwerdeführer bereits aus diesem Grund bei der Festsetzung des Veräusserungswerts bei der Grundstückgewinnsteuerveranlagung vom 21. Juli 2003 zu Lasten von A beachtet werden müssen (§ 18 Abs. 1 GGStG). Dass kein dingliches Wohnrecht zu Gunsten der Veräusserin begründet wurde, vermag daran nichts zu ändern.
4.4.2.
Aufgrund der Bestätigung der Veräusserin vom 6. Mai 2012 ist weiter davon auszugehen, dass die Rückvermietung der veräusserten Liegenschaft eine unabdingbare Voraussetzung für die damalige Veräusserung darstellte. Davon gehen auch die Beschwerdeführer aus. Eine solche Bedingung ist als wesentlicher Vertragspunkt zu qualifizieren. Solche für das Rechtsgeschäft wesensnotwendige Willenserklärungen unterliegen dem Beurkundungszwang, soweit sie das Verhältnis von Leistung und Gegenleistung berühren (vgl. zum Ganzen: LGVE 1996 I Nr. 10 mit weiteren Hinweisen). Der vertragswesentliche Punkt des Kaufpreises setzt sich aus der Gesamtheit aller Leistungen zusammen, welche der Käufer dem Verkäufer als Entgelt für die Übertragung des Eigentums am Grundstück erbringen muss, so dass sich der Beurkundungszwang auf diesen Gesamtbetrag erstreckt (BGer-Urteil 5A.33/2006 vom 24.4.2007 E. 4; Giger, Berner Kommentar, Art. 216 N 245; Leuenberger, in: Der Grundstückkauf, 2. Aufl. 2001, § 2 N 87; Brückner, Der Umfang des Formzwangs beim Grundstückkauf, in: ZGBR 1994, S. 15). Bezüglich des Kaufpreises besteht demnach eine qualifizierte Deklarationspflicht: Zu verurkunden ist die Gesamtheit aller Leistungen, welche der Käufer dem Verkäufer im Sinn eines Gesamtentgelts für die Übertragung des Eigentums am Grundstück schuldet. Dazu gehört im vorliegenden Fall auch die Rückvermietung der veräusserten Liegenschaft zu einem erheblich reduzierten Mietzins, was indessen nicht öffentlich beurkundet wurde. Der beurkundete Vertragspreis von Fr. 200'000.-- bringt demnach nicht den umfassenden rechtsgeschäftlichen Willen der Parteien zum Ausdruck, da der Barwert der 20jährigen Miete (abzüglich der erhaltenen Mietzinse, die den Nebenkosten entsprachen) als Teil der Gegenleistung der Beschwerdeführer als damalige Käufer der Liegenschaft trotz Beurkundungszwang in der öffentlichen Urkunde vom 16. Oktober 2002 nicht erwähnt wurde. Indem die Beschwerdeführer der Verkäuferin geldwerte Leistungen versprachen, die nicht beurkundet wurden und in der Grundstückgewinnsteuerselbsteinschätzung lediglich die Leistungen gemäss Kaufurkunde offenlegten, trugen sie entscheidend dazu bei, dass die Veranlagungsbehörde ihrem Feststellungsentscheid nicht alle Leistungen zugrunde legten. Ob dieses Verhalten die Merkmale von Straftatbeständen erfüllt, die bei sog. Schwarzgeldzahlungen zur Anwendung gelangen, kann hier offen bleiben. Auf jeden Fall bewirkte ihr Verhalten eine zu tiefe Veranlagung der Handänderungssteuer. Die Grundstückgewinnsteuerveranlagung wäre hingegen wohl selbst bei korrekter Selbsteinschätzung unverändert geblieben, weil auch bei Aufrechnung des Barwerts der Leistungen ein Grundstückverlust resultiert hätte.
4.4.3.
Solche Leistungen, die bei der damaligen Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer vom 21. Juli 2003 mangels Kenntnis der Veranlagungsbehörde nicht berücksichtigt wurden, können – entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer – bei der Weiterveräusserung der Liegenschaft vom 30. Mai 2011 nicht in Abzug gebracht werden. So würde es dem Rechtsmissbrauchsverbot (vgl. auch Art. 2 Abs. 2 des Schweizerischen Zivilgesetzbuchs [ZGB; SR 210]) widersprechen, wenn ein Vermögensvorteil durch eine Schwarzgeldzahlung erhältlich gemacht oder ein solcher beibehalten werden könnte (vgl. zum Ganzen Gächter, Rechtsmissbrauch im öffentlichen Recht, Zürich 2005, S. 334 ff.). Diesen Normzweck gilt es schon deshalb auch im vorliegenden Fall zu beachten, weil das Rechtsmissbrauchsverbot im öffentlichen Recht genauso wie im Privatrecht gilt (vgl. Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Bd. I: Allgemeiner Teil, Basel 1976, Nr. 74 B I). Gemäss § 9 Abs. 1 Satz 2 GGStG sind bei der letzten steuerbegründenden Veräusserung nicht berücksichtigte Leistungen beim Erwerbspreis dann nicht anrechenbar, sofern keine Nachsteuer erhoben werden kann und die erwerbende Person die ungenügende Versteuerung mitverursacht hat. Auch wenn im vorliegenden Fall selbst unter Berücksichtigung des Barwerts für die 20jährige Vermietung der Liegenschaft bei der Grundstückgewinnsteuerveranlagung vom 21. Juli 2003 keine Steuerverkürzung resultiert hätte und mithin kein Nachsteuertatbestand vorliegt, so dass diese Bestimmung nicht unmittelbar zur Anwendung kommen kann, bringt diese gesetzliche Regelung das Rechtsmissbrauchsverbot zum Ausdruck. Denn der Gesetzgeber wollte mit dieser Bestimmung verhindern, dass geldwerte Leistungen (insbesondere auch Schwarzgelder), welche nachträglich nicht mehr geahndet werden können, gleichwohl zum Anlagewert gerechnet werden dürfen (Botschaft des Regierungsrats an den Grossen Rat, B 160, S. 211). Diesen Normzweck gilt es auch im vorliegenden Fall zu beachten, weshalb nicht zu beanstanden ist, dass die Beschwerdegegnerin eine Aufrechnung dieser zusätzlichen Leistung verweigert hat.