4.2.1.1.
Die Annahme der Beschwerdeführerin, sie unterliege zufolge einer bloss wirtschaftlichen Zugehörigkeit auch einer beschränkten Mitwirkungspflicht, trifft selbst dann nicht zu, wenn sie effektiv nur zufolge eines Spezialsteuerdomizils im Kanton Luzern steuerpflichtig wäre:
Gemäss Art. 39 Abs. 2 Satz 2 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) bzw. § 136 Abs. 2 des Steuergesetzes (StG; SRL Nr. 620) gibt die Veranlagungsbehörde der Steuerbehörde des andern Kantons Kenntnis von der Steuererklärung und von der Veranlagung, wenn eine Person mit Wohnsitz oder Sitz im Kanton aufgrund der Steuererklärung auch in einem andern Kanton steuerpflichtig ist. Diese Bestimmung wird in der Verordnung über die Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes im interkantonalen Verhältnis (SR 642.141) konkretisiert: Besteht auf Grund wirtschaftlicher Zugehörigkeit in anderen Kantonen als im Wohnsitz- oder im Sitzkanton eine Steuerpflicht, so wird auch in diesen Kantonen ein Veranlagungsverfahren durchgeführt (Art. 2 Abs. 1). Wer in mehreren Kantonen steuerpflichtig ist, kann seine Steuererklärungspflicht durch Einreichung einer Kopie der Steuererklärung des Wohnsitz- oder des Sitzkantons erfüllen (Abs. 2). Das Verfahren richtet sich nach dem jeweiligen kantonalen Verfahrensrecht (Abs. 4).
In jedem beteiligten Kanton, in dem eine Steuerpflicht gegeben ist, sei es aufgrund persönlicher oder wirtschaftlicher Zugehörigkeit, wird ein eigenständiges Veranlagungsverfahren durchgeführt; die steuerpflichtige Person treffen deshalb die jeweiligen Verfahrenspflichten (vgl. Art. 42 StHG; §§ 144 ff. StG) und kommen ihr die Verfahrensrechte (vgl. Art. 41 StHG; §§ 139 ff. StG) zu. Allein die Steuererklärungspflicht – nicht die steuerliche Mitwirkungspflicht an sich – wird gemildert, da die steuerpflichtige Person diese auch dadurch erfüllen kann, dass sie eine Kopie der Steuererklärung einreichen, die sie im Wohnsitz- oder Sitzkanton (Hauptsteuerdomizil) abgegeben hat (Zweifel, in: Komm. zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Hrsg. Zweifel/Athanas], 2. Aufl. 2002, Art. 39 StHG N 26).
Zwar hat bei dieser Rechtslage der Wohnsitz- bzw. Sitzkanton im Verhältnis zu den Nebensteuerdomizilkantonen faktisch eine Führungsrolle. Die übrigen beteiligten Kantone werden dadurch indessen nicht in ihren Befugnissen zur selbständigen Veranlagung und Steuerausscheidung eingeschränkt, wenn auch die Zusammenarbeit und das Recht des Steuerpflichtigen auf Vereinfachung der interkantonalen Beziehungen an Bedeutung gewinnen (Zweifel, a.a.O., Art. 39 StHG N 29).
Die faktische Führungsrolle des Wohnsitzkantons hat gemäss der Praxisfestlegung der Schweizerischen Steuerkonferenz (SSK) Auswirkungen für die Veranlagung von natürlichen Personen. Der Wohnsitzkanton des Steuerpflichtigen prüft die Steuererklärung. Er führt die notwendigen Untersuchungen durch und fordert vom Steuerpflichtigen die nötigen Auskünfte für die Veranlagung und die Ausscheidung der steuerbaren Faktoren ein. Zwar kann der Kanton des Spezial- oder Nebensteuerdomizils vom Steuerpflichtigen die für die Veranlagung nötigen Auskünfte einverlangen, er werde sich dabei aber laut Kreisschreiben der SSK zurückhalten, wenn der Wohnsitzkanton bereits eine Kontrolle durchgeführt habe. Als Allgemeinregel müsse der Kanton mit dem Spezialsteuerdomizil des Grundeigentums seine Auskunftsanfragen auf die Faktoren begrenzen, die er direkt besteuert (KS SSK Nr. 16 Ziff. 22).
4.2.1.2.
Diese auf die Handhabung des Veranlagungsverfahrens durch die Steuerbehörden ausgerichteten Weisungen beschränken indessen die gesetzlichen Pflichten der Steuerpflichtigen und deren Verfahrensrechte nicht. Sie dienen vielmehr der optimalen Koordination der Veranlagungsverfahren in den beteiligten Kantonen. Keinesfalls geben sie der steuerpflichtigen natürlichen Person eine Rechtsgrundlage, auf die sie sich berufen könnte, um die Beantwortung von Auskunftsanfragen des Nebensteuerdomizilkantons einfach so zu verweigern.
Im vorliegenden Fall greift die erwähnte Regelung der Verfahrenskoordination gemäss KS Nr. 16 der SSK ohnehin nicht, weil für juristische Personen die bei der Veranlagung von natürlichen Personen erwähnte "Allgemeinregel" gerade nicht erwähnt ist (KS SSK Nr. 16 Ziff. 22). Vielmehr wendet auch nach dem KS der SSK jeder Kanton für die Festlegung des Gewinns und des steuerbaren Kapitals seine Gesetzgebung an und auch im Liegenschaftskanton haben die Veranlagungsbehörden das Recht, die für die Veranlagung nötigen Untersuchungen vorzunehmen, ohne sich dabei von vornherein auf Faktoren zu beschränken, die er selber besteuert (KS SSK Nr. 16 Ziff. 22, mit Hinweis auf Art. 46 StHG).
Damit wird deutlich, dass die von der Beschwerdeführerin für sich postulierte Einschränkung der Verfahrenspflichten von in mehreren Kantonen steuerpflichtigen juristischen Personen keine Grundlage findet. Ihre steuerlichen Verfahrenspflichten sind, abgesehen von den Erfüllungsmodalitäten der Steuererklärungspflicht, keinen Beschränkungen unterworfen. Anzufügen bleibt, dass anders als bei der Bestreitung der Steuerhoheit an sich, nicht erst mit der Rechtskraft eines Steuerhoheitsentscheids steuerliche Verfahrenspflichten entstehen. Denn im vorliegenden Fall ist jedenfalls die beschränkte Steuerpflicht zufolge Liegenschafteneigentums unbestritten, sodass sich allein die Frage stellt, ob eine unbeschränkte Steuerpflicht vorliegt. Ist die subjektive Steuerpflicht einmal gegeben, sind die steuerlichen Verfahrenspflichten grundsätzlich integral zu erfüllen und darf die steuerpflichtige Person die einer solchen zustehenden Rechte ausüben (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkomm. zum DBG, 2. Aufl. 2009, Art. 3 DBG N 75).
4.2.2.
Demnach stand selbst die veranlagungsbezogene Prüfung der Geschäftstätigkeit im Kanton Zug den Steuerbehörden des Kantons Luzern zu. Die Beschwerdeführerin war nach den allgemeinen steuergesetzlichen Regeln verpflichtet, umfassend an der Sachverhaltsermittlung mitzuwirken.