Aus den Erwägungen:
3.1 Mit seiner Beschwerde richtet sich der Beschwerdeführer weiter dagegen, dass die Begutachtung zwangsweise stationär durchgeführt wird. Es ist daher zu prüfen, ob eine stationäre Begutachtung angemessen ist oder ob die Begutachtung auch ambulant durchgeführt werden könnte.
Weigert sich die betroffene Person, sich begutachten zu lassen, so ist die persönliche Untersuchung zwangsweise ambulant oder stationär in einer Anstalt durchzuführen. Erfolgt die zwangsweise Begutachtung ambulant und dauert sie nur kurze Zeit, so genügt Artikel 374 Absatz 2 ZGB als Rechtsgrundlage. Erstreckt sich der Aufenthalt beim Psychiater über mehrere Stunden, so sind die Bestimmungen über die fürsorgerische Freiheitsentziehung anwendbar (Bernhard Schnyder/Erwin Murer, Berner Kommentar, Bern 1984, N 120ff. zu Art. 374 ZGB; Thomas Geiser, Basler Kommentar, 2.Aufl. , Basel 2002, N 17 zu Art. 374 ZGB). Wenn sich der Beschwerdeführer im vorliegenden Fall gegen die Begutachtung wehrt, ist die Begutachtung zwangsweise anzuordnen. Das heisst aber nicht, dass die Begutachtung zwingend stationär erfolgen muss. Das Verhältnismässigkeitsprinzip verlangt es, auf eine stationäre Begutachtung zu verzichten und die Begutachtung ambulant durchzuführen, wenn dies möglich und für die betroffene Person schonender ist.
Den Akten ist im vorliegenden Fall zu entnehmen, dass sich der Beschwerdeführer anlässlich der Anhörung vom 11. September 2007 bereit erklärt hatte, sich begutachten zu lassen, er beim Gutachter aber jeweils nicht erschien. Die Vorinstanz schlug ihm daher im Sinn einer einvernehmlichen Lösung vor, fünf bis zehn Therapiesitzungen bei einem anderen Arzt zu besuchen. Auf diesen Vorschlag wollte der Beschwerdeführer gemäss den Angaben der Vorinstanz nicht eingehen. Schliesslich erklärte er sich dann jedoch wiederum einverstanden damit, begutachtet zu werden. Der Auftrag für die Begutachtung wurde am 4. März 2008 vom Sozialamt erteilt. Der Beschwerdeführer blieb jedoch zwei Terminen fern, worauf er vom Gemeinderat erneut zu einem Gespräch eingeladen wurde. Am Gespräch erklärte er sich wiederum bereit, zu den Terminen des Gutachters zu erscheinen. Am 5. Juni 2008 erteilte die Vorinstanz den Gutachtensauftrag, dem der Beschwerdeführer erneut nicht nachkam. Daraus geht hervor, dass sich der Beschwerdeführer mehrmals weigerte, sich ambulant begutachten zu lassen, obwohl er sich zuvor damit einverstanden erklärt hatte. Aus der Beschwerde vom 30. Juli 2008 geht hervor, dass sich der Beschwerdeführer auch weigert, sich stationär begutachten zu lassen. Nachdem er sich mehrmals geweigert hat, sich ambulant begutachten zu lassen, ist es angezeigt, die Begutachtung stationär durchzuführen. Es wird durch die Regierungsstatthalterin abzuklären sein, ob die Voraussetzungen erfüllt sind, die zwangsweise Begutachtung über den fürsorgerischen Freiheitsentzug, wie es von der Vorinstanz beantragt wird, durchzuführen. (Justiz- und Sicherheitsdepartement, 31. Oktober 2008)