Aus den Erwägungen:
2.1 Grundsätzlich geht die Behandlung der Sache, die Gegenstand der mit der Beschwerde angefochtenen Verfügung bildet, mit Einreichung der Beschwerde auf die Beschwerdeinstanz über. Mit der Überwälzung der Zuständigkeit (Devolution) verliert die Vorinstanz üblicherweise die Befugnis, sich der Sache weiterhin als Rechtspflegeinstanz anzunehmen, also beispielsweise ihren Entscheid aufgrund der Rechtsmittelvorbringen nachträglich zu ändern. Für das Verwaltungsbeschwerdeverfahren gilt diesbezüglich jedoch gemäss § 138 Absatz 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3. Juli 1972 (VRG) eine Sonderregelung, indem hier die Vorinstanz den angefochtenen Entscheid bis zum Rechtsmittelentscheid ändern oder aufheben kann. Die Devolutivwirkung wird somit bis zum Rechtsmittelentscheid hinausgeschoben. Das Vernehmlassungsverfahren ermöglicht es der Vorinstanz, die vorgebrachten Rügen zur Kenntnis zu nehmen und sich dazu zu äussern. In diesem Sinn dient der Schriftenwechsel der Rechtsmittelinstanz zur richtigen Sachverhaltsabklärung. Der Aufschub der Devolutivwirkung räumt indessen der Vorinstanz die Möglichkeit ein, bei besseren Erkenntnissen in diesem Verfahrensstadium auf ihren Entscheid zurückzukommen und damit im allgemeinen Interesse unnötige Weiterungen des Verfahrens zu verhindern. Im vorliegenden Fall ist die Vorinstanz nicht auf den angefochtenen Entscheid zurückgekommen, sondern sie ersucht die Rechtsmittelbehörde gestützt auf neue Erkenntnisse, dem Beschwerdeführer die Berufsausübungsbewilligung auf unbefristete Zeit zu entziehen und ihn nicht bloss, wie im angefochtenen Entscheid, zu verwarnen.
2.2 Gemäss § 145 VRG können die Parteien und die Vorinstanz im Beschwerdeverfahren neue Tatsachen geltend machen und neue Anträge stellen. Die Beschwerdeinstanz ist an die Anträge der Parteien nicht gebunden. Sie kann den angefochtenen Entscheid zugunsten oder zuungunsten einer Partei ändern (§ 147 VRG). Im verwaltungsinternen Rechtsmittelverfahren sind damit neue Tatsachen und Beweismittel grundsätzlich ohne Einschränkung zulässig. Es können sowohl neue Tatsachen, die sich vor Erlass der angefochtenen Verfügung verwirklicht haben (unechte Noven), als auch Tatsachen geltend gemacht werden, die nach Erlass der angefochtenen Verfügung eingetreten sind (echte Noven). Damit ist aber nicht gesagt, dass von der Vorinstanz veranlasste ergänzende Abklärungen im Rahmen der Vernehmlassung in jedem Fall uneingeschränkt und ohne weitere Folgen zulässig sind. Bejaht werden kann dies sicher für Zusatzabklärungen zu Nebenfragen. Zulässig müssen solche ergänzende Abklärungen auch sein, soweit sie durch neue Erkenntnisse der Vorinstanz oder durch neue oder gegenüber früher anders gewichtete Vorbringen in der Beschwerde begründet sind. Fragwürdig können Zusatzabklärungen im Rahmen der Vernehmlassung jedoch erscheinen, wenn sie wesentliche Fragen betreffen, welche sich die Vorinstanz offensichtlich schon früher hätte stellen können oder müssen. Liegen nämlich keine gewichtigen Gründe vor, so wird in der Regel aus erfolgten Zusatzabklärungen auf eine vorangegangene Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu schliessen sein.
Die Vorinstanz begründet ihren nunmehr gestellten Antrag auf Entzug der Berufsausübungsbewilligung auf unbestimmte Zeit mit schwerwiegenden Verstössen gegen das Gesundheitsgesetz. Sie stützt sich dabei auf ein Schreiben von Dr. med. dent. Z vom 6. April 2007. Darin erhebt dieser schwere Anschuldigungen gegen den Beschwerdeführer. Die Vorinstanz hat von diesen Anschuldigungen erst nach Erlass der angefochtenen Verfügung Kenntnis erhalten. Es kann ihr deshalb nicht der Vorwurf gemacht werden, sie habe diese Tatsachen unzureichend festgestellt. Der Beschwerdeführer beanstandet jedoch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs.
Die Vorinstanz hat - wie bereits erwähnt - erst nach Erlass der angefochtenen Verfügung von den Anschuldigungen von Dr. med. dent. Z Kenntnis erhalten und diese im Rahmen ihrer Vernehmlassung vom 5. Juni 2007 an die Rechtsmittelbehörde weitergeleitet. Daraufhin wurde mit Schreiben vom 12. Juni 2007 ein zweiter Schriftenwechsel angeordnet und dem Beschwerdeführer Gelegenheit gegeben, zur Vernehmlassung der Vorinstanz Stellung zu nehmen. Am 20. Juni 2007 wurden dem Vertreter des Beschwerdeführers auf dessen Antrag hin sämtliche Akten zugestellt. Der Beschwerdeführer erhielt somit Gelegenheit, sich in seiner Replik auch zu den Akten der Vorinstanz zu äussern. Zudem erhielt er nach Abschluss der Sachverhaltsabklärungen nochmals Gelegenheit zur Akteneinsicht. Zwar können neue Erkenntnisse dazu führen, dass eine Vorinstanz den angefochtenen Entscheid gestützt auf § 138 Absatz 1 VRG zurücknimmt. Die Vorinstanz ist jedoch nicht dazu verpflichtet. Indem sie im vorliegenden Fall die Rechtsmittelinstanz ersuchte, den neuen Erkenntnissen Rechnung zu tragen und dafür einen neuen Antrag stellte, hat sie das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers nicht verletzt, zumal die Kognition der Rechtsmittelbehörde gegenüber derjenigen der Vorinstanz nicht eingeschränkt ist. Damit kann aber noch nicht gesagt werden, dass die von ihr neu vorgebrachten Anschuldigungen im Beschwerdeverfahren auch zulässig sind. Eine wichtige Grenze für neue Tatsachen und Beweismittel ergibt sich nämlich aus der Beschränkung auf den Streitgegenstand.
4.1 Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet die disziplinarische Bestrafung des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit der Verwendung und dem Inverkehrbringen von Implantaten. § 145 VRG lässt ausdrücklich neue Anträge zu. Gestützt auf diese Bestimmung beantragte die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung, dem Beschwerdeführer sei die Berufsausübungsbewilligung auf unbefristete Zeit zu entziehen und er sei nicht bloss, wie im angefochtenen Entscheid, zu verwarnen. Dies würde keine unzulässige Änderung des Streitgegenstands darstellen, sofern sich der Vorwurf auf die Verwendung und das Inverkehrbringen von Implantaten beschränken würde. Die Vorinstanz durfte in ihrer Beschwerdevernehmlassung eine Schlechterstellung des Beschwerdeführers, das heisst konkret, eine härtere disziplinarische Massnahme, beantragen. Die Rechtsmittelbehörde kann nämlich eine angefochtene Verfügung im Rahmen des Streitgegenstandes gestützt auf die Offizialmaxime ohne Bindung an die Parteibegehren ändern und die beschwerdeführende Partei besser- oder schlechterstellen (vgl. § 147 VRG). Es war deshalb der Vorinstanz unbenommen, ihre Rechtsbegehren im Hinblick auf derartige Änderungen neu zu fassen oder zu erweitern, sofern sie damit den Streitgegenstand nicht unzulässig erweiterte (Merkli/Äschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, N 14 zu Art. 26).
4.2 Neue tatsächliche Behauptungen und neue Beweismittel sind aber nur zulässig, sofern sie sich auf den Streitgegenstand beziehen. Neue Tatsachen, die im Ergebnis den Streitgegenstand erweitern oder ändern, sind ausgeschlossen. Das trifft namentlich zu, wo eine Rechtsfolge aus einem wesentlich verschiedenen Sachverhalt, verbunden mit einem andern Rechtssatz, anbegehrt wird (Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N 87 Vorbem. zu §§ 19-28 und N 3 zu § 52). Eine solche Situtation ist im vorliegenden Fall gegeben. In der angefochtenen Verfügung verwarnte die Vorinstanz den Beschwerdeführer wegen Beeinträchtigung der beruflichen Vertrauenswürdigkeit und Verletzung der Berufspflichten. Sie begründete dies einzig mit dem Inverkehrbringen und Verwenden der nicht zugelassenen Implantate. Im Rahmen des Beschwerdeverfahrens will nun aber die Vorinstanz angebliche weitere erhebliche Verfehlungen des Beschwerdeführers durch die Rechtsmittelbehörde ahnden lassen. So wirft sie dem Beschwerdeführer vor, dass er seit Jahrzehnten unzulässige zahnärztliche und kieferorthopädische Eingriffe vornehme, Patienten behandle, ohne die Einnahmen dafür zu versteuern, und ausländische Medikamente zu Schweizer Marktpreisen verkaufe. Sie stützt sich für diese Anschuldigungen vollumfänglich auf zwei Schreiben von Dr. med. dent. Z. Dieser Sachverhalt unterscheidet sich damit ganz wesentlich von demjenigen der angefochtenen Verfügung. Die von der Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung geltend gemachten neuen Verfehlungen können deshalb nicht im Rahmen dieses Beschwerdeverfahrens beurteilt werden. Dies würde eine Verletzung der funktionalen Zuständigkeit und des Instanzenzugs bedeuten. Auf den Antrag der Vorinstanz, dem Beschwerdeführer sei die Bewilligung zur fachlich selbständigen und gewerbsmässigen Ausübung des Zahntechnikerberufs im Kanton Luzern wegen weiterer Verfehlungen auf unbestimmte Zeit zu entziehen, ist deshalb im vorliegenden Beschwerdeverfahren nicht einzutreten. Damit bleibt es grundsätzlich bei der Überprüfung des angefochtenen Entscheids durch die Rechtsmittelbehörde. (Regierungsrat, 25. September 2007, Nr. 1193)