Aus den Erwägungen:
Die Beschwerdeführer machen geltend, die Einzonung verstosse gegen Artikel 15 des Bundesgesetzes über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG) vom 22. Juni 1979, da das Land nicht zur Überbauung geeignet und zudem der Bedarf nicht gegeben sei. Ausserdem widerspreche die Einzonung den Zielen und Grundsätzen der Raumplanung nach den Artikeln 1 und 3 RPG, namentlich den Grundsätzen, dass der Boden haushälterisch zu nutzen und Einzonungen von innen nach aussen erfolgen sollen. Schliesslich sei die Einzonung auch nicht richtplankonform. Dem widersprechen sowohl die Beschwerdegegner als auch der Gemeinderat. Hinsichtlich des Bedarfs bzw. der Zonenplankapazität habe man die Forderungen, die sich aus dem Vorprüfungsbericht ergeben hätten, erfüllt. Ausserdem handle es sich bei der umstrittenen Einzonung um die einzige im Ortsteil Z im Rahmen dieser Gesamtrevision der Ortsplanung. Diese sei notwendig, um die Infrastruktur zu erhalten und ein attraktiver Wohnort zu bleiben. Die Dienststelle Raumentwicklung, Wirtschaftsförderung und Geoinformation führt in ihrem Amtsbericht, worin sie auch zur Verwaltungsbeschwerde Stellung nimmt, aus, die offensichtlich fehlende rechtliche Erschliessung, die periphere Lage der eingezonten Fläche und die Beanspruchung von Fruchtfolgeflächen (FFF) sprächen gegen eine Genehmigung der Einzonung im Gebiet Halde. Der kantonale Richtplan 2009 (KRP 2009) gebe in der Koordinationsaufgabe S1—5 vor, dass für Neueinzonungen unter anderem auch die Erschliessbarkeit rechtlich nachgewiesen sein müsse. Ausserdem führe die Einzonung im Gebiet Halde zu einer an sich unerwünschten Ausdehnung des Siedlungsgebietes in Randlage. Die Dienststelle Landwirtschaft und Wald beantragt in ihrem Amtsbericht, die Einzonung im Gebiet Halde nicht zu genehmigen, weil es sich um eine Ausdehnung der Bauzone in das Landwirtschaftsgebiet handle. Es würden dadurch FFF von guter Qualität beansprucht.
Die Beschwerdeführer bringen vor, der Vorprüfungsbericht halte fest, dass es sich bei den Parzellen 1412 und 1413 um Fruchtfolgeflächen von guter Qualität handle. Eine als Fruchtfolgefläche geltende Parzelle sei grundsätzlich nicht zur Überbauung geeignet, da sie der Landwirtschaftszone zugeteilt werden müsse. Der Gemeinderat widerspricht dem. Mit der Einzonung im Gebiet Halde könne sichergestellt werden, dass die Infrastruktur wie Schulen und die Versorgung mit täglichen Gütern aufrechterhalten werden könne. Dieses Interesse sei höher zu gewichten als der Erhalt von Fruchtfolgeflächen. Dies gehe auch klar aus dem Vorprüfungsbericht hervor. Die Beschwerdegegner erwidern, werde berücksichtigt, dass es sich um die einzige Einzonung im Ortsteil Z handle, dort die Bevölkerung abnehme und die öffentliche Infrastruktur aber ausgelastet bleiben müsse, um als Wohnort attraktiv zu bleiben, habe die Gemeinde die erforderliche Interessenabwägung pflichtgemäss vorgenommen.
Nach Artikel 15 RPG umfassen Bauzonen Land, das sich einerseits für die Überbauung eignet und andererseits weitgehend überbaut ist oder voraussichtlich innert 15 Jahren benötigt und erschlossen wird. Grundvoraussetzung für eine Einzonung ist somit die Eignung. Der planerische Eignungsbegriff gemäss Artikel 15 RPG hat der Natur der Sache nach eine zweifache Bedeutung: Einmal ist damit ein Minimalerfordernis gemeint, das erfüllt sein muss, damit überhaupt eine Einzonung in Frage kommt. So ist Land, das sich technisch überhaupt nicht überbauen lässt, nie als «geeignet» im Sinn von Artikel 15 RPG anzusehen. Jenseits dieser Schwelle lässt sich indessen die Frage nach der Eignung oft nicht klar positiv oder negativ beantworten. In diesen Fällen hat das Erfordernis der Eignung eine relative Bedeutung: Es stellt einen Gesichtspunkt dar, der nebst anderen Interessen in der raumplanerischen Abwägung (Art. 1, Art. 2 Abs. 1 und 2 sowie Art. 3 RPG) mitzuberücksichtigen ist. Land ist zur Überbauung geeignet, wenn die Eigenschaften des betreffenden Gebiets den Anforderungen genügen, die aus der Sicht der dafür vorgesehenen Nutzung zu stellen sind. Es geht somit einerseits um die Beschaffenheit des Bodens sowie die tatsächliche Situation, also die natürlichen Gegebenheiten (Art. 1 Abs. 1 Satz 3 RPG). Andererseits sind für die in Frage stehende Nutzung insbesondere die Ziele und Grundsätze des Bundesgesetzes über die Raumplanung zu beachten (etwa Art. 1 Abs. 2b, Art. 3 Abs. 3a und 3b RPG). Im Rahmen dieser Abwägung sind Querverbindungen unter den Bauzonenkriterien zulässig. Es darf durchaus argumentiert werden, die Eignung sei umso eher zu bejahen, als das Land bereits weitgehend überbaut oder innert 15 Jahren benötigt werde, oder umgekehrt, um so eher zu verneinen, als das Land noch unüberbaut oder nicht innert 15 Jahren benötigt wird. Diese Relativierung ist möglich, weil es sich bei den Bauzonenkriterien um generelle, planungsbezogene Anforderungen und nicht um Voraussetzungen für individuelle Bauvorhaben handelt (BGE 114 Ia 245 E. 5b S. 251, 113 Ia 444 E. 4b S. 248ff.).
6.1 Vorliegend wird weder geltend gemacht noch lassen sich Gründe eruieren, weshalb sich die in Frage stehende Fläche aus technischen Gründen nicht überbauen liesse. Allerdings wird geltend gemacht, dass es sich bei den eingezonten Parzellen um Fruchtfolgeflächen handle, die grundsätzlich nicht zur Überbauung geeignet seien. Sie müssten gestützt auf die Raumplanungsverordnung vielmehr der Landwirtschaftszone zugeteilt werden.
6.2 Fruchtfolgeflächen sind Teil der für die Landwirtschaft geeigneten Gebiete (Art. 6 Abs. 2a RPG). Sie umfassen das ackerfähige Kulturland, vorab das Ackerland und die Kunstwiesen in Rotation sowie die ackerfähigen Naturwiesen, und werden mit Massnahmen der Raumplanung gesichert (Art. 26 Abs. 1 Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000; RPV). Der Bund verpflichtet die Kantone, dafür zu sorgen, dass die Fruchtfolgeflächen den Landwirtschaftszonen zugeteilt werden (Art. 30 Abs. 1 RPV). Ein Mindestumfang an Fruchtfolgeflächen wird benötigt, damit in Zeiten gestörter Zufuhr die ausreichende Versorgungsbasis des Landes im Sinn der Ernährungsplanung gewährleistet werden kann (Art. 26 Abs. 3 RPV). Der Bund hat im Sachplan Fruchtfolgeflächen vom 8. April 1992 (BBl 1992 II 1649) den Mindestumfang der Fruchtfolgefläche und deren Aufteilung auf die Kantone festgelegt (Art. 29 RPV). Darin ist für den Kanton Luzern eine Mindestfläche an FFF von 27500 ha festgesetzt worden. Der Kanton Luzern ist verpflichtet sicherzustellen, dass sein Anteil am Mindestumfang der Fruchtfolgeflächen dauernd erhalten bleibt (Art. 30 Abs. 2 RPV).
6.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist dem Kulturlandschutz und der Fruchtfolgeflächensicherung grosses Gewicht beizumessen (BGE 115 Ia 350 E. 3f/bb S. 354, 114 Ia 371 E. 5d S. 375). Dennoch ist es nicht von vornherein ausgeschlossen, Fruchtfolgeflächen zu anderen als landwirtschaftlichen Zwecken in Anspruch zu nehmen, wenn dies durch entgegenstehende, höher zu gewichtende Interessen gerechtfertigt erscheint. Hierfür ist eine umfassende Abwägung aller privaten und öffentlichen Interessen erforderlich (Art. 3 RPV). Sichergestellt sein muss zudem, dass der Anteil des Kantons am Mindestumfang der Fruchtfolgeflächen dauernd erhalten bleibt (Art. 30 Abs. 2 RPV). Hierzu muss ermittelt werden, in welchem Ausmass Fruchtfolgeflächen beansprucht werden und inwiefern diese im Krisenfall wieder rekultiviert werden können. Zu prüfen ist auch, ob eine Kompensationsmöglichkeit für Fruchtfolgeflächen besteht, die aufgrund der Inanspruchnahme für landwirtschaftsfremde Zwecke verloren gehen; dies gilt jedenfalls, wenn der bundesrechtlich gebotene Mindestumfang an Fruchtfolgeflächen nur knapp gewährleistet oder gar unterschritten wird (Bundesgerichtsurteil 1A.19/2007 vom 2. April 2008, E. 5.2; BGE 114 Ia 371 E. 5d S. 376).
6.4 Vorliegend sollen Fruchtfolgeflächen von der Landwirtschaftszone in die Spezielle Wohnzone eingezont bzw. in das Übrige Gebiet B umgezont werden. In der Speziellen Wohnzone soll der Boden dem Bau von Einfamilienhäusern dienen. Zu einem späteren Zeitpunkt sollen auf der Fläche, die nun dem Übrigen Gebiet B zugewiesen ist, zwei 2-geschossige Mehrfamilienhäuser gebaut werden. Dies hat eine Bodenveränderung zur Folge, die nicht rückgängig gemacht werden kann. Die FFF wären somit endgültig verloren. Durch die beschlossene Um- und Einzonung auf den Parzellen 1412 und 1413 würden etwa 1,3 ha FFF beansprucht. Dies entspräche 20 Prozent der gesamten FFF, die durch die Gesamtrevision der Ortsplanung beansprucht würden (6,5 ha). Diese Zahl mag für sich allein betrachtet klein erscheinen. Allerdings muss berücksichtigt werden, dass durch die rasante Siedlungs- und Infrastrukturentwicklung in den letzten Jahrzehnten in erheblichem Mass Fruchtfolgeflächen verbraucht wurden, sodass Ende 2010 die landwirtschaftlich nutzbaren, nicht eingezonten respektive kurzfristig rekultivierbaren (z.B. Teile von Golfplätzen) und somit anrechenbaren FFF im Kanton Luzern noch 27650 ha betrugen, was einer Reserve gegenüber dem im Sachplan FFF vorgegebenen Minimum von 150 ha entspricht. Der genaue Stand per Ende 2011 ist noch nicht bekannt, aber die Zahl bzw. die Reserve hat sich nochmals verringert. Die Behauptung der Beschwerdegegner und des Gemeinderats, der Kanton Luzern könne ohne Weiteres den Erhalt seines Mindestanteils gemäss Sachplan FFF gewährleisten, stimmt deshalb so nicht (mehr). Insgesamt erfüllt der Kanton Luzern momentan seine Pflicht zur Erhaltung des kantonalen Mindestflächenanteils zwar noch. Damit er dieser aber auch in Zukunft nachkommen kann, muss — wie es die Raumplanungsgesetzgebung vorsieht — die Erhaltung von Fruchtfolgeflächen in die Interessenabwägung bei Nutzungsplanänderungen sorgfältig miteinbezogen werden. Angesichts der knappen Ressource fruchtbarer Boden gilt, dass die Gemeinden und der Kanton im Hinblick auf ihre weitere Entwicklung abwägen müssen, für welche Projekte sie noch FFF beanspruchen und entsprechende Kompensationsmassnahmen treffen wollen bzw. können.
Der Gemeinderat ist der Meinung, die Aufrechterhaltung der Schule und der Versorgung mit Gütern würden das Interesse an der Erhaltung der FFF überwiegen. Dies gehe auch aus dem Vorprüfungsbericht so hervor. Entgegen der Ansicht des Gemeinderats enthält der Vorprüfungsbericht im Zusammenhang mit der Einzonung im Gebiet Halde keine abschliessende Interessenabwägung. Darin wird vielmehr darauf aufmerksam gemacht, dass die zur Einzonung vorgesehene Fläche für den Ortsteil Z zu gross sei, und werden Argumente für und gegen die Einzonung der jeweiligen Gebiete Halde und Egg angeführt, wobei im Zusammenhang mit der Einzonung im Gebiet Halde die Aufrechterhaltung der Schule und der Versorgung mit Gütern nicht einmal genannt werden. Die im Vorprüfungsbericht angeführten Argumente hätten bei der Interessenabwägung, welche Flächen in welchen Gebieten in den nächsten 15 Jahren benötigt werden, miteinbezogen werden können. Welche Interessen die Gemeinde berücksichtigt und wie sie diese gewichtet hat, ist dem Planungsbericht gemäss Artikel 47 RPV jedoch nicht zu entnehmen. Im Kapitel Fruchtfolgeflächen wird lediglich aufgeführt, in welchem Umfang die Gesamtrevision der Ortsplanung FFF beansprucht. In der Stellungnahme zur Verwaltungsbeschwerde bringt der Gemeinderat die aus seiner Sicht höher zu gewichtenden Interessen vor. Bei FFF handelt es sich aber um wertvolle Böden für die Landwirtschaft, deren Beanspruchung einer sorgfältigen Interessenabwägung bedarf. Aufgrund des anhaltenden Siedlungsdrucks und der Nutzung der Landwirtschaftszone für zahlreiche landwirtschaftsfremde Zwecke handelt es sich um eine knappe Umweltressource, deren Inanspruchnahme einer besonderen Rechtfertigung bedarf. Es ist deshalb nachfolgend zu prüfen, ob die Interessen der Gemeinde und der Beschwerdegegner jene an der Erhaltung der FFF überwiegen. Insgesamt steht die Einzonung von Fruchtfolgeflächen jenen Zielen und Grundsätzen entgegen, wonach mit Massnahmen der Raumplanung die natürlichen Lebensgrundlagen wie unter anderem der Boden zu schützen und die ausreichende Versorgungsbasis des Landes zu sichern ist (Art. 1 Abs. 2d RPG) sowie der Landwirtschaft genügende Flächen geeigneten Kulturlandes zu erhalten sind (Art. 3 Abs. 2a RPG).
6.4.1 Die beiden Ortsteile X und Y liegen — im Gegensatz zum Ortsteil Z — auf der Hauptentwicklungsachse gemäss KRP 2009. Zusätzlich wird der Ortsteil X gestützt auf den regionalen Richtplan als ein regionaler Entwicklungsschwerpunkt bezeichnet. Diesen Unterschieden ist bei der Nutzungsplanung Rechnung zu tragen. Der Gemeinderat hat in der Botschaft zur öffentlichen Auflage zutreffend dargelegt, die Entwicklung in X werde uneingeschränkt unterstützt, das Dorf Y habe sich massvoll zu entwickeln und Z habe sich auf die Bedürfnisse des Ortes zu beschränken. Dementsprechend ist in X ein Wohn- und Dienstleistungszentrum geplant, bei dem es sich nicht nur um ein Grossprojekt für die Gemeinde, sondern für die gesamte Region handelt, mit welchem wichtige Signale für die Wirtschaft in dieser Region ausgesandt werden sollen. Geplant sind eine Vielzahl von neuen Wohnungen und Arbeitsplätzen, die durch ihre Nähe zum S-Bahnhof optimal an den öffentlichen Verkehr angebunden sind. Ausserdem wird mit einer Ausnützungsziffer von 1,05 dem Grundsatz der haushälterischen Bodennutzung nachgelebt. Angesichts dessen ist es gerechtfertigt, unter Einrechnung der Landreserven im Übrigen Gebiet B den grössten Teil — nämlich 2,3 ha — der durch die Gesamtrevision der Ortsplanung gesamthaft betroffenen 6,5 ha FFF zu beanspruchen. Im Vergleich dazu sollen im Ortsteil Z durch eine Nutzungsänderung 1,3 ha FFF beansprucht werden. Der grössere Teil davon ist eingezont worden. Geplant ist der Bau von neun Einfamilienhäusern. Bezweckt werden damit insbesondere die Sicherstellung eines moderaten Bevölkerungswachstums und dadurch die Erhaltung der für einen attraktiven Wohnort nötigen Infrastruktur. Dabei handelt es sich um ein — durchaus berechtigtes — kommunales Interesse. Im Vergleich zum Projekt Wohn- und Dienstleistungszentrum in X wird aber in Z eine verhältnismässig grosse Fläche FFF beansprucht, um in relativ geringer Dichte (Ausnützungsziffer 0,3) verhältnismässig wenigen Leuten — der Gemeinderat spricht von 55 Einwohnern — Wohnraum zu bieten.
6.4.2 Ebenfalls zu berücksichtigen ist, dass der Ortsteil Z gesamthaft über ein kompaktes Siedlungsgebiet verfügt. Dieses wird aber durch die Einzonung im Gebiet Halde in östlicher Richtung ausgedehnt, obwohl innerhalb der Siedlung in den Gebieten Weid und Süd noch grössere Flächen dem Übrigen Gebiet B zugewiesen sind bzw. neu vorgesehen sind. Die Einzonung im Gebiet Halde steht deshalb auch im Widerspruch zu den Grundsätzen der Entwicklung von innen gegen aussen, der haushälterischen Nutzung des Bodens und der Begrenzung der Siedlungsausdehnung. Obwohl im Vorprüfungsbericht die relative Nähe zum Dorfkern positiv aufgeführt ist, muss doch berücksichtigt werden, dass eben andere Gebiete, die nicht eingezont worden sind, zentraler liegen. Auch wenn diese grösseren Reservebauzonen im Siedlungsgebiet im Augenblick nicht verfügbar sind, rechtfertigt dies nicht eine Einzonung am Siedlungsrand, die überdies FFF beansprucht. Es wird in diesem Zusammenhang auch auf die Gesamtrevision der Ortsplanung von 1992 verwiesen, als die Parzelle 1413 von einer Bauzone 2. Etappe in die Landwirtschaftszone umgezont wurde, um unter anderem auch FFF zu sichern. Die von den Grundeigentümern gegen die Umzonung eingereichte Verwaltungsbeschwerde hat der Regierungsrat in seinem Entscheid vom 7. Dezember 1993 abgewiesen, insbesondere auch aufgrund der Randlage dieser Parzelle, da andernfalls das Siedlungsgebiet fingerartig in die Landwirtschaftszone hinausreichen würde. Diese Begründung hat — wie zuvor angeführt — auch heute noch ihre Gültigkeit. Im Interesse einer geordneten Besiedelung des Landes hat die Gemeinde vielmehr darauf hinzuarbeiten, dass ihr bei einer nächsten Ortsplanungsrevision die Reserven mitten im Siedlungsgebiet zur Verfügung stehen.
6.4.3 Die Beschwerdegegner und der Gemeinderat bringen vor, die Einzonung im Gebiet Halde — als einzige Einzonung im Ortsteil Z — sei notwendig, damit die Abnahme der Wohnbevölkerung gestoppt werden könne und dadurch die öffentliche Infrastruktur aufrechterhalten bleibe. Die Einzonung im Gebiet Halde entspreche dem Grundsatz, dass auf eine angemessene Dezentralisation der Besiedlung hingewirkt werden solle (Art. 1 Abs. 2b und 2d RPG). Dem ist beizufügen, dass die eingezonte Fläche in relativer Nähe zum Dorfkern liegt und an den Kindergarten und die Turnhalle grenzt, sodass das Areal gerade für die Ansiedlung von Familien gut geeignet ist. Entgegen den Ausführungen im Vorprüfungsbericht befindet sich die Schule aber nicht dort, sondern auf der anderen Seite der Gemeindestrasse. Dem Gemeinderat wird zugestimmt, dass Massnahmen gegen die Bevölkerungsabnahme in Z getroffen werden müssen, damit die Infrastruktur und dadurch die Wohnattraktivität erhalten werden können. Deshalb hat der Regierungsrat bereits am 25. August 2009 eine Zonenplanänderung in den Gebieten Weg und Süd genehmigt und damit auch dem Grundsatz der Dezentralisation der Besiedlung nachgelebt. Dabei hat er festgestellt, dass dadurch die Bauzone im Ortsteil Z deutlich vergrössert werde, aber dies im Einklang mit der wünschbaren und bereits bei der Gesamtrevision 1992 vorbereiteten Dorfentwicklung stünde.
Die gewünschte Entwicklung hat in dieser kurzen Zeit allerdings noch nicht erreicht werden können, ist doch die Wohnbevölkerung von Z im Jahr 2011 gegenüber dem Vorjahr wieder um 27 auf 771 Einwohner gesunken. Dies dürfte sich aber in nächster Zukunft ändern: Im Gebiet Weg ist mit Entscheid vom 17. November 2011 der Bau von drei Mehrfamilienhäusern mit 21 Wohnungen bewilligt worden. Sie sollten Ende 2012 bzw. Ende 2013 fertiggestellt sein. Im Gebiet Süd sind in der Kernzone zwei Mehrfamilienhäuser mit 14 Eigentumswohnungen bewilligt und in der 2-geschossigen Wohnzone, in der 25 Einfamilienhäuser teilweise mit Einliegerwohnungen geplant sind, sind bisher für drei Parzellen Baubewilligungen ausgesprochen worden. Vier weitere Parzellen gelten als verkauft, aber es sind noch keine Baugesuche hängig. 15 weitere Parzellen stehen in diesem Gebiet noch zur Überbauung zur Verfügung. Ohne die Einliegerwohnungen mitzurechnen, können in den Gebieten Süd und Weg in absehbarer Zeit 60 Wohneinheiten zur Verfügung stehen.
Die Gemeinde legt mehrmals dar, dass sie für den Ortsteil Z ein Bevölkerungswachstum von 14 Prozent anstrebe. Dieses Wachstum sei notwendig, um die Infrastruktur erhalten bzw. die Bedürfnisse des Ortes — auf das sich der Ortsteil nach der Botschaft zur öffentlichen Auflage beschränken soll — erfüllen zu können. Ausgehend von der Bevölkerungszahl Ende 2010 — die noch höher lag als jene Ende 2011 — entspräche das angestrebte Wachstum von 14 Prozent einem Zuwachs von 112 Einwohnern. Der Gemeinderat rechnet bei den beiden Gebieten Süd und Weg mit einem Zonenfassungsvermögen von etwa 80 Einwohnern, wobei er bereits die Ausdünnung und Nichtrealisierung der Kleinparzellen berücksichtigt. Bei erst vor kurzer Zeit eingezonten Gebieten, die jetzt überbaut werden, kann es aber nicht angehen, dass bereits eine Ausdünnung eingerechnet wird. Im Gegenteil ist davon auszugehen, dass in diese neuen Wohnungen bzw. Häuser mehrheitlich Paare und Familien einziehen werden. Bei möglichen 60 Wohneinheiten, wobei die Einliegerwohnungen nicht eingerechnet sind, mit weit weniger als zwei Personen pro Wohnung zu rechnen, entspricht nicht der Realität. Aufgrund der 35 Wohnungen in den bewilligten Mehrfamilienhäusern und möglichen 25 Einfamilienhäusern im Gebiet Süd kann das von der Gemeinde angestrebte Wachstum in Z in den beiden Gebieten Süd und Weg bei weitem erreicht werden. Die Argumente des Gemeinderats und der Beschwerdegegner, weshalb zusätzlich die Einzonung im Gebiet Halde notwendig sein sollte, um die Infrastruktur im Ortsteil Z zu erhalten, vermögen nicht zu überzeugen. Gestützt auf diese Erwägungen ist überdies zu verneinen, dass das Land im Gebiet Halde nach Artikel 15 Unterabsatz b RPG innert 15 Jahren als Bauland benötigt wird.