Aus den Erwägungen:
Medizinische Eingliederungsmassnahmen müssen also nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sein, damit sie von der Invalidenversicherung übernommen werden können (EVG-Urteil B. vom 20.5.2005 Erw. 1 [I 804/04] mit Hinweis auf BGE 123 V 60 Erw. 2b/cc). Rechtsprechungsgemäss findet dabei die auf dem Gebiet der Krankenpflege geltende Definition der Wissenschaftlichkeit grundsätzlich auch auf die medizinischen Massnahmen der Invalidenversicherung Anwendung. Eine Behandlungsart gilt dann als bewährter Kenntnis der medizinischen Wissenschaft entsprechend, wenn sie von Forschern und Praktikern der medizinischen Wissenschaft auf breiter Basis anerkannt ist. Das Schwergewicht liegt auf der Erfahrung und dem Erfolg im Bereich einer bestimmten Therapie (BGE 115 V 195f. Erw. 4b, 114 V 22 Erw. 1a). (...)
a) Aus den bisherigen Ausführungen ergibt sich, dass nur dann ein angeborenes POS als Geburtsgebrechen im Sinne von Ziff. 404 GgV-Anhang vorliegt, wenn das POS mit bereits gestellter Diagnose als solches vor der 9 Jahres-Grenze behandelt wurde. Nach dieser Bestimmung muss es sich um eine "medizinische" Behandlung nach bewährter Kenntnis der medizinischen Wissenschaft handeln. Rechtsprechungsgemäss gilt als Behandlung im Sinne von Art. 2 Abs. 3 und Ziff. 404 GgV nur "ein unmittelbar auf die kongenitale Hirnschädigung einwirkendes Heilverfahren" (EVG-Urteil C.H. vom 30.8.1983, in: ZAK 1984 S. 33 Erw. 2). In diesem Urteil wurde die medikamentöse Behandlung von Übererregbarkeit, Unruhe, Durchschlafstörung und Ungeschicklichkeit nicht als medizinische Behandlung eines POS beurteilt.
b) Aufgrund der vorliegenden Akten ist mit der Beschwerdegegnerin festzustellen, dass im Zeitpunkt des Einspracheentscheides, worauf abzustellen ist (BGE 129 V 169 Erw. 1), keine POS-spezifische Behandlung durchgeführt wurde. Dies ergibt sich klar aus dem Schreiben des Hausarztes Dr. B vom 13. Januar 2004 wie auch den übrigen ärztlichen Berichten. Im erwähnten Schreiben an die IV-Stelle bestätigt der Hausarzt ausdrücklich, dass zurzeit keine medizinische Behandlung stattfinde. Er ersuchte jedoch, dass das POS gleichwohl als Geburtsgebrechen anerkannt werden sollte. Dies ist aber nach der zitierten konstanten Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts und der in Ziff. 404 GgV-Anhang umschriebenen Voraussetzungen nicht zulässig. Soweit Dr. B für die Anerkennung des POS als Geburtsgebrechen die heilpädagogische Früherziehung und die anschliessend erforderliche spezielle Schulung (Sonderschule) anführt, kann auf das bereits Ausgeführte (...) verwiesen werden. Diese Massnahmen wie auch Elternberatungen stellen keine medizinische Behandlung im erwähnten Sinne dar. Die vom KJPD empfohlene und bei Dr. C durchgeführte Beratung der Eltern der Beschwerdeführerin erfüllt somit das Anforderungskriterium der medizinischen Behandlung nicht. Das gilt im Weiteren auch für die Abklärungsmassnahmen (EVG-Urteile F. vom 7.9.2001 Erw. 2b [I 37/01] und C. vom 22.9.2004 [I 200/04]).
Schliesslich wird in der Beschwerde angeführt, die Hyperaktivität der Beschwerdeführerin werde mit homöopathischen Medikamenten behandelt. Beim POS handelt es sich um ein komplexes Leiden. Es ist fraglich, ob die Homöopathie ein unmittelbar auf die kongenitale Hirnschädigung einwirkendes Heilverfahren ist und ob es sich dabei um eine zweckmässige Massnahme nach bewährter Kenntnis der medizinischen Wissenschaft handelt, was Voraussetzung ist, damit sie als Behandlung zur Anerkennung eines POS als Geburtsgebrechen ausreicht. Diese Fragen brauchen jedoch nicht vertieft geklärt zu werden und können offen bleiben. Nach Art. 14 IVG umfassen die medizinischen Massnahmen die Behandlung, die vom Arzt selbst oder auf seine Anordnung durch medizinische Hilfspersonen in Anstalts- oder Hauspflege vorgenommen wird, sowie die vom Arzt verordneten Arzneien. Gemäss Rz. 1209 KSME (in der Fassung vom 1.1.2005) werden homöopathische Medikamente von der IV nur übernommen, wenn eine medizinische Indikation bezogen auf die Behandlung des zulasten der IV gehenden Geburtsgebrechens vorliegt, die Verschreibung durch einen diplomierten Arzt oder eine diplomierte Ärztin vorliegt, das Medikament als Spezialität in der Spezialistenliste oder als Präparat in der Arzneimittelliste mit Tarif aufgeführt ist. Wie die IV-Stelle in der Vernehmlassung richtig bemerkt, ist eine Behandlung mit Homöopathie weder von den Spezialisten des KJPD noch vom Hausarzt Dr. B empfohlen, geschweige denn verordnet worden. Damit sind aber bereits unter diesem Aspekt die Anspruchsvoraussetzungen für die Anerkennung der homöopathischen Behandlung als medizinische Massnahme im Sinne der Invalidenversicherung nicht gegeben. Gilt aber nach der bereits zitierten Rechtsprechung eine (pharmazeutische) medikamentöse Behandlung von Übererregbarkeit und Unruhe nicht als POS-spezifische Behandlung, kann im gleichen Sinne auch eine medikamentöse Behandlung auf homöopathischer Basis nicht als ein unmittelbar auf die hirnorganische Störung hinwirkendes Heilverfahren bzw. POS-spezifische Behandlung angesehen werden.
c) Wird nach dem Gesagten keine medizinische Behandlung im IV-rechtlichen Sinne durchgeführt, fehlt es an der für die Anerkennung des POS als Geburtsgebrechen nach Ziff. 404 GgV-Anhang erforderlichen Anspruchsvoraussetzung, dass die diagnostizierte Störung auch medizinisch behandelt wird. Ist demnach der Begriff des Behandlungsbeginns vor dem 9. Altersjahr nicht erfüllt, besteht kein Anspruch auf medizinische Massnahmen der Invalidenversicherung im Zeitpunkt des angefochtenen Einspracheentscheides. Die Ablehnung der Kostengutsprache für medizinische Massnahmen zulasten der Invalidenversicherung lässt sich daher nicht beanstanden. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist folglich abzuweisen.