Anlässlich einer Arbeitgeberkontrolle bei der Firma X AG vom 27. August 2004 über die Abrechnungsperiode 2000 bis 2003 stellte der Revisor der SUVA Zentralschweiz fest, dass über einige Lohnzahlungen nicht abgerechnet wurde, so unter anderem über einen Betrag von Fr. 12000.- für Y im Jahre 2001. Am 17. Januar 2005 erliess die Ausgleichskasse Luzern eine entsprechende Nachzahlungsverfügung für nicht abgerechnete Sozialversicherungsbeiträge und teilte mit Schreiben vom 20. Januar 2005 Y mit, dass sie die Firma X AG zur Bezahlung von Sozialversicherungsbeiträgen aufgrund ausbezahlter Löhne von Fr. 12000.- im Jahre 2001 verpflichtet habe. Gegen diese Verfügung erhob Y Einsprache mit dem Hinweis, dass der Betrag von Fr. 12000.- einen Auftrag für das Projekt A betreffe und als Honorar an seine Firma geleistet worden sei. Er habe diesen Auftrag als selbständiger Unternehmer ausgeführt. Mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 2005 lehnte die Ausgleichskasse die Einsprache ab.
Mit rechtzeitig eingereichter Verwaltungsgerichtsbeschwerde liess Y die Aufhebung des Einspracheentscheides beantragen; alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Ausgleichskasse Luzern. In ihrer Vernehmlassung beantragte die Ausgleichskasse Abweisung der Beschwerde. Die zum Verfahren beigeladene Firma X AG beantragte vollumfängliche Gutheissung der Beschwerde unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Ausgleichskasse Luzern. Mit Urteil vom 30. Juni 2006 hiess das Verwaltungsgericht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gut und hob den Einspracheentscheid vom 31. Mai 2005 auf.
Aus den Erwägungen:
2.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Ausgleichskasse Luzern die Einkünfte des Beschwerdeführers aus seiner im Jahre 2001 für die X AG ausgeführten Arbeiten richtigerweise als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit qualifiziert hat.
a) Die sozialversicherungsrechtliche Beitragspflicht Erwerbstätiger richtet sich unter anderem danach, ob das in einem bestimmten Zeitraum erzielte Erwerbseinkommen als solches aus selbständiger oder unselbständiger Erwerbstätigkeit zu qualifizieren ist (Art. 5 und 9 AHVG sowie Art. 6ff. AHVV). Nach Art. 5 Abs. 2 AHVG gilt als massgebender Lohn jedes Entgelt für in unselbständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit; als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit gilt nach Art. 9 Abs. 1 AHVG jedes Einkommen, das nicht Entgelt für in unselbständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt.
Nach der Rechtsprechung beurteilt sich die Frage, ob im Einzelfall selbständige oder unselbständige Erwerbstätigkeit vorliegt, nicht aufgrund der Rechtsnatur des Vertragsverhältnisses zwischen den Parteien. Entscheidend sind vielmehr die wirtschaftlichen Gegebenheiten. Die zivilrechtlichen Verhältnisse vermögen dabei allenfalls gewisse Anhaltspunkte für die AHV-rechtliche Qualifikation zu bieten, ohne jedoch ausschlaggebend zu sein. Als unselbständig erwerbstätig ist im Allgemeinen zu betrachten, wer von einem Arbeitgeber in betriebswirtschaftlicher bzw. arbeitsorganisatorischer Hinsicht abhängig ist und kein spezifisches Unternehmerrisiko trägt.
Aus diesen Grundsätzen allein lassen sich indessen noch keine einheitlichen, schematisch anwendbaren Lösungen ableiten. Die Vielfalt der im wirtschaftlichen Leben anzutreffenden Sachverhalte zwingt dazu, die beitragsrechtliche Stellung eines Erwerbstätigen jeweils unter Würdigung der gesamten Umstände des Einzelfalles zu beurteilen (BGE 122 V 171 Erw. 3a).
b) Charakteristische Merkmale einer selbständigen Erwerbstätigkeit sind die Tätigung erheblicher Investitionen, die Benützung eigener Geschäftsräumlichkeiten sowie die Beschäftigung von eigenem Personal. Das spezifische Unternehmerrisiko besteht dabei darin, dass unabhängig vom Arbeitserfolg Kosten anfallen, die der Versicherte selber zu tragen hat. Für die Annahme selbständiger Erwerbstätigkeit spricht sodann die gleichzeitige Tätigkeit für mehrere Gesellschaften in eigenem Namen, ohne indessen von diesen abhängig zu sein. Massgebend ist dabei nicht die rechtliche Möglichkeit, Arbeiten von mehreren Auftraggebern anzunehmen, sondern die tatsächliche Auftragslage (BGE 122 V 172 Erw. 3c mit Hinweisen).
c) Von unselbständiger Erwerbstätigkeit ist auszugehen, wenn die für den Arbeitsvertrag typischen Merkmale vorliegen, d.h. wenn der Versicherte Dienst auf Zeit zu leisten hat, wirtschaftlich vom "Arbeitgeber" abhängig ist und während der Arbeitszeit auch in dessen Betrieb eingeordnet ist, praktisch also keine andere Erwerbstätigkeit ausüben kann. Indizien dafür sind das Vorliegen eines bestimmten Arbeitsplans, die Notwendigkeit, über den Stand der Arbeit Bericht zu erstatten, sowie das Angewiesensein auf die Infrastruktur am Arbeitsort. Das wirtschaftliche Risiko des Versicherten erschöpft sich diesfalls in der (alleinigen) Abhängigkeit vom persönlichen Arbeitserfolg oder bei einer regelmässig ausgeübten Tätigkeit, darin, dass bei Dahinfallen des Erwerbsverhältnisses eine ähnliche Situation eintritt, wie dies beim Stellenverlust eines Arbeitnehmers der Fall ist (BGE 122 V 172f. Erw. 3c mit Hinweisen).
d) Weil die gesamten Umstände des Einzelfalles zu würdigen sind, treten bei der Abgrenzungsfrage vielfach Merkmale der beiden Erwerbsarten zutage. Der Entscheid muss sich daher oft danach richten, welche dieser Merkmale im konkreten Fall überwiegen (BGE 123 V 162f. Erw. 1, 122 V 171 Erw. 3a mit Hinweisen). Versicherte können sodann gleichzeitig Selbständig- wie auch Unselbständigerwerbende für verschiedene Firmen oder gar nur für den gleichen Betrieb sein. In solchen Fällen ist bezüglich der beitragsrechtlichen Qualifikation jedes einzelne Erwerbseinkommen zu prüfen. Es darf nicht auf den überwiegenden Charakter ihrer Gesamttätigkeit ankommen (Rüedi, Die Abgrenzung zwischen selbständiger und unselbständiger Erwerbstätigkeit, in: Schaffhauser/Kieser, Aktuelle Fragen aus dem Beitragsrecht der AHV, St. Gallen 1998, S. 136).
3.- Gemäss Auftragsbestätigung vom 12. Juni 2001 übernahm der Beschwerdeführer von der Firma X AG zwei Aufträge, welche mit "Submission" (Juni bis Juli 2001) und "Bauleitung" (August bis November 2001) bezeichnet wurden. Für Erstere wurde ein Totalbetrag von Fr. 12500.-, für Letztere ein solcher von Fr. 11250.- inkl. Mehrwertsteuer usw. eingesetzt. Die Zahlungen wurden pro rata monatlich und mittels WIR von 10% der Totalsumme festgesetzt. Für den Teil Submission wurde vom Beschwerdeführer am 14. August 2001 eine Schlussabrechnung über die Restanz von Fr. 2000.- erstellt. Gemäss Angaben in der Beschwerdeschrift wurde die Bauleitung in der Folge nicht ausgeführt. Welche Tätigkeit mit der Arbeit verbunden war und in welcher Art diese genau erfolgte, geht aus den beigelegten Akten nicht hervor. Gemäss Angaben in der Beschwerdeschrift handelte es sich um das Erstellen von Submissionsunterlagen für das Projekt A sowie um die Devisierung. Der Beschwerdeführer arbeitete dabei in seinem eigenen Betrieb mit seinem eigenen Computerprogramm. Dort beschäftigte er auch zwei Teilzeitangestellte in einem 20%- und 60%-Pensum. Diese Fakten sind von der Beschwerdegegnerin auch nicht bestritten. Sie weist jedoch darauf hin, dass gemäss Angaben der SUVA die beiden Angestellten bei der SUVA nicht gemeldet waren, obwohl diese zwingend hätten dort versichert werden müssen.
Im Einspracheentscheid stützt sich die Beschwerdegegnerin im Wesentlichen auf die Beurteilung der SUVA und betrachtet den Beschwerdeführer als Subunternehmer bzw. Unterakkordanten. Die SUVA ihrerseits hatte in der erwähnten Arbeitgeberrevision dem Beschwerdeführer einen Doppelstatus zuerkannt und dies in ihrem Schreiben vom 13. März 2005 erläutert: Für Direktaufträge handle Y als Selbständigerwerbender; unselbständig erwerbend sei er für Arbeiten von andern Architekturbüros im Auftrag Dritter.
4.- Architekten mit eigenem Architekturbüro führen ihre Tätigkeiten gewöhnlich als Selbständigerwerbende aus, sofern sie nicht bei einer juristischen Person im Arbeitsverhältnis stehen oder in enger Verbindung oder Abhängigkeit einer Institution oder eines andern Architekturbüros Arbeiten ausführen. Werden die Arbeiten für bestimmte Auftraggeber von den Sozialversicherungsinstitutionen als unselbständige Tätigkeit statuiert, so müssen besondere Voraussetzungen gegeben sein, welche die Qualifikation als Selbständigerwerbender in sozialversicherungsrechtlicher Hinsicht nicht mehr zulassen. Die in Erwägung 2 zitierten Merkmale müssen dann gesondert betrachtet und gewichtet werden.
Vorliegend steht fest, dass der Beschwerdeführer seine Tätigkeit im eigenen Architekturbüro mit eigenen Investitionen ausführte. Er rechnete sie auch unbestrittenermassen als Selbständigerwerbender ab. Sowohl die Auftragsbestätigung wie die Schlussabrechnung mit der darauf aufgeführten Mehrwertsteuer-Nummer geben klar zu erkennen, in welchem Status der Beschwerdeführer seine eigene Tätigkeit ausführt. Hinzuweisen ist auch auf die Vereinbarung, wonach 10% der Totalsumme in WIR-Checks bezahlt werden können. Alle diese Merkmale weisen vorliegend auf eine selbständige Tätigkeit hin, denn bei einer unselbständigen Architekturtätigkeit entfällt die Mehrwertsteuer-Abrechnung und die Bezahlung in WIR-Checks ist bei Lohnzahlungen höchst unüblich. Der Einwand der Beschwerdegegnerin in der Vernehmlassung, der Beschwerdeführer sei in zeitlicher und organisatorischer Hinsicht wie auch hinsichtlich des Unternehmerrisikos eng an die Firma X AG gebunden gewesen, trifft im vorliegenden Fall so nicht zu und kann nicht besonders gewichtet werden. Abgesehen davon arbeiten Architekten oft in einem strengen Zeitplan und haben sich bei der Ausführung spezieller Teilarbeiten an genaue Vorgaben zu halten. Dies ändert nichts an der Tatsache, dass der Beschwerdeführer im eigenen Architekturbüro arbeitet und seine Zeit selber einteilen kann. Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat denn auch die Arbeit eines Projektverfassers für seine Einwohnergemeinde (Konzipierung eines Internet-Auftritts; Erstellung eines Entwurfs für ein städtisches Leitbild; Verfassen von Beiträgen in einer Personalzeitschrift) als selbständige Erwerbstätigkeit bezeichnet und vermerkt, dass die Tatsache, dass es sich dabei um einen Auftrag mit klar definierten Zielvorgaben handle, nichts ändere; ähnlich sei es auch bei der Erstellung von Bauplänen durch einen Architekten (EVG-Urteil W. vom 7.4.2004, Erw. 3, H 331/02). Selbst die regelmässigen Schreib- und Sekretariatsarbeiten einer Sekretärin für die Praxis eines Arztes wurden als selbständige Erwerbstätigkeit bezeichnet, wenn die Sekretärin ihre Arbeit zu Hause in ihrem eigenen "Betrieb" ausführte (EVG-Urteil B. vom 8.8.2005, H 8/05).
Im vorliegenden Fall ist nicht einzusehen, inwiefern die Tätigkeit des Beschwerdeführers anders zu beurteilen ist, als seine übrige Tätigkeit für Bauplanungen, Bauleitungen und architektonische Teilleistungen für grössere Unternehmer. Das Auftragsvolumen im Umfang von Fr. 12000.- lässt denn auch nicht auf eine besondere Abhängigkeit zum Auftraggeber schliessen. Beschwerdegegnerin und SUVA liessen sich offensichtlich zu sehr von der seinerzeitigen Qualifizierung des Beschwerdeführers als Unselbständigerwerbender leiten. Mit Schreiben vom 12. Oktober 1989 hatte die SUVA damals dem Beschwerdeführer mitgeteilt, dass er bei seiner Mitarbeit in Architekturbüros als Bauzeichner/Bauleiter für die SUVA als unselbständigerwerbend gelte. Für Aufträge, die er in eigenem Namen und auf eigene Rechnung ausführe, gelte er dagegen als selbständigerwerbend. Die Statusfrage ab 1. Juli 1989 war schliesslich Gegenstand des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 1. Juli 1994. Damals wurden die Arbeiten des Beschwerdeführers für das Architekturbüro Z in der zweiten Hälfte des Jahres 1989 und im Umfang von Fr. 37780.- als unselbständige Erwerbstätigkeit betrachtet. Ausgleichskasse und SUVA übersehen jedoch, dass der Sachverhalt heute anders liegt. Dem Urteil vom 1. Juli 1994 lag der Sachverhalt zu Grunde, dass der Beschwerdeführer damals in den Räumlichkeiten des Arbeitgebers Z gearbeitet hatte, dass er bezüglich Arbeitszeit, Organisation und Ausführung der Arbeit an seine Weisungen gebunden gewesen war und die Tätigkeit nicht im eigenen Namen und auf eigene Rechnung ausgeführt hatte (Erw. 2b). Schon damals hatte der Beschwerdeführer über ein eigenes Büro mit relativ bescheidener Ausstattung verfügt. Im Zusammenhang mit der für das Architekturbüro Z auszuführenden Arbeit hatte er jedoch die Infrastruktur des Arbeitgebers benutzt (Erw. 2c). Aus dem seinerzeitigen Urteil vom 1. Juli 1994 kann deshalb die Beschwerdegegnerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Im Gegenteil werden aus diesem Urteil klar und deutlich die wesentlichen Unterschiede ersichtlich. Bei den Arbeiten für die X AG benutzte der Beschwerdeführer eigene Büroräumlichkeiten mit eigener Infrastruktur und eigenem Personal. Dafür trug er das Unternehmerrisiko unabhängig vom Arbeitserfolg. Er war wirtschaftlich nicht von der X AG abhängig und leistete für sie im Jahre 2001 nicht Dienst auf Zeit, sondern einen Auftrag auf Termin. Dass er bei dieser Ausführung auch zu bestimmten Zeiten Baustellenbesuche abstatten und an Bausitzungen teilnehmen und das Protokoll führen musste, gehört zum wesentlichen Inhalt des Auftrages und ändert nichts an der Qualifikation des Status Selbständigerwerbender.
Zusammenfassend ergibt sich, dass die im Jahre 2001 für die X AG ausgeführten Arbeiten sozialversicherungsrechtlich nicht als unselbständige Lohnarbeit qualifiziert werden kann.