Aus den Erwägungen:
a) Muss der Versicherungsträger zur Abklärung des Sachverhaltes ein Gutachten einer oder eines unabhängigen Sachverständigen einholen, so gibt er der Partei deren oder dessen Namen bekannt. Diese kann den Gutachter aus triftigen Gründen ablehnen und kann Gegenvorschläge machen (Art. 44 des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts [ATSG]).
b) Art. 44 ATSG regelt den Zeitpunkt der Bekanntgabe der Namen der sachverständigen Personen nicht ausdrücklich. Vom Normzweck her ist jedoch von einer vorgängigen Mitteilung auszugehen. Denn nur so wird gewährleistet, dass die Mitwirkungsrechte ihre Funktion erfüllen. Die Bestimmung fordert indessen nicht, dass die Namensnennung gleichzeitig mit der Anordnung der IV-Stelle über die durchzuführende Begutachtung zu erfolgen hat. Ein Zusammenlegen der beiden Mitteilungen ist zwar zweckmässig und rationell, jedoch im Rahmen der Begutachtung durch eine Gutachterstelle aus sachlichen Gründen oftmals nicht praktikabel. Es muss daher genügen, wenn die Namen der Gutachter der versicherten Person erst zu einem späteren Zeitpunkt eröffnet werden. In jedem Fall muss dies aber frühzeitig genug erfolgen, damit sie in der Lage ist, noch vor der eigentlichen Begutachtung ihre Mitwirkungsrechte wahrzunehmen. Diese Rechtsprechung wurde in BGE 132 V 376 bei der Begutachtung in einer MEDAS bestätigt und gilt sinngemäss für eine andere Begutachterstelle.
Am 30. Dezember 2005 wurde der Beschwerdeführer seitens des Institutes C zur Untersuchung eingeladen und gebeten, sich am 19. Januar 2006 bei Dr. D einzufinden. Für die medizinische Untersuchung bei Dr. E vom 23. Februar 2006 wurde er am 7. Februar 2006 angeschrieben. Im mit Briefkopf des Dr. F, Spezialarzt Neurologie, versehenen Schreiben vom 8. März 2006, unterzeichnet durch G, wurde der Beschwerdeführer zu einer EEG-Untersuchung (Elektroenzephalographie-Untersuchung) auf den 10. März 2006 eingeladen, nicht aber zu einer umfassenden neurologischen Untersuchung. Am 6. April 2006 wurde der Beschwerdeführer zu einer Untersuchung bei dipl.-psych. G auf den 9. Mai 2006 eingeladen. Schliesslich ist dem Gutachten vom 28. Juli 2006, S. 13, zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer seitens des Institutes C wie folgt untersucht wurde:
Testpsychologie: 19. Januar 2006 Dr. D
Psychiatrie: 23. Februar 2006 Dr. E
Neurologie: 23. Februar 2006 Dr. F
Neuropsychologie: 16. Mai 2006 dipl.-psych. G
b) Somit kann festgehalten werden, dass der Beschwerdeführer vor Ausführung des Gutachtens nicht wusste, dass seitens Dr. F ein umfassender neurologischer Gutachterteil vorgenommen wurde. Die IV-Stelle bzw. die Gutachterstelle hat es folglich versäumt, den Beschwerdeführer über die Vornahme eines neurologischen Teilgutachtens zu informieren und den Namen des involvierten Gutachters rechtzeitig zu eröffnen. Weiter hätte dies auch gegenüber dem den Beschwerdeführer vertretenden Rechtsanwalt B erfolgen müssen. Schliesslich wurde in den einzelnen Einladungen zu den Teiluntersuchungen direkt an den Versicherten nicht auf die Möglichkeit hingewiesen, Einwendungen nach Art. 44 ATSG zu erheben. Der Versicherte hatte von seinen Mitwirkungsrechten keine Kenntnis und konnte sie deshalb nicht wahrnehmen. Er hätte gemäss Art. 44 ATSG ausdrücklich darauf aufmerksam gemacht werden müssen. Zudem hätte der Rechtsvertreter über die Vorladungen in Kenntnis gesetzt werden müssen. So hätte er die Namen der Gutachterinnen bzw. Gutachter vor der Begutachtung erfahren. Dies wäre Voraussetzung für die Wahrnehmung der Mitwirkungsrechte gewesen, deren Einhaltung der IV-Stelle obliegt.
Das Vorgehen über die Mitteilung der das Gutachten vornehmenden Personen war vorliegend nicht konform im Sinne des BGE 132 V 376. Aufgrund der Vorgehensweise der IV- bzw. der Gutachterstelle konnten Mitwirkungsrechte - wie bereits gesagt - im Zusammenhang mit der erfolgten Begutachtung nicht wahrgenommen werden. Indem die Anforderungen von Art. 44 ATSG nicht eingehalten wurden, weist das interdisziplinäre Gutachten des Institutes C vom 28. Juli 2006 bzw. der Gutachtenablauf erhebliche formelle Mängel auf. Das in der Entstehung mit einem Mangel behaftete Gutachten scheidet als abschliessende Beurteilungsgrundlage aus. (...)
c) Unter den gegebenen Umständen fällt eine Heilung des Rechtsmangels ausser Betracht. Die Mitwirkungsrechte sind vorgängig der Begutachtung einzuräumen. Da einer korrekt durchgeführten medizinischen Untersuchung unbestrittenermassen entscheidende Bedeutung zukommt, ist die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese die Abklärung nach Massgabe des Art. 44 ATSG im Sinne der Erwägungen weiterführe, d.h. ordnungsgemäss ein rechtsgenügliches Gutachten einhole und anschliessend über den Rentenanspruch des Beschwerdeführers neu verfüge. Der sich auf dieses mangelhafte Gutachten stützende Einspracheentscheid vom 11. Oktober 2006 ist deshalb aufzuheben und die Sache an die IV-Stelle zur rechtskonformen Begutachtung zurückzuweisen.