Aus den Erwägungen:
(...)
Dem hält die Vorinstanz entgegen, dass der Beschwerdeführer gemäss mündlichen Aussagen von A eine so genannte Kreditmast betreibe, d.h. dass er die Schweine bis zum Ende der Mastdauer nicht zu bezahlen habe. Der Beschwerdeführer sei aber der verantwortliche Tierhalter und werde auch bei der Tierverkehrsdatenbank in Bern mit einer eigenen Nummer geführt. Ergänzend führt die Vorinstanz aus, dass der Beschwerdeführer auch ihr gegenüber als verantwortlicher Tierhalter aufgetreten sei, so zum Beispiel als Vertragspartner beim Hofdüngerabnahmevertrag oder als verantwortlicher Lieferant auf den Formularen "Buchhaltung über die Verteilung der Hofdünger". Die Abmachungen zwischen dem Beschwerdeführer und A kenne sie nicht und seien aus ihrer Sicht auch eine privatrechtliche Angelegenheit.
b) Am 27. August 2003 teilte der Beschwerdeführer telefonisch mit, er sei nur der Eigentümer der Schweinescheune, nicht aber der Bewirtschafter der Schweine. Daraufhin stellte die Vorinstanz den Hofdüngervertrag neu aus und übermittelte ihn tags darauf zur Unterzeichnung an A, da dieser nach Angaben des Beschwerdeführers in Wirklichkeit der Bewirtschafter sei. Den neuen Hofdüngervertrag erhielt die Vorinstanz nie zurück. Stattdessen bestätigte der Futterlieferant, zwei Schweinemastbetriebe in Z zu beliefern: Zum einen den Betrieb Y von A und zum anderen den Betrieb X des Beschwerdeführers. Letzteres bestätigte der Beschwerdeführer mit seiner Unterschrift. Auf die Mitteilung betreffend Hofdüngerüberschuss der Tierhaltung im Jahre 2002 vom 16. Februar 2004 hin, hielt der Beschwerdeführer seine Behauptung nicht mehr aufrecht, nicht der verantwortliche Tierhalter zu sein. Er teilte lediglich mit, wohin er den überschüssigen Hofdünger verbracht habe. Alleine schon aufgrund dieser Umstände durfte die Vorinstanz die Tierhaltereigenschaft des Beschwerdeführers annehmen und ihre Verfügung damit zu Recht an diesen richten.
c) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde machte der Beschwerdeführer nicht geltend, die Verfügung richte sich an den falschen Adressaten. Erst auf die gerichtliche Aufforderung zur Leistung eines Kostenvorschusses hin stellte er sich erneut auf den Standpunkt, nur im Lohnverhältnis zu arbeiten und nicht Eigentümer der Tiere zu sein. Gestützt darauf forderte das Verwaltungsgericht am 18. November 2005 bei der Vorinstanz das "Formular B: Tiererhebung" des Jahres 2002 nach, welches in den eingereichten vorinstanzlichen Akten fehlte. Das "Formular B: Tiererhebung" stellt nämlich ein amtliches Datenerhebungsblatt dar, und die Behörde kann sich daher in der Regel auf die darin enthaltenen Angaben verlassen. Die Tragweite der Angaben im Formular muss jedem Betriebsinhaber bekannt sein. Er ist primär verantwortlich für deren Richtigkeit, die er überdies unterschriftlich zu bestätigen hat. Er muss die Eintragungen deshalb mit entsprechender Sorgfalt vornehmen oder kontrollieren und sie gegebenenfalls umgehend richtigstellen. Der Vollzug der agrarpolitischen Massnahmen ist mit vertretbarem Aufwand nur zu bewältigen, wenn sich die Behörden grundsätzlich auf die Angaben in den Datenerhebungsblättern verlassen können. Nur wenn sich diese auf Grund klarer und eindeutiger Belege als unzutreffend erweisen, kann davon abgewichen werden. Bestreitet der Betriebsinhaber die Angaben, genügt es somit nicht, dass er Abweichendes bloss glaubhaft macht. Vielmehr hat er überzeugend nachzuweisen, dass die Angaben nicht den Tatsachen entsprechen (vgl. dazu VPB 60/1996 Nr. 52 Erw. 3, vgl. auch VPB 68/2004 Nr. 108 Erw. 6.2.2).
Mit Schreiben vom 24. Mai 2005 teilte die Vorinstanz dem Verwaltungsgericht mit, dass die Schweine auf dem Betrieb des Beschwerdeführers bislang nicht erfasst worden seien. Die Tiere seien im Jahre 2005 erstmals erhoben und das entsprechende Formular vom Betriebsinhaber unterschrieben worden. Ihrer Ansicht nach sei dieses Formular eine weitere Bestätigung dafür, dass der Beschwerdeführer auch im Jahre 2002 als Tierhalter zu gelten habe, zumal sich nach mündlichen Aussagen von A das Vertragsverhältnis (Kreditmast) seit dem Jahre 2002 nicht verändert habe. Wäre A der verantwortliche Tierhalter, so müsste ein Mietvertrag für den Schweinestall bestehen. Im Hinblick auf die Ausführungen der Vorinstanz, die neu aufgelegten Akten und die oben dargestellte Rechtsprechung zu amtlichen Datenerhebungsblättern wurde der Beschwerdeführer zur Stellungnahme aufgefordert. Er liess sich indes nicht vernehmen.
Im "Formular B: Tiererhebung" des Jahres 2005 bestätigte der Beschwerdeführer am 4. Mai 2005 unterschriftlich, Bewirtschafter des Landwirtschaftsbetriebs X zu sein. Nach Art. 11 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 2 LBV gilt der Bewirtschafter und mithin der Beschwerdeführer als (aktueller) Tierhalter. Trotz Gelegenheit zur Stellungnahme und Mitwirkungspflicht im Verfahren erbrachte der Beschwerdeführer weder den Nachweis im Sinne der oben dargestellten Rechtsprechung, wonach er trotzdem nicht Tierhalter sei, noch macht er eine wesentliche Veränderung der Verhältnisse seit 2002 geltend. Damit und insbesondere auch im Hinblick auf das im vorinstanzlichen Verfahren Vorgefallene hat aber der Beschwerdeführer auch für das Jahr 2002 als Tierhalter zu gelten. Die Verfügung richtet sich mithin zu Recht gegen den Beschwerdeführer.