Aus den Erwägungen:
3.- a) Gemäss Offertöffnungsprotokoll unterbreitete die Beschwerdeführerin in Bezug auf die hier massgebende Variante 2 das preislich tiefste Angebot. Nach Bewertungstabelle wurden ihr jedoch lediglich 8 von möglichen 10 Punkten zugesprochen, und zwar mit der Begründung, der Preis decke nicht alle verlangten Leistungsmerkmale ab. (...)
b) (...)
c) Die Vergabestelle hat der Beschwerdeführerin nur 8 von 10 möglichen Punkten zuerkannt mit der Begründung, der Offertpreis decke nicht alle verlangten Leistungsmerkmale ab. Welcher aufgerechnete Preis konkret berücksichtigt wurde, ergibt sich freilich nicht aus der Bewertungstabelle. Anlässlich der Besprechung vom 28. Dezember 2005 wurde der Beschwerdeführerin eine Kostentabelle abgegeben, aus der im Vergleich zur Grundofferte (Fr. 963'561.--) Zusatzkosten aufgerechnet wurden, die zu einem Total von Fr. 1'447'278.-- führten. Im Rahmen der Vernehmlassung reichte die Beschwerdegegnerin eine weitere und umfangreichere Tabelle ein, die einen Mehrpreis von total Fr. 1'614'355.-- ausweist. Nach ihrer Auffassung sind mit diesem Vorgehen die Vergleichbarkeit der Offertpreise hergestellt und im Preis nicht berechnete Leistungsmerkmale "aufgerechnet" worden.
aa) Unbestritten entschied sich die Vergabestelle für die Variante 2 (Knotenmanager und Lizenzgebühr für die Anbindung an das Netzwerkmanagementsystem), wie sich aus dem Preis des berücksichtigten Angebotes gemäss Zuschlagsverfügung ergibt. Für die Bewertung des Zuschlagskriteriums Preis können grundsätzlich nur die effektiv offerierten Preise der einzelnen Anbieterinnen massgebend sein. Werden nach Offertöffnung und somit nach Bekanntgabe der Preise an alle im Vergabeverfahren beteiligten Unternehmen die Preise korrigiert, so braucht es hierfür gewichtige und gesetzlich zulässige Gründe. Dabei kann es sich z.B. um eine vergleichsweise geringe oder unwesentliche Änderung des Auftrags handeln (Urteil V 03 184 vom 10.9.2003). Oder es geht darum, offensichtliche Rechenfehler durch die Auftraggeberin zu berichtigen (§ 26 Abs. 3 öBG). Solche Berichtigungen oder Ergänzungen des Angebots sind allerdings nur ausnahmsweise zuzulassen und bedingen, dass die Grundsätze der Gleichbehandlung und des transparenten Verfahrens beachtet werden (Urteil V 04 394 vom 18.1.2005 Erw. 4d). Zwar hat vorliegend weder eine Anbieterin eine "vergessene" Leistung nachträglich offeriert noch die Vergabestelle versehentlich in den Ausschreibungsunterlagen unterlassene Positionen nachofferieren lassen. Die Vergabestelle selber darf jedoch von sich aus keine Preiskorrekturen anbringen, um eine nach ihrer Ansicht nach vergleichbare Wettbewerbssituation zu schaffen.
Das Angebot hat bei der Endsumme den Nettopreis (nach Abzug von Rabatten, Skonti usw.) zu enthalten (§ 11 Abs. 3 öBV). Verhandlungen mit allen oder mit einzelnen Anbieterinnen über Preise, Preisnachlässe oder damit zusammenhängende Änderungen des Leistungsinhaltes sowie Abgebotsrunden sind unzulässig (§ 15 Abs. 2 öBG). Mit dieser Regelung soll erreicht werden, dass Anbieterinnen von Anfang an wirtschaftlich günstige Angebote einreichen und sich nicht im Hinblick auf eine Abgebotsrunde ein "Verhandlungspolster" vorbehalten (LGVE 2001 II Nr. 12 Erw. 6d/aa mit Hinweisen). Die Zulassung nachträglicher Preisveränderungen verletzt zudem das Gebot der Gleichbehandlung (§ 3 Abs. 1 öBG; Urteil V 03 167 vom 5.8.2003). Sowenig deshalb eine Preisbereinigung nach unten erfolgen darf, sowenig ist es zulässig, dass eine Vergabestelle die Offertpreise auf ein "realistisches" Preisangebot anhebt. Solches kann nur dann in Frage kommen, wenn es sich entweder um eine Berichtigung eines Rechnungsfehlers handelt oder um eine untergeordnete Korrektur einer oder weniger Positionen in der Ausschreibung, deren Fehlerhaftigkeit sofort erkennbar ist. Dabei sind auch hier die Gebote der Gleichbehandlung und der Transparenz zu respektieren.
bb) Im vorliegenden Fall liegen keine Gründe für eine zulässige Preiskorrektur bzw. Preisaufrechnung vor. Vorab ist zu bemerken, dass die Aufrechnungen seitens der Vergabestelle beträchtlich sind. Sie belaufen sich im Vergleich zur Grundofferte auf über 50 %. Zum andern ist festzustellen, dass die Vergabestelle offenbar eine erste (provisorische) Zusatzkostenliste um einige Positionen ergänzt und so eine neue Liste dem Gericht eingereicht hat. Dass die einzelnen Positionen gemäss Pflichtenheft zwingend und für alle Anbieterinnen erkennbar vorhanden waren und im Preis hätten berechnet werden müssen, ist zwischen den Parteien umstritten. Die Beschwerdeführerin offerierte eine Lösung, basierend auf der Technologie OMSN. Die Zuschlagsempfängerin - die B AG - hat der Vergabestelle das CISCO-System vorgeschlagen. Bemerkenswert ist nun in diesem Zusammenhang, dass die Vergabestelle die Aufrechnung von Zusatzkosten mehrmals mit der Begründung "Erhöhung der Leistungsmerkmale auf Niveau CISCO" versah oder auf den CISCO-Standard verwies. Damit räumt die Vergabestelle selber ein, dass die Preisanpassung auf der Überlegung beruht, die beiden Systeme preislich vergleichbar zu machen. Lässt jedoch die Ausschreibung das Unterbreiten verschiedener technischer Systemvorschläge mit unterschiedlichen Produkten zu, so kann keine "Vergleichbarkeit" der Systeme mittels "Anpassung der Preise" erreicht werden. Die Beschwerdeführerin macht denn auch in diesem Zusammenhang geltend, die Vergabestelle habe ihr ausschreibungskonformes Angebot preislich auf das höhere, in der Ausschreibung aber so nicht verlangte Preisniveau der B AG erhöhen wollen.
Was die effektiven Beträge angeht, die aufgerechnet wurden, so handelt es sich bei diesen zum Teil um blosse Annahmen. Bei der Kostenzusammenstellung für den reellen Vergleich fällt auf, dass mehrmals ein "ca. Preis aus Offerte" abgeleitet wird. Oder dann wird ein "Preis aus Erfahrung" angenommen (so bei Zusatzkosten für Vlan-Translation, Fr. 28'500.--). Auch dies macht deutlich, dass eine Preisanpassung im Hinblick auf eine von der Vergabestelle erwartete Systemlösung vorgenommen wurde. Die Preiserhöhungen lassen sich so kaum darauf zurückführen, dass es sich um einzelne, dem Pflichtenheft konkret zu entnehmende Preispositionen handelt. Aufschlussreich ist in diesem Zusammenhang das Begleitschreiben der B AG zur Offerteinreichung vom 22. Juli 2005. Die Anbieterin hielt darin fest, sie habe "eine Lösung ausgearbeitet, die alle Anforderungen des Pflichtenhefts erfüllt oder übertrifft." Wird indessen ein Angebot abgegeben, das die Bedingungen gemäss Ausschreibung nicht nur erfüllt, sondern Leistungen über die gesetzten Vorgaben hinaus anbietet, so kann mittels Preisaufrechnung keine Vergleichbarkeit hergestellt werden. Die einzelne Anbieterin muss sich bei ihrer Preiskalkulation auf den Leistungsgegenstand gemäss Ausschreibung verlassen können. Das gilt auch, wenn es um neue Technologien geht, bei denen die Systemwahl von entscheidender Bedeutung ist.
cc) Es ist nicht auszuschliessen, dass die Ausschreibungsunterlagen im Hinblick auf die technischen Bedingungen und die Systemerwartungen in einzelnen Punkten unklar waren. Aus dem Offertöffnungsprotokoll in Verbindung mit der Bewertungstabelle folgt nämlich, dass nicht nur bei der Beschwerdeführerin eine Preisanpassung vorgenommen wurde. Die C AG legte das preislich zweitbeste Angebot vor. Gemäss Bewertungstabelle erhielt sie jedoch nur 7 von 10 Punkten. Das bedeutet, dass auch ihr Angebot preislich nach oben korrigiert worden ist, ansonsten sie eine höhere Punktzahl hätte erhalten müssen.
d) Die Vergabestelle bringt vor, das Angebot der Beschwerdeführerin könne auf keinen Fall berücksichtigt werden, weil es lückenhaft sei und das Pflichtenheft nicht erfülle. Das Angebot der Beschwerdeführerin hätte daher vom Verfahren ausgeschlossen werden können.
aa) Anbieterinnen können aus wichtigen Gründen vom Verfahren ausgeschlossen werden (§ 16 Abs. 1 öBG). Welches wichtige Gründe sind, hat der Gesetzgeber in einem nicht abschliessenden Katalog aufgeführt (§ 16 Abs. 2 lit. a - f öBG). Im vorliegenden Fall erliess die Vergabestelle keine selbständige Ausschlussverfügung. Sie begründet dies damit, man habe angesichts der Dringlichkeit der Beschaffung auf ein mögliches Beschwerdeverfahren verzichten wollen und deshalb von einem Ausschluss des Angebots abgesehen. Auch die Zuschlagsverfügung selber wird - hinsichtlich des Angebots der Beschwerdeführerin - mit keinen Ausschlusstatbeständen begründet. Dies wäre freilich möglich gewesen, ist doch nach der Rechtsprechung ein sog. impliziter Ausschluss im Rahmen der Zuschlagsverfügung zulässig, indem das fehlerhafte Angebot nicht berücksichtigt und die ausgeschriebenen Arbeiten einem Konkurrenzunternehmen zugeschlagen werden (Urteil V 02 294 vom 4.9.2003 Erw. 2a).
bb) Angesichts des Umstandes, dass die Vergabestelle trotz der angeblichen schweren Offertmängel weder das Angebot der Beschwerdeführerin mittels selbständiger Verfügung ausgeschlossen noch im Rahmen der Zuschlagsverfügung einen Ausschlusstatbestand geltend gemacht hat, ist es fragwürdig, ob eine solche Argumentation im Beschwerdeverfahren noch möglich ist. Anfechtungsgegenstand ist die Zuschlagsverfügung, die gemäss gesetzlicher Vorgabe eine kurze Begründung enthalten muss, warum das berücksichtigte Angebot das wirtschaftlich günstigste ist (§ 17 lit. g öBG). Im vorliegenden Fall enthält zwar die Zuschlagsverfügung eine solche Minimalbegründung, indem darauf hingewiesen wird, alle Angebote seien objektiv geprüft worden und das Angebot der B AG habe sich anhand der Zuschlagskriterien als das wirtschaftlich günstigste erwiesen. Indessen fehlt jegliche Bemerkung in Bezug auf die Mangelhaftigkeit des von der Beschwerdeführerin unterbreiteten Angebotes oder der anderen Offerten.
Im vorliegenden Fall kann die aufgeworfene Frage einstweilen offen bleiben. Entscheidend ist nämlich, dass ein Angebot, das angeblich nicht nur in untergeordneten Punkten fehlerhaft ist, nicht über eine Preisanpassung vergleichbar gemacht und im Wettbewerb belassen werden kann. Entweder erweist sich die Offerte im Hinblick auf die Ausschreibungsunterlagen (Pflichtenheft) als klar unvollständig, dann kann das Angebot auch nicht bewertet werden. Dies ergibt sich auch aus den Ausschreibungsunterlagen, wonach nur Offerten in die Gesamtbeurteilung einbezogen werden, die alle geforderten funktionalen und sicherheitsrelevanten Bedingungen der Ausschreibung erfüllen. Oder aber die Mängel und Unvollständigkeiten, welche die Vergabestelle hinsichtlich eines Angebots feststellt, erweisen sich als mit dem Lösungskonzept oder der Systemwahl verbundene qualitative Besonderheiten, die als solche bei den weichen Zuschlagskriterien (wie Gesamtlösungskonzept, Qualität, Bedienungsfreundlichkeit etc.) bewertet werden müssen. Eine "Rettung" des Angebotes mittels Anpassung des Offertpreises ist allerdings nicht zulässig, denn damit wird die Bewertung eines bestimmten Zuschlagskriteriums objektiv verunmöglicht.
e) Nach dem Gesagten steht fest, dass die Preisbewertung rechtswidrig ist und korrigiert werden muss. Für die Punkteverteilung ist von den Offertpreisen gemäss Offertöffnungsprotokoll auszugehen. Damit erhält die Beschwerdeführerin im Vergleich zum Angebot der B AG die Bestbewertung mit 2 Punkten (10 Punkte vor Gewichtung, 2 Punkte nach Gewichtung mit Faktor 20 %). Nach welcher Methode die höheren Preise bewertet werden, darüber hat grundsätzlich die Vergabestelle neu zu befinden. Aus der Bewertungstabelle ist nämlich nicht ersichtlich, wie die Vergabestelle die Punkte beim Kriterium Preis berechnet hat. Das Gericht als Rechtsmittelinstanz hat nicht die Aufgabe, eine Bewertung bzw. eine Berechnungsmethode frei zu bestimmen und im konkreten Fall zur Anwendung zu bringen.
4.- (...)
5.- (...)
6.- a) Die Beschwerdegegnerin führt vor Verwaltungsgericht aus, das Angebot der Beschwerdeführerin hätte grundsätzlich wegen erheblichen Mängeln ausgeschlossen werden müssen. Wie bereits ausgeführt, liegt weder eine selbständige Ausschlussverfügung vor noch ist im Rahmen der Zuschlagsverfügung das Angebot der Beschwerdeführerin implizit ausgeschlossen worden. Im gerichtlichen Beschwerdeverfahren wird nun der Antrag auf Abweisung der Beschwerde vor allem damit begründet, das Angebot erfülle die Anforderungen gemäss Pflichtenheft nicht und könne daher nicht berücksichtigt werden.
b) (...)
c) Es stellt sich die Frage, ob die Vergabestelle im Rahmen der erforderlichen Neubeurteilung das Angebot der Beschwerdeführerin unter dem Aspekt von § 16 öBG zusätzlich prüfen kann. Ein solches Vorgehen kann nur dann in Betracht kommen, wenn die Mängel des Angebotes für die Vergabeinstanz erkennbarer Beweggrund für die Nichtberücksichtigung des betreffenden Angebotes waren.
Im vorliegenden Fall ergibt sich aus der Preisanpassung, dass die Vergabestelle das Angebot unter dem Gesichtspunkt der technischen Verwertbarkeit als unzureichend erachtete. Anlässlich der Besprechung vom 28. Dezember 2005 war diese Fragestellung zwischen den Beteiligten Thema, was sich daraus ergibt, dass die Aufrechnungstabelle und die Referenzanfrage der Beschwerdeführerin herausgegeben wurden. Dabei spielt keine Rolle, ob anlässlich dieser Sitzung Mängel oder technische Unzulänglichkeiten eingeräumt wurden, oder ob es sich nur um einen Meinungsaustausch zwischen der Vergabestelle und der Beschwerdeführerin handelte. Bei dieser Sachlage muss es der Vergabestelle aber frei stehen, im Rahmen der erforderlichen Neubewertung auch die Frage zu prüfen, ob das Angebot die Anforderungen gemäss Pflichtenheft vollständig erfüllt. Diese Befugnis rechtfertigt sich auch angesichts der Art des Beschaffungsvorhabens. Vorliegend geht es nicht um die Lieferung eines gebräuchlichen Produkts. Dem Zuschlag und dem Abschluss des Vertrages folgt die Abnahme des Systems bzw. deren Teile. Dabei gilt das Werk nur als abgenommen, wenn die Erfüllung der in den Abnahmekriterien vom Pflichtenheft definierten Bedingungen nachgewiesen sind. Das macht deutlich, dass die Funktionsfähigkeit und Betriebssicherheit des Systems von entscheidender Bedeutung sind und die technischen Komponenten des offerierten Systems vor allem für vorgesehene Anpassungen oder den geplanten Ausbau des Netzes tauglich sein müssen.
7.- a) Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und die angefochtene Zuschlagsverfügung aufzuheben. Art. 18 Abs. 1 IVöB sieht vor, dass die Beschwerdeinstanz die Aufhebung der Verfügung beschliessen und in der Sache selbst entscheiden oder sie an die Auftraggeberin oder den Auftraggeber mit oder ohne verbindliche Anordnungen zurückweisen kann. Diese Verfahrensbestimmung ist gestützt auf Art. 6 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 5bis Abs. 3 IVöB selbst im vom Staatsvertrag nicht erfassten Bereich unmittelbar anwendbar. Die Sache ist demnach an die Vergabestelle zur neuen Beurteilung und Entscheidung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen.