Aus den Erwägungen:
a) Die Vorinstanz stellt sich in der Vernehmlassung auf den Standpunkt, dass die Bestimmungen des revidierten Allgemeinen Teils des StGB über das Strafregister (Art. 365-371 StGB) auch auf Urteile anwendbar seien, die aufgrund des bisherigen Rechts ergangen seien. Das neue Recht kenne keine Löschung des Strafregistereintrags mehr. Neu gebe es nur noch die Entfernung des Eintrages im Sinne einer physischen Abkoppelung der Daten aus dem Register. Die neuen Entfernungsfristen würden direkt in Art. 369 StGB geregelt. Die "Löschung" in Art. 8 Abs. 2 lit. d WG sei durch die "Entfernung" zu ersetzen, da es keine Löschung mehr gebe. Im vorliegenden Fall betrage die Entfernungsfrist gestützt auf Art. 369 Abs. 1 lit. c StGB zehn Jahre über die gerichtlich zugemessene Strafdauer hinaus. Damit falle der "temporäre" Hinderungsgrund gemäss Art. 8 Abs. 2 lit. d WG frühestens Ende August 2011 weg. Bei dieser langen Dauer könne nicht mehr davon gesprochen werden, die Rückgabe der Gegenstände sei bloss temporär nicht möglich, weshalb eine amtliche Aufbewahrung abgelehnt werde. Zudem könne in der Zwischenzeit einiges passieren, und die Behörden hätten vor der Aushändigung der Waffen wiederum das Vorliegen eines Hinderungsgrunds zu prüfen. Schliesslich sei fraglich, ob die kostspielige Aufbewahrung von über drei Jahren für den Beschwerdeführer tatsächlich vorteilhafter sei als eine amtliche Verwertung.
b/aa) Das Schweizerische Strafregister ist ein elektronisches Informationssystem des Bundes, für das sich auch die Bezeichnung "VOSTRA" eingebürgert hat. Darin werden Personen aufgeführt, die im Gebiet der Eidgenossenschaft verurteilt worden sind, sowie im Ausland verurteilte Schweizer. Ins Register sind unter anderem die Urteile wegen Verbrechen und Vergehen aufzunehmen, sofern eine Strafe oder Massnahme ausgesprochen worden ist (Art. 366 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a StGB). Urteile, die eine Freiheitsstrafe enthalten, werden gemäss Art. 369 Abs. 1 StGB von Amtes wegen aus dem Register entfernt, wenn über die gerichtlich zugemessene Strafdauer hinaus folgende Fristen verstrichen sind: 20 Jahre bei einer Freiheitsstrafe von mindestens fünf Jahren; 15 Jahre bei einer Freiheitsstrafe von mindestens einem und weniger als fünf Jahren; zehn Jahre bei Freiheitsstrafen unter einem Jahr. Der Fristenlauf beginnt dabei mit dem Tag, an dem das Urteil rechtlich vollstreckbar wird (Art. 369 Abs. 6 StGB).
bb) Von der definitiven Entfernung der Urteilsdaten aus VOSTRA zu unterscheiden ist die Entfernung eines Urteils im Strafregisterauszug für Privatpersonen gemäss Art. 371 StGB. Obwohl die Daten dabei physisch noch im Zentralstrafregister erhalten bleiben und für alle Behörden mit einem gesetzlich definierten Zugangsrecht (vgl. Art. 367 StGB) einsehbar sind, darf sich die betreffende Person im privaten Verkehr oder bei Behörden, die kein Zugriffsrecht auf VOSTRA haben, als "nicht vorbestraft" bezeichnen, wenn sie einen "blanken" Privatauszug vorweisen kann (BBl 1999 2167; Gruber, Basler Kommentar zum Strafrecht, 2.Aufl., N 12 und 17 zu Art. 371).
Ein Urteil, das eine Strafe enthält, wird nicht mehr in den privaten Strafregisterauszug aufgenommen, wenn zwei Drittel der für die Entfernung nach Art. 369 StGB massgebenden Dauer abgelaufen sind (Art. 371 Abs. 3 StGB). Diese 2?3-Regel gilt aber nur dann, wenn der Auszug keine weiteren Urteile enthält, deren Frist noch nicht abgelaufen ist. Andernfalls verbleibt der frühere Eintrag so lange im Privatauszug, bis die Frist des späteren Urteils abgelaufen ist (vgl. Art. 371 Abs. 5 StGB). Sinn dieser Bestimmung ist es, bei Wiederholungstätern Auskunft über die ganze Deliktsvergangenheit zu erhalten (Gruber, a.a.O., N 59 zu Art. 371).
cc) Gemäss Ziff. 3 Abs. 1 SchlBest. StGB sind die Bestimmungen des neuen Rechts über das Strafregister (Art. 365-371) auch auf Urteile anwendbar, die auf Grund des bisherigen Rechts ergangen sind.
Nach aStGB wurde unter dem Begriff der Löschung die "teilweise Unsichtbarmachung" von Einträgen verstanden (vgl. Art. 41 Ziff. 4, 49 Ziff. 4, 80 und 99 aStGB). Diese gelöschten Einträge wurden in den privaten Strafregistereinträgen nicht mehr aufgeführt (vgl. Art. 363 Abs. 2 aStGB) und waren nur für einen beschränkten Kreis von Behörden einsehbar (vgl. Art. 363 Abs. 4 aStGB). Das neue Recht kennt die "Löschung" des Eintrages nicht mehr. Aufgrund der vorgehenden Ausführungen ergibt sich aus den neuen Bestimmungen jedoch klar, dass die altrechtliche Löschung nicht einer definitiven Entfernung (im Sinne einer physischen Abkoppelung der Daten) entspricht, sondern dem Nichterscheinen eines Eintrags auf dem privaten Strafregisterauszug, an den sich im vorliegenden Fall auch die Vorinstanz halten muss, weil sie zur Einsicht ins VOSTRA offenbar nicht berechtigt ist (vgl. auch Gruber, a.a.O., N 27 zu Art. 371).
Das heisst, dass die Einträge im Privatauszug des Beschwerdeführers nicht erst nach zehn Jahren "gelöscht" werden (vgl. Art. 369 Abs. 1 lit. c StGB), wie die Vorinstanz annimmt, sondern bereits mit Ablauf der Fristen gemäss Art. 371 Abs. 3-5 StGB nicht mehr auf dem Auszug erscheinen. Dieses Ergebnis deckt sich im Übrigen auch mit der Zielsetzung der Strafregisterrevision; strengere Löschungsvoraussetzungen als unter altem Recht würden das Interesse an einer erfolgreichen Resozialisierung untergraben.
c) Der Beschwerdeführer hat zwei Strafen verwirkt: Am 16. August 2001 verhängte das Amtsstatthalteramt Luzern eine Strafe von 14 Tagen Gefängnis und einer Busse von Fr. 2000.- wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand, und am 20. Oktober 2003 wurde der Beschwerdeführer wegen des gleichen Delikts zu zehn Tagen Gefängnis und einer Busse von Fr. 1000.- verurteilt.
Diese beiden Strafen wurden im Zentralregister eingetragen. Da der Beschwerdeführer wiederholt ein Vergehen begangen hat, werden beide Einträge erst dann nicht mehr im Privatstrafregister erscheinen, wenn die Frist für das zeitlich spätere Urteil nach Art. 371 Abs. 3 StGB abgelaufen ist (vgl. Art. 371 Abs. 5 StGB). Das Urteil vom 20. Oktober 2003 wird zehn Jahre nach der gerichtlich zugemessenen Strafdauer von zehn Tagen aus dem Zentralstrafregister VOSTRA entfernt (vgl. Art. 369 Abs. 1 lit. c StGB), somit ca. Ende Oktober 2013. In den Privatregisterauszug wird es bereits nach 2?3 dieser Dauer nicht mehr aufgenommen, das heisst nach rund 61?2 Jahren. Die beiden Einträge zu Lasten des Beschwerdeführers werden daher bereits ab Frühsommer 2010 im Sinne von Art. 8 Abs. 2 lit. d WG "gelöscht" sein. Doch auch dieser Zeitraum dauert offensichtlich zu lange, um eine Aufbewahrungspflicht der Vorinstanz zu bejahen, zumal diese mit einem grossen logistischen und administrativen Aufwand verbunden wäre: Sichergestellte und vorläufig beschlagnahmte Waffen und andere unter das Waffenrecht fallende Gegenstände müssen besonders gesichert und geschützt vor dem Zugang von Unbefugten in den Lagerstellen der Kantonspolizei aufbewahrt werden. Im Übrigen wäre auch nicht einzusehen, weshalb der Eigentümer beschlagnahmter Waffen, die ihm aufgrund eigenen Verschuldens für geraume Zeit nicht zurückgegeben werden können, privilegierter behandelt werden sollte als der Eigentümer eines Fundes, den die Polizei in der Regel bereits nach einem Jahr der Aufbewahrung amtlich verwertet und den Erlös an die Stelle der Sache treten lässt (vgl. Art. 721 Abs. 2 ZGB).