Aus den Erwägungen:
1.- Angefochten ist die verfügte Auflösung des Arbeitsverhältnisses. Nach § 70 Abs. 1 PG führt der Rechtsweg gegen derartige personalrechtliche Entscheide direkt an das Verwaltungsgericht.
Hält das Verwaltungsgericht den angefochtenen Entscheid für rechtswidrig, erlässt es einen entsprechenden Feststellungsentscheid (§ 72 Abs. 1 PG). Ändert die zuständige Behörde hierauf ihren Entscheid nicht, hat der Betroffene Anspruch auf Schadenersatz (§ 72 Abs. 2 PG; vgl. dazu LGVE 2006 II Nr. 4).
Als einzige Beschwerdeinstanz überprüft das Verwaltungsgericht auch die Angemessenheit (vgl. § 70 Abs. 1 PG; § 161a VRG). Dabei wird es funktionsgemäss eine vertretbare Ermessensausübung nie durch seine eigene ersetzen.
2.- Gemäss § 21 PG wird das Arbeitsverhältnis unter Einhaltung der vorgeschriebenen Fristen und Termine aufgelöst oder umgestaltet, wenn der Angestellte wegen Krankheit oder Unfall dauernd ausserstande ist, die Dienstpflicht zu erfüllen (Abs. 1). Die volle oder ganze Arbeitsunfähigkeit gilt als dauernd, wenn die zuständige Behörde, gestützt auf ein Gutachten des Vertrauensarztes des Gemeinwesens sie so beurteilt oder wenn sie länger als zwölf Monate dauert. Die zuständige Behörde kann die Frist in Ausnahmefällen verlängern (Abs. 2).
Die angefochtene Beendigung des Arbeitsverhältnisses stützt sich auf diese Bestimmung. Der Beschwerdeführer stellt seine dauernde Arbeitsunfähigkeit nicht in Abrede. Ebenso wenig macht er geltend, dass die vorgeschriebenen Fristen oder Termine nicht eingehalten worden seien. Indes wirft er der Vorinstanz im Wesentlichen vor, sich rechtsmissbräuchlich auf den besagten Entlassungsgrund zu berufen und insbesondere ihre Fürsorgepflicht als Arbeitgeberin verletzt zu haben. Es könne nicht angehen, dass die öffentliche Hand durch gesetzwidriges Verhalten eine dauernde Arbeitsunfähigkeit ihres Angestellten herbeiführe, um sich seiner unter Berufung auf eben diese Arbeitsunfähigkeit zu entledigen.
3.- a) Der Einwand des Rechtsmissbrauchs wird im Verwaltungsrecht grundsätzlich zugelassen und dies auch gegenüber behördlichem Handeln (Tschannen/Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl., Bern 2005, Rz. 21 zu § 22). Rechtsmissbrauch liegt namentlich dann vor, wenn ein Rechtsinstitut zweckwidrig zur Verwirklichung von Interessen verwendet wird, die dieses Institut nicht schützen will (Häfelin/Müller/Uhlmann, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 5. Aufl., Zürich 2006, Rz. 716 mit Hinweisen auf die Rechtsprechung).
Das Rechtsmissbrauchsverbot leitet sich im öffentlichen Recht aus dem Grundsatz von Treu und Glauben ab (Art. 5 Abs. 3 BV), indem es als Teilgehalt davon gilt oder zumindest in engem Bezug dazu zu behandeln ist. Verwiesen wird zudem auf den Vertrauensschutz (Art. 9 BV) sowie auf den allgemeinen Gleichheitssatz (Art. 8 Abs. 1 BV), mithin auf Normen, die allesamt in Verfassungsrang stehen (vgl. zum Ganzen: Gächter, Rechtsmissbrauch im öffentlichen Recht, Zürich 2005, S. 183 ff.). Diese übergesetzliche Verankerung legt auf Anhieb den Schluss nahe, dass das Rechtsmissbrauchsverbot auch in Bezug auf § 21 PG Wirksamkeit zu entfalten vermag. Mit Blick auf die praktischen Folgen hält ein solcher Schluss - wie im Folgenden zu zeigen ist - freilich nicht stand.
b) Das Personalgesetz unterscheidet in § 15 ff. für das Arbeitsverhältnis zwischen verschiedenen Beendigungsarten. An erster Stelle wird die Kündigung genannt, die sowohl durch den Arbeitnehmer als auch durch die Arbeitgeberin ausgesprochen werden kann, durch diese in Form eines anfechtbaren Entscheides (§§ 15 lit. a, 17 PG). Die Gründe, die Anlass zur Kündigung geben, werden im Wesentlichen in § 18 PG aufgezählt (LGVE 2004 II Nr. 4 Erw. 2b/aa mit Hinweisen). Ein Sonderfall stellt die fristlose Auflösung dar, die wegen ihrer besonderen Folgen eigens normiert (§ 19 PG) und auch im Rahmen von § 15 lit. c PG speziell genannt wird. Die gesetzliche Umschreibung all dieser Beendigungsgründe stimmt darin überein, dass das Gemeinwesen gegebenenfalls das Arbeitsverhältnis auflösen kann. Dieses Können steht zum einen für die Befugnis oder die Kompetenz der zuständigen Behörde; zum andern klingt darin das damit einhergehende Ermessen in Form von Entschliessungsermessen an. Davon unterscheidet sich der Beendigungsgrund bei dauernder Arbeitsunfähigkeit gemäss § 21 PG. Sobald diese Voraussetzung eintritt, was nach entsprechender vertrauensärztlicher Feststellung oder nach Ablauf von mindestens zwölf Monaten der Fall ist, gilt das Arbeitsverhältnis als aufgelöst. Auch dafür braucht es einen Entscheid, doch bleibt hier in Bezug auf die Rechtsfolge nur insofern Gestaltungs- oder Ermessensspielraum, als die Frist bis zur Annahme dauernder Arbeitsunfähigkeit in Ausnahmefällen verlängert oder anstelle der Auflösung, zumal mit Blick auf die verhältnismässige Rechtsanwendung, auch die Umgestaltung des Arbeitsverhältnisses angeordnet werden kann. Für die Anwendung des Rechtsmissbrauchsverbotes bleibt hier mangels reeller Handlungsalternativen kein Raum (vgl. Gächter, a.a.O., S. 185). Nicht zuletzt mit Blick auf das Ergebnis, das bei Annahme von Rechtsmissbrauch erzielbar wäre, drängt sich die Zulassung dieses Einwandes in Zusammenhang mit § 21 PG nicht auf. Denn bei Annahme dauernder Arbeitsunfähigkeit muss das Dienstverhältnis beendet werden können, da eine Rückkehr des betroffenen Arbeitnehmers an die bisherige Stelle wegen der fehlenden Einsetzbarkeit ausser Betracht fällt. Selbst wenn das Verwaltungsgericht im Rahmen von § 72 Abs. 1 PG einen entsprechenden Feststellungsentscheid fällen würde, bliebe der zuständigen Behörde daher in aller Regel die Möglichkeit verwehrt, ihren Entscheid über die Beendigung des Arbeitsverhältnisses zu ändern. Die in § 72 Abs. 2 PG vorgesehene Schadenersatzfolge steht diesem Ergebnis nicht im Wege. Denn bei Auflösung des Arbeitsverhältnisses zufolge dauernder Arbeitsunfähigkeit wird die Besoldungsfortzahlung (§ 23 PV) ohnehin durch einen gleichwertigen Ersatzanspruch abgelöst (§ 24 PV). Und soweit Ansprüche auf weitergehenden Schadenersatz oder Genugtuung geltend gemacht würden, wäre dafür ohnehin der Weg der Staatshaftung zu beschreiten.
c) Demnach dringt der Beschwerdeführer mit seiner Berufung auf das Rechtsmissbrauchsverbot nicht durch. Dass die Annahme dauernder Arbeitsunfähigkeit in seinem Falle im Lichte von § 21 Abs. 2 PG zu früh oder vorschnell getroffen worden wäre, macht er - wie gesagt - nicht geltend und ist auch nicht zu ersehen. Ebenso wenig wendet er ein, dass das Arbeitsverhältnis, statt es aufzulösen, umzugestalten gewesen wäre. Darum ist dem Beschwerdeführer insoweit nicht zu folgen und die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen, soweit darin die Feststellung der Widerrechtlichkeit der Beendigung des Arbeitsverhältnisses beantragt wird.
4.- a) Damit kann es indes nicht sein Bewenden haben: Der Beendigung des Arbeitsverhältnisses ging ein Verfahren voraus, dessen Rechtmässigkeit vom Verwaltungsgericht überprüft werden kann, auch wenn das Verfahrensergebnis seinerseits nicht mehr in Frage zu stellen ist. Denn es besteht ein notwendiger Sachzusammenhang zwischen dem angefochtenen Entscheid und dem vorausgegangenen Verfahren, sodass eine solche Prüfung möglich sein muss. Nur schon mit Blick auf die Verlegung der Kosten, die bei groben Verfahrensmängeln auch zu Lasten der Gemeinde ausfallen kann (vgl. §§ 199 Abs. 3 und 201 Abs. 2 VRG), scheint dies unerlässlich. Davon abgesehen muss vermieden werden, dass dem Beschwerdeführer zufolge Rechtskraftprinzips in einem allfälligen späteren Staatshaftungsprozess Nachteile erwachsen können (vgl. § 4 Abs. 1 und Abs. 2 Satz 2 HG; vgl. BGE 123 II 582 Erw. 4d/dd sowie Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 2263).
b) Wie bereits erwogen, ist die Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers hier nicht weiter zu hinterfragen. Da zudem der Einwand des Rechtsmissbrauchs auf sich beruhen kann, muss auch der Frage nicht weiter nachgegangen werden, worin diese Arbeitsunfähigkeit im Einzelnen gründet. Ohne dies im Einzelnen zu diskutieren, kann immerhin festgehalten werden, dass aufgrund der verfügbaren ärztlichen Verlautbarungen der Schluss nahe liegt, die Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers gründe zu einem wesentlichen Teil im Vorwurf der sexuellen Belästigung dreier Schülerinnen, der im (¿) gegen ihn laut geworden ist, sowie in der Art und Weise, wie die verantwortlichen Stellen damit umgegangen sind. Die aufgelegten ärztlichen Bescheinigungen (...) lassen in dieser Hinsicht keine ernsthaften Zweifel offen. (...)
5.- Bevor auf das vorinstanzliche Verfahren näher eingegangen wird, seien einige Ausführungen grundsätzlicher Art voran gestellt:
a) Zunächst gilt es die besondere Situation des Beschwerdeführers als Lehrer zu beleuchten: Einerseits steht er wegen seines Berufes in grosser Verantwortung gegenüber den ihm anvertrauten Lernenden und ihren Erziehungsberechtigten. Ohne hier in die Einzelheiten zu gehen, wie sie nicht nur in der pädagogischen Fachliteratur, sondern gleichermassen in der Volksschulbildungsgesetzgebung ihren Niederschlag gefunden haben, kann in aller Kürze festgehalten werden: Als Lehrer muss er sich in fachlicher wie in menschlicher Hinsicht als uneingeschränkt vertrauenswürdig erweisen. Ohne vertrauenswürdige Lehrperson(en) gibt es keine vertrauenswürdige Schule. Und ohne Vertrauen fehlt es der Schule an einer ihrer wesentlichsten Grundvoraussetzungen überhaupt.
Auf der anderen Seite ist der Beschwerdeführer als Lehrer auch Angestellter des Gemeinwesens. Im Rahmen eines öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisses steht er zum Gemeinwesen in einer besonders engen Rechtsbeziehung ("Sonderstatusverhältnis"), die sich durch eine entsprechende Treuepflicht des Angestellten auszeichnet (§§ 50 ff. PG). Im Gegenzug entfällt auf das Gemeinwesen die Pflicht, die Würde und die Persönlichkeit der Angestellten zu achten und zu schützen und auf deren Gesundheit gebührend Rücksicht zu nehmen (§ 30 PG; vgl. ferner die personalpolitischen Grundsätze in § 3 Abs. 2 lit. g PG sowie Art. 6 i.V.m. Art. 3a ArG). Diese Fürsorgepflicht des Arbeitgebers findet sich im privaten wie im öffentlichen Arbeitsrecht gleichermassen verankert, wobei dahin stehen kann, ob ihr Inhalt hier wie dort deckungsgleich ist (zur Herleitung der Fürsorgepflicht im Übrigen Urteil V 02 220 vom 17.6.2004, Erw. 4; BG-Urteil 2C.2/2000 vom 4.4.2003, Erw. 2.3).
Eine Fürsorgepflicht trifft im vorliegenden Fall das Gemeinwesen indes nicht nur hinsichtlich des Beschwerdeführers, sondern gleichermassen gegenüber dessen Schülerinnen, die ihm - in Wahrnehmung einer öffentlichen Aufgabe - als Lernende anvertraut waren.
b) Näher einzugehen ist des Weitern auf den Begriff der "sexuellen Belästigung". Trotz seiner fehlenden Schärfe hat er Eingang in die Rechtsordnung gefunden: Verwiesen sei auf Art. 198 Abs. 2 StGB, wonach im Sinne einer Übertretung auf Antrag mit Busse bestraft wird, wer jemanden tätlich oder in grober Weise durch Worte sexuell belästigt. Spezifischer in Beziehung zum Arbeitsleben steht sodann Art. 4 GlG. Darin wird unter anderem jedes belästigende Verhalten sexueller Natur, das die Würde von Frauen und Männern am Arbeitsplatz beeinträchtigt, als diskriminierend qualifiziert. Darunter fallen nach dem Gesetzestext insbesondere Drohungen, das Versprechen von Vorteilen, das Auferlegen von Zwang und das Ausüben von Druck zum Erlangen eines Entgegenkommens sexueller Art. Im Schrifttum werden ferner beispielhaft aufgezählt: Bemerkungen über körperliche Vorzüge oder Schwächen, obszöne, sexistische Redensweise (Witze, Hinweise, Ausdrücke), anstarren, pfeifen, taxierende Blicke, unerwünschte Annäherungen, Gesten und Zudringlichkeiten (körperliche Kontakte, Berührungen, mündliche und schriftliche Einladungen mit entsprechenden Absichten, Aufforderungen zu sexuellen Behandlungen) usw. (Kaufmann, in: Bigler-Eggenberger/ Kaufmann (Hrsg.), Kommentar zum GlG, Basel 1997, N 27 zu Art. 4). Speziell auf Jugendliche zugeschnitten ist sodann eine Bestimmung des Arbeitsgesetzes, die den Arbeitgeber dazu verhält, Jugendliche vor schlechten Einflüssen im Betrieb zu bewahren (Art. 29 Abs. 2 ArG). Die Deutschschweizerische Berufsbildungsämter-Konferenz (DBK) hat in diesem Kontext ein Merkblatt herausgegeben (Sammlung "Gleiche Chancen und korrekter Umgang", in: http://www.dbk.ch/download/mb/mb209.pdf). Nach dem allgemeinen Hinweis, dass die Erscheinungsformen von subtilen Verhaltensweisen bis hin zu strafrechtlich relevanten Tatbeständen reichen, folgt eine erläuternde Aufzählung, die von anzüglichen und peinlichen Bemerkungen über das Äussere, herabwürdigenden Blicken und Gesten über unerwünschte Körperkontakte und aufdringliches Verhalten, sexistische Mails, Annäherungsversuche bis hin zu körperlichen Übergriffen, Nötigung und Vergewaltigung reicht.
c) Bereits dieser Überblick zeigt, dass der Begriff der sexuellen Belästigung selbst im rechtlichen Kontext mannigfaltige Erscheinungsformen abdeckt. Gerade in Bezug zum Arbeitsalltag werden ihm Verhaltensweisen zugeordnet, die in verschiedener Hinsicht deutlich über die Grenzen des Straftatbestandes des Art. 198 Abs. 2 StGB hinaus gehen: Zum einen handelt es sich um Handlungen, die wohl die Persönlichkeitsrechte der Betroffenen tangieren mögen, die aber ausserhalb jeder Strafbarkeit liegen und die - je nach Betrachter - als mehr oder weniger problematisch empfunden werden. Auf der andern Seite fallen ebenso Verhaltensweisen darunter, die bis hin zur sexuellen Nötigung und Vergewaltigung reichen, mithin schwere Delikte aus der Kategorie der Verbrechen.
Diese weite Spanne zeigt, dass der Begriff der sexuellen Belästigung für sich wenig aussagekräftig ist. Gerade wegen des Mangels an Konturen und seines vielfältigen Anwendungsbereichs, der vom (lüsternen) Blick bis hin zur Vergewaltigung reicht, bedarf es darum in jedem Fall der näheren Spezifikation und der sorgfältigen Abklärung. Anderseits geht es vor allem beim Schutz von Kindern und Jugendlichen vor sexueller Belästigung um ein unbestreitbar wichtiges Anliegen. Ganz besonders im Stadium der Pubertät, wo die Heranwachsenden ein Bewusstsein ihrer eigenen Sexualität entwickeln, schärft sich ihre Wahrnehmung in solchen Belangen. Schwierig wird es dabei namentlich dort, wo Verhaltensweisen und Äusserungen, denen ihr Urheber zumindest willentlich keinen sexuellen Bezug beimisst, auf Seiten der Adressaten in eben diesen Kontext gestellt werden. Derlei mag gerade im Grenzbereich, am Rande zu den subtileren Formen sexueller Belästigung, ausserhalb jeglicher strafrechtlichen Relevanz von beiden Seiten durchaus in guten Treuen gemäss der je eigenen Wahrnehmung empfunden werden. Auch und gerade in solchen Fällen ist es ganz wichtig, dass das Vorgefallene mit besonderer Sorgfalt geklärt wird. Denn bei allem Verständnis für den Schutzbedarf, wie er im Subordinationsverhältnis generell und gerade bei minderjährigen Anvertrauten besonders ausgeprägt besteht: Die Gefahr, dass hier vorschnell und über Gebühr unspezifizierte Verdächtigungen ausgestossen oder unangemessene Sanktionen verhängt werden, ist gross. Und was ein solcher Vorwurf gerade für eine Lehrperson bedeutet, bedarf keiner weiteren Ausführung. Auch das vorerwähnte Merkblatt hält darum bereits auf der ersten Seite fest, dass auch die der Belästigung verdächtigte Person zu schützen sei.
6.- Nach diesen Ausführungen ist das Vorgefallene gemäss Aktenlage zu würdigen: (...)
7.- (...)
8.- (...)
9.- Im Sinne einer abschliessenden Würdigung ergibt sich Folgendes: Unter Berücksichtigung der Befragungsprotokolle kann festgehalten werden, dass der Beschwerdeführer durch sein eigenes Verhalten Anlass zu Verdacht auf sexuelle Belästigung und zu weiteren Abklärungen gesetzt hat. Dass diese Verdachtslage bestand, lässt sich nicht übersehen. Die Einwände, die dagegen erhoben wurden, waren indes ernst zu nehmen und hätten weitere Abklärungen und Befragungen bedingt. Ohne solche hätte es gemäss § 18 PG für eine Entlassung des Beschwerdeführers nicht ausgereicht. Der Beschwerdeführer seinerseits hat Bereitschaft bekundet, an der Erhebung des Sachverhaltes mitzuwirken. Indem nun aber die Vorinstanz von solchen Weiterungen abgesehen und gleichzeitig ihre Gewissheit von der Berechtigung der Vorwürfe bekräftigt hat, hat sie die Persönlichkeitsrechte des Beschwerdeführers verletzt und ihrer Fürsorgepflicht nicht genügt. Letzterer kommt namentlich mit Blick auf die sehr lange Dauer des Arbeitsverhältnisses im vorliegenden Fall besondere Bedeutung zu.
10.- Der Beschwerdeführer dringt mit seiner Verwaltungsgerichtsbeschwerde im Ergebnis nicht durch. Dennoch lassen sich im Rahmen des Gerichtsverfahrens erhebliche Versäumnisse der Vorinstanz feststellen. Deshalb rechtfertigt es sich, aus besonderen Gründen von einer Kostenauflage zu Lasten des Beschwerdeführers abzusehen (§ 200 VRG).
Der Vorinstanz sind in Bezug auf die Verfahrensweise grobe Fehler sowie eine Verletzung der Fürsorgepflicht anzulasten. Die Einreichung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde hat daher nahe gelegen. Unter diesen Umständen scheint es gerechtfertigt, dem Beschwerdeführer zu Lasten der Gemeinde X eine pauschale Parteientschädigung zuzusprechen (§ 201 Abs. 2 VRG).
Das Bundesgericht hat die gegen diesen Entscheid eingereichte Beschwerde am 18. März 2009 abgewiesen.