Aus den Erwägungen:
aa) § 138 PBG handelt von der Berechnung der Anzahl Vollgeschosse. Abs. 1 regelt zunächst, wann ein sichtbares Untergeschoss als Vollgeschoss zu gelten hat (ab einer Sichtbarkeit seiner Fassaden von mehr als zwei Dritteln). Nach Abs. 2 schliesslich kann das oberste Geschoss dann als Dach- oder Attikageschoss gelten, wenn seine nutzbare Fläche nicht mehr als zwei Drittel der Grundfläche des darunterliegenden Vollgeschosses beträgt. Offensichtlich wollte man mit § 138 Abs. 1 und 2 PBG eine Unterscheidung zwischen Vollgeschossen und anderen Geschossarten schaffen. Ansonsten würde es keinen Sinn ergeben, dass die verschiedenen Geschossarten sowie ihre maximal zulässige Sichtbarkeit bzw. Fläche explizit definiert wurden. Wesentliches Kriterium für die Bestimmung der "Geschossart" ist dabei - wie dem Gesetzestext zu entnehmen ist - dessen optische Erscheinung. Die Regelung der Untergeschosse in Abs. 1 nennt das Mass der Sichtbarkeit ausdrücklich als ausschlaggebendes Kriterium. Entsprechend kann die Begrenzung in Abs. 2 auf zwei Drittel der nutzbaren Fläche des darunterliegenden Geschosses nur so verstanden werden, als damit verhindert werden soll, dass die für den Betrachter wahrnehmbare Volumetrie eines Dach- oder Attikageschosses jener eines Vollgeschosses gleichkommt. Derlei lässt sich aber nur sicherstellen, wenn sich die gesetzlich vorgeschriebene "Freifläche", d.h. mindestens ein Drittel der Grundfläche des darunterliegenden Geschosses, im Aussenbereich bzw. an einem oder mehreren Geschossrändern befindet. Denn ob ein Baukörper als Attikageschoss im Rechtssinne gilt, beurteilt sich nach der baulichen Erscheinung. Nur mit einer Rückversetzung der Fassade an einem oder mehreren Geschossrändern (Schaffung der Freifläche im Aussenbereich) wird eine bauliche Unterordnung im Vergleich zum Vollgeschoss erreicht. Ausschlaggebend ist letztlich die optische Wirkung. Kein Attikageschoss im Sinne des Gesetzes liegt folglich vor, wenn die Freifläche in Form eines Innenhofes realisiert wird und die nutzbaren Flächen bis an den Geschossrand reichen, so dass die Fassaden des Attikageschosses mit jenen des darunterliegenden Vollgeschosses bündig sind. Doch auch das vorliegend geplante Geschoss, welches zwischen zwei Gebäudeblöcken projektiert ist und zudem überdeckt sowie auf einer Seite mit einer Balkonbrüstung abgeschlossen werden soll, kommt in seiner optischen Wirkung einem Vollgeschoss gleich. Dies umso mehr, als der überdachte Zwischenraum im Verhältnis zu den seitlichen Gebäudeblöcken schmal ausgestaltet ist. Nachdem die ausdrückliche Regelung der verschiedenen Geschossarten gerade eine solche Wirkung vermeiden will, lässt sich das projektierte Attikageschoss nicht mit dem Sinn und Zweck von § 138 Abs. 2 PBG vereinbaren. Damit soll aber freilich die Möglichkeit der - zumindest teilweisen - Überdachung der Freifläche nicht generell ausgeschlossen werden. Massgebend ist auch in diesem Zusammenhang wiederum die optische Wirkung: Vordächer sind schmale, nur in der Horizontalen wirkende offene Bauteile, die keine Fassadenwirkung erzielen. Eben diese Anforderung wird mit der vorliegend projektierten Überdachung indessen nicht erfüllt.
Dass ein Attikageschoss nicht wie ein Vollgeschoss in Erscheinung treten soll, geht im Übrigen auch aus den entsprechenden gesetzlichen Regelungen anderer Kantone hervor. So sind beispielsweise in den Kantonen Zürich und St. Gallen Attikageschosse zulässig, sofern sie allseits unter einem Winkel von 45° vom Schnittpunkt der Fassadenflucht mit der Dachhaut des Flachdaches als Attikageschoss über dem obersten Vollgeschoss zurückliegen (vgl. Heer, St. Gallisches Bau- und Planungsrecht, Bern 2003, Rz 693). § 16a Abs. 1 der Verordnung zum Baugesetz des Kantons Aargau sodann definiert das Attikageschoss als ein auf Flachdachbauten aufgesetztes, verkleinertes Geschoss, dessen Grundfläche höchstens einem Geschoss entsprechen darf, das auf den Längsseiten um das Mass seiner Höhe von der Fassade zurückversetzt ist.
bb) Anhaltspunkte dafür, dass dieses Ergebnis der teleologischen Auslegung dem gesetzgeberischen Willen entspricht, finden sich denn auch in den Gesetzesmaterialien. Zwar haben keine exakten Vorgaben bezüglich der Anordnung der vorgeschriebenen Freifläche im Attikageschoss Eingang in den Gesetzestext gefunden. Ebenso wenig wurde die Problematik in den parlamentarischen Beratungen speziell thematisiert; zumindest enthalten die entsprechenden Verhandlungsprotokolle des Grossen Rates nichts Dahingehendes. Die Kommissionsprotokolle deuten aber darauf hin, dass das Ergebnis der in Erwägung 3d/aa vorgenommenen teleologischen Auslegung der Absicht des Gesetzgebers Rechnung trägt. Gemäss ursprünglichem Vorschlag des Baudepartementes hätte § 138 Abs. 2 PBG wie folgt lauten sollen: "(¿). Das Attikageschoss ist auf allen Seiten um mindestens 1 m von der Fassade zurückzusetzen." Im Rahmen der Beratungen wurde dann allerdings beantragt, eine Rückversetzung auf nur drei oder aber zwei Seiten vorzuschreiben. Letztlich liess man die Statuierung einer Rückversetzung jedoch generell fallen, obwohl einige Kommissionsmitglieder befanden, eine gesetzliche Regelung der zulässigen Gestaltung wäre vorteilhaft. Es sei gefährlich, die Lösung der Praxis zu überlassen. Ein Kommissionsmitglied meinte indessen, eine allseitige Rückversetzung sehe nicht in allen Fällen ästhetisch aus. Es sollte die Möglichkeit bestehen, das Attikageschoss an einen Fassadenrand zu bauen, um auf der anderen Seite mehr Platz zu haben (vgl. Protokolle der Kommissionssitzungen der 2. Lesung zum PBG vom 16.6.1988, S. 47ff. sowie 7.7.1988, S. 32). Folglich gingen selbst jene Beteiligten, welche sich gegen eine massliche und örtliche Festlegung der Rückversetzung im Gesetz aussprachen, davon aus, dass sich die Freifläche auf jeden Fall am Geschossrand und nicht in der Mitte des Attikageschosses befinden soll.
e) Im Ergebnis zielt die kantonale Rechtsordnung damit auf eine Architektur der Attikageschosse, welche dieselben nicht als Vollgeschosse erscheinen lässt. Mit diesem Verständnis von § 138 Abs. 2 PBG ist Art. 42 Abs. 1 lit. c des Bau- und Zonenreglementes der Gemeinde Z vom 12. Juni 1994 / 31. Oktober 1995 (BZR) denn auch durchwegs vereinbar, weshalb gegen diese BZR-Norm grundsätzlich nichts einzuwenden ist. Indessen besteht eine Reihe weiterer Bau- und Zonenreglemente anderer Luzerner Gemeinden, die nicht explizit definieren, wo die Flächenreduktion der Attikageschosse anzusiedeln ist (vgl. z.B. § 30a Abs. 2 Bau- und Zonenreglement der Gemeinde Y vom 1.12.1996 / 29.4.1997). Künftig wird jedoch auch in diesen Gemeinden gelten, dass die freien Flächen im Attikageschoss an einem oder mehreren Geschossrändern zu platzieren sind, wenn auch nicht zwingend auf einer ganzen Gebäudeseite. Unproblematisch ist immerhin der vom Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement (BUWD) in seinem Amtsbericht geschilderte Fall, wo die Flächenreduktion lediglich auf einer Fassadenseite vorgenommen und so eine Terrasse errichtet wird. Denn bei dieser Konstellation erscheint das Attikageschoss nicht von drei Seiten als Vollgeschoss, ist es doch dann um das Mass der Rückversetzung, welche diesfalls der gesetzlich vorgeschriebenen Flächenreduktion entspricht, auch im Bereich der beiden seitlichen Fassaden weniger voluminös. Handelt es sich indessen um Fälle, in denen - wie hier geplant - die Flächenreduktion in Form überdeckter Zwischenbereiche vorgenommen werden soll und das Attikageschoss optisch wie ein Vollgeschoss wirkt, sind diese nach obiger Rechtsauffassung als rechtswidrig zu bewerten. Ein solches Verständnis von § 138 Abs. 2 PBG drängt sich nach den dargelegten Erwägungen auf. Eine allfällige andere Auslegungspraxis gewisser Gemeinden liesse sich nicht weiter halten. Mit diesem Entscheid geht denn auch nicht eine unhaltbare Rechtsunsicherheit bzw. eine Beeinträchtigung privater Interessen einher, welche das öffentliche Interesse an einer sachgerechten Auslegung der geltenden Rechtsordnung überwiegen würden. Vielmehr wurde, wie erwähnt, seitens des Gerichts bis anhin nie eine dem vorliegenden Urteil widersprechende Vertrauensgrundlage geschaffen, zumal es sich um die erstmalige gerichtliche Beurteilung dieser Sachlage handelt. Es verhält sich auch nicht so, dass infolge dieses Entscheids das Bauvorhaben Z nicht mehr sinnvoll realisiert werden kann.
In diesem Sinne wird die vorgesehene Gestaltung des Attikageschosses nicht bewilligt. Der Bereich mit der Flächenreduktion im Attikageschoss ist an einem bzw. mehreren Geschossrändern anzusiedeln. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.
Der ungekürzte Sachverhalt und weitere Erwägungen sind unter der Fallnummer V 08 230 zu finden.