Sachverhalt:
Mit Entscheid vom 3. September 2008 erteilte der Stadtrat von Luzern der A AG eine Baubewilligung für den Neubau von Mehrfamilienhäusern und einer Einstellhalle mit Erschliessungsanlagen in einem Viereck, begrenzt durch die Bürgenstrasse, Cécile-Lauber-Gasse und Landenbergstrasse (Baufeld 3). Das Bauvorhaben soll auf die Grundstücke Nrn. w, x, y und z zu stehen kommen. Die Mehrfamilienhäuser sehen entlang der Cécile-Lauber-Gasse und der Landenbergstrasse einen Winkelbau vor mit 6 (Trakt A entlang Cécile-Lauber-Gasse) bzw. 4 (Trakt B Landenbergstrasse) Vollgeschossen. Trakt C (zwischen der Johanna-Hodel-Gasse und dem südöstlichen Teil der Bürgenstrasse) weist wiederum 6 Vollgeschosse auf, Trakt D (entlang der Bürgenstrasse) 4 Vollgeschosse. Auf allen Trakten sind Attikageschosse geplant, auf den Attikawohnungen der 6-geschossigen Bauten zusätzliche Dachaufbauten. Gegen diesen Entscheid liessen 25 Personen und Stockwerkeigentümergemeinschaften Verwaltungsgerichtsbeschwerde einreichen. Das Gericht heisst die Beschwerden teilweise gut, weist sie im Übrigen ab, soweit es darauf eintritt.
Aus den Erwägungen:
1.- a) - d) (Prozessuales)
2.- a) Die Beschwerdeführer setzen sich in erster Linie gegen das geplante Attikageschoss auf dem ihren Liegenschaften gegenüberliegenden 4-geschossigen Trakt B zur Wehr. Die Vorschriften zum Bebauungsplan B 132 Tribschen-Bahnhof sähen für die 4-geschossigen Bauten kein Attikageschoss vor. Die Bauvorschriften verwiesen bezüglich der zulässigen Geschosse ausdrücklich auf die Eintragung im Plan und dort seien nur für die 6-geschossigen Bauten Attikageschosse vorgesehen, nicht aber für die 4-geschossigen Gebäude. Diese Regelung sei unmissverständlich und lasse sich auch nicht mit dem Hinweis auf Ziffer 6 der Bauvorschriften umstossen. Soweit die Vorinstanz eine Ausnahmebewilligung erteilt habe, habe sie die erforderliche Interessenabwägung nicht vorgenommen. Überdies sei eine Ausnahme sachlich nicht gerechtfertigt, namentlich nicht mit dem Hinweis auf eine einheitliche Gestaltung. Die Beschwerdeführer würden durch dieses Attikageschoss bezüglich der Belichtung und Besonnung, aber auch hinsichtlich der Aussicht auf den Pilatus erheblich beeinträchtigt.
Die Vorinstanz verweist auf Ziffer 6 der Bauvorschriften zum Bebauungsplan B 132. Danach sind in der (hier massgeblichen) Wohnzone 2 die Attikageschosse und Aufbauten in ihrer Fläche beschränkt; bei den 5- und 6-geschossigen Bauten auf 1/2, bei den übrigen Bauten auf 1/5 der darunterliegenden Vollgeschossfläche. Im Bebauungsplan B 132 gebe es nur eine einzige Wohnzone 2, welche neben den 6-geschossigen nur 4-geschossige Bauten zulasse. Wenn daher auf den 4-geschossigen Bauten keine Attikageschosse zulässig wären, hätte sich die Regelung erübrigt, dass auf den übrigen Bauten 20 % Attikafläche erstellt werden könne. Im Übrigen sehe das architektonische Gesamtkonzept der Tribschenstadt vor, dass das Quartier mit seinen verschiedenen Baufeldern u.a. durch ihre Bauvolumen und Strassenräume eine neue städtebauliche Struktur bilde. Dabei sollten die Volumen untereinander verwandt in Erscheinung treten. Für eine optimale Eingliederung sei es daher unabdingbar, dass auf den 4-geschossigen Bauschenkeln des Baufeldes 3 auch Attikageschosse realisiert würden. Sollte diese Auslegung nicht geteilt werden, habe der Stadtrat eine Ausnahmebewilligung erteilt, die sich auf § 37 Abs. 1 PBG und Ziff. 11 der Bauvorschriften zum Bebauungsplan stütze. Dafür spreche ein wesentliches öffentliches Interesse an einer optimalen Eingliederung. Die privaten Interessen der Nachbarn seien nicht beeinträchtigt. Deren Gebäude liege in einer Entfernung von 22.5 m, weshalb eine optimale Besonnung gewährleistet sei. Die Aussicht auf den Pilatus verschaffe keine Rechte und könne nicht geschützt werden.
b) Zunächst ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführer ausdrücklich nur das Attikageschoss auf dem 4-geschossigen Trakt B bemängeln. Das Attikageschoss auf dem 4-geschossigen Trakt D wird nicht angesprochen. Dieser liegt denn auch hinter dem Trakt B in einer Entfernung von über 80 m zu den Liegenschaften der Beschwerdeführer, weshalb die Beschwerdelegitimation bezüglich Trakt D sowieso fraglich wäre. Dieser ist somit auch nicht Streitgegenstand. Bezüglich des Attikageschosses auf Trakt B ist indessen die Legitimation der Beschwerdeführer ohne Zweifel gegeben. Dieser liegt unmittelbar südwestlich ihrer Liegenschaften in einer Entfernung von ca. 22.5 m. Zwar ist im Einzelnen nicht geprüft worden, welche Beschwerdeführer Eigentümer welcher Stockwerkeigentumsanteile sind. Es dürften, wie bereits erwähnt, nicht alle in gleicher Weise betroffen sein. Vor allem die Eigentümer in den oberen Stockwerken sind jedoch deutlich mehr als die Allgemeinheit betroffen. Das Attikageschoss weist eine Höhe von ca. 3 m und eine für die Beschwerdeführer sichtbare Länge von fast 30 m auf. Damit ist teilweise die Besonnung betroffen und teilweise auch die Sicht auf den Pilatus. Auch wenn insgesamt die Besonnung nicht in unzulässiger Weise eingeschränkt ist und kein Rechtsanspruch auf Aussicht besteht, verschaffen die erwähnten Beeinträchtigungen den Beschwerdeführern einen Anspruch auf Prüfung der Rechtmässigkeit des Attikageschosses. Auf diesen Einwand ist daher einzutreten.
c) Gemäss Ziffer 4 der Bauvorschriften zum Bebauungsplan B 132 Tribschen/Bahnhof "ist in der Wohnzone 2 und in den Wohn- und Geschäftszonen 6, 6a, 6b und 7 die zulässige Geschosszahl im Plan festgehalten (G = Vollgeschoss, A = Attika)". Einen analogen Verweis auf die Eintragung im Plan enthält auch die Legende zum Bebauungsplan. Dieser Plan enthält denn auch entsprechende Eintragungen. Die klar abgegrenzten 6-geschossigen Wohnzeilen enthalten die Eintragung "6G + A", die 4-geschossigen Wohnteile die Eintragung "4G". Diese offensichtlich so gewollte Definition der zulässigen Anzahl Vollgeschosse und Attikageschosse geht denn auch mit aller Deutlichkeit aus dem Bericht und Antrag (B + A) zum Bebauungsplan B 132 vom 26. Januar 2000 hervor. Dort ist u.a. dargelegt, dass der Bebauungsplan aus einem Wettbewerbsprojekt Z hervorgegangen ist. Das darin vorgesehene Bebauungsmuster wird u.a. wie folgt beschrieben (Ziff. 3 S. 6): "Die 6-geschossigen Längsbauten (mit Attika) und die 4-geschossigen Querbauten (ohne Attika) lassen eine grosse Variabilität der Wohnungsgrössen zu". Dieses Bebauungsmuster wurde, offenbar entsprechend der Planungsidee des Wettbewerbsiegers, zum Inhalt des Bebauungsplanes gemacht. Im nachfolgenden Beschrieb des Inhalts des Bebauungsplanes (B + A S. 7) wird u.a. zur Zone 2 festgehalten "die Zahl der zulässigen Vollgeschosse und eventueller Attikageschosse ist in den Plänen eingetragen".
Aus diesen Unterlagen geht mit aller Deutlichkeit hervor, dass in den 4-geschossigen Bereichen kein Attikageschoss gewollt und somit auch nicht zulässig ist. Es handelt sich weder um ein Versehen noch um eine Lücke.
Was die Vorinstanz dazu vorbringt, ist nicht nachvollziehbar. Sie will aus der oben (E. 2a) zitierten Bauvorschrift Ziffer 6 ableiten, dass trotz der anders lautenden Eintragung im Plan auch auf den 4-geschossigen Bauten Attikageschosse zulässig seien. Nur so mache die Vorschrift Sinn, wonach bei den übrigen (also nicht 5- und 6-geschossigen) Bauten die Attikafläche auf 1/5 der darunter liegenden Vollgeschosse beschränkt sei. Aus einer solchen Flächenbestimmung ableiten zu wollen, entgegen der klaren Eintragung im Plan seien Attikageschosse auch bei 4-geschossigen Bauten zulässig, wäre allenfalls dann diskutabel, wenn klare Hinweise vorhanden wären, dass die Eintragungen im Plan versehentlich erfolgt wären. Dies ist, wie oben dargelegt, hier gerade nicht der Fall. Im Übrigen übersieht die Vorinstanz, dass die Flächenbeschränkung in Ziffer 6 nicht nur für Attikageschosse gilt, sondern auch für übrige Aufbauten, die bei den 4-geschossigen Bauten nicht verboten sind. Die Vorschrift macht daher auch ohne Attikageschosse bei 4-geschossigen Bauten Sinn. Die Argumentation der Vorinstanz ist auch deshalb nicht haltbar.
d) Für den Fall, dass die oben zitierte Auslegung der Vorinstanz nicht zulässig wäre, hat sie vorsorglich eine Ausnahmebewilligung erteilt. Im angefochtenen Entscheid hält sie dazu einzig fest: "In Anbetracht dessen, dass bei allen Baufeldern auf den 4-geschossigen Bauten Attikageschosse bestehen und sich auch die Überbauung des Baufeldes 3 in das architektonische Gesamtkonzept der Tribschenstadt einzugliedern hat, kann der Stadtrat eine Ausnahme gewähren." In der Vernehmlassung stützt sich die Vorinstanz auf § 37 Abs. 1 PBG und Ziffer 12 der Bauvorschriften zum B 132, wonach der Stadtrat in begründeten Fällen Ausnahmen gewähren kann. Es ist nachfolgend zu prüfen, ob einer der Ausnahmetatbestände erfüllt und die Ausnahmebewilligung in genügender Weise begründet ist.
e) Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist ein selbständiges Grundrecht (vgl. Art. 29 Abs. 2 der Bundesverfassung vom 18.4.1999 [BV; SR Nr. 101]). Er dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt er ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift (LGVE 1998 II Nr. 2 E. 3a). Obwohl er formeller Natur ist, hat seine Verletzung nicht zwingend die Aufhebung des Entscheids zur Folge, wenn die Rechtsmittelinstanz über volle Kognition verfügt, was in bau- und planungsrechtlichen Angelegenheiten zutrifft (§ 206 PBG, § 161a VRG in Verbindung mit § 156 Abs. 2 und §§ 144 - 147 VRG). Im kantonalen Recht ist der Anspruch auf rechtliches Gehör verschiedenenorts konkretisiert. Die Begründungspflicht als notwendiger und integrierter Bestandteil des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist in § 110 Abs. 1 lit. c VRG statuiert. Die Begründungspflicht stellt sicher, dass die Behörde die entscheidwesentlichen Vorbringen des Betroffenen auch tatsächlich hört, sorgfältig prüft und berücksichtigt. Der Betroffene soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat. Die Begründung des Entscheids muss so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann; es müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt (BGE 134 I 83 E. 4.1; LGVE 2000 III Nr. 12 E. 2). Dabei sind an Verfügungen von Verwaltungsbehörden weniger strenge Anforderungen zu stellen als an Verfügungen von Rechtsmittelbehörden. Zudem hat die Begründung umso ausführlicher auszufallen, je grösser der Ermessensspielraum einer Behörde ist, je stärker der Entscheid in die individuellen Rechte des Betroffenen eingreift und je komplexer der Fall ist (LGVE 1993 II Nr. 17 E. 3a).
aa) Gemäss § 37 Abs. 1 PBG kann die Gemeinde aus wichtigen Gründen Ausnahmen von den Vorschriften des Bau- und Zonenreglementes bewilligen, insbesondere
a. beim Vorliegen ausserordentlicher Verhältnisse, wenn die Anwendung der Bauvorschriften eine unzumutbare Härte bedeuten würde,
b. beim Umbau bestehender reglementswidriger Bauten, wenn der Umbau gesamthaft gesehen zu einer erheblichen Verbesserung der Verhältnisse führt und keine unzulässige Mehrausnützung entsteht,
c. zur Erhaltung oder Verbesserung des Ortsbildes oder der Siedlungsqualität.
Ausnahmen dürfen die öffentlichen Interessen nicht verletzen und dem Sinn und Zweck des BZR nicht zuwiderlaufen. Die öffentlichen und privaten Interessen sind abzuwägen. Die zonengemässe Ausnützung darf in der Regel nicht überschritten werden (Abs. 2). Nachbarliegenschaften dürfen durch eine Ausnahmebewilligung nur unwesentlich mehr benachteiligt werden, als dies bei reglementsgemässer Bauweise zu erwarten wäre (Abs. 4). Soll in einem Bauentscheid eine Ausnahmebewilligung erteilt werden, ist die Interessenabwägung und die Erfüllung allfälliger besonderer gesetzlicher Voraussetzungen zu begründen (§ 196 Abs. 2 PBG).
Da in der Stadt Luzern der Bebauungsplan weitgehend die Funktion des Zonenplanes und des BZR erfüllt, bzw. diese ergänzt, ist die Bestimmung von § 37 PBG hier direkt anwendbar. Die Praxis anerkennt, dass den Gemeinden bei der Erteilung einer Ausnahmebewilligung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. Allerdings haben sie die besonderen Voraussetzungen der Ausnahmebewilligung und die vorgenommene Interessenabwägung sorgfältig zu begründen (LGVE 2001 II Nr. 17 E. 4 d mit Hinweisen auf Praxis und Literatur).
bb) Die Begründung der Ausnahmebewilligung im angefochtenen Entscheid vermag die dargelegten Anforderungen an eine genügende Begründung in keiner Weise zu erfüllen. Daran ändern auch die ergänzenden Ausführungen in der Vernehmlassung nichts. Auf welche der in § 37 Abs. 1 PBG aufgeführten besonderen Tatbestände sich die Vorinstanz abstützen will, wird nicht gesagt. Ausserordentliche Verhältnisse oder eine unzumutbare Härte (lit. a) werden nicht geltend gemacht. In Frage käme mithin noch lit. c, wonach eine Ausnahme grundsätzlich zulässig ist zur Erhaltung oder Verbesserung des Ortsbildes oder der Siedlungsqualität. Allerdings ist diese Bestimmung vor allem gedacht für bauliche Änderungen in bestehenden erhaltenswürdigen Ortszentren oder wenn nur mit der Ausnahme eine Verbesserung der Siedlungsqualität erreicht werden kann. Ob diese Voraussetzungen mit dem Hinweis auf eine einheitliche Dachgestaltung im Gebiet Tribschenstadt erfüllt sind, ist fraglich. Vom Strassenbereich aus sind die zurückgesetzten Attikageschosse kaum sichtbar, jedenfalls nicht in ihrem Bezug zu andern 4-geschossigen Bauten. Ob die einheitliche Gestaltung von den benachbarten Hügeln her auffällt, ist fraglich, befinden sich diese doch in erheblicher Distanz. Zudem kommt der strittige Block B im Eckbereich der Bebauung zu liegen; daneben befinden sich die anders gestalteten Häuser der Beschwerdeführer und die Auto- und Trolleybus-Garagen. Schliesslich sind bei den hier strittigen Bauten auf den Attikageschossen noch andere Aufbauten bis 1.9 m Höhe geplant, die bei andern Bauten der Zone 2 fehlen. Der einheitlichen Gestaltung kommt daher wohl nur eine untergeordnete Bedeutung zu.
Entscheidend ist jedoch, dass die erforderliche Interessenabwägung nicht in genügender Weise vorgenommen und die Interessen der benachbarten Beschwerdeführer in unzulässiger Weise vernachlässigt wurden (§ 37 Abs. 4 PBG). Die Beschwerdeführer konnten und durften sich beim Erlass des Bebauungsplanes darauf verlassen, dass ihnen direkt gegenüber nur 4-geschossige Bauten ohne Attikageschoss erstellt werden dürfen. Sie haben möglicherweise deshalb auf eine Einsprache verzichtet. Sie haben damit auch heute grundsätzlich Anspruch auf Einhaltung der klaren Regelung im Bebauungsplan. Zwar wird durch das Attikageschoss die Besonnung und Belichtung ihrer Wohnungen nur in untergeordneter Weise beeinträchtigt, etwas mehr aber die Aussicht. Letztere ist zwar nicht geschützt, gehört aber zu den beteiligten privaten Interessen. Schutzwürdig ist schliesslich auch das Vertrauen auf die Rechtssicherheit bzw. den Bestand einer planungsrechtlich gesicherten Regelung. Damit werden die Beschwerdeführer durch die Erstellung des Attikageschosses von fast 30 m Länge auf Trakt B offensichtlich wesentlich mehr benachteiligt, als dies bei reglementsgemässer Bauweise zu erwarten wäre. Dies steht einer Ausnahmebewilligung klar entgegen, zumal die geltend gemachten öffentlichen Interessen an einer einheitlichen Gestaltung auf einer rechtwidrigen Praxis in bisherigen Fällen beruht. Die eventualiter erteilte Ausnahmebewilligung erweist sich daher als rechtswidrig.
Im Ergebnis ist die Rüge bezüglich des Attikageschosses auf den 4-geschossigen Bauten bei Trakt B gutzuheissen und die Baubewilligung für dieses Geschoss aufzuheben.
3.- a) Die Beschwerdeführer rügen weiter die auf den Attikageschossen geplanten Aufbauten. Diese seien nicht als Dachaufbauten im Sinne von § 139 Abs. 2 PBG zu bezeichnen und von daher auch nicht zulässig. Die Zulässigkeit von Dachaufbauten sei als Ausnahme zu betrachten. Zudem sei aus den Baugesuchsunterlagen nicht ersichtlich, wo allfällige Lüftungsanlagen und Kamine platziert würden. Kamine müssten eine Mindesthöhe aufweisen, träten daher äusserlich in Erscheinung und hätten verschiedene Emissionen zur Folge. Es sei daher offensichtlich, dass diese baubewilligungspflichtig seien.
Die Vorinstanz erachtet die auf den Attikageschossen geplanten Sitznischen als zulässige Dachaufbauten, auch wenn diese nach oben offen seien. Wenn diese überdacht wären, würde es sich auch formell um Dachaufbauten handeln. Zu den Lüftungen und Kaminen verweist die Vorinstanz auf den angefochtenen Entscheid. Darin wird festgehalten, die Wohnungen seien nach Minergie-Standard geplant. Die Aussenluft werde an der Fassade über den Hohlraum der Lamellen-Storenkästen zugeführt und die Fortluft pro Anlage über Dach abgeführt, was keine wahrnehmbaren Auswirkungen habe. Kamine seien höchstens bei den Attikawohnungen auf den 6-geschossigen Bauten (Trakt A und C) möglich. Ihre Situierung sei daher nachvollziehbar und ein neues Auflageverfahren nicht erforderlich.
Die Beschwerdegegnerin verweist auf die SIA Norm 423, wonach zwischen technisch bedingten Aufbauten und nutzbaren Dachaufbauten unterschieden werde. Bei letzteren müsse eine genügende Belichtung gewährleistet werden. Bezüglich der Lüftungen und Kamine bestreitet sie irgendwelche Immissionen, weshalb fraglich sei, ob überhaupt auf diese Rügen einzutreten sei.
b) Nach § 139 Abs. 2 PBG darf die Höhe des Dachfirstes höchstens 5 m betragen, gemessen ab Oberkante des Dachgeschossbodens bis zum höchsten Punkt des Daches. Die Höhe des Attikageschosses darf höchstens 3 m betragen. Auf dem Attikageschoss sind ein Dachaufbau von höchstens 2 m und technisch notwendige Aufbauten zulässig. Diese Vorschrift wurde mit dem PBG im Jahr 1990 neu eingeführt. Im Entwurf war noch vorgeschlagen worden, die Höhe des Dach- oder Attikageschosses dürfe höchstens 5 m betragen (§ 137 Abs. 2 des Entwurfes zum PBG). Damit hätte grundsätzlich auch ein Attikageschoss eine Höhe von 5 m aufweisen können. Auf Vorschlag der Stadt Luzern wurde der Entwurf im Sinne der heutigen Bestimmung präzisiert. Damit wollte man innerhalb der 5 m auch Dachaufbauten zulassen, wie sie in § 122 des damaligen städtischen Baugesetzes zulässig waren. Nach dieser Vorschrift waren "Aufbauten irgendwelcher Art, wie Dachfenster, Giebel, geschlossene Geländer oder Brüstungen, Dachvorsprünge oder andere geschlossene Gebäudeteile" im Abstand von 60 cm parallel zur Dachnorm zulässig, daneben auch technisch notwendige Aufbauten. Der Begriff der Dachaufbaute wurde aber offensichtlich bewusst offen gehalten. Darunter fallen somit jedenfalls alle der aufgezählten Bauteile, wie sie in der Stadt Luzern immer ausdrücklich erlaubt waren. Namentlich müssen es nicht geschlossene Bauten sein.
Vorgesehen sind hier auf den Attikageschossen der 6-geschossigen Bauten runde Mauern mit einer Höhe von 1.9 m, die auf eine Seite geöffnet sind. Sie dienen offensichtlich dem Sicht- und Windschutz für die darin vorgesehenen Sitzgelegenheiten. Nach dem oben Gesagten ist offensichtlich, dass solche Bauteile unter den Begriff Dachaufbauten fallen und mithin zulässig sind.
c) Auch die Einwände der Beschwerdeführer bezüglich der Lüftungsanlagen erweisen sich als nicht gerechtfertigt. Die Wohnungslüftungen bei Minergie-Häusern haben offensichtlich keine störenden Einflüsse auf die Nachbarn zur Folge. Etwas anders präsentiert sich die Sache bei Heizungskaminen. Sie unterliegen, wie die Beschwerdeführer zutreffend ausführen, grundsätzlich der Baubewilligungspflicht, sind mithin ebenfalls auf die Einhaltung der massgeblichen Vorschriften zu überprüfen (vgl. § 13 der kantonalen Umweltschutzverordnung vom 15.12.1998 [SRL Nr. 701] und Art. 6 der Luftreinhalteverordnung vom 16.12.1985 [LRV; SR 814.318.142.1] sowie die Empfehlungen über die Mindesthöhe von Kaminen über Dach [Kamin-Empfehlungen vom 15.12.1989] des ehemaligen Bundesamtes für Umwelt, Wald und Landschaft [heute: BAFU]). Hier geht es allerdings lediglich um allfällige Kleinkamine für Cheminéeanlagen bei den Attikageschossen. Diese werden in der Regel nur sporadisch und ergänzend in Betrieb sein, weshalb sich ein vereinfachtes Baubewilligungsverfahren aufdrängt. Auf dem den Liegenschaften der Beschwerdeführer gegenüberliegenden Trakt B sind solche Anlagen nicht geplant, weshalb die Beschwerdeführer von den wesentlich weiter entfernt liegenden Kaminanlagen offensichtlich nicht betroffen sind. Auf diese Rüge ist daher nicht einzutreten.
4.- a) Im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz festgehalten, im Gebiet der Überbauung Tribschenstadt sei aufgrund der gewerblichen Nutzung und durch Ablagerung von Abfällen ein zufälliger Terrainverlauf entstanden. Es sei Terrain aufgeschüttet und abgegraben worden. Die Ermittlung des gewachsenen Terrains biete daher Schwierigkeiten. Alle beteiligten Grundeigentümer hätten daher zusammen mit dem GIS-Dienstleistungszentrum eine Vereinbarung unterzeichnet, dass für die Ermittlung der zulässigen Fassadenhöhe auf die Höhe der anschliessenden Strassen gemäss aufgelegtem und bewilligtem Strassenprojekt Werkhofstrasse/Landenbergstrasse/Bürgenstrasse/Rösslimatte abgestellt werde. Daher werde in Abweichung von § 122 Abs. 4 PBG diese Höhe und nicht das gewachsene Terrain als Ausgangshöhe verwendet. Die von den Einsprechern gerügte Kote von 435.25 m ü.M. entspreche dem Strassenprojekt und sei daher nicht zu beanstanden.
b) Die Beschwerdeführer bemängeln, die Vorinstanz habe den Sachverhalt nicht genügend abgeklärt, was sie ausdrücklich zugebe. Massgeblich für die Festlegung der Fassadenhöhe sei nach § 122 Abs. 4 PBG das gewachsene Terrain und wenn die Vorinstanz festhalte, die Terrainfestlegung erfolge in Abweichung von dieser Bestimmung, sei dies rechtswidrig.
c) Beim "gewachsenen Terrain" handelt es sich um einen unbestimmten Rechtsbegriff, der auslegungsbedürftig ist (Urteil V 01 302 vom 16.1.2003, E. 6a; LGVE 1993 II Nr. 3, 1989 III Nr. 20). Von einem unbestimmten Rechtsbegriff spricht man, wenn der Rechtssatz die Voraussetzungen der Rechtsfolge oder die Rechtsfolge selbst in offener, unbestimmter Weise umschreibt (Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich 2006, Rz. 445). Das ist hier der Fall, ist doch nicht von vornherein klar, was unter dem Begriff "gewachsenes Terrain" zu verstehen ist. So könnte damit das Terrain, wie es sich im Zeitpunkt des Baugesuches präsentiert, gemeint sein. Möglich wäre aber auch, dass ein früherer Terrainverlauf verbindlich ist. Deshalb kann der Meinung der Beschwerdeführer, welche den Begriff des "gewachsenen Terrains" als vollständig klar und eindeutig erachten, nicht gefolgt werden.
Gemäss Praxis des Verwaltungsgerichts entspricht das gewachsene Terrain grundsätzlich dem natürlichen Geländeverlauf. Falls auf einem Grundstück schon verschiedentlich Aufschüttungen vorgenommen wurden, gilt als natürlich gewachsenes Terrain in erster Linie diejenige Höhe über Meer, die bei früheren Bauarbeiten in genehmigten Bauplänen festgelegt worden ist. Wird indessen ein Gelände erstmals überbaut, gilt nach der Praxis des Regierungsrates derjenige Geländeverlauf als natürlich gewachsen, der seit mindestens 10 Jahren ohne Aufschüttungen oder Abgrabungen bestanden hat (LGVE 1989 III Nr. 20). Das Verwaltungsgericht hat sich ebenfalls für eine zeitliche Schranke ausgesprochen, ohne sich jedoch in Bezug auf deren Dauer endgültig festzulegen. Immerhin hat es Abklärungen des Terrainverlaufs über einen Zeitraum von 20 Jahren hinweg als genügend erachtet (LGVE 1993 II Nr. 3). Diese Rechtsprechung ist in der Zwischenzeit vom Verwaltungsgericht bestätigt worden (Urteil V 01 302 vom 16.1.2003, E. 6a und Urteil V 00 249 vom 8.8.2001, E. 4b). Zu ergänzen ist, dass der sich aus solchen Unterlagen ergebende Terrainverlauf nicht detailliert zu übernehmen ist. Wie auch § 122 Abs. 4 PBG vorsieht, sind grössere Unebenheiten im Terrain auszumitteln.
Eine spezielle Frage bildet der massgebliche Terrainverlauf bei Erschliessungsstrassen. Mit dem Abstellen auf das gewachsene Terrain soll verhindert werden, dass ein Grundeigentümer sein Grundstück aufschüttet, um die Höhenlage von künftigen Bauten zu Lasten von Nachbargrundstücken verbessern zu können. Zudem könnten damit unerwünschte Veränderungen des Orts- und Landschaftsbildes entstehen. Bei den gestützt auf ein bewilligtes Strassenprojekt erstellten Erschliessungsstrassen wird ein für alle damit erschlossenen Parzellen gleichermassen massgeblicher Terrain-Bezugspunkt neu geschaffen, auch wenn mit der Strasse und den damit verbundenen Böschungen das ursprünglich gewachsene Terrain etwas verändert wird. Es wäre unsinnig, neue Bauten hinter einer allenfalls etwas höher angelegten Strasse gleichsam verstecken zu müssen. Das Verwaltungsgericht hat daher in seiner bisherigen Praxis i.d.R. die Erschliessungsstrassen als massgebliche Bezugspunkte für die Festlegung des gewachsenen Terrains akzeptiert (z.B. Urteil V 01 302 vom 16.1.2003, E. 8b).
d) Der hier strittige Baubereich liegt im Gebiet Tribschen, das als ehemaliges Schwemmland im Wesentlichen flach ausgestaltet ist. Es ist daher naheliegend, die dieses Gebiet erschliessenden Strassen als Bezugspunkte für die Höhenlage der angrenzenden Bauten festzulegen. Dass dies bisher auch konsequent so erfolgt ist, ergibt sich aufgrund der von der Vorinstanz zitierten Vereinbarung zwischen den Grundeigentümern dieses Gebietes. Wenn die Höhenangaben offenbar auch vom GIS-Dienstleistungszentrum kontrolliert wurden, ist von einer objektiven Fach-Beurteilung auszugehen. Dass deren Angaben für die hier massgeblichen Bezugspunkte an der Strasse unrichtig seien, wird nicht geltend gemacht. Damit erweist sich der Einwand der Beschwerdeführer als nicht zutreffend.
5.- a) Die Beschwerdeführer machen weiter geltend, der innerhalb der Wohnzone geplante Wendehammer für die VBL sei nicht zonenkonform. Dieser diene nicht in erster Linie dem betreffenden Wohnquartier, sondern einem in einer andern Zone gelegenen, quartierfremden Gewerbebetrieb. Der funktionale Zusammenhang fehle. Zudem würden damit störende Immissionen verursacht. Die entsprechende Strassenfläche sei im Bebauungsplan denn auch nicht als gelb markierte Fläche für öffentliche Zwecke vorgesehen. Zudem würden viele Wendemanöver ausserhalb der Arbeitszeiten in der Nachtzeit erfolgen. Insgesamt werde damit § 45 PBG verletzt.
Im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz festgehalten, der geplante Wendehammer komme südöstlich des Grundstücks in der Vorzone des Gebäudetraktes C zu liegen. Die Fläche betrage 14.00 x 5.00 m und werde bereits seit Jahren von der vbl-AG als Zufahrt in die Spritzkabine genutzt. Es könne täglich zu mehreren Fahrmanövern kommen oder auch tagelang zu keiner Nutzung. In der Regel erfolgten die Manöver während den Arbeitszeiten. Das angrenzende Gebiet der vbl-AG liege in der Zone für öffentliche Zwecke, der Wendehammer in der Wohnzone. Die wenigen Fahrten in diesem Grenzbereich seien mit der Wohnnutzung verträglich.
Die Beschwerdegegnerin weist darauf hin, dass die Nutzung des Wendehammers auf einer Personaldienstbarkeit zu Gunsten der vbl-AG beruhe. Im Baugesuch werde nur zum Ausdruck gebracht, dass diese Fläche der Nutzung durch die Gesuchstellerin entzogen sei. Die Baubewilligung für die Wohnüberbauung werde dadurch nicht berührt.
b) Zunächst ist im Sinne der Beschwerdegegnerin festzuhalten, dass der Wendehammer nicht Bestandteil der Wohnüberbauung ist. Der entsprechende Bereich muss einfach, im Sinne der Personaldienstbarkeit, von Bauten und Anlagen freigehalten werden. Die Baubewilligung für die Wohnüberbauung wird damit nicht betroffen. In den Plänen ist auf dieser Fläche der Vermerk "Wendehammer VBL" angebracht. Die Beschwerdeführer gehen offensichtlich davon aus, damit werde die entsprechende Nutzung verbindlich bewilligt, was von der Vorinstanz denn auch nicht ausdrücklich dementiert wird. Auch wenn keine speziellen baulichen Anlagen vorgesehen sind, ist die Zonenkonformität zu prüfen, denn nach § 45 PBG sind die dort definierten Vorschriften ausdrücklich auch bei Nutzungen einzuhalten.
Die Wohnzone dient in erster Linie dem Wohnen. Daneben sind nach § 45 Abs. 2 lit. b PBG Bauten, Anlagen und Nutzungen zulässig "für Dienstleistungs- und Gewerbebetriebe, sofern sich diese baulich und mit ihren Auswirkungen in die Wohnumgebung einfügen. Massgebend sind dabei die durch den Charakter und die Qualität des Wohnquartiers bestimmten örtlichen Verhältnisse." Das BZR der Stadt Luzern enthält keine eigenen Bestimmungen über die Wohnzone und verweist auf das PBG. Daraus geht hervor, dass für die Zulässigkeit von Gewerbebetrieben in der Wohnzone nicht zwingend eine funktionale Zuordnung erforderlich ist. Entscheidend ist, ob er sich mit seinen Auswirkungen in die Wohnumgebung einfügt, wobei die konkreten örtlichen Verhältnisse massgebend sind.
Der hier strittige Wendehammer ist kein eigener Gewerbebetrieb. Die gewerbliche (Mit-)Nutzung der davon betroffenen Fläche tritt baulich nicht in Erscheinung. Problematisch könnten mithin höchstens die durch die Benützung entstehenden Immissionen auf die Wohnnutzung sein. Dabei ist zu berücksichtigen, dass sich angrenzend der Betrieb der vbl-AG befindet, dessen Gesamtauswirkungen in einem Gutachten über die Betriebslärm-Immissionen vom 15. Februar 2008 untersucht worden sind. Darin wurde festgehalten, dass die Grenzwerte eingehalten sind. Die in einer Ecke durch die Zufahrt zur Spritzkabine entstehenden Immissionen sind dabei offensichtlich von untergeordneter Natur. Zudem ist davon auszugehen, dass Spritzarbeiten i.d.R. während den normalen Tagesarbeitszeiten erfolgen, so dass auch die Zu- und Wegfahrten in diesem zeitlichen Bereich erfolgen dürften, was die Vorinstanz auch so festhält. Dass dabei unmittelbar angrenzend auch einige m2 der Wohnzone benützt werden müssen, hat auf die Immissionssituation in dieser Zone keinen Einfluss. Damit wird § 45 PBG nicht verletzt, weshalb dieser Einwand nicht stichhaltig ist.
6.- a) Die Beschwerdeführer machen weiter geltend, den Baugesuchsunterlagen könne der exakte Farbton der Fassade nicht entnommen werden. Die Farbgebung unterliege jedoch der Baubewilligungspflicht, weshalb ein Hinweis auf das Produkt und die Farbnummer zwingend erforderlich sei.
Die Vorinstanz hält dazu fest, es entspreche der Praxis, neue Farbgebungen anhand von farbig erstellten Plänen aufzulegen. Die Materialisierung und genaue Farbgebung werde vor Ort mit den Sachbearbeitern oder mit dem Stadtarchitekten festgelegt, was in einer Auflage zur Baubewilligung festgehalten sei. Falls die Farbgebung geändert werde, könne die Wahrung des rechtlichen Gehörs gewährleistet werden.
Die Beschwerdegegnerin versichert, die Fassaden würden in einem hellen, beige-braunen Farbton ausgeführt. Die von den Beschwerdeführern offenbar befürchtete dunkle Fassade werde es daher nicht geben.
b) Zunächst ist festzuhalten, dass das Verwaltungsgericht in konstanter Rechtsprechung das Material- und Farbkonzept von Bedachung und Fassade als baubewilligungspflichtig erachtet, wobei allerdings auch ein gesondertes, dem Baubewilligungsentscheid nachgeordnetes Bewilligungsverfahren zulässig ist (Urteil V 07 130 vom 8.11.2007, E. 6; LGVE 1998 II Nr. 15 E. 3). Allerdings wird nach dieser, hier zu bestätigenden Praxis vorab die Farbgebung als für das landschaftliche und bauliche Umfeld von grosser Bedeutung erachtet. Diese Aspekte der Eingliederung können durchaus in schutzwürdige Interessen der unmittelbaren Nachbarn eingreifen, weshalb diese grundsätzlich legitimiert sind, sich dazu zu äussern bzw. eine Bewilligung allenfalls durch ein Rechtsmittel anzufechten. Dabei kann es jedoch nicht darum gehen, dass die Nachbarn zu jeder Nuancierung der Farbgebung begrüsst werden müssen. Wenn der wesentliche Farbton festgelegt ist, kann die Baubewilligungsbehörde die konkreten Einzelheiten zusammen mit der Bauherrschaft festlegen, ohne die Nachbarn dazu begrüssen zu müssen. Soll jedoch die Farbe wesentlich geändert werden, sind die Nachbarn in die Projektänderung miteinzubeziehen.
Hier wurde im Baugesuch zuerst eine Kompaktfassade mit Klinkerplättchen, brauner Farbton, vorgesehen. Aufgrund einer Projektänderung, zu der die Beschwerdeführer Stellung nehmen konnten, ist neu eine Kompaktfassade mit einer grobkörnig verputzten Aussen-Wärmedämmung vorgesehen und die Farbgebung in einem hellen, beige-braunen Farbton. Dies ist in der Baubewilligung auch so beschrieben und im Rechtsspruch wurde in Ziffer 4.68 festgelegt, dass die definitive Farb- und Materialgebung der Fassaden frühzeitig in Absprache mit dem Stadtarchitekten zu bestimmen bzw. zu präzisieren sei. Diesbezüglich seien vor Ort entsprechende grossflächige Farb- und Materialmuster zu erstellen. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden. Solange sich die definitive Farbe im dargestellten Bereich hält, brauchen die Beschwerdeführer mithin auch nachträglich nicht in die Farbwahl miteinbezogen zu werden. Andernfalls wäre ein neues Bewilligungsverfahren unter Miteinbezug der Nachbarn einzuleiten. Zum heutigen Zeitpunkt drängen sich daher zu dieser Frage keine weiteren Erwägungen auf.
7.- a) Im Bauprojekt sind u.a. entlang der Landenbergstrasse Veloparkplätze und eine "Abstellfläche Entsorgung am Abfuhrtag" vorgesehen. Die Beschwerdeführer bemängeln, die davon betroffene Fläche beanspruche öffentlichen Grund. Sie selber hätten für die Strasse mit öffentlichen Abstellflächen Land im Enteignungsverfahren abtreten müssen. Es gehe nicht an, dass nun dieser öffentliche Grund wieder für private Zwecke verwendet werde. Wenn die Vorinstanz festhalte, diese Fläche müsse noch entwidmet werden, sei damit das Koordinationsgebot verletzt. Ein solches Verfahren müsse zwingend zusammen mit dem Baubewilligungsverfahren erfolgen, um Widersprüche zu vermeiden.
b) Im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz festgehalten, dass die Containerplätze im Untergeschoss der Gebäude auf privatem Grund vorgesehen seien.
Ebenso seien genügend private Veloabstellplätze im Untergeschoss eingeplant. Diese Aussage wird von den Beschwerdeführern nicht bestritten und findet sich in den Plänen bestätigt. Die Containerstandorte, die nicht für private Zwecke, sondern nur für die öffentliche Entsorgung am Tag der Abfuhr benötigt werden, sind im Strassenplan Nr. 1777-101, der öffentlich aufgelegt wurde, eingetragen. Die hier strittige Wohnüberbauung konnte daher ohne weiteres bewilligt werden, ohne dass das noch vorgesehene Entwidmungsverfahren zwingend gleichzeitig erfolgte. Das Koordinationsgebot beschränkt sich auf Verfahren, die notwendigerweise zusammen erfolgen müssen, um widersprüchliche Entscheide zu vermeiden. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, bleiben die vorgesehenen Veloparkplätze öffentlich, solange die Entwidmung nicht erfolgt ist. Der Einwand der Beschwerdeführer ist daher nicht zutreffend.
8.- a) Die Beschwerdeführer hatten im Einspracheverfahren bemängelt, in den früheren Unterlagen zur Volksabstimmung vom 26. November 2000 sei für die Realisierung des Projektes "Wohnen im Tribschen" eine gesamte Parkplatzzahl von 800 angegeben worden. Diese werde nach dem heutigen Stand mit der Überbauung der zusätzlichen Baufelder überschritten, weshalb bereits jetzt eine Reduktion vorzunehmen sei. Im angefochtenen Entscheid wird festgehalten, die Parkplatzzahl richte sich ausschliesslich nach dem Parkplatzreglement der Stadt Luzern (PPR). Danach seien maximal 104 Parkplätze zulässig, vorgesehen seien jedoch 113. Gestützt auf Art. 12 PPR könnten zusätzliche Parkplätze bewilligt werden, sofern es die örtlichen Verhältnisse und die bestehende Leistungsfähigkeit des Strassennetzes zulassen und kein Widerspruch zu raumplanerischen Gesichtspunkten entsteht. Diese Voraussetzungen seien hier erfüllt.
Die Beschwerdeführer rügen nun, die Ausnahme von der höchst zulässigen Parkplatzzahl werde im angefochtenen Entscheid nicht begründet. Es würden lediglich die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Ausnahme wiederholt. Damit sei die Ausnahme rechtswidrig und verletze das rechtliche Gehör. Überdies sei diese Praxis widersprüchlich, da beim Bau des Gebäudes Y in der Nähe ein wesentlich strengerer Massstab angewendet worden sei.
In der Vernehmlassung ergänzt die Vorinstanz die Begründung der Ausnahme und hält fest, weshalb die Beurteilung hier anders ausgefallen sei, als beim Gebäude Y.
b) Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, ist die Zahl der Parkplätze ausschliesslich nach dem Parkplatzreglement der Stadt Luzern zu beurteilen. Vage Aussagen über die mutmassliche Gesamtzahl, wie sie in früheren Berichten enthalten waren, sind nicht massgebend.
Art. 7 PPR regelt den Normbedarf an Parkplätzen. In Art. 9 wird festgehalten, nach welchen Kriterien die Stadt in vier Zonen eingeteilt wird, in denen die Minimal- und Maximalzahl der Parkplätze unterschiedlich festgelegt wird. Das hier strittige Baufeld liegt in der Zone III, in der mindestens 30 % und höchstens 70 % des Normbedarfs an Parkplätzen erstellt werden müssen bzw. dürfen. Die Vorinstanz hat dementsprechend die maximal zulässige Parkplatzzahl mit 104 berechnet, was unbestritten ist. Strittig ist nur die Ausnahmebewilligung für die Überschreitung dieser Zahl um 9 Parkplätze. Nach Art. 12 PPR kann der Stadtrat zusätzliche Parkplätze bewilligen, sofern es die örtlichen Verhältnisse und die bestehende Leistungsfähigkeit des Strassennetzes zulassen und kein Widerspruch zu raumplanerischen Gesichtspunkten entsteht. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid einfach festgehalten, die zitierten Anforderungen seien erfüllt. Weitere Erläuterungen dazu enthält der Entscheid nicht. Es stellt sich vorab die Frage, ob diese Begründung genügt.
c) Die Anforderungen, die zur Wahrung des rechtlichen Gehörs an die Begründung gestellt werden, sind in E. 2e aufgezeigt worden. Diesen Anforderungen vermag der angefochtene Entscheid bei der Frage der Parkplatzzahl nicht zu genügen. Es reicht nicht aus, die gesetzlichen Voraussetzungen zu wiederholen. Die Begründung muss mindestens in nachvollziehbarer Weise aufzeigen, weshalb die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sein sollen, namentlich dann, wenn entsprechende Rügen ausdrücklich vorgebracht werden, was hier der Fall war. Der Mangel kann indessen geheilt werden. In der Vernehmlassung bringt die Vorinstanz namentlich vor, das hier strittige Baufeld 3 liege in grösserer Entfernung zum Stadtzentrum als die Baufelder 1, 2, 4 und 5 der Tribschenstadt. Die neue Überbauung werde überdies nicht über die Werkhofstrasse erschlossen, sondern über die weiter entfernte Eisfeldstrasse, deren Einmündung in die Tribschenstrasse mittels Pförtneranlage gesteuert werde, sodass der Mehrverkehr keine massgebliche Belastung darstelle. Das Baufeld 3 liege zudem am Rand der Zone III und grenze an die Zone IV, in der 44 Parkplätze mehr zulässig wären. Zur angeblich unterschiedlichen Praxis im Zusammenhang mit dem Gebäude Y hält die Vorinstanz fest, dieses liege wesentlich näher am Stadtzentrum und werde als Bürogebäude genutzt. Für Angestellte sei die Benützung des öffentlichen Verkehrs zumutbar, während die Nutzer eines reinen Wohngebäudes eher auf einen Parkplatz angewiesen seien. Diese in der Vernehmlassung nachgereichte Begründung ist nachvollziehbar und reicht für eine Ausnahmebewilligung der hier strittigen Art aus. Die Überschreitung der zulässigen Parkplatzzahl ist daher vertretbar.
9.- a - c) (Mit der erstellten Unbedenklichkeitsprüfung über die Beeinflussung der Grundwasserverhältnisse durch die Neubauten wurde § 145 Abs. 3 und 5 PBG Genüge getan).
10.- a - b) (Die Frage, ob die vorgesehenen ökologischen Ersatzmassnahmen genügend sind, betrifft ausschliesslich öffentliche Interessen, zu deren Geltendmachung die Beschwerdeführer nicht berechtigt sind).
11.- Zusammenfassend ist festzuhalten, dass das Attikageschoss auf dem viergeschossigen Trakt B dem Bebauungsplan widerspricht. Die Baubewilligung für diesen Teil ist daher aufzuheben. Die Bauherrschaft wird dem Stadtrat entsprechend geänderte Pläne einreichen müssen. Im Übrigen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten wurde.