Sachverhalt:
Mit Entscheid vom 25. April 2007 wies der Gemeinderat Meggen das Baugesuch der A AG vom 19. Oktober 2006 für den Neubau einer Kommunikationsanlage mit GSM/UMTS-Antennen und Outdooranlagen auf dem Dach des Gebäudes Nr. xx, Grundstück Nr. yy, GB Meggen, ab. Mit Gesuch vom 27. September 2007 beantragte die A AG erneut eine Baubewilligung für den Neubau einer Kommunikationsanlage mit GSM900/UMTS-Antennen und Outdooranlagen auf dem Dach des nämlichen Gebäudes. Nachdem Gespräche zwischen der Gemeinde, der Interessengemeinschaft B sowie den Mobilfunkbetreibern zu keinem Konsens führten, wurde die in der Zwischenzeit mit Einverständnis der Baugesuchstellerin verfügte Sistierung aufgehoben und das Baugesuch vom 15. September bis 6. Oktober 2008 öffentlich aufgelegt. Gegen das Baugesuch wurden 25 Einsprachen erhoben, darunter eine Sammeleinsprache des Quartiervereins C mit 525 Unterschriften. Mit Entscheid vom 25. März 2009 trat der Gemeinderat Meggen auf das zweite Baugesuch nicht ein. Da mit diesem Nichteintretensentscheid den Hauptanträgen der Einsprachen im Ergebnis entsprochen worden sei, sei auf die weiteren, teilweise umfangreichen Vorbringen der Einsprecher nicht mehr näher einzugehen. Im Rahmen einer "Eventualbegründung" hielt der Gemeinderat im angefochtenen Entscheid fest, dass selbst wenn auf das Baugesuch einzutreten wäre, die Baubewilligung zu verweigern wäre. Gegen diesen Entscheid erhob die Rechtsnachfolgerin der A AG, die B AG, Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Gericht heisst die Beschwerde teilweise gut, weist sie im Übrigen ab.
Aus den Erwägungen:
1.- und 2.- (Prozessuales)
3.- a) Die Vorinstanz hat in ihrem Entscheid ausgeführt, ein Baugesuch könne grundsätzlich zwar jederzeit neu gestellt werden, um eine zunächst abgelehnte Baubewilligung doch noch zu erwirken oder eine belastende Bedingung oder Auflage zu beseitigen. Dies setze aber voraus, dass den Einwänden gegen das frühere Gesuch durch entsprechende Projektänderung Rechnung getragen werde oder dass gegenüber dem erstmaligen Verfahren sonst wie massgeblich veränderte Verhältnisse vorlägen. Auf bereits einmal rechtskräftig beurteilte Punkte könne dagegen unter den gleichen Verhältnissen nicht mehr eingetreten werden. Sie hat in der Folge festgehalten, dass das zweite Projekt drei wesentliche Punkte nicht berücksichtige, die rechtskräftig mit dem ersten Projekt beurteilt worden seien: Das Verbot von Hochantennen, der geltende Gestaltungsplan Z sowie die Eingliederung in das Orts- und Landschaftsbild. Daraus folgerte die Vorinstanz, dass das zweite Baugesuch als Wiedererwägungsgesuch zu bezeichnen sei. Eine Wiedererwägung aus Gründen, die bereits mit Beschwerde gegen den ursprünglichen Entscheid hätten geltend gemacht werden können, sei jedoch ausgeschlossen, da die Wiedererwägung nicht dazu dienen dürfe, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder in Frage zu stellen oder die Fristen für die Ergreifung von Rechtsmitteln zu umgehen. Dies habe zur Folge, dass auf das zweite Baugesuch nicht einzutreten sei.
b) Die Beschwerdeführerin wendet gegen den Nichteintretensentscheid vorab ein, dass es sich bei ihrem zweiten Baugesuch um ein neues eigenständiges Baugesuch handle, das mit demjenigen vom 19. Oktober 2006 nicht identisch sei. Die Antennenhöhe sei von 18 auf 13 Meter reduziert worden und überrage das Dach nur noch um 6 statt wie im ersten Baugesuch um 11 Meter. Die gesamte äquivalente abgestrahlte Leistung betrage neu 4'200 statt 5'400 Watt und sei damit um gut 22 % reduziert worden. Auch werde auf die Installation einer Richtfunkantenne verzichtet. Im Gegensatz zur von der Vorinstanz zitierten Literaturstelle (Zaugg/Ludwig, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Bern, Band I, 3. Aufl., Bern 2007, N 8 zu Art. 34) basiere der vorliegend zu beurteilende Fall auf einem ganz anderen Sachverhalt und Hintergrund, weshalb es falsch sei, von einer Wiedererwägung zu sprechen. Das erste Baugesuch sei aus verschiedenen Gründen abgelehnt worden. Sie habe diesem Entscheid in Bezug auf die Zonenkonformität und das Orts- und Landschaftsbild Rechnung getragen, indem sie die Antennenhöhe reduziert und den Richtfunk weggelassen habe. Die Vorinstanz habe in ihrer Eventualbegründung denn auch zu Recht festgehalten, dass das Projekt im Gegensatz zum ersten Gesuch bezüglich Höhe zonenverträglich sei. Mit der Überarbeitung des Projekts habe sich die Beschwerdeführerin aber nicht mit den übrigen, abgewiesenen Punkten einverstanden erklärt. Dies musste sie auch nicht, weil sie nicht ein Wiedererwägungsgesuch sondern ein neues Bauprojekt eingereicht habe. Würde man der Argumentation der Vorinstanz folgen und könnte kein neues Baugesuch eingereicht werden, das auf anerkannte Mängel eines abgelehnten Baugesuches reagiere, wäre sie gezwungen gewesen, die von ihr nicht anerkannten Mängel (z.B. die Frage des Gestaltungsplanes Z) an die obere Instanz, notfalls ans Bundesgericht zu ziehen. Sie wäre also genötigt gewesen, völlig sinnlos auf eigene Kosten den Entscheid weiterzuziehen, obwohl sie akzeptiere, dass das Projekt aus anderen Gründen nicht bewilligungsfähig sei. Für einen solchen Weiterzug hätte ihr das Rechtsschutzinteresse gefehlt.
c) Mit dem Vorbringen der Beschwerdeführerin, es handle sich beim zweiten Baugesuch um ein neues Projekt, und nicht wie die Vorinstanz behaupte um ein im Vergleich zum ersten Baugesuch vom 19. Oktober 2006 identisches Projekt, bestreitet sie, dass ihr die Rechtskraft und die Rechtsbeständigkeit des diesbezüglichen Entscheides vom 25. April 2007 entgegengehalten werden kann. Das Verwaltungsgericht hat sich bereits in einem Urteil aus dem Jahre 1983 ausführlich mit den Fragen der Rechtskraft, der Rechtsbeständigkeit und der Abänderbarkeit von Verfügungen auseinandergesetzt. Verfügungen kommen, wenn sie nicht angefochten werden bzw. kein ordentliches Rechtsmittel mehr zulässig ist, Rechtskraft und Rechtsbeständigkeit zu. Rechtskräftige Verfügungen sind grundsätzlich unabänderlich und für jedermann verbindlich (Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, N 1 zu Art. 56). Aus Gründen der Rechtssicherheit und der Verfahrensökonomie soll mit der Rechtskraft nämlich vermieden werden, dass die gleiche Sache zweimal beurteilt wird (ne bis in idem). Liegt eine so genannte res iudicata (abgeurteilte Sache) vor, so darf die Verwaltung auf ein Gesuch um deren Neubeurteilung nicht eintreten (§ 107 Abs. 2 lit. g VRG). Von einer res iudicata wird jedoch nur gesprochen, wenn wirklich die gleiche Sache zur Neubeurteilung ansteht, d.h. bei Sachverhalts- und Antragsidentität (vgl. LGVE 1983 II Nr. 1 E. 2b/aa mit Hinweisen). Die Rechtsbeständigkeit bewirkt weiter, dass eine Verfügung in Kraft bleibt, bis sie durch einen nachfolgenden Verwaltungsakt aufgehoben wird. Auch eine negative, rechtskräftige Verfügung, mit der beispielsweise - und wie im vorliegend zu beurteilenden Fall - eine Baubewilligung verweigert wird, hat Rechtsbeständigkeit. Deshalb ist ein neues, identisches Gesuch nicht vorbehaltlos neu zu prüfen, ist doch eine formell und materiell rechtskräftige Verfügung auch für die Behörden verbindlich. Der luzernische Gesetzgeber hat jedoch den Behörden die Möglichkeit eingeräumt, beim Vorliegen wichtiger Gründe ihre rechtskräftige Verfügung ausserhalb eines Revisionsverfahrens (§ 174 ff. VRG) von Amtes wegen oder auf Gesuch hin zu ändern oder aufzuheben, soweit nicht besondere Vorschriften, der Grundsatz von Treu und Glauben oder andere allgemein anerkannte Rechtsgrundsätze dies ausschliessen oder einschränken (§ 116 Abs. 1 VRG). Ein wichtiger Grund liegt insbesondere dann vor, wenn das Interesse an der richtigen Durchführung des objektiven Rechts jenes an der Rechtssicherheit überwiegt. Eine solches Rückkommen, meist Wiedererwägung genannt, ist hingegen nur zulässig, wenn die streitbetroffene Verfügung ursprünglich unrichtig ist, es sich somit um einen unveränderten Sachverhalt, der bereits bei Verfügungserlass bestand, vorliegt (§ 107 Abs. 2 lit. g VRG). Aber auch ein solches zulässiges Rückkommen ist fakultativ, d.h. die angerufene Behörde braucht ein solches Gesuch um Aufhebung oder Abänderung eines Verwaltungsentscheides nicht zu behandeln und somit nicht durch einen neuen materiellen Entscheid zu erledigen (§ 116 Abs. 3 VRG). Ein Gesuchsteller kann - seit Einführung der umfassenden Rechtsweggarantie - sich bei der Rechtsmittelinstanz zwar mit einer Rechtsverweigerungsbeschwerde darüber beschweren, die zuständige Behörde sei zu Unrecht auf ein Wiedererwägungsgesuch nicht eingetreten (§ 128 Abs. 4 VRG). Hat die Behörde die Voraussetzungen für eine Wiedererwägung jedoch verneint und hat sie deshalb auf eine neue materielle Prüfung verzichtet, ist auch der Richter an diesen Verzicht gebunden. In der Sache ist ein Wiedererwägungsentscheid nämlich nur dann anfechtbar, wenn die Behörde sich aufgrund des Gesuches nochmals mit der Sache befasst und darüber neu entschieden hat, im Übrigen selbst dann, wenn die Behörde nochmals zum gleichen Ergebnis gelangt. Immerhin hat die Rechtsmittelinstanz aber den allfälligen Einwand eines Gesuchstellers zu prüfen, die Behörde habe sein Gesuch fälschlicherweise als Wiedererwägungsgesuch entgegengenommen, da es sich nicht um ein identisches Gesuch handle und ihm somit die Rechtskraft der (ursprünglichen) Verfügung nicht entgegengehalten werden könne. Um ein solches Rechtsbegehren handelt es sich wie erwähnt bei der vorliegend zu beurteilenden Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
d) Wie unter E. 3a ausgeführt, hat die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid (Ziff. 5.2 und 5.3) geprüft, ob das neue Baugesuch der Beschwerdeführerin als mit dem ersten Baugesuch von 2006 identisch zu bezeichnen ist. Sie hat diese Frage bejaht und ihr Nichteintreten auf das zweite Baugesuch deshalb mit der Rechtsbeständigkeit und Rechtskraft der ersten Verfügung vom 25. April 2007 begründet. In der Folge hat sie das neue Baugesuch als Wiedererwägungsgesuch bezeichnet, auf eine Behandlung desselben jedoch verzichtet. Die Beschwerdeführerin bringt in ihrer Beschwerdeschrift dagegen vor, die Vorinstanz habe ihr neues Baugesuch zu Unrecht als Wiedererwägungsgesuch entgegengenommen, da dieses nicht identisch mit dem ersten Baugesuch vom 19. Oktober 2006 sei. Die Vorinstanz hätte folglich das neue Baugesuch materiell behandeln müssen. Diese Rüge der Beschwerdeführerin kann nach dem vorstehend Ausgeführten im Rahmen des ordentlichen Rechtsmittels erhoben werden und ist im Folgenden zu beurteilen. Sollte das Gericht zum Schluss kommen, dass das erneute Baugesuch nicht als identisch im Sinne der Lehre und Rechtsprechung zur Rechtsbeständigkeit von Verfügungen zu bezeichnen ist, wäre der angefochtene Entscheid aufzuheben. Da die Vorinstanz die Einsprachen gegen das erneute Baugesuch nur teilweise beurteilt hat und es zudem Sache der zuständigen Baubewilligungsbehörde ist, Baubewilligungen mit den entsprechenden Auflagen und Bedingungen zu erlassen, wäre die Sache diesfalls zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Entsprechend ist der Antrag Ziff. 1 der Beschwerdeführerin, die Beschwerde sei gutzuheissen und die nachgefragte Baubewilligung sei (vom Gericht) zu erteilen, abzuweisen. Hingegen ist der Eventualantrag, die Sache sei zur Neubeurteilung und Erteilung der Baubewilligung an die Vorinstanz zurückzuweisen, zulässig und zu behandeln. Die Einsprecher des vorinstanzlichen Verfahrens werden im Übrigen nicht zum Gerichtsverfahren beigeladen; denn ihre Rechtsstellung wird durch dieses Urteil insofern nicht beeinflusst, als ihr Rechtsschutz auch bei einer Gutheissung des Eventualantrages der Beschwerdeführerin nicht beeinträchtigt würde. Insbesondere gegen eine allfällige Erteilung der Baubewilligung durch die Vorinstanz stünde ihnen nach wie vor die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zur Verfügung, wobei ihnen im Rahmen ihres Beschwerderechts die Rüge, die Rechtsbeständigkeit des vorinstanzlichen Entscheides über das erste Baugesuch stünde dem zweiten Baugesuch entgegen, nach wie vor zustände (vgl. Urteil V 99 319 vom 24.5.2000, E. 5).
e) Die Vorinstanz hat die Baubewilligung für das erste Baugesuch der Beschwerdeführerin am 25. April 2007 mit der Begründung verweigert, die geplante Mobilfunkanlage sei nicht zonenverträglich und verstosse gegen das Verbot von Hochantennen (§ 35 Abs. 3 BZR). Die Anlage widerspreche dem Gestaltungsplan Z, gliedere sich wegen ihrer Höhe nicht in die bestehende Umgebung ein und beeinträchtige zudem ein schützenswertes Kulturgut. Sie hat zusätzlich geprüft, ob für die Mobilfunkanlage eine Ausnahmebewilligung erteilt werden kann. Dazu hat sie ausgeführt, Gestaltungspläne würden als ausnahmefeindlich gelten, da sie ihrerseits eine Privilegierung gegenüber der Regelbauweise darstellten. Deshalb könne für die Mobilfunkanlage eine Baubewilligung nur dann in Frage kommen, wenn der Gestaltungsplan Z vorgängig geändert werde und dieser eine entsprechende Nutzung erlauben würde. Auch von den Vorschriften des BZR könne der Gemeinderat aus wichtigen Gründen Ausnahmen bewilligen. Die Baugesuchstellerin habe aber weder im Baugesuch noch in ihren Stellungnahmen zu den Einsprachen wichtige Gründe geltend gemacht und solche seien auch nicht ersichtlich.
aa) Die Beschwerdeführerin hat im neuen Baugesuch die geplante Mobilfunkanlage in der Höhe, der Strahlenleistung und in Bezug auf ihre Ausstattung (Weglassen des Richtfunks) redimensioniert und macht gestützt darauf geltend, es handle sich nicht um ein identisches Projekt, weshalb dem neuen Baugesuch die Rechtsbeständigkeit und Rechtskraft des vorinstanzlichen Entscheides vom 25. April 2007 nicht entgegengehalten werden dürfe. Nun verkennt die Beschwerdeführerin jedoch, dass die Vorinstanz in ihrem ersten Entscheid festgehalten hat, am beantragten Standort, sei aufgrund der aktuellen Rechtslage überhaupt keine Mobilfunkantennenanlage zulässig. Insbesondere in Bezug auf den am geplanten Standort geltenden Gestaltungsplan Z (vgl. zum Gestaltungsplan im luzernischen Recht: § 72 ff. PBG) hat die Vorinstanz in ihren damaligen Erwägungen (Ziff. 5.3) mit Verweis auf § 73 Abs. 1 PBG ausgeführt, dass Gestaltungspläne nicht nur die eigentlichen Bauten, sondern auch verschiedenste Anlagen wie Verkehrsanlagen, Abstellflächen, Flächen für die Entsorgung, Spielplätze usw. regelten. Die Aufzählung im Gesetz zeige, dass selbst kleinste, nur dem Gestaltungsplangebiet dienende Anlagen Inhalt des Planes sein könnten bzw. müssten. Damit werde der Standort auch für von den Bewohnern nicht immer geschätzte Anlagen gesichert, was umgekehrt bedeute, dass die einmal festgelegten Standorte später nur verlegt werden dürften, wenn der Gestaltungsplan diesbezüglich geändert werde. Gleiches gelte, wenn Standorte für neue, im geltenden Gestaltungsplan bisher nicht vorgesehene Anlagen festgelegt werden sollten. Eine Mobilfunkanlage habe nicht nur in umweltrechtlicher, sondern auch in raumplanungsrechtlicher Hinsicht Auswirkungen auf Bewohner und Nachbarn und berühre auch öffentliche Interessen. Deshalb könne die geplante Mobilfunkanlage nur realisiert werden, wenn der Gestaltungsplan Z vorgängig im dafür vorgesehenen Verfahren geändert werde und dieser eine entsprechende Nutzung erlauben würde. Weiter hat die Vorinstanz bei der Prüfung, ob eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könnte, eine solche nochmals insbesondere mit dem Verweis auf den ausnahmefeindlichen Gestaltungsplan verweigert (Ziff. 6 des Entscheides vom 25.4.2007).
bb) Auch wenn das Bauprojekt in tatsächlicher Hinsicht gewisse Änderungen erfahren hat, handelt es sich dabei unbestrittenermassen nach wie vor um eine Mobilfunkanlage. Aus den Erwägungen im Entscheid vom 25. April 2007 ergibt sich zweifelsfrei, dass die Vorinstanz am geplanten Standort jede Art von Mobilfunkantennen als nicht mit dem Gestaltungsplan Z vereinbar betrachtete. Es spielt hier keine Rolle, ob die Aussagen der Vorinstanz zur Vereinbarkeit einer Mobilfunkanlage mit dem Gestaltungsplan Z und im Übrigen auch mit dem Verbot von Hochantennen (vgl. dazu BG-Urteil 1C_248/2009 vom 13.4.2010) sowie der Eingliederung ins Orts- und Landschaftsbild einer gerichtlichen Überprüfung mit Berücksichtigung der in der Fernmeldegesetzgebung verankerten bundesrechtlichen Schranken Stand hielte. Entscheidend ist, dass die Vorinstanz in ihrem Entscheid vom 25. April 2007 klar und unmissverständlich ihre Rechtsauffassung in Bezug auf den geplanten Mobilfunkstandort mitteilte. Aus dieser Begründung ergibt sich ohne weiteres, dass es für eine Bewilligung durch die Vorinstanz nicht genügen würde, die Antennenanlage zu redimensionieren. Diese erachtete vielmehr eine Mobilfunkantenne unter den gegebenen rechtlichen Rahmenbedingungen - insbesondere wegen des bestehenden Gestaltungsplanes Z - am gewählten Standort als grundsätzlich nicht - auch nicht ausnahmsweise - bewilligungsfähig. Massgeblich war damit für die Vorinstanz nicht die Höhe und Ausstattung der Mobilfunkanlage, sondern die Tatsache an sich, dass es sich um eine Mobilfunkanlage handelt, eine solche aber ohne entsprechende Anpassung des Gestaltungsplanes Z nicht bewilligt werden kann. Hätte sich die Beschwerdeführerin gegen diese rechtliche Einschätzung wehren wollen, hätte sie innert Frist das ordentliche Rechtsmittel ergreifen müssen. Ihr Rechtsschutzinteresse an einer gerichtlichen Beurteilung wäre offensichtlich gegeben gewesen. Wenn die Beschwerdeführerin stattdessen - ohne dass sich die Rechtslage geändert hat - wiederum ein Baugesuch für eine Mobilfunkantenne am gleichen Standort einreicht, macht sie eine identische Streitsache anhängig, was dazu führt, dass ihr die Rechtsbeständigkeit und die Rechtskraft des vorhergehenden Entscheides vom 25. April 2007 entgegengehalten werden kann.
cc) Die Vorinstanz ist somit zu Recht auf das zweite Baugesuch nicht eingetreten und hat dieses nur als Wiedererwägungsgesuch entgegengenommen. Da das Gericht diesbezüglich an den vorinstanzlichen Verzicht auf Behandlung desselben gebunden ist, ist der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid auf das zweite Baugesuch zu bestätigen. Zu bemerken ist, dass die Vorinstanz auch ohne Publikation des erneuten Baugesuches hätte feststellen können, dass es sich dabei um ein identisches Gesuch handelt. Stattdessen hat sie das neue Baugesuch vorerst verfahrensmässig an die Hand genommen, was zumindest unter prozessökonomischen Gesichtspunkten fragwürdig ist. Zu berücksichtigen ist dabei aber auch, dass es sich bei der Vorinstanz um eine nicht juristische Fachbehörde handelt und die Beurteilung der Rechtsbeständigkeit des ersten Entscheides und damit die Frage, ob es sich um ein im Vergleich zum ersten Baugesuch identisches Gesuch handelt, in rechtlicher Hinsicht nicht einfach zu beantworten war (vgl. nachfolgende E. 4c/cc). Diese Frage hatte die Vorinstanz zu beantworten, bevor sie überhaupt das zweite Baugesuch als Wiedererwägungsgesuch bezeichnen durfte. Dieses hat sie dann ohne Weiterungen und zu Recht mit der Begründung als unzulässig bezeichnet, da eine Wiedererwägung nicht dazu dienen dürfe, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder in Frage zu stellen oder - was im vorliegend zu beurteilenden Fall vor allem massgebend ist - die Fristen für die Ergreifung von Rechtsmitteln zu umgehen. Auch bei negativen Verfügungen scheidet eine Wiedererwägung nämlich aus, wenn den Behörden kurze Zeit nach einem abgelehnten Gesuch erneut ein identisches Gesuch unterbreitet wird (BGE 120 Ib 47 E. 2b; BG-Urteil 2C_114/2009 vom 4.8.2009, E. 2.2). Die Beschwerdeführerin rügt im Übrigen auch nicht, die Vorinstanz habe ihren Entscheid über das erste Baugesuch zu Unrecht nicht in Wiedererwägung gezogen. Im Gegenteil: mit ihrem Vorwurf, die Vorinstanz habe ihr zweites Gesuch zu Unrecht als Wiedererwägungsgesuch entgegen genommen macht sie gerade klar, dass sie ein solches gar nicht stellen wollte. Auf die materiellen Vorbringen der Beschwerdeführerin zur Eventualbegründung der Vorinstanz (Ziff. 7 des angefochtenen Entscheids) ist damit ebenfalls nicht weiter einzugehen.
4.- a) Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren die Höhe der von der Vorinstanz verlegten Kosten von Fr. 8'016.70. Die Kosten seien zudem ohne nähere Begründung erhoben worden, was den Grundsatz des rechtlichen Gehörs verletze. Würden solche Kosten überbunden, müsse eine nachvollziehbare Begründung die prohibitiv anmutenden Fr. 8'016.70 erklären. Die Vorinstanz verweist in ihrer Vernehmlassung auf die detaillierte Zusammenstellung der Gebührenrechnung in der entsprechenden Gebührenspezifikation.
b) Der von der Beschwerdeführerin aufgelegten Gebührenrechnung ist zu entnehmen, dass während der 30-tägigen Zahlungsfrist die Gebührenspezifikation bei der Vorinstanz eingesehen oder schriftlich ein beschwerdefähiger Entscheid verlangt werden kann. Die Beschwerdeführerin hat offenbar innert Frist keine dieser Handlungen vorgenommen. Ob ihr dies zum Nachteil gereicht oder ob sie die Höhe der Kosten der Baubewilligung (nur oder) auch im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren anfechten kann, ist im Folgenden zu prüfen.
aa) Das Gericht hat bereits in seinem Urteil vom 24. November 1998 (V 97 268 / 283, E. 2b/bb) festgehalten, dass im Rahmen eines Beschwerdeverfahrens betreffend eine Baubewilligung auf entsprechende Rüge hin auch die in diesem Entscheid auferlegten Gebühren bzw. Verfahrenskosten überprüft werden. Es hat es abgelehnt, die Gebührenrechnung als einen selbständig anfechtbaren Entscheid gemäss § 26 GebG zu bezeichnen (vgl. LGVE 1977 II Nr. 9 zur analogen Rechtsprechung zum alten Baugesetz und Gebührengesetz). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn - wie im vorliegend angefochtenen Entscheid - die Gebühren im Urteilsdispositiv verlegt werden. Damit ist eine solche Kostenverlegung ausschliesslich im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren anfechtbar und es versteht sich damit von selbst, dass die Höhe und Zusammensetzung der Gebühren zu begründen sind. Im Gegensatz zu Art. 29 Abs. 2 BV verlangt § 110 Abs. 1 VRG zudem ausdrücklich, dass die Begründung im Entscheid selbst oder in einem Anhang dazu enthalten ist (LGVE 1999 II Nr. 3 E. 4b).
bb) Dem angefochtenen Entscheid lag eine Rechnung über Fr. 8'016.70 bei, auf der jedoch nur summarisch aufgelistet wurde, welche Handlungen mit den geltend gemachten Gebühren abgegolten werden. Die Vorinstanz hat es insbesondere unterlassen, auf die ausserordentlichen Kosten in der Höhe von Fr. 5'327.30 für die Beratung durch einen externen Rechtsanwalt hinzuweisen und diese zu begründen. Da sie nicht geltend macht und solches auch nicht ersichtlich ist, dass die Beschwerdeführerin anderweitig (z.B. aufgrund vorangegangener Verhandlungen, Sitzungsprotokollen usw.) vorgängig, d.h. bei Eröffnung der Verfügung, von der Begründung dieser ausserordentlichen Kosten Kenntnis hatte, hat sie jedenfalls kantonales Verfahrensrecht verletzt. Die diesbezüglich mangelhafte Eröffnung des Entscheides kann aber unter den vorliegenden Umständen im verwaltungsgerichtlichen Verfahren "geheilt" werden, da das Verwaltungsgericht im vorliegenden Fall über volle Kognition verfügt und damit auch das Ermessen prüfen kann. Immerhin wird diese Vorgehensweise bei der Kostenverlegung dieses Entscheides angemessen zu berücksichtigen sein. Der Vorinstanz ist für künftige Verfahren zu empfehlen, insbesondere ausserordentliche Kosten in ihren Entscheiden oder einer separaten und dem Entscheid beigelegten Gebührenspezifikation auszuweisen und zu begründen.
c) Wie im Sachverhalt erwähnt, hat das Gericht bei der Vorinstanz die Gebührenspezifikation editieren lassen und diese der Beschwerdeführerin am 23. März 2010 zur Stellungnahme zugestellt. Diese liess sich jedoch dazu nicht vernehmen. Gestützt auf die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhobene Rüge ist jedoch trotzdem zu untersuchen, ob die Höhe der von der Vorinstanz verlegten Kosten einer gerichtlichen Überprüfung stand hält.
aa) Gemäss § 212 Abs. 1 PBG erheben Kanton und Gemeinden für die Erfüllung ihrer planungs- und baurechtlichen Aufgaben Gebühren. Nach Abs. 4 dieser Bestimmung erlassen die Gemeinden für die Bemessung solcher Gebühren eine Gebührenordnung. Die Gemeinde Meggen hat ihre diesbezügliche Regelung in § 42 f. ihres BZR verankert. Gemäss § 43 Abs. 1 BZR erhebt der Gemeinderat von der Gesuchstellerin für den Erlass von Entscheiden im Bauwesen eine Spruchgebühr, die sich an den vorgesehenen Baukosten orientiert. Dabei werden für die ersten Fr. 2'000'000.-- ein Promille (1.0 o/oo) der Baukosten erhoben, mindestens aber Fr. 100.--. Für die übrigen Aufwendungen im Zusammenhang mit der Behandlung von Baugesuchen usw. sowie für die Baukontrollen werden die Aufwendungen nach Aufwand gemäss den Ansätzen der GebV verrechnet (§ 43 Abs. 3 BZR).
bb) Die von der Vorinstanz für ihre verwaltungsinternen Aufwendungen geltend gemachten Kosten halten einer Überprüfung mit § 3 GebV Stand. Näher zu betrachten ist jedoch der in Rechnung gestellte Betrag von Fr. 5'327.30 für den Aufwand für einen externen Rechtsanwalt. Die Vorinstanz stützt sich bei der Verrechnung dieses Betrages offensichtlich auf § 42 Abs. 3 ihres BZR, wonach der Gemeinderat berechtigt ist, bei schwierigen Bauproblemen neutrale Fachleute beizuziehen. Die Kosten, die durch diesen Beizug von Fachleuten entstehen, seien grundsätzlich dem Gesuchsteller aufzuerlegen. Nur wenn die Gemeinde an einem Gutachten wesentlich selber interessiert sei, habe sie einen angemessenen Teil der Kosten selber zu übernehmen. Damit verfügt die Vorinstanz über eine Rechtsgrundlage, um solche Aufwendungen externer Fachleute auf die Gesuchsteller zu überwälzen. Dies ändert aber wiederum nichts daran, dass - wie das Verwaltungsgericht schon mehrfach festgehalten hat - die gesonderte Verrechnung von Honorarkosten externer Fachleute nur zurückhaltend erfolgen darf und sich in jedem Fall auf Verrichtungen beschränken muss, für die der Beizug einer Fachperson unabdingbar ist (vgl. LGVE 2000 II Nr. 8 E. 4e, Urteil V 04 312 vom 5.8.2005, E. 4a). Die Kosten eines externen Juristen, der das Baugesuch prüft, können zudem nicht isoliert und rein nach dem tatsächlichen Aufwand weiter verrechnet werden, ohne dass geprüft wird, ob dieser Aufwand in einem vernünftigen Verhältnis zum kantonalen Rahmen steht und ob er im Einzelfall der Bedeutung des Geschäfts angemessen ist (Fritzsche/Bösch, Zürcher Planungs- und Baurecht, 4. Aufl., Wädenswil 2006, S. 21-21). Zu beachten ist weiter das Äquivalenzprinzip, welches von den Behörden verlangt, dass die Höhe der Staatsgebühr im Einzelfall in einem ausgewogenen Verhältnis zum objektiven Wert der Leistung steht und sich in vernünftigen Grenzen halten muss sowie das Kostendeckungsprinzip, womit die Gesamteinnahmen der Gebühren die gesamten Kosten des betreffenden Verwaltungszweigs nicht oder nur geringfügig übersteigen dürfen (statt vieler: BGE 126 I 188 E. 3a; V 04 312 vom 5.8.2005, E. 3).
cc) Im vorliegend zu beurteilenden Fall stellt sich vorab insbesondere die Frage, ob die Sache derart komplex war, dass der Beizug eines externen Rechtsanwaltes im geltend gemachten Ausmass unabdingbar und die vollumfängliche Belastung der Beschwerdeführerin mit den entstandenen Kosten gerechtfertigt war. Die Vorinstanz musste sich bei ihrer Beurteilung insbesondere mit der Frage der Rechtsbeständigkeit ihres ersten Urteils von 2007 auseinandersetzen. Dass sie für die Beurteilung dieser nicht alltäglichen Rechtsfrage auf juristischen Beistand angewiesen war, ist nicht zu beanstanden. Die Überwälzung dieser Kosten kann sie somit im Grundsatz auf § 42 Abs. 3 BZR stützen. Aus der Honorarnote des betreffenden Rechtsanwalts D ergibt sich jedoch, dass nebst Besprechungen mit dem zuständigen Mitarbeiter des kommunalen Bauamtes, Aktenstudium und rechtlichen Abklärungen er auch an mehreren Tagen mit dem Entwurf des vorinstanzlichen Entscheides beschäftigt war. Das Erstellen und Redigieren eines Entscheides ist jedoch eine typische Aufgabe der zuständigen Baubehörde, für die sich der Beizug einer externen Fachperson respektive die vollumfängliche Überwälzung der dafür entstandenen Kosten nicht rechtfertigt. Der Anwalt verrechnete der Gemeinde für seine Aufwendungen insgesamt 22,5 Stunden à Fr. 220.-- zuzüglich Mehrwertsteuer. Welche Aufwendungen des Gemeinderates Meggen mit der Spruchgebühr bereits abgegolten sind, ergibt sich nicht mit der erforderlichen Klarheit aus § 43 Abs. 1 BZR (vgl. bspw. LGVE 2000 II Nr. 8 E. 4e). Weitere Abklärungen und Ausführungen können für die Beurteilung des vorliegenden Falles aber unterbleiben, insbesondere auch, weil die Beschwerdeführerin - obwohl ihr ausdrücklich Gelegenheit dazu gegeben wurde - sich nicht zur Gebührenspezifikation äusserte und ihren Antrag auf Reduktion der Kosten nicht weiter begründete. Auch die Vorinstanz begnügte sich in ihrer Vernehmlassung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde ausschliesslich mit einem Verweis auf die Gebührenspezifikation. Mit Blick auf das Äquivalenz- und Kostendeckungsprinzip kann aber jedenfalls nicht gesagt werden, mit der minimalen Spruchgebühr von Fr. 100.-- seien die Aufwendungen für das Erstellen und Redigieren des Entscheides gedeckt. Die Vorinstanz hat für den "Antrag an den Gemeinderat mit Festlegung der Bedingungen und Entwurf der Bewilligung" lediglich 3 Stunden mit einem Ansatz von Fr. 90.--/Std. verrechnet. Es rechtfertigt sich, von den vom Rechtsanwalt in Rechnung gestellten 22,5 Stunden zehn Stunden für den Entwurf und die Redaktion des Entscheides einzusetzen. Diese zehn Stunden sind - unter Berücksichtigung des Gleichbehandlungsgebots - mit dem von der Vorinstanz verwendeten Stundenansatz von Fr. 90.-- der Beschwerdeführerin zu verrechnen. Im Gegenzug ist der für den Aufwand des externen Rechtsberaters verrechnete Betrag von Fr. 5'327.30 zu reduzieren.
dd) Zusammenfassend ist somit festzuhalten, dass die Vorinstanz für die rechtliche Beurteilung der Zulässigkeit des zweiten Baugesuches der Beschwerdeführerin einen externen Juristen beiziehen respektive die Kosten für diesen Auftrag der Beschwerdeführerin belasten durfte. Demgegenüber handelt es sich beim Erstellen und Redigieren des vorinstanzlichen Entscheides um eine typische Aufgabe der Verwaltungsbehörde, was die Belastung der durch die externe Vergabe dieser Aufgabe zusätzlich erwachsenen Kosten auf die Gesuchstellerin nicht rechtfertigt. Somit dürfen von den in Rechnung gestellten Aufwendungen des externen Rechtsanwalts nur 12,5 statt 22,5 Stunden à Fr. 220.--- der Beschwerdeführerin belastet werden. Dieser der Beschwerdeführerin zu verrechnende Betrag reduziert sich damit von Fr. 5'327.30 auf Fr. 2'960.75 (12,5 à Fr. 220.-- plus Fr. 1.-- Auslagen und 7,6 % MWSt). Andererseits kann die Vorinstanz für die Erstellung und Redaktion des angefochtenen Entscheides zusätzlich zehn Stunden zum Ansatz von Fr. 90.-- verrechnen, was einen zusätzlichen Aufwand von Fr. 900.-- ergibt. Damit reduzieren sich die der Beschwerdeführerin in Rechnung gestellten Kosten für den vorinstanzlichen Entscheid von Fr. 8'016.70 um Fr. 2'060.75 auf Fr. 5'956.65.
5.- Abschliessend ist somit der angefochtene Entscheid in Bezug auf die verlegten Kosten anzupassen. Im Übrigen erweist sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde jedoch als unbegründet, weshalb sie abzuweisen ist.