Sachverhalt:
1.- In den letzten Jahren sind regelmässig Wölfe aus den italienisch-französischen Alpen in die Schweiz zugewandert. Dies veranlasste das Bundesamt für Umwelt (BAFU), am 10. März 2008 einen Managementplan für den Wolf in der Schweiz, kurz: Konzept Wolf, zu erlassen. Dieses Konzept teilt die Schweiz in verschiedene Kompartimente auf, und für jedes Kompartiment ist eine Internationale Kommission (IKK) eingesetzt. Die IKK koordiniert das Monitoring der Wölfe und erteilt unter anderem gegebenenfalls die Zustimmung zu Abschussbewilligungen.
In der Zeit zwischen 10. und 29. Juli 2009 riss ein Wolf in der Gemeinde Flühli auf den Alpen Hurbelen und Änggenlauenen 27 Schafe. In der Folge gelangte die Luzerner Dienststelle Landwirtschaft und Wald (Dienststelle lawa) an die der Sache nach zuständige IKK für das Gebietskompartiment III (Zentralschweiz West) und beantragte die Prüfung der Frage, ob die Kriterien für den Abschuss des schadenstiftenden Wolfs erfüllt seien. Die IKK vertrat die Auffassung, dass der Abschuss des schadenstiftenden Wolfs zur Verhinderung weiterer Schäden als kurzfristige Sofortmassnahme während der Alpzeit 2009 mit dem Konzept Wolf vereinbar sei. Gestützt auf diese Stellungnahme ordnete die Dienststelle lawa am 5. August 2009 den Abschuss des schadenstiftenden Wolfs in dem von der IKK festgelegten Abschussperimeter an und beauftragte damit die kantonalen Organe der Jagdaufsicht. Die Dienststelle lawa befristete diese Abschlussbewilligung bis 19. September 2009. Weiter entzog sie einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
2.- Der WWF Schweiz und die Pro Natura liessen gegen diese Verfügung Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben und zur Hauptsache beantragen, es sei festzustellen, dass die Verfügung rechtswidrig sei; sie sei aufzuheben. In prozessualer Hinsicht verlangten die Beschwerdeführer die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung im Verfahren vor Verwaltungsgericht. Mit Verfügung vom 10. September 2009 wies das Verwaltungsgericht dieses Gesuch ab. In der Eingabe vom 16. September 2009 beantragten die Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe die Rechtslage auch dann noch zu klären, falls der Wolf bis zum 19. September 2009 nicht abgeschossen werde.
3.- Das Verwaltungsgericht erklärt das Verfahren als erledigt. Auf eine gegen diese Erledigterklärung gerichtete Beschwerde des WWF und der Pro Natura trat das Bundesgericht mit Urteil vom 24. November 2009 nicht ein.
Aus den Erwägungen des Entscheides des Verwaltungsgerichts:
Die strittige Abschussverfügung war bis 19. September 2009 befristet. Über diesen Zeitpunkt hinaus entfaltet sie keine Wirkung. Ziel der beschwerdeführenden Organisationen ist der Schutz des Wolfs. Tatsächlich ist der vom Abschuss bedroht gewesene Wolf innerhalb des von der Verfügung erfassten Abschussperimeters bis zum Ablauf der in der Verfügung genannten Frist nicht abgeschossen worden. Der angefochtenen Abschussbewilligung ist mithin nach diesem Zeitpunkt die Grundlage entzogen. Damit ist das aktuelle rechtserhebliche Interesse an der materiellen Überprüfung der Streitsache dahingefallen, weshalb das Beschwerdeverfahren als erledigt zu erklären ist (§ 109 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3. Juli 1972 (VRG; SRL Nr. 40; Cavelti/Vögeli, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen, 2. Aufl., St. Gallen 2003, N 1045; Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum VRG des Kantons Bern, Bern 1997, N 2 zu Art. 39). Folglich ergeht kein materieller Entscheid mehr. Dieser Prozessausgang tritt immer dann ein, falls eine behördliche Anordnung zu existieren aufgehört hat, etwa, wie hier, infolge eines Zeitablaufs (so auch: Moser/Beusch/ Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2009, Rz. 3.209 mit Hinweis).
Gemäss Rechtsprechung kann ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen Interesses verzichtet werden, wenn sich die aufgeworfenen Fragen jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, an ihrer Beantwortung wegen ihrer grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und eine rechtzeitige verfassungsrechtliche Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre. Damit ist zugleich gesagt, dass die nachträgliche Überprüfung einer gegenstandslos gewordenen Anordnung sich auf die in Zukunft mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit erneut stellenden Streitfrage zu beschränken hat (BGE 131 II 674 E. 2, 121 I 282 E. 1). So kann beispielsweise das Verbot einer Demonstration überprüft werden, auch wenn der für die Demonstration vorgesehene Zeitpunkt inzwischen verstrichen ist (vgl. BGE 100 Ia 394 E. 1b; Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 3.209; Kölz/Bosshart/ Röhl, Kommentar zum VRG des Kantons Zürich, Zürich 1999, N 25 zu § 21; ferner Urteil V 05 254 vom 20.4.2006 E. 1c; Verfügung V 08 305 vom 24.9.2009 E. 5c/aa).
In der Eingabe vom 16. September 2009 machen die Beschwerdeführer geltend, bevor die Dienststelle lawa inskünftig erneut eine Bewilligung zum Abschuss eines Wolfes erlassen sollte, gelte es, die Rechtslage diesbezüglich einer gerichtlichen Überprüfung zu unterziehen. Hierin bestehe das Rechtsschutzinteresse fort. Die Abschussverfügung sei auf ihre Rechtmässigkeit hin zu überprüfen, bevor der Wolfsbestand "weiter dezimiert" werde.
Diesem prozessualen Ansatz kann nicht gefolgt werden. Zu beachten gilt es Art. 12 Abs. 1 des Bundesgesetzes über Jagd und den Schutz wildlebender Säugetiere und Vögel vom 20. Juni 1986 (JSG; SR 922.0). Diese Bestimmung handelt von der Verhütung von Wildschaden. Auf dieser Rechtsgrundlage sind die Kantone gehalten, Massnahmen selbst gegen einzelne geschützte oder jagdbare Tiere, die erheblichen Schaden anrichten, anzuordnen oder zu erlauben. Beizufügen ist, dass mit der Durchführung dieser Massnahmen bloss Jagdberechtigte und Aufsichtsorgane beauftragt werden dürfen (Art. 12 Abs. 2 JSG). Es steht ausser Frage, dass der Wolf (Canis lupus) sowohl nach Massgabe der Rechtslage in der Schweiz als auch auf der Basis von internationalen Artenschutzabkommen geschützt ist, sodass von einer der bestgeschützten Tierarten gesprochen werden kann. Mit Bezug auf das internationale Recht sei an dieser Stelle auf das Übereinkommen über die Erhaltung der europäischen wildlebenden Pflanzen und Tiere und ihrer natürlichen Lebensräume vom 19. September 1979 hingewiesen (nachstehend: Konvention). Die Schweiz hat diese Konvention am 1. Juni 1982 in Kraft gesetzt (SR 0.455). Der Wolf (Canis lupus) ist im Anhang II dieser Konvention in der Liste der "streng geschützten Tierarten" aufgeführt. Weiter sei auf die Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora vom 3. März 1973 (CITES, Beitritt der Schweiz: 9.7.1974) hingewiesen, die den Wolf zu den vom "Aussterben bedrohten Arten" zählt. Dies belegt den hohen Schutzstandard, den der Wolf geniesst. Die Vorinstanz hat dies keineswegs ausser Acht gelassen. Die verankerte Schutzstrategie darf aber nicht verabsolutiert werden. Es kann diesbezüglich auf Art. 9 der Konvention verwiesen werden, die es den einzelnen Vertragsstaaten gegebenenfalls erlaubt, (u.a.) selbst gegen diese geschützten Tierarten, wie den Wolf, geeignete Massnahmen zur Verhütung von Schäden bei "Viehbeständen" zu ergreifen. Art. 12 Abs. 2 JSG kann vor diesem Hintergrund konventionskonform zur Anwendung kommen. Es versteht sich, dass die Behörden diesfalls dem Verfassungsgebot der Verhältnismässigkeit verpflichtet sind (vgl. Art. 5 Abs. 2 der Bundesverfassung vom 18. April 1999; BV; SR 101), sodass der Abschuss eines geschützten Tieres, wenn überhaupt, nur als ultima ratio in Erwägung zu ziehen ist. Erforderlich ist daher eine sachgerechte Gewichtung der auf dem Spiele stehenden Interessen. Diese sind aber in einem Fall wie dem vorliegenden gewissen Änderungen unterworfen. Die Regelung legaler Abschüsse ist denn auch so formuliert, dass eine flexibel Anwendung möglich ist. Die Schäden müssen in einem angemessenen Schadenperimeter auftreten, und die Kantone können die Kriterien (Anzahl Risse, Zeitspanne) im angemessenen Rahmen den lokalen und regionalen Gegebenheiten anpassen. So diskutieren betroffene landwirtschaftliche Bewirtschafter mit Fachleuten und Behördenvertretern möglichst griffige Massnahmen, die inskünftig - etwa bei Alpbewirtschaftungen im nächsten Jahr - dem Schutz des Viehbestandes vor einem Zugriff des Wolfes dienen könnten. Als Stichworte seien Herdenschutzhunde sowie Einzäunung erwähnt. Ob die Behörden unter diesen geänderten Umständen inskünftig je wieder gehalten sein werden, den Abschuss eines schadenstiftenden Wolfes zu verfügen, ist denn auch völlig offen, weshalb das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der durch Zeitablauf dahin gefallenen Abschussverfügung zu verneinen ist.
Selbst wenn die Behörden in einem späteren Zeitpunkt erneut gezwungen würden, eine ähnliche Abschussbewilligung zu erlassen, könnte diese rechtzeitig gerichtlich überprüft werden. Denn es ist durchaus möglich, dass eine neue Verfügung länger als wie hier bloss für 45 Tage gültig ist - das Konzept sieht für eine Abschussbewilligung eine Maximaldauer von 90 Tagen vor -, sodass für eine gerichtliche Beurteilung wohl genügend Zeit bleibt. Zudem könnte in einem solchen Fall der offenbar von den Beschwerdeführern befürchtete vorzeitige Abschuss des Wolfes während der Hängigkeit der Beschwerde mit der Erteilung der aufschiebenden Wirkung verhindert werden. Dies war vorliegend nicht nötig, da die Verfügung bei Eingang der Beschwerde bloss noch 10 Tage gültig war und ein Abschuss in dieser kurzen Zeit eher unwahrscheinlich erschien.
Kostenfolgen.