A besuchte im Schuljahr 2008/2009 die 4. Primarklasse im Schulhaus X, in der Gemeinde Y. Eine schulpsychologische Abklärung in der 2. Primarklasse ergab eine Lese-/Rechtschreibschwäche (Legasthenie/Dyslexie), mit starker Ausprägung der Leseschwäche. Anfangs Februar 2009 erhielt A ihr Zeugnis für das erste Semester der 4. Primarklasse.. Dagegen erhoben die Eltern der Schülerin beim Bildungs- und Kulturdepartement des Kantons Luzern (BKD) Verwaltungsbeschwerde und beantragten die Aufhebung der Noten in den Fächern Deutsch, Englisch, Mathematik sowie Mensch und Umwelt und deren Neufestsetzung, wobei im Rahmen der Benotung die behindertenbedingten Bedürfnisse bei ihrer Tochter angemessen zu berücksichtigen seien. Mit Entscheid vom 28. August 2009 wies das BKD die Verwaltungsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Gleichzeitig bestätigte es das angefochtene Zeugnis, bzw. die beanstandeten Zeugnisnoten. Gegen diesen Beschwerdeentscheid liess A durch ihre Eltern Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Der Streit dreht sich der Sache nach um die Benotung im Semesterzeugnis der Beschwerdeführerin, einer Schülerin der 4. Primarklasse in der Gemeinde Y. Formeller Anfechtungsgegenstand (vor Verwaltungsgericht) ist der Beschwerdeentscheid des BKD vom 28. August 2009, mit welchem das Fachdepartement das Semesterzeugnis mit Bezug auf die Benotung (im Ergebnis) bestätigte und die dagegen geführte Verwaltungsbeschwerde der Schülerin abwies, soweit darauf einzutreten war. Der Beschwerdeentscheid basiert auf dem Gesetz über die Volksschulbildung vom 22. März 1999 (VBG; SRL Nr. 400a). Weiter ist mit Bezug auf die Benotung auf die Verordnung über die Beurteilung der Lernenden in der Volksschule vom 15. Mai 2007 (Beurteilungsverordnung; SRL Nr. 405a) zu verweisen. Ferner zog die Vorinstanz die Verordnung über die Förderangebote der Volksschule vom 21. Dezember 1999 (SRL Nr. 406) bei. Der Rechtsschutz im Bereich der Volksschule ist in § 64 VBG verankert. Danach kann gegen "Entscheide" der Lehrpersonen und der Fachpersonen der schulischen Dienste, der Schulleitung, der Leitung von Förderangeboten, der Leitung schulischer Dienste, der Schulpflege und der zuständigen Dienststelle innert 20 Tagen Verwaltungsbeschwerde beim zuständigen Departement geführt werden (§ 64 Abs. 1 VBG). Gegen Entscheide des zuständigen Departements ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig, soweit das Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege die Beschwerde nicht ausschliesst (§ 64 Abs. 2 VBG). Einen solchen Ausschluss kennt das Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege vom 3. Juli 1972 (VRG; SRL Nr. 40) nicht (vgl. §§ 149 und 150 VRG e contrario). Das Verfahren richtet sich nach den Bestimmungen des VRG (§ 64 Abs. 3 VBG). Im Ansatz nichts Abweichendes ist § 27 der Beurteilungsverordnung zu entnehmen. Hier wie dort wird mit Bezug auf die Zulässigkeit zur Beschwerde (bzw. Verwaltungsgerichtsbeschwerde) als Anfechtungsgegenstand ein "Entscheid" vorausgesetzt (§§ 142 Abs. 1 und 148 Abs. 1 VRG; statt vieler: Tschannen/Zimmerli/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., Bern 2009, N 8 zu § 28). § 64 Abs. 3 VBG meint mit "Entscheid" den Rechtsbegriff gemäss Legaldefinition von § 4 VRG.
b) Nach § 4 Abs. 1 VRG ergeht ein Entscheid, wenn eine dem VRG unterstellte Behörde mit hoheitlicher Wirkung für den Einzelfall Rechte und Pflichten bestimmter Personen begründet, ändert oder aufhebt (§ 4 Abs. 1 lit. a VRG), die rechtlichen Verhältnisse bestimmter Personen feststellt (§ 4 Abs. 1 lit. b VRG) oder Begehren im Sinne von lit. a und b abweist, nicht darauf eintritt oder sie als erledigt erklärt (§ 4 Abs. 1 lit. c VRG). Diese Definition des Entscheidbegriffs deckt sich dem Gehalt nach mit der Legaldefinition gemäss Art. 5 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren vom 20. Dezember 1968 (VwVG; SR 172.021; Uhlmann, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum VwVG, Zürich 2009, N 16 zu Art. 5).
Fraglich ist, ob die von der Beschwerdeführerin beanstandeten Zeugnisnoten in den Fächern Deutsch (Note 4.5), Mathematik (Note 4.0), Englisch (Note 4.5) und Mensch und Umwelt (Note 5.0) den Begriff des "Entscheids" im Rechtssinne erfüllen. Diese - verfahrensrechtliche - Frage stellt sich im vorliegenden Fall umso drängender, als das in Frage stehende Zeugnis Leistungsbeurteilungen enthält, die ausnahmslos als genügend oder gar besser bewertet wurden (§ 3 Abs. 3 der Beurteilungsverordnung) und deswegen eine Versetzung der Beschwerdeführerin wegen der Erfüllung der Steignorm nie in Frage stand (§ 12 Abs. 1 lit. a und 13 der Beurteilungsverordnung). Dieser Hinweis macht deutlich, dass die Sachurteilsvoraussetzung des Anfechtungsobjektes und die Legitimation insofern einen Zusammenhang aufweisen, als sich beide Aspekte nach dem Rechtsschutzinteresse bzw. Anfechtungsinteresse bestimmen lassen (zum Ganzen: Heselhaus/Seiberth, Darf "Dummheit" bestraft werden?, Zur juristischen Kontrolle von Bewertungen, in: Ackermann/Bommer, Liber Amicorum für Dr. Martin Vonplon, Zürich 2009, S. 173 ff., insbes. S. 179 mit Hinweisen). Fehlt mit andern Worten bei einem Hoheitsakt - von objektiver Warte aus betrachtet - ein Rechtsschutzbedarf, kann diesfalls von einem ergangenen Entscheid im Rechtssinne nicht gesprochen werden (im Ergebnis analog: Verfügung V 09 203 vom 5.1.2010, E. 2c). An dieser Stelle ist auch in Erinnerung zu rufen, dass beispielsweise Noten einzelner Fächer bloss Elemente darstellen, die zu einer Gesamtbeurteilung führen und daher nicht ohne weiteres selbständig anfechtbar sind (BG-Urteil 2P.177/2002 vom 7.11. 2002 mit Verweisen). Es ist allerdings nicht auszuschliessen, dass einzelne Noten unter Umständen dennoch selbständiges Anfechtungsobjekt bilden könnten. Dies ist aber nur dann der Fall, wenn an deren Höhe unmittelbar bestimmte Rechtsfolgen geknüpft sind, z.B. die Möglichkeit, zusätzliche Kurse oder Weiterbildungen zu absolvieren oder besondere Qualifikationen zu erwerben. Derlei steht hier nicht zur Debatte, was den Zweifel an der Anfechtbarkeit der in Frage stehenden Zeugnisbewertungen eher verstärkt. Anderseits darf nicht verkannt werden, dass es der Beschwerdeführerin nicht bloss darum geht, Leistungsbewertungen vor Verwaltungsgericht vorbehaltlos überprüfen zu lassen. Vielmehr will sie Ansprüche aus dem Bundesgesetz über die Beseitigung von Benachteiligungen von Menschen mit Behinderungen vom 13. Dezember 2002 (Behindertengleichstellungsgesetz [BehiG]; SR 151.3) im Zusammenhang mit Leistungsbewertungen im Schulalltag im Endeffekt durchsetzen (dazu: Art. 2 Abs. 5 i.V.m. Art. 8 Abs. 2 BehiG). Hierin erscheint der Rechtsschutzbedarf auf den zu beurteilenden Sachverhalt aber begründbar, sodass der Verwaltungsgerichtsbeschwerde unter diesen besonderen Umständen nichts im Wege steht.
c) Das Verfahren vor Verwaltungsgericht ist vom Untersuchungsgrundsatz und der Rechtsanwendung von Amtes wegen beherrscht (§§ 37 und 53 VRG). Diese beiden Grundsätze gelten indessen nicht uneingeschränkt. Sie finden ihre Ergänzung in der Mitwirkungspflicht der Parteien (§ 55 VRG), insbesondere der diesen obliegenden Begründungspflicht (§ 133 Abs. 1 VRG). Zu beachten ist ferner das Rügeprinzip, wonach das Verwaltungsgericht nur die vorgebrachten Beanstandungen untersucht und nicht prüft, ob sich der angefochtene Entscheid unter schlechthin allen in Frage kommenden Aspekten als korrekt erweist (vgl. zum Ganzen: LGVE 1998 II Nr. 57, 1994 II Nr. 10 E. 1c, 1992 II Nr. 47 E. 3 mit weiteren Hinweisen). Im Rahmen der Mitwirkungspflicht hat die beschwerdeführende Partei in der Beschwerdebegründung darzutun, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (§ 133 Abs. 1 VRG). Dabei muss sie sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (vgl. BGE 118 Ib 136 E. 2, 113 Ib 288, mit zahlreichen Hinweisen). Allgemeine Beanstandungen sind daher nicht näher zu behandeln (vgl. LGVE 1998 II Nr. 57).
d) Im vorliegenden Verfahren ist das Verwaltungsgericht zweite Rechtsmittelinstanz. Die Beschwerdeführerin kann die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts sowie die unrichtige Rechtsanwendung rügen, jedoch nicht die unrichtige Handhabung des Ermessens (§§ 152 und 144 Abs. 2 VRG). Neue Tatsachen sind nur zulässig, soweit der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (§ 154 Abs. 2 VRG; Urteil V 09 200 vom 26.2.2010, E. 1c).
2.- Wie bereits erwähnt, ist in materieller Hinsicht die Leistungsbewertung der Beschwerdeführerin in der 4. Primarklasse umstritten. In diesem Sachzusammenhang ist auf die Rechtslage hinzuweisen. Nach § 16 Abs. 1 VBG sind die Leistungen und das Verhalten der Schüler und Schülerinnen regelmässig und nachvollziehbar zu beurteilen. Gestützt auf § 16 Abs. 3 VBG hat der Regierungsrat die Beurteilung in der Beurteilungsverordnung differenziert geregelt. Nach § 1 Abs. 1 der Beurteilungsverordnung geben Zeugnisse Auskunft über die erbrachten schulischen Leistungen, die Lernzielerreichung in der Selbst- und der Sozialkompetenz sowie über die Schullaufbahn der Lernenden. Massgebend für die Beurteilung der Leistungen sind die Lernziele der Klasse gemäss Lehrplan (§ 3 Abs. 2 der Beurteilungsverordnung). Die Leistungen werden mit den folgenden ganzen und den dazwischen liegenden halben Noten beurteilt: 6 (sehr gut), 5 (gut), 4 (genügend), 3 (ungenügend), 2 (schwach) und 1 (sehr schwach; § 3 Abs. 3 der Beurteilungsverordnung). Die Zeugnisnoten ergeben sich aus der Bewertung mehrerer verschiedenartiger Leistungen der Lernenden, welche den Zielen der Lehrpläne entsprechen (§ 3 Abs. 4 der Beurteilungsverordnung). Der Besuch von Fächern, die aufgrund anderweitiger Bestimmungen nicht benotet werden, ist mit dem Eintrag "besucht" zu bestätigen (§ 3 Abs. 5 der Beurteilungsverordnung). Sodann ist mit Bezug auf den interessierenden Fall insbesondere auf § 9 der Beurteilungsverordnung hinzuweisen. Diese Bestimmung handelt von "Lernenden mit besonderen Voraussetzungen". Sie hat folgenden Wortlaut:
Bei einer vom zuständigen Schuldienst als behandlungsberechtigt anerkannten Lese-, Rechtschreibe- oder Rechenschwäche ist in der Primarschule oder in einer Kleinklasse im Einverständnis mit den Erziehungsberechtigten auf Noten in den Fächern Deutsch oder Mathematik zu verzichten. Unter der Rubrik "administrative Bemerkungen" ist dies mit dem Eintrag "Spezielle Förderung" zu vermerken (Abs. 1).
In anderen begründeten Fällen kann für eine befristete Zeit auf die Erteilung von Noten in einzelnen oder allen Fächern verzichtet werden. Über den Verzicht auf Noten entscheidet die Schulleitung auf Antrag der Lehrperson (Abs. 2).
Die Beschwerdeführerin weist auf ein Bedürfnis nach Förderung hin, die ihr vorenthalten worden sei. In dieser Hinsicht ist § 8 VBG heranzuziehen. Gemäss Abs. 1 dieser Bestimmung dienen Förderangebote der bestmöglichen Ausbildung und Erziehung von Lernenden, die dem Unterricht in der Regelklasse der Volksschule nicht zu folgen vermögen (lit. a) oder zu weitergehenden Leistungen fähig sind (lit. b). In den Förderangeboten sind die schulischen Anforderungen auf die individuellen Voraussetzungen der Lernenden ausgerichtet (§ 8 Abs. 2 VBG). Die Förderangebote umfassen den Spezialunterricht, die Spezialklassen und weitere Massnahmen zur Förderung der Durchlässigkeit, zur Unterstützung der Integration in die Schule und zur Gewährleistung der bestmöglichen Ausbildung (§ 8 Abs. 3 VBG). Der Regierungsrat regelt die Förderangebote in der Verordnung (§ 8 Abs. 4 VBG). Er hat dazu die Verordnung über die Förderangebote der Volksschule vom 21. Dezember 1999 (FöV; SRL Nr. 406) erlassen.
Die Beschwerdeführerin besuchte in dem hier massgeblichen Zeitraum die 4. Primarklasse im Schulhaus X, in der Gemeinde Y. Diese Bildungseinrichtung führte das System der sog. "integrierten Förderung" im Sinne der §§ 19 ff. FöV ein. Dies bedeutet, dass die heilpädagogische Unterstützung von Lernenden mit Teilleistungsschwächen wie Legasthenie und Dyskalkulie in der Regelklasse erfolgt, wobei die betroffenen Lernenden, die ganze Klasse sowie die Lehrperson durch eine heilpädagogische Fachperson unterstützt werden. Als organisatorische Massnahmen sieht § 20 Abs. 3 in Verbindung mit § 21 FöV die Möglichkeit vor, die Lernziele in einzelnen Fächern an das Lernvermögen der Lernenden anzupassen und - im Rahmen einer Vereinbarung mit den Erziehungsberechtigten - eine individuelle Beurteilungsform zu wählen. Diesfalls ersetzt ein Lernbericht die Benotung (§ 24 Abs. 1 FöV). Wird auf eine individuelle Anpassung der Lernziele verzichtet, gilt für die Benotung die Beurteilungsverordnung (§ 24 Abs. 2 FöV).
3.- a) Im Bereich von Prüfungen und der Notengebung dürfen Rechtsmittelinstanzen ihre Überprüfungsbefugnis auf Willkür und Verfahrensfehler beschränken. Dies gilt selbst dann, wenn Rechtsmittelinstanzen bei der Beurteilung solcher Streitsachen nach Massgabe der gesetzlichen Verfahrensordnung an sich eine umfassende Überprüfungsbefugnis hätten, was vor Verwaltungsgericht, wie dargetan, ohnehin nicht der Fall ist (E. 1d). Derartige Bewertungen sind denn auch kaum überprüfbar, weil der Rechtsmittelbehörde zumeist nicht alle massgebenden Faktoren der Bewertung bekannt sind. So ist es ihr in der Regel nicht möglich, sich über den im Unterricht vermittelten Stoff, die Gesamtheit der Leistungen des Betroffenen in der Prüfung und die Leistungen der übrigen Mitschülerinnen und Mitschüler ein zuverlässiges Bild zu machen. Leistungsbewertungen beziehen sich darüber hinaus häufig auch auf Spezialgebiete, in denen die Rechtsmittelbehörde nicht über ausreichende Fachkenntnisse verfügen (BG-Urteil 2P.140/2002 vom 18.10.2002, E. 3.1.1; Hördegen, Chancengleichheit und Schulverfassung, in: Luzerner Beiträge zur Rechtswissenschaft, [Hrsg.] Jörg Schmid, Bd. 6, Luzern 2005, S. 77 ff.; ferner: Jaag, Rechtsfragen der Volksschule, insbesondere im Kanton Zürich, in: ZBl 1997, S. 546). Wie die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid mit Recht ausführte, gilt diese Einschränkung für die eigentliche Notengebung nicht jedoch mit Bezug auf die Auslegung und Anwendung von Rechtsvorschriften und Verfahrensmängel.
b) Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, im Fach Deutsch sei die strittige Notengebung willkürlich erfolgt. Die Notengebung sei nicht transparent. Wenn in allen Prüfungen die Rechtschreibung berücksichtigt worden wäre, hätte die Beschwerdeführerin die Note 4; wenn die Rechtschreibung nie berücksichtigt worden wäre, hätte sie eine 5. Sie habe jedoch im Fach Deutsch die Note 4-5.
Die Willkürrüge der Beschwerdeführerin ist nicht nachvollziehbar. Der Umstand, dass die Rechtschreibung bei der Notengebung nicht zu 100 % berücksichtigt wurde, folgt dem von der Beschwerdeführerin gerade anvisierten Nachteilsausgleich. Unter E. 4c und 7c wird darauf zurückzukommen sein.
c) Im Übrigen macht die Beschwerdeführerin nicht geltend, ihre Lehrer hätten bei der strittigen Notengebung die zitierten Bestimmungen verletzt. Insbesondere verlangt sie weder eine Lernzielanpassung noch einen Verzicht auf Noten in einzelnen Fächern im Sinne von § 9 der Beurteilungsverordnung. Vielmehr haben sie und ihre Eltern ausdrücklich gewünscht, dass die Lernziele nicht an ihre Behinderung angepasst und ihre Schulleistungen benotet werden. Indes macht die Beschwerdeführerin geltend, die kantonale Gesetzgebung und deren Anwendung verletze Grundsätze von Art. 8 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV; SR 101) sowie Bestimmungen des BehiG. Insbesondere genüge § 9 der Beurteilungsverordnung den bundesrechtlichen Minimalanforderungen nicht, die es mit Bezug auf den Anspruch auf Gleichstellung von Menschen mit Behinderungen zu beachten gelte. Nach Massgabe des Bundesrechts habe sie (die Beschwerdeführerin) Anspruch darauf, dass sowohl bei der Ausgestaltung der Prüfungen wie auch der Notengebung auf ihre Behinderung angemessen Rücksicht genommen werde. Auf die Notengebung im Sinne von § 9 der Beurteilungsverordnung zu verzichten, bzw. die Lernziele nach § 21 und § 24 Abs. 1 FöV individuell festzulegen, sei keine taugliche Alternative. Die Beschwerdeführerin habe im Rahmen der Notengebung aber Anspruch auf einen Nachteilsausgleich.
4.- a) Gemäss Art. 8 Abs. 2 BV darf niemand diskriminiert werden, u. a. namentlich nicht wegen einer körperlichen, geistigen oder psychischen Behinderung. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts enthält das allgemeine Diskriminierungsverbot im Sinne der genannten Bestimmung lediglich ein Herabwürdigungs- und nicht ein generelles Benachteiligungsverbot (BGE 129 I 397 E 3.2.2). Art. 8 Abs. 4 BV beauftragt den Gesetzgeber, für Behinderte das Diskriminierungsverbot zu ergänzen und Massnahmen zur Beseitigung von Benachteiligungen der Behinderten vorzusehen. Dieser verfassungsmässige Auftrag wird im BehiG konkretisiert. Art. 2 Abs. 1 BehiG umschreibt den Begriff des Menschen mit Behinderung im Sinne des zitierten Bundesgesetzes. Es handelt sich danach um eine Person, der es eine voraussichtlich dauernde körperliche, geistige oder psychische Beeinträchtigung erschwert oder verunmöglicht, alltägliche Verrichtungen vorzunehmen, soziale Kontakte zu pflegen, sich fortzubewegen, sich aus- und fortzubilden oder eine Erwerbstätigkeit auszuüben. Mit dieser Regelung wird für den öffentlichen Bereich explizit ein Benachteiligungsverbot statuiert, das über ein blosses Herabwürdigungsverbot im Sinne von Art. 8 Abs. 2 BV hinausgeht. Eine Benachteiligung bei der Inanspruchnahme von Aus- und Weiterbildung liegt nach Art. 2 Abs. 5 BehiG insbesondere vor, wenn die Verwendung behindertenspezifischer Hilfsmittel oder der Beizug notwendiger persönlicher Assistenz erschwert werden (lit. a) oder die Dauer und Ausgestaltung des Bildungsangebots sowie Prüfungen den spezifischen Bedürfnissen Behinderter nicht angepasst sind (lit. b). Bei der parlamentarischen Beratung des BehiG wurde diesbezüglich festgehalten, es müsse auf die spezifischen Bedürfnisse Behinderter Rücksicht genommen werden, soweit dies im konkreten Fall möglich sei und unter Vorbehalt der Verhältnismässigkeit. Zu denken sei etwa an die Anpassung der Schulräume, insbesondere Tische, an die Bedürfnisse der Rollstuhlfahrer oder an das Bedürfnis Behinderter, länger die Toilette nutzen zu können (Amtliches Bulletin [AB], 2002 N 1725, Votum Meyer; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B_7914/2007 vom 15.7.2008, E. 4.2).
b) Wer durch das Gemeinwesen im Sinne von Art. 2 Abs. 5 BehiG benachteiligt wird, kann gestützt auf Art. 8 Abs. 2 BehiG bei der Verwaltungsbehörde oder beim Gericht verlangen, dass das Gemeinwesen die Benachteiligung beseitigt oder unterlässt. Nach Art. 11 Abs. 1 BehiG ordnet das Gericht oder die Verwaltungsbehörde die Beseitigung der Benachteiligung nicht an, wenn der für Behinderte zu erwartende Nutzen in einem Missverhältnis steht, insbesondere zum wirtschaftlichen Aufwand (lit. a). Es gilt somit diesfalls den Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten. Bei Massnahmen zur Kompensation sind die Interessen des Behinderten an der Beseitigung der Benachteiligung einerseits und die Belastung des Gemeinwesens aufgrund der Massnahmen andererseits in einen möglichst schonenden Ausgleich zu bringen (Schefer, Grundrechte der Schweiz, Ergänzungsband zur 3. Auflage des gleichnamigen Werkes von Jörg Paul Müller, Bern 2005, S. 261).
c) Mit Bezug auf die behindertengerechte Ausgestaltung von Prüfungen sind sich Lehre und Rechtsprechung einig, dass es nicht darum geht, an Behinderte tiefere Anforderungen zu stellen. Vielmehr hat der Nachteilsausgleich im Sinne von Art. 2 Abs. 5 BehiG durch Anpassung der Rahmenbedingungen zu erfolgen. Diese Anpassung ist vom Einzelfall abhängig (Schefer, a.a.O., S. 259; Plotke, Schweizerisches Schulrecht, 2. Aufl., Bern 2003, S. 446). In Frage kommen etwa Zeitverlängerungen in einem angemessenen Umfang, insbesondere als Ausgleich für ein behinderungsbedingt verlangsamtes Arbeitstempo, eine etappierte Prüfung, vergrösserte Prüfungsunterlagen für Sehbehinderte etc. (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B_7914/2007 vom 15.7.2008, E. 4.4 mit Hinweisen). Entsprechend der Vielfalt der Erscheinungsformen variieren die Schutzbedürfnisse. Deshalb lassen sich die Voraussetzungen, unter denen eine Ungleichbehandlung wegen der Behinderung als zulässig erscheint, nur auf relativ hoher Abstraktionsstufe und nur mit allgemeinen Begriffen umschreiben. Die spezifischen Anforderungen sind daher von Fall zu Fall näher zu bestimmen (Schefer, a.a.O., S. 259). Eine behindertengerechte Ausgestaltung von Prüfungsbedingungen ist im Übrigen Ausfluss aus dem Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung in seiner Ausprägung als Differenzierungsgebot. Bei Prüfungen ist nach Möglichkeit darauf zu achten, dass Behinderte keine Nachteile erleiden. Allerdings sind diesbezüglich Schranken zu beachten. Das Diskriminierungsverbot wird insbesondere nicht verletzt, wenn die zuständige Instanz es ablehnt, mit Rücksicht auf die Behinderung die Anforderungen, die an die Prüfung gestellt werden dürfen, zu senken (Plotke, a.a.O., S. 446; ferner: BG 2P.140/2002 vom 18.10.2002, E. 7.5).
5.- Mit der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin ein Mensch mit Behinderung im Sinne von Art. 1 und Art. 2 Abs. 1 BehiG ist, da sie anerkanntermassen an einer ausgeprägten Lese- und Rechtschreibeschwäche leidet. Die Bestimmungen des BehiG sind im vorliegenden Fall folglich zu beachten. Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die kantonale Gesetzgebung betreffend die Förderung von Schülern mit Legasthenie und Dyslexie sei mit Blick auf das BehiG und Art. 8 Abs. 2 BV ungenügend.
a) Konkret wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz in diesem Kontext vor, es fehle an einem Konzept und Richtlinien zum Umgang mit Kindern mit Teilleistungsschwächen wie Legasthenie und deren Benotung. Eine optimale Förderung dieser Kinder könne nicht punktuell erfolgen und sei ohne präzise Richtlinien undenkbar. Ohne klare Richtlinien erfolge der Nachteilsausgleich sowie die adaptierte Notengebung in willkürlicher Weise.
Weder das BehiG noch die Verfassung schreiben den Kantonen vor, wie die zitierten Grundsätze des BehiG von den Kantonen umzusetzen sind. Das BehiG ändert nichts daran, dass die Form der Schule Sache der Kantone bleibt (Hördegen, a.a.O., S. 80). Ein Gebot, für einzelne Behinderungen im Bereich der Ausbildung bestimmte Richtlinien zu erlassen, sieht das BehiG nicht vor. Aus dem Umstand, dass einzelne Kantone die von der Beschwerdeführerin geforderten Richtlinien kennen, gibt der Beschwerdeführerin keinen Anspruch darauf, dass auch der Kanton Luzern solche Richtlinien zu erarbeiten hat. Auch aus dem von ihr angerufenen Bundesgerichtsurteil BGE 130 I 352 ergibt sich keine diesbezüglich Pflicht. In diesem Urteil klärte das Bundesgericht insbesondere, unter welchen Bedingungen sich eine behinderungsbedingte Nichteinschulung in die Regelklasse mit Blick auf Art. 8 Abs. 2 BV und Art. 20 BehiG rechtfertigen lasse. Sodann ging es um die Frage, ob ein schwer behindertes Kind gestützt auf Art. 19 BV Anspruch auf eine Sonderschulung im Wohnsitzkanton habe. Weder die Prüfungsanforderungen noch die Benotung von Kindern mit Teilleistungsschwächen betreffen den hier zur Diskussion stehenden Streitgegenstand.
b) Ebenso wenig vermag die Beschwerdeführerin gestützt auf das BehiG, Art. 8 Abs. 2 BV oder Art. 19 BV einen Anspruch auf eine bestimmte Anzahl von Förderstunden sowie auf Lehrpersonen mit einer abgeschlossenen Spezialausbildung abzuleiten. Im Übrigen hat die Vorinstanz zu Recht festgestellt, dass die Beschwerdeführerin nicht hinreichend dargelegt hat, inwiefern sich die von ihr kritisierte ungenügende Förderung auf die Notengebung ausgewirkt haben soll.
c) Die Beschwerdeführerin scheint die Meinung zu vertreten, dass die Noten ein Massstab der Intelligenz und Begabung sein müssen. Dem ist nicht so. Mit den Noten werden die Schulleistungen mit Bezug auf den Lehrplan sowie die Lernziele beurteilt. Weder behinderte noch nicht behinderte Kinder haben einen Anspruch, dass die Noten ihre Intelligenz und Begabung unmittelbar wiedergeben.
d) Weiter rügt die Beschwerdeführerin, dass die kantonale Regelung betreffend die Notengebung zu einer unzulässigen Benachteilung von Kindern mit Dyslexie führe. Wohl gäbe es die Möglichkeit, dass Kinder mit Teilbehinderungen von den Lernzielen befreit würden, und deshalb keine Noten bekämen. Doch diese Variante sei auf Kinder mit geistigen Behinderungen zugeschnitten, die intellektuell nicht in der Lage seien, die schulischen Leistungen zu erbringen. Für Kinder mit Dyslexie sei dies keine taugliche Möglichkeit. Denn ohne Noten werde das Übertrittsverfahren erschwert. Zudem sei die Leistungsbefreiung klar ersichtlich und werde sich im Fall, dass später ein Arbeitgeber das Zeugnis sehen möchte, nachteilig auswirken. Deshalb habe die Beschwerdeführerin die Variante mit Notengebung gewählt. Bei dieser Variante sei die Benotung stark abhängig von der jeweiligen Lehrperson und der vom Bundesrecht vorgeschriebene Nachteilsausgleich sei ungenügend.
Mit der Vorinstanz ist festzuhalten, dass § 9 der Beurteilungsverordnung i.V.m. §§ 21 und 24 Abs. 1 ff. FöV für Kinder mit Dyslexie betreffend die Festlegung der Lernziele und die Beurteilung differenzierte Lösungen anbietet. So gibt es nicht nur die von der Beschwerdeführerin angeführte Möglichkeit, ganz auf die Festlegung von Lernzielen in einzelnen Fächern zu verzichten. Vielmehr können die Lernziele entsprechend der Behinderung adaptiert und festgelegt werden. An Stelle der Noten in Zahlen wird die Leistung entsprechend den festgelegten Lernzielen in einem Bericht beurteilt (angefochtener Entscheid, E. 8). Damit wird eine differenzierte, der Behinderung angepasste Beurteilung ermöglicht. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist es mit Blick auf eine behindertengerechte Beurteilung nicht entscheidend, ob die Bewertung in Noten, bzw. Zahlen, oder in einem schriftlichen Bericht erfolgt. Die Beschwerdeführerin fordert eine behinderungsbedingte Notenanpassung, wobei der Nachteilsausgleich im Zeugnis nicht sichtbar sein soll. Einen solchen Anspruch gewährt nun aber weder die Verfassung noch das BehiG.
e) Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die zitierten kantonalen Vorschriften für Kinder mit Teilleistungsschwächen mit Bezug auf die Lernzielfestlegung und Notengebung differenzierte Lösungen anbieten. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin steht die luzernische Rechtslage sodann im Einklang mit den bundesrechtlichen Anforderungen an die kantonale Gesetzgebung im Bereich der Behindertengleichstellung.
6.- Zu prüfen bleibt, ob bei der umstrittenen Notengebung die Grundsätze von Art. 8 Abs. 2 BV sowie die Bestimmungen des Behindertengesetzes ausreichend beachtet wurden. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die jeweiligen Rahmenbedingungen während den Prüfungen hätten nicht den Anforderungen von Art. 2 Abs. 5 BehiG entsprochen. Sie habe - obwohl gefordert - keinen ihrer Behinderung angepassten Zeitzuschlag bekommen. Auch seien die Prüfungsvorlagen trotz ihrer Sehbehinderung nicht entsprechend angepasst worden.
a) In Bezug auf die Rüge der angeblich nicht angepassten Prüfungsvorlagen führte die Schule X im vorinstanzlichen Verfahren aus, leider seien die betroffenen Lehrpersonen zunächst weder von den medizinischen Fachpersonen noch von der Beschwerdeführerin selbst über die Fehlsichtigkeit hinreichend informiert worden. Mit diesen Ausführungen setzt sich die Beschwerdeführerin in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht auseinander. Im Übrigen bestätigt sie, dass die Prüfungsunterlagen nach Kenntnis der Sehbehinderung angepasst wurden. Sodann ist aus der Stellungnahme der Lehrpersonen an die Vorinstanz zu entnehmen, dass die Lehrpersonen die Fehlsichtigkeit bei der Notengebung durchaus berücksichtigt haben. So wurde beispielsweise eine Mathematikprüfung mit ungenügenden Leistungen nicht zum Notendurchschnitt gezählt, nachdem die Lehrperson es für möglich hielt, dass die Beschwerdeführerin bei einzelnen Aufgaben visuell überfordert gewesen sein könnte.
b) Hinsichtlich des geforderten Zeitzuschlags führte die Schule X alsdann aus, die Beschwerdeführerin habe die Zeitvorgaben jeweils oft nicht voll genutzt, weshalb ein Zeitzuschlag nicht erforderlich gewesen sei. Auch damit setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Aus der vorinstanzlichen Stellungnahme der betroffenen Lehrer ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin bei einem Diktat auf Anregung von Fritz Riedweg, Mitarbeiter der Dienststelle Volksschulbildung (DVS) und zuständig für Förderangebote, nur drei Viertel des Textes schreiben musste.
c) Schliesslich beanstandet die Beschwerdeführerin, dass beim Fach Deutsch auch die Rechtschreibung bei der Benotung berücksichtigt worden sei. Die Schule führte dazu aus, die Erziehungsberechtigten hätten ausdrücklich gewünscht, dass mit Bezug auf die Lernziele keine Anpassung erfolge. Deshalb sei die Rechtschreibung bei der Notengebung berücksichtigt worden, wenn auch nicht über Gebühr. Wie die Beschwerdeführerin selbst ausführt, wurde die Rechtschreibung im Fach Deutsch bei der Notengebung nur teilweise berücksichtigt. Nachdem sie auch mit Bezug auf die Rechtschreibung nun aber ausdrücklich keine Lernzielanpassung wünscht, kann sie im Rahmen der Notengebung auch nicht verlangen, die Rechtschreibung sei überhaupt nicht zu berücksichtigen. Falls die Lehrpersonen die Rechtschreibung mit Blick auf die Dyslexie bei der Beschwerdeführerin etwas geringer gewichten, ist dies zulässig. Einen Anspruch hat sie diesbezüglich nicht, solange sie die entsprechende Lernzielanpassung ablehnt.
d) Zusammenfassend ist mit der Vorinstanz festzustellen, dass sich die Lehrpersonen der Beschwerdeführerin bemühten, auf die Behinderung sowohl bei der Ausgestaltung als auch der Bewertung der Prüfungen angemessen Rücksicht zu nehmen. So wurden der Beschwerdeführerin beispielsweise Prüfungstexte zum besseren Verständnis vorgelesen, wie sich aus den vorinstanzlichen Akten ergibt. Weiter zeigt auch die von der Beschwerdeführerin aufgelegte Korrespondenz mit den Lehrpersonen, der Schulleitung und der (kantonalen) Dienststelle Volksschulbildung, dass die Schule erheblichen Aufwand betrieb, um den Anliegen der Beschwerdeführerin, bzw. deren Eltern, Rechnung zu tragen. Von einer systematischen Benachteiligung, wie geltend gemacht wird, kann nicht die Rede sein. Es ist somit auch nicht nötig, der Schule Weisungen betreffend die Durchführung zukünftiger Prüfungen zu erteilen, wie es die Beschwerdeführerin in ihrem Antrag Ziffer 4 verlangt hat.
7.- a) Die Beschwerdeführerin beruft sich mehrfach auf das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 15.7.2008 (B_7914/2007), in dem die Pflicht zur Anpassung der Prüfungsbedingungen an die Bedürfnisse von Menschen mit Behinderungen als Folge von Art. 8 Abs. 2 BV und Art. 2 Abs. 5 BehiG ausdrücklich bejaht worden sei. Im genannten Urteil ging es um die Überprüfung eines Entscheids der Schweizerischen Maturitätskommission, die den detaillierten Begehren des mehrfach behinderten Schülers betreffend behindertengerechte Rahmenbedingungen der schriftlichen Maturitätsprüfungen teilweise nicht nachkam. Dabei rügte das Gericht insbesondere, dass der Prüfling mangels geeigneter Rahmenbedingungen die Toilette nicht aufsuchen konnte und deshalb während der Prüfung in die Hosen urinieren musste, was seine Menschenwürde verletzt habe. Weiter rügte das Gericht, dass die Maturitätskommission einzelne geforderte "technische" Rahmenbedingungen der Prüfung ohne hinreichende Begründung abgelehnt hatte. In der streitgegenständlichen Prüfung ging es darum, ob der Prüfling zu einem Hochschulstudium zugelassen wird oder nicht. Der Entscheid hatte somit für den Betroffenen erhebliche Bedeutung. Dementsprechend strenge Anforderungen stellte das Gericht an den Entscheid der Maturitätskommission betreffend die Ablehnung der geforderten Rahmenbedingungen. Dieser strenge Massstab kann nicht auf die Anforderungen an alltägliche Prüfungen im Verlauf der Primarschule übertragen werden. Im Übrigen verneinte auch das Bundesverwaltungsgericht, dass die fachlichen Anforderungen mit Rücksicht auf die Behinderung herabzusetzen seien. Zudem lehnte das Bundesverwaltungsgericht eine Anhebung der Noten als Ausgleich, dass die Prüfungen teilweise nicht der Behinderung des Prüflings angepasst waren, ausdrücklich ab. Dies hatte zur Folge, dass der Beschwerdeführer die fragliche Prüfung wiederholen durfte, bzw. musste. Dementsprechend könnten die vorliegend strittigen Noten selbst dann nicht von einer Beschwerdeinstanz neu festgesetzt werden, wenn die Rahmenbedingungen während den Prüfungen Art. 2 Abs 5 BehiG verletzt hätten. Bereits aus diesem Grund ist der Antrag Ziff. 2 der Beschwerde unbehelflich.
b) Die Beschwerdeführerin führt sodann aus, die Vorinstanz sowie die Schule X würden im angefochtenen Entscheid bzw. in den Vernehmlassungen das erste und zweite Semester vermischen. Im zweiten Semester, bzw. nach Einreichung der Verwaltungsbeschwerde, hätten die Lehrpersonen angepasster auf die Lese- und Schreibschwäche der Beschwerdeführerin Rücksicht genommen. Gerade diese Tatsache belege, dass die im ersten Semester erfolgte Anpassung ungenügend gewesen und die Beschwerde zu Recht erfolgt sei.
Die Ausführungen der Beschwerdeführerin zeigen, dass die Lehrpersonen gewillt sind, auf die Behinderung nach Möglichkeit Rücksicht zu nehmen. Im Rahmen der ihr zur Verfügung stehenden personellen und finanziellen Ressourcen muss die Schule - nebst vielen anderen Ansprüchen - auch der Förderung von Kindern mit Teilleistungsschwächen genügen. Dabei ist die Grenze zwischen dem Wünschbaren und Machbaren nicht vom Gericht sondern von den Lehrpersonen bzw. der Schulleitung und den zuständigen kantonalen Behörden im Rahmen der zitierten Gesetzgebung zu ziehen. Der Umstand, dass auf die Behinderung im zweiten Semester stärker Rücksicht genommen wurde, belegt somit keineswegs, dass die Rücksichtnahme im ersten Semester ungenügend gewesen wäre.
c) Die Beschwerdeführerin macht sodann eine Verletzung von Art. 19 BV geltend. Gestützt auf Art. 19 BV haben behinderte (gleich wie nichtbehinderte) Kinder und Jugendliche Anspruch auf einen ihnen angemessenen und ausreichenden Grundschulunterricht. Bei der Prüfung, ob eine bestimmte Massnahme nach Art. 19 BV erforderlich ist, muss immer eine Gesamtbetrachtung des schulischen Angebots als Ganzes erfolgen. Sofern Kantone auf Sonderklassen verzichten und sich allein für das Modell Integrierung entscheiden, haben sie mittels sonderpädagogischer Massnahmen, die auch getrennte Speziallektionen beinhalten können, den ausreichenden Unterricht sicherzustellen. Diese Pflicht ist indes lediglich programmatischer Natur und nicht einklagbar (Waldmann, Das Diskriminierungsverbot von Art. 8 Abs. 2 BV als besonderer Gleichheitssatz, Bern 2003, S. 743). Inwiefern die angefochtene Notengebung eine Verletzung von Art. 19 BV darstellen soll, ist nicht zu ersehen. Das Gleiche gilt für die von der Beschwerdeführerin ebenfalls angerufenen Bestimmungen des internationalen Übereinkommens vom 20. November 1989 über die Rechte des Kindes (KRK; SR 0.107).
d) Nicht einzutreten ist schliesslich auf die allgemeine Kritik der Beschwerdeführerin an der Vorinstanz und der Dienststelle Volksschulbildung betreffend die Behandlung von Schülern mit Dyslexie, ohne dass ein Bezug zur angefochtenen Notengebung hergestellt wird (E. 1c). Im Übrigen kann an dieser Stelle an die ausführlichen und zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid verwiesen werden.
8.- Fest steht nach dem Gesagten, dass der Vorinstanz weder eine Verletzung von Bundes- noch von kantonalem Recht vorgeworfen werden kann. Mithin ist der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kein Erfolg beschieden; sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.