Aus den Erwägungen:
b) Wenn die örtlichen Verhältnisse die Erstellung von Abstellflächen nicht oder nur in beschränktem Umfang zulassen, die Kosten unzumutbar sind oder die in § 94 StrG genannten Gründe der Erstellung von Abstellflächen entgegenstehen, hat der Bauherr eine angemessene Ersatzabgabe zu entrichten, sofern die Gemeindevorschriften dies vorsehen (§ 95 Abs. 1 StrG). Die Ersatzabgaben für Abstellflächen sind für Erstellung, Ausbau, Erneuerung, Unterhalt, Betrieb und Subventionierung von öffentlichen Abstell- und Verkehrsflächen für Motorfahrzeuge und Fahrräder sowie für die Förderung des öffentlichen Verkehrs zu verwenden (§ 95 Abs. 4 StrG). Art. 34 Abs. 2 BZR bestimmt, dass die Ersatzabgabe pro fehlende Abstellfläche Fr. 5000.- beträgt, angepasst an den Zürcher Index der Wohnbaukosten (Fortschreibung mit Schweizer BPI). Die Ersatzabgabe ist innert 30 Tagen nach Eintritt der Rechtskraft der Baubewilligung zu bezahlen.
b) Ausgehend vom Wortlaut von § 93 Abs. 6 StrG darf der Bauherr, sofern er die erforderlichen Abstellflächen nicht auf dem Baugrundstück erstellen kann, diese auf einem in angemessener Entfernung liegenden Grundstück bereitstellen. Wie die Beschwerdeführerin richtig bemerkt, hat sich das Verwaltungsgericht bislang - soweit ersichtlich - noch nicht darüber geäussert, welche Entfernung in diesem Zusammenhang als angemessen betrachtet werden kann.
In den Erläuterungen zum Strassengesetz von Dezember 1997 hält das Baudepartement des Kantons Luzern (heute: Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement) fest, dass als angemessene Entfernung bei Abstellplätzen für Besucher und Kunden eine Distanz von 150 m, für die übrigen Benützerkategorien von 300 m, gelten könne (S. 69). Fritzsche/Bösch nehmen diese Thematik ebenfalls auf und verweisen auf § 244 Abs. 1 des PBG des Kantons Zürich. Danach müssen Abstellplätze auf dem Baugrundstück oder in nützlicher Entfernung davon liegen. Nützlich sei eine Entfernung, wenn anzunehmen sei, dass die Abstellplätze von durchschnittlichen Benützern auch aufgesucht werden. Bei Motorfahrzeugabstellplätzen für Besucher und Kunden werde die zumutbare Distanz grösser sein als bei solchen für Bewohner. Eine Distanz von maximal 600 m in dicht überbauten Stadtgebieten sei für Dauermieter zumutbar, sofern keine andere und nähere Parkierungsmöglichkeit zur Ver-fügung stehe. In Villenquartieren dürfe diese Distanz demgegenüber 150-200 m nicht überschreiten (vgl. Fritzsche/Bösch, Zürcher Planungs- und Baurecht, 4. Aufl., Zürich 2006, S. 10-39 mit Hinweisen). § 55 des Baugesetzes des Kantons Aargau normiert, dass die Parkfelder auf privatem Grund in nützlicher Distanz zur Liegenschaft, der sie zu dienen haben, liegen müssen und dauernd als solche benutzt werden können. Nützlich ist eine Distanz, bei der das Parkplatzgrundstück unter Berücksichtigung der Verhaltensgewohnheiten der durchschnittlichen Parkplatzbenützer und aller die Parkplatzbenutzung indirekt beeinflussenden Randbedingungen wahrscheinlich benutzt wird (Kistler/Müller, Baugesetz des Kantons Aargau, 2. Aufl., Lenzburg 2002, N 9 zu § 55 mit Hinweis).
Gemäss § 93 Abs. 4 StrG wird das Ausmass der erforderlichen Abstell- und Verkehrsflächen aufgrund der Gemeindevorschriften in der Baubewilligung festgesetzt. Darin kann vorgeschrieben werden, dass die Abstellplätze für bestimmte Benützer (Bewohner, Beschäftigte, Besucher und Kunden usw.) zu reservieren sind. In dem Sinn schreibt Art. 33 Abs. 2 BZR A vor, bei Neubauten, Nutzungsänderungen und grösseren Umbauten habe der Bauherr auf privatem Grund ausreichende Ein- und Abstellflächen (für Autos, Mopeds, Velos usw.) zu schaffen. Der Parkraum soll vor allem dem wirtschaftlich notwendigen Verkehr (Besucher, Kunden, Bewohner) zugeteilt werden. Die Abstellplätze sollen insbesondere den durch die baulichen Massnahmen verursachten Mehrverkehr aufnehmen. Diese Ziele können nur erreicht werden, wenn die Abstellplätze auch tatsächlich den Bewohnern und Benützern zugutekommen, was durch die Reservierung gesichert wird (Erläuterungen, a.a.O., S. 69).
c/aa) Unter Berücksichtigung obiger Ausführungen kann eine Distanz zwischen Baugrundstück und Abstellfläche von 150-300 m sicher als angemessene Entfernung im Sinn von § 93 Abs. 6 StrG betrachtet werden (vgl. auch Erläuterungen, a.a.O., S. 69), eine solche von 600-700 m allerdings nicht. Entscheidend ist, wie sich der durchschnittliche Parkplatzbenutzer verhält. Ob die Distanz zwischen der Liegenschaft und dem Parkplatz als angemessen betrachtet werden kann, hängt auch von der Nutzung ab (ZBl 1988 S. 176). Im vorliegenden Fall geht es um einen Parkplatz für den oder die Bewohner der neu erstellten Zweizimmerwohnung und um den Besucherparkplatz. Vor Augen zu führen ist also die Benützung der Parkplätze im Zusammenhang mit der Wohnnutzung. Grundsätzlich ist davon auszugehen, dass die Bewohner einen Parkplatz vor ihrer Wohnung beanspruchen wollen. Dies ist nur möglich, wenn der Parkplatz tatsächlich in der Nähe der Wohnstätte reserviert ist. Ausnahmsweise, sofern es die örtlichen Gegebenheiten verunmöglichen, kann sich der Parkplatz in der umliegenden Nachbarschaft befinden. Der Parkplatz dient nicht nur dazu, das Fahrzeug abzustellen, sondern auch um Waren, Koffer oder den Wocheneinkauf umzuschlagen. Der durchschnittliche Parkplatzbenutzer will zwischen dem Parkplatz und dem Ziel kurze Wege, vor allem wenn es gilt, schwerere Lasten wie grössere Einkäufe, die für Bewohner regelmässig anfallen, vom Abstellplatz zur Wohnung zu transportieren. Um längere Wege zwischen der Wohnung und dem Parkplatz zu vermeiden, besteht daher das Bedürfnis, das Fahrzeug in unmittelbarer Nähe abstellen zu können. Gerade im ländlichen Gebiet, zu welchem auch die Gemeinde A gehört, ist die Benutzung des Autos auch für kürzere Strecken üblich, da öffentliche Verkehrsmittel innerhalb der Ortschaft nur sehr beschränkt oder gar nicht vorhanden sind. Es ist daher höchst fraglich, ob der durchschnittliche Parkplatzbenutzer angesichts der heutigen üblichen Gepflogenheiten denn auch tatsächlich bereit ist, eine Strecke von 600-700 m zu Fuss zurückzulegen, um zu seinem Auto zu gelangen. Insbesondere die regelmässige Benutzung des Autos, beispielsweise um an den Arbeitsort - und wieder zurück - zu gelangen, spricht dagegen, den 600-700 m entfernten Parkplatz aufzusuchen. Zudem ist auch für kurzfristig beabsichtigte Autofahrten die Bereitschaft - nach allgemeiner Lebenserfahrung - dafür gering. Das Gleiche gilt grundsätzlich für den Besucher, obwohl dieser wohl eher bereit ist, einen etwas längeren Weg zwischen Besucherparkplatz und Liegenschaft zurückzulegen. Bei einer solch grossen Distanz ist es jedoch wahrscheinlicher, dass der Besucher einen anderen, öffentlichen Parkplatz in der Umgebung der Liegenschaft aufsucht. Dies widerspricht Sinn und Zweck der gesetzlichen Bestimmungen, wonach der Bauherr bei Nutzungsänderungen wie im vorliegenden Fall für ausreichende Abstellflächen auf privatem Grund zu sorgen hat.
Es ist somit entscheidend, dass der Ersatzparkplatz in angemessener Entfernung, d.h. nahe an der Liegenschaft bereitzustellen ist. Ein weit entfernter Parkplatz ist aus den genannten Gründen nicht geeignet, als Ersatzabstellfläche im Sinn von § 93 Abs. 6 StrG in Frage zu kommen. Es trifft zwar - wie die Beschwerdeführerin richtig bemerkt - zu, dass es sich bei der Bereitstellung einer Ersatzabstellfläche um ein Recht des Bauherrn handelt, nicht um eine Pflicht (vgl. LGVE 1998 II Nr. 18). Der angebotene Parkplatz muss hingegen dafür geeignet sein. Ein blosses Zur-Ver-fügung-Stellen reicht nicht, die Abstellfläche muss effektiv genutzt werden. Sonst würde der Sinn und Zweck der zitierten Bestimmung aus den Angeln gehoben.
bb) Die Vorinstanz verfügte für die fehlenden zwei Parkplätze auf dem Baugrundstück eine Ersatzabgabe und verneinte somit das Vorhandensein von Ersatzabstellflächen in angemessener Entfernung. Dies lässt sich nach dem Gesagten nicht beanstanden. Zum einen ist im Einklang mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass Ersatzabstellplätze, welche 600-700 m von der Liegenschaft entfernt sind, nicht als solche in Frage kommen können. Zum anderen ist zu beachten, dass der Vorinstanz bei der Würdigung von lokalen Gegebenheiten ein erheblicher Ermessensspielraum zukommt. In diesen greift das Verwaltungsgericht ohne Not nicht ein (...). Es besteht vorliegend kein Anlass, die Beurteilung der Vorinstanz zu beanstanden. Darüber hinaus ist zu bemerken, dass die vorinstanzliche Auffassung auch aufgrund der hier gewonnenen Erkenntnisse durchaus nachvollziehbar ist.