Aus den Erwägungen:
Nach § 198 Abs. 1 lit. a VRG hat die Partei die amtlichen Kosten des erstinstanzlichen Verwaltungsverfahrens zu tragen, wenn sie den Entscheid in ihrem eigenen Interesse oder durch ihr Verhalten veranlasst hat. Im erstinstanzlichen Verfahren in Bausachen bestimmt § 212 Abs. 2 PBG, dass Einsprecher, die im Baubewilligungs- oder Gestaltungsplanverfahren unterliegen oder auf deren Einsprache nicht eingetreten wird, die dadurch verursachten amtlichen Kosten tragen. Diese Kostenpflicht von Einsprechern wurde im Rahmen der Teilrevision des PBG von 1995 (in Kraft seit 26.11.1995, G 1995 449) eingeführt (vgl. im Detail Botschaft B 170 vom 3.5.1994, in: GR 1994 781, 800f.). Mit der gleichen Revision wurde die Grundlage für eine Verordnungsbestimmung geschaffen, mit der der Regierungsrat diese Kostentragungspflicht begrenzen und weitere Fälle vorsehen konnte, in denen keine oder reduzierte Kosten erhoben werden (§ 212 Abs. 3 PBG in der Fassung vom 26.11.1995; vgl. GR 1994 800f. sowie 1686). Dieser Abs. 3 wurde in der Teilrevision des Jahres 2001 (in Kraft seit 1.1.2002, G 2001 201) wiederum angepasst, wobei der bisherige Gehalt von Abs. 3 ohne materielle Änderung in lit. c des neuen Abs. 3 überführt wurde (vgl. Botschaft B 76 vom 20.10.2000, in: GR 2001 224, 287f.; beachte aber immerhin den Einleitungssatz von § 212 Abs. 3 PBG). Bereits hier sei erwähnt, dass § 212 PBG als spezielles Gesetz (lex specialis) den VRG-Bestimmungen als allgemeines Gesetz (lex generalis) vorgeht.
Der vom Regierungsrat in der Folge erlassene § 69 Abs. 1 PBV sieht vor, dass bei einer Kostenpflicht nach § 212 Abs. 2 PBG die Spruchgebühren im erstinstanzlichen Baubewilligungs- und Gestaltungsplanverfahren in der Regel höchstens Fr. 2000.- pro Einsprache betragen. Sie können auf maximal Fr. 5000.- erhöht werden, wenn ausserordentliche Umstände, namentlich komplexe Bauvorhaben oder einen besonders hohen Aufwand verursachende Einsprachen, dies rechtfertigen.
Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz gestützt auf § 69 Abs. 1 PBV von den angegebenen Kosten für die Einsprachebehandlung von Fr. 20293.10 dem teilweise unterlegenen Einsprecher Kosten in der Höhe von Fr. 5000.- auferlegt. Damit ist sie - nach dem vorstehend Dargelegten zu Recht - davon ausgegangen, dass ausserordentliche Umstände vorliegen, welche eine Erhöhung auf Fr. 5000.- rechtfertigen. Die restlichen Fr. 15293.10 hat sie der Beschwerdeführerin überbunden. Dies obwohl sie in ihrem Entscheid Ziff. 18 dem Einsprecher die Kosten zur Hälfte überbinden wollte, da dieser mit seiner Einsprache nur teilweise obsiege, im Übrigen aber auf diese nicht eingetreten oder diese abgewiesen werde.
Dieses Vorgehen kann nicht geschützt werden. Der klare Wortlaut von § 212 Abs. 2 PBG setzt den Gebührenpflichtigen abschliessend fest, d.h. unterliegt der Einsprecher oder wird auf dessen Einsprache nicht eingetreten, hat dieser für die amtlichen Kosten aufzukommen (vgl. Urteile V 10 48 vom 12.7.2010, E. 7b; V 09 165 vom 12.5.2010, E. 7; V 06 224 vom 13.7.2007, E. 7; V 03 287 vom 23.9.2004, E. 2e am Ende). Auch bei teilweisem Unterliegen bzw. Nichteintreten auf eine Einsprache kann es sich nicht anders verhalten: der Teil der amtlichen Kosten, der aus diesem Unterliegen/Nichteintreten stammt, kann nur dem Einsprecher belastet werden. Die Begrenzung dieser Kostenbelastung auf maximal Fr. 2000.- respektive Fr. 5000.- gestützt auf § 69 Abs. 1 PBV in Verbindung mit § 212 Abs. 3 lit. c PBG darf nun nicht dazu führen, dass die diese Grenze übersteigenden Einsprachekosten auf die Bauherrschaft überwälzt werden. Dies verletzt das Verursacherprinzip, das bei der Kostenverlegung ebenfalls zu berücksichtigen ist, hat doch die Bauherrschaft diese Kosten gerade nicht verursacht (vgl. auch BG-Urteil 1P.317/2005 vom 13.9.2005, E. 4.3). Im Weiteren fehlt einer solchen Belastung der Bauherrschaft auch die gesetzliche Grundlage. Weder § 212 Abs. 3 lit. c noch § 69 PBV sieht eine solche Überwälzung von Kosten, die das erwähnte betragliche Maximum übersteigen, auf die Bauherrschaft vor. Für eine weitergehende Legiferierung würde es dem kommunalen Gemeinwesen zudem an der Kompetenz fehlen (vgl. § 13 Abs. 1 und 2 GebG). Dass § 198 Abs. 1 lit. a VRG ebenfalls nicht herangezogen werden kann, wurde bereits erwähnt, da die spezialgesetzlichen Bestimmungen von § 212 Abs. 2 und Abs. 3 lit. c PBG der allgemeinen Bestimmung des VRG vorgehen. Diese Auslegung führt letztlich dazu, dass wenn vom Einsprecher im vorstehenden Sinn zu verantwortende Kosten die Grenze von - in ausserordentlichen Fällen - maximal Fr. 5000.- übersteigen, die Mehrkosten nicht der Bauherrschaft überwälzt werden können, sondern beim Gemeinwesen verbleiben. Immerhin kommt § 198 Abs. 1 lit. a VRG mangels anderer spezialgesetzlicher Bestimmung für die Verlegung der Kosten der Einsprachebehandlung zur Anwendung, wenn der Einsprecher (teilweise) obsiegt.
Zu ergänzen bleibt, dass die Sichtweise der Beschwerdeführerin, für die Einsprachebehandlung dürfe im Gesamten maximal Fr. 5000.- berechnet werden, nach den vorstehenden Ausführungen keine Rechtsgrundlage findet.