Sachverhalt:
A.- A ist seit dem 31. Januar 2007 Eigentümerin des Grundstücks Nr.Q, Grundbuch Neuenkirch, auf dem sich ein Wohnhaus befindet. In der Folge ersuchte sie um Bewilligungen für das Erstellen einer Gartenmauer und die Neugestaltung der Umgebung sowie um die Erweiterung des Vorplatzes mit Betonverbundsteinen. Mit zwei separaten Entscheiden vom 4. März und 6. Juli 2009 erteilte die Geschäftsleitung der Gemeinde Neuenkirch die nachgesuchten Baubewilligungen, je unter Bedingungen und Auflagen. In beiden Entscheiden wurde vermerkt, dass die Baubewilligungsgebühren mit separater Rechnung festgesetzt würden.
Am 28. Dezember 2010 stellte die Gemeindeverwaltung Neuenkirch A die Baubewilligungsgebühren für die Bauprojekte in Rechnung. Die Rechnung betreffend die Erweiterung des Vorplatzes beläuft sich auf Fr. XXXX, jene bezüglich Errichtung einer Gartenmauer und Neugestaltung der Umgebung beträgt Fr. YYYY. Eine weitere Rechnung gleichen Datums betreffend die bewilligte Neugestaltung des Einfahrtsbereichs über Fr. ZZZZ.-- wurde von der Eigentümerin anerkannt und innert Frist bezahlt. Die anderen Rechnungen sandte A mit Schreiben vom 5. Januar 2011 an die Gemeinde Neuenkirch zurück mit der Begründung, sie erwarte die korrekte "Verrechnung" der Baubewilligungsgebühren gemäss Bau- und Zonenreglement. Mit Schreiben vom 17. Januar 2011 teilte die Geschäftsleitung der Gemeinde Neuenkirch A mit, dass die Gebühren gestützt auf die Bestimmungen des Bau- und Zonenreglements gerechtfertigt seien und nicht reduziert werden könnten.
B.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 7. Februar 2011 liess A folgende Anträge stellen:
a) Die Rechnung vom 28. Dezember 2010 der Gemeindeverwaltung Neuenkirch betreffend Erstellen einer Gartenmauer und Neugestaltung der Umgebung sei nach richterlichem Ermessen zu reduzieren.
b) Die Rechnung vom 28. Dezember 2010 der Gemeindeverwaltung Neuenkirch betreffend Erweiterung des Vorplatzes mit Beton-Verbundsteinen sei nach richterlichem Ermessen zu reduzieren.
Das Verwaltungsgericht ist auf die Beschwerde nicht eingetreten.
Aus den Erwägungen:
1.- (Zuständigkeit).
2.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich u.a. gegen die Höhe der Rechnungen der Geschäftsleitung der Gemeinde Neuenkirch vom 28. Dezember 2010. Diese Rechnungen haben Gebühren zweier Baubewilligungsverfahren zum Gegenstand und basieren somit dem Inhalt nach auf dem Planungs- und Baugesetz vom 7. März 1989 (PBG; SRL Nr. 735). Gemäss § 206 PBG können alle in Anwendung dieses Gesetzes erlassenen Entscheide und Beschlüsse innert 20 Tagen mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden, soweit das Gesetz nichts anderes bestimmt (vgl. auch § 148 lit. d des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3.7.1972 [VRG; SRL Nr. 40]). Gegen Entscheide in Baurechtssachen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde direkt ans Verwaltungsgericht gegeben. Die Baubewilligungsgebühren betreffend Erstellen einer Gartenmauer und Neugestaltung der Umgebung sowie die Erweiterung des Vorplatzes auf dem streitbetroffenen Grundstück hat die Gemeinde nicht in den Baubewilligungsentscheiden vom 4. März und 6. Juli 2009 festgesetzt, sondern mit separaten Rechnungen eingefordert. Primärer Anfechtungsgegenstand der vorliegenden Beschwerde sind indessen nicht die beanstandeten Gebührenrechnungen, sondern das Schreiben der Vorinstanz vom 17. Januar 2011. Vorab ist zu prüfen, ob es sich dabei um einen anfechtbaren Entscheid handelt.
3.- a) Gemäss § 107 VRG prüft die Behörde von Amtes wegen, ob die Voraussetzungen für einen Sachentscheid erfüllt sind (Abs. 1). Ein Sachentscheid setzt namentlich die Zuständigkeit der angerufenen Behörde voraus (Abs. 2 lit. a). Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerden sind beim Verwaltungsgericht nur Entscheide anfechtbar (§ 148 VRG). Der Erlass einer Verfügung bildet unabdingbare Sachurteilsvoraussetzung im Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren, ohne die auf ein Rechtsmittel nicht eingetreten werden darf. Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind somit nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen bzw. zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung ergangen ist (BGE 130 V 391 E. 2.3, 125 V 414 E. 1a mit Hinweisen; Urteil V 10 90 vom 9.6.2010, E. 3).
b) Nach § 4 VRG liegt ein Entscheid im Sinne dieses Gesetzes (Verfügung, Rechtsmittelentscheid) vor, wenn eine diesem Gesetz unterstellte Behörde mit hoheitlicher Wirkung für den Einzelfall Rechte und Pflichten bestimmter Personen begründet, ändert oder aufhebt (lit. a); die rechtlichen Verhältnisse bestimmter Personen feststellt (lit. b); Begehren im Sinne von a und b abweist, nicht darauf eintritt oder sie als erledigt erklärt (lit. c). Als Entscheide gelten auch Teilentscheide, Zwischenentscheide, Ergänzungen und Erläuterungen sowie Vollstreckungsverfügungen (§ 4 Abs. 2 VRG; Urteil V 10 216 vom 15.11.2010, E. 2b/aa mit Hinweisen; insbesondere auch BGE 133 V 480 ff. E. 4).
Die Verfügung bzw. der Entscheid ist ein individueller, an den Einzelnen gerichteter Hoheitsakt, durch den eine konkrete verwaltungsrechtliche Rechtsbeziehung rechtsgestaltend oder feststellend in verbindlicher und erzwingbarer Weise geregelt wird. Diese Umschreibung findet sich auch in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (BGE 135 II 44 E. 4.3, 130 V 391 E. 2.3) und entspricht der Legaldefinition von Art. 5 Abs. 1 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren vom 20. Dezember 1968 (VwVG; SR 172.021; Häfelin/Müller/ Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich 2010, Rz. 854 f.). Die Verfügung ist eine hoheitliche Anordnung in Anwendung von Verwaltungsrecht auf einen konkreten Fall und für einen individuellen Adressaten (Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 858 ff.).
c) Das angefochtene Schreiben der Geschäftsleitung der Gemeinde Neuenkirch vom 17. Januar 2011 ist entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin keine beschwerdefähige Verfügung im Sinne der gesetzlichen Begriffsdefinition. Aus diesem Schreiben ist keine hoheitliche Tätigkeit ersichtlich, mit welcher Rechte und Pflichten begründet, geändert, aufgehoben oder festgestellt worden sind. Der Brief ist als Antwort der Gemeindeverwaltung auf die Rücksendung der Rechnungen durch die Beschwerdeführerin zu verstehen und enthält lediglich eine Begründung, gestützt auf welche Bestimmungen die in Rechnung gestellten Gebühren erhoben wurden, verbunden mit der Bitte, die Rechnungsbeträge innert 30 Tagen zu begleichen. Wie die Gemeinde in ihrer Vernehmlassung zu Recht bemerkt, sind auch die formalen Voraussetzungen, welche gestützt auf § 110 Abs. 1 VRG an einen Entscheid gestellt werden, bezüglich des fraglichen Schreibens nicht erfüllt. Es fehlen gleich zwei unabdingbare den Verfügungsbegriff charakterisierende Erfordernisse, so insbesondere ein Rechtsspruch mit Verlegung der Kosten sowie die Rechtsmittelbelehrung (§ 110 Abs. 1 lit. d und e VRG). Zudem liegt kein in Briefform erlassener Entscheid vor, fehlt doch diesbezüglich die gemäss § 110 Abs. 3 VRG erforderliche Bezeichnung. Kommt nach dem Gesagten dem Schreiben der Gemeinde Neuenkirch kein Verfügungscharakter zu, handelt es sich dabei nicht um einen Entscheid im Sinne von § 4 VRG, der mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden kann. Mangels Vorliegens eines Anfechtungsgegenstands ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten.
d) Hieran ändert der Hinweis der Beschwerdeführerin auf das Urteil V 10 48 vom 12. Juli 2010, E. 2a nichts. Der vorliegende Sachverhalt ist nicht gleich gelagert wie jener, der diesem Entscheid zugrunde lag. Anders wie hier hatte die Baubewilligungsbehörde die Gebührenrechnungen mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen. Dagegen hatte der Beschwerdeführer - entsprechend der (zwar fehlerhaften) Rechtsmittelbelehrung - Einsprache an den Stadtrat erhoben mit dem begründeten Antrag auf Herabsetzung der Gebühren. Die Einsprache hatte der Stadtrat mit einem in Briefform erlassenen Entscheid abgewiesen. Gegen diesen "Einspracheentscheid" richtete sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Verwaltungsgericht qualifizierte diese Verfügung des Stadtrats als anfechtbaren Entscheid.
4.- Laut § 212 Abs. 1 PBG erhebt die Gemeinde für die Erfüllung ihrer planungs- und baurechtlichen Aufgaben Gebühren. Grundsätzlich sind die Kosten für das Bewilligungsverfahren im Baubewilligungsentscheid festzulegen. Nach der Rechtslage kann gegen die Gebührenerhebung im Kontext der Beurteilung eines Baubewilligungsverfahrens innert 20 Tagen direkt Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben werden (Urteile V 09 67 vom 21.01.2010, E. 1a, V 10 2 vom 21.6.2010, E. 1a/aa). Das Verwaltungsgericht hat bereits in seinem Urteil V 97 268/283 vom 24. November 1998, E. 2b/bb festgehalten, dass im Rahmen eines Beschwerdeverfahrens betreffend eine Baubewilligung auf entsprechende Rüge hin auch die in diesem Entscheid auferlegten Gebühren bzw. Verfahrenskosten zu überprüfen sind. Es hat es abgelehnt, die Gebührenrechnung als einen selbständig anfechtbaren Entscheid gemäss § 26 Gebührengesetz vom 14. September 1993 (GebG; SRL Nr. 680) zu bezeichnen (vgl. LGVE 1977 II Nr. 9 zur analogen Rechtsprechung zum alten Baugesetz und Gebührengesetz). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn die Gebühren im Urteilsdispositiv verlegt werden (zum Ganzen: Urteil V 10 48 vom 12.7.2010, E. 3a).
Insofern ist die Vorgehensweise der Vorinstanz, die Gebühren für die Baubewilligungsverfahren separat in Rechnung zu stellen, nicht mit der Rechtsordnung vereinbar (vgl. § 206 i.V.m. § 212 Abs. 1 PBG). Gegen Baubewilligungsgebühren, welche die Betroffenen als zu hoch ansehen, besteht aber von Gesetzes wegen eine Anfechtungsmöglichkeit. Wie bereits ausgeführt, sind Gebühren für die Baubewilligung im Baubewilligungsentscheid festzusetzen und mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar. Nachdem die Gemeinde Neuenkirch die Gebühren lediglich in Rechnung gestellt hat, diese Rechnungen indes von der Beschwerdeführerin bestritten werden, wird die Gemeinde - um einen Vollstreckungstitel zu erhalten - nicht umhin kommen, die strittigen Gebühren im Rahmen eines mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbaren Entscheids festzusetzen.
5.- Kostenfolgen.