Sachverhalt:
Anlässlich einer Sitzung der Zivilschutzorganisation (ZSO Emmen) gelangte der Gemeindeammann von Malters am 6. Oktober 2010 an Mitarbeiter der kantonalen Zivilschutzbehörden und formulierte ihnen gegenüber mündlich sinngemäss das Anliegen, es sei der Gemeinde Malters zu gestatten, Ersatzbeiträge für nicht realisierte Zivilschutzräume für weitere Zivilschutzmassnahmen zu verwenden. Mit Schreiben vom 7. Oktober 2011 teilte die Dienststelle Militär, Zivilschutz und Justizvollzug (nachfolgend: Dienststelle) der Gemeinde mit, dem Anliegen könne nicht entsprochen werden. In der Begründung hielt die Dienststelle fest, die Ersatzbeiträge könnten nur für weitere Zivilschutzmassnahmen eingesetzt werden, sofern die in § 15 Abs. 4 der kantonalen Verordnung über den Zivilschutz vom 8. April 2008 (kant. ZSV; SRL Nr. 372a) verankerte Prioritätenordnung für die Verwendung der Ersatzbeiträge dies zulasse. Die Gemeinde Malters erfülle die Voraussetzungen dafür nicht. Sie weise mit Bezug auf die Ersatzbeiträge einen Fehlbetrag aus. Grund dafür sei ein Defizit von 592 Schutzplätzen in den Gebieten Malters-Brunau (49.39 %) und Malters-Änningen (38.90 %). Aus diesem Grund seien zunächst Rückstellungen zu tätigen, bevor eine Ausschüttung von Ersatzbeiträgen aus dem Ersatzabgabefonds zu Gunsten anderer Zivilschutzzwecke möglich sei. Dieses Schreiben bezeichnete die Dienststelle als Verfügung im Sinne von § 110 Abs. 3 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3. Juli 1972 (VRG; SRL Nr. 40), wogegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde geführt werden könne. Dagegen erhob die Gemeinde Verwaltungsgerichtsbeschwerde, sinngemäss mit dem Hauptantrag, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben. Die Gemeinde sei höchstens in zwei Schutzraumbereiche aufzuteilen und zwar so, dass die Ziele der Schutzraumplanung in der Gemeinde als erfüllt gelten könnten. Alsdann sei es der Gemeinde zu gestatten, Ersatzbeiträge für andere Zivilschutzzwecke zu verwenden.
Das Gericht ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht eingetreten.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Das Verwaltungsgericht prüft von Amtes wegen, ob die Voraussetzungen für einen Sachentscheid erfüllt sind (§ 107 Abs. 1 VRG). Fehlt eine Voraussetzung für einen Sachentscheid, so tritt das Gericht auf die Sache der prozessführenden Partei nicht ein (§ 107 Abs. 3 VRG). Ein Sachentscheid setzt namentlich die Zuständigkeit der angerufenen Behörde voraus (§ 107 Abs. 2 lit. a VRG). Wie im Sachverhalt aufgezeigt, dreht sich die Streitsache um die Verwendung von Ersatzbeiträgen für nicht realisierte Schutzräume im Sinne der Zivilschutzgesetzgebung. Gemäss Art. 61 Abs. 1 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV; SR 101) ist die Gesetzgebung über den zivilen Schutz von Personen und Gütern vor den Auswirkungen bewaffneter Konflikte Sache des Bundes. Zur Bundessache gehört insbesondere die Pflicht zum Bau und zur Erhaltung von Schutzbauten, die für den Fall eines bewaffneten Konflikts für jeden Einwohner und jede Einwohnerin in der Nähe des Wohnortes zur Verfügung stehen müssen (Art. 45 des Bundesgesetzes über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz vom 4.10.2002 [BZG; SR 520.1]; dazu: Botschaft zur Teilrevision des Bevölkerungs- und Zivilschutzgesetzes vom 8.9.2010, in: BBl 2009 S. 6055 ff., insbes. S. 6062/63). In erster Linie Sache der Kantone ist es, das von Bundsrechts wegen geforderte Schutzraumangebot für die Bevölkerung sicher zu stellen und das Schutzraumangebot differenziert zu steuern (Art. 47 Abs. 1 BZG). Die Erstellung sowie die Ausrüstung der Schutzräume ist Sache der Eigentümer der Liegenschaften. Für den Fall, dass diese wegen besonderer Umstände keine Schutzräume zu erstellen haben, sind sie von Bundesrechts wegen verpflichtet, Ersatzbeiträge zu entrichten (Art. 46 Abs. 1 BZG). Letztere dienen in erster Linie zur Finanzierung der öffentlichen Schutzräume von Gemeinden sowie zur Erneuerung privater Schutzräume. Allein verbleibende Ersatzbeiträge können für weitere Zivilschutzmassnahmen verwendet werden (Art. 47 Abs. 2 BZG). Diese Verweise auf die Rechtslage zeigen, dass die umstrittene Materie Bundesrecht betrifft. Daran ändert nichts, dass die Ersatzbeiträge an die Kantone gehen (Art. 47 Abs. 3 BZG) und diese die im Bundesrecht verankerten Vorgaben betreffend die Schutzbauten und die Verpflichtung zur Entrichtung von Ersatzbeiträgen zu vollziehen haben (Art. 75 Abs. 3 BZG).
b) Nach dem Gesagten ergibt sich, dass der im Sachverhalt erwähnte Konflikt zwischen der Gemeinde Malters einerseits und der Dienststelle anderseits eine Materie betrifft, die von Bundesrecht beherrscht ist, was (u.a.) Auswirkungen auf den innerkantonalen Instanzenzug hat. So können Entscheide, die mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden können und Bundesrecht anwenden, direkt mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (§ 148 lit. a VRG und § 143 lit. c VRG). Wie erwähnt, betrifft die strittige Materie Bundesrecht. Sodann ist darauf hinzuweisen, dass Streitsachen der vorliegenden Art mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weiter gezogen werden können, denn die hier interessierenden Konflikte über Schutzräume oder Ersatzbeiträge finden sich in der negativen Enumeration von Art. 83 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz; BGG; SR 173.110) nicht, insbesondere ist Art. 83 lit. i BGG nicht massgebend, weil die Streitsache nicht von Zivildienst handelt (dazu: Häberli, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl., Basel 2011, N 182 und 183 zu Art. 83 BGG). Nach dem Gesagten ergibt sich, dass Beschwerde beim Verwaltungsgericht geführt werden kann, es sei denn, andere Sachurteilsvoraussetzungen ständen der materiellen Überprüfung der Streitsache entgegen. Wie es sich damit verhält, ist nachfolgend zu prüfen.
c) Das Eintreten auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde setzt weiter einen anfechtbaren Entscheid bzw. eine Verfügung voraus. Fraglich ist, ob dem Schreiben der Vorinstanz vom 7. Oktober 2011 Verfügungsqualität zukommt.
aa) Der Begriff der Verfügung ist Dreh- und Angelpunkt des Verwaltungsverfahrens- und des Verwaltungsprozessrechts (Müller, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren vom 20.12.1968 [VwVG; SR 172.021], Zürich/St. Gallen 2008, N 2 zu Art. 5 VwVG). Sie bildet den Ausgangspunkt der Beschwerde (Uhlmann, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum VwVG, Zürich 2009, N 3 zu Art. 5 VwVG). Nach Lehre und Rechtsprechung ist die Verfügung ein individueller, an den einzelnen gerichteter Hoheitsakt, durch den eine konkrete verwaltungsrechtliche Rechtsbeziehung rechtsgestaltend oder feststellend in verbindlicher und erzwingbarer Weise geregelt wird (LGVE 2000 II Nr. 2 E. 2 mit weiteren Hinweisen). Die Verfügung konkretisiert die Regelungen des Gesetzgebers im Einzelfall und verwirklicht damit dessen Zielsetzungen. Sie stellt eine konkrete Anordnung dar, das heisst sie regelt eine bestimmte Zahl von Fällen (Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Bern Zürich 2010, N 857 und 859). Davon abzugrenzen sind die Allgemeinverfügungen. Allgemeinverfügungen sind Anordnungen, die einen Einzelfall regeln, sich dabei aber an eine - im Gegensatz zur Verfügung - individuell nicht bestimmte Vielzahl von Adressaten richten (Tschannen/Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl., Bern 2005, Rz. 49 zu § 28). Sie kennzeichnen sich durch ihre direkte Anwendbarkeit für eine mögliche Mehrheit von Betroffenen aufgrund einer genügend konkreten Tatbestandserfassung, ohne dass es eines weiteren umzusetzenden Hoheitsaktes bedarf (BGE 134 II 280 E. 3.2; Urteil V 12 2 vom 22.2.2012, E. 4a).
bb) Erstes Merkmal einer Verfügung ist ihre hoheitliche Natur. Dies bedeutet, dass die Verfügung von einer mit hoheitlichen Befugnissen ausgestatteten Stelle auszugehen hat. Im Normalfall ist dies eine Verwaltungsbehörde. Es steht ausser Frage, dass dies auch eine Dienststelle der kantonalen Verwaltung sein kann, sofern ihr mit Bezug auf eine bestimmte Materie die Verfügungskompetenz zusteht (§ 6 Abs. 1 lit. a VRG). Ob die Rechtsordnung kantonalen Behörden im interessierenden Sachzusammenhang gegenüber den Gemeinden eine solche zubilligt, ist der - kantonalen - Zivilschutzgesetzgebung zu entnehmen. In dieser Hinsicht ist auf § 7 Abs. 1 lit. h des kantonalen Gesetzes über den Zivilschutz vom 19. Juni 2007 (kant. ZSG; SRL Nr. 372) hinzuweisen. Danach ist es Sache kantonaler Instanzen, Schutzräume zu bewilligen oder Ersatzbeiträge festzusetzen. Ebenfalls Sache kantonaler Instanzen ist die Schutzraumsteuerung. Ferner obliegen kantonalen Instanzen sämtliche weiteren Zivilschutzaufgaben, die nach Massgabe der kantonalen Gesetzgebung nicht ausdrücklich den Gemeinden bzw. den kommunalen Behörden übertragen worden sind (§ 7 Abs. 1 lit. j kant. ZSG). Die den Gemeinden obliegenden Zivilschutzaufgaben sind - abschliessend - in § 8 lit. a-i kant. ZSG aufgelistet. Die im vorliegenden Fall zur Diskussion stehende Streitsache ist in dieser Liste nicht enthalten. Damit ist geklärt, dass den Gemeinden bei Streitsachen der vorliegenden Art keine Entscheidskompetenz zukommt. Darauf wird zurückzukommen sein.
cc) Weiter ist auf § 15 Abs. 4 kant. ZSV hinzuweisen. Danach ist es Sache der Dienststelle Militär, Zivilschutz und Justizvollzug über die Verwendung der Ersatzbeiträge für nicht realisierte Zivilschutzräume zu befinden. Auf den ersten Blick könnte diese Verordnungsbestimmung auf die Verfügungskompetenz der Dienststelle hinweisen. Es ist aber zu beachten, dass das Schreiben der Dienststelle an die Gemeinde Malters vom 7. Oktober 2011 dem Gehalt nach nicht als hoheitliche Anordnung im Sinne des Verfügungsbegriffs verstanden werden kann, welche darauf ausgerichtet wäre, vollstreckbare Rechte und Pflichten gegenüber der Gemeinde Malters zu begründen, zu ändern oder festzustellen. Vielmehr orientiert das Schreiben über die Rechtslage hinsichtlich der in § 15 Abs. 4 kant. ZSV verankerten Prioritätenordnung und der nicht zu übersehenden uneingeschränkten Kompetenz der kantonalen Dienststelle mit Bezug auf diese Materie. Dieser Gehalt spricht gegen die Annahme einer Verfügung im Rechtssinne (Müller, in: Auer/Müller/Schindler, a.a.O., N 53 zu Art. 5 VwVG; Cavelti/Vögeli, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen, 2. Aufl., St. Gallen 2003, N 539).
Abgesehen davon ist das Schreiben nicht an rechtsunterworfene Private gerichtet, wie dies bei Verfügungen kennzeichnend ist, sondern an die Gemeinde, was hier auch gegen das Vorliegen einer Verfügung im Rechtssinne spricht (vgl. dazu: Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., 2010, N 862; vgl. ferner: Cavelti/Vögeli, a.a.O., N 542). Kommt dem Schreiben der Dienststelle vom 7. Oktober 2011 aber keine Verfügungsqualität zu, fehlt es am Anfechtungsgegenstand für die Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Aber selbst wenn von einer Verfügung im Rechtssinne auszugehen wäre, könnte die Beschwerdeführerin in prozessualer Hinsicht in diesem Rechtsmittelverfahren im Ergebnis nichts zu ihren Gunsten ableiten. Wie im Folgenden dazulegen ist, fehlt ihr namentlich die Beschwerdebefugnis, weshalb auf ihre Beschwerde aus diesem Grund nicht eingetreten werden kann (§ 107 Abs. 2 lit. d VRG in Verbindung mit Abs. 3 VRG).
dd) So sind zur Einreichung eines Rechtsmittels bloss Parteien des vorinstanzlichen Verfahrens befugt, sofern sie an der Änderung oder Aufhebung eines angefochtenen Entscheids ein schutzwürdiges Interesse dartun, sowie andere Personen, Organisationen oder Behörden, welche die Rechtsordnung dazu ermächtigt (§ 129 Abs. 1 und 2 VRG). Die erste Legitimationsvoraussetzung, die formelle Beschwer der Gemeinde, erscheint an sich erfüllt, weil sie im vorinstanzlichen Verfahren mit ihren Anträgen nicht durchgedrungen ist (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, N 21, 23 und 27 zu § 21). Für die materielle Beschwer ist von § 129 Abs. 1 lit. b und c VRG auszugehen, wobei kantonal mindestens die gleiche Legitimation anerkannt werden muss, wie sie Art. 89 BGG vorsieht (vgl. Art. 111 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdelegitimation ist auf Private zugeschnitten (Cavelti/Vögeli, a.a.O., N 441 mit Hinweisen). Körperschaften des öffentlichen Rechts, wozu Gemeinden gehören, sind nur (aber immerhin) beschwerdebefugt, falls sie in gleicher oder ähnlicher Weise betroffen sind wie eine Privatperson (BGE 124 II 417 E. 1e/bb, 123 II 374; Häner, Die Beteiligten im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, Zürich 2000, N 825 ff.). Typischerweise wie eine Privatperson berührt ist das Gemeinwesen etwa dann, wenn es sich gegen eine Anordnung wehrt, die sein Finanzvermögen beeinträchtigt. Dass im vorliegenden Fall allerdings nicht eine solche Anordnung zur Diskussion steht, wurde bereits erörtert (E. 1c/bb). Auch eine Entschädigung steht nicht zur Debatte. Sodann ist ein Gemeinwesen etwa zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert, wenn es durch den angefochtenen Entscheid in seinen zentralen hoheitlichen Befugnissen berührt ist und ein schutzwürdiges eigenes Interesse an der Aufhebung oder Änderung der angefochtenen Verfügung hat. Dies ist nur der Fall, sofern sich das Gemeinwesen auf ein spezifisches öffentliches Interesse beruft, das in seinen Wirkungskreis fällt (BG-Urteil 2C_609/2007 vom 27.11.2008, E. 1.3). Dass die umstrittene Materie nun aber gerade nicht zum hoheitlichen Wirkungsbereich der Gemeinden zählt, wurde ebenfalls dargelegt (E. 1c/bb und E. 1c/cc). Schliesslich ist darauf hinzuweisen, dass auch das allgemeine Anliegen an der richtigen Rechtsanwendung nicht legitimationsbegründend ist (BGE 131 II 62, 130 V 515 f., 124 II 418, 123 II 375), ebenso wenig ein abstraktes, allgemeines finanzielles Interesse, etwa das Anliegen, Ertragsausfälle zu vermeiden (vgl. BGE 131 II 759 f., 123 II 432; Seiler, a.a.O., N 36 zu Art. 89 BGG). Beizufügen ist, dass auch eine Erschwerung in der Aufgabenerfüllung für eine Beschwerdebefugnis nicht ausreicht (Häner, a.a.O., N 841). Alle diese Hinweise erhellen, dass die Gemeinde nicht legitimiert ist, den Inhalt des Briefes der Dienststelle vom 7. Oktober 2011 mit Beschwerde vor Verwaltungsgericht anzufechten.
d) Die Beschwerdeführerin verlangt in Ziff. 2 der Beschwerdeschrift weiter, die Gemeinde sei maximal in zwei Schutzraumbereiche aufzuteilen, welche die Ziele der Schutzraumplanung erfüllten. Diesen Antrag modifizierte sie in der Replik vom 27. Januar 2012 in der Weise, dass die Einteilung der Schutzbereiche unter Einbezug der Gemeinde neu festzulegen sei. Sie will erreichen, dass die Ziele der Schutzraumplanung auf ihrem Gemeindegebiet im Ergebnis als erfüllt bezeichnet werden könnten. Festzuhalten ist, dass die Gebietsaufteilung nicht Gegenstand des Schreibens der Dienststelle vom 7. Oktober 2011 an die Gemeinde war. Aspekte, die nicht Gegenstand von - anfechtbaren - Verfügungen sind und worüber nicht befunden wurde und auch nicht zu befinden war, fallen nicht in die Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts als Rechtsmittelbehörde (dazu: Moser/ Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, N 2.208; ferner: Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, N 86 zu den Vorbemerkungen zu §§ 19-28). Mit andern Worten kann der Streit nicht über das hinaus gehen, worüber sich die Vorinstanz im Schreiben vom 7. Oktober 2011 geäussert hat (vgl. LGVE 2000 II Nr. 50 E. 2a; Cavelti/Vögeli, a.a.O., N 478; ferner: Merkli/ Aeschlimann/ Herzog, Kommentar zum VRG des Kantons Bern, Bern 1997, N 6 zu Art. 72). Das erwähnte Begehren der Beschwerdeführerin nach einer für sie optimalen Modifikation der Gebietsaufteilung war mithin nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens und konnte es auch nicht sein. Anzumerken ist, dass die Gebietsaufteilung Bestandteil der Schutzraumsteuerung ist und uneingeschränkt Sache kantonaler Behörden und nicht der Gemeinde ist (§ 7 Abs. 1 lit. h ZSG in Verbindung mit § 14 ZSV und § 8 ZSG e contrario). Zudem ist zu beachten, dass die Schutzraumsteuerung sowie ebenso die Gebietsaufteilung im Kontext der Schutzraumplanung dem Wesen nach eine Sachplanung ist, die - vergleichbar etwa mit der Richtplanung - (bloss aber immerhin) eine Behördenverbindlichkeit bewirkt (dazu: Häfelin/Müller/ Uhlmann, a.a.O., N 933). Dieser Gesichtswinkel erhellt weiter, dass diesbezüglich der Beschwerdeweg nicht beschritten werden kann, zumal die Schutzraumsteuerung die Gemeindeautonomie nach der wiedergegebenen Rechtslage gerade nicht tangiert (zur Rechtspflegeproblematik: Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., N 943 mit Hinweisen). Nach dem Gesagten kann das Verwaltungsgericht in diesem Beschwerdeverfahren auch nicht auf das Begehren um eine Modifikation der Gebietsaufteilung eintreten. (...)