Aus den Erwägungen:
a) Gemäss § 133 Abs. 1 VRG muss eine Rechtsmittelschrift einen bestimmten Antrag und dessen Begründung enthalten. Genügt die Eingabe diesen Anforderungen nicht und wurde der Mangel trotz behördlicher Anordnung nicht verbessert, ist darauf nicht einzutreten (§ 135 Abs. 3 VRG). Das VRG verschafft grundsätzlich keinen Anspruch auf nachträgliche Ergänzung, es sei denn, neue Sachverhaltselemente würden dazu Anlass geben. Auch die Bestimmung von § 135 Abs. 2 VRG, wonach bei mangelhaften Rechtsschriften eine Nachfrist zur Verbesserung anzusetzen ist, kann nicht dazu dienen, eine inhaltlich ungenügende Rechtsschrift zu ergänzen (LGVE 2005 II Nr. 46 E. 2d mit Hinweisen). Diese Grundsätze haben umso mehr im Rahmen einer rechtsgenüglichen Beschwerdeschrift zu gelten. So liegt es grundsätzlich im pflichtgemässen Ermessen der Beschwerdeinstanz, ob sie - von Amtes wegen oder auf Antrag der Verfahrensbeteiligten - einen zweiten Schriftenwechsel anordnen will (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, N 35 zu § 26 VRG/ZH). Der zweite Schriftenwechsel darf indessen nicht dazu führen, Anträge, Begründung und Darlegungen nachzuholen, die in der Rechtsmittelschrift hätten vorgebracht werden können (Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N 36 zu § 26 und N 15 zu § 53 VRG/ZH). Antrag und Begründung gehören zu den eigentlichen Gültigkeits- und Prozessvoraussetzungen und können als Kernelemente der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nur innerhalb der gesetzlichen Rechtsmittelfrist nachgereicht werden (Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, N 5 zu Art. 81 VRPG/BE, auch zum Folgenden). Die in Antrag und Begründung enthaltenen Vorbringen müssen sich innerhalb des Streitgegenstandes des vorinstanzlichen Verfahrens halten. Darüber hinausgehende (neue) Rechtsbegehren sind unstatthaft.
b) Der Beschwerdeführer hatte in seiner Rechtsmittelschrift vom 14. Februar 2011 sinngemäss die Aufhebung der Baubewilligung beantragt. In der Begründung führte er aus, es handle sich aktuell um eine relevante Nutzungsänderung, welche unabhängig der baulichen Massnahmen zu beurteilen sei. Aufgrund dieser Feststellung hätte das ordentliche Baubewilligungsverfahren gewählt werden müssen. Im Weiteren beanstandete er, dass bezüglich der Parkplatzordnung keine Auflagen im Baubewilligungsentscheid gemacht worden seien. Soweit in der Replik durch den inzwischen neu mandatierten Rechtsanwalt des Beschwerdeführers in Bezug auf Nutzungsänderung, Durchführung des ordentlichen Bauverfahrens und Signalisation der Parkplätze Ergänzungen gemacht werden, beziehen sich diese Vorbringen auf den Streitgegenstand, der bereits in der Beschwerdeschrift umrissen wurde. Solche Ergänzungen können nicht von vornherein als nicht zulässig aus dem Recht gewiesen werden. Hingegen ist es in der Tat fraglich, ob neue Rügen, die in der Beschwerdeschrift nicht gemacht wurden, wie beispielsweise die fehlende Unterschrift auf dem Baugesuch (Replik, Ziff. I 1.1), im zweiten Schriftenwechsel nachgeholt werden dürfen. Dies ist zu verneinen, führte dies doch zu einer Ausweitung der gesetzlichen Beschwerdefrist, was nicht zulässig ist. Die in § 206 PBG statuierte Beschwerdefrist ist eine gesetzliche Frist, die - abgesehen von den in § 35 Abs. 1 VRG genannten, hier nicht zutreffenden Voraussetzungen - nicht erstreckbar ist (LGVE 2009 II Nr. 15 E. 4b/aa, 1998 III Nr. 4). Die Frage, welche der in der Replik vorgebrachten Rügen zulässig und zu prüfen bzw. neu und unzulässig sind, kann hier allerdings offengelassen werden, da sie im Hinblick auf den Ausgang des Verfahrens ohnehin unbegründet sind. Bei der Kostenverlegung wird aber darauf zurückzukommen sein (E. 7 nachstehend).
Der ungekürzte Sachverhalt und weitere Erwägungen sind unter der Fallnummer V 11 26 zu finden.