Aus den Erwägungen:
Die Beschwerdeführerin präzisiert dazu, das vom Hochbauamt bevorzugte Foliendach unterscheide sich gegenüber ihrem Variantenangebot einzig in der Wahl der Dachhaut, weil statt der Kunststoffdichtungsbahnen Polymerbitumendichtungsbahnen eingebaut würden. Bezüglich der ökologischen Vorteile werde auf diverse wissenschaftliche Publikationen verwiesen, wonach Produkte aus natürlichem Bitumen ohne ökologische Nachteile abbaubar seien.
b) Grundsätzlich sind zulässige Varianten in die Bewertung der Vergabekriterien miteinzubeziehen bzw. ist eine objektive Vergleichbarkeit anzustreben. Dass eine solche Vergleichbarkeit hier möglich gewesen ist, wird vom Beschwerdegegner nicht bestritten, spricht er doch von einem bekannten System, so dass ein Systemvergleich ohne Rücksprache mit dem Unternehmen möglich gewesen sei. Aus der (insgesamt sehr mageren) Begründung in der Vernehmlassung ergibt sich jedoch sinngemäss, dass das bei der Variante gewählte Material gegenüber dem der Ausschreibung zu Grunde liegenden Kunststoffmaterial als qualitativ nicht gleichwertig erachtet wird. Mit dieser Begründung werden die in den Vergabekriterien der Ausschreibungsunterlagen im Vordergrund stehenden Qualitätsanforderungen als für die Vergabeverfügung entscheidend dargestellt. Die Vergabe vermag sich somit auf das massgebliche Hauptkriterium abzustützen, das es ohne weiteres zulässt, einem andern, etwas teureren Angebot, den Vorzug zu geben. Wenn die vergebende Instanz die Materialvariante, welche der Ausschreibung zu Grunde lag, als qualitativ besser bewertet, liegt dies in ihrem Ermessen. Es kann insbesondere nicht Aufgabe der Beschwerdebehörde sein, Qualitätsvergleiche verschiedener Materialien zu beurteilen oder gar selber vorzunehmen. Hinzu kommt der zutreffende Hinweis des Beschwerdegegners, dass gemäss § 9 Abs. 3 öBV eine Anbieterin, welche von den in den Ausschreibungsunterlagen vorgegebenen Normen und Vorschriften abweicht, die Gleichwertigkeit der von ihr verwendeten technischen Spezifikationen nachzuweisen hat. Ein solcher Nachweis ist in der massgeblichen Varianten-Offerte der Beschwerdeführerin auch nicht ansatzweise vorhanden. Hinzu kommt, dass die Varianten-Offerte der Beschwerdeführerin mehr als Fr. 24000.- günstiger ausfiel, als ihre eigene mit der Ausschreibung übereinstimmende Offerte. Hier wäre die Anbieterin gehalten gewesen, die erforderlichen Erklärungen mitzuliefern, wenn sie mit einer Variante erfolgreich konkurrieren wollte. Im Ergebnis kann daher die Zuschlagsverfügung des Beschwerdegegners nicht als rechtswidrig bezeichnet werden. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.