Präsident Nicolaus Voigt, Mitglieder Fritz Buchschacher und Markus Frei; Gerichtsschreiberin Sabrina Häberli
X und Y, Beschwerdeführer,
vertreten durch Marius Bur, Büro für Betriebswirtschaft, Bergstrasse 21, 9475 Sevelen,
gegen
Kantonales Steueramt, Davidstrasse 41, 9001 St. Gallen, Vorinstanz,
und
Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Abteilung Rechtswesen, Eigerstrasse 65, 3003 Bern, Beschwerdebeteiligte,
betreffend
Direkte Bundessteuer (Einkommen 2006)
Sachverhalt:
A.- X und Y wohnen gemeinsam mit ihren beiden Kindern im gemieteten Einfamilienhaus an der Hauptstrasse in L. X war im Jahr 2006 Inhaber des Einzelunternehmens W mit Sitz an der Hauptstrasse in L. Das Unternehmen hatte Büroräume in O gemietet und fünf angestellte Mitarbeiter, darunter Y. Auf den 1. Januar 2008 wurde die W in eine Aktiengesellschaft umgewandelt.
B.- Für das Jahr 2006 deklarierten X und Y ein steuerbares Einkommen von Fr. 194'293.-- und ein steuerbares Vermögen von Fr. 616'836.--. Nach Aufrechnung der Bonuszahlung an die Ehefrau von Fr. 46'975.-- und des verbuchten Mietaufwandes für Büroräume zu Hause von Fr. 6'000.-- wurden die Steuerpflichtigen für die direkte Bundessteuer 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 245'700.-- veranlagt.
Gegen diese Veranlagung erhoben X und Y am 27. März 2008 Einsprache. Mit Entscheid vom 16. Mai 2008 wies das kantonale Steueramt die Einsprache ab.
C.- Gegen diesen Einsprache-Entscheid erhoben X und Y mit Eingabe ihres Vertreters vom 13. Juni 2008 Beschwerde bei der Verwaltungsrekurskommission mit den Anträgen, die Bonuszahlung sei erst im Jahr 2007 zu besteuern und der Mietzins für die Geschäftsräume in L sei als Geschäftsaufwand steuerlich zu berücksichtigen.
Mit Vernehmlassung vom 20. August 2008 beantragte das kantonale Steueramt die Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des Einsprache-Entscheids, unter Kostenfolgen zu Lasten der Beschwerdeführer. Die eidgenössische Steuerverwaltung liess sich nicht vernehmen.
Am 21. Oktober 2008 reichte die W AG eine Stellungnahme ein.
Auf entsprechende Aufforderung hin, reichten die Beschwerdeführer mit Eingabe vom 29. Januar 2009 zusätzliche Beweismittel ein. Die Vorinstanz nahm am 18. Februar 2009 dazu Stellung.
Auf die Ausführungen der Verfahrensbeteiligten zur Begründung der Anträge wird, soweit notwendig, in den Erwägungen eingegangen.
Erwägungen:
1.- Die Eintretensvoraussetzungen sind von Amtes wegen zu prüfen. Die Verwaltungsrekurskommission ist zum Sachentscheid zuständig. Die Befugnis zur Beschwerdeerhebung ist gegeben. Die Beschwerde vom 13. Juni 2008 ist rechtzeitig eingereicht worden. Sie erfüllt in formeller und inhaltlicher Hinsicht die gesetzlichen Anforderungen (Art. 140 Abs. 2 Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer, SR 642.11, abgekürzt: DBG; Art. 1 Abs. 2 und Art. 7 der Verordnung zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, sGS 815.1; Art. 41 lit. h Ziff. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege, sGS 951.1, abgekürzt: VRP). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.- Die Stellungnahme der W AG vom 21. Oktober 2008 ist aus dem Recht zu weisen, da diese weder Betroffene noch Beteiligte des Verfahrens ist sowie weder zur Stellungnahme aufgefordert wurde noch zur Vertretung der Beschwerdeführer ermächtigt ist. Sie ist somit zur Einreichung einer Stellungnahme nicht berechtigt (Cavelti/Vögeli, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen, St. Gallen 2003, Rz. 942).
3.- Zunächst ist die steuerliche Behandlung der Bonuszahlung an die Ehefrau in der Höhe von Fr. 46'975.-- zu klären.
a) Die Vorinstanz stellt sich auf den Standpunkt, Bonuszahlungen, welche - wie vorliegend - der im eigenen Familienbetrieb mitarbeitenden Ehefrau ausgerichtet worden seien, würden grundsätzlich in derjenigen Periode erfasst, in welcher die Arbeitsleistung auch effektiv erbracht worden sei. Damit werde eine Gleichbehandlung mit Bezügen, deren Auszahlungszeitpunkt der Unselbständigerwerbende dank seiner beherrschenden Stellung in der Arbeitgeberfirma oder der Selbstständigerwerbende dank seiner beherrschenden Stellung in der Einzelfirma grundsätzlich frei bestimmen könne, erzielt. Die im Laufe des Jahres 2007 beschlossene Bonuszahlung an die Ehefrau des Firmeninhabers sei demnach zu Recht als Einkommen im Jahr 2006 besteuert worden. Die zeitliche Bemessung stimme damit auch überein mit dem Buchungsverfahren 2006 in der Einzelfirma des Ehemannes.
In der Beschwerde wird vorgebracht, da das Jahresergebnis für 2006 erst nach Erstellung des Jahresabschlusses Anfang Juli 2007 bekannt geworden sei, sei der Bonus für das Jahr 2006 auch erst zu diesem Zeitpunkt, also erst in der Steuerperiode 2007, zugesagt worden. Bei einem weniger guten Jahresergebnis wäre aus finanziellen Gründen trotz der erbrachten Leistung die Bonuszahlung nicht möglich gewesen. Somit habe auch keine Zusage im Jahr 2006 getroffen werden können. Zum Zeitpunkt als der Ehefrau die Bonuszahlung zugesprochen worden sei, seien die Lohndeklarationen und Lohnausweise (sowie die Schlussabrechnungen der Sozialversicherungen) für das Jahr 2006 längst erfolgt gewesen. Es wäre also sozialversicherungsrechtlich und steuerrechtlich völlig falsch gewesen, diese Bonuszahlung nachträglich noch in den Lohnausweis 2006 zu integrieren. Im weiteren werde darauf hingewiesen, dass die von ihnen angewandte Bonuspraxis bei grösseren Unternehmen regelmässig praktiziert werde und dort zu keinen Diskussionen mit der Steuerbehörde führe.
b) Gemäss Art. 16 Abs. 1 DBG unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte und insbesondere alle Erträge aus beweglichem Vermögen. Nach dem Prinzip der Gesamtreineinkommenssteuer werden grundsätzlich alle Vermögenswerte, die dem Steuerpflichtigen während eines bestimmten Zeitabschnitts zufliessen, gesamthaft als Einkommen besteuert. So unterliegen neben regelmässig wiederkehrenden Einkünften auch einmalige Zugänge, neben reinen Wertzuflüssen auch Veräusserungsgewinne, neben Bareinkünften auch Naturaleinkünfte der Einkommensbesteuerung. Nach der gesetzlichen Umschreibung gilt grundsätzlich jeder Wertzufluss unabhängig von Art und Quelle als steuerbares Einkommen, sofern das Steuergesetz nicht selber eine Ausnahme von der Steuerpflicht vorsieht (vgl. Weidmann/Grossmann/Zigerlig, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Aufl. 1999, S. 29 f.).
Gemäss Art. 17 Abs. 1 DBG sind alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlichrechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen und andere geldwerte Vorteile steuerbar. Steuerbar sind sämtliche geldwerte Vorteile, welche ein Arbeitnehmer als Gegenleistung für seine Tätigkeit erhält, die er gestützt auf ein Arbeitsverhältnis ausübt (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N 22 zu Art. 17 DBG). Der Einkommensbegriff gemäss Art. 17 Abs. 1 DBG umfasst neben periodischen auch einmalige bzw. unregelmässig wiederkehrende Leistungen.
Dass die Bonuszahlung von Fr. 46'975.-- zu den steuerbaren Einkünften aus unselbständiger Erwerbstätigkeit der Ehefrau gehört, ist unbestritten. Umstritten ist aber der Zeitpunkt des Zufliessens. Er ist entscheidend für die Frage, welchem Steuerjahr die Zahlung zuzurechnen ist.
c) Das steuerbare Einkommen bemisst sich nach den Einkünften in der Steuerperiode (Art. 210 Abs. 1 DBG). Einkommen gilt grundsätzlich als realisiert, wenn dem Steuerpflichtigen Leistungen zufliessen oder wenn er einen festen Rechtsanspruch erwirbt, über den er tatsächlich verfügen kann. Voraussetzung des Zufliessens ist ein abgeschlossener Rechtserwerb, der Forderungserwerb oder Eigentumserwerb sein kann. Der Forderungserwerb ist in der Regel Vorstufe der Geldleistung. Der Steuerpflichtige erwirbt eine Geldforderung; mit der Zahlung fällt das Geld in sein Eigentum. Bei diesem zweistufigen Erwerb entsteht die Steuerpflicht entweder beim Forderungserwerb oder beim Eigentumserwerb; nie bei beiden. Vorherrschend ist in solchen Fällen die Besteuerung beim Forderungserwerb. Von diesem Grundsatz wird in der Steuerpraxis nur abgewichen, wenn die Erfüllung der Forderung - die Leistung - als unsicher betrachtet werden muss; dann wird mit der Besteuerung bis zur Erfüllung zugewartet (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 4 ff. zu Art. 210 DBG; BGE 113 Ib 26 E. 2e mit Hinweisen; BGE 115 Ib 242 E. 3d mit Hinweisen). An die Unsicherheit der Erfüllung werden hohe Anforderungen gestellt. Von einer unsicheren Forderung, die einen Verzicht auf die Zurechnung zum steuerbaren Einkommen erlaubt, wird nur gesprochen, wenn die Erfüllung praktisch ausgeschlossen ist, also im Ergebnis eine Zahlungsunfähigkeit besteht (vgl. SGE 2000 Nr. 11).
Nach St. Galler Steuerrecht gelten Einkünfte als zugeflossen und damit als realisiert in dem Zeitpunkt, in welchem der Steuerpflichtige über den entsprechenden Vermögenswert tatsächlich und wirtschaftliche verfügen kann (Realisationsprinzip). Dieser Zeitpunkt lässt sich allerdings nicht generell festlegen; vielmehr ist auf die konkreten Verhältnisse abzustellen, wobei die in Frage stehende Einkommensart eine wesentliche Rolle spielt. Beim unselbständigen Erwerb gelten Einkünfte in der Regel als realisiert, wenn die Lohnzahlung fällig wird bzw. wenn die Auszahlung erfolgt. Die einmal gewählte Methode ist grundsätzlich beizubehalten (vgl. Weidmann/Grossmann/Zigerlig, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Auflage 1999, S. 30f; GVP 1986 Nr. 24 mit Hinweisen; SGE 2000 Nr. 15 E. 2c). Art. 16 Abs. 1 und 2 und Art. 17 Abs. 1 DBG stimmen inhaltlich mit Art. 29 Abs. 1 und 2 und Art. 30 des Steuergesetzes des Kantons St. Gallen (sGS 811.1, abgekürzt: StG) überein. Damit gelten die oben gemachten Ausführungen auch für die direkte Bundessteuer. Zudem ist für die Besteuerung des Einkommens aus unselbständiger Erwerbstätigkeit auf das Geschäftsjahr der erbrachten Arbeitsleistung abzustellen. Variable Gehaltsanteile (wie Gratifikation, Bonus etc.) realisiert der Arbeitnehmer aber grundsätzlich erst dann, wenn sie ihm vom Arbeitgeber zugesichert oder tatsächlich ausgerichtet werden. Kann der Unselbständigerwerbende aber den Auszahlungszeitpunkt dank seiner beherrschenden Stellung in der Arbeitgeberfirma frei bestimmen, sind solche Zulagen zum Normallohn ebenfalls in der Periode zu erfassen, in welcher die Arbeitsleistung erbracht wurde, falls für eine spätere Auszahlung keine unternehmerischen Gründe sprechen (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N 11 zu Art. 210 DBG; BGE 2A.471/2003 vom 16. Juni 2004, E. 2.3).
d) Im Lohnausweis der Ehefrau für ihre unselbständige Erwerbstätigkeit bei der W im Jahr 2006 ist ein Nettolohn von Fr. 28'134.-- aufgeführt (act. 7-II/4). Die Jahresrechnung der W wurde am 3. Juli 2007 erstellt (act. 7-II/5). Das Konto "Löhne und Gehälter" wurde am 31. Dezember 2006 mit Fr. 50'000.-- "Bonus 2006 Y" belastet. Die Gegenbuchung erfolgte auf dem Konto "Transitorische Passiven" (act. 7-II/6). Gemäss Angaben der Beschwerdeführer handelt es sich dabei um eine aussergewöhnliche Bonuszahlung an die Ehefrau für in der Vergangenheit geleistete Arbeit. Die Bonuszahlung wurde also dem Geschäftsaufwand des Jahres 2006 belastet und transitorisch verbucht, ist jedoch erst auf dem Lohnblatt der Ehefrau für das Jahr 2007 aufgeführt (act. 7-III/2) und wurde dieser gemäss Angaben der Beschwerdeführer mit Valuta 30. Juni 2007 gutgeschrieben.
Bilanz und Erfolgsrechnung sind zwar auf einen bestimmten Stichtag bezogen zu errichten, die Erstellung braucht aber eine gewisse Zeit. Alle Informationen, die dem Bilanzierenden bis zur Bilanzerstellung zukommen, müssen berücksichtigt werden, soweit sich aus ihnen ein besseres Bild der Verhältnisse am Bilanzstichtag ergibt (vgl. M. Weidmann, Einkommensbegriff und Realisation, Zürich 1996, S. 57 mit Hinweisen). Transitorische Passiven können beispielsweise aus Aufwendungen in der alten Rechnungsperiode entstehen, welche erst in der folgenden Rechnungsperiode zu Auszahlungen führen. Dabei handelt es sich also um Geldschulden, d.h. um kurzfristige Verpflichtungen. Ihre Fälligkeit und Höhe lassen sich mit bedeutend grösserer Sicherheit abschätzen als jene von Rückstellungen (Boemle/Lutz, Der Jahresabschluss, 5. Auflage 2008, S. 358). Transitorische Passiven sind bekannte, sichere (feststehende) Verbindlichkeiten gegenüber identifizierten Dritten (A. Schellenberg, Rechnungswesen, Zürich 1995, S. 97). Das Konto "transitorische Passiven" enthält Buchungen, welche den Erfolgsausweis der abzuschliessenden Geschäftsperiode verschlechtern (Eisenhut/Kampfer/Teuscher, Einführung in die Finanzbuchhaltung, 11. Auflage 2006, S. 137).
Mit der Verbuchung der Bonuszahlung im Jahresabschluss 2006 "Löhne und Gehälter an transitorische Passiven" erwarb die Beschwerdeführerin somit trotz Erstellung des Abschlusses erst im Juli 2007 rückwirkend für das Jahr 2006 einen festen Rechtsanspruch auf die Bonuszahlung (vgl. SGE 2000 Nr. 15). Die Beschwerdeführer sind bei dieser buchhalterischen Behandlung der Bonuszahlung zu behaften. Das in der Buchhaltung angewandte Periodizitätsprinzip gilt auch im Steuerrecht. Unsicher war die Zahlung nicht, da die Einzelfirma im Jahr 2006 - wie von den Beschwerdeführern selbst bestätigt wird - ein gutes Geschäftsergebnis erzielte und somit offensichtlich nicht zahlungsunfähig war. Auch war aufgrund der bereits in den vergangenen Jahren guten Geschäftsergebnisse absehbar, dass ein Gewinn erzielt wird, weshalb es sich ebenfalls nicht um eine unsichere Forderung handelte. Schliesslich wäre eine allfällige Unsicherheit bis zur Veranlagung der Steuerpflichtigen am 4. März 2008 weggefallen und somit die Besteuerung ebenfalls im Zeitpunkt des Forderungserwerbs rechtmässig. Dies entspricht auch dem Gebot der Veranlagungsökonomie, indem auf diese Weise eine aufgeschobene Realisation nicht in einem späteren Verfahren aufgegriffen werden muss und die Veranlagungsbehörde sich geeignete Massnahmen zur Sicherung der vollständigen Besteuerung - etwa eine Notiz zu den Akten der nachfolgenden Veranlagung - ersparen kann (vgl. M. Weidmann, a.a.O., S. 209 und 213). Zudem gehört die Bonuszahlung zu den Lohnbestandteilen für die Arbeitsleistung der Ehefrau im Jahr 2006. Da es sich beim Arbeitgeber um den eigenen Familienbetrieb - nämlich das Einzelunternehmen des Ehemannes - handelt, ist die Ehefrau für die Firma W eine Unselbständigerwerbende mit herrschendem Einfluss auf den Auszahlungszeitpunkt. Damit unterscheidet sich der vorliegende Fall vom Normalfall von erst im Folgejahr ausbezahlten Bonusleistungen an Unselbständigerwerbende ohne jeglichen Einfluss auf den Auszahlungszeitpunkt, in welchem eine Besteuerung im Jahr der Auszahlung erfolgen könnte. Vorliegend ist die Bonuszahlung aber in der Periode zu erfassen, in welcher die massgebende Arbeitsleistung erbracht wurde, also im Steuerjahr 2006. Aufgrund des sicherlich bereits im Jahr 2006 absehbaren Gewinnes sprachen auch keine unternehmerischen Gründe für einen späteren Auszahlungszeitpunkt. Immerhin betrug der Unternehmensgewinn - wie bereits im Vorjahr - über Fr. 200'000.--. Aus welchen Gründen der Abschluss erst ein halbes Jahr nach Schluss des Geschäftsjahres vorgenommen wurde, wird nicht dargelegt.
Die sozialversicherungsrechtliche Behandlung der Bonuszahlung ist steuerrechtlich insbesondere deshalb nicht relevant, da nicht der in der Buchhaltung aufgeführte Betrag von Fr. 50'000.-- zum Einkommen der Ehefrau hinzugerechnet wird, sondern lediglich der nach Abzug der Sozialversicherungsabgaben verbleibende Nettobetrag von Fr. 46'975.--.
Die Bonuszahlung an die Ehefrau in der Höhe von Fr. 46'975.-- wurde somit zu Recht dem Einkommen im Jahr 2006 zugerechnet.
4.- Umstritten ist weiter, ob in Bezug auf die selbständige Erwerbstätigkeit des Ehemannes die Kosten für Geschäftsräume in der gemieteten Privatliegenschaft zum Abzug zuzulassen sind.
a) Die Vorinstanz führte diesbezüglich aus, der Steuerpflichtige betreibe in O die Einzelfirma W. Am Geschäftsort O stünden gemäss Mietvertrag zwei Büroräume mit einer Bruttofläche von rund 111.50 m2 zur Verfügung. Im Geschäftsjahr 2006 habe die W rund fünf Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beschäftigt. Wie viele davon im Verwaltungs-, Entwicklungs-, Herstellungs- oder Verkaufsbereicht tätig seien, sei nicht bekannt. Es dürfe jedoch ohne Weiteres angenommen werden, dass bei einem Personalbestand von lediglich fünf Personen, maximal etwa deren zwei eine Büro-/Verwaltungstätigkeit ausübten. Dafür stünden am Geschäftsort O unbestrittenermassen - in Anzahl und Grösse - genügend Büroräume zur Verfügung. Der Wohnort befinde sich an der Hauptstrasse in L, wo eine 6-Zimmerwohnung gemietet werde. Die Erfahrung zeige, dass die zu Hause eingerichteten Büroräumlichkeiten selten nur geschäftlich genützt, sondern auch private Arbeiten darin verrichtet würden. Zudem sei vorliegend davon auszugehen dass die zu Hause eingerichteten Büroräumlichkeiten nicht in überwiegendem Masse der Verrichtung geschäftlicher Arbeiten dienten - etwas anderes sei jedenfalls nicht nachgewiesen worden. Wenn trotzdem ein wesentlicher Teil der Berufsarbeiten zu Hause erledigt werde, dürfe im Allgemeinen angenommen werden, dass dies aus persönlichen Gründen der Annehmlichkeit geschehe. Die Büromiete zu Hause sei also geschäftsmässig nicht begründet und dem Gewinn zu Recht aufgerechnet worden.
Die Beschwerdeführer gaben demgegenüber an, die Büroräumlichkeiten am Standort L seien Geschäftsräumlichkeiten, die sich keinesfalls in einer "Privatwohnung" befänden, sondern vom Privatbereich des Hauses räumlich getrennt seien. Der Privatbereich erstrecke sich auf des EG und das 1. OG. Die Geschäftsräumlichkeiten befänden sich im 2. OG. Die Räumlichkeiten würden von der Ehefrau täglich an mindestens vier Stunden genutzt. Sie seien ihr einziger Arbeitsplatz, der auch nach dem Umzug nach O an dem im Handelsregister eingetragenen Standort in L beibehalten worden sei. Ihr Aufgabenbereich bestehe aus der Buchhaltung, insbesondere der Führung der Kassenbücher und Journale, Kreditorenbuchhaltung und Zahlungsverkehr sowie Führung des Archivs und Personalwesen. Da die von ihr bearbeiteten Daten überwiegend vertraulich seien, sei es sinnvoll, diese Arbeiten weiterhin am Standort in L und nicht in den allgemein zugänglichen Sekretariatsräumlichkeiten in O zu verrichten, die ausserdem so bemessen seien, dass sie über vier bereits genutzte Arbeitsplätze verfügten und keine Errichtung eines weiteren Arbeitsplatzes mehr ermöglichten. In ihrem gemieteten Haus in L belege die Firma W zwei Büroräume im 2. OG à 30 m2, ein Gäste-WC à 2m2, ein Archivplatz im Dachboden à 3 m2 und eine Werkstatt im Keller-Teil à 10 m2. Total seien also 45 m2 geschäftlich genutzt. Ein Mietzins von Fr. 500.-- pro Monat bzw. Fr. 6'000.-- pro Jahr erscheine angemessen und gerechtfertigt. Die Räumlichkeiten würden auch regelmässig vom Ehemann an Abenden und Wochenenden für Arbeiten genutzt, die in der Hektik des Geschäftsbetriebes in O nicht ausgeführt werden könnten. Dass in den Räumen auch private Arbeiten verrichtet würden, sei reine Unterstellung und entbehre jeglicher Grundlage. Schliesslich werde darauf hingewiesen, dass sich der Sitz der Firma und auch der Sitz der per 1. Januar 2008 gegründeten AG in L befinde und in den ersten Jahren die Geschäfte ausschliesslich von dort aus abgewickelt worden seien. Die Geschäftsräume in O hätten später dazugemietet werden müssen, als Mitarbeiter eingestellt worden seien. Nach Aufforderung zur Einreichung weiterer diesbezüglicher Beweismittel führten die Beschwerdeführer zudem aus, der Mietzins für das Einfamilienhaus habe im Jahr 2006 Fr. 1'920.-- monatlich betragen. Die Räume im Dachgeschoss würden für geschäftliche Zwecke genutzt. Im Erdgeschoss und im 1. Obergeschoss stünden der Familie genügend private Wohnräume zur Verfügung. Diese Ausführungen belegten sie mit Bankauszügen bezüglich Dauerauftrag des Mietzinses sowie Fotos und Skizzen des Einfamilienhauses.
Die Vorinstanz hielt daraufhin grundsätzlich an ihrem Antrag auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde sowie an ihrer Begründung fest. Die eingereichten Beweismittel würden nichts daran ändern.
b) Von den steuerbaren Einkünften werden gemäss Art. 27 Abs. 1 DBG bei selbständiger Erwerbstätigkeit die geschäfts- und berufsmässig begründeten Kosten abgezogen. Da diese Bestimmung mit Art. 40 Abs. 1 des St. Galler Steuergesetzes (sGS 811.1, abgekürzt: StG) identisch ist, rechtfertigt es sich, zur Auslegung auch die Rechtsprechung und Literatur zum St. Galler Steuergesetz heranzuziehen. Aufwendungen im Sinne dieser Bestimmung schmälern das steuerbare Einkommen, weshalb grundsätzlich der Steuerpflichtige die Beweislast für geschäftsmässig begründete Kosten trägt (vgl. GVP 1980 Nr. 6; Weidmann/Grossmann/Zigerlig, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Aufl. 1999, S. 379 f.). Der Steuerpflichtige hat darzutun, dass die entsprechenden Aufwendungen effektiv getätigt wurden und dass sie mit der selbständigen Erwerbstätigkeit in einem sachlichen Zusammenhang stehen. Der Aufwand ist zu belegen oder zumindest glaubhaft zu machen (Weidmann/Grossmann/Zigerlig, a.a.O., S. 70).
Zu den geschäfts- und berufsmässig begründeten Kosten gehören unter anderem die Kosten, die aus der geschäftlichen Benützung eines in der Privatwohnung oder dem Privathaus eingerichteten Arbeitszimmers entstehen, das in überwiegendem Mass der Verrichtung geschäftlicher Arbeiten dient. Dabei muss der Steuerpflichtige hinreichend substantiieren, welche Räume der Privatliegenschaft er zu welchem geschäftlichen Zweck benutzt hat (vgl. StE 1990 B 23.45 Nr. 2). Bei unselbständig Erwerbstätigen kann ein Arbeitszimmerabzug nur gewährt werden, wenn am Arbeitsort keine zumutbare Möglichkeit besteht, die Berufsarbeiten zu erledigen, in der privaten Wohnung für die Berufsarbeiten ein Arbeitszimmer ausgeschieden ist und dieses Zimmer hauptsächlich und regelmässig für einen wesentlichen Teil der Berufsarbeit benützt wird. Die Gewinnungskosten von Unselbständigerwerbenden und Selbständigerwerbenden sind einander aber nicht gleichzustellen. So werden bei den unselbständig Erwerbstätigen grundsätzlich nur diejenigen Aufwendungen zum Abzug zugelassen, die objektiv notwendig sind, d.h. aufgewendet werden müssen, um die betreffenden Einkünfte zu erzielen, während es bei den selbständig Erwerbstätigen genügt, dass die Aufwendungen geschäfts- und berufsmässig begründet und tatsächlich aufgewendet worden sind (vgl. Höhn/Waldburger, Steuerrecht Band I, 9. Aufl. 2001, S. 349). Es kommt nicht darauf an, ob eine Ausgabe grundsätzlich oder der Höhe nach objektiv unvermeidbar oder vermeidbar, sinnvoll oder unzweckmässig ist. Was tatsächlich von der Unternehmung aufgewendet wird und in diesem Zeitpunkt geeignet erscheint, der Erreichung des Unternehmungszieles zu dienen, ist abziehbar ohne Rücksicht darauf, ob der Unternehmungsinhaber sparsamer sein könnte oder sollte oder auch anders, unter Umständen rationeller hätte vorgehen können (Weidmann/Grossmann/Zigerlig, a.a.O., S. 71). Selbständig Erwerbstätige können sich also frei organisieren und selber entscheiden, wo und in wie vielen Räumen sie ihre Arbeit erledigen wollen. Ihre Aufwendungen für Geschäfts- und Büroräumlichkeiten sind unabhängig von ihrer Grösse oder Notwendigkeit abzugsberechtigt, sofern sie geschäftsmässig begründet sind. Ein Arbeitszimmerabzug bei selbständig Erwerbstätigen ist demzufolge immer dann zuzulassen, wenn erwiesen ist, dass ein Zimmer der Privatwohnung oder zumindest ein Teil davon effektiv geschäftlich genutzt wird (vgl. StE 1999 B 23.45.1 Nr. 2 mit Hinweisen).
c) Das Einzelunternehmen des Beschwerdeführers hat - wie die am 1. Januar 2008 gegründete AG - ihren Sitz in L (Handelsregistereinträge). Das Unternehmen wurde 1994 gegründet. Erst ab dem Jahr 1999 wurden die Büroräumlichkeiten in O dazu gemietet (act. 7/III-3). Im Zeitraum 1994 bis 1999 befanden sich somit die einzigen, dem Unternehmen zur Verfügung stehenden Räumlichkeiten im Einfamilienhaus in L. Aus den von den Beschwerdeführern zusätzlich eingereichten Plänen und Fotos ergibt sich, dass in dem dreistöckigen Einfamilienhaus zwei Zimmer im obersten Stockwerk als Büroräumlichkeiten sowie Platz unter der Dachschräge als Archiv genutzt werden. Die auf den Fotos zu sehenden Ordner sind mit dem Namen des Unternehmens des Beschwerdeführers sowie mit "Personal", "Kasse" etc. beschriftet (act. 14/3). Die Beschwerdeführer haben damit hinreichend substantiiert, welche Räume des Einfamilienhauses zu geschäftlichen Zwecken - begründet durch die selbständige Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers - benutzt werden. Zudem ist nachvollziehbar, dass die Ehefrau des Inhabers als unselbständig erwerbstätige Angestellte des Unternehmens überwiegend vertrauliche Arbeiten für das Unternehmen erledigt und diese deshalb getrennt von den anderen Büroräumen in O durchgeführt werden. Auch erscheint glaubwürdig, dass ihr Aufgabenbereich die Buchhaltung sowie die Führung des Archivs und das Personalwesen sind. Diese stellen wesentliche administrative Tätigkeiten für das Unternehmen dar. Die geltend gemachten Aufwendungen der Einzelunternehmung für die Räumlichkeiten im Einfamilienhaus in L haben also einen konkreten und kausalen Zusammenhang mit der Geschäftstätigkeit des Beschwerdeführers und sind somit geschäftsmässig begründet (vgl. VerwGE vom 18. Dezember 2008 in Sachen E. G., E. 2.2). Schliesslich wurden die Ausgaben auch korrekt verbucht, indem dem Konto "Mietzinse" des Einzelunternehmens im Jahr 2006 Fr. 6'000.-- für die Geschäftsräumlichkeiten im Einfamilienhaus in L belastet wurden.
Somit ist rechtsgenüglich nachgewiesen, dass im gemieteten Einfamilienhaus der Beschwerdeführer in L zwei Büroräume sowie Archivplatz effektiv geschäftlich durch die Einzelfirma genutzt wird. Insgesamt erscheint es sachgerecht, dass für diese Büroräumlichkeiten antragsgemäss Fr. 6'000.-- für deren Miete durch das Einzelunternehmen steuerlich akzeptiert werden. Die Anwendung der für Unselbständigerwerbende geltenden Formel "Gesamtmiete mal Anzahl geschäftlich genutzte Zimmer / Anzahl Zimmer + 1" (also Fr. 1'920.-- mal 2 / 7) ergibt in etwa ein Abzug in der gleichen Höhe, so dass die geltend gemachte Miete angemessen ist. Die Einkünfte des Ehemannes aus selbständiger Haupterwerbstätigkeit werden daher um Fr. 6'000.-- auf Fr. 226'815.-- reduziert.
5.- Zusammenfassend ergibt sich, dass die Bonuszahlung an die Ehefrau zu Recht im Jahr 2006 besteuert wurde, der Mietzins für die Geschäftsräume in L in der Höhe von Fr. 6'000.-- jedoch als Geschäftsaufwand zum Abzug zuzulassen ist. Die Beschwerde ist somit teilweise gutzuheissen und der angefochtene Einsprache-Entscheid der Vorinstanz vom 16. Mai 2008 aufzuheben. Die Beschwerdeführer sind für die direkte Bundessteuer 2006 neu mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 239'700.-- zu veranlagen.
6.- Bezüglich Kostenverteilung wies die Vorinstanz in ihrer Eingabe vom 18. Februar 2009 darauf hin, dass die zusätzlichen im Beschwerdeverfahren eingereichten Beweismittel im Einspracheverfahren nicht zur Verfügung gestanden hätten, weshalb auch bei einer möglichen Gutheissung die Kosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen seien. Dem kann nicht gefolgt werden. Die Beschwerdeführer wurden im vorinstanzlichen Verfahren nie aufgefordert, zusätzliche Beweismittel bezüglich der Geschäfts- und Privaträume einzureichen. Auch hat es die Vorinstanz unterlassen, selbst diesbezügliche Abklärungen - beispielsweise mittels eines Augenscheins - vorzunehmen. Art. 144 Abs. 2 DBG findes daher keine Anwendung.
Bei der Kostenauflage nach Art. 144 Abs. 1 DBG ist jedoch zu berücksichtigen, dass der Streit über die Bonuszahlung kein Steuersubstrat beschlägt, sondern lediglich den Zeitpunkt der Besteuerung betrifft. Es rechtfertigt sich daher, dem Verfahrensausgang entsprechend die Kosten des Verfahrens zur Hälfte den Beschwerdeführern aufzuerlegen; die andere Hälfte der Kosten trägt der Staat (Art. 144 Abs. 1 DBG). Eine Entscheidgebühr von Fr. 1'000.-- ist angemessen (vgl. Art. 144 Abs. 5 DBG in Verbindung mit Ziff. 362 Gerichtskostentarif, sGS 941.12). Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 600.-- ist zu verrechnen. Bei diesem Ausgang besteht kein Anspruch auf Parteientschädigung.
Entscheid: