Art. 2 FZA; Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA; Art. 83 ff. und 91 ff. DBG; Art. 32 ff. und 35 ff. StHG; Nichtdiskriminierung; Quellensteuer; Abzug von den steuerbaren Einkünften. Ein Steuerpflichtiger mit schweizerischer Nationalität kann sich gegenüber seinem Heimatstaat, d.h. gegenüber der Schweiz auf Art. 2 FZA und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA berufen, wenn er sich ihr gegenüber in einer mit anderen Rechtssubjekten vergleichbaren Situation befindet, die sich auf die durch das FZA garantierten Rechte und Freiheiten berufen können (E. 11). Der Pauschalabzug, der im Steuertarif der Quellensteuer des kantonalen und des Bundesrechts enthalten ist, verletzt das in Art. 2 FZA und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA statuierte Verbot der Diskriminierung (E. 12-15). Das Diskriminierungsverbot von Art. 2 FZA und Art. 9 Abs. 2 Anhang I FZA ist direkt anwendbar und geht den entgegenstehenden Bundesvorschriften der direkten Bundessteuer und der Steuerharmonisierung vor. Für einen Quellensteuerpflichtigen gilt somit das gleiche Regime der steuerlichen Abzüge wie für solche Steuerpflichtige, die der ordentlichen Steuer unterliegen (E. 16).
136 II 241
2C_319/2009 / 2C_321/2009 du 26 janvier 2010
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X., de nationalité suisse, était domicilié à Genève jusqu'en 2000. Début 2001, il a pris domicile et habite à Y. en Haute-Savoie (France). Jusqu'en 2006, X. a travaillé en Suisse en qualité de comptable. Il a été licencié avec effet au 31 octobre 2006. Parallèlement, il a exercé quelques activités en France, mais son revenu a été constitué pour environ 95 % de ses salaires suisses. Son épouse, avec laquelle il fait ménage commun, n'a pas exercé d'activité lucrative entre 2001 et 2007. Pendant cette période, les époux n'avaient pas d'enfant à charge.
L'Administration fiscale cantonale puis la Commission de recours du canton de Genève ont soumis X. à l'imposition à la source et n'ont admis la déduction supplémentaire par rapport aux déductions comprises dans le barème applicable pour les années 2004, 2005 et 2006 que des primes de prévoyance du 3e pilier A respectivement des montants destinés au rachat d'années d'assurance du 2e pilier, à l'exclusion des primes ordinaires de prévoyance professionnelle du deuxième pilier, des primes d'assurances-vie, des cotisations d'assurances-maladie et accident ainsi que des frais effectifs d'acquisition du revenu, notamment les frais de déplacement entre le lieu de séjour en France et le lieu de travail à Genève, dont X. avait dûment demandé la déduction.
Par arrêt du 24 mars 2009, le Tribunal administratif a rejeté les recours interjetés par X. qui réclamait, en application de l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes, les mêmes déductions sur le revenu imposable à la source que celles auxquelles a droit un contribuable soumis au régime d'imposition ordinaire.
Le Tribunal fédéral a admis le recours en matière de droit public déposé par X. et renvoyé la cause pour nouvelle décision.
(résumé)
Extrait des considérants:
III. De la validité de l'imposition à la source des périodes fiscales 2004 à 2006
9.1 En vertu de l'art. 17 de la Convention du 9 septembre 1966 entre la Confédération suisse et la République française en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune (RS 0.672.934.91; ci-après: CDI-F), sous réserve d'exceptions qui ne trouvent pas application en l'espèce, les salaires, traitements et autres rémunérations similaires qu'un résident d'un Etat contractant reçoit au titre d'un emploi salarié ne sont imposables que dans cet Etat, à moins que l'emploi ne soit exercé dans l'autre Etat contractant. Si l'emploi y est exercé, les rémunérations reçues à ce titre sont imposables dans cet autre Etat.
9.2 En l'espèce, le recourant réside en France, mais il a exercé durant les années fiscales en cause un emploi salarié en Suisse. C'est par conséquent à bon droit que les rémunérations qu'il a reçues en Suisse à ce titre sont imposables en Suisse. Les dispositions de l'Accord du 11 avril 1983 entre le Conseil fédéral suisse (au nom des cantons de Berne, Soleure, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Vaud, Valais, Neuchâtel et Jura) et le Gouvernement de la République française relatif à l'imposition des rémunérations des travailleurs frontaliers (FF 1983 II 559 s.) ne trouvent en effet pas d'application dans le canton de Genève.
10.10.1 Le droit fiscal suisse distingue le régime ordinaire d'imposition du revenu de celui de l'imposition à la source. Ce dernier n'est applicable que dans les cas prévus par les art. 83 ainsi que 91 à 97 la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11 ainsi que les art. 32 et 35 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). L'art. 83 LIFD (art. 32 LHID) concerne les travailleurs étrangers domiciliés ou en séjour en Suisse qui ne sont pas au bénéfice d'un permis d'établissement. Ces derniers sont soumis à un assujettissement illimité au sens de l'art. 3 LIFD (art. 32 al. 3 LHID). Les art. 91 à 97 LIFD (art. 35 LHID) concernent en particulier les travailleurs qui ne sont ni domiciliés ni en séjour en Suisse. Ceux-ci sont soumis à un assujettissement limité au sens de l'art. 5 al. 1 let. a LIFD (art. 35 al. 1 let. a in fine LHID). Tel est le cas du recourant en l'espèce.
10.2 Dans le régime d'imposition ordinaire, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques y compris les prestations en nature (art. 16 LIFD; art. 7 LHID). L'imposition ordinaire ne frappe toutefois que le revenu net qui se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33a LIFD (cf. art. 25 LIFD, art. 9 al. 1 1re phrase LHID, art. 1 de la loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques: Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid [LIPP-V; RSG D 3 16]).
Lorsqu'il exerce une activité lucrative dépendante, le contribuable peut déduire notamment les frais de transport (art. 26 al. 1 let. a LIFD; art. 9 al. 1 LHID; art. 3 al. 1 LIPP-V), les frais supplémentaires de repas pris hors du domicile et du travail par équipes (art. 26 al. 1 let. b LIFD; art. 9 LHID; art. 3a al. 1 LIPP-V) ainsi que les autres frais indispensables à l'exercice de la profession (art. 26 al. 1 let. c LIFD; art. 9 LHID; art. 3 al. 1 LIPP-V). Ces frais sont estimés forfaitairement (art. 26 al. 2 LIFD; art. 3 al. 1 LIPP-V). D'après l'art. 26 al. 2 LIFD, le contribuable peut justifier de montants plus élevés en matière de frais de transport et de frais indispensables à l'exercice de la profession. Cela vaut également en droit cantonal malgré la lettre de l'art. 3 al. 1 LIPP-V, qui semble exclure la justification de frais plus élevés (cf. sur ce point ATF 128 II 66 consid. 4b p. 71 in fine). L'ordonnance du Département fédéral des finances du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct règle les détails (RS 642.118.1).
Ce même contribuable peut aussi déduire les intérêts passifs (art. 33 al. 1 let. a et b LIFD; 9 al. 2 let. a LHID; 6 al. 1 LIPP-V), les charges durables et les rentes viagères (art. 33 al. 1 let. b LIFD; 9 al. 2 let. b LHID; 6 al. 2 LIPP-V), les pensions alimentaires (art. 33 al. 1 let. c LIFD; 9 al. 2 let. c LHID; 5 LIPP-V), les cotisations au 1er et 2e pilier (art. 33 al. 1 let. d LIFD; 9 al. 2 let. d LHID; 2 let. a et b LIPP-V), les cotisations au 3e pilier A (art. 33 al. 1 let. e LIFD; 9 al. 2 let. e LHID; 2 let. c LIPP-V), les primes de certaines assurances et les intérêts de capitaux d'épargne (art. 33 let. f et g ainsi que 212 LIFD, 9 al. 2 let. f et g LHID et 2 let. a et d ainsi que 4 al. 1 LIPP-V), les frais de maladie, accident et handicap (art. 33 let. h et hbis LIFD, 9 al. 2 let. h et hbis LHID et 4 al. 2 LIPP-V) ainsi que les déductions sociales telles que prévues par les art. 213 et 214 LIFD(cf. ATF 133 II 305), ATF 133 II 9 al. 4 LHID et 14 LIPP-V.
10.3 Les travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour en Suisse, y exercent une activité lucrative dépendante pendant de courtes périodes, durant la semaine ou comme frontaliers, sont soumis à l'impôt à la source sur le revenu de leur activité, conformément aux art. 83 à 86 LIFD. L'impôt est calculé sur le revenu brut, qui comprend tous les revenus provenant d'une activité pour le compte d'autrui, y compris les revenus accessoires (art. 84 LIFD). L'Administration fédérale des contributions établit le barème des retenues d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques et fixe, en accord avec l'autorité cantonale, les taux qui doivent être incorporés dans le barème cantonal au titre de l'impôt fédéral direct (art. 85 al. 1 et 2 LIFD). La retenue comprend par conséquent les impôts fédéral, cantonal et communal, les mêmes modalités de retenue à la source étant imposées aux cantons par les art. 2 al. 1 let. c, 32 à 34 LHID (art. 2 ss de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales [LISP; RSG D 3 20]). L'impôt à la source se substitue à l'impôt fédéral direct perçu selon la procédure ordinaire (art. 99 LIFD) et par conséquent aussi à l'impôt cantonal et communal perçu selon la procédure ordinaire.
D'après l'art 86 LIFD, le barème tient compte des frais professionnels (art. 26 LIFD) et des primes et cotisations d'assurances (art. 33 al. 1 let. d, f et g LIFD) sous forme de forfait, ainsi que des charges de famille du contribuable (art. 35 et 36 LIFD). D'entente avec les cantons, l'Administration fédérale des contributions règle le détail du calcul et de l'application des barèmes ainsi que du prélèvement de l'impôt à la source dans les cas spéciaux. Elle règle en particulier l'octroi individuel de déductions qui ne sont pas déjà contenues forfaitairement dans le barème, mais prévues à l'art. 33 LIFD (cf. consid. 10.2 ci-dessus) pour les cas sans procédure de taxation ordinaire ultérieure (art. 2 let. e de l'ordonnance du 19 octobre 1993 sur l'imposition à la source dans le cadre de l'impôt fédéral direct [ordonnance sur l'imposition à la source, OIS; RS 642.118.2]). Il convient par conséquent d'examiner le droit cantonal pour connaître l'ampleur des déductions individuelles qui ne sont pas déjà contenues forfaitairement dans le barème (cf. pour le canton de Fribourg: arrêt du Tribunal administratif du 12 mars 1999, in RF 1999 769 ss).
Dans le canton de Genève, d'après l'art. 4 du règlement d'application du 12 décembre 1994 de la loi sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales [RISP; RSG D 3 20.01]), sur demande du contribuable, l'Administration fiscale cantonale admet, comme déductions supplémentaires au forfait, a) les versements à une institution de prévoyance professionnelle pour le rachat d'années d'assurance et la finance d'entrée, ainsi qu'à une institution reconnue de prévoyance individuelle liée au sens et dans les limites admises par le droit fédéral et cantonal en matière de prévoyance, b) les pensions alimentaires et les contributions d'entretien et c) les frais de garde au sens et dans les limites admises par le droit cantonal.
10.4 Il résulte des considérants qui précèdent que le contribuable imposé à la source dans le canton de Genève au titre de travailleur qui n'est ni domicilié ni en séjour en Suisse, ne peut pas, contrairement au contribuable soumis au régime d'imposition ordinaire, obtenir la déduction de ses dépenses effectives en matière de frais professionnels (art. 26 LIFD) ni la déduction des primes et cotisations d'assurances effectives - dans les limites du droit fédéral (art. 33 al. 1 let. d, f et g LIFD) -, puisque ces dépenses sont déjà comprises forfaitairement dans le barème. Il ne peut en outre obtenir des déductions supplémentaires que pour des postes limitativement énumérés par l'art. 4 RISP, qui ne correspondent pas aux déductions prévues par les art. 33 LIFD et 9 LHID.
10.5 Dans le cas du recourant, l'Administration fiscale cantonale puis la Commission de recours n'ont admis la déduction supplémentaire, pour les années 2004, 2005 et 2006, que des primes de prévoyance du 3e pilier A respectivement des montants destinés au rachat d'années d'assurance du 2e pilier, à l'exclusion des primes ordinaires de prévoyance professionnelle du deuxième pilier, des primes d'assurances-vie, des cotisations d'assurances-maladie et accident ainsi que des frais effectifs d'acquisition du revenu, notamment les frais de déplacement entre le lieu de séjour en France et le lieu de travail à Genève, dont le recourant avait dûment demandé la déduction.
11.1 L'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes est entré en vigueur le 1er juin 2002. Le but de l'Accord étant de "réaliser la libre circulation des personnes entre les Etats membres" (cf. Préambule), il convient d'examiner si le recourant de nationalité suisse résidant en France peut se prévaloir contre les autorités fiscales suisses de l'interdiction de discrimination de l'art. 2 ALCP et du droit à l'égalité de traitement prévu par l'art. 9 al. 2 annexe I ALCP.
11.2 Conformément à la jurisprudence de la Cour de justice des Communautés européennes rendue jusqu'au 21 juin 1999 (art. 16 al. 2, 1rephrase ALCP; en application de l'art. 12 du Traité instituant les Communautés européennes [TCE], depuis le 1er décembre 2009: art. 18 du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne [JO C115 du 9 mai 2008 p. 1]; cf. PINGEL-LENUZZA, Commentaire article par article des Traités UE et CE, Bâle, Genève, Munich, Paris, Bruxelles 2000, n° 9 ad art. 12 TCE et les références citées), les dispositions de l'Accord ne trouvent application qu'en présence d'un élément d'extranéité.
11.3 Selon la jurisprudence constante de la Cour de justice des communautés sur la question, les dispositions du Traité en matière de libertés ne peuvent être interprétées de manière à exclure du bénéfice du droit communautaire les propres ressortissants d'un Etat membre déterminé lorsque ceux-ci, par leur comportement, se trouvent, à l'égard de leur Etat d'origine, dans une situation assimilable à celle de tout autre sujet bénéficiant des droits et libertés garantis par le traité (arrêt de la CJCE du 27 juin 1996 C-107/94 Asscher, Rec. 1996 I-3089 point 32 et les nombreuses références). Cela signifie qu'un ressortissant d'un Etat membre doit avoir fait usage des droits et libertés reconnus par l'Accord pour être fondé à se prévaloir des dispositions correspondantes dudit Accord, ce que l'art. 2 ALCP énonce expressément en interdisant toute discrimination "dans l'application et conformément aux dispositions des annexes I, II et III de l'Accord". Un ressortissant d'un Etat membre peut par conséquent invoquer l'art. 2 ALCP et l'art. 9 al. 2 annexe I ALCP pour se plaindre de discrimination contre son propre Etat national, pour autant qu'il ait fait usage des droits et libertés reconnus par l'Accord et ses annexes, comme le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de préciser (cf. arrêt 2A.768/2006 du 23 avril 2007 consid. 3.3; ATF 130 II 137 consid. 4 p. 145 ss, qui confirme l' ATF 129 II 249; YVO HANGARTNER, Der Grundsatz der Nichtdiskriminierung wegen der Staatsangehörigkeit im Freizügigkeitsabkommen der Schweiz mit der Europäischen Gemeinschaft, AJP 3/2003 p. 257 ss, p. 262 s.; ASTRID EPINEY, Das Verbot der Diskriminierung aus Gründen der Staatsangehörigkeit im Personenfreizügigkeitsabkommen, SJZ 105/2009, p. 25 ss, p. 28 et 30 et les nombreuses références citées; cf. pour les questions fiscales: arrêt Asscher, point 33). Cela résulte également des principaux arrêts de la Cour de justice des communautés européennes en matière de fiscalité directe (arrêts de la CJCE du 8 mai 1990 C-175/88 * Biehl*, Rec. 1990 I-1779 point 14; du 14 février 1995 C- 279/93 * Schumacker*, Rec. 1995 I-225 point 28; du 11 août 1995 C-80/94 * Wielockx*, Rec. 1995 I-2493 points 2 et 12; du 27 juin 1996 C-107/94 * Asscher*, Rec. 1996 I-3089 point 33; du 14 septembre 1999 C-391/97 * Gschwind*, Rec. 1999 I-5451 points 9 et 12; du 16 mai 2000 C-87/99 * Zurstrassen*, Rec. 2000 I-3337 point 8).
11.4 En l'espèce, en résidant depuis 2000 avec son épouse en France au moins au titre de personne n'exerçant pas d'activité économique au sens de l'art. 24 annexe I ALCP (cf. aussi art. 1 let. c ALCP), le recourant se trouve à l'égard de la Suisse, dans une situation assimilable à celle de tout autre sujet invoquant le bénéfice des droits et libertés garantis par l'Accord et ses annexes. Le recourant, de nationalité suisse, peut par conséquent se prévaloir des art. 2 ALCP et 9 al. 2 annexe I ALCP contre son Etat d'origine.
D'après l'art. 2 ALCP, les ressortissants d'une partie contractante qui séjournent légalement sur le territoire d'une autre partie contractante ne sont pas, dans l'application et conformément aux dispositions des annexes I, II et III de cet accord, discriminés en raison de leur nationalité. Cette disposition pose le principe de l'égalité de traitement sous la forme négative d'une interdiction de discrimination directe ou indirecte. L'art. 9 al. 2 annexe I ALCP formule ce même principe en faveur des travailleurs salariés tandis que l'art. 15 al. 2 annexe I ALCP l'énonce en faveur des indépendants. Ces dispositions prévoient que le travailleur salarié respectivement l'indépendant et les membres de leur famille visés à l'art. 3 de cette annexe bénéficient sur le territoire d'une autre partie contractante des mêmes avantages fiscaux et sociaux que les travailleurs salariés nationaux et les membres de leur famille.
Le principe de non-discrimination de l'art. 2 ALCP correspondant à l'art. 12 TCE (depuis le 1er décembre 2009: art. 18 du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne) et celui de l'art. 9 al. 2 annexe I ALCP à l'art. 7 du Règlement (CEE) n° 1612/68 du Conseil, du 15 octobre 1968, relatif à la libre circulation des travailleurs à l'intérieur de la Communauté (JO L 257 du 19 octobre 1968 p. 2), il convient de tenir compte de la jurisprudence pertinente de la Cour de justice des communautés européennes antérieure au 21 juin 1999 (art. 16 al. 2 ALCP), sous réserve des cautèles prévues par l'art. 21 ALCP.
13.13.1 La jurisprudence communautaire en matière de fiscalité directe constitue un des cas d'application des règles générales d'égalité de traitement qui prohibent non seulement les discriminations ostensibles fondées sur la nationalité (discriminations directes), mais encore toutes formes dissimulées de discrimination qui, par application d'autres critères de distinction, aboutissent en fait au même résultat (discriminations indirectes): à moins qu'elle ne soit objectivement justifiée et proportionnée à l'objectif poursuivi, une disposition de droit national doit, selon cette jurisprudence, être considérée comme indirectement discriminatoire dès lors qu'elle est susceptible, par sa nature même, d'affecter davantage les ressortissants d'autres Etats membres que les ressortissants nationaux et qu'elle risque, par conséquent, de défavoriser plus particulièrement les premiers (arrêt de la CJCE du 12 février 1974 152/73 Sotgiu, Rec. 1974 p. 153 point 11). En effet, la Cour de justice des communautés européennes a jugé que, si la fiscalité directe relève de la compétence des États membres, il n'en demeure pas moins que ces derniers doivent l'exercer dans le respect du droit communautaire. Ils doivent, par conséquent, s'abstenir de toute discrimination ostensible ou déguisée fondée sur la nationalité (arrêts * Schumacker*, points 21 et 26; * Wielockx*, point 16; * Asscher*, point 36; * Zurstrassen*, point 18).
13.2 Selon la Cour, en règle générale, la situation des résidents et celle des non-résidents dans un Etat n'est pas comparable. En effet, le revenu perçu sur le territoire d'un Etat par un non-résident ne constitue le plus souvent qu'une partie de son revenu global, centralisé au lieu de sa résidence, et sa capacité contributive personnelle tenant compte de l'ensemble de ses revenus et de sa situation personnelle et familiale peut s'apprécier le plus aisément à l'endroit où il a le centre de ses intérêts personnels et patrimoniaux, qui correspond en général à sa résidence habituelle (arrêts Schumacker, points 31 et 32; * Gschwind*, point 22; * Zurstrassen*, point 21). Par conséquent, le fait pour un État membre de ne pas faire bénéficier un non-résident de certains avantages fiscaux qu'il accorde au résident n'est, en règle générale, pas discriminatoire, compte tenu des différences objectives entre la situation des résidents et celle des non-résidents, tant du point de vue de la source des revenus que de la capacité contributive personnelle ou de la situation personnelle et familiale.
13.3 La Cour a toutefois précisé qu'il peut y avoir discrimination au sens du traité entre résidents et non-résidents si, nonobstant leur résidence dans des États membres différents, il est établi que, au regard de l'objet et du contenu des dispositions nationales en cause, les deux catégories de contribuables se trouvent dans une situation comparable. Tel est le cas lorsque le non-résident ne perçoit pas de revenu significatif dans l'Etat de sa résidence et tire l'essentiel de ses ressources imposables d'une activité exercée dans l'Etat d'emploi. En effet, dans ces conditions, l'Etat de résidence n'est pas en mesure de lui accorder les avantages résultant de la prise en compte de sa situation personnelle et familiale, de telle sorte qu'il n'existe entre un tel non-résident et un résident exerçant une activité salariée comparable aucune différence de situation objective de nature à fonder une différence de traitement en ce qui concerne la prise en considération, aux fins de l'imposition, de la situation personnelle et familiale du contribuable (arrêts Schumacker, points 36 et 37 et * Gschwind*, points 26 et 27).
La Cour a notamment jugé en ce sens que le contribuable non-résident, qui perçoit la totalité ou la quasi-totalité de ses revenus dans l'Etat où il exerce ses activités professionnelles mais n'a pas le droit de constituer une réserve-vieillesse déductible dans les mêmes conditions fiscales que le contribuable résident, subit une discrimination (arrêt Wielockx, point 22).
13.4 Le principe de non-discrimination n'a toutefois pas une portée absolue en droit communautaire.
L'art. 39 al. 3 TCE réserve en effet l'ordre public, la sécurité publique et la santé publique. En matière fiscale, en revanche, cette réserve ne joue pratiquement pas de rôle. D'emblée, par conséquent, on peut considérer que l'art. 5 annexe I ALCP, qui prévoit une réserve générale similaire, ne joue en pratique pas non plus de rôle dans la présente cause (PASCAL HINNY, Vom Saisonnier zum EG-Kurzaufenthalter, Unzulänglichkeiten der Schweizer Quellensteuerordnung, in Festschrift für Peter Gauch, Tercier et al. [éd.], 2004, p. 801 ss, p. 811).
Dans un arrêt isolé (arrêt de la CJCE du 28 janvier 1990 C-204/90 Bachmann, Rec. 1990 I-2161), la Cour a admis qu'une législation belge puisse légitimement subordonner la déduction des primes d'assurances-vieillesse, décès, maladie et invalidité à la condition qu'elles soient versées en Belgique et non pas dans l'Etat membre d'origine du contribuable dans le but de sauvegarder la cohérence du système fiscal, dont la conception appartient à chaque Etat membre. Cette réserve de nature purement jurisprudentielle, bien qu'invoquée par la suite par d'autres Etats membres, n'a pas été reconduite dans les arrêts ultérieurs (arrêt Wielockx et arrêt du 28 avril 1998 C-118/96 Safir, Rec. 1998 I-1897 cf. à ce sujet: PASCAL HINNY, Tendenzen der (Grundfreiheiten-)Rechtsprechung des EuGH auf dem Gebiet des Steuerrechts, IFF Forum für Steuerrecht 2009 p. 77 ss, p. 82). La Cour n'a pas non plus admis de réserves à l'interdiction de discrimination qui seraient fondées sur la volonté d'un Etat membre d'éviter une progressivité de l'impôt moindre due à l'assujettissement limité (arrêt Biehl, point 15, cf. PASCAL HINNY, Tendenzen, loc. cit.). En l'état de la jurisprudence de la Cour rendue jusqu'au 21 juin 1999, il n'y a par conséquent guère de motifs qui permettent à une législation nationale de discriminer les travailleurs salariés communautaires en matière de fiscalité directe.
13.5 La doctrine suisse a résumé la jurisprudence relative aux contribuables non résidents assujettis à l'impôt à la source en raison d'un rattachement économique en ces termes: les contribuables résidant à l'étranger qui réalisent l'essentiel de leur revenu (plus de 90 %) en Suisse doivent être qualifiés de quasi-résidents et être traités comme des contribuables résidents, de manière à ce que leur situation personnelle et familiale soit dûment prise en considération. L'Etat de résidence ne pouvant pas prendre ces éléments en considération, c'est en effet l'Etat où ils sont assujettis de manière limitée qui est seul en mesure de le faire (ANDREA PEDROLI, Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, n° 28 ad Introduction aux art. 83-101 LIFDet les références citées; YVES NOËL, "Biehl, Schumacker ..." et la Suisse: l'impôt à la source au scanner de la jurisprudence communautaire, in Mélanges Walter Ryser, Locher et al. [éd.], 2005, p. 155 s.).
14.1 L'art. 21 al. 1 ALCP prévoit que les dispositions des accords bilatéraux entre la Suisse et les Etats membres de la Communauté européenne en matière de double imposition ne sont pas affectées par les dispositions de l'Accord. En particulier les dispositions de l'Accord ne doivent pas porter atteinte à la définition du travailleur frontalier selon les accords de double imposition. Cette disposition reprend le contenu de l'arrêt Gilly, selon lequel les Etats membres sont libres de définir, notamment au moyen du critère de la nationalité, les facteurs de rattachement aux fins de la répartition de la compétence fiscale en vue d'éliminer les doubles impositions, sans que ces différenciations ne soient considérées comme constitutives de discriminations prohibées (arrêt du 12 mai 1998 C-336/96 * Gilly*, Rec. 1998 p. I-2793 points 24 et 30; cf. sur la question: JEAN-MARC RIVIER, L'égalité devant l'impôt des travailleurs suisses et étrangers, Archives 71 p. 97, p. 117 ss; PASCAL HINNY, Das Diskriminierungsverbot des Personenverkehrsabkommens im Schweizer Steuerrecht, IFF Forum für Steuerrecht 2004 p. 165 ss, p. 174 s.).
En l'espèce, l'attribution à la Suisse du droit d'imposer la rémunération du recourant provenant de son emploi salarié en Suisse en application de l'art. 17 CDI-F n'est, à bon droit, pas mise en cause par les parties, notamment sous l'angle de la définition du travailleur frontalier.
14.2 D'après l'art. 21 al. 2 ALCP, aucune disposition de l'Accord ne peut être interprétée de manière à empêcher les parties contractantes d'établir une distinction, dans l'application des dispositions pertinentes de leur législation fiscale, entre les contribuables qui ne se trouvent pas dans des situations comparables, en particulier en ce qui concerne leur lieu de résidence.
Dans son Message du 23 juin 1999 relatif à l'approbation des accords sectoriels entre la Suisse et la CE (FF 1999 5440), le Conseil fédéral explicite la portée de l'art. 21 al. 2 ALCP. Selon lui, dès que la situation de deux contribuables est comparable du point de vue de leur résidence (il n'est pas nécessaire qu'elle soit effectivement identique), la clause de non-discrimination prévue dans l'Accord doit être observée (FF 1999 5657). Il précise en outre que "pour déterminer si la perception d'impôt à la source sur des revenus d'activités lucratives en Suisse de citoyens de l'UE, mais ne possédant pas de titre de séjour, n'est pas contraire à la clause de non-discrimination de l'Accord et des dispositions correspondantes de l'annexe, il convient d'examiner la jurisprudence de la Cour européenne de justice. En relation avec l'art. 48 du traité de la CEE, la Cour a également été saisie de la question de l'égalité de traitement, lors de l'imposition de personnes non domiciliées dans un Etat" et fait expressément référence à l'arrêt Schumacker (FF 1999 5658). Comme la Cour de justice des communautés européennes a fait usage de la même terminologie que celle de l'art. 21 al. 2 ALPC dans cet arrêt ("dans une situation comparable", arrêt Schumacker, point 34), force est d'admettre que l'art. 21 al. 2 ALCP constitue un renvoi à la jurisprudence de la Cour de justice des communautés européennes telle qu'elle a été développée jusqu'au 21 juin 1999 sans réserve aucune. La doctrine partage cette constatation (JEAN-MARC RIVIER, op. cit., p. 120 ss; PASCAL HINNY, Das Diskriminierungsverbot, op. cit., p. 165 ss, p. 179 ss, 186 et les références à la doctrine suisse).
14.3 D'après l'art. 21 al. 3 ALCP, aucune disposition de l'Accord ne fait obstacle à l'adoption ou l'application par les parties contractantes d'une mesure destinée à assurer l'imposition, le paiement et le recouvrement effectif des impôts ou à éviter l'évasion fiscale conformément aux dispositions de la législation fiscale nationale d'une partie contractante ou aux accords visant à éviter la double imposition liant la Suisse, d'une part, et un ou plusieurs Etats membres de la Communauté européenne, d'autre part, ou d'autres arrangements fiscaux. L'art. 21 al. 3 ALCP réserve l'application par les parties contractantes de mesures destinées à assurer l'imposition, le paiement et le recouvrement effectif des impôts ou à éviter l'évasion fiscale conformément aux dispositions de la législation fiscale nationale d'une partie contractante. Selon la doctrine, la perception à la source aux fins de garantie est autorisée par cette disposition (PASCAL HINNY, Das Diskriminierungsverbot, op. cit., p. 165 ss, p. 185).
15.15.1 Durant les années 2004 à 2006, le recourant, qui résidait en France, a perçu en Suisse la quasi-totalité - plus de 90 % - des revenus du couple. Il s'est trouvé donc objectivement dans la même situation, en ce qui concerne l'impôt sur le revenu, qu'un travailleur résident de Suisse qui exerce la même activité lucrative. En l'espèce, par conséquent, la discrimination, contraire aux règles posées par les art. 2 ALCP et 9 al. 2 annexe I ALCP, consiste en ce que le recourant n'a pas pu faire valoir toutes les déductions accordées aux travailleurs résidents de Suisse, en particulier, il n'a pas eu la possibilité de faire valoir les dépenses effectives pour les frais de transport entre son lieu de résidence et son lieu de travail (cf. consid. 11 ci-dessus) en raison des limites posées par la législation fédérale et cantonale en matière d'imposition à la source. Cette constatation rejoint celle de la doctrine majoritaire (YVES NOËL, op. cit., p. 141 ss, p. 155 s., p. 162 s. et 166; PASCAL HINNY, Personenverkehrsabkommen und Schweizer Quellensteuerordnung, IFF Forum für Steuerrecht 2004 p. 251 ss, p. 265 s.; le même, Das Diskriminierungsverbot, op. cit., p. 165 ss, p. 184 s.; ANDREA PEDROLI, op. cit., n° 26 ss ad Introduction aux art. 83-101 LIFD; JEAN-MARC RIVIER, op. cit., p. 122).
15.2 Il est vrai que le Message du Conseil fédéral arrive à une conclusion différente. Constatant, en ce qui concerne les travailleurs domiciliés à l'étranger, que les lois fiscales en vigueur en Suisse prévoient une imposition à la source sur le revenu, non seulement pour les étrangers mais aussi pour les citoyens suisses, lorsqu'ils exercent une activité lucrative dépendante seulement pendant de courtes périodes, durant la semaine ou comme frontalier, le Conseil fédéral en déduit que, pour cette catégorie de personnes, le principe de l'égalité de traitement ne se pose pas (FF 1999 5657 s.). Ce raisonnement est erroné, du moment que l'art. 2 ALCP ne prohibe pas uniquement les discriminations ostensibles fondées sur la nationalité (discriminations directes), mais encore toutes formes dissimulées de discriminations qui, par application d'autres critères de distinction, aboutissent en fait au même résultat (discriminations indirectes). Il a en outre été démontré ci-dessus que ce sont non seulement les ressortissants des pays de l'Union européenne, mais également les ressortissants suisses, qui ont fait usage d'un des droits et libertés garantis par l'Accord, qui peuvent se prévaloir de l'art. 2 ALCP (ainsi que 9 al. 2 annexe I ALCP) à l'encontre de la Suisse (cf. consid. 11 ci-dessus).
16.16.1 Aux termes de l'art. 190 Cst., ni le Tribunal fédéral ni aucune autre autorité ne peuvent refuser d'appliquer une loi fédérale ou le droit international. Ni l'art. 190 Cst. ni l'art. 5 al. 3 Cst. n'instaurent de rang hiérarchique entre les normes de droit international et celles de droit interne. Lorsqu'une contradiction insurmontable entre les deux ordres juridiques est constatée, le Tribunal fédéral s'en tient à sa jurisprudence (ATF 125 II 417 consid. 4d p. 424), selon laquelle le droit international public l'emporte en principe sur le droit interne, spécialement lorsque la norme internationale a pour objet la protection des droits de l'homme (ATF 122 II 485 consid. 3a p. 487), mais également en dehors de toute question de protection des droits de l'homme (ATF 122 II 234 consid. 4e p. 239), de sorte qu'une disposition légale de droit interne contraire ne peut trouver d'application.
Le Tribunal fédéral a constaté dans cette même ligne que l'art. 9 al. 2 annexe I ALCP et l'interdiction de discrimination l'emportait sur le droit interne contraire et avait un effet direct (en matière de droit des étrangers: ATF 131 II 352 consid. 1.3.1 p. 355; arrêt 2A.7/2004 du 2 août 2004 consid. 4.1; en matière d'assurances sociales: ATF 133 V 367 consid. 11 p. 386 ss et les références citées).
16.2 Il s'ensuit que l'interdiction de discrimination ancrée aux art. 2 ALCP et 9 al. 2 annexe I ALCP est directement applicable et l'emporte sur les dispositions contraires des lois fédérales sur l'impôt fédéral direct et sur l'harmonisation fiscale. Cette même interdiction l'emporte aussi sur le droit cantonal contraire. Il en résulte que le recourant doit se voir appliquer, lors de son imposition à la source admise par l'art. 21 al. 3 ALCP, le même régime de déductions fiscales que les contribuables résidents en Suisse soumis au régime d'imposition ordinaire pour les périodes fiscales 2004, 2005 et 2006.
16.3 Au vu de l'issue de la procédure il n'est pas nécessaire d'examiner les autres griefs du recourant, notamment celui de violation de l'art. 8 Cst., qui deviennent sans objet.
Le recours 2C_319/2009 est admis sur ce point et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants.