Art. 42 RELCAT; Art. 18 LPN and Art. 14 OPN; scope of review for communal autonomy and biotope balancing; a cantonal interpretation of the notion of individual housing is upheld unless arbitrary, and in zone-à-bâtir projects affecting protected bosquets the interests in construction and nature protection must be weighed without normally counting compensation measures at the balancing stage. Where the biotope has appreciable ecological value, a project that does not sufficiently spare the protected area may lawfully be refused, even if the parcel is buildable in principle; the Federal Supreme Court shows restraint in reviewing that balancing exercise (consid. 2-4).
1C_272/2024
Arrêt du 29 avril 2025
Ire Cour de droit public
Composition
MM. les Juges fédéraux Haag, Président,
Kneubühler et Merz.
Greffier : M. Hausammann.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Me Alexandre Zen-Ruffinen, avocat,
recourante,
contre
Département du développement territorial et de l'environnement de la République et canton de Neuchâtel, Le Château, rue de la Collégiale 12, 2000 Neuchâtel,
Conseil d'État de la République et canton de Neuchâtel, Le Château, rue de la Collégiale 12, 2000 Neuchâtel,
Conseil communal de Rochefort, Administration communale, place du Collège 4, 2019 Rochefort.
Objet
Permis de construire; type d'habitation; biotope digne de protection,
recours contre l'arrêt de la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel du 26 mars 2024 (CDP.2023.58).
La société A.________ SA est propriétaire de la parcelle n° 3020 de la commune de Rochefort (NE). Situé dans le hameau de U.________ (commune de Rochefort) en zone d'habitation à faible densité 1
(ci-après: ZHFD1), ce bien-fonds est composé d'un jardin de 5'138 m2et d'un pavillon de 56 m2.
Le 8 mai 2014, la propriétaire a sollicité une autorisation de construire deux édifices de trois logements chacun et un parking souterrain de 12 places. En 2016, elle a procédé à la suppression de divers haies et bosquets situés sur le terrain, après avoir été autorisée à le faire par décision du 23 avril 2015 du Département cantonal du développement territorial et de l'environnement (ci-après: DDTE).
En janvier 2019, la propriétaire a sollicité un nouveau permis de construire, portant finalement sur la construction de quatre bâtiments de trois logements chacun, ainsi qu'un parking couvert de 24 places. Ce projet a suscité les oppositions de B.________, C.________, D.________ et E.________, propriétaires de parcelles voisines.
Des préavis favorables ont été rendus par le Conseil communal de Rochefort et le Service cantonal de l'aménagement du territoire
(ci-après: SAT). Une dérogation à la distance minimale de la route communale pour le parking a été octroyée à titre précaire par le DTTE le 27 juillet 2020. Le 14 septembre 2020, le DTTE a en outre autorisé la suppression d'un bosquet s'étendant sur 3'300 m2 sur la parcelle à construire, sous condition de la plantation de 20 arbres indigènes et fruitiers, de 10 haies vives indigènes, et de l'ensemencement d'une prairie maigre autour des futures constructions.
Par décisions du 10 mai 2021, le Conseil communal a levé les oppositions et délivré le permis de construire, sous réserve du respect des charges exigées par les services consultés. Il a notamment considéré que le projet était conforme à l'affectation de la ZHFD1, destinée à l'habitation individuelle, et aux dispositions réglementaires.
Sur recours des voisins opposants, le Conseil d'État neuchâtelois a, par décision du 18 janvier 2023, confirmé les décisions de l'autorité communale et du DTTE. Singulièrement, il a retenu que le type d'habitat projeté était conforme à l'affectation de la ZHFD1, que le principe de la suppression du bosquet avait été admis définitivement dans le cadre du premier projet validé en 2015 et que les mesures compensatoires redéfinies en fonction du nouveau projet étaient adéquates au regard du biotope en cause.
Le recours interjeté par les voisins opposants devant la cour de droit public du Tribunal cantonal de Neuchâtel a été admis par arrêt du 26 mars 2024. La cour cantonale a considéré que le projet n'était pas conforme au type d'habitat admis dans la ZHFD1, que la pesée des intérêts pour autoriser la suppression des bosquets protégés sur la parcelle était insuffisante et qu'une dérogation à la protection des bosquets ne répondait pas à un intérêt public prépondérant.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal du 26 mars 2024 et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La cour cantonale renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Le DTTE et la commune renoncent aussi à formuler des observations. Les voisins opposés au projet de construction, en tant qu'intimés, se déterminent et concluent au rejet du recours, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure. Interpellé, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) considère que l'annulation du permis de construire par la cour cantonale ne viole pas le droit fédéral de l'environnement. Le 16 octobre 2024, les intimés se déterminent spontanément. Dans des écritures du 5 novembre 2024, la recourante réplique, sur quoi les intimés dupliquent. La commune se détermine sur les écritures des parties, provoquant encore d'ultimes observations des intimés.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, est particulièrement touchée par l'arrêt qui annule le permis de construire qui lui avait été délivré pour la construction de quatre bâtiments et d'un parking souterrain sur sa parcelle. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que cet arrêt soit annulé ou modifié et dispose donc de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Sous réserve d'une motivation suffisante des griefs, les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
La recourante reproche premièrement à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement des dispositions de droit cantonal et communal relatives aux types d'habitat et d'avoir violé l'autonomie de la commune de Rochefort.
2.1.
2.1.1. L'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal (art. 50 Cst.). Une commune est autonome dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de manière exhaustive et dans lesquels il lui laisse une liberté de décision importante, soit en lui attribuant la compétence d'édicter et d'appliquer ses propres prescriptions, soit en lui réservant une latitude équivalente dans l'application du droit cantonal ou fédéral. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (ATF 147 I 136 consid. 2.1; 146 I 83 consid. 2.1; 144 I 193 consid. 7.4.1; arrêt 1C_281/2023 du 18 juin 2024 consid. 3.1). L'art. 2 al. 3 LAT prescrit que les autorités chargées de l'aménagement du territoire veillent à laisser aux autorités qui leur sont subordonnées en cette matière la liberté d'appréciation nécessaire à l'accomplissement de leurs tâches. Cette disposition ne définit pas le seuil d'autonomie communale minimum découlant du droit fédéral. Il revient en effet exclusivement au législateur cantonal de préciser de quelle liberté d'appréciation la commune bénéficie en matière de planification (arrêt 1C_629/2019 du 31 mars 2021 consid. 3.1).
L'autonomie communale peut être invoquée par des particuliers dans la mesure où elle peut avoir un effet sur leur situation juridique ou réelle (ATF 143 II 120 consid. 7.1 et 141 I 36 consid. 1.2.4 avec références). Le Tribunal fédéral contrôle librement si l'autorité judiciaire a respecté la latitude du jugement découlant de l'autonomie communale (ATF 145 I 52 consid. 3.1).
2.1.2. En droit cantonal neuchâtelois, les communes bénéficient d'une liberté d'appréciation suffisamment importante dans l'élaboration et l'adoption des plans d'aménagement et des règlements de construction pour que leur soit reconnue une autonomie protégée par le droit constitutionnel (art. 5 al. 1 let. k Cst./NE [RS 131.233]; art. 30 ch. 5 let. f de la loi cantonale du 21 décembre 1964 sur les communes [LCo; RS/NE 171.1]; art. 24 de la loi cantonale du 25 mars 1996 sur les constructions [LConstr.; RS/NE 720.0]; cf. arrêt 1C_629/2019 précité consid. 3.1 et les arrêts cités).
Le règlement du plan communal d'affectation des zones peut contenir des dispositions concernant les types d'habitation (cf. art. 59 al. 2 let. o de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire [LCAT; RS/NE 701.0]). Ces notions sont définies aux art. 42 à 45 du règlement d'exécution de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire (RELCAT; RS/NE 701.02), dans leur teneur en vigueur au 31 décembre 2016 selon les dispositions transitoires à la modification du 14 décembre 2016.
Le règlement d'aménagement communal de Rochefort (ci-après: RAC), dans sa version en vigueur au 18 novembre 2014, indique que la zone d'habitation à faible densité 1 (ZHFD 1), dans laquelle se trouve le projet litigieux, est caractérisée par des bâtiments d'habitation individuels isolés généralement de 1 à 2 niveaux apparents et de grands terrains encore libres de construction (art. 10.02.01 al. 1 RAC). Une légère densification des secteurs existants est souhaitée et l'attention sera portée sur une meilleure cohérence de l'ensemble tant pour le bâti que pour le non-bâti (implantation, architecture, aménagement des abords) et des plantations d'arbres importantes (art. 10.02.02 RAC). Cette zone est destinée à l'habitation individuelle; les activités ne provoquant pas de gêne pour le voisinage sont autorisées (art. 10.02.03 RAC).
Selon l'art. 42 RELCAT sont considérées comme habitations individuelles des constructions comportant au maximum trois logements (al. 1). Les logements peuvent être superposés ou juxtaposés à deux unités (habitations jumelées) ou à trois unités. Les locaux de service peuvent être communs (al. 2). Selon la jurisprudence cantonale, la notion d'unité correspond à celle de logement (cf. Recueil de jurisprudence neuchâteloise [RJN] 2020 p. 625). L'art. 43 RELCAT définit les habitations individuelles groupées comme des constructions juxtaposées telles que maisons en rangée, en chaîne ou en bande continue, comprenant au minimum quatre unités. La jurisprudence du Tribunal cantonal précise que cette notion d'unité doit ici être entendue comme une construction (cf. RJN 2020 p. 625). Les autres constructions comportant plus de trois logements sont considérées comme habitations collectives (cf. art. 45 RELCAT).
2.2. Le Tribunal fédéral ne revoit l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle restreint de l'arbitraire (ATF 147 I 433 consid. 4.2 et 146 II 367 consid. 3.1.5). Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 148 II 465 consid. 8.1; 148 I 145 consid. 6.1; 144 I 170 consid. 7.3).
S'agissant d'un grief constitutionnel, la partie recourante est soumise aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. Elle doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés (ATF 149 III 81 consid. 1.3 et 146 I 62 consid. 3).
2.3. La cour cantonale a relevé que les art. 42 ss RELCAT définissaient un cadre contraignant pour l'ensemble du territoire cantonal, notamment en matière de type d'habitat, mais laissaient néanmoins une marge de manoeuvre aux communes afin de préciser cette notion dans leur réglementation. Selon les précédents juges, la commune de Rochefort aurait procédé de la sorte en définissant des caractéristiques essentielles à l'art. 10.02.01 al. 1 RAC qui circonscrivait la notion d'habitat individuel de l'art. 42 RELCAT aux spécificités de la ZHFD1 concernée. Au terme de leur analyse, ils ont considéré que la construction de quatre immeubles individuels de trois logements chacun, dont les bâtiments seront reliés par un garage souterrain, est contraire tant à l'art. 42 al. 2 RELCAT qu'à l'art. 10.02.01 al. 1 RAC.
2.4. Conformément à l'art. 59 al. 2 let. o LCAT et indépendamment de la motivation de l'arrêt attaqué, les communes sont autonomes pour prévoir les types d'habitation autorisés sur leur territoire, dans la limite des définitions des art. 42 ss RELCAT. La commune de Rochefort a décidé d'affecter la ZHFD1 à l'habitation individuelle (cf. art. 10.02.01 et 10.02.03 RAC). Compte tenu notamment de la teneur de l'art. 10.02.06 let. a RAC, qui n'autorise que des constructions jusqu'à 20 mètres, voire en cas de constructions jumelées ou avec des décrochements suffisamment marqués jusqu'à 30 mètres de longueur au maximum, cette zone n'autorise pas l'habitat groupé au sens de l'art. 43 RELCAT (qui suppose au minimum quatre constructions juxtaposées), ce qui n'est pas contesté. Le projet litigieux doit ainsi être examiné selon les critères relatifs à l'habitat individuel au sens strict (cf. art. 42 RELCAT).
2.4.1. Si les communes sont libres de préciser les notions de types d'habitat dans le cadre des définitions des art. 42 à 45 RELCAT, il convient de relever que l'art. 10.02.01 RAC n'a pas pour vocation d'affiner la notion d'habitat individuel. Comme relevé par la recourante, il apparaît en effet que cette disposition décrit au contraire les caractéristiques qui existaient lors de l'adoption du règlement des secteurs de la commune classifiés en tant que ZHFD1. Cela étant, dans la mesure où l'objectif souhaité par le législateur communal dans cette zone est de densifier légèrement les secteurs existants (cf. art. 10.02.02 RAC), l'interprétation de la cour cantonale, selon laquelle la zone n'est pas destinée à accueillir quatre bâtiments d'habitation de trois logements superposés et reliés entre eux par un parking souterrain de 24 places, n'apparaît pas arbitraire. Cette question peut de toute manière souffrir de rester indécise, compte tenu de l'issue du litige.
2.4.2. La cour cantonale a considéré que l'art. 42 RELCAT n'autorisait des locaux de service communs seulement entre des logements superposés ou juxtaposés dans une seule habitation individuelle et non entre plusieurs habitations individuelles. Or, le projet litigieux prévoit la construction de quatre immeubles individuels reliés par un garage souterrain collectif. À défaut d'être des habitations individuelles, les constructions projetées ne seraient par conséquent pas autorisées par le RAC dans la ZHFD1 (cf. art. 10.02.03 RAC).
Cette interprétation de l'art. 42 RELCAT est défendable. Comme soulevé par les précédents juges, le fait d'avoir précisé, dans le même alinéa, que les logements peuvent être superposés ou juxtaposés et que les locaux de service peuvent être communs, peut en effet laisser supposer que le législateur a voulu limiter la possibilité de construire des locaux de service communs à une seule habitation individuelle (comportant plusieurs logements superposés ou juxtaposés) et non à plusieurs bâtiments d'habitations individuelles. Cette solution, qui découle d'une conception traditionnelle de l'habitat individuel, à savoir des structures isolées non reliées entre elles, contribue à délimiter cette notion de l'habitat groupé. Elle permet en cela de limiter l'emprise au sol des constructions dans des secteurs destinés à l'habitat individuel non groupé.
Bien qu'une interprétation alternative de cette disposition aurait aussi pu être retenue, la solution choisie par la cour cantonale n'apparaît en définitive pas choquante au point de nécessiter une intervention du Tribunal fédéral. Aussi, si dans un autre canton une interprétation différente d'une disposition similaire sur l'habitat individuel a été admise (cf. arrêt 1C_389/2021 du 20 janvier 2022 consid. 3.3 relatif à l'art. 55 al. 2 du règlement d'exécution de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions du canton de Fribourg [ReLATeC/FR; RS/FR 710.11], dont la teneur est presque identique à celle de l'art. 42 al. 2 RELCAT), cela ne remet pas pour autant en cause le raisonnement de la cour cantonale dans le cas présent. Il revient en effet en premier lieu aux autorités cantonales d'appliquer et d'apprécier leur propre législation selon les circonstances et particularités qui leur sont propres, ce qui n'exclut pas que des solutions distinctes soient appliquées malgré la similitude des textes légaux cantonaux appliqués. Dans l'arrêt 1C_389/2021 du 20 janvier 2022 cité par la recourante, relatif à deux chalets jumelés reliés par un seul socle et disposant d'un sous-sol en commun, la question litigieuse ne portait du reste pas sur cette question et n'a dès lors pas fait l'objet d'un examen détaillé. À l'inverse du cas d'espèce, la zone en question autorisait par ailleurs l'habitat individuel groupé. Ces chalets jumelés ont été qualifiés d'habitat individuel, l'existence d'un socle commun n'étant pas susceptible de changer cette interprétation, dès lors que les locaux de service pouvaient être communs selon l'art. 55 al. 2 ReLATeC/FR.
Cela étant, même si une autre solution était en l'espèce concevable, l'interprétation faite par la cour cantonale dans le cas d'espèce ne se révèle pas manifestement contraire au but et au sens de l'art. 42 RELCAT. Il n'existe en outre pas de violation de l'art. 2 al. 3 LAT, dès lors que les types d'habitat sont définis par le droit cantonal sans que les communes ne disposent sur ce point d'une liberté d'appréciation. Le fait que le Conseil d'État, auteur de cette disposition, en fasse une lecture distincte n'est en soi pas décisif et ne liait pas la cour cantonale à qui il revenait, en tant qu'autorité de recours, de contrôler l'application du droit cantonal.
2.4.3. Compte tenu de ce qui précède, la législation cantonale autorisait l'instance précédente à s'écarter de la solution choisie par la commune, indépendamment de l'appréciation des dispositions communales. L'arrêt attaqué ne viole par conséquent pas l'autonomie de la commune. Celle-ci n'a du reste pas recouru contre l'arrêt du 26 mars 2024 et ne se prévaut pas céans d'une telle violation. Le grief est partant rejeté.
Dans un second grief, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré qu'un biotope digne de protection sur la parcelle s'opposait aux constructions litigieuses. Bien que le refus du permis de construire peut déjà être confirmé pour le motif tiré du type d'habitat, la recourante dispose néanmoins d'un intérêt à voir ce deuxième grief tranché dans l'hypothèse où un nouveau projet de construction serait déposé.
3.1. L'art. 18 de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) dispose que la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (al. 1, 1ère phrase). Il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses (al. 1bis). Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (al. 1ter).
L'art. 14 al. 6 de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451.1) précise qu'une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Toujours selon cette disposition, pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'art. 14 al. 3 OPN, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes: son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c), sa particularité ou son caractère typique (let. d). L'art. 14 al. 7 OPN, qui reprend l'art. 18 al. 1ter LPN, rappelle que l'auteur ou le responsable d'une atteinte doit être tenu de prendre des mesures optimales pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat du biotope, sans donner plus de précisions sur la mise en oeuvre de ces mesures de conservation.
3.2. La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN, art. 16 et 17 OPN). Les cantons doivent cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN). Dans son principe, l'obligation de protéger les biotopes d'importance régionale et locale découle ainsi directement et impérativement du droit fédéral (ATF 139 II 271 consid. 9.2 et 133 II 220 consid. 2.2; arrêt 1C_290/2019 du 13 mai 2020 consid. 4.1).
Les cantons peuvent aller au-delà de la protection prévue par le droit fédéral et mettre sous protection un type de biotope qui ne serait protégé par le droit fédéral que dans des cas particuliers (ATF 133 II 220 consid. 2.3). Sur cette base, le Conseil d'État neuchâtelois a décidé de protéger les haies, bosquets, murs de pierres sèches et dolines sur l'ensemble du territoire cantonal (cf. arrêté du 19 avril 2006; RS/NE 461.106). Sous réserve de certaines situations, il est ainsi interdit d'essoucher une haie ou un bosquet ou d'en couper les racines, ainsi que de fragmenter une haie dans sa longueur, d'en recéper ou d'en abattre plus du tiers tous les trois ans (art. 5 de l'arrêté). Aux termes de l'art. 8 de l'arrêté, ces mesures de protection peuvent faire l'objet de dérogations accordées par le DTTE en application de l'art. 35 de la loi cantonale du 22 juin 1994 sur la protection de la nature (LCPN; RS/NE 461.10). Selon cette disposition, si les circonstances l'exigent, l'autorité compétente peut accorder ces dérogations (al. 1); leur octroi implique en principe l'existence d'un intérêt public prépondérant (al. 2).
3.3. Il n'est pas contesté que les constructions litigieuses sont projetées sur une parcelle abritant des bosquets. Selon une étude nature du 19 septembre 2018, la quasi-totalité de la surface du projet était recouverte par des bosquets avant son défrichement en 2016. Le terrain comprenait un bosquet arbustif dense de 1'200 m², un bosquet arbustif pénétrable de 400 m², un bosquet arboré de 1'100 m², une lisière de 200 m² et une prairie d'environ 370 m². L'étude a conclu que ces bosquets n'avaient pas de valeur écologique exceptionnelle et qu'ils comprenaient une proportion importante d'essences non autochtones (entre 10 et 20 %), mais qu'ils revêtaient néanmoins un intérêt écologique pour les insectes, les oiseaux et les petits mammifères.
Selon les pièces au dossier, le bien-fonds de la recourante contient des bosquets qui s'étendent sur 3'300 m². Les instances précédentes ont considéré que ces massifs boisés sont protégés par l'arrêté du 19 avril 2006 du Conseil d'État (cf. art. 5; cf. aussi art. 8 al. 2 LCPN). Leur protection est cependant aussi garantie par les dispositions du droit fédéral (cf. art. 18 al. 1bis LPN) qui revêtent une portée propre et qui sont d'application directe (cf. arrêt 1C_653/2019 du 15 décembre 2020 consid. 3.6; cf. aussi ATF 139 II 271 consid. 9.2 et 133 II 220 consid. 2.3). En effet, compte tenu de leur surface et de l'intérêt écologique observé par l'étude et attesté par l'OFEV, il ne fait pas de doute que ces bosquets jouent un rôle dans l'équilibre naturel pour de multiples biocénoses qui ont colonisé la parcelle. Les règles autonomes du droit cantonal ne trouvent ainsi pas application, dès lors que la protection est déjà assurée par le droit fédéral (cf. art. 18 al. 1bis LPN). Par ailleurs, même dans l'hypothèse où le droit cantonal et communal s'appliqueraient à titre autonome pour la protection des bosquets d'importance régionale ou locale, les prescriptions minimales des art. 18 ss LPN devraient néanmoins être respectées, en particulier s'agissant de la pesée complète des intérêts et l'évaluation de la qualité écologique du biotope (cf. ATF 133 II 220 consid. 2.6 et 2.7; 118 Ib 485 consid. 3b à 3d).
Il convient par conséquent d'examiner si la protection du biotope l'emporte sur l'octroi du permis de construire. La protection des bosquets étant en l'occurrence assurée par le droit fédéral, les dérogations de droit cantonal (cf. art. 35 et 36 LCPN) ne trouvent pas application.
4.1. La pesée des intérêts doit en principe être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues, celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes : l'art. 18 al. 1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope (1ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée (2ème étape). Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (3ème étape). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1 et 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Étude de droit matériel, 2008, p. 123).
La pesée des intérêts prévue à l'art. 18 al. 1ter LPN peut s'effectuer dans le cadre de la procédure d'autorisation ordinaire, ce même pour un biotope sis en zone à bâtir (ATF 121 II 161 consid. 2a/bb; Alexandra Gerber, Protection des biotopes et compensation écologique en territoire urbanisé : un besoin urgent et un impératif légal, in DEP 2018 p. 506; Nina Dajcar, Commentaire LPN, 2e éd. 2019, n° 23 ad art. 18b LPN; Sidi-Ali, op. cit., p. 105). Dans ce cas, l'appréciation doit tout de même intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause; l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non, l'atteinte d'ordre technique pouvant plus facilement être admise sur une parcelle constructible (arrêt 1C_182/2022 du 20 octobre 2023 consid. 11.1; Sidi-Ali, op. cit., p. 105).
Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'examen de la pesée des intérêts effectuée par les autorités cantonales et communales, dans la mesure où celles-ci disposent d'une meilleure connaissance et vue d'ensemble des circonstances locales, ainsi que d'une importante marge d'appréciation lorsqu'il s'agit de déterminer si une surface doit être qualifiée de biotope d'importance régionale ou locale (ATF 118 Ib 485 consid. 3d; arrêt 1C_552/2023 du 10 février 2025 consid. 5.1).
4.2. En l'occurrence, constatant d'abord que la décision du 18 janvier 2023 du Conseil d'État ne contenait pas de pesée des intérêts, la cour cantonale a relevé que les bosquets avaient ressurgi sur le bien-fonds depuis leur suppression en 2016 et imposaient ainsi qu'un nouvel examen soit ordonné. Cela étant, elle a considéré que la pesée des intérêts effectuée par le DTTE dans sa décision du 14 septembre 2020 était trop succincte et ne permettait pas de confirmer que les bosquets à supprimer ne comportaient pas d'intérêt écologique. Ajoutant qu'une dérogation à la protection des bosquets concernés ne répondait pas à un intérêt public prépondérant, les précédents juges ont retenu que le biotope digne de protection s'opposait au projet de construction litigieux.
4.3. Dans sa décision du 14 septembre 2020, le DTTE a listé les différents éléments qui entraient selon lui en considération dans la pesée des intérêts. Au terme de son analyse, il a estimé que l'intérêt public à développer l'urbanisation à l'intérieur du milieu bâti prévalait sur celui consistant à préserver le bosquet.
4.3.1. Il n'est pas contesté que le boisé litigieux présente un certain intérêt écologique. Pour l'OFEV, la valeur écologique de ce massif boisé est intéressante; il joue un rôle d'écotone (zone de transition entre deux types de l'habitat), il est riche en biodiversité et il représente, avec ses fruitiers hautes-tiges, une importante zone d'alimentation pour les oiseaux. Une étude nature a été réalisée en septembre 2018, à la suite de la modification du projet de construction. Après avoir distingué les types de milieux présents sur le site, cette étude a relevé que les bosquets en question revêtent un intérêt pour l'avifaune, les insectes et les petits mammifères. Elle a cependant considéré qu'il n'existe pas de valeur écologique exceptionnelle et n'a en particulier pas observé d'espèces menacées ou protégées sur le site. Cette investigation a en outre mis en évidence la présence de plusieurs essences non autochtones, non adaptées à la faune locale, et certaines plantes néophytes envahissantes dont l'éradication est préconisée afin de favoriser la biodiversité indigène. Une visite sur place par un spécialiste du centre de coordination pour la protection des amphibiens et reptiles de Suisse (karch) a par ailleurs confirmé que le site ne constitue pas un habitat particulièrement propice aux reptiles, ce que l'OFEV retient également. La présence d'amphibiens n'a du reste pas pu être confirmée, de sorte que les suppositions de l'OFEV en ce sens ne sont basées sur aucun élément concret.
Dans ces circonstances et sur la base des pièces au dossier, bien que le boisé contienne une certaine qualité écologique notamment en raison de sa surface, cet intérêt doit toutefois être relativisé. Par ailleurs, indépendamment de sa recevabilité (cf. art. 99 al. 1 LTF), le fait que la parcelle ait été colloquée en avril 2024 à l'inventaire communal des milieux naturels n'est pas déterminant pour la présente appréciation, la commune ayant relevé, dans ses déterminations du 10 février 2025, que ce bien-fonds n'était pas soumis à protection en raison du projet de construction. Il pourra toutefois en aller différemment pour une future nouvelle demande d'autorisation.
4.3.2. L'intérêt écologique du boisé recouvrant la parcelle doit être mis en balance avec celui de la recourante à pouvoir bâtir sur sa parcelle compte tenu de son affectation.
Lorsqu'il s'agit de protéger des biotopes à l'intérieur de la zone à bâtir, il convient en effet de prendre en considération les intérêts à une utilisation à des fins de construction conforme au plan de zone en vigueur, de même que l'intérêt à la sécurité du droit (cf. arrêt 1C_653/2019 précité consid. 3.6.2 avec les références). Cet intérêt à bâtir existe indépendamment du fait que le projet actuel ne respecte pas le type d'habitat autorisé dans la ZHFD1, la constructrice conservant la possibilité de présenter un projet conforme au RAC. Par ailleurs, les intérêts publics, cités par le DTTE, d'orienter le développement de l'urbanisation vers l'intérieur du milieu bâti et de créer un milieu bâti compact
(cf. art. 1 al. 2 let. a biset b LAT), préconisés par la fiche U_11 du plan directeur cantonal, semblent aussi pencher en faveur de l'octroi d'un permis de construire, afin de densifier les constructions à l'intérieur du hameaux de U.________ déjà largement construit.
Il ne peut toutefois pas être garanti au propriétaire de pouvoir utiliser la totalité des possibilités de construire découlant du seul règlement communal des constructions (cf. arrêt 1C_126/2020 précité consid. 6.2.3). Il lui revient de présenter un projet qui tienne compte et ménage autant que possible les intérêts à la préservation de la nature. Si le premier projet envisageait la construction de deux bâtiments de trois logements chacun avec un parking souterrain de 12 places, la propriétaire a finalement opté, pour des raisons financières, pour la construction de quatre immeubles de trois logements chacun et un parking souterrain de 24 places. En tenant compte des locaux de service communs, le projet actuel s'étend sur la partie sud de la parcelle et laisse son secteur nord libre de toute construction. Or, selon le plan des milieux et de l'arborisation existantes sur le bien-fonds, la très grande majorité des arbres recensés sur le site se trouvent au sud de la parcelle à l'intérieur du périmètre des constructions. En particulier, ce périmètre comprend le bosquet arboré avec ses 32 pieds d'essences indigènes et 5 fruitiers hautes-tiges. Le projet nécessitera la suppression de l'ensemble de ces individus, de même que les nombreuses strates buissonnantes à arbustives présentes. Aussi, seuls des arbres en dehors de la parcelle n° 3020, sur les biens-fonds voisins, pourront être conservés. Les mesures de remplacement envisagées (plantations de 20 arbres indigènes et fruitiers hautes-tiges, de quatre haies basses indigènes de 40 m² et ensemencement d'une prairie fleurie sur 3'500 m²) permettraient certes de diminuer l'atteinte au biotope, mais ne produiront pas d'effet immédiat et ne compenseront pas l'ensemble des pertes écologiques sur la parcelle. La recourante ne démontre de toute manière pas pour quelle raison ces mesures de compensation devraient déjà être prises en considération au stade de la pesée des intérêts, ce qui ne peut être admis qu'à titre exceptionnel.
4.3.3. Dans ces conditions, si la recourante dispose d'un intérêt certain à pouvoir utiliser les possibilités de bâtir sur son terrain, il apparaît que le dimensionnement actuel de son projet ne tient pas suffisamment compte du biotope présent sur le bien-fonds. Un projet plus modeste et éloigné de la partie sud de la parcelle permettrait de sauvegarder partiellement le patrimoine arboré et ainsi d'en assurer la meilleure protection possible conformément à l'art. 18 al. 1ter LPN. Le résultat de la pesée des intérêts auquel a abouti la cour cantonale ne viole dès lors pas la LPN, ce qui conduit au rejet du grief.
4.4. Tout projet de construction ne s'opposera cependant pas nécessairement au biotope digne de protection présent sur le bien-fonds en question, dont la valeur écologique ne peut en l'état pas être qualifiée d'exceptionnelle. La recourante devra de toute manière remanier son projet afin de satisfaire les différentes règles de constructions, notamment sur le type d'habitat autorisé dans la ZHFD1. Il reviendra par conséquent aux autorités cantonales de procéder à une nouvelle pesée des intérêts (exigée par l'art. 18 al. 1ter LPN) sur la base du nouveau projet de construction qui leur sera soumis. Il apparaîtra également judicieux, dans ce cadre, d'ordonner une nouvelle expertise des valeurs naturelles de la parcelle afin d'obtenir un recensement exhaustif des espèces vivant sur la parcelle, la dernière et seule étude ayant été effectuée après le défrichement du terrain en 2018. Le résultat de cette analyse pourra également permettre à la commune de préciser son intention de maintenir ou non le bien-fonds dans l'inventaire local.
Il s'ensuit que le recours est rejeté aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Les intimés concluent à l'octroi d'une indemnité de dépens et déposent différents décomptes d'honoraires y relatifs. Dans la mesure où ils agissent par le biais de Me B.________, qui intervient comme avocate dans sa propre cause, ils n'ont pas droit à l'allocation de dépens (cf. ATF 129 II 297 consid. 5; arrêt 2C_731/2018 du 22 avril 2021 consid. 7.1). Ils ne démontrent en effet pas que l'affaire aurait provoqué de frais spécifiques ou nécessité un investissement particulier. Le fait que Me B.________ se soit déterminée longuement à l'occasion de plusieurs écritures, aussi de façon spontanée, ne fait pas pour autant état d'une affaire complexe à l'enjeu considérable justifiant une indemnisation (cf. ATF 125 II 518 consid. 5b).
Le recours est rejeté.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Département du développement territorial et de l'environnement de la République et canton de Neuchâtel, au Conseil d'État de la République et canton de Neuchâtel, au Conseil communal de Rochefort, à la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 29 avril 2025
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Haag
Le Greffier : Hausammann