Construction permit, biotope protection and remand for further inquiryGénéré par IA

1C_552/2023

Arrêt du 10 février 2025

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Haag, Président,
Kneubühler et Merz.
Greffier : M. Hausammann.

Participants à la procédure

1. A.________,
   
2. B.________,
   toutes les deux représentées par Me David Contini, avocat,
   recourantes,

contre

C.________ SA,
représentée par Me Jean-Yves Schmidhauser, avocat,
intimée,

Municipalité de V.________,
représentée par Me Laurent Schuler, avocat,

Direction générale de l'environnement du canton de Vaud,
Unité droit et études d'impact,
avenue de Valmont 30b, 1014 Lausanne.

Objet
Permis de construire,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 11 septembre 2023 (AC.2021.0366).

Faits :

A.

C.________ SA est propriétaire de la parcelle n° 3047 (anciennement formée des parcelles nos 3036, 3047 et 3595) de la commune de V.________. Cette parcelle supporte une maison de maître, la villa D.________ qui est implantée au nord-ouest d'un parc richement arboré et agrémenté de divers cheminements. D'une surface totale de 10'181 m2, elle est colloquée en "zone de villas" et soumise à la réglementation "modification du plan des zones de la commune de V.________" approuvée par le Conseil d'État le 20 juillet 1965, ainsi qu'aux dispositions du règlement communal sur l'aménagement du territoire et les constructions (RCATC) adopté le 26 avril 2017.
Le 13 mai 2019, C.________ SA a déposé une demande de permis de construire 12 villas urbaines de 3 logements chacune, comprenant un garage souterrain de 48 places et 14 places de parc extérieures, ainsi que la démolition d'un garage annexe. Mis à l'enquête publique, le projet a suscité de nombreuses oppositions, dont celle de A.________, propriétaire de parcelles voisines. Différentes autorisations spéciales, regroupées dans une synthèse de la Centrale des autorisations en matière de construction (CAMAC), ont en outre été délivrées par les services cantonaux concernés, sous réserve du respect de certaines conditions.
À la suite de l'enquête publique, C.________ SA a apporté des modifications au projet afin de préciser le concept paysager et notamment les arbres qui permettraient de compenser ceux devant être abattus en raison de la construction. Ces modifications ont fait l'objet d'une mise à l'enquête publique complémentaire qui a suscité l'opposition de A.________ et de B.________, propriétaire d'une parcelle voisine. Une nouvelle synthèse CAMAC a été établie le 30 mars 2021. Par la suite, la constructrice a une nouvelle fois modifié les plans, notamment en précisant les mesures de conservation des arbres maintenus. Considérées comme mineures, ces modifications n'ont pas fait l'objet d'une nouvelle enquête publique.

B.

Par décision du 22 octobre 2021, la municipalité de V.________ a levé les oppositions et délivré le permis de construire requis.
Ce prononcé a fait l'objet d'un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: CDAP; cause AC.2022.0233). Cette procédure a été suspendue sur requête de la Direction générale de l'environnement (DGE) qui entendait préciser les zones de végétation dignes de protection et faire constater la nature forestière des parcelles litigieuses. Les recourantes avaient en effet produit un rapport de E.________, botaniste, selon lequel de nombreuses espèces protégées étaient présentes sur la parcelle. Après avoir procédé à une inspection locale, la DGE a délivré son autorisation spéciale le 7 octobre 2022. Elle a estimé qu'il n'existait pas de biotope digne de protection et que la population d'ophioglosses ( Ophioglossum vulgatum), implantée sur la parcelle, pouvait être prélevée et déplacée sur site dans un secteur en bordure du bien-fonds. Par décision du 28 octobre 2022, la DGE a également constaté que les arbres plantés sur les parcelles litigieuses ne répondaient pas aux critères de la législation forestière. Les recourantes ont également contesté ce prononcé devant la CDAP (cause AC.2022.0403).
Après avoir joint les causes, la CDAP a, par arrêt du 11 septembre 2023, partiellement admis les recours et refusé de délivrer les permis de construire pour les villas n° s 7, 10 et 12 en raison du dépassement du seuil des valeurs limites d'immissions de bruit (VLI). Pour le surplus, elle a confirmé les décisions de la municipalité de V.________ du 22 octobre 2021 et de la DGE du 28 octobre 2022.

C.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ et B.________ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que l'autorisation de construire est refusée. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause à la DGE pour nouveau constat de la nature forestière et nouvelle décision. Plus subsidiairement, les recourantes demandent encore l'annulation de l'arrêt et le renvoi de l'affaire au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles demandent en outre l'effet suspensif qui leur a été accordé par ordonnance présidentielle du 9 novembre 2023.
La cour cantonale renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. L'intimée, la Municipalité et la DGE concluent au rejet du recours. Consulté, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) considère que le projet ne satisfait pas aux exigences de l'art. 18 al. 1ter de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) et qu'une analyse plus détaillée est nécessaire pour procéder à une pesée correcte des intérêts en lien avec les biotopes dignes de protection. Selon cet office, des variantes de projet et des mesures de remplacement doivent encore être examinées. En matière de protection contre le bruit, il estime que l'arrêt attaqué est conforme au droit fédéral. L'intimée et la Municipalité se déterminent sur la prise de position de l'OFEV, puis les recourantes répliquent. L'OFEV réplique également. L'intimée et la Municipalité dupliquent. Enfin, les recourantes déposent d'ultimes observations et demandent l'interpellation de l'Office fédéral du développement territorial (ARE) sur la validité du plan d'affectation communal.

Considérant en droit :

1.

Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF auxquels renvoie l'art. 34 al. 1 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). Aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée.

1.1. Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (ATF 121 II 171 consid. 2b; 115 Ib 508 consid. 5c). Tel est le cas de A.________ qui a, au surplus, depuis le début formé opposition et pris part à la procédure devant la cour cantonale, de sorte que sa qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF peut être reconnue. Par conséquent, la qualité pour recourir de B.________, déjà incertaine devant le tribunal cantonal, peut demeurer indécise. Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a en principe lieu d'entrer en matière sur le recours.

1.2. À titre de mesure d'instruction, les recourantes sollicitent l'interpellation de l'ARE. Indépendamment de la question de savoir si cette requête formulée par les recourantes dans leur ultime écriture est tardive, il n'est pas nécessaire de donner suite à cette requête, vu le sort du recours.

1.3. Les chiffres I et II du dispositif de l'arrêt du 11 septembre 2023 (déclarant les recours d'autres personnes irrecevables et celui de la constructrice sans objet) ne sont pas remis en cause et sont dès lors entrés en force. Il en va de même s'agissant de son chiffre IV, en tant qu'il refuse de délivrer des permis de construire pour les villas n° s 7, 10 et 12.

2.

Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourantes reprochent à la cour cantonale d'avoir commis un déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.) en refusant d'examiner leur grief relatif aux panneaux solaires soulevé lors de l'inspection locale du 8 mai 2023.

2.1. Le droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 143 III 65 consid. 5.2; 141 V 557 consid. 3.2.1). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1; 137 II 266 consid. 3.2). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1). En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. si elle ne se prononce pas sur un des griefs qui lui est valablement soumis, alors qu'elle devrait le faire (cf. ATF 142 II 154 consid. 4.2 et les arrêts cités).

2.2. Selon les recourantes, les constructions litigieuses auraient dû être équipées conformément à l'art. 28 al. 1 de la loi vaudoise sur l'énergie (LVLEne; RS/VD 730.01). Elles font grief à la CDAP de n'avoir pas indiqué les motifs pour lesquels le permis de construire pouvait être accordé sans que certaines des villas (n os 8, 9 et 10) ne soient pourvues de capteurs solaires.
Ce grief a été soulevé par les recourantes à titre de "réquisition d'entrée de cause" lors de l'inspection locale du 8 mai 2023, soit après le dépôt de leur mémoire de recours et de leur réplique. La recevabilité d'une telle manière de procéder relève du droit cantonal (cf. arrêt 1C_382/2018 du 10 juillet 2019 consid. 3.5), la jurisprudence de la CDAP ayant déjà considéré comme recevable un grief invoqué pour la première fois à l'issue de l'inspection locale (cf. arrêts de la CDAP MPU.2015.0001 du 18 juin 2015 consid. 3b et AC.2009.0086 du 20 août 2010 consid. 1). Si l'arrêt attaqué ne se prononce effectivement pas expressément sur cette question, on peut en inférer que la cour cantonale a implicitement considéré que le projet respectait l'art. 28a al. 1 LVLEne, au vu du dossier déposé par la constructrice intimée qui comprenait notamment les bilans énergétiques et le formulaire intitulé "Justificatif énergétique - Part minimale d'énergie renouvelable". Les recourantes ne soutiennent d'ailleurs pas que les exigences de l'art. 28a al. 1 LVLEne ne seraient en l'espèce pas réalisées. Par conséquent, on ne saurait considérer qu'elles aient été empêchées de saisir la portée de l'arrêt et de l'attaquer utilement, étant précisé que le seul fait que la motivation de l'arrêt entrepris ne réponde pas en détail à chaque grief du recours ne constitue pas une violation du droit d'être entendu (cf. arrêt 1C_235/2023 du 11 mars 2024 consid. 4.2). Le grief relatif à l'art. 29 al. 2 Cst. est dès lors rejeté.

3.

Invoquant une violation des art. 29 ss Cst. et 6 CEDH, ainsi que des art. 9 de la loi vaudoise sur la procédure administrative (LPA; RS/VD 173.36) et 24 al. 2 de la loi forestière vaudoise (LVLFo; RS/VD 921.01), les recourantes reprochent à la CDAP de n'avoir pas retenu l'existence d'un motif de récusation à l'encontre de l'ingénieur géomètre breveté. Celui-ci aurait été chargé de procéder au constat de la nature forestière de la parcelle alors qu'il avait également été mandaté par la constructrice intimée pour établir un plan de situation du projet litigieux.

3.1. Conformément à l'art. 10 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts (LFo; RS 921.0), quiconque prouve un intérêt digne d'être protégé peut demander au canton de décider si un bien-fonds doit être considéré comme forêt ou non. Selon l'art. 10 al. 2 let. a LFo, une constatation de la nature forestière doit être ordonnée là où des zones à bâtir confinent ou confineront à la forêt. L'art. 24 al. 2 LVLFo précise que lorsqu'il y a lieu de constater la nature forestière d'un bien-fonds, le service fixe les limites de la forêt sur le terrain et les fait reporter sur un plan de situation comprenant le fonds cadastral. Le piquetage des lisières est effectué par l'inspecteur des forêts. Le levé et le report sur un plan cadastral sont authentifiés par un ingénieur géomètre breveté, inscrit au registre fédéral des ingénieurs géomètres, mandaté par le requérant.
Selon la jurisprudence, l'art. 29 al. 1 Cst. permet - indépendamment du droit cantonal (ici l'art. 9 LPA) - d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative lorsque des circonstances constatées objectivement éveillent la suspicion de partialité (ATF 140 I 326 consid. 5.2; arrêt 4A_219/2018 du 24 août 2018 consid. 8). S'agissant des exigences d'impartialité et d'indépendance requises d'un expert, l'art. 29 al. 1 Cst. assure au justiciable une protection équivalente à celle de l'art. 30 al. 1 Cst. (ATF 141 IV 178 consid. 3.2.2 et 127 I 196 consid. 2b), disposition qui ne s'applique qu'aux autorités ou magistrats qui exercent des fonctions juridictionnelles, et à l'égard de laquelle l'art. 6 par. 1 CEDH n'a pas de portée propre (ATF 138 I 1 consid. 2.2).

3.2. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, il ne peut revoir les questions de droit cantonal et de droit communal que sous l'angle restreint de l'arbitraire (sur cette notion, cf. ATF 145 I 108 consid. 4.4.1; 143 I 321 consid. 6.1), dans le cadre d'un moyen tiré de la violation d'un droit constitutionnel (cf. art. 95 et 96 LTF a contrario), expressément soulevé et développé conformément aux exigences de motivation accrues prévues à l'art. 106 al. 2 LTF.

3.3. L'appréciation de la cour cantonale, selon laquelle le fait pour l'ingénieur géomètre d'avoir été mandaté par la constructrice intimée pour établir un plan de situation pour le projet litigieux n'était pas constitutif d'une apparence de prévention, peut être suivie. C'est sans arbitraire qu'elle a considéré que le rôle officiel de l'ingénieur géomètre était marginal, puisqu'il ne faisait qu'authentifier les mesures en les levant et en les reportant sur le plan cadastral et qu'il n'avait ainsi aucune marge de manoeuvre par rapport à la décision de la DGE fixant les limites de la forêt (cf. art 24 al. 2 LVLFo). La CDAP a également constaté à juste titre que l'ingénieur géomètre n'avait de toute manière eu aucune influence sur le déroulement de la procédure, puisqu'aucun relevé n'avait finalement été fait sur la parcelle n° 3047. Cet élément scelle le sort du grief, l'intéressé n'étant pas intervenu en tant qu'expert. Les recourantes ne contestent pas ce dernier point, si bien qu'il est sans pertinence de savoir si l'ingénieur géomètre était intervenu également sur d'autres aspects du projet. Infondé, ce grief est rejeté.

4.

Se plaignant d'une violation du droit fédéral en matière de protection contre le bruit (art. 22 LPE et 31 de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit [OPB; RS 814.41]), les recourantes soutiennent que l'autorité précédente aurait dû considérer que la villa n° 1 dépassait les valeurs limites d'immissions (VLI), à l'instar des villas nos 7, 10 et 12 à propos desquelles le recours a été admis par la CDAP.
Ce grief ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF. Les recourantes se contentent de prétendre que "l'absence d'ouvrant sur la façade nord n'est pas un motif permettant à l'autorité de renoncer à examiner si les conditions prévues par l'art. 31 OPB sont remplies", sans expliquer succinctement pour quelle raison l'appréciation de la cour cantonale ne pourrait pas être suivie et en quoi elle serait contraire au droit fédéral (cf. ATF 142 I 99 consid. 1.7.1). S'agissant de l'abattage des arbres présents au nord-est, l'OFEV a indiqué que cela n'aurait pas de conséquence sur le niveau d'exposition au bruit, ce qui n'est également pas remis en cause par les recourantes. Enfin, ces dernières ne parviennent pas à démontrer que l'autorité précédente aurait dû avoir des "raisons de supposer" que les valeurs limites d'immissions seraient dépassées pour la villa n° 1 et ainsi ordonner la mesure de ces valeurs (cf. art. 36 al. 1 OPB). Or, au vu de l'éloignement de cette villa du Boulevard F.________ et de l'absence de fenêtre sur la façade nord donnant sur des locaux à usage sensible au bruit, mis à part une fenêtre au troisième étage se trouvant légèrement en retrait, protégée par une saillie et moins exposée aux nuisances sonores (cf. détermination du 5 avril 2024 de l'OFEV), la cour cantonale pouvait légalement renoncer à déterminer les valeurs limites d'immissions pour ce bâtiment (cf. arrêts 1C_498/2019 du 21 octobre 2020 consid. 4 et 1C_63/2019 du 29 janvier 2020 consid. 5.2). Les calculs effectués par l'OFEV ont par ailleurs confirmé que les valeurs limites n'étaient en l'occurrence pas dépassées. Le grief est par conséquent rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.

5.

Les recourantes reprochent ensuite à la cour cantonale de n'avoir pas retenu la présence d'un biotope digne de protection (au sens des art. 18 ss LPN) sur la parcelle et critiquent également sa pesée des intérêts. Elles font grief à la cour cantonale d'avoir établi arbitrairement les faits en validant l'analyse de la DGE selon laquelle il n'existait pas de milieu naturel protégé digne de protection sur la parcelle litigieuse. Elles critiquent également l'autorité précédente pour n'avoir pas tenu compte du rapport d'expertise privée de E.________, établi en mai 2022, qui attestait que le parc de la villa D.________ était un "concentré de biodiversité et un site d'une rare valeur paysagère et écologique en milieu urbain" qui accueillait une abondance d'espèces animales et végétales dont plusieurs biotopes protégés. Selon elles, ces constats auraient dû conduire la cour cantonale à diligenter une expertise neutre.

5.1. En vertu de l'art. 78 al. 4 Cst., la Confédération est autorisée à légiférer sur la protection de la faune et de la flore et sur le maintien de leur milieu naturel dans sa diversité. À teneur de l'art. 18 al. 1 LPN, la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (al. 1); il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses (al. 1bis). Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (al. 1ter).
L'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Toujours selon cette disposition, pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes: son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c), sa particularité ou son caractère typique (let. d). L'art. 14 al. 7 OPN, qui reprend l'art. 18 al. 1ter LPN, rappelle que l'auteur ou le responsable d'une atteinte doit être tenu de prendre des mesures optimales pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat du biotope, sans donner plus de précisions sur la mise en oeuvre de ces mesures de conservation.
Selon la lettre de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues, celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al. 1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope (1 ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée (2 ème étape). Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (3 ème étape). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Etude de droit matériel, 2008, p. 123).
La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN, art. 16 et 17 OPN). Les cantons doivent cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN). Dans son principe, l'obligation de protéger les biotopes d'importance régionale et locale découle ainsi directement et impérativement du droit fédéral (ATF 139 II 271 consid. 9.2 et 133 II 220 consid. 2.2). Le droit fédéral n'exige par ailleurs pas des cantons qu'ils organisent une procédure d'autorisation spéciale - telle l'autorisation de défricher, au sens de l'art. 5 LFo - lorsque la réalisation d'une construction ou d'une installation pourrait porter atteinte à un biotope protégé. La pesée des intérêts prévue à l'art. 18 al. 1ter LPN peut ainsi s'effectuer dans le cadre de la procédure d'autorisation ordinaire, ce même pour un biotope sis en zone à bâtir (ATF 121 II 161 consid. 2a/bb; Alexandra Gerber, Protection des biotopes et compensation écologique en territoire urbanisé: un besoin urgent et un impératif légal, in DEP 2018 p. 506; Nina Dajcar, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n° 23 ad art. 18b LPN; Sidi-Ali, op. cit., p. 105). Dans ce cas, l'appréciation doit tout de même intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause; l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non, l'atteinte d'ordre technique pouvant plus facilement être admise sur une parcelle constructible (Sidi-Ali, op. cit., p. 105).
Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'examen de la pesée des intérêts effectuée par les autorités cantonales et communales, dans la mesure où celles-ci disposent d'une meilleure connaissance et vue d'ensemble des circonstances locales, ainsi que d'une importante marge d'appréciation lorsqu'il s'agit de déterminer si une surface doit être qualifiée de biotope d'importance régionale ou locale (ATF 118 Ib 485 consid. 3d; arrêts 1C/182/2022 du 20 octobre 2023 consid. 11.1 et 1C_653/2019 du 15 décembre 2020 consid. 3.6.2).

5.2. En l'espèce, la DGE a procédé à une inspection locale le 20 juillet 2022 afin de préciser les zones de végétation dignes de protection, après avoir pris connaissance du rapport du botaniste E.________ indiquant que le site présentait de nombreuses espèces protégées qui figuraient sur la liste rouge de l'OFEV. Selon un rapport du 22 juillet 2022 de G.________, experte en environnement, la parcelle n'était pas concernée par un inventaire fédéral ou cantonal et n'était également pas comprise dans l'un ou l'autre élément du réseau écologique cantonal. L'experte de la DGE a relevé la présence de trois espèces figurant sur la liste rouge des espèces menacées ou à protéger : des spécimens de Buxus sempervirens (statut NT, soit potentiellement menacé), de Silene coronaria (NT) et d' Ophioglossum vulgatum (statut VU, soit vulnérable). L'expertise a ensuite relevé que le parc arboré de la villa D.________ abritait de nombreuses structures présentant un intérêt certain pour la faune dans le contexte urbain. Mentionnant la présence d'une population d'ophioglosses devant être protégée, l'experte a cependant conclu que la parcelle n'abritait pas de milieu naturel digne de protection. Sur cette base, la DGE a délivré son autorisation spéciale à la condition que les individus d ' ophioglosses soient prélevés et déplacés sur site dans un secteur en bordure de parcelle qui pourra être aménagé en milieu favorable et protégé tout au long du chantier. La constructrice intimée s'est pour sa part fondée sur une étude du 29 novembre 2022, établie par un spécialiste en gestion de la biodiversité, sur la faisabilité de la transplantation d'une population d'ophioglosses sur la parcelle litigieuse.
Faisant sienne l'appréciation de la DGE, la cour cantonale a considéré que la parcelle n'abritait pas un milieu naturel protégé et que la pesée des intérêts penchait en faveur de la construction projetée (cf. consid. 6 de l'arrêt attaqué). La CDAP a en outre refusé d'ordonner la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise visant à déterminer la présence d'autres espèces protégées sur les parcelles concernées, dès lors que le rapport établi pour la DGE par G.________ disposait d'une pleine valeur probante et n'avait pas été remis en cause par une contre-expertise (cf. consid. 2 de l'arrêt attaqué).

5.3.

5.3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 148 I 160 consid. 3 et 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3).

5.3.2. Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, le tribunal ne peut pas s'écarter sans motifs valables des rapports d'experts sur des questions techniques (ATF 132 II 257 consid. 4.4.1 et 130 I 337 consid. 5.4.2 avec référence). Il doit examiner si, sur la base des autres moyens de preuve et des allégations des parties, des objections sérieuses s'imposent quant à la cohérence d'une expertise. Si le tribunal estime que la cohérence d'une expertise est douteuse sur des points essentiels, il doit au besoin administrer des preuves complémentaires pour clarifier ces doutes (ATF 136 II 539 consid. 3.2).
Pour l'évaluation des expertises dans le domaine du droit de l'environnement, le Tribunal fédéral s'appuie principalement sur les avis de l'OFEV. Ceux-ci ont un poids considérable en raison des compétences particulières de cet office en tant qu'instance fédérale spécialisée dans la protection de l'environnement (art. 42 al. 2 LPE). Cela vaut en particulier pour les questions méthodologiques dans les domaines où l'OFEV édicte des recommandations de mesure, des programmes de calcul ou d'autres aides à l'exécution (ATF 145 II 70 consid. 5.5; arrêt 1C_415/2023 du 2 septembre 2024 consid. 7.3.3). Des critiques convaincantes de l'OFEV constituent donc un motif pour s'écarter du résultat d'une expertise technique versée au dossier ou pour exiger des clarifications supplémentaires (ATF 145 II 70 consid. 5.5; arrêts 1C_101/2016 du 21 novembre 2016 consid. 3.6.2 et 1C_589/2014 du 3 février 2016 consid. 5). Par ailleurs, l'OFEV n'intervient pas comme les parties au stade de la procédure cantonale et ne peut ainsi se prononcer que dans le cadre de sa prise de position au Tribunal fédéral. Par conséquent, il doit pouvoir s'exprimer de manière complète sur les questions juridiques et techniques qui se posent (arrêts 1C_101/2016 précité consid. 3.6.2 et 1C_589/2014 du 3 février 2016 consid. 4.2). À ce titre, l'OFEV est habilité à présenter des faits et moyens de preuve nouveaux et à se plaindre de la violation du droit fédéral (ATF 136 II 359 consid. 1.2; arrêt 1C_623/2022 du 9 décembre 2024 consid. 2.3).

5.4. Dans sa prise de position du 5 avril 2024, l'OFEV constate que le projet de construction ne satisfait pas aux exigences de l'art. 18 al. 1ter LPN et qu'une analyse plus détaillée aurait dû être entreprise pour procéder à une pesée correcte des intérêts en présence.
Selon l'OFEV, la surface litigieuse est aménagée en parc et comprend différents types de milieux abritant un grand nombre d'espèces en raison de la présence de différentes niches. Il considère comme probable que les espèces recensées par l'expert des recourantes (la couleuvre d'Esculape [ Zamenis longissimus, considérée en danger] et le crapaud commun [ Bufo bufo, espèce menacée vulnérable]) se trouvent sur le site. En outre, l'OFEV indique "avoir connaissance" de la présence de rumex élégant ( Rumex pulcher, espèce végétale classée vulnérable et protégée dans le canton de Vaud) sur la parcelle et que la population d'ophioglosses est plus importante que ce qui ressortait de l'expertise de la DGE. Il ajoute que le fait que des espèces ont été plantées comme plantes de jardin (le buis [ Buxus sempervirens] et la silène coronaire [ Silene coronaria], toutes deux potentiellement menacées et mentionnées dans le rapport de la DGE) n'a pas d'incidence sur la valeur de leur protection. L'office fédéral en conclut que la majorité de la parcelle concernée constitue un biotope digne de protection et qu'une cartographie détaillée doit être effectuée afin d'évaluer avec précision les endroits dignes de protection ainsi que les mesures de remplacement devant être prises. S'agissant de la pesée des intérêts à effectuer, l'OFEV estime qu'il convient d'examiner si le projet ne devrait pas être redimensionné afin de prendre en compte le principe du plus grand ménagement possible. En outre, il considère que des mesures supplémentaires pour compenser l'atteinte devraient encore être intégrées au projet.

5.5. Les critiques de l'OFEV sont convaincantes et justifient de s'écarter de l'expertise diligentée pour le compte de la DGE, laquelle est également remise en question par d'autres éléments. Il ressort en effet de l'arrêt attaqué que les observations sur site de l'experte s'étaient avérées incomplètes en raison de la fauche du terrain qu'avait récemment effectuée la constructrice et de la sécheresse d'été qui avait ralenti la repousse de la végétation. Son expertise retient notamment que "certains secteurs de buissons (avaient) été coupés à ras" et que la météo du jour de l'inspection locale était peu favorable à l'observation des espèces d'insectes. Dans ces circonstances, l'autorité précédente aurait dû ordonner un nouvel examen de la parcelle n° 3047 afin d'obtenir une analyse plus détaillée des valeurs naturelles en présence, ce également au regard des indications du botaniste E.________ selon lequel la parcelle représentait un "concentré de biodiversité et un site d'une rare valeur paysagère et écologique en milieu urbain" qui comprenait plusieurs espèces de la liste rouge de l'OFEV. Une investigation complémentaire s'imposait d'autant plus que l'experte mandatée par la DGE avait elle-même indiqué que le parc arboré abritait de nombreuses structures présentant un intérêt certain pour la faune dans le contexte urbain, mais qu'aucun inventaire de faune n'avait toutefois été réalisé. L'OFEV a ainsi relevé que le terrain comportait une prairie extensive, une partie humide, une lisière, des buissons, des arbres solitaires, un bosquet, différents coins peu entretenus et riches en lierre, ainsi que de la mousse bois mort, soit un ensemble d'éléments naturels propice au développement de la biodiversité. L'expertise du bureau H.________ a également fait état de haies et de massifs de buissons, l'OFEV mentionnant même un bosquet, à savoir des habitats qui sont en principe considérés comme dignes de protection au sens de l'art. 18 al. 1bis LPN, pour peu qu'ils présentent une qualité écologique suffisante (cf. ATF 133 II 233 consid. 2.3 avec les références; arrêt 1C_96/2022 du 18 mars 2024 consid. 6.3). Cela étant, le fait que la parcelle n'est ni concernée par un inventaire fédéral ou cantonal, ni comprise dans le réseau écologique cantonal n'implique pas pour autant que le biotope serait dénué de tout intérêt digne de protection.
Dans ces conditions, il convient d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'instance précédente afin d'instruire non seulement la question de l'étendue exacte de la population d'ophioglosses, mais également d'examiner si d'autres espèces nécessitant une protection particulière sont présentes sur la parcelle litigieuse. Le cas échéant, le projet devra en particulier être réexaminé à la lumière de l'art. 18 al. 1ter LPN, singulièrement faire l'objet de la pesée des intérêts commandée par cette disposition, au regard de l'ensemble des valeurs naturelles à protéger qui auraient été dûment identifiées. Dans tous les cas, une nouvelle pesée d'intérêts devra être réalisée afin de tenir compte des éléments relevés par l'OFEV en lien avec la population d'ophioglosses. Cette nouvelle pesée d'intérêts pourra également tenir compte du fait que le permis de construire n'est en l'état pas délivré pour les villas nos 7, 10 et 12, selon le chiffre IV du dispositif de l'arrêt attaqué qui n'est pas remis en cause à ce stade.

6.

Dans un autre grief, les recourantes estiment que l'abattage de 66 arbres n'aurait pas dû être autorisé. Elles se plaignent d'un établissement arbitraire des faits et d'une violation de l'ancienne loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (LPNMS) ainsi que de l'actuelle loi cantonale du 30 août 2022 sur la protection du patrimoine naturel et paysager [LPrPNP; RS/VD 450.11] entrée en vigueur le 1er janvier 2023.

6.1. Selon l'art. 14 al. 1 LPrPNP, le patrimoine arboré est conservé, exception faite des haies monospécifiques ou non indigènes, des éléments de l'agroforesterie, ainsi que des buissons en zone à bâtir. Des dérogations pour la suppression et l'élagage excédant l'entretien courant peuvent être octroyées notamment en présence d'impératifs de construction ou d'aménagement (art. 15 al. 1 let. c LPrPNP). Les dérogations sont soumises à l'autorisation de la commune, à l'exception de celles concernant les arbres remarquables qui nécessitent une autorisation du service (art. 15 al. 2 LPrPNP). Par ailleurs, une autorisation de supprimer un élément du patrimoine arboré est assortie de l'obligation de réaliser une plantation compensatoire (art. 16 al. 1 LPrPNP).
Aux termes de l'art. 14 al. 2 LPrPNP, les communes adoptent un règlement pour la protection du patrimoine arboré visant notamment à assurer son développement. Il est soumis à l'approbation du chef du département. En application de cette disposition, la commune de V.________ a édicté un Plan de classement des arbres et règlement sur la protection des arbres du 26 juillet 2004 (RPA). L'art. 6 RPA, relatif à l'abattage des arbres protégés, renvoie aux conditions de l'art. 6 de l'ancienne LPNMS et de l'art. 15 de l'ancien règlement d'application de la LPNMS (RLPNMS). Selon l'art. 6 al. 1 LPNMS, l'autorisation d'abattre des arbres ou arbustes protégés doit être notamment accordée pour les arbres dont l'état sanitaire n'est pas satisfaisant et pour les arbres, les haies et boqueteaux lorsqu'ils empêchent une exploitation agricole rationnelle ou lorsque des impératifs techniques ou économiques l'imposent (création de routes, chemins, canalisation de ruisseau, etc.). L'art. 15 ch. 4 RLPNMS précise quant à lui que l'abattage ou l'arrachage des arbres, cordons boisés, boqueteaux ou haies vives classés est autorisé par la municipalité lorsque des impératifs l'imposent, tels que l'état sanitaire d'un arbre, la sécurité du trafic, la stabilité des rives bordant un cours d'eau, la création d'une route ou la canalisation d'un ruisseau.
Comme évoqué, la LPrPNP est entrée en vigueur le 1er janvier 2023, abrogeant l'ancienne LPNMS. Le régime transitoire de la LPrPNP stipule que les dispositions de cette loi sont applicables aux procédures pendantes à son entrée en vigueur (cf. art. 71 al. 1 LPrPNP). Par ailleurs, jusqu'à l'adoption de l'inventaire des arbres remarquables, les règlements communaux de protection des arbres s'appliquent, à l'exception des dispositions traitant de la compensation (cf. art. 71 al. 5 LPrPNP).

6.2. La cour cantonale a relevé que la parcelle concernée comprenait un parc richement arboré où étaient plantés 92 individus qui avaient fait l'objet de plusieurs expertises et relevés dans le cadre de la procédure de permis de construire. Si le projet conservait un chêne situé au nord-est de la villa D.________ qui était "classé" au sens de la réglementation communale, il prévoyait en revanche l'abattage de 66 arbres, parmi lesquels 36 étaient considérés comme protégés selon le RPA de la commune de V.________. Sur ces 36 arbres protégés, 7 étaient sénescents ou malades et 29 en bonne santé. Parmi ces 29 arbres sains à abattre, 4 avaient été qualifiés de "remarquables" (un tilleul, un cèdre du Liban, un hêtre et un metasequoia), les autres ne présentant qu'un intérêt secondaire voire aucun intérêt particulier et pouvaient être abattus moyennement une compensation sur site. Le projet prévoyait le replantage de 58 arbres sur la parcelle, dont 13 groupes de plantation d'arbres dits "majeurs" en plus des 20 arbres majeurs existants et conservés.

6.3.

6.3.1. Les recourantes critiquent premièrement l'établissement des faits, estimant que la CDAP n'aurait pas tenu compte d'une étude de mai 2022 portant sur l'évaluation des services écosystémiques rendus par les arbres du parc de la villa D.________, ni du rapport établi le 4 avril 2019 par le Bureau I.________ SA. Il ressort cependant expressément de l'arrêt attaqué que l'expertise du Bureau I.________ SA avait joué un rôle déterminant dans la pesée des intérêts à laquelle s'est livrée la Municipalité. Quant à l'étude précitée, il n'était pas arbitraire pour la cour cantonale de ne pas s'y référer dans sa motivation, au vu des nombreux rapports et avis qui étaient déjà présents au dossier et qui permettaient d'obtenir une vision complète de la problématique, en particulier l'expertise du bureau I.________ SA ayant classé les arbres en fonction de leurs intérêts botanique et paysager. Finalement, il n'y a pas lieu de compléter l'état de fait s'agissant du chêne sessile ( Quercus petraea), dès lors qu'il ressort clairement du procès-verbal de l'inspection locale du 8 mai 2023 que le projet ne prévoit pas d'abattre cet arbre.

6.3.2. Les recourantes font ensuite grief à la CDAP d'avoir appliqué l'ancienne LPNMS et non la LPrPNP qui prévoirait, selon elles, une protection renforcée du patrimoine arboré en protégeant tous les arbres. La cour cantonale a laissé indécise la question de l'application du nouveau ou de l'ancien droit, dès lors que le projet litigieux se révélait conforme tant à la LPNMS qu'à la LPrPNP. Cette appréciation est exempte de critique, puisque les dispositions du RPA étaient applicables dans les deux cas (cf. art. 71 al. 5 LPrPNP et 5 al. 1 let. b LPNMS), les recourantes ne prétendant pas qu'un inventaire des arbres remarquables aurait été adopté. La pièce sur laquelle elles se fondent à propos de "l'interprétation restrictive" que ferait la DGE de l'art. 71 al. 5 LPrPNP est par ailleurs irrecevable (art. 99 al. 1 LTF), en plus d'être irrelevante étant donné qu'elle émane d'une autorité administrative devant se conformer à la pratique de la CDAP. Cela étant, il n'était pas arbitraire pour la CDAP d'appliquer le RPA de la commune de V.________ et ainsi retenir que seuls les arbres d'un diamètre supérieur à 30 cm étaient protégés (cf. art. 3 RPA).

6.3.3. Au vu de ce qui précède, c'est à juste titre que la CDAP a retenu que sur les 66 arbres à abattre, 36 étaient des arbres protégés. Elle a rappelé que, selon la jurisprudence cantonale, pour statuer sur une demande d'autorisation d'abattage, l'autorité communale procède à une pesée complète des intérêts en présence et détermine si l'intérêt public à la protection des arbres en cause l'emporte sur les intérêts publics ou privés qui lui sont opposés. Dans le cadre de cette pesée des intérêts, il convient notamment de tenir compte de l'importance de la fonction esthétique ou biologique des plantations en cause, de leur âge, de leur situation dans l'agglomération et de leur état sanitaire. L'intérêt à la conservation d'un arbre protégé doit en outre être comparé à l'intérêt visant à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir conforme au plan d'affectation (cf. arrêt 1C_182/2022 du 20 octobre 2023 consid. 7.2 avec les références).
La CDAP a confirmé l'avis de la municipalité selon lequel l'intérêt public à densifier la zone concernée et celui de la constructrice à utiliser les possibilités à bâtir de son terrain l'emportait sur l'intérêt à la préservation des arbres. En effet, la parcelle était intégrée dans le périmètre compact du projet d'agglomération Lausanne-Morges (PALM), dans un environnement déjà densément urbanisé, à proximité immédiate d'un important axe routier et de transports publics. En outre, une arborisation complémentaire viendrait compenser les arbres abattus. La cour cantonale a ajouté que l'emplacement exact des arbres majeurs à conserver et à supprimer figurait sur le plan paysage et le bilan des arbres établis par le bureau J.________ SA.
Cette solution est convaincante et soupèse de manière raisonnable les différents intérêts en jeu, étant rappelé que sur les 36 arbres protégés, seuls 4 ont été qualifiés de "remarquables". Par leurs critiques, les recourantes ne démontrent du reste pas le caractère arbitraire de l'analyse de l'autorité précédente. Sans réellement remettre en cause le raisonnement de la cour cantonale, elles se contentent d'exposer de manière appellatoire leur propre opinion et déduction, en partant de la prémisse erronée que l'art. 3 RPA ne s'appliquerait pas. Au demeurant, les recourantes n'ont pas contesté l'arrêt attaqué en tant qu'il confirme que les boisements et la végétation sis sur la parcelle n° 3047 ne constituaient pas une forêt au sens de l'art. 2 al. 1 de la loi fédérale sur les forêts (LFo; RS 921.0). Le grief doit partant être rejeté.
Cela étant, dans l'hypothèse où la présence d'un biotope digne de protection devait être confirmée par l'instruction complémentaire, la question de la préservation d'arbres et de la nature forestière devrait être réexaminée à l'aune de ce nouvel élément, pour déterminer s'il remplit une fonction sociale particulièrement importante au sens de l'art. 2 al. 4 LFo, spécialement sous l'angle de la protection du paysage et de son importance biologique en tant qu'habitat pour la faune et la flore (cf. ATF 114 Ib 224 consid. 9a/ac). Dans un tel cas de figure et dès lors que le projet litigieux entraîne l'abattage d'arbres, sa conformité aux critères autorisant exceptionnellement un défrichement (cf. art. 5 LFo) devrait alors également être réexaminée (cf. arrêt 1C_96/2022 du 18 mars 2024 consid. 7.2).

7.

Les recourantes font encore valoir pour la première fois devant le Tribunal fédéral une violation de l'art. 21 al. 2 LAT relative au refus de la cour cantonale d'examiner à titre préjudiciel le plan d'affectation.

7.1. La LTF ne prévoit aucune disposition quant aux arguments juridiques que la partie recourante peut faire valoir devant le Tribunal fédéral. Elle connaît certes l'épuisement des instances (cf. art. 86 LTF pour le recours en matière de droit public), mais ne prévoit formellement aucune règle quant à l'épuisement des griefs. Cela signifie donc que, dans la mesure où un nouveau grief se fonde sur l'état de fait retenu et qu'il n'augmente ni ne modifie les conclusions, il devrait en principe être recevable. Cette règle vaut en principe toujours lorsqu'il s'agit de droit fédéral (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3; arrêt 1C_452/2023 du 31 mai 2024 consid. 6.1).
En l'occurrence, la question de l'absence de contrôle à titre préjudiciel du plan d'affectation repose sur l'application du droit fédéral, de sorte que l'"épuisement des griefs" dont se prévalent la constructrice intimée et la Municipalité pour remettre en cause la recevabilité du grief n'est pas à propos (cf. arrêt 1C_481/2023 du 26 mars 2024 consid. 5.2).

7.2. Conformément à l'art. 21 al. 2 LAT, lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires. D'un point de vue procédural, les plans d'affectation sont traités comme des décisions. Ils doivent être contestés lors de leur adoption, à défaut, ils deviennent en principe définitifs et ne peuvent plus faire l'objet d'un examen préjudiciel dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire. Exceptionnellement, le contrôle incident d'un plan d'affectation est admissible lorsque l'intéressé ne pouvait pas encore se rendre compte des restrictions qui lui étaient imposées au moment de son adoption, qu'il n'avait alors aucune possibilité de défendre ses intérêts (ATF 148 II 417 consid. 3.3; 123 II 337 consid. 3a; arrêts 1C_283/2016 du 11 janvier 2017 consid. 4.3; 1C_507/2015 du 18 mai 2016 consid. 3.2), ou lorsque les circonstances ou les conditions légales se sont sensiblement modifiées depuis l'adoption du plan au point que celui-ci pourrait être devenu illégal et que l'intérêt à son réexamen ou à son adaptation l'emporte sur les intérêts contraires à la sécurité du droit et à la stabilité du plan (cf. art. 21 al. 2 LAT; ATF 148 II 417 consid. 3.3; cf. ATF 145 II 83 consid. 5.1; 144 II 41 consid. 5.1).
Selon la jurisprudence, l'entrée en vigueur le 1er mai 2014 du nouvel art. 15 LAT - en particulier l'obligation de réduire les zones à bâtir ancrée à son al. 2 - ne constitue à elle seule pas une modification sensible des circonstances justifiant d'entrer en matière sur une demande de révision, respectivement de contrôle préjudiciel d'un plan d'affectation dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire. Il faut que s'y ajoutent d'autres circonstances. Parmi celles-ci se trouvent notamment la localisation de la parcelle par rapport à la zone à bâtir existante, son niveau d'équipement, ou encore l'ancienneté du plan (cf. ATF 148 II 417 consid. 3.3 et 144 II 41 consid. 5.2 avec les arrêts cités).

7.3. Les recourantes estiment que la CDAP aurait dû procéder d'office à un contrôle préjudiciel du plan d'affectation. Compte tenu du caractère bâti de la zone dans laquelle se situent les parcelles litigieuses au sein de la commune de V.________ et en l'absence de tout grief en ce sens devant l'autorité précédente, il n'apparaît pas d'emblée évident qu'un tel contrôle aurait dû avoir lieu.
Les recourantes soutiennent ensuite que la présence de biotopes et d'espèces protégées, l'absence de construction sur une surface de 10'181 m2 et l'ancienneté du plan d'affectation impliqueraient une qualification de la parcelle de secteur à protéger ou de zone de verdure non constructible.
La parcelle est équipée et se situe au sein d'un secteur bâti de la commune de V.________. Elle est entourée de maisons d'habitation de toute part, le côté est comprenant un bâtiment figurant à l'inventaire (parcelle n° 3035) ainsi que le Chemin K.________ et le Boulevard F.________, soit des axes routiers importants desservis par des transports publics. Au vu de cette situation au sein du tissu construit, le maintien de ce bien-fonds en zone à bâtir répond de prime abord aux principes de densification et de création d'un milieu bâti compact prévus par le droit fédéral (cf. art. 1 al. 2 let. b LAT et art. 3 al. 3 let. a bis LAT). Dans ces conditions, l'ancienneté du plan d'affectation communal ne saurait jouer un rôle déterminant, compte tenu du nombre important de constructions déjà présentes dans le secteur. Il peut en être déduit que la planification communale a largement été mise en oeuvre (cf. arrêt 1C_481/2023 précité consid. 5.3). À cela s'ajoute que la commune de V.________ est comprise dans le périmètre compact du Projet d'agglomération Lausanne-Morges (PALM). Cet instrument d'urbanisme de niveau directeur tend à réagir contre le développement non durable de l'agglomération Lausanne-Morges (étalement urbain, trafic automobile, pollution et nuisances sonores notamment) en concentrant le développement dans les espaces qui sont déjà largement bâtis (ATF 137 II 23 consid. 4.1; arrêt 1C_288/2023 du 24 juin 2024 consid. 2.1), plaidant ainsi en faveur d'un maintien de la zone en surface constructible. Quant à la taille de la parcelle (10'181 m2), elle pourrait être considérée, sous certaines conditions, comme une brèche dans le milieu bâti (cf. arrêt 1C_280/2023 du 3 avril 2024 consid. 4.4.1 avec les références). Compte tenu de ces éléments, il n'apparaît pas que les circonstances se soient sensiblement modifiées au point de justifier une adaptation de la planification.
En revanche, si la nécessité de protéger un biotope digne de protection peut effectivement justifier un réexamen de la planification, l'existence d'un tel biotope n'est à ce stade pas établie. Il appartiendra à l'instance précédente, à l'issue de son examen et instruction complémentaires sur ce point, de déterminer, le cas échéant, ses répercussions sur le projet litigieux, notamment en appréciant la nécessité d'un contrôle préjudiciel de la planification (cf. arrêts 1C_96/2022 du 18 mars 2024 consid. 8.2 et 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 5.2.1). Le grief est ainsi rejeté.

8.

Les considérants qui précédent conduisent à l'admission du recours. Les chiffres I et II de l'arrêt attaqué sont confirmés, tout comme les chiffres III et IV en tant qu'ils refusent le permis de construire pour les villas nos 7, 10 et 12. Pour le surplus, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la CDAP afin qu'elle instruise la question de la portée exacte de la population d'ophioglosses présente sur la parcelle n° 3047 ainsi que l'existence d'autres espèces susceptibles de requalifier la parcelle en biotope digne de protection (respectivement de forêt), et procède, le cas échéant, à la pesée des intérêts imposée par la présence de telles valeurs naturelles, voire à un contrôle préjudiciel de la planification.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée (cf. art. 66 al. 1 LTF). Les recourantes qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat ont droit à des dépens à la charge de l'intimée (art. 68 LTF). La cour cantonale statuera à nouveau sur les frais et dépens de la procédure judiciaire cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé au sens des considérants. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants.

2.

Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de C.________ SA.

3.

Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée à A.________ et B.________, à charge de C.________ SA.

4.

Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Municipalité de V.________, à la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de l'environnement.

Lausanne, le 10 février 2025

Au nom de la I re Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Haag

Le Greffier : Hausammann